ぎょーむ日誌 2001-10-(21-31)

2001 年 10 月 21 日 (日)

• 0910 起床．
• うーん， 次の仕事にかかれない …… PopWave はさっさと開発できた． U 検定問題疑問のメイルも昨晩書いた． なんかいろいろやった感があるんだよなぁ．
• 何もしないうちに夕方になってしまい …… 昨晩書いたメイルについて粕谷さんから 返信いただく． うーむ， 結果的に私の疑問は少しハズれだったのか …… これぢゃあテロじゃなくて， フライトシミュレイターやりすぎて 日航機ハイジャックしたあげくに レインボーブリッヂくぐろうとした 危ないヤツと同じだなぁ． 不発ということで．
• 私の昨日まとめてみた疑問点は 「異なるふたつの母集団からランダムサンプリングしてきたものを U 検定して Type-I エラー調べるのはマズいんでは」 というもの． で， あれこれとお忙しそうな粕谷さん (お気の毒に九大生物学科 ネットワーク雑用掛を押しつけられてるそーだ) から丁寧なる返信いただいたんだが …… 私なりにそれを要約してみると， 統計学的検定は必ずしも 「単一の確率分布から得られたふたつの標本分布の比較」 にとどまるものではない， ということのようだ．
• たとえば …… 昨日の「ぎょーむ日誌」で不等分散の場合の t 検定， Welch の方法について書いてけど， あれはそもそも 母分散不明な二つの正規分布からの標本集団間の比較 ―― これは Behren-Fisher 問題というんだけど， これにたいするひとつの近似解である， ということのようで …… つまり統計学的検定論の世界では異なる母集団， とゆーのを昔から考えてたみたいね．
• 蛇足ながら Welch の t 検定はあくまで近似だったのか …… パラメーター二つで決まる正規分布の世界にあってなお， 不等分散な標本集団間は難しいわけね．
• …… とすると． また疑問がわいてくるんだよね． 異なるふたつの母集団しかもノンパラメトリックな検定って， いったい何をやってるんだろうか?
• こういう場合の帰無仮説は 「ここにふたつの確率分布があり， それぞれの形状はまったく自由であるけれど， 統計量 S (まぁノンパラメトリックだから中位数とか順位和とか) は等しい」 となるはずである． さて ……
• これら二つの確率分布から得られた二つの標本集団の S の標本推定統計量に関して， 何か確率分布を計算しうる場合もあるだろうし， それができれば有意水準を設定して検定を 構成できるのかもしれない ……
• しかし， なぁ． この帰無仮説が棄却できたとして， 何が言えるんだろうか? 分布のカタチが違うんだから， 他の統計量 …… たとえば平均値も違う， というふうにはならないわけだし． ひとつの母集団から得られた標本集団 …… なるありがちな帰無仮説であれば， もうちょっとやりようがありそうなんだけど …… そうではない状況ではどうしたらよいのであろうか．
• このあたりはもうちょっとノンパラメトリック検定を 勉強してみてまた質問してみようかな． うう， 知らないことがいろいろあるな． 私なんぞよりよほど 統計学的有意差というものを激しく好んでいる 他の生態学者たちは， このあたりどう考えてるんだろうか．
• 粕谷さんメイルによると， 1999 年の Animal Behaviour 誌において U 検定使ってる全論文をキビしく審問したのは 編集者がそうやれと命令したからであって， かなり苦労させられた …… とのこと． うーん， つまりご本人のシュミではなかった …… のだろうか?
• 今日の食卓
  • 朝 (0930): 蕎麦．
  • 昼 (1330): パンケイキ．
  • 晩 (2230): 米 0.6 合． 豆腐・タマネギ・シイタケの炒めもの．

2001 年 10 月 22 日 (月)

• 0730 起床． ねむい．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー．
• 0800 自宅発． 曇り． 特急に乗って 0810 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0830 京急上大岡発． 0845 研究所着．
• 昨日の「ノンパラメトリック・複数母集団」問題を 脳内からなかなか消去できない． もし問題がパラメトリックであるなら， 母集団がいくつあろうが近似的な解法ならば 何か構成できるような気がしてきた …… たとえばベイズ推定みたいなものを持ち出す， とかね．
• しかしノンパラメトリックで複数母集団となると …… 何ができるんだろう． それらの確率分布の性質として利用可能そうなのは， ハシからハシまで積分すれば 1 になります， ってことだけで他は何も使えそうにない．
• ノンパラメトリックな分布の推定 …… うーむ， ノンパラメトリック回帰， になってしまうんだろうか．
  1. ふたつの標本集団が異なる母集団から 得られたことを示す (すでにこの段階でいいかげんさが混入 …… 避けがたく)． ノンパラメトリックな回帰+クロスヴァリデイション?
  2. それぞれの推定分布を計算． ノンパラメトリックな回帰+クロスヴァリデイション? 次に検定するなら， この段階でその帰無仮説を 勘案しつつ分布を推定してみせないといけない．
  3. それらの分布の統計量 S に関する なんらかの検定を構成する
  …… たぶん， 本職の統計学者からみると穴だらけだろうが， これでしろーとをダマせる程度の枠組にはなってるだろうか?
• 上の 1. と 2. の推定において クロスヴァリデイションやっちまったのであれば， 3. の検定は切ってもいいところだと， 私は考える …… しかし粕谷さんメイルでは， 何と言いますか分布そのものだけ見るのは不十分で (あるいは必ずしもいつも最重要というわけではなくて)， むしろ分布から得られる記述統計量こそを重視する立場 …… のようなニュアンスだったんだよね．
• たしかに， 分布は斟酌しないのに記述統計量となるとありがたがる 生態学者はたくさんいる (粕谷さん自身は分布もすごく重視するヒトであるが) …… じゃあ， もし仮に上の 1-3 の手続きを経て 「異なるふたつのノンパラメトリックな確率分布から それぞれ得られた標本集団間において， (たとえば) ある順位統計量 RS は等しい， という帰無仮説は棄却できない (あるいは，できる)」 という検定結果が得られたときに， 彼らはどういうふうにその結果を利用するわけ?
• …… とアタマの中の思いつきを「ぎょーむ日誌」に core dump しておいて， 「ニセ」アカマツに取り組むのであった．
• …… と思ったら北大の甲山さんから計算ぎょーむの発注． インドネシアから送られてきた Sebangau の森林調査区の成長解析ね …… こういう国内・国外の計算下請けぎょーむは 修士のころから多種多様にこなしてるんだよなぁ． いまのところ金銭報酬をふんだくるカラクリを考えついてないので， まだ国際びぢねすに発展してないだけである．
• たいしたことやるわけでなく， 前回 Perl スクリプト+最尤推定プログラムの連携ワザで 作っておいた自動解析システムを手直しして新しいデータを ほうりこむだけのことなんだが …… Perl なフィルターがデータ異常の警告． たぶん今回から新しく死亡個体もカウントしてるんだろうな， これは．
• そのあたりの質問メイルだして， 返信待ちつつ昼飯． ふーん， 弁当の飯を炊くときにうまいぐあいに 酢をまぜると 味を損なうことなく菌群集の増殖を阻害できるんだ．
• 甲山さんからさっそく返信いただき， あれらはやはり死亡個体とのこと． フィルター直して，

	make filtering
	make estimation
	make plot

でおしまい (さらに打鍵の手間を惜しむなら make all とか)． 1300 関連ファイルを FTP サイトにおいて 熱帯林ぎょーむ終了．
• 1500 からここの事務主催の説明会というのを聞くべく大会議室にいく． 給料はどう決まるとかどうやったらクビになるか， というハナシである．
• いやー， うかつなことに説明きいてはじめて知ったんだけど ポスドク傭兵の雇用期間は 3 年なんだね． 毎年毎年ぎょーせきチェックされるから (つまり来年からいきなりクビ， というのがありうる)， とくに期限はないのかと思ってた． 再応募するのはかまわんとのこと (この点が日本のふつーのポスドク傭いとは違うかも)． あるいはふろんちあ抜けられたら困るヒトは 指名再雇用とか …… しかし 生態系領域 の下っぱである ここあーきてくちゃー組の場合， グループごとお取り潰しになってもまったく不思議はないね． すごく異端なもんで．
• …… さてさて， いよいよのときは生態学計算ぎょーむの国際びぢねす化でも 考えねばならんのかと思いつつ独房にもどる． どうすれば商売としてなりたつだろうか． 需要がないわけではない， はずなんだが．
• 甲山さんから Sebangau の新プロットの成長ヘンじゃないの， という御指摘メイル …… しかし元データみても新しく追加されたプロットがヘンなんだよね． ということで赤道の向うに問い合わせメイル出していただくことに．
• 「ニセ」アカマツの simulation procedure 書こうとしたら， なぜか書けない …… よく考えてみると二ヶ月放置してたのでホントに 忘れてしまっているのだ． Perl スクリプトと原稿をよくみなおす．
• 1750 研究所発． 雨． 普通に乗って 1803 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1810 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1830 京急川崎発． 1900 帰宅．
• またしてもうっかり AC アダプターを独房内に残置してしまって， ThinkPad の自宅における稼働時間は 1 時間ちょっとに． 悪いことは重なるもので， 昨晩 apt-get でうっかり rp-pppoe を更新してしまったら， ADSL 接続できなくなってしまった． やれやれ． 明日ゆっくり直すしかないなぁ． ということで今晩はメイル読み書きもできなければ 「ぎょーむ日誌」アップロードもできないわけである． もはやここまで．
• 今日の食卓
  • 朝 (0740): 米 0.6 合． 豆腐・タマネギ・シイタケの炒めもの．
  • 昼 (1230): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1910): 米 0.7 合． 朝と同じ．

2001 年 10 月 23 日 (火)

• 0700 起床． よく寝てしまった．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー． 紅茶．
• 0730 自宅発． 雨上がりの晴れ． 特急に乗って 0739 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0805 京急上大岡発． この時間は大量の高校生で車内混む． 0825 研究所着．
• 朝から ThinkPad カーネルの作り直し． Linux-2.4.12 にすると 2.4.10 では挙動不審だった APM (電源管理) まわりが直っていた． やはりカーネルの問題だったか．
• 「ニセ」アカマツとりまとめの最後に， ひどく現象論的に定義された生産効率 (production_rate) という値によって 挙動が何もかも変わってしまいますよ …… と述べるために少し Perl モジュールに手を入れてみる． このややこしい RedpipeTree モジュール群に手をいれるのは 久しぶりなので少しうろうろと道に迷う． 計算結果．

	# Total production_part = 765.8
	# Total production      = 4016.0
	# Averaged prod_rate    = 1.42e+01

• うん? 14.2 ? えらく高いな …… そうか全個体に関する和の比率をとってるから， それに影響か． rate = production / pp0.85 というやつの変なベキ乗部分の問題だね． うーん， 気に入らないけど， 生産器官重と生産量を それぞれ個体あたりに直して再計算してみるか．
• 再計算． 10.4． まぁ， こんなものか．

	# Mean production_part  = 95.7
	# Mean production       = 502.0
	# Averaged prod_rate    = 1.04e+01

• なんとまぁ， いまごろになって「ニセ」アカマツバグが出てくる． /usr/bin/perl -w という一番ウルさく警告を発するモードで走らせてるんだけど， undefined スカラー使うなばかと言ってくる． ああ， たしかに undefined． おかしいな， 以前はこの警告は出てなかったのに． Perl 5.005 → 5.6.1 と変えた影響か?
• バグ取れぬままに昼飯．

[すでに誰も覚えてないので] ちょっと顔見せ． うーむ， ちかごろ針葉樹の見てくれには 少しだけ敏感になったので， この「にせ」ぶりが以前より気になる …… ばらされた茎をまったくランダムに つないだだけなんです， これ (茎の齢だけは考慮)．

• 1410 よーやくにしてバグ取れた． またまた想像を絶するシロモノだった． めいんるーちんとでも呼ぶべき RedpineTree::Change という関数はこういう順序で実行されるのが正しいんだけど ……

        $self->SetProduction();
        $self->InevitableGrowth();   # with generating main stems
        $self->EliminateDeadStems(); # with counting number of dead
        $self->GenerateSubStems();
        $self->ConnectNewStems();
        self->SetRisingRankNumber( self->{ "age" } + 1 );
        if ( $stem_location eq "false" ) {
                warn "# Skipping StemLocator !!!";
        }
        else {
                $self->StemLocator(); # 3D processing
        }
        $self->CountAliveStems();    # at the end of this turn

何かのパラメーターに対する反応を調べるために 反復試行するときには $self->StemLocator() がいらないからすっとばすようにしてるんだよね …… で， バグの正体はここで別の関数 ($self->SetRisingRankNumber()) までいっしょに省かれていた， というもの． いったいぜんたい何を考えて ……
• まさかこんな関数列挙してるだけの 目次というか主幹みたいなところに 呆然自失脱力級の凡ミスあるとは思わなかったので， らくだ言語のケガれ object oriented programming 技法を 内心で罵倒しつつ Perl debugger の ブレイクポイント (``b'') と バックトレイス (``T'') の連携ワザを駆使して じつにドブの底をさらうような追跡をやっていたのであった． おかげで， プログラムの動作はだいぶ思い出してきたけど．
• ついでに bug 混入の経緯らしきものも徐々に …… 最初に作図用の反復をとったときに if をつかわずに 「コメントアウト & 警告出し」 だけだったような気がする． で， あとからそれを見て 「よし，これは便利だからオプションで指定できるようにしよう」 として， 間違った if ブロックを作って， そのまま一度も試験運転しなかった， というところだろう． アタマ痛い．
• プログラム修正． さて， 不本意ながらメモリ浪費傾向ある sim_redpine.pl を BookPC で走らせるとときどき paging してしまうので， 独房むかいのサーヴァー室なる区画にある Dell RedHat Linux 機に ssh でもぐりこんで 計算やらせてみる …… おお， 速い速い．
• 8 個体×15 年間×10 反復 ×2条件の シミュレイションが 30 分ほどで終ったので， それらを集計・作図してみる． とはいえ前にやった作業を make で半自動的にやり直すだけなのでこっちは数十秒で片づく． 1520 最後の図である figure.5 に新しいグラフを追加して 作業終了．
• 幸いにも予想どーりの図になってる． つまり現象論的 production_rate は 実験処理の影響を反映し短期的な動態の指標にもなっている， というのがより明示的になった． むろん観測データにはさまざまな限界があるし， 現象論的モデリングというのは (よりよい実験データが得られるであろう) 将来における破綻を前提にしてるようなところがあるから， そのあたりはきちんと述べなくては．
• とりあえずこれでゴールが見えたので 方法節の最期の procedure 小節をさっさと書いてしまう． 頭の中でふたたび「ニセ」アカマツが ごそごそ動きだしたようだ． これで結果とかも書けそう …… と油断してたら， バックアップ処理を失敗して何行か消失． プリントアウトあったんでそれを見ながら再入力．
• 1805 研究所発． 普通に乗って 1815 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1820 京急上大岡発． 1900 帰宅．
• 晩飯食ってから昨晩破綻した自宅 ADSL 闇ルーターの復旧． 今日は AC アダプターあるんで落ち着いて点検できる …… 40 分ほどでふたたび高速ネット再接続．
• Linux で ADSL 接続する rp-pppoe の設定や動作には 問題なかったんだけど， ぱにっく気味だったので /sbin/route コマンドによる ルーティングを忘れていただけであった． ふつーはこんな作業はいらないんだけど， PCMCIA の Ethernet LAN カードを二枚も挿してるような 闇ルーターではこの設定が必要不可欠．
• 自宅でメイルなど読み書きできるようになった安堵のあまり ぼーっと …… いやはや， 夜に仕事ができないヒトになりつつあるなぁ．
• 都立大植物生態と福島の県情報 web 発信といえば このヒトありと知られる 小澤さん からおそれおおくも， 拙作 PopWave の MacPerl 上での試運転情報教えていただく …… で， やはり MacPerl ではちょっと面倒そう． Windwo$ 上の Perl なら Unix 系と同じように動くのになぁ (これも小澤さんの調査結果) …… ぢょぶす (旧) OS では 「カレントディレクトリ」(らしきもの) に置いてるつもりの Perl モジュール見つけられないようで． たぶん Mac はそういう概念無いから．
• そのうち PopWave ってのをこのサイトで公開しますから， だれか奇特な Mac 使いのヒトは MacPerl で動くようにしてくだされ …… とお願いしようにも， GUI 教徒ってのは 1 行のプログラム書くぐらいなら 4096 回ほど電気鼠をこづくほうがよっぽどマシ， と信じてるんだよね． これは信仰の問題だから如何ともしがたい． 私の独房まわりなんかでも 宗教的情熱を感じさせる かちかち音が一日中絶えること無い．
• 今日の食卓
  • 朝 (0705): 米 0.6 合． ホウレンソウ・タマネギ・エノキダケの炒めもの．
  • 昼 (1210): 弁当． 米 0.8 合． 朝とおなじ． おかずいれのタッパーの密閉がいよいよおかしい． えーい， どうしてくれよう．
  • 晩 (1920): 米 0.6 合． タマネギ・サツマイモ・エノキダケの味噌雑炊．

2001 年 10 月 24 日 (水)

• 0700 起床．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー． 紅茶． コーヒー買おうかな． しかし次からはあまりにもカフェイン濃度の高いのはやめとこう． ちょーし悪いときはこの防御物質にやられて吐き気がするもんで．
• 0740 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0753 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• 「ニセ」アカマツ図をいくつか直して 本文書き進めてみる． よーやく結果である． まずはパラメーター推定結果の Table であるが …… ナンも説明すべきことがないな． 8 個体なのでふつーの統計学的検定はまるで使えない …… いや， まて． くだんの production_rate なる憶測値が { 平均より小, 大 } なる ややいいかげんな二分法を採用すると， Fisher の正確確率検定使えるな． これは計算機にご足労ねがうまでもなく， たいていは裏紙なんかでちょいちょいと計算できてしまう 便利な手口で ……

…… となる確率は 4! 4! 3! 5! / (8! 3! 1! 0! 4!) ってことで 1/14 か． 危険水準 5% とやらに敬意を払っているのであれば， 確率 1/14 で生起するこの事象は 「あっても不思議じゃないこと」 になりそうだな． 他に書くことないからこの確率でも書いておくか．
• シミュレイション結果について書き進める． 図を一枚追加したほうがよさそうなんで， それを生成する Makefile/Perl/Gnuplot スクリプト を準備する． eps ファイルできたところで昼飯．
• Gnuplot で生成させた eps ファイルを LaTeX に取り込ませて 仕上がり原稿にする流れができた． 時刻は 1340． たかが 8 個体データといえど， 「ニセ」アカマツに取り込んで動かしてやると 「個性」らしきものを出してくれるんで なかなか面白い．
• あまり書くことの無い結果節をざっと書いて， 議論節もほとんど書いてしまう． 読み直してみるともうちょっと捕捉せねば …… という点に気づいたんだけど腹が減ったので帰る． 1750 研究所発． 普通に乗って 1800 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1810 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1830 京急川崎発． 1900 帰宅．
• 体重 72.6 Kg …… ひさびさに測定してみたらコレだ． 数ヶ月前と比較すると 1 Kg ぐらい太ってしまったな． この数値はともかく「太った」感はある． Abies PipeTree 開発してた一ヶ月間の栄養過剰補給 (これは C++ の呪いに対抗する必要上やむえぬ措置であった)， けべっくのいきなり高タンパク高脂肪料理+豪華なデザート， そして何より今年に入ってから (いや，東京流刑地に遠島されて以来か?) の慢性的な運動不足 ……
• けべっくから戻って以来， 独房内では弁当以外の固形物は食ってないんだけどなぁ． その程度の節制ではダメか? やはり運動せんといかんのか． しかしながら， ここ第一京浜と環七の交叉点はあまりにも汚染されている …… えーい， 次の花粉症シーズンまでに屋外で安全に呼吸できる所に 引っ越そう．
• 太ってると言いつつ晩飯食ってから， 小さなリンゴ ( 王林 という品種) をひとつ食べてしまった． なんと 8 個 250 円という安値だったもんで …… え? そういう問題じゃない?
• 北大 <鳳翔> 通信途絶． 一瞬だけ ssh がつながったので入ってみると， マシンも OS も交換されてしまっていて， 博士論文で忙しいはずの かとー先生 がなにやらごそごそしてる． すぐにまた沈黙． あの古い計算機がついに壊れてしまったか． もはや， かとー先生頼みな状況．
• それにしても日本の大学もいーかげんに 大学院生まかせな計算機ネット運用だの， その方面に少々詳しい若手教官たちを 計算機技官あつかいにして下らぬネット雑用で忙殺するのは いいかげんにやめたらどうなんだろうか …… といってもタダ働きする奴隷を確保できるかぎり 何も変革できないのが神聖にして不可侵なる 大学自治とやらの阿呆な実態なんだろうな． 大学あげてのシステマティックな問題解決などのぞむべくもない．
• 2200 ごろ hosho.ees.hokudai.ac.jp とりあえず復旧したようだ． 調べてみると 19 時すぎまでは従来機が 動いていたようだから， その後になぜかクラッシュでもしたのか? 新しいマシンはえらくハイスペックなんだけど LAN カード二枚挿し． つまり闇ルーターだ．
• しかしいまのところ闇ネット側にある バックアップとってたマシンの HDD を NFS でマウントしてるみたいだから， 緊急避難としては理にかなっている． さてさて． しかし RedHat のよくわからぬ distribution が入ってるなぁ． httpd なんかは動いてる． この応急処置の手ぎわの良さは御見事の一言につきる．
• 当のかとー先生よりメイルいただき …… やはり hosho クラッシュしましたか． 三年半の長きにわたって 連日連夜無事故で働き続けた SCSI HDD もついに寿命が来たようで …… 感慨ぶかいものがある． そう， あのマシンの部品は全部自分で買ってきて 三日がかりで組み立てたんだよねえ ( 「試製機のこと」 )．
• これは「災害出動」というか災害ボランティアとして 明後日あたりに札幌に飛ばねばならんか …… と身構えていたら， かとー先生から代替マシンによって hosho 機能はほとんど復旧したとのこと． いつもながら驚くべき対応の迅速さである． もう qmail も闇ルーターも動いてるんですよ． 私がやってたらどんなに急いでも半日はかかったなぁ．
• 今後の対策をかとー先生とメイルでやりとり． さーて， どうしようかな． どうせ来週末は札幌に来るよう甲山さんに言われてたし ……
• 生態学大学院生と web 職人を兼業しておられる 小澤さんからまたまた有難くも PopWave 動作試験報告いただく． Mac OS X の Perl では問題なく動くとのこと． ああ， あれってやっぱり Unix なんだなぁ． Mac OS X 面白そうなので Yahoo! オークションのぞいてみたんだけど …… G4 Cube 450MHz 15 万円． 割高だ． 中古 1GHz Athron 機が 2 台買えてしまうじゃない．
• 今日の食卓
  • 朝 (0715): 米 0.6 合． ホウレンソウ・タマネギ・シイタケの炒めもの．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ． 弁当箱内おかずいれタッパーウェアに ラップで内張をする工夫をしてみたんだけど …… たしかにこれでだいたい密封されるけど， いまいち楽しくない．
  • 晩 (1920): 米 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・サツマイモ・シイタケのカレー雑炊． わけわからんもの食ってるな． われながら．

2001 年 10 月 25 日 (木)

• 0700 起床．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0745 自宅発． 曇り． 特急に乗って 0754 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• 今朝もこの「ぎょーむ日誌」置いてる サーヴァー<鳳翔> は不調ぎみだな． つながったり， つながらなかったり．
• (一言近況) このサイト置いてるサーヴァー hosho が不調ぎみなので， ときどき接続できなったりする …… かもしれません． (2001.10.25)
• …… などと書いたら， 今までより順調につながるようになってしまった．
• 事務のおねーさんが「はい，これ」と 各独房区画に朝からヘンなものを配って歩いてる．

[なすへる] NASDA ヘルメット． これでなにをしろというのか? 冗談ではなくホントにナゾ． 地震のときには役立つかな．

• 「ニセ」アカマツとりまとめ， 私単独で作業できるフェイズは徐々に終了しつつある …… 文章を直す． もうちょっと手をいれねば． その前に (気分転換的に) 散逸ぎみの LaTeX ファイル群をまとめることを考える．
• 本文とその他，というふうにわけてみるか． 図とその説明をひとつにするのは簡単． 問題は紙横置き (landscape) な数表なんだけど …… あらかじめ表の LaTeX ファイルを eps にコンパイルしておいて 強引に \includegraphics で取り込む． ペイジ内の位置がヘンになるので \hspace{-80mm} などというレイアウトタグを邪道使いして補正する． いつものように一連の作業行程は Makefile で自動化． こうすれば次からは make だけでよい．
• と遊んでいたら， 午前終了． 昼飯．
• 昼飯食ったあとに pcmcia-cs の設定でちょっとつまる． でぢかめの smart media 認識しない． 簡単な問題だと思ったんだけどうまくいかない． 「リソースが一時的に利用できません」 と言われてもなぁ． 何と競合してるんだろう．
• いったんこの問題からは撤退． 「ニセ」アカマツにもどる． あ， もう 14 時すぎだ．
• 「ニセ」アカマツとりまとめの議論で抜けてた部分をうめていく． 今回の実験は 8 個体なんでそのままでは分散分析などに かからないんだけど …… もし標本数が多かったとしても そんな解析なんぞヤメたほうがいいんじゃないの， というようなこと． これは私がこの正規分布世界を好んでいないというだけでなく …… どうも今回見せてもらった実験結果というのを眺めたり パラメーター推定やったりしてると， 「実験処理」というのは処理区の個体全体一様に同じ効果を 及ぼしてるわけでなく， 「処理の影響うけた」「うけなかった」というような 二項分布の世界に帰着する極端な場合もままあるのでは …… という気がする． そうだとしたら正規分布なんぞ近似しようがない．
• ま， データもよく見ないで機械的に統計ソフトウェアに ざらざらと数値を流しこんで解析するのは ヤバいんじゃないですかね， というようなことをいいたいわけだが． もし Fisher が現代のヒトであったならば， 計算機とかを駆使して 個体差というようなのをもっとうまく際だたせる 方法論を開発したのではないだろうか．
• もうすぐ独房から解放される時刻． 文章のまずさはあとから直すとして， 書くべきことはだいたい書けただろうか …… 読み直すと徹頭徹尾にわたって方法論の議論にだけ終始してる． うーん． もうちょっと生態学的な側面に配慮した議論 というやつをつけねばならんのだろうな． しかしそのあたりは私ひとりではまったく何も書けそうにない． 小林さんのご意見も伺わねば． ということで後回し．
• なんかまわりの独房区画がやかましいので撤退． 1755 研究所発． 普通に乗って 1810 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1820 京急上大岡発． 1900 帰宅．
• 晩飯食ってから， ThinkPad560E の pcmcia-cs 3.1.29 が安物でぢかめの Smart Media を読まない問題に再びとりくむ …… 1 時間ほどあれこれやった結論． Linux カーネルモジュールの名前を勝手に変えてはいけいない． pcmcia-cs 側でモジュール名を ide_cs.o と指定してるから， しょーがねーなぁと思いつつ /lib/modules/2.4.12/kernel/drivers/ide/ 内もそういう名前に変えてたんだけど， これが敗因． 元の名前 ide-cs.o に戻したうえで， pcmcia-cs の設定 /etc/pcmcia/config ファイル内を %s/ide_cs/ide-cs/g と置換． 最期に /etc/rc.d/init.d/pcmcia restart． これで問題解決．
• 直したところで「なすへる」写真取りこんだだけなんだが …… なすへる．
• 外に出て水道・下水料金支払ってみる． 3759 円． 8 月から 2ヵ月分．
• どうも夜になると眠くて仕事する気になれん． さっさと寝ようかな．
• 今日の食卓
  • 朝 (0715): 米 0.6 合． チンゲンサイ・タマネギ・シイタケの炒めもの． 混ぜかた充分でなくコショウが集中分布．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1910): 米 0.6 合． 朝と同じ． それからキムチ． 定価 300 円のが賞味期限ぎれで半額だったから 買ったんだけど …… キムチって漬かりすぎるとかなりすっぱくなるのか．

2001 年 10 月 26 日 (金)

• 0725 起床． 眠い．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0750 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0814 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0840 京急上大岡発． 0855 研究所着．
• 今日は独房群内は静かになるはずだ …… というのも， 本邦お役所タテ割り世界がイヤになって Princeton に戻られる真鍋さんの 最終講演会 が東京で開催されていて， 多くの囚人がそれに出かけてるからだ． この講演会， もともとはここ独房群でとり行われる予定だったんだけど (そうであったなら私も参加してみるつもりだった)． たしかに， こんな横浜市辺境で開催するよりは宣伝にはなるだろうな． とはいえ， 真鍋さんが言いたい放題モードになったらどうなるのか．
• おもしろい記事を見つけてしまった …… 真鍋さん曰く， 地球フロンティアは 失業者の救済所になりかねない …… なるほど， ここ独房群は失業者救済所． これはすごく的確な現状認識だなあ． そうか， 私みたいなのが掃きだまってるのもイヤだったのか． うーむ， それはよく理解できます．
• 「ニセ」アカマツのつづき． ひとに見てもらえるように文章を直しているんだけど …… アタマ痛くなる文法間違いが続々と見つかり， それを修正したり， あるいは間違えてるかどうかを調べるのに時間とられる．
• 英文法といっても高級な問題などではなく， 「不定代名詞 all はどういうときに単数扱い複数扱いになるのか?」 といったごくたあいないもばかりである． どうもぢゃぱん国文部省の策定した 英語教育体系にほうりこまれていた十数年前に， それをひどく敵視してやるとココロに誓った私は 強い決心でもってこういう試験に出そうな規則その他は 一切おぼえない習慣を守りつづけていて …… どうやら， それが今なお継続してしまってるのだろうか? 調べて答えがわかると「あ，そうだった」と納得はしてみせるんだけど， 数秒後にそれは記憶領域からすうっと揮発してしまうのである．
• つまらぬ間違いを調べるのに役にたってるのは ABC of Common Grammatical Errors (Nigel D. Turton) という文法書． 本書の構成はいわゆる文法体系という既成モデルにそったものではなく ふつーの辞書みたいなのである． ABC 順にならんでる中からたとえば ``all'' の項をひくと， all という語を用いた 八例の「よくある間違い文」が記されていて， それぞれを正しく直した文とその説明， さらに関連項目へのリンクが付されている． 帰納によるルールの導出を重視してるので私むきかも．
• 直しては忘却し， を繰り返して午前中終了． さっさと終らせたいと思いつつ昼飯．
• 午後もぢりぢりと．
• いきなり電話． 独房群受付のおねーさんがこちらをかなり怪しんでるような声音で， 速達郵便が届いておりますが， とのこと． あの， その， それって不審郵便物ってことですかね? ああ， 世間では生物兵器いりの封書をやりとりするのが 流行しつつあるのというのに ……
• 受付で郵便物をうけとろうとすると， たしかにかすかな異臭が． いや異臭というより何か芳しいような …… どきどき． 封筒の中は …… 某博士から貸していただけることになってた文献． そして， なぜかネパールカレーのスパイス小箱．
• うーむ? …… そういえば 「ぎょーむ日誌」記載の必ずしも常には豪華といえぬ 「今日の食卓」内容について以前から批判いただいていたなぁ． そのあたりを改善せよとする 某博士の利他的なほどこしであるなら 深く深く感謝しなければならぬと思いつつも， なぜにねぱーるとの疑問は深まるばかり． あるいは時局に対する博士一流の諧謔あふるる 風刺か何かだったのだろうか?
• 緊張と混乱からなんとか平常心を回復させて， 作業のつづき． 文法チェックひととーりはできた． でもまだまだ間抜けな間違いが多量に残存してるだろう． スペルチェックは GNU の ispell を使う． LaTeX タグを自動回避してくれるなかなか賢いやつである．
• PDF ファイルへの変換作業．
  1. LaTeX ファイル (テキスト) draft.tex → draft.dvi (platex コマンドで変換)
  2. draft.dvi → draft.ps (dvips コマンドで変換)
  3. draft.ps → draft.pdf (ps2pdf コマンドで変換, 実体は ghostscript)
  1. と 2. は make ps でまとめてできるようにしてる． 最後の 3. の変換パイプの途中で psnup -2 を介在させると見開き 2 ペイジに編集される．
• PDF ファイルアップロードして， 小林さんにメイル送って見ていただけるようお願いする． ついでに枝モデリング怪しげ表記法に興味もっておられる 牧さんにもメイル． 時刻は 16 時すぎ． ふう．
• おっと， どうも FTP サーヴァーの調子がいまいちだな． http 経由でとってもらうように変更する．
• 少しカレーの香がうつった某文献など眺める． 世の中ではどういう樹木モデルが研究がなされているのか ―― 余人の追随を許さぬほどに懸絶した 不勉強家である私にも そのあたりの見通しが 近ごろになって多少はわかるようになってきた． これはけべっく樹木モデリング会議に出たおかげである． さてさて， このへんの知識がまた「揮発」してしまわないうちに， 引用文献リストでも作って導入 (モデリングに関する部分) も書かねば ……
• 予想どーり静かな一日であった． 1800 研究所発． 普通に乗って 1810 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1820 京急上大岡発． 1900 帰宅．
• うーむ， 今晩も仕事できんなぁ．
• 今日の食卓
  • 朝 (0740): 米 0.7 合． タマネギ・チンゲンサイ・エノキダケの炒めもの．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1920): 米 0.7 合． 朝と同じ．

2001 年 10 月 27 日 (土)

• 0900 起床． う， よく寝てしまった．
• 朝飯食いつつネット上のニュース見てると …… 某敵国の次世代統合戦闘攻撃機 Joint Strike Fighter (JSF) は Lockheed-Martin の試作機 (concept demonstrator) XF-35 をベイスにすることに 決まった か (空軍からの通達は これ )． Joint とはたしか空軍・海軍・海兵隊で共用する， という意味． 英国も使うんだっけ? 戦闘攻撃機とゆーのは， まぁどちらかというとひこーき同士の戦いより 地上水上攻撃を重視してる機種． DOD からの要求性能のひとつは いわゆるステルス機であること． さらに空軍ヴァージョン以外は 短距離離陸垂直着陸 (STOVL) できること．
• XF-35 のほうが競争試作相手の Boeing のやつよりはカッコいいかな …… ってそういう問題ではないか． そもそも Lockheed はこれが受注できないと終り， と言われていたんで， そのあたりも配慮してるんだろうな．
• と昼すぎまで JSF でもりあがる． ばかだね．
• ああ， このままではまた夜間週末仕事できない症侯群にトラップされてしまう …… と思いつつ， 気分転換のためちょっと伸びてきた髪を切りにいく． いつものごとく第一京浜-環七交叉点の比較的に安い店． 30 分ほどで刈り上げ終了． 税込 2300 円．
• そのまま大森町商店街のほうにふらふらと歩いていき， カレー作成の材料買う． といってもいつもと同じような野菜買っただけだが． 途中で本屋によってみたり．
• 昨日， 某博士から下賜された ネパリバザーロ の野菜用スパイス一式でカレー作成開始． レシピ はここにあるとーり．
• いろいろと野菜の入ったスパイシーなカレーできあがり． コリアンダー，クミン，ターメリック，チリ，パンチフルナ， ガーリック，ジンジャー，ガラムマサラ …… なんかひさびさに複雑なる味わいの料理を作れた， というかんぢです． いつもの食事はだいたい砂糖・塩・醤油・味噌の 味つけで完結してるもんなぁ …… 香辛料めぐんでくださった某博士に感謝感謝．
• しかし今日は何も仕事せずに終ってしまった．
  • 朝 (0930): パンケイキ． コーヒー．
  • 昼 (1330): パンケイキ． 紅茶．
  • 晩 (2010): 米 1.0 合． ナス・タマネギ・ピーマン・トマトの ネパールカレー． うまい．

2001 年 10 月 28 日 (日)

• 0910 起床． よく寝るなぁ．
• フリーソフトウェアの日本語文書の LaTeX ファイルをダウンロードして 自宅プリンター (Epson LP-800) で印刷しようとしてるんだけど うまくいかない …… 先日から不注意な apt-get (rpm package の自動 update) を繰りかえしてるからそのあたりだろうな， と予測して調べてみる．
• ghostscript の出すエラーは VFlib (vector font library) まわりに問題アリとしてるんだよね …… 処理の流れにそってしらべてみたらわかった /usr/share/fonts/TrueType/alias-tt-*.ttc のシンボリックリンクが切れてる． これはもともと和田研フォントにつながってたものだけど， 新しい日本語フォント系統では …… /usr/X11R6/lib/X11/fonts/TrueType/kochi-*.ttf つまりフォントとしてはより上質な 東風フォント (こちふぉんと，これもフリーウェア) につなぐようになってるのか．
• よくわからぬままに /etc/vfontcap なんかも置き換えて (この /usr/share/fonts/TrueType/vfontcap.ttc で置き換えるワザは必要， とあとで確認した)， 日本語文字生成実験 …… よしうまくいった． まぁ， 安さがウリだった LP-800 で細かい文字を印刷してみても それほど字体が改善されたようには見えんけど． とはいえ， 見てくれの良い日本語 vector font が freeware として入手できるとはありがたい時代になったもんだ．

• …… うーん， 夜間週末こわれ症侯群．
• Perl の debugger が高機能な割には インターフェイスが貧弱貧弱で 日々激怒しておられるヒトもいるでしょうが …… なんと (というか，やはり，というか) GUI なモノがありました． Devel::ptkdb というモジュールなんだけど， Perl/Tk さえ事前に入ってればヨシ． ptkdb は POD ふくめて 4000 行ばかりのコードなので， インストールも簡単である． README に書かれてる 標準的な手順どーりに
  • perl Makefile.PL
  • make
  • make test
  • sudo make install
  で終り．
• この Devel::ptkdb がとくに重宝するのは sim_redpine (「ニセ」アカマツ) だの PopWave だのみたいにプログラムが複数のファイルに分割されてる 場合である． ディバッガー起動を perl -d:ptkdb sim_redpine.pl とするだけで， 関連するすべての Perl モジュールを検索して， 関数一覧を作ってくれるんだよね． この中から選んで ブレイクポイントなんかの設定やればよい．
• まぁ， じっさいどれくらい役立つかはまだワタシ的には combat-proof されてないけど …… 旧態依然とした perl -d sim_redpine.pl だの perl -de 0 だのにずいぶんと慣れてしまったからなぁ．
• またまたヘンなものに手を出してしまう …… Perl から OpenGL (Linux の場合だと Mesa という互換ライブラリ) 呼び出す Perl/OpenGL モジュール． OpenGL なんぞという面倒なものの場合そうなってしまうのか， CPAN にモジュール提供してるのが少し変わったヒトだったのか …… なんとひとつのファイル内に 10000 行以上もある OpenGL.c というファイルをコンパイルしなければならず， gcc も目を白黒させながら飲み込んでる， というふうである． しかも Mesa ではそのまま通らなくて何ヵ所か なおさないといけなかったり．
• おお， Perl スクリプトでこんな絵が …… しかし OpenGL 呼び出して絵を描かせる面倒は Perl スクリプトにしてみたところで あまり軽減されないような気もする． なんていうか， 悪魔降臨の儀式のごとくいかがわしいんだよね． 私はそのほとんどをまだ理解してない．

[Perl/OpenGL の Demo 画面]

• ということで， 三次元お絵描きはしばらくは POV-Ray 頼りな状態が 続きそう．
• 今日の食卓
  • 朝 (0940): 米 0.8 合． 昨晩のカレー．
  • 昼 (1330): 弁当． 米 0.8 合． 昨晩のカレー．
  • 晩 (1930): スパゲッティー． 昨晩のカレー．

2001 年 10 月 29 日 (月)

• 0700 起床．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0750 自宅発． 曇り． 特急に乗って 0801 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0830 京急上大岡発． 0845 研究所着．
• 朝からばかなことを …… 昨日自宅 ADSL 闇ルーター Mate に Perl/OpenGL いれてみたんで， 独房内闇ルーター BookPC にインストールしてみた． Mate では三次元計算した結果を ssh で暗号化してから ネットを通じて転送 (X Window System の得意ワザ)， それからまた鈍足の ThinkPad560E に描画させてるから とてつもなく遅かったんだけど …… BookPC の本体ぢかづけの液晶ディスプレイで見ると速い速い． 昨日のあの demo 画像 <エンタープライズ> がびゅんびゅん飛び回って視点もぐりぐり回転して …… 三次元リアルタイムゲイムそのものです． いやー， すごい． 三次元酔いになりそう．
• ついでにさらに蛇足ながら …… CPAN から Perl モジュール Term::ReadLine をダウンロードしてインストール． これで GNU の readline が使えるようになって …… つまりコマンドライン Perl debugger の性能が大幅に強化される， ということである．
• ちょーしにのって PDL (Perl Data Language) まで入れようとしたんだけど， これは大失敗． 1 時間の浪費．
• 出張関係の紙切れを三枚ばかり書く．
• (一言近況) 11 月 1 日- 6 日に北大にお邪魔する予定です． (2001.10.29)
• などとやってるうちに午前終了． いやはや， と昼飯．
• M$ の新しめの売り物である 2000 だの XP だのが printf "\t\t\b" だけで OS ごと死亡 というニュースが土曜日ごろから流れている …… OS 中核 (カーネル) に端末処理なんぞやらせて セコい高速化を目論んだりするからこうなる， という教訓でした， と高速化で失敗しがちな私は理解した．
• 「ニセ」アカマツ， 次の作業は他の文献との関連づけなんだけど …… 文献リストどうしよう． とうぜん自動生成するわけだけど， どういう方法がいいかなぁ …… いままでは， 何というか使い捨てデータベイスみたいなものを 作ってたんだよね． それよりはもうちょっと改善できないものか， と先週末から思案中なのである．
• LaTeX と連動する BibTeX という .bib データベイスから清書コード生成する プログラムについて調べたり， 動作実験やってるうちに， 今回はなんとなくこれでいくことにした． .bib データベイスは使いまわしはできるみたいなんで． どうせ何もかもテキストファイルであるから Perl なんかで好きなように加工してしまえばいいんだけど．
• 委細かまわず Makefile 書き換えて本文と文献ペイジが自動的に連動するようにする． 問題は， あとから .bst ファイルなる投稿雑誌にあわせた スタイルファイルをどこかから見つけてくるか， 自分で定義しないといけない， ということ． それはまぁほっといて， まずは文献群の .bib データベイス構築しなくては．
• ところでどの文献をひくべきだろうか …… このあたりはふだんの不勉強がたたるところだな． そもそも今まで樹木個体のモデリングについて 何も書いたことない． たぶん偏った引用になるだろう． さらに「ニセ」アカマツは (どっちかってーとあまり良くない意味で) 「独創」的だから他の研究と表面的な関連がみえないのである． また， モデリングばなしだけに終始するのも多分マズくて， OTC 曝露実験にも言及必要だろう …… まぁ， こちらもまた小林さんにおまかせ， という方向で．
• 菊沢さんから科研費の申請書類が送られて来たんだけど， なんと「研究代表者」の名前が私に …… もちろんそんなハズはなく， むこうの事務担当のかたの書き間違いである． 連絡メイル．
• .bib データベイス (テキストファイル) 作らねばならん． テキストエディター vi で書いてもよいのだけど …… Perl で簡単な入力用インターフェイスを作ってみる． いまのところはテキストベイスのもの．
• 私はユーザーインターフェイス構築の経験がほとんどなくて， しかしこのように簡単なしかけでさえ 「ああ，インターフェイス …… めんどう」 となかなか着手する気になれなかった． 今回の週末やる気ナシ症侯群の一原因である． とゆーのも， ユーザー (この場合は自分だけなのに!) なる制御不可能で正体不明の部品が 何やらワケのわからぬことやったら， こう対処する …… とか考えるのがたいへんそうに思えるんだよね．
• テキストインターフェイス構築のしんどさを軽減するために， さっそく Perl モジュール Term::ReadLine 使う． 入力のサブルーチンの概要はこんなかんぢ．

	use strict;
	use vars qw( $term );
	use Term::Readline;
	$term = new Term::ReadLine 'BIB file writer';
	sub input_item {
	        my ( $prompt, $item ) = @_;
	        my $stdin = $term->readline( sprintf( " %-8s= ", $prompt ) );
	        return 0 if !defined $stdin;
	        return 0 if $stdin =~ m/^\s+$/o;
	        $$item = $stdin;
	        $term->addhistory( $stdin );
	        return 1;
	}

実際の関数はもう少し変なコードが混じっていて …… たとえばフランス人の名前とかで e の上に ' ついてる字が使われてたりするけど， これは LaTeX では \acute{e} …… このバックスラッシュ (端末によっては円記号に見えてるかも) を回避する工夫とか (正規表現使った置換とかでややこしくならぬよう)．
• などと Perl スクリプト書いたり， 試験運転したり改良したり …… で終ってしまった． どうせたいした量ない文献データの 入力にかかれそうな体制にして 1755 研究所発． ちょっと雨． 普通に乗って 1805 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1810 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1830 京急川崎発． 1900 帰宅．
• ああ， また ThinkPad560E の AC アダプターを 独房内に置き忘れてきた． 自宅ではこいつの LCD が唯一の画像表示器なんだけどなぁ． えーい， なんともぼけてる．
• ということで， 晩飯食ったあとにぎょーむ日誌なんぞ書いてしまえば 電池残量 36%， 推定使用可能時間あと 39 分． 今日はさっさとこいつはアップロードして 計算機は止めてしまおう． 文献の取捨選択でもやるか． それから早寝早起き， と．
• 今日の食卓
  • 朝 (0710): 米 0.7 合． ネパールカレー．
  • 昼 (1215): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1920): スパゲッティー． ネパールカレー今回はこれでおしまい．

2001 年 10 月 30 日 (火)

• 0700 起床． 早寝早起きとはならなかったか． 良く寝たけど．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0745 自宅発． 曇り． 特急に乗って 0754 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• 独房群複写機をつかって文献コピー． 両面 50 枚ほど．
• わかりやすい表現を重視する鈴木牧先生から 「ニセ」アカマツ原稿のわかりにくいところ ご指摘のメイル． うーむ， 参考になります．
• 演算子 `::' はたしかにね …… よくわからぬ習慣によって， この `::' は C++, Perl, Ruby などでは名前空間を限定して 名前を探すのに使ってるんだよね． 呪われ C++ 用語ではスコープ解決演算子．
• あるモノの属性を表現するのに使われるのは `.' かなぁ． これも根拠不明な習慣だけど． stem.length とか． たぶん C の構造体あたりからの故事来歴か?
• よく使われる言語の中でクラスという概念を持ちながら `.' を用いて属性だの呼べないのは …… ほかならぬ「ニセ」アカマツを記述してるケガれ Perl なんだよね． Perl は「文字列の接続」に `.' を使ってしまったんで． ということで， Perl では stem->length (正確には $stem->{ "length" } あるいはけぢめを重視してるなら $stem->Length()) というふうに書かれる． しかし次世代の Perl6 ではこれ ヤメるという話 もある．
• うーん， 主流派ということになってるらしい `.' 記法 (ざっと調べたところ， C++, Java, Python, Ruby, VisualBasic …… などなど) に迎合して stem::length を stem.length というふうに置換してみるかな． とくにわかりやすくなるわけではないけど．
• 変数に単位つけたらと言われたので， これも試行してみる …… なんか特定の単位にしばられてるみたいで ちょっとイヤだ． 長さなんてÅ (オングストローム) でも天文単位 (約 1.5 億km) でもなんでもいいぢゃん．
• 午前中はそのようにうだうだとした直しで終ってしまう． 昼飯食いながらニュース見てると …… 炭疽菌が政府職員以外にも感染， か． Hamilton て聞いたことあるような地名だな， とネット上の地図を調べてみると …… わ， けっこう Princeton に近い．
• 九大演習林の 田代さん から BibTeX 情報いただく． 試してみるとこの emacs の BibTeX モード， けっこう手軽なんですよね． ありがたくもメイル転載のお許しをいただく．

	日記を拝見しまして。BibTeXを使い始められたとのことで。たぶんご検討済み
	だとはおもいますが、emacsのBibTeXモード便利ですよ。

	C-c C-e C-a template生成
	C-j 次項目へ
	C-c C-c 終了・キー入力へ

	これだけで結構使えます。キーを自動生成してくれるのがなかなかイイです。
	まぁご自分で書かれた入力スクリプトの方が使い勝手はいいと思いますが。

	私は最近文献にはタグシールをつけて、これにBibTeXのキーだけ書いて、その
	アルファベット順に文献を並べるよーにしてます。すると著者順に並んだりし
	て人間的であるにもかかわらず、データベース親和性も高くてナイスです。

• 文献よりわけにかかるわけだが …… こいつらがおもに引用されるであろう導入の構造を 少しメモしておく． 方法論モノのつねで (私だけか?) 安直そのものである．
  • 近年， 環境制御下の野外実験的な手法が重視されており …… そこから得られたデータを 生態学的な文脈で評価する方法論が必要とされている．
  • 樹木の functional-sturcutural 連係モデリングは ますます発展しており …… ただしこの構築には詳細な構造データと 動態に関する知見が必要とされ …… どういうデータにも対応できるわけではない．
  • 一方で旧来型の一次元的なサイズ構造モデルは 単純化において過剰であり， 観測データのもつ情報をじゅうぶんにいかしていない．
  • 観測データに含まれる構造に配慮しつつ 複雑すぎないシミュレイションモデルの開発を …… 所与のデータ構造の制約のもとで 実現しうる最も現実的なモデルの構築と その評価を試みる．
  とでもしておけばよいのである． こういうふうに非専門家に理解されるような 簡単な背景説明ができるように， 「ニセ」アカマツは作られてきたのである． 当前のことながら．
• ということで， 必要な文献は
  • 植物の野外実験モノ．
  • 分野最先端な functional-structural モノ．
  • 教科書的な一次元モノ．
  となる．
• モデルの文献はかなり手元にあるし (じつは自分で見つけたものは半分未満で， 多くは小林さんが探して送ってくださったものであったりする)， 実験方面についてはこれまた小林さんにおすがり状態だから …… とりあえず手元の文献を整理すればよいのである．
• で， 夕方までかかって， いろいろな論文コピーなどながめては 「うーん，使えん」 などともっともらしくうなってみたり， 紙束を右から左に移してみたり ……
• ほとんどの文献は「ニセ」アカマツと何の関係もないんだよね …… なぜかといえば， このシミュレイション開発プロジェクトの問題の立て方が 良くも悪くも原始的であるからだ (私の場合，だいたいそうなってしまうんだけど)． 上の導入をみればわかるとーり， 既存のモデルにある特定のデータ構造をうまく「通せる」 かどうかなんて …… そんなのはうまくいくわけはない．
• 真面目な連中はここで無理にあわせようとすると あれこれもっともらしくなるような (しかし，たいていの場合たいしてうまいと思えない) 言いわけを創造する必要にせまられる． だけど「ニセ」アカマツは そんな窮屈なことはイヤだと逃げ出してしまったから， ひどく「素朴」になった代償として 他のモデルとのつながりが切れてしまったわけだ．
• …… などと言ってみたところで 誰にとっても嬉しくないんで， もうちょっと考えねばならんのだろうな． 今日のところは撤退． 1800 研究所発． 普通に乗って 1815 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1820 京急上大岡発． 買い物などして 1910 帰宅．
• なんとなく仕事する気がしなかったので， Perl/Python/Ruby を比較して遊ぶ． というより， 比較ペイジを探してネット上でうろうろしてた 時間のほうが長かった．
• ケガれ Perl を最悪の汚染から救ってる use strict; に該当するものは Python/Ruby にあるか …… とあちこち検索してみた． どうも見つからない． しかし， これはあれこれ読まずとも， 手元で実験してみればすぐにケリがついてしまった． どちらのインタープリターでも 初期化してない変数を使うとエラー出た． おお． つまり use strict; つけないとエラー出してくれない Perl のほうが異端なわけね．
• 前から気になってる永続オブジェクト問題 …… Python では標準ライブラリ pickle 使えばよい． Ruby にもそういうシリアライザー (永続オブジェクト生成機構をこう呼ぶらしい) あるのかないのか …… 標準では無いみたいだけど誰か作ってるみたいだな．
• そうか， SOAP (Simple Object Access Protocol) とゆーのは XML を使ったシリアライザー構築を可能にするプロトコル， と考えてもいいのか．
• この Java プログラマーのための C 言語入門 …… すごく笑えます． Java も標準ライブラリにシリアライザー持ってるみたいね．
• などなどと役に立つのか立たぬのかよくわからぬことばかりを でれでれと調べて回る．
• あ， 11/1 札幌行きの航空券とかまだ取ってなかったな． そんなに朝早くなくてもいいんだろうけど． 明日でもいいか．
• 今日の食卓
  • 朝 (0715): 米 0.7 合． サントウサイ・タマネギ・エノキダケの炒めもの．
  • 昼 (1215): 弁当． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1930): 米 0.7 合． 朝と同じ．

2001 年 10 月 31 日 (水)

• 0700 起床． ややねむい．
• 朝飯・弁当の準備． 冷蔵庫のなかでなぜかゴマ油のびんが転倒していて …… そうだな， 甚大な被害． 朝から呪われている． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0745 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0754 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• 明日の北海道行きの航空券をネットで予約を試みる． なんとなく AIRDO にしてみる …… けど， またまた呪われてしまう．
• まず Netscape Navigator 4.78 (stand alone) for Linux では まっとうに動作しない． しかもクレジットカードの番号までいれて最後の操作で …… css が見つからない? つまらんバグ残存させたまぬけペイジを天下にさらしてるなあ．
• しょうがないんで， web ブラウザーを Galeon にきりかえる． これは Netscap6.x の原型の Mozilla 0.9.5 の中核部だけを 流用したやつで …… う， 日本語がはいらん． sudo apt-get install galeon で最新版にしてもダメ (ついでにいうと独房群はネット上でも社会から隔離されぎみなので， ダウンロードに時間かかる). じゃあ， もとのもぢらは使えるか …… やはり同じ症状． どうなってんの?
• えーい， 最後の手段， 頑健このうえなしのテキストブラウザー w3m ならどうだっ …… だめだ． w3m で使える SSL では予約ペイジに入れん． ということで AIRDO やめ．
• しかし JAS の予約システムも呪われぎみ …… もいちど AIRDO にもどってつらつらと眺めてみる． 問題の原因わかってきた． うまくいかないのは Galeon/Mozilla の未成熟というより， AIRDO の web ペイジの腐り加減にもとめられるようだ． いやはや， なんでまた EUC と Shift-JIS という 複数の日本語文字コードを混在させた 航空券予約ペイジなんぞ作っちゃうわけ?
• かなりの英雄的努力の結果， 無理矢理に Galeon 経由で予約とる． その手口を書くのがイヤになるぐらいだ． はたしてうまくいったんだろうか …… メイル連絡こないな． 明朝までになんとか予約すればいんだけど．
• この日本語文字コードごたまぜペイジというのは よくやる間違いといえるだろう． とくに CGI プログラム使ってるようなサイトにありがち． 見てくれをデザインするヒトとバックエンド作るヒトの 連携がうまくとれてないんだろうな． それでも Vine Linux の NN4.78 みたいに極度に「日本語化」された ブラウザーはそういうキメラペイジ でも強引にコードそろえて表示するから 普段はなかなか気づかないんだけど (あとで自宅で実験してみると Mozilla-0.9.4 の中核使う Galeon だとこういうキメラペイジも表示した)．
• 文献つらつらとながめる． 朝から妙なことばかりあったせいか， はかどらないような気がする．
• 昼前にようやく AIRDO からメイル連絡． やれやれ． しかし面倒なことになってるな．
• 昼飯食ってから， 不本意ながら AIRDO の窓口に電話かけて， 二重に入ってる予約を直してもらう． 先方は検索速度のあまり速くないデータベイス使ってるようだ． ともあれ， なんとかなった． 明日は 1025 羽田発． 1155 千歳着．
• 枝先モデリングの権威たる 牧さん からのメイルをいただき， 「ニセ」アカマツ書きかけ原稿についてご指摘多数． ああ， 精密誘導兵器によるピンポイント爆撃のごとく要衝が次々と …… いろいろと直さなくては． どうもありがとうございました．
• 諸論点を私なりに整理し直してみると，
  • でっちあげ概念 rank と 植物生態学でいう頂芽優先 (apical dominance) の違いをはっきりさせる．
  • 用語の整理． 「ニセ」アカマツにおける growth, elongation とは何をさすのか．
  • 観測データから根拠の示せない 関数型をどうあつかうか． とはいえ， 同じような結果をならべるのもなぁ． 何か策ないかな．
  • ばらばらになった個体をランダム (無作為に) に組み直す方針の正当化 …… というか棄却されなかった帰無仮説であるかのように 開きなおる．
  • パラメーター推定における「死亡ナシ」前堤の補足 → 観察例なしの枯れ上りに関して， 資源収支の観点から正当化．
  • 「計算しなくてもわかる」 ことを示すための計算である， というのをさらに補足． これを側方から支援するための 個体間のばらつきを示す Table の追加． これも背理的に 「こんなにばらついているのに」 と使う．
• ぢりぢりと直す． いろいろと問題はあるけど …… たぶんまだ明晰ではある．
• つまんねー書類に関連する雑用連絡に拘束されて 独房群からなかなか脱柵できない． 結局， これは明日以降の処理になったんで， ここの事務のかたに対応していただけるように準備． 1930 研究所発． 普通に乗って 1940 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1950 京急上大岡発． 2000 京急横浜着． すごくワンパターンなんだけど 横浜駅地下食料売場舟和芋羊羹あんこ玉詰合せ． 2017 京急横浜発． 普通に乗り換えて 2030 京急川崎発． 2055 帰宅．
• 羽田空港でも芋羊羹を入手可能， を示唆する情報をネット上でみかける． 明日そのへんを調査してみようかな． いつもコレばかりでまことに芸が無いんだけど …… しかし食欲に不足のない豪者の謂集する あの講座にもぐりこむにあたって， コンパクトでありながら 「ずしっ」と重いこの浅草銘菓は まことに心強い信頼に足る味方といえよう．
• なんか「残業」なんぞすると生活周期がズレるような気がするな． ばて感あり． 明朝はのんびりできるんだけど．
• 今日の食卓
  • 朝 (0710): 米 0.6 合． サントウサイ・タマネギ・エノキダケ炒めもの．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (2120): 米 0.4 合． 残りもの処分． サントウサイ・タマネギ・エノキダケの雑炊．