ぎょーむ日誌 2000-10-(11-20)

2000 年 10 月 11 日 (水)

• 0750 起床． ありゃりゃ． 目覚しの調子が悪いんだろうか． まぁ， 間に合うだろうけど．
• えーと， 昨晩は 2230 ごろにいっぺん寝て 0030 ごろ起床． それからまた眠れなくなって 0500 ごろにまた寝たかな． 体内時計， どうなってるんだろうね．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． ラジオのニュース． 日本人がノーベル化学賞． 伝導性のプラスティック素材ですか． ふーん． コーヒー飲みつつ．
• 0815 自宅発． 晴れてるのか曇ってるのか． うー， 眠い． 0832 東京モノレイル流通センター発． 浜松町の気温 21 ℃． なんか気温高いな． 0850 研究所着．
• 小川モデリング ofr2000 も佳境に入りつつあり， コードをだーっと書くことも多くなってきた． そこで BookPC につないでる鍵盤を OKI の Mini Keyboard II (MKII) から PFU の Happy Hacking Keyboard (HHK) に取り換えてみた．

[小鍵盤二枚流]
上が OKI の MiniKeyboard II で下が
Happy Hacking Keyboard．どちらも小
さくどちらも US 配列で [Ctrl] が [A]
の左にある．えーと，上が 10K 円で
下が 30K 円 (買った当時の値段)．

• BookPC に MKII つないで使っていた理由は 「トラックポイントがついてて便利だから」． 私はマウスなんかがあまり好きではないもんで． キーボードから手を放すのが面倒なのである． その点， この ThinkPad ふうな MKII は良いんだけど， いかんせん (値段は安くはないのに) 造りがちゃちで 押し込んだキーが戻らなくなったりして， たくさん打つと入力間違いが増える．
• MKII はひっかかりつつ入力するかんじであるのに対して， HHK のほうはさらさらと流れるように 打鍵できてしまう． とてもキモチいい． 申し分なし． 高級鍵盤です (ただし値段が高い理由はこれ一台で PC・Macintosh・Sun の 3 アーキテクチャーに 対応してるためでもある)．
• マウスも持って来てつけてみたんだけど， 壊れてるらしくてちゃんと動作しない． しょうがないんで持ち帰る予定だった MKII のトラックポイント機能だけを活用することにした． すなわち HHK で打鍵し ポインターを動かすときは MKII に手を伸ばす， という図式である．
• ネット上でノーベル賞関係のニュースなど読む． 伝導性ポリマーの研究ってのは すでに 20 年前のものか． どうでもいいが この賞って最近は老人に与えられることが 多いな． たとえば 今回の物理学賞・医学生理学賞なんて 6 人全員 70 代だし． 化学賞も全員 60 代以上． それを考えると利根川進なんて 比較的若いうちに受賞したわけだ． あ， そうか． 当時は分子生物学という学問が 若かったのだ．
• 分子生物学に限らず 科学はしだいに老化しているのである． いろいろな意味で． ひとつに 老人が支配する世界になるんだろう， という気がする． とくに ここにいるとそう思う．
• じじい支配への 私自身の対抗策としては 「金のかからない科学者になる」 というぐらいしかないな． モデル屋やってるのも free のソフトウェアしか使わないのも 偶然というだけでない． 建造費だけで 72 億円の 阿房宮な計算機など使った研究など 誰がするもんか (蛇足注： 始皇帝が造営を命じた阿房 (傍?) 宮は 阿呆の語源という俗説あり)．
• ともかく金のかからない小川モデリングの続きだ． Forest-Quadrat-Tree の結合はできたけれど， それぞれの中身がすかすかすぎて 今のところパラメーター推定にも使えない． えーと， サブモデルの plugin モジュールを 読ませるようにして， 地形計算を呼び出す関数を書いて ……
• あまり進捗しないうちに午前中終わる． 腹減ったんで昼飯の弁当食べる．
• 札幌市から国民健康保険の残金納付しろ とうい執拗な督促に屈っして支払いにいく． 1240 研究所発． まず近くの銀行 ATM で金おろす． つぎに大門の交差点をわたる． まっとうなツトメ人ふうの人が 群をなしていますな． 浜松町郵便局で また 10 分ほど待たされる． で， 25200 円が北海道に飛んでいく (心象的には)． これは今年の 4-5 月分である． (この期間は札幌に住んでいたから)． 1300 研究所にもどる．
• 札幌には 2 年 2ヵ月いたわけだが， その間に国民健康保険料として 合計 60 万円近く支払ったことになる． ま， 私の場合， 直接支払わなければならなかったんで 「たくさん取られた」 感あるわけですが．
• その間に医者にかかったのは …… 苫小牧演習林で 野外調査のお手伝いしたときに ウルシにかぶれたんで， 地環研前の中野医院 (皮膚科) で 10 秒の診察うけて 1 本の塗り薬チューブもらった ぐらいなんですが．
• いや， 医者に行けば行くほどおトクです， というモンでもありませんけどね …… しかし， 医療費増大したら ますますこういう負担が増えるんだろうか． ヒトのメンテナンスには金がかかるなぁ．
• ちょっと迷ったんだけど 小川のシミュレイター系のパラメーターも 推定系の Parameters クラスを流用してみる． こうすれば Plugin モジュールが すっきりとする． しかしこの Parameters クラスってのは 最尤推定に最適化してるんで， ちょっとごてごてしてるんだよね． たぶん将来的には 単純化した Parameters を基底とする MLParameter クラス， というふうに分離したほうがよさそう．
• …… と思ったんだけど， 現状ではやはりあまりにも 最尤推定用に偏りすぎている構成だ． 改造がたいへんそう． ちょっと やりかたを変えよう．
• あまりカッコよいやりかたではないんだが …… 必要な値だけ並べた vector<double> を Parameters に提出させて， それを太さ-高さ換算計算関数に 渡すことにする． そうするとシミュレイター系の Tree クラスからも 同じ型の引数を使って 換算関数を呼び出すことができる．
• ただし速度は落ちる． 全 24 樹種の d-h パラメーター推定するだけで 76 秒もかかっている． これは BookPC (Penutium III 733MHz) で計測した値なのである． 遅すぎる． 最尤推定やってるから遅い， というのと私のコードがへっぽこだからノロい， というふたつの問題がある．
• ポインターで渡せば速くなるかな …… しかし ( *parameter )[ 0 ] みたいな書き方は見苦しいので parameter->at( 0 ) と書こうとしたところ， インストールした lib_stdc++ では at() 関数が 定義されてないとわかった． at() って標準じゃなかったのかなぁ．
• ポインター渡しにしても 同じ時間かかるか． ということは vector 複写の回数が減っていないな． 参照渡し ? いやそれができない状況なんで …… いやいや， ちょっと待て ! もとの Parameters クラスに vector 保持させておけば 参照渡しが可能か． 試してみよう．
• おおっ!! 計算時間が 76 秒から 34 秒に短縮された! わーい． えーと， 太さ-高さ換算の尤度関数に渡しているのは Parameters と Sample なんだけど 後者はすでに参照渡しにしてるから， ここはもう速くならないな． 参照渡しでコードもすっきりしたし．
• さーて， Tree クラスから Plugin 関数を 読めるようにしていく． ああ， これでようやく 「エスティメイターとシミュレイターで 同じ dynamic loading 関数を共有する」 が実現できそうだ．
• と思ったら「小川本原稿直せ」郵便が送られて来た． みょーに分厚い封筒． ああ． ちなみにこれは ofr1999 という ヴァージョン (?) のモデルについて 紹介しているのである．
• なんか説明が足りないとか考察が足りんとか …… さらに 他の章との関連も考察しろ， と． 封筒が分厚いのは他の章のドラフトも 含まれているからであった． 一冊の本にするには 当然の要求とはいえ， これを読まんといかんのか． とほほ． 何しろ私などは一番「下流」の シミュレイションねただからなぁ．
• しかし「科学」の小川シミュレイター解説を 書かねばならぬ段階で 良質な資料がまとめて入手できた， とも言える． えーと …… 「お互いの内容について， いろいろと連絡とりあっていただけると ……」 「できれば年内にはもう一度 Springer に ……」 とゆーことは …… 「急がなくてよい」 そういうことですね． そうに決まっています． ええ， そうですとも．
• …… とういことで， すでに 〆切が二週間後にせまった「科学」解説を優先し (つまり 今やってる ofr2000 の作業を続行する ということ)， 「小川本」についてはそのあとでいいや …… ってホントに大丈夫かな ?
• 帰宅可能時間まで Tree クラスから plugin モジュール関数を使えるような コードを作りこんでいく． 1750 研究所発． 新しい椅子を買ってからというもの 自宅で仕事するのがすごく快適になった． ThinkPad しか使えないんで 計算力の点では難があるけれど， それ以外では大森の我が家で仕事するほうが よほど快適である． 1806 東京モノレイル浜松町発． 1847 帰宅．
• 晩飯食って， ぎょーむ日誌に鍵盤話を のんびりと書いたりする． 自宅では ThinkPad560E についてる キーボードを打つことになる． このサブノート PC の鍵盤， というのが またデキが良ろしいのである． かなり快適で官能的． しかもトラックポイントつき．
• 小川モデルの Tree たちに 新たな装いを付与するコードが じりじりと ……
• 今日の食卓
  • 朝 (0800): 米 0.6 合． チンゲンサイと卵を炒めたもの．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.6 合． チンゲンサイと卵を炒めたもの．
  • 晩 (1930): スパゲッティー． ニンニク・トウガラシ・タマネギを 炒めたソース．

2000 年 10 月 12 日 (木)

• 0720 起床． 寝た時間帯は 2230-0030 と明け方の 0530-0720 というところか． どうしてまとめて眠れないんだろうね． 努力はしてるんですけど．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー． ひげそり． あいかわらず目は真っ赤． コーヒー． ラジオのニュース聞く． いまごろになって 「バケツでウラン」 の会社関係者が逮捕されてるよ．
• 0805 自宅発． 晴れ． 今日は気温が高くなるらしい． 都内では 30 ℃とか． さすがは流刑地． あ， 今日はゴミの日か． いやゴミはもう出した． 今朝の 0430 ごろに． 0822 東京モノレイル流通センター発． 浜松町の気温 22 ℃． 0840 研究所着．
• (一言近況) 近ごろは 小川モデリング 2000 年度 改築工事を進めています． 森林モデルとしてはともかく， 推定・シミュレイションシステムとしては なかなか改善されてきたんですが …… 例によってドロ縄仕事なんですよね， これ． (20001012)
• とりあえずシミュレイション系の Tree から 最尤推定系で使った尤度関数 (に含まれるサブモデルの計算関数) を「召喚」してやるコードはできた．
• まず， とりあえず変換したデーターを読ませて (ほぼ) 元どーり吐き出すところまで持って行くか． 開空度計算を呼び出すのはあとでもよい．
• C++ なシミュレイターコードと Perl な変換スクリプトの間を 行ったり来たり． どんなプログラム構築でも， 未完成な入出力まわりは 触っていて不安になる． いまのところ鍵の壊れた家に住んでいるような気分． 早くこのあたりの 「守りを固めて」 ココロの平和が実現するような環境を 構築しなくては．
• 電話娯楽に興じる連中うるさい． それらの内容はおおむね 「音声を用いたデーター複写」． 右から聞いて左に流す． つまり伝言ゲイムで遊んでいるのである． ofr2000 のややこしいデーターやりとり部を 書いてると， こういう熱力学・情報理論双方の観点から 効率の悪く粗雑なデーター転送が気になる． 解決策はひとつ． 当方が さっさとこの面倒な部分を終わらせればよい． ああ， もちろん 3 メートル横にあるついたてのむこうに 破片手榴弾一個投げ込めば もっと抜本的なんだろうけど．
• ちょっとうまくいかないので， ひと休み． 昼飯の弁当食う． めぼしいニュースないなぁ …… この SpaceSaver Keyboard II (US) を 前々から狙ってるんだけど， この出品者ドノは値段を全く下げずに 何度も出して来るんだよね (そしていつまでたっても誰も入札しない)． いくら何でもこの値段ではね．
• ちなみにいま打鍵してる Happy Hacking Keyboard は 3 年ほど前に 3 万円 (当時の値段) で買った． そのときは完ペキに酔っ払っておりました． はい． 人間というのは飲むと金銭感覚マヒするんですよね， きっと． ということは …… 酒税を下げる → 酔っ払いが増える → 物欲にかられた衝動買い頻発 → 景気が回復 ?
• 入力は Filereader クラスが 比較的まっとうな処理をしてくれるけど， 出力のほうは原始的なままだ． このあたり， いずれはきちんと直さんといかんのだろうな． 元の Pasoh コードは原型を失いつつある． まだまだ設計が良くなかったということなのだろう． なにもかもまだまだ開発途上．
• どうも入力→出力試験をやってると， Plugin モジュール周りでコケている． あ， しまった樹木ごとに動的ローディングやってたらダメだ． static な変数にすべきか ? いや， どうせ Plugin モジュールを探りあてる情報 (ディレクトリー構成など) は Forest に集約されてるんだから， Forest で生成してみるか．
• …… という移管作業はできたようなんだが， こんどは Forest に集約した Plugin サブモデルモジュールたちを Tree で呼ぼうとすると コンパイルエラー． コンパイルエラーということは かなり単純な思い違いをやってるハズなんだが …… 何が問題なのだろう．
• 周辺ではエントロピー急増を伴う伝言ゲイムが続行中． ま， こちらも Forest-Tree 間の 伝言ゲイムがうまくいかんので苦闘してるワケで， 似たようなもんか．
• かとー先生 からここで公開してる Bookmarks が 文字化けですよ， ご指摘． う， しまった． 新しい vim の文字コード判定を誤用してしまった． 慌てて直す． ついでに予防策．
• コンパイルエラー， つまらん原因だった． 理解不足の馬脚を露呈してしまった．

	PluginSubmodel* plugin_height, plugin_growth;

と書くとマズいんですよね． plugin_height はポインターなのに plugin_growth はナマのオブジェクトになってしまう． 両方ポインターにしたければ， たとえば，

	PluginSubmodel *plugin_height, *plugin_growth;

とか

	PluginSubmodel* plugin_height;
	PluginSubmodel* plugin_growth;

こういうふうに書き直せば OK．
• 上の書き間違いは tree.h というファイルの中にあるんだけど， エラーは tree_constructer.cc という別のファイルにあるかのように 表示されたんですよね． たしかに今回の事例では コンストラクターの中で 問題発覚したワケですが …… なかなかつながりを連想できなかった．
• 一歩ずつ前進． ま， このあたりは ロールプレイングゲイムのたぐいと同じなのかも． 倒した怪物は自分の手下にできるし (ポケモンかい)．
• さーて， ついに面倒な敵の中ボス (予想される面倒を勘案すると， あるいは最終ボスか?) にぶちあたってしまった． 地形を積木に変換するところが うまくいってない． この部品は継承という 慣れてないワザで作り出したモノだからなぁ． しかも単体試験が十分ではない． 手抜きのむくいだ．
• 胃が痛む． 周りの雑音が気になり始める． また手榴弾がほしくなる． いかん． 時刻は． よし帰ろう． BookPC と ThinkPad の間で同期をとる．
• 1745 研究所発． 1816 東京モノレイル浜松町発． はい． 本屋 dan でふらふらしてました． そう， こーいう弱まり状態では ふらふらと …… ああ， 開空度の計算とか抜本的に直すとしたら …… というような すぐには実現不可能な逃避にハマってるんですよね． 近頃のゲイムで多用されているポリゴンとかどーだろ， とか． ああ， 三次元空間の中を三角形の破片が無数にちらばる． 破片が視線上にあるかどうかを判別せよ． 直線と無限平面の交点． 一次射影． 交点は領域の内側にあるのか外にあるのか ? えーとえーと， …… 一元連立方程式解いて求めた係数が正であって 和が 1 以下なら OK …… ああこっちのほうが簡単なのかも …… いやそんなはずは …… などと白濁ぎみの脳内で 白昼夢をもてあそんでるうちに帰宅． 1855
• 晩飯食ってから， 緑茶飲みつつ上の白昼夢について書いていると， ポリゴンのアタリ判定って 実はスゴく楽なのではないか， という気になってくる． 交点とか面倒な計算やる必要はない． 三角片なら視点から三頂点へのヴェクトルを出す． この三ヴェクトルを用いて 「視線」半直線上のどこかにある点を合成． これは一次三元連立のはず． ヴェクトルの計数が正であれば「視線」は 三角片のどこかを貫通してる …… うーん， きっとこんなに安直なはずはないよな． どこかに穴があるに違いない． また時間ができたらゆっくりと考えよう．
• この説明では読んでる人はわからんだろう， と思って tpng (draw ソフトウェア) を起動しようとすると …… なぜか X ごと落ちる． あれ ? こないだまで うまく動いてたのにな． なんか近ごろ X のライブラリーとか 入れ換えたっけ ? まぁ， 新しいパッケイジを明日にでもダウンロードするか コンパイルすれば治るんだろうけど．
• ということで図無し． 現実逃避も期せずして中断． ふたたび 呪われコードと再びキビしい対面． 逃れることはできない． 他ならぬ自分自身で作り出したモノじゃないか．
• BookPC と ThinkPad の間で なぜかバイナリー互換性がない． コンパイラーのヴァージョンの違いか? 変だな．
• …… コーヒー飲みつつ voxel_topo.cc を中心に調べる． あ， 目玉 (eyes) のやつ， 地形積木を初期化してない． 奇っ怪な挙動の原因のひとつはこれだ．
• 読み直していくうちに， しだいに地形→積木変換の方法を思い出してくる． このあたりは 知床→Pasoh シミュレイションのアイデアを そのままひきずっている部分がかなりある． 新しいところは試験運転が足りない．
• なんともキモチわるい変換なのである． このあたりは． キモチ悪さに恐怖しつつ (自分では安全設計のつもりで) 冗長なというか意味不明な安全策をとったりしている．
• これは直すべきだろうな． いや， 直して大丈夫なんだろうか．
• 2255 よーやく 「呑んだものをそのまま吐く」 という状態にまでこぎつけた． ふう …… おお， なんか未熟児の子供が危うげながらも 産まれたような気分， だろーか．
• まだまだ前途遼遠．
• 2330 ちょっと食糧などの買いだし． マルエツなら 0000 まで開いてる． さて， 何を買おうか． いろいろな野菜が「89 円セイル」というやつの 対象になってるな． よく見ると． 王監督 (背番号 89) に感謝しつつ ニンジン・タマネギ・サツマイモ・キャベツなど買う．
• 帰って来てまだコードに向かう．
• 今宵は何時に眠れるのだろうか．
• 今日の食卓
  • 朝 (0740): 米 0.6 合． キャベツ・シイタケ・油揚げの炒めもの． シイタケは干したのを戻した (戻し汁も活用)． あ， 「例の」トウガラシも入ってる． これでようやく使い切った． やれやれ．
  • 昼 (1230): 弁当． 米 0.6 合． キャベツ・シイタケ・油揚げの炒めもの．
  • 晩 (1915): スパゲッティー． ソースは朝の残り．

2000 年 10 月 13 日 (金)

• 0750 起床． お， またまたぎりぎり． えーと昨晩は 0200 ごろに寝て， 明け方起きて， しばらくしてまた寝た， というパターンだったかな． しかし今週の平日の中では最もよく眠れた．
• さーて， 時間ないぞ． こーいうときに限ってトイレの水洗機構 壊れる． 緊急修復． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． ここまでか．
• 0816 自宅発． どんより曇天． 少し肌寒い． 0832 東京モノレイル流通センター発． 斜め前に座って文庫本を真剣に読む若い女性． 吉川英治「宮本武蔵」． いったい何があったんだろうね． 浜松町の気温， 15 ℃ですか． 0850 研究所着． ほら，ね． 間に合ったでしょ．
• 毎週のように北大理学部から怪しげなセミナーの 案内が送られてくるんだが …… どうも先方で勝手に登録されたメイリングリスト (というよりエイリアス) 経由で 送られて来るようである．
• 今までは私の鉄壁の 「縦深メイル防御網」 の第一の防衛線である procmail で 自動削除 (/dev/null 送り) してたんだけど …… どうも気になるんで永久に煩わされないような 最終的な対策をとることにした．
• 過去のメイル数千通を grep で検索． 数秒で結果出る． なるほどここに問い合わせればよいのかな． 管理者らしき人物を特定して その人にメイルを出す．
• BookPC の kubolib と ofr2000 を update して 作業続行． まだまだ入力→出力試験が続くのである．
• ヒマになった ThinkPad は 昨晩に不具合が発生した tpng (drawing ソフトウェア) の rpm --rebuild． 新しいヴァージョン (4.1.39) のパッケイジを VineSeed から拾ってくる．
• tpng コンパイルに 13 分かかった． Linux カーネル再構築なみの作業ですな． 動かしてみると …… よくわからんけどフォント周りは 良くなっているようです．
• 私もなぜか登録してる canopymania-ml で全天画像処理に関するマニアックな議論続く．
• 午前中に何とか plugin 高さ計算関数呼び出すところまで …… とがんばったものの， 樹種ごとのパラメーターがうまく取れない． あきらめて昼飯． 腹減った．
• 昼飯食ってから気を取り直して， 問題に取り組む．
• わりとつまらんことに， サブモデルの名前間違いだった， と判明． しかし名前間違えたぐらいで core 吐いて死ぬというのも変だな．
• 1440 よーやく 「呑んだものをそのまま吐くんだけど， その前にアロメトリーのファイルを読んで plugin 樹高計算関数を見つけて組み込んで， 計算結果もこっそり混ぜて出力する」 というところまでたどりついた． 能率悪いというかマヌケというか．
• なぜこれほどぢりぢりとしか進まぬか …… このシステムはある程度の汎用性を 目指しているから， と言いわけしてみたい． 極端に言えば， 別の森林データー使う場合でも パラメーターファイルと plugin 関数だけをちょいちょいと書き換えれば， あとは本体の再コンパイルの必要ない， とか．
• もちろん汎用モデルとは実現不可能な夢想であり 悪夢でもあり， あるいはつまらぬ冗談というべきかもしれない． しかし 入力・初期化部の構築に多少苦労してでも 上のような方針を維持するのは， それなりに役立つことだ． 少なくとも 小川動態モデルを解析したり改善していく上では 効果があるはず．
• ああ， しかし〆切のせまったこの状況で こんなことやっていて大丈夫なんだろうか．
• ひと休みしてお茶． あ， 先日の 「冷やかす会」の写真 がアップロードされてる (変なこと考え中らしい私も写ってます)．
• 1750 あれこれと苦労して， 地形データーと毎木データーを 小川シミュレイターの中で結合することに成功． いやはや， Perl スクリプトに吐かせた数字の 有効ケタ数に問題があって， 2 万本のデーターの中で 2 本にだけ 問題が発生していたのである． 「丸める」ときに四捨五入的なコトやっちゃダメだ． この例外的な 2 本を救うために， 全個体の座標処理に関して， とりあえず 10 倍して整数化 (切捨て) して さらに 10 で割るという姑息な策でしのぐ．
• こういうことやってると， 計算機というのは 実数を扱うのが苦手である， とつくづく思う． いや， 正確に言うなら 人間が計算機で実数を扱おうとするなら よほど慎重でなければならない， ということか．
• 帰るか． 1805 研究所発． 1816 東京モノレイル浜松町発． 1850 帰宅．
• 久しぶりに時間をかけて晩飯の準備する． 鍋一杯に作った味噌汁はしばらくもつだろう．
• 飯の支度をしながら， 冷蔵庫の除氷作業開始． 私の持ってる冷蔵庫は一ドアの安物である． これの製氷室というか上方の金属部分に 氷がびっしりとつき， しかも少しずつ解けるもんだから 冷蔵庫内はびしょびしょ．

[冷蔵庫，解凍中]
製氷室の金属底板の上下に
厚さ 5cm ぐらいの氷がびっ
しり付着してしまった．
こいつのせいで冷蔵庫の
中はべとべと．

• 冷蔵庫内のものを出し， 電源をぬく． ドアは開けたまま放置． 水が下に落ちないように 空の米袋をしき， ときどきバケツに貯った水を捨てる．
• 二時間ほどすると， 着氷がぐらぐらしてきたので， カジタックスブランドのピッケルで 氷塊の上下分割線を叩く． うまく割れたので， 手で板状の氷を製氷室から剥離して 流しに捨てる． とはいえ， こーいうときにしか使われない ピッケルは哀れである．
• 冷蔵庫着氷問題が片付いたので， 小川モデリングの仕事に戻る．
• BookPC ならば 38 秒で終了する パラメーター推定の計算． ThinkPad では 174 秒要する． まぁ， クロック数比 (733MHz/166MHz) から 言えば妥当ではあるが． やっぱ， 高速計算機が自宅にも欲しいなあ．
• ThinkPad に合わせたわけでもないが， 仕事の進捗もノロノロ． ちょっと疲れた， という口実でダラけてるのである．
• ま， 明日は朝起きなくてもいいし．
• 今日の食卓
  • 朝 (0800): 米 0.5 合． キャベツカレー炒め． 何だコレは．
  • 昼 (1255): 弁当． 米 0.7 合． キャベツカレー炒め． うう ……
  • 晩 (1950): 米 0.6 合． ニンニクの茎の炒めもの． 味噌汁． だしは煮干． 具は切り干しダイコン・ニンジン・ サツマイモ・干しシイタケ・あぶらあげ．

2000 年 10 月 14 日 (土)

• 0950 起床． よく寝た．
• よく寝たんだけど， まだ眠い． コーヒー飲みつつぼーっとする．
• やはり ThinkPad では肥大化しつつある 小川シミュレイターのコンパイルに 手こずるんで， 浜松町の BookPC を使いに行く． いや， 遅いこと そのものが問題ではなく， ヘッダーファイルに修正入れた場合に 時間のかかるコンパイルが始まると， 「ふう， 2-3 分待つのか」 と 手近にある面白そうな本を読み始めてしまうのが 真の問題なのではあるが ……
• 1320 自宅発． 晴れ． 暑い． 1340 山王の大森郵便局． 不在中に配達された九大山岳部からの ゆうパック受け取る．
• 内容はと言えば山岳部の …… なんと言うのか同人誌めいたものである． 製作にたずさわった人々の苦労はわかるが， 何とも時代錯誤というか． いや， 時代錯誤でよいのであろう． 書いてる人・読む人の大半は 昭和 20-30 年代 入部 の人たちなのだから． この山岳部はすでに 静かに終わってるのである．
• 1345 郵便局発． 1354 JR 大森発． 1403 JR 田町で快速から山手線に乗り換え． 浜松町の気温 25 ℃． 北海道でいえば真夏だ． 1410 研究所着．
• まずは光量計算のための積木世界における ややこしい境界問題にとりあえずのカタをつける． 安直な安全策はやめて 「こういう場合ならこういう境界の設定」 という面倒なコードに変える．
• 初期化も工夫する． 小川の森がもし 6ha じゃなくて 24 ha だったり 96ha であっても， 自動的にパラメーターを変更するように ……
• ついでに Makefile の依存関係に問題ある部分も直す． いや， 必要なところだけコンパイルする 「賢い」 Makefile ではなく， かなりお役所的石頭なやつなんですけど． Makfile 書きも慣れてきたけど， 「うまく書けてる」 という気になれない．
• 地形積木化の部分を直していく．
• 1930 よーやく， 小川の地表面 「ウス皮一枚」 を積木モデル化． 時間がかかったのは Gridworld から派生した VoxelTopo クラスのテストを手抜きしていたためだ． やれやれ．

[地表の積木モデル作成法]
(1) 地形を粘土で作ります．
(2) 表面に積木を並べます．
(3) 表面に接着剤ぬります．
(4) 積木どうしをつけます．
(5) 粘土を取れば完成です．

• ふう． 腹減った． となりの「ポプラ」で チョコチップパン調達． コーヒー飲んでひと休み．
• 作業再開． 動作チェックする上で極めて重要な 三次元レンダリングソフトウェア POV-Ray (上の図も POV-Ray で作図) を「召喚」するツールの再編成． PipeTree → 知床 → Pasoh と 改良・改悪を続けてきたコードを今回も使う． まさにドロ縄． こういう 「データーの流れの一番下流」 にあるコードは汚いまま放置されがち， かも ……
• まだ「よちよち歩き」状態の ofr2000 の入出力試験， すなわち 呑ませる→吐かせる→調べる過程に この POV-Ray 召喚ツールを組み込む． いろいろな角度で表示． シミュレイター系のほうを直ししたり， ライブラリーにも手をいれてみたり， 召喚ツールを改良・改悪してみたり ……
• こういう方法論で作業を進めるとなると， やはり高速な計算機があると重宝する．
• 個体の位置と地形がきちんと対応していて， それを描画できることを確認． 2200．
• さーて帰るか． その前にこの BookPC を自宅に持って帰れるかどうか， ちょっと調べてみよう． 設定をざっと見る． 液晶ディスプレイを外した状態でブートできるか． OK． 闇ネットは自動的に起動してるか． これも OK． ならば持って帰っても差し支えあるまい …… と思ったんだけど， 私のデイパックは電話帳よりひとまわり大きいぐらいの この BookPC 入らん． 運搬するときにはもっと大きなバックパック必要だな． えーい． 今日はこれまで．
• 2245 研究所発． 浜松町は若者のいないおやぢの街であり， 徘徊する酔っ払いもおやぢばかり …… いやいや, 両わき抱えられてぶらさがってる 泥酔おねーさん発見． 2255 東京モノレイル浜松町発． 羽田空港まで行かない昭和島どまりの便． がらがらである． 2339 帰宅．
• あ， コーヒーきれてた． 明朝， コーヒーが飲めないのはちょっとサビしい． この時間ならまだ …… 第一京浜向かいのマルエツ． 気合いだけで 0000 まで開店してるスーパーである． 炊飯してるあいだに買いだしにいく．
• 遅い晩飯を食う． 生活サイクルがずれてきたな．
• 明日も浜松町に行くことになりそうだ． さっさと寝るべきだろうか．
• 今日の食卓
  • 朝 (1040): 米 0.6 合． 味噌汁とニンニクの茎の炒めもの． すなわち昨晩の残り．
  • 昼 (1305): 米 0.6 合． 朝と同じ．
  • 晩 (0020): 米 0.6 合． 朝と同じ．

2000 年 10 月 15 日 (日)

• 1230 起床． うう， 9 時間以上熟睡してしまった． 今晩から また眠れなくなりそう．
• 京大・長谷川さんからメイル． これまでの 「ぎょーむ日誌」 ファイルを grep で解析したところ， 近ごろになって 女性に関する記述が増えているとのこと． いやはや． どうやら長谷川氏は私が発情期にある， と疑っておられるようである．
• その考察はやや性急なものに思えたので， 「ぎょーむ日誌」執筆者の内部状態が変わった と言うより， むしろ 「ぎょーむ日誌」を書いてる人間そのものが交替した 可能性についても勘案すべきではないか， と示唆してみた． ああ， 私は誰なんだろね．
• 1506 自宅発． 曇り． もうすぐ夕方だ． 1523 東京モノレイル流通センター発． 浜松町の気温 20 ℃． 1540 研究所着．
• 昨晩， すごーくひさしぶりに BookPC を shutdown したので その再起動にやや手こずる． XF86Config, Canna, loadkeys, IP マスカレイド． 手動で直さんといかんところが ちょっと多すぎる． おかしいなぁ．
• ThinkPad560E (Vine-1.1) の フォント周りがおかしいようである． gv や tpng がうまく動作していない原因は そのあたりにあるのではなかろーか． VineSeed から

	freetype-1.3.1-5vl1.src.rpm
	VFlib-2.24.2-6.src.rpm
	ghostscript-fonts-5.50-1.src.rpm
	cmpskit-3-3.src.rpm
	urw-fonts-2.0-4.src.rpm
	ghostscript-5.50-0vl1.src.rpm
	gv-3.5.8_jp-9vl1.src.rpm

といったものを取って来て rpm --rebuild してみる． 再構築したら rpm -Uvh でつっこむ． うーん， とりあえず gv で postscript ファイルを 表示できるようにはなった． tpng はあいかわらず呪われたまま．
• だめだ． tpng はどうやっても ThinkPad 上で開かん． BookPC で呼び出すとうまくいくんだが …… ということは tpng の問題ではなく X まわりの問題なんだろうな．
• 小川モデリング再開． 地形が積木化できたんで， 次は樹木を積木にしないといけない．
• Pasoh で使ったランダム円筒樹冠を そのまま使うのはイヤなんで (見てくれがカッコ良くない)， ちょっとだけヒネりを入れてみる． いや， こんな関数ではあまり変わらないかなぁ． 円筒が基本で， 内部に円錐型の排他的領域がある． 一つの樹冠を生成するのに 二回乱数を引かなければならない．
• 関数の書き換え終了． 何度も失敗した末に コンパイルもようやく通った． さーて 運転してみるか． うう …… ちょっと どきどき． これまでは 枯木状態だったところに 花ならぬ樹冠が着くもんで ……
• つまり昨日は 入力→出力過程でトバしてた tree.Transformation() 関数を呼び出すのである． お願いだから， どうか無難に呼び出されてくれ．
• 準備よろしいかな? それでは 5000 本の樹木たちに発令． とらんすふぉーめいしょん ! …… おおお， 無事に通った． やれやれ． しかしながら， やはり あまり変わりばえしてない， というか．
• パラメーターをちょっといじっても やはりこんなモンか．

[つぶつぶの森]
とりあえずつぶつぶ
してみました．でか
い図は小川モデリン
グペイジでどうぞ．

• (更新情報) 小川モデリングのペイジに 「どーいう樹冠がカッコ良い見てくれか?」 を追加してみました． 樹冠はタマなのか， つぶつぶなのか， はたまた茶筒なのか …… (20001015)
• まぁ， いいや． こんなの後からいくらでも変更できるし．
• 積木化もうまくいってるようである． しかし見かけ上樹冠がちょっと少ない， というか． 地形は 5m × 3 の積木を用いてるのに対して， 樹木は 1m × 3 の積木を用いてる． 幹がどれも一様化してしまう半面， 樹冠の具合がどうも …… つぶつぶの数を増やすべきか． まぁ， これもパラメーターファイルを実行時に 書き換えればよいだけのコトではあるけど． 成長なんかのパラメーター推定との 兼ね合いですね．
• あっと言う間にモノレイル終電の時刻が近付く． いやモノレイルは 23 時すぎまでやってるけど， 生活サイクルをこれ以上ずらすのは危険だ． 2226 研究所発． ちょっと小雨． 2235 東京モノレイル浜松町発． 2306 帰宅．
• 晩飯食いつつ， 今日のこのあとの予定を考える． ぎょーむ日誌と報告ペイジ． さっさと書いててきとーに仕上げてしまおう． 明日の準備． そうだ， どうせ眠れんだろうから 久しぶりに風呂にでも入ろうかな．
• 今日の食卓
  • 朝昼兼用 (1300): 小麦粉・ベイキングパウダー・干しブドウで パンケイキごときものを焼いた． コーヒー．
  • 晩 (2320): 米 0.8 合． 味噌汁の残り． キャベツとタマネギの炒めもの． キムチの素で味つけ．

2000 年 10 月 16 日 (月)

• 0700 起床． やはり 2 時間ぐらいしか眠れんかった．
• 朝飯・弁当の準備． といっても昨晩の流用なんだが． 朝飯． シャワー． コーヒー．
• 0752 自宅発． くもり． ゴミはすでに 0400 ごろ出した． うう， 眠いというだけでなく， 胃のあたりがキモチ悪い． 0812 東京モノレイル流通センター発． 浜松町の気温 17 ℃． なんか暑いぞ． 汗とか出るし． 0830 研究所着．
• 小川モデリングの作業． 今日は「光子」を飛び回らせなければならない． 従来の gridworld.RayTrace() 関数では 境界から飛び出すまで計算を続ける． 現在の小川モデルで採用しつつある 怪しげな周期境界条件において， これはまずい． 水平に近い「弾道」を持つ光子が 無駄な飛翔を続けるからだ． gridworld.StemNumber() で Bresenham step の回数を制約するような gridworld.TraceToTarget() という関数を 新たにでっちあげることにする． gridworld.RayTrace() のほうは 将来的には廃棄だ．
• しかし， この周期境界条件というのが嘘くせーというか． いちおう計算上はちゃんとつながってる はずなんだが …… 例によって試験不十分なのである．
• まだ 1100 なのに腹減った． しかし胃のあたりはキモチよろしくないまま．
• 不審な点が残るまま改造した開空度計算部は やはり挙動が変． 原因がよくわからぬまま， ひと休みして弁当を食う．
• 昼飯を早々にすませて， へっぽこコードとのニラみあいを再開． 何が問題なのか．
• あ， Bresenham のアルゴリズムがうまく 動いていない． すごく変． これでは光子は必ず 「斜め上」 にしか動かん． どこに間違いがあるんだ． ちなみに時刻はすでに 1530．
• やぁ， また想像を絶する間違いだった． 「あ， どうせこの Bresenham 用の 整数変数たちは負にならないから unsigned をつけておいてよいだろう」 と変更しておいたところが 問題だった． とてつもなく阿呆なことに …… これはまったくの勘違いで， このアルゴリズムでは負にならないどころか， 変数の符号によって振舞いが 決定的に変わるんですよね …… 絶対に unsigned してはいけない箇所なのである．
• ふう， ようやく複雑地形の中でも まともな開空度計算ができるようになったぞ． 知床モデリングでは てきとーにやっつけてたところである． やれやれ． 時刻は 1550． あまりのマヌケぶりに脱力して気絶しそう．

[視線]
谷底に置かれた「目」
からたくさん「視線」
が出ているところです．

• さーて， だんだんコードの挙動が把握できてきたぞ …… というところで， 奇怪きわまりない電話に邪魔される． 読売新聞の鳥取支局を名乗る人物から． 母校特集とかやるんで 紙面に名前のせてやるから 3 万円の寄付をよこせというもの． うーん， 新手の詐欺だろうか．
• そもそもここの電話番号をどうやって特定したのか． すごく変だ． 知ってる人間はごく少数． いやもちろん私のへっぽこ web page には番号書いてますよ． しかし鳥取の高校出身とはどこにも書いていない． つまり情報たれ流しに見えるネット上ですら， 「久保→鳥取の高校出身→現在東京」 という情報はどこにもないのである (いま， ここに書いたけど)．
• どこかの莫迦が漏洩したんだろうか．
• まぁ， もういいや． 持久戦にもちこもうとする 相手の話を途中でぶち切ったし．
• しかし， よくわからんな． もしあれがホントに読売新聞の企画だというなら ヒドすぎる． 誰が 2cm × 3cm の名前掲載に 3 万円も出すもんか． だとするとやはり詐欺かな． かなりキツい山陰なまりで喋ってたな． もし鳥取みたいな人口希釈地帯で うろうろしてたら 悪事はすぐに露見するはずなんだが …… 卓絶した技量の山陰人 emulation だったのか．
• よーし， 周期境界条件すなわち 「光子わーぷ」 もうまくいってる． この辺の試験は Pasoh モデル開発あたりで 完了させておくべきだった．
• 試しに全樹木から開空度の計算をやらせてみる． BeginEnd2Table.pl でテイブルに変換． gnuplot してみると …… いやー， いいカンジですね． 「『暗い』ところは 肥大成長の可能性を制限するが， 『明るい』ければ可能性は広がる」 というパターンです． はい．
• よし， これで小川でも 確信 (というか狂信というか) をもって 成長量の指数分布モデルが使えるぞ． いままで不安にさいなまれつつ 使ってたんですよね． インチキ「明るさ」指数では 当てはまりもよくなかったし． 今回の計算結果を使えば， 今までよりうまく 成長パラメーターの最尤推定できそうだ．
• まぁ， これから使おうとする確率論的モデルが ホントによろしいのかどうかは， たしかに いろいろ議論の余地はある． 生物学的にも統計学的にも， ね． それはおいおい考えていきませう． 私としては ノンパラメトリックなモデルにしてみたいですね． 難しそうだけど．
• さて， 次は成長のパラメーター推定だけど …… 腹減ったしバテぎみなので 帰宅することにしよう． 1810 研究所発． 1818 東京モノレイル浜松町発． 1850 帰宅．
• とりあえず有るもので晩飯つくって， 緑茶を飲んでひと休み． うう， 眠りこんでしまいそう． 眠っちゃいかん．
• …… と思いつつ 30 分ぐらい寝てしまった． 0850 無理矢理おきる． うう． コーヒーでも飲んでみる．
• ぼちぼちと仕事を再開．
• あれ， 最尤推定プログラム mlfitting がうまく動かないなぁ …… といぶかしく思ったら， 例によって Vine-2.0 (in BookPC) でコンパイルした バイナリーは Vine-1.1 (in ThinkPad) ではうまく動きません， という呪いであった． ともかく徹頭徹尾動こうとはしないのである． いやはや．
• 時刻はすでに 0005． 成長パラメーター推定で苦闘中． うん． なんだかまともに計算してくれん． とほほ． さらにコーヒーなんか飲んだんで (あるいは体内時計狂ってるんで) 疲れてるのに眠くない．
• ああ， どうなるんだろうね．
• 今日の食卓
  • 朝 (0730): 米 0.7 合． 味噌汁とキャベツの炒めもの． これらは昨晩の残り．
  • 昼 (1225): 弁当． 米 0.7 合． キャベツの炒めもの．
  • 晩 (1920): オクラとワカメの スパゲッティー． いや， これぐらいしか材料がなかったんで． オクラをちょっとゆでて 塩抜きしたわかめときざんで和える． ゆであがったスパゲッティー， サバぶし麺つゆとまぜる． うーん， オクラはもっと細かく切らないといかんか．

2000 年 10 月 17 日 (火)

• 0735 起床． 寝たのは 0400 すぎてた． 毎朝のことながら， 眠い．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． あ， もう時間か．
• 0805 自宅発． 天気， くもり． 今日はキモチ悪さはないけど頭ふらふら． 0825 東京モノレイル流通センター発． モノレイル車内でバテる． 浜松町の気温 16 ℃． ふらふらと 0845 研究所着．
• へっぽこ状態にもかかわらず 午前中は小川モデリング ofr2000 の 作業が進捗した． 「ぎょーむ日誌」 書いてるヒマすらなかったほどである．
  • 昨晩からの続き． 成長パラメーターの 最尤推定用 plugin モジュール まわりの整備． 今朝寝る前数時間は こいつの Makefile 不備由来の 呪われ状態に苦闘していたのである．
  • それを側面から支援する BeginEnd2Table.pl なる 変換スクリプトの大改装． 出力がすきっとしました． かなりキモチいいです． というか， 今までがダメすぎた． あとこれで生成したテイブルの 特定カラムにチェックをいれる table_filter.pl を新しくつくる．
  • パラメーター推定試行錯誤． いまだケリがつかず． やばい．
  • ケリがついてないのに mlfitting を 「成長推定モード」で呼び出す ドライヴァー． 上の問題が終わってないので 途中で止まる．
  • 成長量に関する自動お絵描き． これは ofr1999 からの流用である． 開空度 (ごとき指標) と 成長量の間に樹種ごとの 違いが明確にあらわれているよーに見える． 錯覚かもしれんけど 少し幸せな気分になる．
  • mlfitting 高速化． 成長パラメーターの推定おそすぎ． しかしこの暴挙は はやくも泥沼化しつつまあり．
  …… と列挙してみると， ハンパにしか片付いてない内容ばかりである．
• とりあえず弁当食って気分をおちつける． 「ぎょーむ日誌」に 午前中の作業状態を書き， やはりへっぽこだと思う．
• 1335 ドロ沼化の危機を脱して mlfitting の高速化 (ついでに便利化) が終了． ああ， しかし測定してみると …… 一割ぐらいしか速くなってないな．
• 1400 よーやくマトモっぽいパラメーター推定始まる． 肥大成長量に関するやつである． 計算が遅くて気絶しそう． 尤度関数を二階微分した数式をいちいち導出してやる， という阿呆らしさを廃した mlfitting においては その代償として 計算速度が遅くなってしまったのである．
• ついでに気づいたこと． 最尤推定においてパラメーターが 収束するかどうかは， 尤度関数の表現方法に強く依存している． やはり， というべきか． パラメーター含む部分は「線形」に 表示してやるのがよろしいようである． もし可能であるならば， だけど ……
• 成長量のパラメーター推定計算， 冗談ではなくとてつもなく遅い． とくにイヌブナ (FGJ) みたいに 「本数がすごく多くて， サイズ依存性が希薄で， 明るい場所でも暗い場所でも すくすく伸びる」 ようなひねくれきった樹種にいたっては 計算開始して 5 分たっても 答えが出ない． いや， もちろん ThinkPad ぢゃなくて， BookPC (PIII 733 MHz ) 使っての計算ですよ． おかげで待ち時間に 「ぎょーむ日誌」に どんどん駄文が追加されていく．
• どうにかせんといかん． けっきょく 2184 本 (4 倍増値) からなるイヌブナは 1000 反復しても収束してないし (これに 10 分近くかかった)． モデリングの対象として選抜した 24 樹種の推定に 20 分かかってる． ThnikPad560E なら 2 時間かかっているところだ．
• うん， しかしイヌブナとクマシデ (CRJ, 529 反復) 以外は 100 反復未満で収束している． そして全 24 樹種のパラメーターが 比較的「そろってる」というか …… 樹種ごとに個性はあるけど， 以前よりは危うくないカンジ (?) ではある． 今までいろいろなパラメーターで 小川の樹木たちを推定してきたけど， こういう推定されたセットは初めてである． ちょっとした快挙．
• というのも， いままでのパラメーター推定では 「ある個体の周囲の合計胸高断面積」 というような 二乗とか含んでるロバストではない 量を用いてきたので， それを使ったパラメーター推定もまた ロバストならざるものだった， という印象がある．
• 今回から使い始めた， 開空度 (ごとき量) ならば 無理なくある範囲に収まるわけで， それはパラメーター推定の上でも 有利であるようだ．
• ちょっと考えて， 「暗さにどれだけ影響されるか」 パラメーターが負の値も取りうるように パラメーター初期化ファイルを書き換えてみる． イヌブナだけ推定やりなおし …… ほーら， やっぱりこいつは 「暗いほうがむしろよく成長する」 というやつなんだ．
• …… というハナシを真にうけてはいけない． そうではなく， たんにイヌブナ肥大成長量は 「明るさ」とはあまり関係なさそう， というのにすぎないのだろう． しかしながら「暗いところ」にいるやつ， すなわち小さい若い個体のほうが 成長が良い． そのため 「暗いところのほうが成長よい」 というような見かけの計算結果が 引っぱり出された， そーいうことです．
• つまり 私の使ってる確率論的成長量モデルが破綻してる， とも言える． まぁ， やむをえまい． 24 種もの樹木に共通してあてはめることのできる 数理モデル． どこかに無理があるんです．
• パラメーターの取りうる範囲を変えると 推定結果にも違いが生じることある． 選抜 24 樹種に関してパラメーター推定やりなおし． よーし， こんどは 7 分で全部終わったな …… これは足をひっぱってた 樹種が素直に収束するようになったためである． まぁ， まだ遅いけどね．
• イヌブナだけでなく， やはりクマシデも 「暗いほど良く育つ」 という見かけの結果になってやがるな． ふん …… ああっ， ブナ (FGC)， お前もか !! しかも値は 24 樹種中もっとも暗好み寄り．
• ちょっと， これはまずいかも． 24 樹種のうちでも優占的なブナ・イヌブナが 「暗いほどよく育つ」 ようなモデルになってしまう …… まぁ， いままでのパラメーター推定の経験を振り返っても， たしかにこいつらは変なんですけどね．
• ちなみに小川三大優占樹種の残りひとつである コナラ (QRS) は 暗いところで育てると 「もうダメ〜」 と すぐに弱音を吐くような， それらしい素直な良い推定結果です．
• table_lumping.pl というフィルターを作って データーを加工して推定やりなおすと 今度は 100 秒ちょっとで終わった． いや， べつに怪しげなコトをやってるわけではなくて， もともと 6ha だったのを 4倍に拡大して また元に戻しているだけなんで …… しかし推定結果はかわらない． この最尤推定がロバストであるのは喜ばしい． しかし， この暗いところの好きなブナ・イヌブナ どうにかならんかな． クマシデは本数が少ないんで変でも気にならんけど． 時刻 1605．
• 成長量パラメーター推定過程を完全に自動化して もいっぺん最初からやり直し． 「樹冠」はランダムに形が変わるので 一試行ごとに開空度なんかが変わるのである …… それはいいんだが， やはりパラメーター推定の結果， 変わらん． 憎らしいほどにロバストと言える．
• 1750． 3 回毎木調査ぶん (1987-1991 年) の データーをまとめて パラメーター推定． だいたい同じような結果． クマシデは年変動が大きいらしく， まとめると「明るさ」依存性がでるようになった． ブナ・イヌブナはもはや処置なし． というか， グラフにしてみると， 明るさにあまり依存してない， という解釈でよさそうだ． 尤度比検定でもやれば 問題のパラメーターは削除されるんだろう．

[コナラとイヌブナ]
横軸が太さ (cm) で縦軸は成長量(cm/2 年)．
赤線・青線はそれぞれ「明るいところ」「暗
いとこ」での成長量の期待値 ( = 1/λ，指
数分布に従うと仮定してパラメーター推定)．
コナラは暗いところで成長ががたっと落ちる
けど，イヌブナは変わらない (だから青線・
赤線が重なる) という推定なのです．

• さて， 尤度比検定やってるヒマあるか． ない． とりあえず後回し．
• 計算結果を gnuplot → eps ファイル → LaTeX で一覧にして dvi 出力という， いつものパターンで dvips 印刷． 横軸をサイズにしたもの， 開空度にしたものの 2 種類を作る． 48 枚のグラフが描かれた 4 枚の紙切れを 目の前につりさげてあれこれと考える．
• 昨年度版 ofr1999 よりはちょっと良くなったかんぢですね． 樹種ごとのあてはめに無理が少ない， とゆーか ……
• 1820 研究所発． 1830 東京モノレイル浜松町発． ああ， 本屋 dan にもう何日のあいだ寄っていないだろう …… うん? 今日はモノレイル車内混んでるな． と思ったら， 皆さん手にもった新聞に掲載されている データーを解析しつつ大井競馬場で降りていった． 今晩はウマが走るらしい． 1905 帰宅．
• 風邪をひきかけてるのか， ノドの具合が少し変なので よくうがいをしてみる． 晩飯を作る． 食ってからコーヒーなど飲んで ぼーっとする．
• 今後のだんどり検討する． 「科学」の〆切は一週間後． またぎりぎりになるだろう． これはもはや是非もなし． しかし 5000 字なのでたいしたコト書けないだろうけど， そんなに時間かからないだろう． 来週から書き始めてもかろうじて 25 日には間に合うはず．
• うん， 風邪などひいてはいかんな．
• ということで， 今週いっぱい， 日曜日ぐらいまではモデルいじりができるだろう． 今日一日で成長パラメーターはだいたい OK． 明日からは死亡のモデリング． これは新機軸が少し入るのでちと手間取るかもしれん．
• 問題は新規加入 (recruitment) のモデリングだ． 小川本にも書いた ofr1999 版の 「過去にむかって成長させる」 モデルは面白いんだが …… 説明に手間取るわりには 何をやってるのかわからないところがある． この手法は成長・死亡の推定に強く依存してるし …… たぶん時間ないだろうから， 新規加入は ofr1999 版のそれではなく ofr1998 型まで戻そうか． 不死鳥モデル． うう， また森林総研の人々から怒られてしまいそうな． ま， ときには 2 歩ススんで 1 歩後退 ……
• 樹木をコロす方法 あれこれ考えてるうちに， どんどん時間がすぎていく． 私は樹木の太らせかたについては， 樹種の個性にぴったりの 確率論的モデルやパラメーターを選んで差し上げる ことできそうんなんだけど， 死なせかたや増やしかたは 未だによくわからないのである．
• 真夜中． だるい． しかし眠くない． やっぱり， ずれてんだろうな． 体内時計．
• 今日の食卓
  • 朝 (0750): 米 0.7 合． キャベツ・シイタケ・油揚げの炒め煮． シイタケは干したのをもどしたもの．
  • 昼 (1230): 弁当． 米 0.7 合． キャベツ・シイタケ・油揚げの炒め煮．
  • 晩 (1950): 米 0.5 合． 朝の残り． 味噌汁を作り直す． だしはサバぶし． 豆腐・切り干しダイコン・ニンジン・ サツマイモ・ワカメ …… 例によってわけのわからぬ組合せだ．

2000 年 10 月 18 日 (水)

• 0720 起床． 昨晩寝たのは 0200 ごろかな． よく眠れました． モデリングは進捗しなかったけど．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0805 自宅発． 曇り． あいかわらず樹木の殺戮について 考察しつつ歩く． 0825 東京モノレイル流通センター発． 浜松町の気温 20 ℃． 0840 研究所着．
• とりあえず 小川の樹木の死亡事象を うまく取り扱えるように データー処理系に手をいれてみる．
• ここの地球フロンティアというのは NASDA (宇宙開発事業団) と JAMSTEC (海洋技術センター) という ふたつの科技庁系の特殊法人が人員を出して でっちあげた悪の秘密結社なんだけど …… 今日は JAMSTEC のほうは 創立記念日とやらでお休みのようだ． このフロアーにはほとんど人が来ていない． 周りを見回しても出て来ているのは NASDA な私と Dennis さんぐらいのものである． うるさい人々がいなくて静かだ．
• いつものことながら， ぢみなデーター変換作業は遅々として進まんね …… これでいいかな． 小川毎木調査を Begin-End 形式にしたファイルを grep Status | sort | uniq -c したものをメモしとく． 死んでる個体 …… だけでなく個体の出入りが少ない．

	### data/census06ha1987->1989 ###
	   4811                 Status  生き残る
	     28                 Status  次回欠測
	     14                 Status  幹折れ
	     10                 Status  倒木の下敷
	     75                 Status  枯死した

	### data/census06ha1989->1991 ###
	   4658                 Status  生き残る
	    178                 Status  生き残る(新規加入で)
	     24                 Status  次回欠測
	      4                 Status  次回欠測(新規加入で)
	     25                 Status  幹折れ
	      1                 Status  幹折れ(新規加入で)
	     16                 Status  倒木の下敷
	      2                 Status  倒木の下敷(新規加入で)
	     88                 Status  枯死した
	      2                 Status  枯死した(新規加入で)

	### data/census06ha1991->1993 ###
	   4689                 Status  生き残る
	    156                 Status  生き残る(新規加入で)
	     46                 Status  次回欠測
	      6                 Status  次回欠測(新規加入で)
	     21                 Status  幹折れ
	     12                 Status  倒木の下敷
	     68                 Status  枯死した

	### data/census06ha1993->END_ ###
	   4845                 Status  次回欠測
	    122                 Status  次回欠測(新規加入で)

1987->1989 は死亡はわかるけど， 新規加入はわからない． 同様に， 1993 年は新規加入はわかるけど死亡はわからない．
• こんなんでどーしよー， と上の結果をながめつつ弁当を食う． 24 樹種の中には全然死んでないやつとか， 新規加入した個体がまったくいないやつとか いるんですよね．
• 数字がまるであってないことに気づく (最初に書いた時点では …… 上に掲載されている表ではすでに修正ずみ)． その原因の主なものは「欠測値」の 取り扱いなんかがうまく行ってないためである． 各測定年度ごとに独立にとりあつかうので， あってなくてもとりあえずは問題ないんだが …… 変換スクリプトのバグだったらやだなと思って 調べてみる．
• 調べてみると …… 1600 すぎまでかかって 私の間違いを修正した． ああ …… しかしまたしても …… E*cel の呪い がひきおこした問題を見つけた (私が E*cel なんぞで 管理されている調査データーシートを憎む理由は 「E*cel は根絶可能か」 でも読んでいただけると …… あるいは， ますます分からなくなるかも)．
• 割合から言えば 入力間違いは 0.5% 未満なんだけど …… この「目で点検しながら入力」という作法は こういう数万項目のデーターには使えません ってば．
• 元ファイルのコピーとってから， 自分で勝手に 30 箇所ほど直した． 19.0 を 29.0 と打ち込んでるようなのは修正できる． しかし修正できないデーターもある． どう直したらよいのか 見当もつかないよーな異常値． やれやれ．
• 今回はデーターの全面修正はダメだな． 次の機会にはきちんと直そう． データーベイスでも導入しますかね． 不備なところを機械に見つけさせて 手で修正できるような …… Perl で書いた簡単な変換スクリプトでも これだけゾロゾロ見つかるんだから．
• パラメーター推定やりなおしてみると (make growth_estimation するだけ)， あまり変わらんけど， クリ (CSC) みたいに本数の少ないやつは 一点動いただけでパラメーター変わるな． あ， ブナ (FGC) も 「暗いとこ好み」が直ってる． わーい． しかし おそらく 「成長量は開空度 (ごとき指標) には依存しない」 という樹種なんだろう， これは．
• かなり集中力を使ってしまったせいか (というのは大げさか)， 空腹になったので隣のコンヴィニエンスストアー 「ポプラ」でビスケットを調達． 1635 コーヒー飲みつつひと休み．
• いつものことながら， こーいう (他人の) 調査データーを解析するスクリプトを書くのは難しい． 「次回欠測」 のような分類のたてかた． さらに その場合わけの条件文とか， かなり気をつけて書かないと わけのわからぬ結果ばかりが出てくる． 挙動が変になったときに 自分の書いたスクリプトがマズいのか， データーに問題があるのか調べないといけない． やってて楽しくない …… などなど． ちゃらちゃらした 三次元個体ベイス森林動態シミュレレイター 書いてるほうがよっぽどラク． こーいう面倒な作業やる日に うるさい連中がいなくてホントに良かった．
• データー処理して気づいたんだけど， このパラメーター推定なら ゼロ成長もあり， だな． もちろん成長量が指数分布に従っている と仮定してるんで， 厳密なゼロ成長はまずい． 0 という記号は 0 の周りの正の狭い区間を あらわすと代表値と見なすことにした．
• 恐ろしいことにこの変更だけで， サンプル数が数パーセント増えた． パラメーター推定の結果がちょっと変わったけど， まぁいいや． 最初から「何度でもやり直せる」ように システム構築してるし．
• 生態学者は 樹木の胴まわり○○cm とか 連続量だと思ってるんだろうけど， じつは人間には連続量を測定する能力がない． あるいは， 連続とは やはり架空である無限という概念から 導出された観念のひとつ． 測定しうるすべては離散量なのである．
• さーて， ここから「英雄的」なパラメーター推定が 始まるんだが， もはや今日は書いてる時間もなし． なんとならば ……
• 2333 東京モノレイル浜松町発終電． 昭和島行き． 流通センターの改札機もすでに動いていない． 0005 帰宅．
• …… とまぁ， こんな時間になってしまった． 晩飯食い終わったら 0100． 6 時間後には起床しなければ …… と思いつつ計算やめられない私． あ， もうすぐ 0200 だ．
• ということで， また明日．
• 今日の食卓
  • 朝 (0750): 米 0.6 合． 味噌汁． キャベツ・シイタケ・油あげの炒めもの． シイタケは例によって干したのを戻したもの． 今回は塩胡椒・キムチの素で味つけ．
  • 昼 (1215): 弁当． 米 0.6 合． キャベツ・シイタケ・油あげの炒めもの．
  • 晩 (0040): 米 0.5 合． 朝昼の残り．

2000 年 10 月 19 日 (木)

• 0755 起床． わ． これはやばい． えーと寝たのは 0230 ごろ． 5 時間ちょっと眠れました．
• とりあえず弁当箱に 飯と味噌汁だけの朝食． 今日はこれだけ．
• 0813 自宅発． 晴れ． まだ寝ぼけてる． 0832 東京モノレイル流通センター発． 浜松町の気温 13 ℃． 急に下がったな． 0850 研究所着．
• さっそくパラメーター推定の続き． 午前中は以下の繰り返しで終わった．
  • 阿呆なモデル (すなわち樹木の殺しかた) を次から次へ考えつく．
  • 候補をしぼりきれないので 良さそうなのを片っぱしから 試していく．
  • どれもよくないのに気づく．
  • あまりにも色々やったんで， どういうモデルがよくないのか 忘れてしまう．
  • 最初に戻る．
• うーん． 時間が． 昼飯を食いながらもパラメーター推定． 今日は弁当の菜を作ってるヒマなかったんで， ふりかけ飯である． ああ．
• 午後になっても終わりの見えない パラメーター推定は続く． いや． ぢりぢりと改良されてるはずだ …… 「ブナ (FGC) が暗いところで ばたばた死ぬはず」 という推定結果が出て のけぞる．
• 北大のてきぱき牧様より 甲山研 10/30-11/1 の研究会案内． ふーん， ホントにやるんだ． 出張手続きしておかなくては．
• …… 現在時刻は 2020． 今日もぎょーむ日誌を書いてるヒマというか 精神的な余裕のない一日であった． よゆーのない暮らし． ああ， やだやだ．
• 最尤推定のやりすぎで， 計算機ばかりでなく 私もなぜかへろへろ気味です． いまは推定の待ち時間． しかし一樹種ごとに 尤度が上がったの下がったの， 明るさ依存性が見えるの見えないの と一喜一憂してるからかもしれません． やっぱりダメなかんぢです．
• 自分で作ったモデルながら …… 太さ (サイズ) と明るさで 死亡確率が決まるとういモデルの 挙動がようやくわかったような気分になってきた． きっと気分だけなんだろうね． ともかく時刻は 2205． あと一時間ちょっと． 選抜 24 樹種の死亡パラメーター推定させると 15-20 分かかるんですよね ……
• 2300． うーん． いまいち． いちおう尤度の高いパラメーター・関数セット はわかったんだけど， 明るさへの反応がよくない …… ちょっとそのあたりをいじって パラメーター推定中． そろそろ帰ろーか．
• 突然， いままでひっかかてた所が理解できた． 帰るのをいったん中断． もうひとつだけジョブを走らせる． 結果は自宅から見ればいい．
• 2333 東京モノレイル 今日も終電 浜松町発． 0010 帰宅．
• 冷蔵庫の残り野菜でてきとーな晩飯をでっちあげる．
• 晩飯炊けるのを待つ間に ras 接続． 研究所の机の上の BookPC に接続． 計算結果は …… よし． 予定していたとーりのやつだ． これで次の段階に進める．
• 晩飯食いつつ， もうちょっと改良できんかとあれこれ考える．
• また浜松町につなぐ． 少し設定かえた計算やらせてみる． しばらく待つ． またつなぐ． よーし． つい昨日まで (うん? もうおとついか) ヤミの中にあった死亡モデルが いんちきながらも それらしく構築できた． うーん， ちょっとした詐欺を まんまと成功させた気分． 時刻は 0120．
• さーて， 風呂にでも入って寝ようかな．
• 今日の食卓
  • 朝 (0800): 米 0.6 合． まだ残ってる味噌汁．
  • 昼 (1240): 弁当． 米 0.6 合． ふりかけ．
  • 晩 (0040): 米 0.6 合． 味噌汁． オクラ・タマネギ・ニンニクの 炒めもの． 趣旨不明． しかしオクラは炒めても食える とわかったのは収穫．

2000 年 10 月 20 日 (金)

• 0735 起床． 5 時間ほど眠れました．
• シャワー． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0816 自宅発． 曇り． 今日は大雨が降るという予報． 0832 東京モノレイル流通センター発． やっぱり眠い． 浜松町の気温 16 ℃． 0850 研究所着．
• 昨晩だした計算結果を見直す． とりあえずこんなかんじ． total のべ個体数 (1987, 1989,1991 年度観測)， dead は実際に死んだのべ個体数， expected は推定されたモデルから憶測された 死亡個体数の期待値． モデルでは樹木は太くなると死ぬ， 暗くなると死ぬ， と仮定してる (その死亡率を計算する式に与えるパラメーターは 樹種によって異なる)．

	#spc    total   dead            expected
	ACM     481     13      (2.7%)  13.7    (2.8%)  イタヤカエデ
	ACP     1317    11      (0.8%)  11.2    (0.9%)  オオモミジ
	ACR     258     16      (6.2%)  16.5    (6.4%)  ウリハダカエデ
	ACS     199     3       (1.5%)  3.3     (1.7%)  コハウチワカエデ
	ACT     209     2       (1.0%)  2.3     (1.1%)  ヒナウチワカエデ
	BTG     119     3       (2.5%)  3.1     (2.6%)  ミズメ
	CLB     431     13      (3.0%)  13.1    (3.0%)  リョウブ
	COC     431     16      (3.7%)  16.9    (3.9%)  ミズキ
	COK     200     10      (5.0%)  10.1    (5.0%)  ヤマボウシ
	CRC     1406    13      (0.9%)  13.1    (0.9%)  サワシバ
	CRJ     188     8       (4.3%)  8.1     (4.3%)  クマシデ
	CRL     1451    26      (1.8%)  27.5    (1.9%)  アカシデ
	CRT     280     5       (1.8%)  5.2     (1.8%)  イヌシデ
	CSC     188     6       (3.2%)  6.2     (3.3%)  クリ
	FGC     318     3       (0.9%)  3.7     (1.2%)  ブナ
	FGJ     1934    49      (2.5%)  51.9    (2.7%)  イヌブナ
	FRL     191     7       (3.7%)  7.1     (3.7%)  アオダモ
	MLM     249     7       (2.8%)  7.1     (2.9%)  アワブキ
	OSJ     213     1       (0.5%)  1.1     (0.5%)  アサダ
	PRV     249     10      (4.0%)  10.4    (4.2%)  カスミザクラ
	QRM     154     15      (9.7%)  14.9    (9.7%)  ミズナラ
	QRS     934     15      (1.6%)  15.2    (1.6%)  コナラ
	STO     1514    28      (1.8%)  28.6    (1.9%)  ハクウンボク
	ZZZ     1412    50      (3.5%)  51.7    (3.7%)  その他

一見もっともらしいが， あれこれといんちきに満ちている． まだまだです (数があっててもあまり意味ない)．
• 小川なヒトたちにメイル． 田中浩さんから開発中モデルについて ちょっとコメントいただく． 私の返信の一部．

	昨日ちょっと書いてた怪しげな死亡率推定の結果が昨晩の 1 時ご
	ろにでました．上の計算モデルで決められる開空度 (らしき指標) 
	が小さくなる (暗くなる) とばたばた死んでくれるのは (明るさ依
	存性が大きいと推定された順にソートしてみると)

		コナラ		QRS     2.773e+01
		ミズナラ	QRM     2.294e+01
		ミズメ		BTG     1.795e+01
		アサダ		OSJ     1.771e+01
		イヌシデ	CRT     1.758e+01
		クリ		CSC     1.405e+01

	…… となってしまいました．最尤推定に用いた数式は「『明るい』
	場所にしか分布してないの? じゃあ暗いところでは死亡率高いんだ
	ね」という強引な決めつけで構成されてまして (サイズ依存性に関
	しても同様) ，こういう結果になってしまいました．

	上の樹種たちは林冠に出てるか，斜面上部に位置してるので件の怪
	しげな開空度憶測プログラムは「明るい」開空度を出したためです．
	書き忘れてましたけど，各樹木個体の明るさは「個体のてっぺん」
	から周りを見回して計算しています．

• 推定系については， 今回はもはやここまで (「科学」の〆切は来週なんです)． シミュレイション系の ofr2000 の 開発続行． 今週パラメーター推定をやった 成長と死亡の plugin と 推定結果であるパラメーターファイルを 読み込んで， メモリー上の仮想森林の樹木個体たちに 「じつは君はこういう生きものなんだよ」 とウソ教育してやるためである (彼・彼女らは私の言うことを ことごとく真にうけてしまう)．
• 今までの計算結果のグラフを 目の前にぶら下げて眺めつつ， 昼飯の弁当を食う．

[ぶら下げグラフ]
一枚に 12 樹種．二枚で
一セット．死亡率だの
開空度だの成長量だの
のグラフです．

• 午後もシミュレイション系の改良作業．
• 1340 領域長の安岡さんが 東大からみえと， とつぜん 生態系変動予測領域 の会議が始まる． 浜松町の研究員が一堂に会するのは 6 月以降ではこれが初めてである．
• 会議の内容は， 地球フロンティアのエラい人たちの会議の伝達， ちなみに私の上の組織の構成は …… 傭われ下っぱ (久保) → グループ長 (甲山さん) → 領域長 (安岡さん) → わからん (?)， というもの． 渡された領域長たちの会議資料見ると こんなに組織維持の雑用あるのか， と驚く． たいへんだなー
• その他の議題あれこれ． とくに大した内容ない． ただし次の 1 月・3 月・5 月に 地球フロンティアの 成果発表があるらしい． それぞれ戦略ワークショップ， 公開シンポジウム， 中間評価． はぁ． 面倒は甲山さんにおまかせすればよいのだろうけど， 何か準備しなければならんのだろうな ……
• 1500 会議というのが終わる． これから毎月開催されるらしい． 20 枚ぐらい紙をもらったけど， 保存価値のありそうなモノないなぁ． といってもいきなり捨てるわけにもいかんか， と棚の上に置く．
• 出張届け， というもの書く． 10/30-11/1 に北大出張のはず， なんで．
• 森林総研・東北の正木さんからもコメントいただく． 私の返信の一部．

	しかし小川に関してよくわからないのは，こういう「あるサイズか
	ら上の個体が観測されない」という現象は，

	・そのサイズで死んでるのか?
	・何らかの理由で一斉に更新してきた集団がまだ成長途中なのか?

	…… どうなんでしょうね．甲山さんの成長モデルなんか使うと
	「あるサイズでゼロ成長になる」という説明になるんですけど，樹
	種によってはゼロ成長サイズなど無いように見えます (小川モデリ
	ングでは別の成長式使ってます)．

	現在のパラメーター推定式では (明るさ依存性と同様に) 「うん?
	大きなサイズの個体いないの? じゃあ太くなると死亡率高くなるん
	だね」という決めつけをやってしまってるんですが ……

樹木の種類によっては， 最大観測サイズがゼロ成長点ではないでしょ， というのは例えば 1999 年版のモデル報告 など．
• 小川シミュレイターから 成長率・死亡率を計算する plugin モジュールを呼び出すことができるようになる． これらは (高さ計算モジュール同様) 最尤推定プログラム mlfitting でも 呼び出されていたものである． つまり推定系・シミュレイション系で 共有してるわけですね． しかもこれらは実行時に指定できる． いやー， 便利便利．
• 今日はシミュレイション試行までできんな， と見切りをつけて帰宅準備モードに． コード書いてちょっとコンパイルしてみるだけなら 自宅で ThinkPad， それで OK でしょ …… あ， 死亡のパラメーター推定が何とかなったんで， 緊張の糸が切れた． まだ気をゆるめるのは早い． しかし毎日毎日終電ってのも ……
• 1900 研究所発． ちょっと雨がふってるんで傘をさす． 1910 東京モノレイル浜松町発． 今日も寄り道せず． 1940 帰宅．
• 晩飯食ってから仕事に着手しようとするものの， 強烈な眠気に襲われて打鍵する指がフリーズ． じゃあ， もう今日はさっさと寝るか， と電灯を消して横になると急に目が冴える． 頭の中で森林シミュレイションコード ぐるぐる． えーい寝てる場合か， と また起きても 何かやる気がでない． ああ．
• ま， 焦ってもしょうがない． 明日は定刻までに起きなくてもいいんだし．
• 今日の食卓
  • 朝 (0755): 米 0.6 合． 味噌汁． キャベツ・エノキダケの炒めもの．
  • 昼 (1225): 弁当． 米 0.6 合． キャベツ・エノキダケの炒めもの． やはり貧しくとも おかずのある弁当は良い．
  • 晩 (2020): 米 0.5 合． 朝昼の残り．