ぎょーむ日誌 2000-10-17

2000 年 10 月 17 日 (火)

• 0735 起床． 寝たのは 0400 すぎてた． 毎朝のことながら， 眠い．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． あ， もう時間か．
• 0805 自宅発． 天気， くもり． 今日はキモチ悪さはないけど頭ふらふら． 0825 東京モノレイル流通センター発． モノレイル車内でバテる． 浜松町の気温 16 ℃． ふらふらと 0845 研究所着．
• へっぽこ状態にもかかわらず 午前中は小川モデリング ofr2000 の 作業が進捗した． 「ぎょーむ日誌」 書いてるヒマすらなかったほどである．
  • 昨晩からの続き． 成長パラメーターの 最尤推定用 plugin モジュール まわりの整備． 今朝寝る前数時間は こいつの Makefile 不備由来の 呪われ状態に苦闘していたのである．
  • それを側面から支援する BeginEnd2Table.pl なる 変換スクリプトの大改装． 出力がすきっとしました． かなりキモチいいです． というか， 今までがダメすぎた． あとこれで生成したテイブルの 特定カラムにチェックをいれる table_filter.pl を新しくつくる．
  • パラメーター推定試行錯誤． いまだケリがつかず． やばい．
  • ケリがついてないのに mlfitting を 「成長推定モード」で呼び出す ドライヴァー． 上の問題が終わってないので 途中で止まる．
  • 成長量に関する自動お絵描き． これは ofr1999 からの流用である． 開空度 (ごとき指標) と 成長量の間に樹種ごとの 違いが明確にあらわれているよーに見える． 錯覚かもしれんけど 少し幸せな気分になる．
  • mlfitting 高速化． 成長パラメーターの推定おそすぎ． しかしこの暴挙は はやくも泥沼化しつつまあり．
  …… と列挙してみると， ハンパにしか片付いてない内容ばかりである．
• とりあえず弁当食って気分をおちつける． 「ぎょーむ日誌」に 午前中の作業状態を書き， やはりへっぽこだと思う．
• 1335 ドロ沼化の危機を脱して mlfitting の高速化 (ついでに便利化) が終了． ああ， しかし測定してみると …… 一割ぐらいしか速くなってないな．
• 1400 よーやくマトモっぽいパラメーター推定始まる． 肥大成長量に関するやつである． 計算が遅くて気絶しそう． 尤度関数を二階微分した数式をいちいち導出してやる， という阿呆らしさを廃した mlfitting においては その代償として 計算速度が遅くなってしまったのである．
• ついでに気づいたこと． 最尤推定においてパラメーターが 収束するかどうかは， 尤度関数の表現方法に強く依存している． やはり， というべきか． パラメーター含む部分は「線形」に 表示してやるのがよろしいようである． もし可能であるならば， だけど ……
• 成長量のパラメーター推定計算， 冗談ではなくとてつもなく遅い． とくにイヌブナ (FGJ) みたいに 「本数がすごく多くて， サイズ依存性が希薄で， 明るい場所でも暗い場所でも すくすく伸びる」 ようなひねくれきった樹種にいたっては 計算開始して 5 分たっても 答えが出ない． いや， もちろん ThinkPad ぢゃなくて， BookPC (PIII 733 MHz ) 使っての計算ですよ． おかげで待ち時間に 「ぎょーむ日誌」に どんどん駄文が追加されていく．
• どうにかせんといかん． けっきょく 2184 本 (4 倍増値) からなるイヌブナは 1000 反復しても収束してないし (これに 10 分近くかかった)． モデリングの対象として選抜した 24 樹種の推定に 20 分かかってる． ThnikPad560E なら 2 時間かかっているところだ．
• うん， しかしイヌブナとクマシデ (CRJ, 529 反復) 以外は 100 反復未満で収束している． そして全 24 樹種のパラメーターが 比較的「そろってる」というか …… 樹種ごとに個性はあるけど， 以前よりは危うくないカンジ (?) ではある． 今までいろいろなパラメーターで 小川の樹木たちを推定してきたけど， こういう推定されたセットは初めてである． ちょっとした快挙．
• というのも， いままでのパラメーター推定では 「ある個体の周囲の合計胸高断面積」 というような 二乗とか含んでるロバストではない 量を用いてきたので， それを使ったパラメーター推定もまた ロバストならざるものだった， という印象がある．
• 今回から使い始めた， 開空度 (ごとき量) ならば 無理なくある範囲に収まるわけで， それはパラメーター推定の上でも 有利であるようだ．
• ちょっと考えて， 「暗さにどれだけ影響されるか」 パラメーターが負の値も取りうるように パラメーター初期化ファイルを書き換えてみる． イヌブナだけ推定やりなおし …… ほーら， やっぱりこいつは 「暗いほうがむしろよく成長する」 というやつなんだ．
• …… というハナシを真にうけてはいけない． そうではなく， たんにイヌブナ肥大成長量は 「明るさ」とはあまり関係なさそう， というのにすぎないのだろう． しかしながら「暗いところ」にいるやつ， すなわち小さい若い個体のほうが 成長が良い． そのため 「暗いところのほうが成長よい」 というような見かけの計算結果が 引っぱり出された， そーいうことです．
• つまり 私の使ってる確率論的成長量モデルが破綻してる， とも言える． まぁ， やむをえまい． 24 種もの樹木に共通してあてはめることのできる 数理モデル． どこかに無理があるんです．
• パラメーターの取りうる範囲を変えると 推定結果にも違いが生じることある． 選抜 24 樹種に関してパラメーター推定やりなおし． よーし， こんどは 7 分で全部終わったな …… これは足をひっぱってた 樹種が素直に収束するようになったためである． まぁ， まだ遅いけどね．
• イヌブナだけでなく， やはりクマシデも 「暗いほど良く育つ」 という見かけの結果になってやがるな． ふん …… ああっ， ブナ (FGC)， お前もか !! しかも値は 24 樹種中もっとも暗好み寄り．
• ちょっと， これはまずいかも． 24 樹種のうちでも優占的なブナ・イヌブナが 「暗いほどよく育つ」 ようなモデルになってしまう …… まぁ， いままでのパラメーター推定の経験を振り返っても， たしかにこいつらは変なんですけどね．
• ちなみに小川三大優占樹種の残りひとつである コナラ (QRS) は 暗いところで育てると 「もうダメ〜」 と すぐに弱音を吐くような， それらしい素直な良い推定結果です．
• table_lumping.pl というフィルターを作って データーを加工して推定やりなおすと 今度は 100 秒ちょっとで終わった． いや， べつに怪しげなコトをやってるわけではなくて， もともと 6ha だったのを 4倍に拡大して また元に戻しているだけなんで …… しかし推定結果はかわらない． この最尤推定がロバストであるのは喜ばしい． しかし， この暗いところの好きなブナ・イヌブナ どうにかならんかな． クマシデは本数が少ないんで変でも気にならんけど． 時刻 1605．
• 成長量パラメーター推定過程を完全に自動化して もいっぺん最初からやり直し． 「樹冠」はランダムに形が変わるので 一試行ごとに開空度なんかが変わるのである …… それはいいんだが， やはりパラメーター推定の結果， 変わらん． 憎らしいほどにロバストと言える．
• 1750． 3 回毎木調査ぶん (1987-1991 年) の データーをまとめて パラメーター推定． だいたい同じような結果． クマシデは年変動が大きいらしく， まとめると「明るさ」依存性がでるようになった． ブナ・イヌブナはもはや処置なし． というか， グラフにしてみると， 明るさにあまり依存してない， という解釈でよさそうだ． 尤度比検定でもやれば 問題のパラメーターは削除されるんだろう．

[コナラとイヌブナ]
横軸が太さ (cm) で縦軸は成長量(cm/2 年)．
赤線・青線はそれぞれ「明るいところ」「暗
いとこ」での成長量の期待値 ( = 1/λ，指
数分布に従うと仮定してパラメーター推定)．
コナラは暗いところで成長ががたっと落ちる
けど，イヌブナは変わらない (だから青線・
赤線が重なる) という推定なのです．

• さて， 尤度比検定やってるヒマあるか． ない． とりあえず後回し．
• 計算結果を gnuplot → eps ファイル → LaTeX で一覧にして dvi 出力という， いつものパターンで dvips 印刷． 横軸をサイズにしたもの， 開空度にしたものの 2 種類を作る． 48 枚のグラフが描かれた 4 枚の紙切れを 目の前につりさげてあれこれと考える．
• 昨年度版 ofr1999 よりはちょっと良くなったかんぢですね． 樹種ごとのあてはめに無理が少ない， とゆーか ……
• 1820 研究所発． 1830 東京モノレイル浜松町発． ああ， 本屋 dan にもう何日のあいだ寄っていないだろう …… うん? 今日はモノレイル車内混んでるな． と思ったら， 皆さん手にもった新聞に掲載されている データーを解析しつつ大井競馬場で降りていった． 今晩はウマが走るらしい． 1905 帰宅．
• 風邪をひきかけてるのか， ノドの具合が少し変なので よくうがいをしてみる． 晩飯を作る． 食ってからコーヒーなど飲んで ぼーっとする．
• 今後のだんどり検討する． 「科学」の〆切は一週間後． またぎりぎりになるだろう． これはもはや是非もなし． しかし 5000 字なのでたいしたコト書けないだろうけど， そんなに時間かからないだろう． 来週から書き始めてもかろうじて 25 日には間に合うはず．
• うん， 風邪などひいてはいかんな．
• ということで， 今週いっぱい， 日曜日ぐらいまではモデルいじりができるだろう． 今日一日で成長パラメーターはだいたい OK． 明日からは死亡のモデリング． これは新機軸が少し入るのでちと手間取るかもしれん．
• 問題は新規加入 (recruitment) のモデリングだ． 小川本にも書いた ofr1999 版の 「過去にむかって成長させる」 モデルは面白いんだが …… 説明に手間取るわりには 何をやってるのかわからないところがある． この手法は成長・死亡の推定に強く依存してるし …… たぶん時間ないだろうから， 新規加入は ofr1999 版のそれではなく ofr1998 型まで戻そうか． 不死鳥モデル． うう， また森林総研の人々から怒られてしまいそうな． ま， ときには 2 歩ススんで 1 歩後退 ……
• 樹木をコロす方法 あれこれ考えてるうちに， どんどん時間がすぎていく． 私は樹木の太らせかたについては， 樹種の個性にぴったりの 確率論的モデルやパラメーターを選んで差し上げる ことできそうんなんだけど， 死なせかたや増やしかたは 未だによくわからないのである．
• 真夜中． だるい． しかし眠くない． やっぱり， ずれてんだろうな． 体内時計．
• 今日の食卓
  • 朝 (0750): 米 0.7 合． キャベツ・シイタケ・油揚げの炒め煮． シイタケは干したのをもどしたもの．
  • 昼 (1230): 弁当． 米 0.7 合． キャベツ・シイタケ・油揚げの炒め煮．
  • 晩 (1950): 米 0.5 合． 朝の残り． 味噌汁を作り直す． だしはサバぶし． 豆腐・切り干しダイコン・ニンジン・ サツマイモ・ワカメ …… 例によってわけのわからぬ組合せだ．