更新: 2018-01-16 12:26:08
生態学のデータ解析 - R 処理の高速化
- R の処理を高速化する方法でも列挙できれば，と思っていたのですが……実験とかする必要があるので何も追加できていません
- RjpWiki 内の Rコード最適化のコツと実例集 は参考になりそう
雑
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data.frame()は便利だけど劇的に遅い
間瀬さん「R プログラミングマニュアル」(2007) に紹介されている事項
21.1 計算速度を速くするコツ
- ベクトル化演算を極力使う
- むき出しの繰り返しは避ける
- リスト・データフレーム操作は時間がかかる
- オブジェクトのサイズを後から変更しない
- 論理判断はできるだけ避ける
- if, while 文はできるだけ使わない
- ベクトルは論理添字集合で操作する
- 因子操作は時間がかかる
- 高速ライブラリ Blas の使用
- 総メモリ量を考慮する