ぎょーむ日誌 2011-10-(01-10)

2011 年 10 月 01 日 (土)

• 0820 起床． ラジオ体操． 朝飯． コーヒー．
• 怠業．
• Cardamine 統計モデリングのつづき． 今日は 4 状態 → 2 状態 × 2 としてみたのだが ……
• なかなか収束がよろしくない． これは， モデルが悪いということ．
• 昼飯後もぢたばた．
• 北大クラーク会館に散髪にいく． 前回は8/12だったので， ちょっとマがあいてしまった．
• 髪をきられながら， モデリングがうまくいってない理由をいっしょうけんめい考えてみたのだが …… genet size の問題か? サイズ 1 の genet がけっこうたくさんあるんだけど， これの場合 genet 差と地点差の区別がつかないはず．
• AEON 桑園で買いものしてから帰宅．
• 上記の小 genet 問題， ちいさいやつらはひとまとめにして， ひとつのグループとしてあつかってみたのだが (グループの効果がゼロで当然，何か効果があっても問題ナシ) …… やはりうまくいかない．
• 晩飯の準備． 晩飯．
• 夜もいろいろぢたばた試行錯誤してみたけどダメだった．

• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0640): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合．
  • 晩 (1950): 野菜のトマトソース鍋．

2011 年 10 月 02 日 (日)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー．
• 怠業．
• また Cardamine な統計モデリングのつづき ……
• あまりにもうまくいかないので， GeoBUGS の spatial.***() な関数にもテをだしてみる ……

• 予想された結末ではあるが， spatial.***() な統計モデリングは， サンプリングが 100 倍ぐらい遅くてつかいものにならない ……
• 昼飯の準備． 昼飯．
• 時間ぎれなので， Cardamine したうけはいったん中止． 無念．
• 次のしたうけぎょーむに着手するまえに， 岩波統計モデル本 おくれのおわびメイル (複数) かき， その他メイルかき．
• 放置してた事務雑用．
• しんどい．
• ラジオ体操． ひとやすみ．
• そして次の「危険な状態になっているしたうけぎょーむ」 マラリア蚊の統計モデリングの準備． 104 行 (これはふつー) × 211 列 (これは異常!) な CSV ファイル．
• これは空間構造あるんで， まずは地図づくりだ． 調査地は このへん． どうでもいいが， この Google Maps の Victoria Lake ケニア側の地図はちょっとデータおかしいな． 湖面に意味不明なかくかくたちが．

• 自分の作図にはふつーに shapefile とか探したほうがいいか …… 検索すると， Kenya の Administrative areas - Latitude and longitude coordinates - ESRI Shape file format KEN_admin_SHP.zip …… ダウンロードして， ほどいて R で作図．

  ken <- readShapeSpatial("KEN")
  

  これはケニヤの行政区全体が入っている．

  plot(ken)
  

  ふーむ， 場所によっては細かく分割されてるのね． 部族ごととか?

• で， Victoria 湖畔の調査地はどのへんかな， と sp オブジェクトをまさぐってみると，

  < ken@data[541:541,]
       ID     LBL FIP MMT_ID SHORT__FRM          LONG_FRM  ADM0   ADM1     ADM2  ADM3  ADM4
  540 541 KEN-541  KE    KEN      Kenya Republic of Kenya Kenya Nyanza Homa Bay MBITA GEMBE
         ADM5 STL.0 STL.1 STL.2 STL.3 STL.4 STL.5
  540 MIITINE   121     6     3     3     -     -
  

  このへんだとわかったので， 作図．

  plot(ken[541:553,], xlim = c(34.1, 34.3), ylim = c(-0.463, -0.46), col = "#aaffaa", bg = "#aaaaff", axes = T)
  points(d$Lon, d$Lat, pch = 20, col = "#ff400080")
  

  赤丸が調査した家．

• すでに日没時刻． ちょっとうんどう． 1850 自宅発 ミニ大通公園 走． かなり寒い． 雨ぱらぱら． 1920 帰宅．
• 外で晩飯．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操． 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． ミニ大通公園 走 30 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): ぱん吉の角食． チーズ． ヨーグルト．
  • 昼 (1220): スパゲッティー． レトルトパウチドのカニトマトソース． キュウリ・タマネギ・トマトのサラダ．
  • 晩 (1950): ミニ大通公園の西端ちかくの Agog で玄米プレート， ラムのグリル．

2011 年 10 月 03 日 (月)

• 0630 起床． ラジオ体操． 朝飯の準備． コーヒー． 朝飯． 0750 自宅発． 気温 7 度ぐらい． ぱらぱらと雨． 0820 研究室着．
• したうけぎょーむが危険な状態になってきたので， 岩波統計モデル本 作業はいったん放置， 昨日のつづきでマラリア蚊データにとりくむ．
• ともかくこのものすごく冗長なデータから， 必要な部分をきりわけなくては ……
• そして空間相関をくみこむための， 区画わけ自動化の工夫．

• 北大生協で遅い昼飯． 午前中の作業内容を考えてるうちに …… ひとつ前のしたうけぎょーむ， Cardamine の空間統計モデリングがなぜうまくいかなかったのかわかった． 空間分割が細かすぎたのだ! ひとつの区画にいくつかの観測点が入ってない場合， うまく場所差を推定できない場合がある． Cardamine はまさにそれ． われながらあほあほだなぁ ……
• マラリア蚊の統計モデリングにとりくむ． もー， 今日中になんとかやってしまいましょう!
• Caldamine は Cardamine のまちがいでしょう， とご指摘いただく …… うをー
• 工藤岳さんのデータ解析こんさる． うーむ ……
• マラリア蚊の統計モデル， ともかく一回の推定計算が 30 秒程度でオワるのがよい ……

• おっと， すでに 19 時すぎ． まだもうちょっと改良必要だけど， とりあえず帰宅するか． 1920 研究室発． 1945 帰宅． 晩飯の準備． ひとり晩飯なので， お手軽に．
• ちょっとうんどう．
• 晩飯の準備のつづき． 晩飯．
• マラリア蚊モデルの改良ぢりぢり …… まあ， こんなもんか．

• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.5 合． ネギ・魚河岸あげの味噌汁． ゴーヤ・ネギ・ソーセイジ・卵の炒めもの． 松前漬け．
  • 昼 (1350): 北大生協・中央食堂． イカ・ナガイモ丼． サラダバー．
  • 晩 (2050): スパゲッティー． ハクサイ・ダイコン・ニンジン・鶏肉のシチュー． トマト．

2011 年 10 月 04 日 (火)

• 0730 起床． ねぼうした． 朝飯． 紅茶． 0820 自宅発． 晴． 0850 研究室着． コーヒー．
• マラリア蚊の統計モデリングは (時間もないことだし) 昨日のあれで終わったことにするとして …… 来週の木曜日の Luis 会議でこれを自分で発表しないといけない， というのがかなりイヤなところだ． やれやれ． 準備に時間かかるだろう．
• やる気がでない発表準備は， LaTeX ではなく LibreOffice とか使うとラクかな?
• 1030 より研究室セミナー． 今日はなんだか自己紹介みたいなもの． 一時間ほどで終了．
• マラリア蚊の文献をちょっと探してみる …… とうぜんながら， すでにいろいろと空間階層ベイズモデルなんかが応用されている．
• どうも LibreOffice で投影資料をつくるってのはいまいちなかんぢなんで， いつものごとく LaTeX にもどってみる． たぶん …… R で図を生成 → LibreOffice でとりこみ → ドラッグして図を配置， という流れの最後の過程がイヤなんだろう (あるいは，R 作図やりなおすたびにこれを繰り返す必要があるから?)． LaTeX なら座標を指定すれば図は配置できる． ついでに， LibreOffice で PDF をとりこめないのがイヤなのかな? SVG は難なく import してくれるんだが (R の SVG はいまいち?)．
• 今日も北大生協で昼飯． のんびり．
• 研究室ねっと雑用， ちょっとばかり．
• また現実逃避的なのだが …… マラリア蚊の統計モデリングで， 空間統計モデルのこつみたいなものが少しわかったような気がしたので， 「収束しない!」 と放置してしまった Cardamine 生態遺伝学問題にふたたびとりくんでみる．
• おお， いろいろと改善されていく ……
• だいたい何とかなりそうな気がしたので， 1820 研究室発． 買いもの． 1850 帰宅．
• ラジオ体操． ちょっとうんどう．
• 今日もひとりぶんなので， お手軽晩飯．
• Cardamine 追撃戦 …… locus ごとの計算は 135 秒でぴしっと収束するようになった． 本日工夫した点:
  • 空間の粗視化: 今まで各点ごとに空間相関のある場所差を推定しようとしてたんだけど， これは明らかに細かすぎるとわかった --- で， なぜかしら結局 7x7 点を内包する巨大なグリッドを切ると (つまり全体の格子数は 3x3 とすると) うまくいった --- これでも locus によっては「なぞの環境ばらつき」がきちんとあらわれる
  • 全 loci の情報を借りる: 今のところ各 locus ごとに推定計算してるんだけど， その情報だけではうまく推定できない部分があるので，そのあたりだけ全体の情報を利用する (最終的には全部まとめて同時に推定するつもり)
  • 測定誤差まわりの階層ベイズモデル化: 測定まちがいの確率もデータから推定させる --- このような遺伝子のモデルの推定には「遺伝子よみちがいの確率」の組みこみが必要不可欠で (いれないと MCMC がツマる)， しかもそのようにモデリングしたほうがサンプリングが高速化， そしてこのまちがい確率なるものは (ホントの測定まちがい確率とはなんだか別もののような気がするのだが) なぜかしらデータから推定できる

• まあ， この統計モデリングの難所はきりぬけたのではないか …… ということで， しばらくまた放置することにしよう． 次に計算するときは「全部まとめた」モデルを試みることにしよう．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． 30 秒ぶらさがり × 3 回． ミニ大通公園 走 40 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 北大生協の中央食堂． 海戦丼． サラダバー．
  • 晩 (1950): スパゲッティー． ハクサイ・ダイコン・ニンジン・鶏肉のシチュー． ナシ． ヨーグルト．

2011 年 10 月 05 日 (水)

• 0710 起床． やはり 7 時間ぐらい寝たほうがよさそう …… 洗濯． 朝飯． 紅茶． 0820 自宅発． 0850 研究室着． コーヒー．
• うー
• いやはや， 現実逃避にはしってしまった …… コマンドラインからぎょーむ日誌に追記できる Perl スクリプト． ぎょーむ日誌を twitter 化しようというわけではないんだけど． (2011-10-05 11:52:18)

• 上の図のごとく kl なるコマンドで追記できる． (2011-10-05 11:53:46)
• あまり文字入力まわりを理解してなくて， そのあたりでてこずってしまった． まず， ターミナル画像の一番上でしくじっているように， HTML タグの < や > はうまく処理できないので， 次の入力のように double quoatation が必要． また， この書きこみのように長文なやつは， /bin/cat と同じようなかんじで 標準入力を使ってなんとかしたいと思っていたんだけど， 日本語文字を消すbackspace の処理とかがうまくできなくて， Perl 内で vim を起動するという乱暴な解決ですませてしまった． まあ， とりあえず動けばいいや． (2011-10-05 12:08:03)
• やはり editor を起動して書くよりはお手軽ですな． (2011-10-05 12:08:42)
• しかし何でもできるわけではないので， 依然として vim を使った入力・編集は必要． (この場合はタイムスタンプはつかない)
• 次の現実逃避としては <img ...> まわりの自動化ですなぁ …… (2011-10-05 12:12:47)
• コマかいところでごちゃごちゃと…… (2011-10-05 12:27:05)
• またメイルぎょーむにとらっぷされてしまった． (2011-10-05 12:50:53)
• 北大生協で昼飯．
• また研究室ネット雑用．
• なかなか次のぎょーむに着手できない． (2011-10-05 14:30:55)
• とりあえず， 来週木曜日のマラリア蚊モデルの発表準備でもやりますか． マラリア蚊モデリングはおもしろいんだけど， かくのごとくむりやり発表させられることになってしまったのは 楽しくない． (2011-10-05 14:37:18)
• とりあえず結果の作図あれこれ． (2011-10-05 14:37:51)
• とりあえずこんな作図のためのしくみを準備してみた． (2011-10-05 16:22:18)

• どうもいまいちなかんじで撤退． 1720 研究室発． 買いもの． 1755 帰宅．
• ちょっとうんどう． 1820 自宅発 ミニ大通公園 走． 1900 帰宅． 体重 72.4 kg． なかなか減少しない．
• 晩飯の準備． 今日もお気軽ひとり晩飯だけど， 明日の弁当に転用できるものも作る． 晩飯． 三晩連続で同じシチュー食ってるな．
• うーむ，要素の不可視化は visibilty:hidden + font-size または width ごちゃごちゃよりも，display:none がいいのかなあ……などと CSS ごちゃごちゃしてみたり． (2011-10-05 21:05:04)
• [今日の運動]
  • 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． 30 秒ぶらさがり × 3 回． ミニ大通公園 走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0640): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1300): 北大生協の中央食堂． つくね丼．
  • 晩 (1940): スパゲッティー． ハクサイ・ダイコン・ニンジン・鶏肉のシチュー． ニンジン・ピーマン・さつまあげのきんぴら．

2011 年 10 月 06 日 (木)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯． コーヒー． 弁当の準備． 0750 自宅発． 0820 研究室着．
• いつもながら朝の時間をうまく使えない …… ような気がする． うまく使えていないのは他の時間帯も同様かもしれないけれど． (2011-10-06 09:23:17)
• Google Chrome で disable cache とすると，体感速度が向上したような気がする……などとゆーことで遊んでいる場合ではない． (2011-10-06 09:50:32)
• 来週金曜日のあまりやる気のしない発表，その準備をさっさとススめますか．うー (2011-10-06 09:51:56)
• モデルの推定結果作図ではなく，投影資料づくりのほうにはまりこんでしまっていた．どちらも前途遼遠． (2011-10-06 11:07:56)
• けにあな図， 西端は Lake Victoria と Mbita 近辺の調査地． Google Maps の URL 引数， ll で緯度経度 (q とのちがいがわからん?)， z=12 とかでズーム指定， t=h で航空写真 + 地図， t=p で地形表示指示．

• お， Mbita は Wikipedia にのってる． なるほど， International Centre of Insect Physiology and Ecology (ICIPE) の Thomas Odhiambo campus があるから， ここで調査してるのか ……
• とりあえず地図あれこれを生成するしくみを整備．

• ばててきたので昼飯． (2011-10-06 13:20:16)
• 昼飯後も作図プログラミングのつづき．雨． (2011-10-06 14:30:18)
• 地図まわりはひととーりできた……ことにするか? (2011-10-06 15:17:40)
• どーもばてぎみだな．リンゴでもかじってみるか． (2011-10-06 15:56:05)
• 品種はあかね，紅玉とウースターペアメンの雑種．コープさっぽろだと 5 個 398 円．これにかぎらず当地はリンゴ (ほとんど青森産) が安くて良い． (2011-10-06 16:01:04)
• マラリア蚊モデル，もうちょっと変更してみるべきか? 対数線形モデル的なやつは， いまいちよくないような …… (2011-10-06 17:27:21)
• 捕獲マラリア蚊数はポアソン分布 & 吸人血確率は二項分布な階層ベイズモデルで …… これは多少の工夫で蚊数ゼロ問題を回避できる． やりなおしてみたけど， 結果はあまり変わらなかった． まあ， これでねらいどーり．

• とうぜん， 作図も全自動ですぐにやりなおせるようになってるわけで． ほとんどもとと変わらなかったけど．
• 1810 研究室発． ときどき雨ぱらぱら． 買いもの． 1840 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 長風呂 Kindle 読書．
• 明日以降の食事のため，サツマイモを鋳鉄鍋にほうりこむ……よくわからぬインスピレイションにみちびかれてあかねリンゴ・レイズン・ワインなども投入．あとは鍋まかせ．どうなることやら． (2011-10-06 22:59:55)
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 30 秒ぶらさがり × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0640): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1320): 研究室． 米 0.7 合． サケの塩焼き． ニンジン・ピーマン・さつまあげのきんぴら． カリフラワー． ミズナ．
  • 晩 (1950): 米 0.5 合． ハクサイ・ダイコン・ニンジン・鶏肉のシチュー． サケのムニエル， ネギ・ブナシメジのヴィネガーソース． ゆでブロッコリー． フキのつけもの．

2011 年 10 月 07 日 (金)

• 0640 起床． 朝飯． コーヒー． 弁当の準備． 0750 自宅発． 曇． 0820 研究室着．
• なかなか今日のぎょーむに着手できない．窓の外は雨．気温低下中． (2011-10-07 09:03:54)
• モデルの予測を図示してるんだけど，ゐんばぐすの負担を減らすべく全説明変数において中央化・標準化なんぞやってるとこういうときにとてもめんどくさくなる． (2011-10-07 11:26:17)

• 上のよーに モデルによる予測を調べていると，思ったより場所差の効果が大きいとわかったので， そのあたりの数値な図示も追加． (2011-10-07 12:06:45)

• 昼飯にするか．窓の外は雨． (2011-10-07 12:26:16)
• いろいろ作った図を LaTeX で配置． (2011-10-07 15:35:37)
• 科研費はめでたく残り 30% も支払われることになりました，とゆー学振理事長朱印状とどく． (2011-10-07 15:36:45)
• R 作図はひとまず，これぐらいなかなあ．

• これで一日がオワってしまった …… 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備 …… にとりかかろうとしたら状況終了との通信．
• ということで， 晩飯の準備は中断． ちょっとうんどう． 1810 自宅発 ミニ大通公園 走． 1850 帰宅． 体重 72.0 kg．
• なぜかしら外で晩飯．
• [今日の運動]
  • 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． ミニ大通公園 走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0640): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ソーセイジ． サツマイモのリンゴ煮． ゆでブロッコリー． ニンジン・ピーマン・さつまあげのきんぴら． ミズナ．
  • 晩 (1950): なぜかしらモントルグイユでおいしいものを食べました．

2011 年 10 月 08 日 (土)

• 0800 起床． よく寝た． ラジオ体操． 朝飯． 紅茶． 晴．
• 怠業． (2011-10-08 09:23:14)
• 昼飯の準備． 昼飯．
• 怠業状態から脱出できない．
• 1430 自宅発． なぜかヨドバシふらふら． 1530 研究室着．
• 岩下さんメイルやりとり． さすが， 現場でマラリア蚊データとった人がみるといろいろわかるもので， 統計モデリングの結果としてえられた 「原因不明な場所差」 の一部は局所的な家屋密度なんかで説明できるのでは， といったご指摘いただいたり．

• 1800 研究室発． 1820 帰宅． 晩飯の準備．
• ちょっとうんどう．
• 晩飯の準備のつづき． 晩飯．
• 岩下さんから追加の資料などいただく． たいへん助かる．

• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0640): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1210): 温かいかけそうめん， ネギ・さつまあげ．
  • 晩 (1920): ハクサイ・ネギ・エノキダケ・ブナシメジ・はんぺん・タラ・ホッケすり身の鍋． 卵雑炊．

2011 年 10 月 09 日 (日)

• 0740 起床． 朝飯． 紅茶．
• また怠業状態におちいる．
• 岩波統計モデル本 修正作業にさっさと復帰したいのだが (あまりにも長期にわたって続いている圧迫感からそろそろ脱出したい)， 次の金曜日のよくわからぬ発表準備がどうにも気になる． ということで， こちらを先にひととーりかたづけてしまおう． いやはや．
• Anpheles なサイトから蚊の略図を借用することに．URL メモ． (2011-10-09 11:46:58)
• 1330 自宅発． 昼飯． 1450 研究室着．
• うーむ， 岩波本の第 7-8 章あたりまでの修正をさっさと終わらせなさい， とゆー指示が． とりあえず， 第 7 章の再みなおしをやってしまうか．
• ぢりぢり
• 1750 研究室発． 買いもの． 1820 帰宅． 晩飯．
• 岩波本第 7 章みなおしのつづき ……

[苦闘の GLMM 章]

この第 7 章はこないだまで， 「とらんすふぉーめいしょん」 な大改訂をやってたので， また文章の点突然変異・欠失・組み換え・重複・フレイムシフト が生じていないかの点検が必要．

• とりあえず， ひととーりできたので， PDF ファイルを rsync してメイル連絡してみる．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0640): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): JR 桑園駅高架下のきし麺専門店・きじやで五目きし麺．
  • 晩 (1920): 米 0.5 合． 「ふ」のすまし汁． サンマのナンプラー煮． ホウレンソウ・エノキダケの炒めもの． 豆太の豆腐 & フキの味噌漬け．

2011 年 10 月 10 日 (月)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯．
• 1020 自宅発． 1040 研究室着．
• 金曜日の発表の準備ぢりぢり …… なかなか進捗しない．

• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備．
晩飯．
• 明日以降の弁当の準備．
• [今日の運動]
  • うーむ， うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 研究室． クロワッサン． バナナ． リンゴ．
  • 晩 (1900): ネギ・シュンギク・ブナシメジ・エノキダケ・シイタケ・鶏肉の鍋． 卵雑炊． サンマのナンプラー煮．