ぎょーむ日誌 2011-09-(21-30)

2011 年 09 月 21 日 (水)

• 0620 起床． ラジオ体操． コーヒー． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． 0800 自宅発． 台風がぢりぢりと接近してるけど， 雨が降るのは夕方以降とのこと． 0830 研究室着．
• ぐだぐだと雑用処理とか．
• 岩波統計モデル本 修正作業のつづき．
• 農学部の山浦さんのデータ解析こんさる．
• 第 7 章の GLMM 説明かきなおしのつづき．
• 1205 研究室発． ひさびさに北大構内走． 今日の夜は雨ふりそうだし， ごたごたしてそうだし …… 1240 研究室もどる． ぐったり． 昼飯．

[ひさびさ北大構内走]

やっぱり横断歩道がない & 歩行者優先なので， ひじょーに走りやすいです．

• データ解析こんさるメイルかきなどに対応しつつ， 7 章かきなおしをぢりぢりとススめる．
• しかし， まだ終わらん． 1730 研究室発． 札幌駅南面をうろうろ． ぐったり． 晩飯． 台風はまだ遠いけど， 雨がちょっと降り始めた． 帰宅．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 30 秒ぶらさがり × 1 回． 北大構内走 35 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米 0.5 合． ネギ・シジミの味噌汁．
  • 昼 (1300): 研究室． 米 0.7 合． ソーセイジ． タマネギさつまあげ． サツマイモのショウガバター蒸し． ブロッコリー． プチトマト． ミズナ．
  • 晩 (2030): 時計台ビルのリゾット専門店でイカスミリゾット．

2011 年 09 月 22 日 (木)

• 0620 起床． ラジオ体操． コーヒー． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． 0800 自宅発． 雨はやんでる． 0820 研究室着．
• データ解析こんさるの季節に突入しつつあるのか …… メイルかきいろいろ． まあ， いろいろ勉強にはなります． GLMM 章の内容とも関連してるのもあるし．
• 岩波統計モデル本 第 7 章かきなおしのつづき．
• 第 7 章の終了節でつまる ……
• えーっ? 超光速粒子 が CERN で見つかったって? そりゃーたいへんなことだ …… なお， このニュースは 9/23 (金) に発表されたものなんだけど， 「過去」に飛翔する超光速粒子を利用した 超光速通信が可能になったので 9/22 (木) のぎょーむ日誌に掲載されています．
• 1720 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 30 秒ぶらさがり × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.5 合． ゴボウさつまあげ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ゴボウさつまあげ． サケのしぐれ煮． ブロッコリー． プチトマト． ミズナ．
  • 晩 (1950): 米 0.5 合． ダイコン・油揚げの味噌汁． ニンジン・タマネギ・ピーマン・シイタケのグリル． サケのムニエル …… 今日は大きな鋳鉄鍋を使って焼いたのでうまくできた! (なぜ今まで中華鍋で作ろうとしていたんだろう?)

2011 年 09 月 23 日 (金)

• 0720 起床． ラジオ体操． 朝飯． コーヒー．
• 怠業．
• 0930 自宅発． 0950 研究室着．
• 秋分から春分まではデータ解析こんさる繁忙期と定義すべきだろうか ……
• なぜか大通公園周辺をふらふら． ヒトごみにばてばて． 昼飯．
• 岩波統計モデル本 修正作業はなかなかハカどらづ …… はやく第 7 章から脱出したい．
• えーっ? 超光速粒子 が CERN で見つかったって? そりゃーたいへんなことだ …… さっそくこれを使って 過去 への通信を試みてみよう．
• 1800 研究室発． ぱらぱら雨． 買いもの． 1830 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• うー
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): シリアル． ヨーグルト． バナナ．
  • 昼 (1200): なぜか， モントルグイユでらんち．
  • 晩 (1950): Pino のパン． タマネギ・ニンジン・ブナシメジ・鶏肉のトマトスープ． キャベツ・キュウリ・ネギ・シーチキンのサラダ．

2011 年 09 月 24 日 (土)

• 0820 起床． よくねた． 朝飯． コーヒー．
• 1040 自宅発． 1110 研究室着．
• 岩波統計モデル本 修正作業のつづき ……
• 夜までかかって， よーやく第 7 章から脱出． ちょうど二ヶ月前 にも同じよーなコトをやっていたわけだが …… これが最後の大改訂であってほしい．

• 1810 研究室発． 買いもの． 1840 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 今日は何もうんどうしてないなあ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): Pino のパン． タマネギ・ニンジン・ブナシメジ・鶏肉のトマトスープ． キャベツ・キュウリ・ネギ・シーチキンのサラダ．
  • 昼 (1200): Pino のパン． バナナ． リンゴ．
  • 晩 (1950): ハクサイ・ネギ・シイタケ・油揚・しらたき・サケ・タラの味噌鍋． 卵雑炊．

2011 年 09 月 25 日 (日)

• 0720 起床． ラジオ体操． コーヒー． 朝飯の準備． 朝飯．
• 0910 自宅発． 0930 JR 札幌駅ビル映画館シネマフロンティアで， ライフ みた． 動物 (植物も少し) 生態を Planet Earth とかで キタえあげた BBC 入魂の野外撮影技術を駆使して激写してやるぜ TV 番組の 90 分だいぢぇすと． まあ， 私は Planet Earth なんべんも見てすでに驚倒しつくしているので， あまり驚かずに「お，また新しくいろいろとったな」てなかんぢで見てた． とはいえ， ぜんぜん退屈しなかったよ． そうそう， 新世界ザルも道具を使うってのは知らなかったので (しかも何世紀も同じナッツわり石台を使ってるとか) 驚いた． 論文として報告されたのは 6-7 年前だそーで．
• この Life についても， カメラマンたちの忍耐・工夫・狂気の撮影うらバナシ映像みたいなー
• ちょっと本屋とかうろうろして， 1200 研究室着． 昼飯．
• 岩波統計モデル本 修正作業， 第 7 章はとりあえずオワったことにして， 第 8 章 MCMC 導入編の修正作業に突入．
• 説明かきなおし・作図やりなおしがめんどくさくなったので， 図を一個削除した． 短縮は善! …… と思いたいんだけど ……
• 第 7 章とらんすふぉーめいしょんのごとき七転八倒な構成変更ないんだけど， 図の順番をいれかえないといけないんだよね …… いれかえたはいいが， ちょっと説明かきなおしにツマる．

• 1710 研究室発． 買いもの． 1740 帰宅． 晩飯の準備．
• 晩飯の準備のつづき． 晩飯．
• AEON 桑園に米とか買いだしにいく． お， すでに新米が． しかしケチって昨年米を買った．
• 第 8 章の図をちょっと修正 …… まあ， ユーモアということで．

• ちょっとうんどう． 2115 自宅発 ミニ大通公園 走． 南東の空に木星が明るくかがやいてるなあ． 2145 帰宅．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． 30 秒ぶらさがり × 1 回． ミニ大通公園 走 30 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): ネギ・サケ・卵炒飯．
  • 昼 (1200): 研究室． コゼット円山のクロワッサンとか．
  • 晩 (1950): 米 0.5 合． ミツバ・ナメコ・タラの味噌汁． サンマの塩焼き． コマツナ・エノキダケの煮びたし．

2011 年 09 月 26 日 (月)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯． コーヒー． 弁当の準備． 0800 自宅発． 晴． 0820 研究室着．
• 岩波統計モデル本 修正作業のつづきをやりたいところだが …… 放置したうけぎょーむのひとつが危険な状態になってきたので， とりかかってみる．
• まずは地図づくり …… これだけで午前中を費やしてしまった． 近傍探索するための R コーディングのこつは， 地図の周囲に buffer を追加し， あとはループは回避して vector & matrix 計算に帰着させること．

• 昼飯．
• もっともめんどうな作図はなんとかなったけど， もうちょっとススめておくか．

• 空間のようすがわかってきたので， library(lattice) な作図もいろいろ．

• とりあえず着手すべき統計モデリングもわかってきた． 解析いんふらもできてきたし ……
• 今日の岩波本作業に着手しますか． 時刻はすでに 1530． いやはや．
• 第 8 章「とびだせ MCMC!」章の修正のつづき．
• 章のなかばあたり， やはりかなり書きなおしが必要． 1740 研究室発． 買いもの． 1810 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• うー …… 夜は仕事にとりかかれん．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． うんどう不足ぎみ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0650): シリアル． 牛乳． ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． サケの塩焼き． ゴボウ天． プチトマト． 煮豆． サニーレタス．
  • 晩 (1950): 米 0.5 合． ミツバ・エノキダケ・ハンペンのすまし汁． アブラコの煮物． モヤシ・ニラ・ネギ・豚肉の炒めもの．

2011 年 09 月 27 日 (火)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯． コーヒー． 弁当の準備． 0800 自宅発． 晴． 0820 研究室着．
• メイルかきいろいろに時間とられる． どうも作文速度が遅いってのが， あちこちでアシをひっぱってますなあ．
• 昨日の下うけぎょーむのつづき．
• 1205 研究室発． 北大構内走． あいかわらず晴． 1240 研究室もどる． 昼飯．
• 下うけぎょーむ， 統計モデリング前の作図作業のつづき． lattice な地図． 複雑な構造のデータではあるが， これでよーやくわかってきましたよ ……

• つづきはまた明日．
• 岩波統計モデル本 修正作業にとりかかる． 時刻はすでに 1515． 第 8 章 「無敵のチカラはぼくらのために! マジンガー MCMC」 登場までの苦闘．
• 図のつくりなおしでオワってしまった …… 1740 研究室発． 買いもの． 1810 帰宅． 晩飯の準備． ついでに， 今シーズン初のリンゴジャムづくり (紅玉)． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． ミニ大通公園 走 35 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0640): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． サケのグリル． ソーセイジ． ゴボウ天． ブロッコリー． サニーレタス．
  • 晩 (1930): 米 0.5 合． ネギ・アサリの味噌汁． ニラ麻婆豆腐． モヤシ・ネギ・ハンペンのあえもの． ナシ． ヨーグルト． リンゴジャム．

2011 年 09 月 28 日 (水)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 0820 研究室着．
• 金曜日までに何らかの成果をださねばならぬ放置データ解析のつづき． table() で分割表をつくってみる．

          1   2   3   4
    L01  10   2 294   9
    L02  34   0 277   4
    L03 224   1  90   0
    L04  53   1 260   1
    L05  85   2 212  16
    L06   5   0 300  10
    L07 262   5  42   6
    L08   2   0 259  54
    L09  59   2 252   2
    L10  90   2 218   5
    L11   8   1 289  17
    L12 149   7  81  78
    L13   6   0 305   4
    L14   3   1 263  48
    L15  10   2 299   4
    L16   3   1  23 288
    L17   6   0 309   0
    L18  91  20  51 153
    L19   4   0 259  52
    L20   1   4  89 221
    L21  18   2 295   0
    L22  80   0 234   1
    L23 130   1 181   3
    L24  21   2 290   2
  

  ゼロはめんどうだな． とはいえ， 24 箇所を同時にあつかえるほどの計算機ぱわーもない …… この分割表を悪用した， 何かごまかしのごときものが必要とされているよーで．
• 今日はいちにちいじゅう BUGS なモデリングの工夫．

• 今回は BUGS コードを別ファイルにしないで， R の中の関数として定義した． library(R2WinBUGS) の write.model() 関数を使うとテキスト出力できる， と．
• で， 推定計算のほうはモデルに何か問題があってうまくいかない． やはりデータ構造が複雑すぎる ……
• 1740 研究室発． いかん， ヨドバシでトラップされてしまった． 買いもの． 1850 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 明日の弁当の準備．
• ゐんばぐす計算のつづき ……
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0650): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): ひさしぶりに北大生協で昼飯． 鶏肉丼． サラダバー．
  • 晩 (1950): 米 0.5 合． ネギ・油揚の味噌汁． ホッケの開き． ニンジン・ピーマン・ブナシメジ・豚肉の炒めもの． ナシ．

2011 年 09 月 29 日 (木)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯． コーヒー． 弁当の準備． 0800 自宅発． 0820 研究室着．
• 今日もいちにち 岩波統計モデル本 作業は放置して， 複雑なる階層ベイズモデリングのつづき． 何しろ， 明日までに結果を出さんといかんので．
• まる一日苦闘して， なんとかまともっぽい結果がでるようになった． Gaussian Random Field 三枚がさねとか尋常ではない …… しかし， いろいろと工夫して当初は 600 秒かかった計算を 130 秒程度に短縮できた． ただしこれは 1 locus のみ．
• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 「とりあえず」なモデルを使って， 今度は 24 loci をひとつずつ計算 (本来は全部いっぺんにやるべきなんだろうけど， ちょっとそれは苦しい) …… やっぱりいくつかではうまくいってないか． まあ， 明日のハナシはこれでいくしかない．

• 明日はどうなることやら……
• 風呂 Kindle DX 読書でちょっとりらっくす．
• Amazon が新しい Kindle いろいろだしましたねー …… とりあえず液晶 Android な Kindle Fire はそれほど興味なくて (いつの日か液晶板は必要になると思うのだが)， やはり E-ink の表面をタッチパッドを貼った Kindle touch が気になった． これはマルチタッチで動かせるからといって， iPad とかみたいにペイジめくりのアニメイションがぬるぬる動いたりするわけではない． 従来の Kindle と同じようにいったん暗転してペイジがきりかわるだけだ． しかし文中の単語をダイレクトに選べたり (たぶんできるよね?)， 旧 Kindle の悪夢のごとき qwerty 鍵盤を使わなくてすむのは， かなりありがたいのではないかな …… スキャン & 変換された PDF 本よむしかないアワれな日本人たちのために， 9 inch Kindle touch DX も出してくだされ．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 腕立ふせ 15 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． 30 秒ぶらさがり × 3 回． ミニ大通公園 走 40 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0650): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ニンジン・ピーマン・豚肉のきんぴら． ゴボウ天． ブロッコリー． プチトマト．
  • 晩 (1950): ハクサイ・ネギ・シュンギク・豆腐・シラタキ・タラの鍋物． 卵雑炊．

2011 年 09 月 30 日 (金)

• 0620 起床． ラジオ体操． 弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 雨． 0830 研究室着．
• 今日のデータ解析こんさるの準備． 昨日の推定計算の結果をいろいろとまとめようとする努力．
• しかしぜんぜんまにあわず， 午前中は荒木さんにここ数日 (いや，モデリングしてたのは昨日だけか?) の統計モデリング報告． まあ， 時間的によゆーのある meeting なんで， 説明しながら推定結果のとりまとめとか．
• 他人に自分のやったことを説明してると …… モデリングのまずさが理解できてきた．
• 昼飯． ひとやすみ．
• 午後はさらに工藤洋さんも参加して， 解析とりまとめの方向の検討など．
• その後， 荒木さんに R による genet 地図作りの説明とか．
• 夕方に終了したんだけど …… アタマぼーっとしてふりーづ状態．
• 1800 研究室発． 雨の中をてくてく歩いているうちに， アタマがしだいに動きはじめ …… 今日の統計モデリング相談あれこれが整理されてきた． これは各標本が 4 状態のどれをとるのか， その確率が何で決まるのかといったことをあつかうものなんだけど， 4 状態というのは意外とめんどくさいし， どうも「ぴしっ」としない． そのへんについて， 荒木さんが最後に「二重の 2 状態の問題としてあつかったら?」 と提案していただいたんだけど， そのときはあまりそれは良いアイデアとは思えなかった． しかし， てくてく歩きながら考えているうちに， 「二重の 2 状態」化は推定計算をかなり簡単にするだけでなく， 結果もわかりやすくなり， さらにやっかいだった「欠測」問題にもうまく対処できる …… とわかってきた． じつは 4 状態のままだとどうやっても冗長になってしまうんで， 昨日から 「なンかおかしいな?」 といぶかしく思ってたんだけど， この問題に関しては (一見するとごまかし & superficial な) 二重の 2 状態が本質的で， 間然とするところがない．
• われながら， あほあほだったなぁ．
• しかし， もし何か別の問題で「5 状態」とか出てきたら， どうやって冗長性を回避すればいいのか， 依然としてよくわからないところがある． 2² + 1 とするのか? うー
• 自宅ちかくの三国屋で晩飯． アタマばてばてな状態のときは， 三国屋においしい晩ごはんが楽ちんだなぁ． さらに倫敦館でエスプレッソ． アタマすっきり． のんびり休んでから， 2040 帰宅．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 腕立ふせ 15 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． 30 秒ぶらさがり × 3 回． ミニ大通公園 走 40 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0640): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 研究室． ぱん吉のサンドイッチ． 今日は正午すぎに行ったので角食を入手できた!
  • 晩 (1950): 三国屋の定食， サバの味噌煮．