ぎょーむ日誌 2011-10-(11-20)
2011 年 10 月 11 日 (火)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
弁当の準備．
0800 自宅発．
晴．
0830 研究室着．
-
うーむ，いまいちだなあ……
(2011-10-11 10:02:49)
-
金曜日のマラリア蚊発表の紹介のつづきにとりくむ．しんどい．
(2011-10-11 10:03:26)
-
1030 より
研究室セミナー，
今日は保要さんと斉藤君という露崎さん学級 D 院生．
二人とも無事にここを脱出してくれればよいのだが
……
-
昼飯．
-
どーにもヤル気のでないマラリア蚊発表のつづき．
さっさと終わらせたほうがラクになるとはわかっているんだけど
……
-
1740 研究室発．
買いもの．
1810 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
うーむ
-
[今日の運動]
-
朝のラジオ体操．
30 秒ぶらさがり × 3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0640):
シリアル．
ドライフルーツ．
ナッツ．
ヨーグルト．
- 昼 (1220):
研究室．
雑穀米 0.7 合．
ピーマン・ニンジン・ブナシメジ・鶏肉の炒めもの．
さつまあげ．
サツマイモのリンゴ煮．
ササゲ．
レタス．
- 晩 (1920):
米 0.5 合．
「ふ」の味噌汁．
麻婆茄子．
サツマイモのショウガバター．
フキの味噌漬け．
2011 年 10 月 12 日 (水)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
弁当の準備．
0750 自宅発．
晴．
0820 研究室着．
-
うーむ，
朝からデータ解析こんさる?
-
さてさて，
マラリア蚊
……
発表準備がなかなかススまない．
やる気なし?
-
午前中は説明図つくりで終了．
昼飯．
とつぜん真っ暗になる曇天．
強風．
遠雷．
雨．
-
午後も牛歩の発表準備．
-
とにかく作業がのろくて (やる気なしデスすぱいらる)，
もうちょっとで完成なのにオワらなかった．
うう．
1730 研究室発．
ちょっとだけ雨ぱらぱら．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
-
ちょっとうんどう．
-
晩飯の準備のつづき．
晩飯．
-
うー
-
明後日の発表準備は何とかまにあうんだろーけど，
いったいこのために何日を失いつつあるのか
……
-
[今日の運動]
-
朝のラジオ体操．
腕立ふせ 10 × 3 回．
腹筋運動 30 × 3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0640):
シリアル．
ドライフルーツ．
ヨーグルト．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
サケの塩焼き．
ピーマン・ニンジン・ブナシメジ・鶏肉の炒めもの．
サツマイモのショウガバター．
さつまあげ．
ササゲ．
レタス．
リンゴ．
- 晩 (1930):
米 0.5 合．
ダイコン・油揚の味噌汁．
アブラコの煮つけ．
ゆでモヤシ・ネギのポン酢あえ．
2011 年 10 月 13 日 (木)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
弁当の準備．
0750 自宅発．
晴．
0820 研究室着．
-
明日のマラリア蚊発表の準備はもうちょっとで終了なのだが
……
このやる気ナシ感はひどい．
-
早くオワらせたいと思いつつ，ぢりぢりとしあげ作業．
(2011-10-13 11:20:09)
-
ばててきたので昼飯．
うー
-
どーにかこーにか，ひととーりできた……
(2011-10-13 12:45:58)
-
とりあえず，
岩下さんに連絡．
-
aspell -l en_US -c -t XXX.tex
(これで LaTeX を無視する)
したら，
死ぬほどスペルミスが
……
しかも，
たいはんは vim の安直なる半自動補完によるもの．
なぜ自分では気づかないんだろうね
……
-
見直し作業つづける．
-
しかし集中力もきれてきた．
(2011-10-13 14:43:00)
-
マラリア蚊モデル発表準備もイヤになってしまったので，
りはびりと称して
岩波統計モデル本
第 8 章の修正作業の準備．
まーた，
あれこれと書き換えないといけないんで
……
-
やっぱり岩波本作業をさっさと終わらせていないことが，
継続的抑圧感の根本的な原因だろーと思われます．
(2011-10-13 15:20:45)
-
しかしマラリア蚊の渦から脱出してみると，
MCMC 説明なんてたいしたことないよーな気もしてきた
……
何かの錯覚である可能性が高いとしても．
-
17 時から
研究院あわー，
長崎大の皆川さんのマラリア蚊とーく．
私にとっては Victoria 湖周辺のハマダラカの復習になりました．
-
1830 研究室発．
買いもの．
1900 帰宅．
晩飯の準備．
-
ちょっとうんどう．
1930 自宅発
ミニ大通公園
走．
2000 帰宅．
-
晩飯の準備のつづき．
晩飯．
-
明日の弁当の準備．
-
[今日の運動]
-
朝のラジオ体操．
腕立ふせ 10 × 3 回．
腹筋運動 30 × 3 回．
30 秒ぶらさがり × 3 回．
ミニ大通公園
走 30 分間．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0640):
シリアル．
ドライフルーツ．
ヨーグルト．
- 昼 (1200):
研究室．
雑穀米 0.7 合．
ピーマン・ニンジン・ブナシメジ・鶏肉の炒めもの．
サツマイモのショウガバター．
ソーセイジ．
ササゲ．
レタス．
リンゴ．
- 晩 (2030):
そうめん．
モヤシ・レタス・豚肉の炒めもの．
2011 年 10 月 14 日 (金)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
弁当の準備．
0750 自宅発．
晴．
0820 研究室着．
-
朝から晩まで Luis の
``Modeling vector borne disease of Africa
--- Exploring joint collaborative efforts''
会議．
-
2220 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0640):
シリアル．
ドライフルーツ．
ヨーグルト．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
塩鮭．
レンコン・ニンジン・豚肉の炒めもの．
ササゲ．
レタス．
- 晩 (1930):
北 12 西 3 のてんぐの蔵でいろいろ食べました．
2011 年 10 月 15 日 (土)
-
0720 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
雨はやんだ．
曇天．
0940 研究室着．
-
今日も昼まで Luis の
``Modeling vector borne disease of Africa
--- Exploring joint collaborative efforts''
会議のつづき．
-
1240 研究室発．
1310 帰宅．
昼飯．
-
うーむ怠業状態から脱出できない．
-
ちょっとうんどう．
1705 自宅発
この時刻ですでに日没．
ミニ大通公園
走．
1745 帰宅．
-
買いもの．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
朝のラジオ体操．
腕立ふせ 10 × 3 回．
腹筋運動 30 × 3 回．
30 秒ぶらさがり × 3 回．
ミニ大通公園
走 40 分間．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0640):
シリアル．
ドライフルーツ．
ヨーグルト．
- 昼 (1200):
米 0.7 合．
タイカレー．
- 晩 (1950):
米 0.5 合．
ホタテのヒモの味噌汁．
レタス・パプリカ・ホタテのワイン・バター蒸し．
コマツナのゴマあえ．
2011 年 10 月 16 日 (日)
-
0740 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
-
怠業．
外は雨．
-
そうじ．
-
晴れてきたので，
ちょっとうんどう．
1105 走りにでようとしたら，
またいきなりの雨．
-
待機．
-
レーダー観測によれば雨雲も去ったようなので．
1130 自宅発
ミニ大通公園
走．
解毒解毒．
途中，
雨ぱらぱら．
1210 帰宅．
体重 71.4 kg．
お，
順調に低下中?
-
怠業．
昼飯の準備．
昼飯．
-
1345 自宅発．
晴．
1410 研究室着．
-
うー
-
よーやくにして，
岩波統計モデル本
第 8 章 MCMC 導入のかきなおし作業の再開．
-
これまで「ねらいとする分布」としていたところを定常分布にかえて，
マルコフ連鎖との対応づけを明確にするという変更．
-
まだまだ終わりそうにない
……
しかし，
ここさえ突破すれば．
-
1730 研究室発．
買いもの．
1800 帰宅．
-
近所の寿司屋「柿八」でおいしいものいろいろとごちそうになりました．
-
世界が第二の焚書時代を迎えた6つの理由
……
うーむ，
北大の図書館はいま拡張工事中なのだが
……
重複図書の廃棄にさきだって，
重複図書の一部16,000冊を配布するそうです．
-
[今日の運動]
-
朝のラジオ体操．
腕立ふせ 10 × 3 回．
腹筋運動 30 × 3 回．
ミニ大通公園
走 40 分間．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
パンケイキ．
- 昼 (1300):
米 0.7 合．
タイカレー．
- 晩 (1950):
柿八でおいしいものいろいろ．
鮭児 の刺身，
キンキ
の寿司といった珍しいものもいただきました．
2011 年 10 月 17 日 (月)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
弁当の準備．
0750 自宅発．
0820 研究室着．
-
起動状態よろしくない．
-
岩波統計モデル本
修正作業のつづき，
第 8 章 ``もしもし MCMC''．
-
ぢりぢり
-
昼飯．
いきなり雨．
すぐにやんだ．
-
来年 3 月の生態学会大会
(瀬田だってさ)
の自由集会
について，
粕谷さんとちょっとメイルやりとりして，
お手軽にぽいっともうしこんでしまった．
木曜日夕方が〆切なんだけど，
岩波本にヤラれてるうちにどわすれしそうなんで．
お，
自由集会もうしこみ番号はまだ二番目か．
==========================================
【提案受け付け番号】:XW-002
【提案者お名前】: 久保拓弥 様
【所属】: 北海道大
【タイトル】: データ解析で出会う統計的問題 -- 分割表の問題と統計モデリング
【提案内容】:
分割表は生態学において多くの人がとてもよく遭遇するタイプのデータ集計であるが，
あまり良く理解されて使われている場合もある．
複数の表のプールに起因する問題 (SimpsonのパラドクスやMantel-Haenszel検定)，古
典的なカイ2乗検定や Fisher の検定が overdispersionなしを仮定していること，ロジ
スティック回帰・ポアソン回帰など統計モデル・ベイズモデルとの関係など，生態学研
究者にとって興味のある問題について検討し，参加者といっしょに議論したい．
[講演予定者]
・粕谷英一 (九州大)
・久保拓弥 (北海道大)
【受け付け日時】: Mon Oct 17 12:55:18 2011
==========================================
また岩波本かきなおし作業のつづき．
(2011-10-17 13:10:25)
ぢりぢり．
気分転換にマラリア蚊モデルの小改良．
「水」からの平均距離とかではなくて，
やはり lagoon からの距離ならば，
人血吸血確率の説明変数として使えるな
……
局所的な蚊密度の説明変数になってないのは，
おそらく蚊 species の影響かな?
フネスタスちゃんは lagoon 好き & 人血好き?
「定常分布」とゆーコトバを使った説明への書きなおし．
まあ，
図解しとけばおおかたの読者も何となくわかった気分になれるでしょ．
もっとゲンミツにやりたい人は他書をあたってくだされ．
-
1830 研究室発．
買いもの．
1900 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
カボチャを煮る．
-
ばてばて．
-
[今日の運動]
-
朝のラジオ体操．
30 秒ぶらさがり × 3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0640):
シリアル．
ドライフルーツ．
ヨーグルト．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ブリ切り身のグリル．
サツマイモ．
さつまあげ．
レタス．
リンゴ．
- 晩 (1950):
米 0.7 合．
モヤシ・ネギ・マイタケ・とんとろの炒めもの．
サツマイモ．
2011 年 10 月 18 日 (火)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
弁当の準備．
0740 自宅発．
0800 研究室着．
-
今日もぢりぢりと
岩波統計モデル本
修正作業にとりかかる．
-
昨日の修正部分をチェック．そして，いよいよ強引にベイズ統計モデルを導入するくだりに突入．
(2011-10-18 09:00:47)
-
研究室セミナー，
今日は江川さんでサロベツ植物の種子動態まにあっくすなハナシ．
シードバンクぐるいなヒトたちには，
休眠機構な生理生態派と個数消長追跡の動態派が
……
-
昼飯．
-
江川さんとシードバンクなモデリングの相談
……
そう，
これは logistic 回帰とか帰着できる問題ではないんですよね．
-
岩波本修正作業．
-
1630 すぎより，
情報基盤センター北館 4F 会議室で，
統計関連学会連合大会
(2012 年 9 月・札幌)
の第一回実行委員会会議
……
うーむ，
工学部系とゆーのは，
会議開始時間が遅れない・さっさと終了するというハナシを以前にどこかで
聞いたよーな気がするんだけど，
反例をひとつ発見した．
みなさんしゃべるのが好きですなあ．
1.5 時間ちかい会議で判明したことは，
来年度の大会も 800 人ぐらいくるけど，
それは構内北部の "コウキノウせんたー" (旧教養部校舎)
で収容できるでしょー，
といったハナシ．
-
もひとつ．
web site は外注まるなげなんで，
そのあたりで苦しむことはなさそう．
-
いやはや，
どうなることやら
……
大いそぎで撤収．
1805 帰宅．
今日はちょっと荷物がとどくんで
……
なんとかまにあった．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
朝のラジオ体操．
30 秒ぶらさがり × 3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0640):
シリアル．
ドライフルーツ．
ヨーグルト．
サツマイモ．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
モヤシ・ネギ・マイタケ・とんとろの炒めもの．
リンゴ．
- 晩 (1950):
米 0.5 合．
サトイモ・ネギ・油揚の味噌汁．
ニラ・ブナシメジ・豚肉・卵の炒めもの．
カボチャの煮物．
2011 年 10 月 19 日 (水)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
弁当の準備．
0740 自宅発．
晴．
0800 研究室着．
-
うー，
バックアップあれこれに時間をとられてしまった．
-
研究室ねっと雑用．
-
午前はこれでオワってしまった．
昼飯．
[北大・秋]
地環研 A 棟 8F 非常階段からのながめ．
-
よーやく
岩波統計モデル本
かきなおし作業のつづき．
-
日没時刻ちかくになって，よーやく第 8 章終了．
第 9 章ぎぶすさんぷりんぐ章に突入．
-
しかしすぐに帰宅時間になってしまって，
1730 研究室発．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
風呂 Kindle 読書．
-
事務書類とか．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0640):
シリアル．
ドライフルーツ．
ヨーグルト．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ギンガレイの切り身のグリル．
カボチャの煮物．
さつまあげ．
レタス．
- 晩 (1920):
米 0.5 合．
ダイコン・ネギ・油揚の味噌汁．
カレイの塩焼き．
ホウレンソウ・ブナシメジのポン酢あえ．
2011 年 10 月 20 日 (木)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
朝飯．
コーヒー．
弁当の準備．
0800 自宅発．
0820 研究室着．
-
またデータ解析こんさるめいるが
……
-
岩波統計モデル本
第 9 章・図解ギブスサンプリング章のかきなおしのつづき．
-
うー
-
うーな昼飯．
-
ぱらぱらと見なおしてるうちに
……
なんでこんなに書きなおしに苦闘してるかというと，
ギブスサンプリング用ソフトウェア (つまり WinBUGS とか)
を導入するから，
ギブスサンプリングのご利益みたいなものの章ということで，
わざわざ新しく分離独立させたわけだが
(そのために複数パラメーターの GLM のベイズモデル化なる
例題もでっちあげた)
……
-
今次の修正方針ではこういう汎用なソフトウェアに関しては，
ギブスサンプリングではなく MCMC サンプリングに修正ってことになっているので，
まあ，
章中のあちこちで「ぎぶすさんぷりんぐ」狩りをやってるんだけど
……
どうにも書きなおしがしんどい．
-
で，
いろいろ考えてるうちに，
「第 9 章 GLM のベイズモデル化とギブスサンプリング」
なんて章の題名はそもそもヤメてしまえばいいぢゃん，
と気づいた．
なーんで，
章名にギブスサンプリングとかいれちゃってるのかね，
ばかばかしい．
「第 9 章 GLM のベイズモデル化と事後分布の推定」
でいいでしょ．
汎用な MCMC サンプリングなソフトウェアにとって，
ギブスサンプリングなんてその一部にすぎないという位置づけになったわけだから．
-
そもそも，
今年 5 月末
の第 9 章のかきなおしの時点で，「図解ギブスサンプリング」
な部分は「9.5 複数パラメーターの MCMC サンプリング」
という section の「9.5.1 ギブスサンプリング: この章の例題の場合」
という subsection レヴェルにまでおしこまれているわけだし．
-
ということで，
ギブスサンプリングなるものがでてくるのはここだけ
(+ ゐんばぐすなる名前の解説)
に局限して，
章の他の部分はベイズ化ポアソン回帰の解説と
ゐんばぐすの使いかた説明に終始しておればよいということですな．
いやはや．
-
……
といった「ぎぶすさんぷりんぐしわけ」
で最初のめんどうかきなおしを突破したので，
ひとやすみ．
-
さて，
作業のつづき．
次のめんどうは WinBUGS 結果説明の用語の問題なのだが
……
-
Gelman の Bayesian Data Analysis でも読んで，
たまには勉強するか．
-
研究室ねっと雑用がまたわりこんでくる．
(2011-10-20 16:06:40)
-
convergence ってのがねえ．
-
とりあえず，
また図をひとつ追加することに．
R-hat 図．
-
しかし時間ぎれ．
1810 研究室発．
買いもの．
1840 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
新しい図はこんなかんぢでどうかな?
図をかくと，
元気がでるね．
-
[今日の運動]
-
朝のラジオ体操．
30 秒ぶらさがり × 3 回
……うんどうぶそくぎみだな．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0640):
シリアル．
ドライフルーツ．
ヨーグルト．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ニシン丸干し (カズノコつき) のグリル．
カボチャの煮物．
さつまあげ．
レタス．
- 晩 (1920):
ハクサイ・ニラ・ネギ・エノキダケ・ブナシメジ・ハンペン・豚肉のキムチ鍋．
卵雑炊．
