ぎょーむ日誌 2011-10-04

2011 年 10 月 04 日 (火)

• 0730 起床． ねぼうした． 朝飯． 紅茶． 0820 自宅発． 晴． 0850 研究室着． コーヒー．
• マラリア蚊の統計モデリングは (時間もないことだし) 昨日のあれで終わったことにするとして …… 来週の木曜日の Luis 会議でこれを自分で発表しないといけない， というのがかなりイヤなところだ． やれやれ． 準備に時間かかるだろう．
• やる気がでない発表準備は， LaTeX ではなく LibreOffice とか使うとラクかな?
• 1030 より研究室セミナー． 今日はなんだか自己紹介みたいなもの． 一時間ほどで終了．
• マラリア蚊の文献をちょっと探してみる …… とうぜんながら， すでにいろいろと空間階層ベイズモデルなんかが応用されている．
• どうも LibreOffice で投影資料をつくるってのはいまいちなかんぢなんで， いつものごとく LaTeX にもどってみる． たぶん …… R で図を生成 → LibreOffice でとりこみ → ドラッグして図を配置， という流れの最後の過程がイヤなんだろう (あるいは，R 作図やりなおすたびにこれを繰り返す必要があるから?)． LaTeX なら座標を指定すれば図は配置できる． ついでに， LibreOffice で PDF をとりこめないのがイヤなのかな? SVG は難なく import してくれるんだが (R の SVG はいまいち?)．
• 今日も北大生協で昼飯． のんびり．
• 研究室ねっと雑用， ちょっとばかり．
• また現実逃避的なのだが …… マラリア蚊の統計モデリングで， 空間統計モデルのこつみたいなものが少しわかったような気がしたので， 「収束しない!」 と放置してしまった Cardamine 生態遺伝学問題にふたたびとりくんでみる．
• おお， いろいろと改善されていく ……
• だいたい何とかなりそうな気がしたので， 1820 研究室発． 買いもの． 1850 帰宅．
• ラジオ体操． ちょっとうんどう．
• 今日もひとりぶんなので， お手軽晩飯．
• Cardamine 追撃戦 …… locus ごとの計算は 135 秒でぴしっと収束するようになった． 本日工夫した点:
  • 空間の粗視化: 今まで各点ごとに空間相関のある場所差を推定しようとしてたんだけど， これは明らかに細かすぎるとわかった --- で， なぜかしら結局 7x7 点を内包する巨大なグリッドを切ると (つまり全体の格子数は 3x3 とすると) うまくいった --- これでも locus によっては「なぞの環境ばらつき」がきちんとあらわれる
  • 全 loci の情報を借りる: 今のところ各 locus ごとに推定計算してるんだけど， その情報だけではうまく推定できない部分があるので，そのあたりだけ全体の情報を利用する (最終的には全部まとめて同時に推定するつもり)
  • 測定誤差まわりの階層ベイズモデル化: 測定まちがいの確率もデータから推定させる --- このような遺伝子のモデルの推定には「遺伝子よみちがいの確率」の組みこみが必要不可欠で (いれないと MCMC がツマる)， しかもそのようにモデリングしたほうがサンプリングが高速化， そしてこのまちがい確率なるものは (ホントの測定まちがい確率とはなんだか別もののような気がするのだが) なぜかしらデータから推定できる

• まあ， この統計モデリングの難所はきりぬけたのではないか …… ということで， しばらくまた放置することにしよう． 次に計算するときは「全部まとめた」モデルを試みることにしよう．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． 30 秒ぶらさがり × 3 回． ミニ大通公園 走 40 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): シリアル． ドライフルーツ． ナッツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 北大生協の中央食堂． 海戦丼． サラダバー．
  • 晩 (1950): スパゲッティー． ハクサイ・ダイコン・ニンジン・鶏肉のシチュー． ナシ． ヨーグルト．