ぎょーむ日誌 2011-08-(11-20)

2011 年 08 月 11 日 (木)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 晴． 今日も真夏日というか， 今年最高気温になるかも． 札幌市で連続一週間の真夏日なんて初めてですよ． 0820 研究室着．
• ポスト「岩波本シフト」体制ちゃらなんちゃらで， いろいろ複雑なメイルがくるようになってしまった …… 岩波本作業もまだまだ終わらないし．
• 午前中はメイルあれこれで終了． 昼飯． 気温はすでに 33 度．
• 暑い． 気象庁の観測値速報 みると， 「まあ関東地方とかよりはマシか」 とゆー気分になったので， せんぷー機だけでもうちょいねばってみることに． せんぷー機でがんばってみることに． いくらなんでも， 猛暑日にはならんはず． あめだす， ふんばれ〜

• メチル化についてよくわかっていませんでした， とゆーメイルかき．
• 岩波統計モデル本 各章末の修正作業をぢりぢりと ……
• さまつなことなんだけど， Ubuntu のごとくファイルシステムその他が (いわば) "UTF-8 化" されているのに LaTeX はあいかわらず EUC-JP だと検索・置換その他あれこれ自動処理がかなりめんどう． 私の使いかたが悪いのかもしれないけど Perl の use Jcode; はどーもいまいちで (ほとんどの場合，意図したとーりに動くが，ごくまれに変換失敗?) …… 検索 してみると use Encode; でいろいろ工夫すればよさそうなんだけど ……
• 1730 研究室発． 買いもの． 1810 帰宅．
• こう気温が高くてはジョギングする気にならんなー …… 先日もかなりふらふらになったし， などとうだうだしてたら， 家からぽいっと放りだされてしまったので， 近所の温泉 にいってみることに． 風呂でさっぱりしてから， 外に出るとずいぶん気温が下がりつつあるよーな気がした． 予報がアタれば， 明日は今日より 6 度ぐらい低いそーで．

• 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 30 秒ぶらさがり × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 雑穀米 0.5 合． キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1200): 研究室． 雑穀米 0.7 合． キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ． プチトマト． バナナ．
  • 晩 (1940): 米 0.5 合． ネギ・油揚の味噌汁． ホッケのグリル． キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ． コンニャクの炒めもの．

2011 年 08 月 12 日 (金)

• 0640 起床． ちょっとねぼう． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 曇． 天気予報があたり， 今日はとても涼しい! この急速冷却の原因は， 北方からの寒気のながれこみかな? 0830 研究室着．
• 昨日の 岩波統計モデル本 \section{} まわりの整備のつづき．
• 岩波本の各章はこのように節 (section) がずらずらと入っている --- 全 11 章で合計 79 節．

• これの LaTeX 原稿ファイルは， このよーになっているわけだが ……

  \section{統計モデル: なぜ「統計」な「モデル」?}
  \label{section:introduction:whystatmodel}
  最初に，
  なぜ \idxbe{統計モデル}{とうけいもでる}{statistical model}
  という考えかたがデータ解析に必要とされるのかを考えてみましょう．
  統計モデルは，
  

• このよーに変更したい．

  \newcommand{\SectionIntroductionWhystatmodel}{統計モデル: なぜ「統計」な「モデル」?}
  \section{\SectionIntroductionWhystatmodel}
  \label{section:introduction:whystatmodel}
  最初に，
  なぜ \idxbe{統計モデル}{とうけいもでる}{statistical model}
  という考えかたがデータ解析に必要とされるのかを考えてみましょう．
  統計モデルは，
  

• このように section 名もマクロ化したい理由は， いま苦闘してる各章末の「まとめ」で， このよーに使いまわしたいため． 箇条書き末尾の (1.1 なぜ「統計」な「モデル」?) とゆーような部分．

• まあこういう， 何といいますか目次とも索引ともつかぬ箇条書き 「まとめ」がいいのかどうかわからないけれど， 最終的に残るかどうかはともかく， ちょっと試してみたいなあ， と．
• さて， とうぜん 79 個もある section のひとつひとつを， ちこちこと手作業とかで修正なんかできないので， これは Perl とかでケリをつけることになる． 各 section アタマを書き換えるだけでなく， 各章末用に箇条書き用のテンプレートも自動生成させて， と．
• ふーむ， Perl には ucfirst なる「頭文字だけ大文字化」するといった関数もあるのね ……
• けっきょく正午すぎまで， プログラミングにかまけていた． とりあえず， 全ファイルの書き換えには成功．
• 昼飯． 今日の最高気温は 27 度ぐらいのよーで， たいへんすばらしい．
• 各章末をぢりぢりと修正．
• おっといつまでも作業にかまけていては …… 明日の伊庭さんとの相談のため， また全文プリントアウトしなくては， 本文は 250 ペイジほどだけど， 前後にあれこれつくので 275 ペイジ印刷．
• ちょっと部屋の掃除．
• 1700 研究室発． クラーク会館地下で 散髪． 前回は 7/8． 暑くなる前に， 早めに短めにしておけばよかった． 一時間ほどで終了． パンを調達したいのだが …… 今日は札幌駅南西端の地下にあるコゼット円山で調達． 1820 帰宅．
• なぜか本日は外で晩飯．
• [今日の運動]
  • 30 秒ぶらさがり × 3 回， だけ． うんどう休養な日々ですな．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.5 合． ネギ・油揚の味噌汁． キュウリ・ショウガ・モズク酢．
  • 昼 (1255): 研究室． 米 0.7 合． イカ一日干し． ニシン昆布巻き． シシトウ炒め． コンニャクの炒めもの． プチトマト． レタス．
  • 晩 (1930): 南 3 西 9 にモントルグイユでいろいろとおいしくいただきました．

2011 年 08 月 13 日 (土)

• 0820 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0940 自宅発． 晴． 0950 地下鉄東西線西 11 丁目駅， 札幌に避暑にきておられる伊庭さんと合流． 地下鉄にのって北大へ．
• 1020 ごろから， 岩波統計モデル本 修正の検討 …… やはり第 7 章 GLMM 章はぼろぼろだった． 第 7 章から本の後半部で， 一年前に比べてこの後半部が充実してきたということなんだけど， まあ何といいますかこの部分の今後の修正作業は， いわば大津波をくらった町の復興のようなもので ……
• 夕方まで集中的な検討がつづき， ふたりともぐったり．
• 1850 研究室発． 北大正門前のジンギスカン「ヤマダモンゴル」で晩飯． その後， 書店好きの伊庭さんのおともをして， 21 時閉店まで札幌駅南西に隣接する紀伊國屋書店． 2130 帰宅．
• 帰宅したら Kindle DX (Kindle の中で表示面積が一番ひろいやつ) が届いていた! Yahoo! auction で落札した中古品． 2.5 万円ぐらい． さっそく岩波本 PDF ファイルなどいれてみる …… たしかに E Ink は読みやすい． ペイジ遷移は遅いけどね．

• [今日の運動]
  • ぐったりうんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): コゼット円山の全粒角食． チーズ． 生ハム． ヨーグルト．
  • 昼 (1230): 北 13 西 4 の さか田 で鶏天ぷらのせた冷たい蕎麦． そばぜんざい．
  • 晩 (1900): 北 8 西 4 の ヤマダモンゴル でラムショルダー・レッグ・特上ロース + 野菜あれこれ． ライス． ハクサイ浅漬． しめラーメン 0.5 玉．

2011 年 08 月 14 日 (日)

• 0740 起床． ラジオ体操． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 怠業．
• 1230 自宅発 ミニ大通公園 走． 1310 帰宅． 気温はそんなに高くなかったけど， たくさん汗がでた．
• 昼飯．
• 1420 自宅発． 雨． 1450 研究室着．
• うーむ， 岩波本修正作業にさっさと着手すべきなのだが …… まだ昨日のぐったり感がぬけない．
• 「いきなり大雨」になりそーですよとの警告をうけたので， 1710 研究室発． 雨． 買いもの． 1750 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 局地的大雨をもたらす雨雲は札幌市北端のさらに北側 10 km あたりをかすめて， 当別町あたりに 1 時間 90 ミリの豪雨をくらわせて去っていった．

• 今日の札幌は最高気温 26 度ちょっと． 今年の真夏日は昨日で終了! …… となってほしいんだけど．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): なぜか朝からごちそう， パエリア．
  • 昼 (1330): パエリア．
  • 晩 (1900): 米 0.5 合． ダイコン・ニンジン・キャベツ・鶏肉のスープ． セロリ・タマネギ・豚肉の炒めもの． ブリの照り焼き．

2011 年 08 月 15 日 (月)

• 0640 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． 0820 研究室着．
• 昼すぎまでひたすらメイルかき．
• 岩波統計モデル本 修正作業 …… の準備段階でおわってしまったような．
• ちょっとばてぎみ． 1750 研究室発． 買いもの． 1825 帰宅． 晩飯の準備．
• 1835 自宅発 ミニ大通公園 走． とちゅう， ぱらぱらと雨． 1915 帰宅．
• 晩飯の準備のつづき． 晩飯．
• 今日は涼しかったけど， ばてぎみ．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.5 合． ダイコン・ニンジン・キャベツ・鶏肉のスープ． モズク酢．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ブリの照り焼き． セロリ・タマネギ・豚肉の炒めもの． 魚河岸あげ． プチトマト． レタス．
  • 晩 (2020): 米 0.5 合． ネギ・ナメコ・油揚の味噌汁． ゆでブロコッコリーとササゲ． タマネギ・シシトウ・ラムの炒めもの． レタス．

2011 年 08 月 16 日 (火)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 雨． 0820 研究室着．
• 現在のデータバックアップ体制にちょっと不安をおぼえたので， 旧 ThinkPad の 2.5 inch HDD を USB 接続可能な HDD case にいれて (現在，旧機は SSD 使用)， 新 ThinkPad につないで追加バックアップ用にした． rsync を使った半自動バックアップの改訂． これで重要部分については 3 重のバックアップ …… 出張中でも 2 重バックアップ可能．
• またメイルかきあれこれ．
• さっさと自分の仕事をしたいんだけど， 某統計ソフトウェア関連の相談メイルがきたので， またとりくんでみる． 自分の勉強にはなるけれど， けっこう時間かかる．
• 二項分布 GLM のリンク関数っていろいろあるんだけど， 使いどころ選びにセンスを要求される Complementary log-log 関数とゆーのがある (R の glm() の場合 family = cloglog と指定)． 関数型などは こちら を参照． ところで， 某ソフトウェアのめにゅーでは「補ログ・マイナス・ログ」 などと超絶きわまりない訳になっているそーで …… まあ， complemantary log-log の定番訳はないんだけどね (というか和訳例をみたことない)． 対になるリンク関数は negative log-log であり …… 両者の特性をうまく反映したうまい和訳はできないもんかねえ．
• 昼飯． 雨．
• 昼飯後もぼらんちあ活動つづく．
• 松田君 からすばらしいテングザル写真本おくっていただいた． どうもありがとう (参照 URL Natural History Publications, 京都大学霊長研)．

  John C.M. Sha, Ikki Matsuda and Henry Bernard. 2011. The Natural History of the Proboscis Monkey. Natural History Publications (Borneo).

• 16 時すぎによーやく 岩波統計モデル本 修正作業に復帰．
• しかしまたメイルにとらっぷされてしまった ……
• うう． 1750 研究室発． 雨． 買いもの． 1830 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操， だけ． うんどう休養日ですな．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.5 合． ネギ・ナメコ・油揚の味噌汁． ゆでブロコッコリーとササゲ． 魚河岸あげ．
  • 昼 (1210): 研究室． 米 0.7 合． ゆでブロコッコリーとササゲ． タマネギ・シシトウ・ラムの炒めもの． プチトマト． レタス． バナナ．
  • 晩 (1950): 米 0.5 合． タマネギ・ネギ・油揚げの味噌汁． タマネギ・レタス・カツオのたたきのサラダ． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・ベイコン蒸し．

2011 年 08 月 17 日 (水)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． 停滞前線の北側は涼しい． 0820 研究室着．
• またこんさるメイルにとらっぷされたり ……
• 昼飯． どーも調子よくないな．
• とある事情があって， 岩波統計モデル本 の各章の例題のデータ， とりあえず ダウンロード できるようにする …… 出版までには， このあたりをもっときちんと整備しないとダメだな．
• 修正作業もちょっとだけススめる．
• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備．
• 1830 自宅発 ミニ大通公園 走． 1910 帰宅．
• 晩飯の準備のつづき． 晩飯．
• 札幌市内の書籍スキャン代行屋さんがアップロードした PDF ファイルをダウンロード． 30 個で合計 450 MB ぐらい． モノクロまたはカラースキャン． 一冊 150 または 250 円． 送料 700 円．
• この PDF ファイルも含む Kindle DX のデータは， オープンソースな Calibre (公式サイト) でやってみることに …… こりゃーなかなか便利ですな．

• Ubuntu 10.04 なユーザーは古い version のやつしか apt-get install できないので， Calibre PPA-Lucid などを add-apt-repository するのがよろしーでしょう． これでもまだ最新版 0.8.14 には届かず 0.7.50 なのだが．
• ただし問題もあって， 書名を漢字にするとそれを ASCII コードに変換して， それを Kindle にながしこむんだよね． どういうことかというと …… ひらながなどはそのままローマ字化されるんだけど， 漢字の「読み」に何と中国語よみのアルファベットにされちゃうんだよね． なんでも中国語なら各漢字のよみは一義的だから (ほんとか?)． ともかく， 「世界戦史」を「Shi Jie Zhan Shi」 とか 「虚無回廊」を「Xu Wu Hui Lang」 にされてもわかりませんって …… ということで書名は「Kyomu Kairo」などとしないといけない．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.5 合． タマネギ・ネギ・油揚げの味噌汁． サバのグリル． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・ベイコン蒸し．
  • 昼 (1210): 研究室． 米 0.7 合． サバのグリル． さつまあげ． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・ベイコン蒸し． プチトマト．
  • 晩 (2010): 米 0.5 合． モヤシ・ネギ・油揚の味噌汁． スティックホッケの丸干し． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・ベイコン蒸し． さしみコンニャク．

2011 年 08 月 18 日 (木)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 晴． 0830 研究室着．
• どーも最近は …… とくに午前中はふちょー
• 昼飯． 今日も涼しい．
• 書籍スキャンで「画像化したペイジをまとめた PDF ファイル」 が増えてきたので， OCR についてちょっと考えてみた． Linux で使える日本語 OCR には NHocr などがあるよーなんだけど， めんどうそうなのであとまわし． 一方で， 敵国語だと Tesseract あたりが定番なのか? そのままで使うのは， これまたしんどそうなので， なんじゃくながら gImageReader なる GUI もいれてみる (これは上記リンク先から deb ファイルをとってきて sudo dpkg -i) …… なるほど， かなり正確に読み取るね． 200 ペイジぐらいだと数分で終了．
• というか， Google Document でもファイルアップロード時に 日本語その他の OCR やってくれる みたいだ …… 試してみたんだけど， 「2 MB 以下のファイルじゃないとダメ」 と蹴られてしまった．

[Buffalo の USB 分岐ケイブル]

昨日の帰り， 札幌駅横のヨドバシで買った． 今日， このようにケイスがはずれてしまったんだけど， 単に接着がいいかげんだったようで， もとどーりはめて使ったら問題なかった． これを買った理由は USB micro B 端子 (小さいやつ) がついてるため． ふつーはこれはけーたい充電のために使われるらしいんだけど， Kindle DX もまた micro B なんでこれでデータ交換・充電できるんだよね． これは学校用，自宅では Amazon ケイブル．

• 岩波統計モデル本 修正作業にとりかかりたいんだけど， いろいろとじゃまがはいる ……
• 1800 研究室発． 買いもの． なぜか外で晩飯． 1930 帰宅． 明日の弁当の準備．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 30 秒ぶらさがり × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.5 合． モヤシ・ネギ・油揚の味噌汁． さつまあげ． ニンジンのバター電磁波蒸し．
  • 昼 (1210): 研究室． 米 0.7 合． スティックホッケの丸干し． さつまあげ． ニンジンのバター電磁波蒸し． プチトマト． ミズナ．
  • 晩 (1840): JR 桑園高架下の中華料理屋 紅燈籠 で麻婆豆腐・あんかけ焼きそば・小籠包． 麻婆豆腐とか， 自分が作ったものとの隔絶した差を体感する．

2011 年 08 月 19 日 (金)

• 0620 起床． ラジオ体操． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 曇． 0830 研究室着．
• なぜかメイル泥沼からはいでては， また別の泥沼にはまり， とゆーループから脱出できない． しんどい …… これって何の罰ゲイムだろうか?
• すでに 16 時ちかい． うう． 今日はもうメイルなぞ書かん!
• などと書いたところで， この悪夢のごとき魔境から脱出できるはずもなく ……
• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． またメイルかき． しんどい． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 30 秒ぶらさがり × 3 回． うんどーもできなかった．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.5 合． モヤシ・ネギ・油揚げの味噌汁． 魚河岸あげ． カボチャの煮物． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・ベイコン蒸し．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 魚河岸あげ． カボチャの煮物． ニシンの昆布巻き． ミズナ．
  • 晩 (2010): 米 0.5 合． トマト・ズッキーニ・タマネギ・ニンジン・ブナシメジのラタトゥイユ． エン菜 (クウシンサイ)・モヤシ・豚肉の炒めもの．

2011 年 08 月 20 日 (土)

• 0840 起床． よくねた …… ふだんはちょっと寝不足ぎみなのかな? もう少し早寝したほうがいいのか? 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• ちょっと怠業．
• 午前中はそうじ．
• 昼飯の準備． 昼飯．
• 怠業．
• 1500 自宅発． 曇． 1600 研究室着．
• うーむ ……
• 1730 研究室発． 買いもの． 1900 帰宅． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 昨日の帰路の途中で Asty45 地下の Vid France で買ったパン． トマト・ズッキーニ・タマネギ・ニンジン・ブナシメジのラタトゥイユ． チーズ． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 島原素麺． トマト・ズッキーニ・タマネギ・ニンジン・ブナシメジのラタトゥイユ． カボチャの煮物．
  • 晩 (1950): 米 0.5 合． ネギ・シジミの味噌汁． ニンニク・ネギ・豚肉の炒めもの． レタス． トウモロコシ．