ぎょーむ日誌 2010-08-(11-20)

2010 年 08 月 11 日 (水)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 雨なので徒歩通学． さすがに今日は涼しい． 気温 23 度ぐらい． 0925 研究室着． 徒歩だと 25 分ぐらいかかる．
• メイルかきに時間とられる． 皆さん， 夏はデータ解析なんかやらずに， 野外調査でもやってくださいよ ……
• てなかんぢで午前終了． せっかくすずしい朝だったのに． 昼飯．
• 本日はもう「他のことはほうりだし」モードにきりかえて， 岩波統計モデル本作業． 第 6 章 GLM 雑章の修正作業． とにかく削れるところはどんどん削る．
• ということで， もう図は追加したくないんだけど， 下のような図がないと GLM がわからなーい， とずっと以前に大学院生からオドされてしまったので追加してみる． いやはや．

• なかなか終わらない …… 1825 研究室発． 雨． 台風 4 号が対馬海峡付近にあるせいで， なぜかしら北海道南部で激しい雨． 買いもの． 1900 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．

• したうけぎょーむの一部を処理してみる ……
• そうだ， 9 月アタマに 東京出張 があったんだ …… そもそも出張はあまり好きではないのだけど， 残暑キビしいであろう季節に東京都心部に長居するのはなおさらツラい． 出張イヤなのでまだ宿の手配もしてなかったことに， 本日きづいた． 早稲田大学周辺には宿が少なく妥協可能な価格のものは皆無 …… うだうだぐだぐださがしまわったあげく， 飯田橋のウィークリーマンションを三泊予約した． ホテルよりは快適そう， そして 3 月の生態学会東京大会のときもそうしたんだけど， 単独外食の苦手な私としては， 簡易炊事場所がある部屋のほうが平和に食事できるので．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米 0.6 合． ネギ・豆腐の味噌汁． 鶏レバショウガ煮． キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン． ナッツ類．
  • 晩 (2000): 米 0.8 合． シジミの味噌汁． サンマの塩焼き． ナメコのダイコンおろしあえ． キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．

2010 年 08 月 12 日 (木)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 今日も雨． 今日も徒歩通学． 0945 研究室着．
• 東京出張の航空券をとる …… と思ったら， 時間まちがえて予約しまったので， 3000 円ほど失ってしまった． やっぱり出張はイヤだ． 朝からがっくし．
• 下うけ仕事のつづき …… 具体的には， 八甲田の湿原をさまよう旅だ．
• これで午前終了． 昼飯． 依然として雨 …… しかし午後になってすぐやんだ．
• 岩波統計モデル作業のつづき． なかなかススまないなぁ ……

• 1830 研究室発． 晩飯． 2000 帰宅．
• 2200 自宅発 ミニ大通公園 走． 2250 帰宅． 体重 72.0 kg．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米 0.8 合． ネギ・油揚の味噌汁． 鶏レバショウガ煮． キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ． ヨーグルト．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン． ナッツ類．
  • 晩 (1910): Spark でスープカレー．

2010 年 08 月 13 日 (金)

• 0750 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0945 自宅発． 台風一過， 今日はあつくなりそう． 1000 研究室着．
• 夏なのに， あれこれ相談メイルがあれこれ ……
• なんとか正午ちかくに岩波統計モデル本作業にとりつく ……
• うう．
• 雪野さんご令嬢のでにちゃんが挨拶にきてくれた! お会いするのは初めてなんだよね …… 本日ようやく お目にかかれました． すでにしっかりお姉さんになっていました．
• さてさて， 夕方は研究室用事に数時間とられてしまって， ですね ……
• なかなか第 6 章 GLM 雑章のかきなおしが終わらん． 1830 研究室発． 買いもの． 1910 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．

[手稲山の日没]

今日の写真ではないんだけど， 新宅から西北方向をながめると高層建築のあいまに手稲山 (1023 m) がみえたりする． 位置的には三角山がどーんと見えるはずなんだけど， すぐ西のビル (写真の左端) にはばまれて， ですね ……

• うろうろ

• [今日の運動]
  • うろうろ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米 0.6 合． ネギ・油揚の味噌汁． キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1230): 研究室． ぱん吉のあれこれ穀物パン． 昨日かったもの．
  • 晩 (2010): 米 0.6 合． ニラ・油揚の味噌汁． タマネギ・ゴーヤ・キュウリ・ネギ・タマネギ・ミズナのサラダの ローストビーフ切りおとしのせ． ゴボウのバルサミコ炒め．

2010 年 08 月 14 日 (土)

• 0900 起床． ねむい． しんどい． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 怠業． 晴． 直射日光あびながら走る気になれん ……
• とつぜん Ubuntu の upgrade にとりくむ． 9.04 → 9.10 → 10.04 …… これはなかなかたいへんそうだ．
• ダウンロードはさっさと終了するんだけど， dpkg -i がバカ丁寧で時間かかる． ThinkPad X31 (HDD を SSD に換装したもの) だと， 9.10 で 2 時間 (?) ぐらい， 10.04 だと 3 時間ぐらいかかった ……
• 作業途中なんだけど， うろうろ開始． 昼飯． うろうろ．
• いったん帰宅．
• 1705 自宅発 ミニ大通公園 走． 二往復ほどして， 新住所からはちょー至近距離になった 極楽湯 へ．
• 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• Ubuntu 10.04 へのアップグレイド， package いれかえはとりあえず終了． 起動はまた速くなった． X もなんとか動作している模様 (ただし後述するように修正必要)， 他もとくに大きな問題なかったようだ．
• 起動が速いだけでなく， 動作も速い． たとえば岩波統計モデル本の LaTeX コンパイルや， PDF ファイル化の速度が向上した．
• しかしながらいくつか問題あった． 昨年 11 月 の 9.04 設定時とはまた異なる努力が必要とされる …… まずは， 軽量 PDF viewer evince の日本語表示． これがマトモにならんと岩波統計モデル本作業ができん! 今回はゴシックな日本語文字フォントだけがトウフになります， とゆーもの …… 本体やフォントに問題あるわけではなく， いつものごとく ~/.fonts.conf に難点があり …… いろいろ試行錯誤して， こちら などを参考にして こういう 設定にしてみたらうまく表示できた．
• 次． Google Chrome が突然死して X ごと固着する …… どうもこれは次に述べる Xorg の設定の問題であったようだ ……
• これは翌日になって解決した問題なんだけど， X の動作が細かいところでオカしい． 起動画面・終了画面の Ubuntu ロゴの色がコワれぎみだとか， ハイバネイトしたあとの復旧がおかしいとか， 上記のごとく Google Chrome がいきなりオチるとか ……
• このあたり， よくわからんのでいいかげんに対処してみた． ふたつ試みたのだけど， 後者の有効性が独立した試験をやってないので不明．
• とりあえず有効だったのは， The Spirit of Ubuntu さんで紹介されてる方式で， /etc/modprobe.d/radeon-kms.conf というファイルを作って options radeon modeset=0 と設定してみること．
• これは あちこち に似たようなことが書かれているで …… まあ， version などに注意しながら試行錯誤するしかない． 有効性はいまいちよくわからん． (後記: どうも下記のヌルい設定をすると GNOME なんかは表示がおかしくなるような …… 私は Xfce4 なんで問題ないんだけど)
  1. sudo service gdm stop …… ここでいきなりコケる人もいるだろう (Ctrl+Alt+F4 で逃げれるか?)
  2. sudo Xorg -configure …… xorg.conf.new といったファイルできませんかね?
  3. そこの Device section (Radeon になってるハズ)

     	Option "MigrationHeuristic" "greedy"
     	Option "RenderAccel" "off"
     	

     とかしてみる
  4. sudo service gdm start
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 20 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米 0.6 合． ワカメの味噌汁． ゴボウのバルサミコ炒め． タマネギとシラスボスのサラダ． ヨーグルト． ブルーベリー．
  • 昼 (1320): 大通公園西端のプレヴェールのランチ．
  • 晩 (1950): 米 0.8 合． ニラ・油揚の味噌汁． 焼きサバ． ダイコンおろし． キャベツ・ネギ・ちりめんじゃこのサラダ．

2010 年 08 月 15 日 (日)

• 0910 起床． 昨日とおなじく いきなりうろうろ． 朝飯． コーヒー．
• 家事などちょっと手伝いつつ， 昨日のつづきで ThinkPad X31 上の Ubuntu 10.04 戦力化作業．
• もうすぐ雨がふる， とゆー天気予報だったので， 涼しい曇天下を 1220 自宅発 ミニ大通公園 走． 1300 帰宅．
• 昼飯の準備． 昼飯．
• Ubuntu 10.04 戦力化作業のつづき． 昨日のぎょーむ日誌に書いたような X まわりの設定， とか． これで Google Chrome が X ごとオチるといった惨事は 今のところ再現されてないんだけど， Chrome 単独で一度オチた．
• けっきょく， 天気予報は少し外れて， 雨ふりはほんの少しだけだった． これだけセンシング & 演算能力が向上しても， なかなかアタらないものですな ……
• 昨日書いたような X まわりで苦闘する． GNOME はマトモに表示されない． Xfce4 (version は 4.6 か) つかってるんで問題ないんだが．

[屋上から西を見る]

屋上にこっそりあがって西を見てみた． 展望が西のビルにじゃまされなくて， 札幌市西側の山がずらずらと見える． ほぼ真西に三角山があり， その北方， 山頂が雲に隠れているのが手稲山． 手稲山右手に 800, 600 m ピークが見えてるのだが， こいつらには名前がついてないようだ．

• 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): ミニ大通公園東端 (石山通りや北大植物園がわ) の老舗コーヒー屋さん倫敦館のモーニング． 香りの良いコーヒー．
  • 昼 (1320): 米 0.8 合． ワカメの味噌汁． おこっぺソーセイジ (ガーリック)． キャベツ・ネギ・ちりめんじゃこのサラダ． アイコトマト．
  • 晩 (1930): 米 0.8 合． タマネギの味噌汁． 麻婆豆腐． シラスボシ・ダイコンおろし．

2010 年 08 月 16 日 (月)

• 0830 起床 …… どうも生活が不規則ぎみで起床がおくれぎみだ． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 今日も「真夏日か? 回避されるか?」 といった状況． 自転車 Carry Me パンク． というか， いろいろ調べてみたら， 後輪チューブが完全に壊れた． 小径輪自転車の弱点なのか， はたまたハズレの車輪をひいてしまったのか …… よろよろと， 1010 研究室着．
• 今日は伊庭さんに岩波統計モデル本現状プリントアウトをわたさねばならないのに， Ubuntu 10.04 戦力化作業のつづき ……
• 家ではふちょーだった無線 LAN， 研究室では問題なく使える． 暗号化方式がアヤしいな ……
• X の設定， xrandr でもうまくマルチスクリーンできなかったので， /etc/X11/xorg.conf 末尾の Sectiuon "Screen" を全部削除して， 以下のようにかきなおしたらうまくいった．

  Section "Screen"
  	Identifier "Screen0"
  	Device     "Card0"
  	Monitor    "Monitor0"
  	SubSection "Display"
  		Virtual	2048 768
  	EndSubSection
  EndSection
  

  ついでに (Xfce4 使ってるのでどうでもよいのだが) GNOME も上記修正でうまく表示されるようになったみたいだ．
• 一部の日本語フォントの表示がおかしい問題． これは Ubuntu 10.04 のフォント設定の問題らしく， sudo apt-get remove ttf-arphic-uming ttf-wqy-zenhei てな具合に中国語文字フォントを削除したらキレイになった．
• evince の起動がすごくすごく遅い． 原因はおそらく GNOME というか GConf がらみ． 昨日の夕方ごろまでは問題なかったのだけど ……
• それだけで， 午前終了 …… えーい． 昼飯．

[窓全開]

窓全開で暑さに対処する． 本日は数値の上では真夏日はぎりぎり回避されたけど， まあ最高気温 29.2°C というのはサッポロ的には「キビしい残暑」でしょうか．

• PDF viewer evince 問題のつづき． Ubuntu 10.04 になっても scim-helper-launcher が暴走的に起動するびょーきはなおっていないので， 無理やりな処置をとる． killall -KILL scim-helper-launcher してから， sudo chmod -x /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher とゆーもの． いやはや．
• evince 起動おそいびょーき， どうも IM まわりの問題のようで．

  Launching a SCIM daemon with Socket FrontEnd...
  [kubo:iwanami 16:58:53]$ GTK IM Module SCIM: Cannot connect to Panel!
  evince: Fatal IO error 2 (No such file or directory) on X server :0.0.
  

  こころみに， (.bash_profile で起動時に設定される) export GTK_IM_MODULE="scim" を export GTK_IM_MODULE="xim" に変更すると， 一瞬で起動するようになった． 対症療法だ．
• 岩波統計モデル本の修正のつづき．
• 今日は東京から伊庭さんが見えるので， 1740 研究室発． ホテルのロビーで迎撃体制をとる． 合流． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米 0.8 合． タマネギの味噌汁． キャベツ・ネギ・ちりめんじゃこのサラダ．
  • 昼 (1330): 研究室． 食パン．
  • 晩 (1900): 伊庭さん・まゆみさんと JR 札幌駅南の 寿し心なかむら． ひさしぶりのお寿司でおいしくいただきました．

2010 年 08 月 17 日 (火)

• 0700 起床． 豊富温泉いきの 沿岸バス 「はぼろ号」 にまにあうように (といっても私が湯治にいくわけではないが)， 荷物をかかえて 0730 自宅発． 曇． 0750 JR 札幌駅のバスターミナル着． 0810 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 伊庭さんがみえるので， テイブルの再配置， ちょっと掃除 …… しかしあいかわらず， 汚いしかたづいてない．
• 岩波統計モデル本作業のつづき．
• そして 10 時すぎから (途中，休憩しつつも) 11 時間 にわたって伊庭さんと岩波統計モデル本 「まずいところさがし・修正方法の検討」 作業 ……

• 伊庭さんに驚くべき速度で全体をチェックしていただいて …… その修正箇所の個数は膨大なものに ……
• 第 1 章から第 11 章まで， つまり全体のチェックをやって本日の作業， 終了． 「ま，とりあえずあと三ヶ月ほどがんばってください」 …… 岩波本作業の日々はつづく． 2115 研究室発． 晩飯． 2230 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 研究室． 食パン．
  • 昼 (1300): 北大ファカルティハウス「エンレイソウ」 の食堂エルムでクラークカレー …… 意外とふつーにおいしかった．
  • 晩 (2140):

[うにいくら丼]

おいしいうにいくら丼をごちそうになりました． ありがとうございました．

2010 年 08 月 18 日 (水)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． 0845 研究室着．
• うーむ， メイルがいろいろきてるな ……
• 昨日のばてが残存してるのか， なかなか処理が進捗しない．
• そして本日はなかなか暑い．
• 夕方ちかくになって， 本日の岩波統計モデル本作業 …… 今日は紙の上の作業に終始した． 明日以降しばらくそうなるかも．
• 「今日はダメだったなあ」 感にひたりつつ， 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅．

[網戸 (合計 3 万円) とりつけ]

…… にたちあうために早めの帰宅となった． 30 分ほどで終了． 新しく転居してきたこの部屋は冷房とかないんだけど， 風とおしがよいので窓あけしとけば暑くない． ただし虫が入ってくるので網戸必要， と．

• なんとゆーかぐったり脱力してて， ですね …… 「岩波本，伊庭さんちぇっく終了」 「今日からしばらくひとりぶんの食事準備でおーけー」 といったかんぢですかね． 晩飯の準備 …… きあいがぬけてるので， 「じゅんびめんどー」 「しんどい」 「てぬきてぬき」 とぐだぐだと． 晩飯．
• どういう経路で転居情報がナガれるのか， NHK のヒトくる． 当家にはてれびありません．
• 夜中にぐだぐだと郵便だしにいく． おお， 輝ける木星が南中しつつあり …… 衝 の位置にあるから明るく見えるの?
• [今日の運動]
  • ぐだぐだ休養日 …… しかし岩波本作業を終わらせるには体力必要不可欠なので， 明日からはミニ大通公園走再開だ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米 0.6 合． キムチ．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン．
  • 晩 (2100): 米 0.8 合． ネギ・豆腐のすまし汁． タマネギ・ショウガ・牛肉の炒めもの．

2010 年 08 月 19 日 (木)

• 0720 起床． 朝飯の準備． 朝飯． 洗濯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• 昨日の， 40 kg バックパックかついだ縦走がいきなり終了したような， 脱力ぐったり感はかなり軽減されてきたのだが …… また午前中は雑用 & こんさるメイルかきでオワってしまった ……
• 昼飯． 今日も「ちょびっと 30°C 突破の真夏日」 になりそう． 昨日は研究室の窓全開で対処してみたが， 本日は冷房 + 長袖シャツ着用策をとってみる． 15 時すぎからデータ解析こんさるだし．
• Ubuntu 10.04 戦力化作業もまだまだ終わらん． sudo apt-get update で ppa.launchpad.net の GPG 暗号鍵がうんぬんといったエラーがでるが …… これは launchpad-update-final.zip なるファイルを探してダウンロード， unzip して sudo ./launchpad-update lucid とかすればよいのだが， lucid には対応してないので内部を書き換えて (たとえば hardy を lucid に置換)， 実行すればよい．
• 岩波統計モデル本 作業， また紙の上の作業．
• 15 時すぎから夜まで， 医学部の木村さんとネズミ神経ぱるすハナシ． いろいろ勉強になりました．
• 同時に， 「人間は複雑な構造のデータを得てしまったときに， それにどう対処してしまうのか」 についても考えさせられた．
• 神経ぱるすデータとは， 個体差あり・実験日差あり・反復間の差あり (ネズミがだんだん実験イヤになってくる) の時系列データ (しかも複数のスケイルの時間構造を考える必要あり) なのだが …… これを正面から状態空間モデル化しようとすると， それなりにその方面の能力が要求される．
• で， 生態学もふくむ多くの分野でよく見られる方法は， 「とにかくデータを可能なかぎりぶった切り」 「それら個体差とか気にせず混ぜ混ぜ」 「平均値におきかえる」 「ゆーい差がいえるところまで以上の操作をくりかえす」 といったところか ……
• ぶった切り技法として使われるもののひとつとして (本日の議論のポイントでもあったのだが)， 本来の応答変数 (例: 行動 X をした・しなかった) で本来の説明変数 (例: 神経ぱるすのカウントデータ) をわけてしまって， つまり， 行動 X した場合のぱるすはこれこれ， しなかった場合はこれこれ， ゆーい差ありました， という技法 …… 生態学でもよくみかけますね (粕谷さんもよく指摘しておられる)．
• それは因果関係がヘンでしょと指摘するのは簡単なのだが …… では， 原因→結果といったふうに見える統計モデルに変更すると， いろいろなごまかしわざが使えなくなるので， その意味で格段に難しくなる．
• ぜんぜん別のハナシだが …… R ユーザーは増えているとはいえ， 依然として， どうも「glm() 専用ソフトウェア」 としての利用が一番おおいような気がする． 可能なかぎり何もかもゑくせる上で手作業し， GLM パラメーター推定だけ R の上で， 検定とかは SPSS の上で …… といったユーザーが多数派なのかも．
• 岩波本はこのあたりの状況にたちむかわんとするものではあるが …… はたして世の中をどれほど変えられるものやら． 1855 研究室発． 買いもの． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 2240 自宅発 ミニ大通公園 走． 2325 帰宅． 体重 71.0 kg． ちょびっとバテやせ?
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.6 合． ネギ・豆腐のすまし汁． タマネギ・ショウガ・牛肉の炒めもの．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン．
  • 晩 (2010): 米 0.8 合． シジミの味噌汁． ハクサイ・タマネギ・ショウガ・豚肉の炒めもの．

2010 年 08 月 20 日 (金)

• 0820 起床 …… どうも生活周期が不規則だ． 朝飯の準備． 朝飯． 0920 自宅発． 晴． 0930 研究室着． コーヒー．
• どうも午前の時間を生産的なことにふりむけられない ……
• 午後もなかなか思いどおりにいかない ……
• 岩波統計モデル本， 紙の上の作業がつづく．
• 1900 研究室発． 買いもの． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• どうも一人だと家事がてきぱきできない …… まあ， のんびりしていいんだけど ……

[後輪タイヤのチューブを発注]

数日前にパンクというか破断した後輪チューブ， サイクル小野 にとりよせを依頼した． 製造元パシフィックの代理店なので．

• 2310 自宅発 ミニ大通公園 走． 曇天で星が見えない． 2345 帰宅．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 35 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米 0.6 合． シジミの味噌汁． ハクサイ・タマネギ・ショウガ・豚肉の炒めもの．
  • 昼 (1330): 研究室． 食パン． ハム．
  • 晩 (2010): 米 0.8 合． ハクサイ・ニンジン・鶏肉のスープ． シラスボシのダイコンおろしあえ． ヨーグルト． バナナ．