ぎょーむ日誌 2010-01-(11-20)
2010 年 01 月 11 日 (月)
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0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
-
今日はさっさと岩波本作業のつづきを
……
と考えていたのだけど，
来月の
公開講座
のことなどで伊庭さんとメイルやりとり
-
昼飯．
1330 自宅発．
曇．
寒い．
1350 研究室着．
-
研究室の，
いやそれだけなく地環研全体の
web server も止まっている．
まあ，
どうせ休日・祝日は情報基盤センターは何も対処してくれないので，
放置するほかあるまい
(後記:
じつはこれは停電で，
翌朝に復旧作業が必要だった
……
うう)．
-
メイルやりとりつづく．
公開講座といま書いている岩波本の第 7 章について，
あらためて検討しているうちに，
ちょっとマヌケな失敗をしていたことに気づいた．
第 7 章の例題を第 2 章の最尤推定法導入と同じく，
ポアソン分布な統計モデルなハナシにしていたけれど，
これはむしろ二項分布の例題をあつかうべきではないか，
といった疑惑で
……
-
どうしようどうしよう，
と検討しているうちに
……
工学部休日スチーム最低出力運転モードの寒さがイヤになってきたので，
1720 研究室発．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
検討のつづき．
晩飯．
[新しいウォーキングシューズ]
通販で買った．
前のやつは
ちょうど 4 年ぐらい前
に買ったんだけど，
ソールに穴があいてしまって，
ですね．
これも軽快に歩けそうだ．
アシックス PEDALAペダラ WPY409．
2009 年秋モデル．
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[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.6 合．
シュンギクの卵とじ．
- 昼 (1250):
米麦 0.8 合．
ネギ卵炒飯．
リンゴ．
- 晩 (2120):
米麦 0.8 合．
タマネギ・ニンジン・シイタケ・シーフードのシチュー．
ワカメのポン酢あえ．
2010 年 01 月 12 日 (火)
-
本日はこんなところかしらん，
と撤退．
2000 研究室発．
晩飯．
2120 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
米麦 0.6 合．
タマネギ・ニンジン・シイタケ・シーフードのシチュー．
ワカメのポン酢あえ．
- 昼 (1230):
研究室．
生協の黒パンサンドイッチ．
ショウガスープ．
リンゴ．
- 晩 (2040):
ごはんやデンスケ．
玄米・サケの塩焼きなどなど．
2010 年 01 月 13 日 (水)
[暴風雪]
自宅の窓から創成川・国道 5 号線方面をみおろしたところ．
雪はふるふる，
風はびゅーびゅー．
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[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.6 合．
タマネギ・ニンジン・シイタケ・シーフードのシチュー．
- 昼 (1340):
北部生協．
自宅からもってきた米麦 0.8 合．
ポークしょうが炒め．
生協サラダバー．
518 円．
- 晩 (2050):
米麦 0.8 合．
コマイ．
ダイコン・ニンジン・ゴボウ・ネギ・ブナシメジ・豚肉の味噌汁．
リンゴ．
2010 年 01 月 14 日 (木)
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0700 起床．
朝飯．
コーヒー．
0840 自宅発．
昨日の暴風雪などなかったかのような晴．
とはいえ
……
北大構内あちこちで，
この季節にもかかわらず，
よくわからぬ工事あれこれ
(耐震工事とか)
が実施されてるのだが
……
工事現場横をとおりかかると，
建造中の建物上部で除雪した雪を専用のバッグにつめて，
クレーン車でダンプ荷台につみおろしていた．
たいへんな手間だ．
毎年毎年のことながら，
冬の札幌は雪を満載したダンプがはしりまわることになる．
こんな雪ふかいところによくもまぁ 190 万人都市を維持できてるもんだと
感銘うけますよ．
世界史的偉業とでも称するべきだな．
いやはや．
温暖化がどんどんススむといいね．
0840 研究室着．
-
昨日はぜんぜんススまなかった岩波本作業にとりくむ．
-
今日は岩波本に専念できたのだが
……
MCMC の説明まではとどかず，
その前ふりである試行錯誤による最尤推定の説明かきでオワってしまった
(下の図でいうと 43 ペイジあたりまで，
これらは実際のペイジ数とは異なる)
……
-
書くのがおそい．
1830 研究室発．
1900 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
シリアル．
ヨーグルト．
- 昼 (1330):
北部生協．
ライス S，
鶏ちゃん焼き (北大生協の宣伝によると「岐阜県のジンギスカン」)．
サラダバー．
672 円．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
ニラ・ショウガ・カキの炒めもの．
ダイコン・ニンジン・ゴボウ・ネギ・ブナシメジ・豚肉の味噌汁．
ミカン．
2010 年 01 月 15 日 (金)
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0700 起床．
朝飯．
コーヒー．
0820 自宅発．
晴．
0840 研究室着．
-
本日も
……
いろいろとわりこんでくるあれこれを処理しつつ，
岩波本作業をススめてみる．
-
北大院生 研究室で准教授殴る 傷害容疑で逮捕
……
まあ，
大学はヘンなヒトたちばかり集まってるところだからなぁ．
-
ベイズなる概念をうまく導入できない
……
-
難しいところはトバして，
MCMC 説明かきのほうを先にやってみたのだけど
……
なかなかススまず．
1820 研究室発．
1850 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.8 合．
ニラ・ブナシメジ・卵の炒めもの．
- 昼 (1320):
北部生協．
自宅からもってきた米麦 0.8 合．
生協おでん・サラダバー．
350 円．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
ニンジン・シイタケ・豆腐の味噌汁．
ナガイモ．
コマツナ・油揚のにびたし．
ヨーグルト．
2010 年 01 月 16 日 (土)
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0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
洗濯．
-
寒波のせいで今日も寒い．
工学部の難民キャンプの休日暖房運転もーどだと，
かなり寒そう．
そして降雪．
しかもセンター試験の日だし
……
とゆーことで，
自宅にとじこもることに．
-
それはよいのだけど，
自宅ではますます気がユルんでしまって，
ますますススまないんだよね
……
-
昼飯．
-
昼飯後も同じような状況
……
-
第 7 章，
MCMC & ベイズ導入章のめんどうは，
どこかで「とにかくそういうものだと思え」
というのがあからさまにでる部分があることだ．
なぜかといえば MCMC とベイズ統計は本来おたがい無関係に発明されたもので，
現在はたまたま両者のくみあわせがまことにけっこう，
となっているにすぎないから．
-
で，
MCMC も知らなければベイズも初耳な読者たちあいてに，
このあたりを岩波本的な文脈のもとでどう説明したもんだか
……
と試行錯誤しているのだが，
とりあえず現時点の説明プランとしては，
-
ふらふら試行錯誤による最尤推定が可能
-
それを少しヒネると MCMC となる
-
で，
その MCMC って何やってるの?
→
じつは事後分布からのランダムサンプリングになってましたとさ，
ちゃんちゃん
-
え，
その事後分布って何?
ベイズ統計?
事前分布?
……
てなかんぢでやってしまおうか，
考えている．
下の図は事後分布らしきモノがにじみでてくるあたり
(章番号は 2 ではなく 7 なのだが，作業途中なのでこうなっている)．
-
上のナガレはハナシとびまくりなのだけど，
とくに「うーむ」とひっかかるところは
「2. それを少しヒネると MCMC となる」
あたりだ．
なんでヒネくらないといけないの?
という質問にうまい回答はないので，
「これからメトロポリス法というのを説明してみるから，
ご利益は何? とか考えずにとりあえず聞け．
これはふらふら試行錯誤な最尤推定にひとつルールを追加するだけで
……」
といった展開になりつつある．
-
このあたりの説明かきに試行錯誤しつつ，
こういった内容を来月の統数研公開講座で説明するための準備に使える
時間はない
……
とゆーサトりの境地に到達した．
-
ぢゃ，
どうするのかとゆーと，
昨年
のハナシをつかいまわす．
ただし，
昨年のように野球の打率のハナシを例題にすると，
みなさん興味をもって話題に入りこんでくださるんだけど，
いろいろ想像がふくらみすぎてるんでは
……
という指摘もあったので，
今回はいつもの無味乾燥な架空植物ものでいくことにする．
つまり，
昨年の投影資料とかを作り変える必要はある．
-
いやはや，
明日は朝から晩までセンター試験の室内監督ぎょーむ
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
シリアル．
ヨーグルト．
- 昼 (1320):
タマネギ・ショウガ・ニンニク・鶏肉のトマト煮雑炊．
- 晩 (1900):
米麦 0.8 合．
カブの味噌汁．
ダイコン・ニンジン・ゴボウ・シイタケ・鶏肉の煮もの．
2010 年 01 月 17 日 (日)
-
0710 起床．
朝飯．
コーヒー．
0800 自宅発．
曇．
昨夜からの大雪に除雪がおいつかず，
北大ちかくまでヒザまでのラッセルを強要されつつ登校することになった．
0820 農学部着．
本日は夜までセンター試験監督．
[農学部前のロータリーふきん]
ここ数日でかなりの積雪になりました．
-
大雪なので，
試験開始時刻が一時間おくれることに．
[農学部前]
カントクつめこみタコ部屋から屋外をながめていると
(左の写真は窓からのながめではなく，建物に入る前にとったもの)，
大雪で遅刻してる受験生はあまりいないかんじだった．
二次試験とは異なり，
あまり遠くから北大試験会場までくるわけではないからなぁ
……
まあ，
あとで聞いたところによるとおくれぎみなヒトが何人かいたそーで．
-
で，
一時間おくれシフトでいくのかというとそうではなく，
休憩時間をけずってけずって終了時刻は 30 分おくれにもどすスケジュールになった．
なんともあわただしい一日でした．
[カントク弁当]
今回は Hotto Motto のもの．
市販価格 400 円ぐらいのやつかな．
まあ，
試験カントクつめこみタコ部屋で豪勢な弁当を
あわただしく食べたいとは思わないけど．
-
本日のカントク時間中は岩波本 MCMC 説明のことを考えていた．
MCMC な問題は「わかっているつもりだったのだけど，じつはわかってない」
あれこれが多いので，
そのあたりをつついていると良い時間つぶしになる．
-
1840 ぎょーむあれこれ終わって釈放された．
雪はやんでる．
買いものして，
1920 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
シリアル．
ヨーグルト．
- 昼 (1330):
カントク弁当．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
カブの味噌汁．
セロリ・ベイコンの炒めもの．
2010 年 01 月 18 日 (月)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0840 自宅発．
曇．
雪はぱらぱら．
除雪がおいついた．
この日のために幅が広くとられている北区の縦横の歩道，
歩道用除雪車による作業が終了している．
0900 研究室着．
-
メイルかきとかに時間とられる．
-
1030 すぎより
研究室セミナー，
今日は小川君で石炭灰まぜた土にミミズやワラジムシいれたら，
土壌の性質がどうかわるか，
といった実験の報告．
ミミズやワラジムシいれなくても微生物のチカラによって，
徐々に性質が変わっていくわけだが
……
そのあたりの差が生じているのかどうか，
よくわからない．
サンプリング方法は一回観測したら捨てる方式なので，
統計モデリングは比較的ラクでしょう，
ということでそのあたりちゃんとしたら，
とコメント．
石炭灰再利用 (ホントに需要あるのか?)
な研究が有用なのかどうかよくわかんないんだけど，
ミミズぬきワラジムシだけにすると個体群が「必ず」
(いったん 3 倍にふえたあげくに)
6 週間目までにクラッシュするという結果に驚いた
(5 反復独立で)．
こっちのほうがおもしろそうな気もする．
-
昨日から考えてる MCMC まわりの文献よみ．
昼飯．
[除雪な雪稜]
昼飯後に 30 分ばかり散歩．
あちこちに除雪山あるわけだが，
この医学部駐車場に形成された
長さ 50 m ぐらいの雪尾根はなかなかすごい．
-
昨日からうだうだと考えているのは，
岩波本に関して想定している読者
(まあ，このへんの環境科学な大学院生みたいなヒトたち)
あいてに，
-
メトロポリス
法でたくさんサンプリングすれば，
ターゲットの確率分布からのランダムサンプルになってるみたい，
と例示してみる (これは簡単，すでに図も作った)
-
じつはメトロポリス法のルールが巧妙に作られてるんだから，
そうなるんだよ
といったことを，
簡単にちょいちょいと示してみたいんだけど
……
なんともまぬけなことに，
その説明が思いつかない．
-
岩波・統計科学のフロンティア
「計算統計 II」
をながめてみると，
わりと最初のほうの
「3.5 マルコフ連鎖と定常分布」
「3.6 定常分布への収束の証明」
などの節あたりに伊庭さんによる一般的な解説があるんで，
当方の岩波本の第 7 章末の参考文献紹介部分に
「これを読め」などとえらそーに書けばよいわけだが
……
私が第 7 章の中で「メトロポリス法でうまくいく」
例示に使う例題はすごく単純化したもので，
このような特殊な条件のもとでも「ヒトことでいえば」
とはしょったハナシができないのが何とも
……
-
任意の初期状態から定常分布へ，
といったややこしーハナシは伊庭さんの証明説明を読んでもらうことにすればよい．
いま書きかけの第 7 章でごく簡単に説明したいことは，
「すでにターゲットの分布にしたがっている値が，
メトロポリス法でまたもとの分布にもどる」
とゆーだけの限定的なハナシ
……
つまり
詳細つりあい
条件を
(一般性のない単純化例題に関して)
簡単に説明しなさい，
ってことですかね．
-
などと考えたあげくに，
「計算統計 II」
の先ほどのつづきにある詳細つりあい条件とメトロポリス法・M-H
法の説明を読んでみると
……
よーやくにしてアタマの中が整理されてきて，
自分の例題に関する簡単な説明を創作できそーな気がしてきた．
われながらなちゅらるに阿呆だなぁ，
いつものことながら
……
そもそも，
「ターゲットの分布は尤度に比例する確率密度関数」
という自分ででっちあげたおハナシをど忘れしていましたよ．
自分に感銘うけた．
-
まあ，
上手に説明できるかどうかはともかく，
何もかも天下りぶらっくぼっくす
& 他の本におまかせといった，
すこしばかりキマリの悪い状況は脱しつつあるかも．
-
Gelman et al. 2004 ``Bayesian Data Analysis (2nd ed.)''
には p.290 から半ペイジほど
``Why does Metropolis algorithm works''
として，
このあたりのことが簡単にのべられている．
簡単すぎてよくわからないぐらいだ．
しかし詳細つりあいに該当することが説明されている．
-
てもとの他の本いくつかをぱらぱらとながめてみたんだけど，
意外と
``Why does Metropolis algorithm works''
について書かれたものが見あたらないよーな気がする
(「自明」だからか?)．
まあ，
私なども先ほどまでそのあたり理解せずに，
めとろぽりすしてたわけだが．
-
そもそも統計学の本には detailed balance なる語がさくいんにはないよね
(もともと物理学用語だから?)
……
Gelman 本とかでも．
ゐきぺであの
Metropolis-Hastings algorithm
の項には
detailed balance
項へのリンクはあるけど本文中には言及なし．
-
さて，
これで第 7 章の地図は改善されてきたわけだが
……
ばててきたので撤退．
1830 研究室発．
1900 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
シリアル．
ヨーグルト．
- 昼 (1320):
北部生協．
ライス S・焼きサバ・サラダバー．
540 円．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
ミズナ・キュウリ・タコのサラダ．
タラ・タチのバター焼き．
2010 年 01 月 19 日 (火)
-
0720 起床．
朝飯．
コーヒー．
0840 自宅発．
雪．
しかし今日は晴れて気温も上昇するとの予報．
0900 研究室着．
-
小山さんとサロベツ時系列データ解析の相談，
多種系．
時系列だけならなんとでも，
とゆー気で議論してたんだけど，
途中から「facilitation なる概念を示すために，
『環境の良し悪し差』パラメーターと処理の交互作用なパラメーター推定，
種差も考慮して」
とかアタマがねじきれそうなモデリングが必要，
とわかった
……
私のいいかげんなる憶測ではこんなコマかいちがいは，
よほどの大規模データ
を準備しなければ見つけられないだろう，
とゆー気もするのだけど
……
とりあえず，
すぐには着手できないような気もしたので，
宿題ということに．
-
世の中にはいろいろな facilitation 論文あるんだけど
……
そこでやられているデータ解析ってのが，
とにかくぶちぶちと (たいして分量の多くない)
データを分断して，
データもろくろくみないで単なる正規分布・線形モデルでちくちくして，
(生物学的な意味ほとんど不明な)
このモデルの交互作用の係数
の近似信頼区間にゼロがはいってなきゃ
「ゆーいだ，ゆーいだ，生物のたすけあいだ」
とか言いたい放題の長ーい作文をする，
とゆーものばかりで．
-
宿題といえば，
明後日までにカメムシデータ解析をすすめないといけないんだった，
と思いだしたので帯広のまゆらさんに送っていただいたゑくせるファイルにとりくむ．
-
これまた
「こんなびみょーな効果を特定するためには，
よほどの……」
その他問題をふくんだものであるが
……
よくわからなくなったので，
研究室から逃げだして旅にでる．
うんどう不足の部分的な解消のため，
1000 m ほど南下して北大南端の生協会館書籍部でうろうろ，
帰路に昼飯．
北大生協のよくわからぬ企画モノ，
先日の東海・北陸フェアがまだ継続してたので，
本日はこのようなものを食べてしまった．
のっかってるのは，
よくわからぬ白身フライ．
石川県金沢のたべものだそーですが
……
生協では，
「ハン」はハンガリー，
「トン」はマグロのフランス語なるアヤしげな解説されてたんだけど，
ネットで調べると，
やはりそれは根拠ナシのよーで．
-
現実逃避の旅からもどってみると，
またしても隣室がなんともやかましいので，
北大図書館への逃避の旅にでる
……
試験が近いのか，
閲覧室はほぼ満席状態．
そこで，
2F のオーディオ視聴な部屋のかたすみに逃げてみた．
[北図書館・マルチメディア公開利用室]
北図書館
2F にある音楽・映像端末と PC 端末のある部屋．
こういうよくわからぬ応接セットみたいなものもあるので，
ここで岩波本作業をススめた．
-
1900 研究室発．
1920 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
シリアル．
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1340):
中央生協．
ハントンライス・生協サラダバー．
639 円．
サラダバーは各食堂でコンポーネントが異なり，
北にはない大学イモが中央にはあったので食べてみた．
- 晩 (2110):
米麦 0.8 合．
ジャガイモ・タマネギ・アンチョビー蒸し．
ホッケ．
2010 年 01 月 20 日 (水)
-
0720 起床．
朝飯．
0800 自宅発．
曇．
ちょっと雨?
今日だけは気温が高くなるそーで．
0820 研究室着．
コーヒー．
-
岩波本作業
……
ただし少しススめて中断．
いまさらながらだけど，
(何ごとにつけ作業のおそい私にとって)
かなり危険な状況におかれている，
と気づいたので．
-
えーと，
今週から来週にかけての予定:
-
本日: 午後から小山さんとサロベツデータ解析相談
-
明日: 朝から帯広のまゆらさんとカメムシデータ解析相談
-
1/25 (月) 16 時から M1 あいての講義 (1)
-
1/26 (火) 統数研公開講座の講義資料提出
-
1/27 (水) 16 時から M1 あいての講義 (2)
-
とりあえず統数研公開講座の準備の作業みつもりにとりかかってみる．
M1 授業 (これは 10 人ぐらいいる担当教員でやるごたまぜ的な内容)
はいざとなったら去年以前の投影資料をそっくりそのまま使えばよいので．
-
じつは統数研公開講座に関しても，
先日ぎょーむ日誌にかいたように，
去年とまったく同じ内容なんだけど．
ただし例題を野球の打率 → 植物の結実確率に変更する必要があるので，
そのあたりのみきわめ．
-
うーむ，
けっこう修正にてまどりそうな予感
……
-
そして現実逃避のため，
出張の手配
……
これまたみょーに時間かかってしまった．
宿泊場所とかあれこれ比較してしまうんだよね
……
-
15 時ごろから実験室で小山さんとサロベツ統計モデリング．
今まであまりやったことないタイプのものなので，
手さぐりの試行錯誤
……
まあ，
なんとかなりました．
階層ベイズモデルが明らかにした本日のおどろくべき新発見?
やちパワーに種差なし!
サロベツは不思議だ．
-
1830 ごろにひと段落ついたので，
さーてあとは小山さんの PC にあれこれを SCP
して
……
と思ったら，
小山さん PC 上の Windows 7 上の R の挙動不審にとらっぷされてしまった．
update.packages()
ができん．
Program Files
内のなんちゃらが上書きできないどーのこーの?
ちょっと調べてみたけどよくわからなかった
……
library(R2WinBUGS
がインストールできないと，
計算結果が読めないのだが
……
ふと思いついて，
install.packages()
やってみたら，
なぜかこれは問題なく動作した．
ゐんどーづ 7，
いったいどうなってんの?
(後記:
解決策は R 起動時に右クリックで「管理者として起動」)
-
へろへろと
1940 研究室発．
雨はいつのまにか雪にかわり，
気温は猛烈ないきおいで低下中．
途中で晩飯．
2040 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
シリアル．
ヨーグルト．
- 昼 (1330):
北部生協．
ラム肉丼．
これはわりとまともだった．
生協サラダバー．
610 円．
- 晩 (0810):
ごはんやデンスケ．
