ぎょーむ日誌 2010-01-(21-31)

2010 年 01 月 21 日 (木)

• 0630 起床． 朝飯． コーヒー． 0740 自宅発． 晴． 昨日は春のような高温だったけど， 昨晩はそれなりの積雪． 本日からまた真冬日つづく． 0800 研究室着．
• 本日は 10 時から帯広のまゆらさんのデータ解析相談． どろなわでカメムシデータにとりくむ．
• 10-16 時， カメムシデータ解析相談． 水田のカメムシ & クモのナゾがいくつか解明された ……

• ぐったり．
• ねったい論文原稿よみ ……
• ぐったり． 1830 研究室発． 買いもの． 1900 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ぐったり．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1330): 北部生協． ライス S・ホイコーロ・冬のバランス惣菜． 346 円．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． ニラ・カキの味噌汁． タマネギ・ネギ・ブナシメジ・豚肉のホイル焼き．

2010 年 01 月 22 日 (金)

• 0640 起床． 朝飯． 0740 自宅発． 曇． 0800 研究室着． コーヒー．
• 今日こそは統数研公開講座の準備を， と思ったのだけど …… なぜかしらあれやこれやにふりまわされることになった．
• メイル書きあれこれ． 教科書かきと大学院生急患 (desperate graduate students) の対応で共同研究とかやってる時間なさそーです， といった敵国語作文とか．
• 年度末しめきりがあるので， 2-3 月の出張予定あれこれのとどけでが必要． 4 回も東京往復するのは「もー無理」なので， 3 回にへらした．
• 3/14-3/20 生態学会大会出張に関しては， すでに航空券をとりその領収書を提出する必要あり． で， AIRDO のサイトで航空券とったんだけど， AIRDO は web site で領収書をだしてくれないみたいね …… しょうがないので， 「運賃詳細」 なるテイブルを印刷出力して提出してみた． いやはや．

[ついでに]

東京宿泊場所の予約． すでに 13 時すぎ． いやはや．

• 昼飯．
• その後もメイルかきだのネット雑用だの．
• R グラフィックス が重版 (といっても第 2 版ではなく第 2 刷なんだけど) がでるとのことなので， まちがいなどの修正リストを作る．
• 昨日とはべつの「いそいで見てください」なハナシが …… あれこれと検討して， メイルで送信．
• そして昨日の「いそいで見てください」ねったい論文原稿にとりくむ ……
• またとなりの部屋がやかましい． まあ， あとひと月で難民キャンプ脱出だけど．
• …… で， けっきょく公開講座準備も月曜日の授業の準備もススまぬまま， オワってしまった． どうなることやら． 1830 研究室発． 寒い． 1850 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ホントにうんどう不足だ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米麦 0.6 合． ニラ・カキの味噌汁．
  • 昼 (1330): 北部生協． ライス S・豚ばら塩カルビ・サラダバー． 629 円．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ナメコ・ネギの味噌汁． ホッケ． ミズナのサラダ．

2010 年 01 月 23 日 (土)

• 0830 起床． よくねた …… 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業 …… ばかりもしてられないんだよね．
• せとぎわ感あるメイルがきてるので， データ解析こんさるにとりくむ． ヒヨコ実験データ解析の卒業研究 …… はい， 理学部からです．
• 卒研生に階層ベイズモデルってのもアレなので， R だけで簡単にできるところを …… 交互作用がちょっと独特なので， x1 + x2 + x3 + x1:x3 + x2:x3 みたいに * 演算子を使わずにぽちぽちと指定していく ……
• stepAIC() なモデル選択やらせると， この関数に独特なルール 「x1:x3 項が残ると， x1 と x3 は必ず残る」 が適用されてみとおしの悪い結果になった …… とゆーかみとおし悪くなった責任は， stepAIC() ではなく， ありがちな線形予測子を指定している当方にあり， だな．
• ここは工夫が必要とされるところだ． この実験データでは x3 (って仮名ですよ) は他とは異なる独特なものであり， これを as.numeric() などして「因子型変数の交互作用と同等な数値型変数」 の列をどんどん追加していき (じつは x3 は二値型なので簡単にできる) …… これでパラメーター推定 & モデル選択するとすっきりとわかりやすく， ついでに AIC も低くなるモデルが得られた! 報告かき． メイル送信．
• …… いやー， これってすごくおもしろいヒヨコちゃんうろうろ実験の結果ではなかろーか， などと考えつつ遅い昼飯．
• 1450 自宅発． 曇． 1510 研究室着． R 棟の廊下が暖かいような気がしたので， 「今日は暖房運転してるのかな?」 と思ったけどじつはいつもの土日と同じく最小出力運転だった． 防寒態勢をとる．
• さっさと 2/9 の公開講座の準備せんといかんのだが …… なかなかススまず ……

• 室内もかなり寒くなってきたので， 1820 研究室発． 買いもの． 1900 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.6 合． ナメコ・ネギの味噌汁．
  • 昼 (1400): パン． ホタテスープ．
  • 晩 (2040): 米麦 0.8 合． コマツナ・ブナシメジの味噌汁． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・しらたき・牛肉の煮物．

2010 年 01 月 24 日 (日)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー．
• どうせ大学にいっても土日の難民キャンプ (教員部屋) は寒いだけなのでひきこもることに ……
• おいつめられぐあい:
  • 1/25 (月) 16:30 から M1 あいての講義 (1)
  • 1/26 (火) 統数研公開講座の講義資料提出
  • 1/27 (水) 16:30 から M1 あいての講義 (2)
• ひきこもっていたわりにはススまなかった ……
• [今日の運動]
  • こんなことならうんどうすればヨカった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． コマツナ・ブナシメジの味噌汁． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・しらたき・牛肉の煮物．
  • 昼 (1230): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． リンゴ．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ミズナ・ネギ・シイタケ・カジカのショウガ味噌鍋．

2010 年 01 月 25 日 (月)

• 0650 起床． 朝飯． コーヒー． 0720 自宅発． 雪． 寒い． 0740 研究室着．
• 夕方までひたすらぢゅぎょーの準備．

[工学部 N-P-Q-R 棟屋上]

…… が見える場所で昼飯たべた． 遠くの巨塔は札幌駅の JR タワー． すなわち南東方向．

• もはやぢゅぎょー準備と公開講座準備がごたまぜになってる． すなわち M1 に最尤推定 → 階層ベイズモデルのハナシをしてみる予定 …… しかし来月の公開講座ではここらへんの M1 にわかるぐらいのハナシが必要ではないか， と．
• で， 1600 すぎに講義のおこなわれる人文社会教育棟着． 例によって耐震工事ということで， ぢゅぎょーも間借り状態．
• この「生物多様性論」は参加者数が年によって異なるのだが …… 今年は少なくて 5 人ぐらい．

• で， 80 分ぐらいかけて説明してみたのだが …… やっぱり， このハナシは説明が難しいね． ベイズ導入するくだりとかが． いろいろ改善が必要だとわかった．
• そして体力がきれぎみなのか， ぐったり状態に． さいきん， ぐったりが多いな ……
• へろへろと， 1800 人文社会教育棟発． 北 12 生協で買いもの …… しかしアタマの中もへろへろしてるので， 意味もなく店内をふらふらとひたすら徘徊してみたり …… 1850 帰宅． うー． ぐったり． 晩飯．
• 今日の反省を反映させなくては …… と思いつつ作業はススまず． うんどう不足で体力がオチているのか?
• [今日の運動]
  • そしてうんどう不足はつづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米麦 0.6 合． 卵焼き．
  • 昼 (1300): 自宅からもってきた米麦 0.8 合． 春雨スープ． リンゴ．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． 豆腐． ダイコン・ニンジン・シイタケ・ワカメ・鶏肉の煮物． ヨーグルト．

2010 年 01 月 26 日 (火)

• 0650 起床． 朝飯． 0820 自宅発． 曇． 気温は平年よりさらに低く …… -7°C ぐらい． 0840 研究室着． コーヒー．
• 本日は， 2/9 統数研 公開講座 の講義資料提出日なので， その準備で一日がオワってしまった．
• 外はいつのまにやら暴風雪． ときどき晴． わけわからん．
• どーも Ubuntu 上の LaTeX だか dvipdfm だか， 日本語フォントによる組版に問題がある． カーニングがうまくいってない? たとえば， 「個体差」 が 「 個体差」 のようになってしまう (場合がある)． 使用するフォントの優先順位を変更 とかいろいろ調べてみたのだが …… よくわからん．
• 昨日， このできかけの公開講座資料で M1 あいての授業をやってみる， といった乱暴な実験をやってみたのだが …… やってみるといろいろ改良すべき点がわかった． たとえば， MCMC とベイズモデルのつながりがすっきりしない． そこで， (これまたまだ書きかけの) 岩波本の新設第 7 章の図を流用して， 「尤度関数あたえて MCMC すると， それはベイズ統計でいうところの事後分布になりまーす」 例示を追加してみる． はてさて， どうなることやら ……

• ひととーりできたので， ファイルアップロード． 1840 ごろ統数研に連絡． なぜかしら伊庭さんも同時刻にメイル送信された．
• 1910 研究室発． 寒い． 買いもの． 1940 帰宅． 晩飯．
• へー， Google Readerであらゆるページを購読可能に 〜 自動RSSフィード生成機能が追加 (the official Google Reader Blog) ……
• [今日の運動]
  • うんどうしたい …… うんどう不足のせいか， ちょっとカラダがかゆい (血行が悪くなってる?) ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・シイタケ・ワカメ・鶏肉の煮物．
  • 昼 (1240): 研究室． 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・シイタケ・ワカメ・鶏肉の煮物． リンゴ． バナナ．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． タマネギ・ネギ・タチの味噌汁． ニラ麻婆豆腐．

2010 年 01 月 27 日 (水)

• 0650 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 曇． 今日は気温たかめ． 0840 研究室着．
• 今日も夕方から M1 あいての授業があるのだが (私の担当回数は 2 回なので，本日で終了) …… 月曜日のつづきで， WinBUGS なまにあっくなハナシを聞かせるのは気の毒かも． さいわいにも， 参加人数 5-6 人なので， かきかけの岩波本 1-3 章の一部をコピーして配布， ポアソン回帰あたりの話をしようかな?
• ということで， そのあたりの準備をあれこれと．
• ついでに昨日提出した公開講座の投影資料もみなおし． まあ， もうちょっと手なおししたらさっさとアップロードして， 誰でもダウンロードできるようにしますか．
• てなことをやってるうちに， 午前終了 ……
• 昼飯たべにいこうとしたら， 院生のゐんどーづ不調修理に連行されてしまった …… 無線 LAN はつながってるけど IE が動かない (起動するけどオフライン状態みたいな動作しかできない)． こりゃーわけわからんな， ということで USB メモリ経由で Firefox をインストールしてみた …… これでなんとかなった． ただし IE のほうは起動するなり自爆死するようになった． さようなら， IE． めでたしめでたし．
• 昼飯．
• 授業の準備．
• 15 時から地環研 D 棟 (新講義棟) で西村さんのサロベツ D 論発表会． 長年の研究をまとめて聞いてあらためて思ったのは， これはかなーーり難しいデータ解析だってことで …… どのデータもよくわからない， と言いますか長い時系列と短い時系列が複合したもの． 空間構造が影響してそうなブロック構造． なんとも事前分布が決めにくい説明変数 (と書いて，いま思いついたのだけど， 「場所差を表現する系統樹」みたいなものを MCMC すればよい? これはすごく難しい計算)， 多種系， しかも植物だけでなくケミカルも ……
• 授業のほうは間借り教室でやらねばならないので， 人文社会棟に移動． 1630 から統計学授業．

[本日は文系 2 番教室で]

軍艦講堂 なるよくわからぬ通称の建物内にある広い教室． 本日は参加者 5 名 (生物多様性論全体の講師数は 10 名ぐらいなのだが)． 書きかけの岩波本 1-3 章のコピーを配布して， ポアソン分布の最尤推定と GLM を説明してみた． やはり M1 あいてだとこれぐらいの内容が適切で， 皆さんの「なるほどー」といった反応をみながら， わりとよい説明を展開できたよーな ……

• 1810 人文社会棟発． 買いもの． 1840 帰宅． ぐったり． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ぐったり
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米麦 0.6 合． タマネギ・ネギ・タチの味噌汁．
  • 昼 (1350): 北部生協． 自宅からもってきた米麦 0.8 合とニラ麻婆豆腐． 生協サラダバー．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・豚肉の味噌汁． イワシのショウガ梅干し煮． リンゴ．

2010 年 01 月 28 日 (木)

• 0650 起床． よくねむれなかったので， 朝からぐったりぎみ． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 0900 自宅発． 曇． 今日は気温たかい． +3°C ぐらい． 0920 研究室着．
• 朝からうだうだしたことに ……
• 雑用みたいなことばかりで昼飯前の時間終了． 生物圏専攻科で買った MS おひすのライセンス問題でぐるぐるしてみたり ……
• 二日酔いふちょー露崎さん登場． 昨晩の D 論うちあげでもりあがったそーで． 自分よりふちょーそうなヒトがいるのはありがたいねえ ……
• 昼飯． 外は大雪．
• その後もうだうだ．
• 15 時から一時間ほど小山さんとサロベツ植物モデリング相談． 本日最初の生産的なしごと． 植物の齢と季節変動がややこしく交錯する …… そして種差． 前回の発芽モデリングとの対応を考えながらモデル構築 …… やはり齢まわりがややこしくなる． つづきは明日．
• ISM 公開講座準備と M1 授業でばてたのか， ふちょー感つづく ……

• ねったい論文原稿よみぎょーむ …… そういえば， 昨日も D 論公聴会の前に， ちょっとよみすすめました．
• 1810 研究室発． 1830 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.6 合． イワシのショウガ梅干し煮． ダイコン・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・豚肉の味噌汁．
  • 昼 (1330): 研究室． 自宅からもってきた米麦 0.8 合． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (1940): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ネギ・ブナシメジ・カキ・タラの鍋もの． ヨーグルト． リンゴ．

2010 年 01 月 29 日 (金)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 曇． 0850 研究室着．
• ねったい論文原稿よみ ……
• 11 時から 1.5 時間ほどスンモヌさんの MacOSX 上での R 導入講習． OS のインターフェイスは英語化されてるのだが， bash な環境が ja_JP.UTF-8 せいなのか， R コンソール (だけ) 日本語になってる． これは .Rprofile でどーこーしようというのはダメ で， ~/.Renviron において LANG=en_US.UTF-8 と設定する必要あり．
• この問題は苦闘したんだけど， あとは read.csv() でデータよむとか， plot() してみるといった講習をてけてけと．
• 昼飯．
• またねったい論文原稿よみ．
• 15 時から小山さんとサロベツデータ解析のつづき． 小山さんの R データ変換わざで準備されたデータファイルの あれこれ作図から始める． 時系列もので複雑なデータ構造なので， library(lattice) を駆使することに．

• そして BUGS な階層ベイズモデリング． 時系列な構造がややこしい ……
• ひととーりできたんだけど， 収束が遅いので， 本日の相談は終了して， 当方で試行錯誤してみることに ……
• いろいろ計算やらせているうちに， まぬけなまちがいに気づいた …… いやはや． しかしすでにばててきたので撤退． 1910 研究室発． また雪． 買いもの． 1940 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， いつになったらオワるのやら ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 食パン． ダイコン・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・豚肉の味噌汁．
  • 昼 (1320): 北部生協． 食パン， 自宅からもってきたキャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ネギ・鶏だんごのスープ． コマツナ・豚肉の炒めもの．

2010 年 01 月 30 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• どーにもこーにもうんどうしなくては …… と， ひさしぶりに室内うんどう． 体重 73.8 kg． うんどう不足ふとりだ．
• 1230 自宅発． 曇． 1250 研究室着． 昼飯．
• いろいろやらねばならぬことがあるのだが …… ともあれ， 昨日のサロベツやりかけ問題が気になるので試行錯誤してみる．
• 昨日きづいた階層ベイズモデルの初歩的なミスってのは， 「種差」のばらつきを項目ごとに変えるってのを忘れていました， というもので …… とりあえず， そのあたりを修正して先日のやちパワー解析 1 をやりなおす (BUGS code)． 幸か不幸か， あまり結果はかわらなかった．

• で， 昨日からとりくんでいるやちパワー解析 2 のほうだが …… こちらはうろうろ試行錯誤が続いていたんだけど， やっているうちにアタマが整理されたり， ばぐが発見されたりして ……
• いろいろ整理整頓・試行錯誤してみて， なんとかまっとうな推定ができるようになった (BUGS code)． またしても， やちパワーに種差なし， か． しかも季節限定発動 …… なかなかすごいな．

• いわゆる random effects とは何か， について考えさせられた統計モデリングでしたよ …… あらら， すでにとっくに日没時刻．
• 1915 研究室発． 買いもの． お， 釧路から旅をしてきたホッキ貝が …… 1945 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腕立ふせ 5 × 3 回． これは昨年 11 月なかごろ に久しぶりのうでたてふせで僧帽筋を痛めてしまったので (その後，消炎鎮痛剤で皮膚がただれた)， 今回は慎重に再開． エアロバイク 30 分間． ラジオ体操．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ネギ・鶏だんごのスープ．
  • 昼 (1310): 研究室． 食パン． ソーセイジ． トマト． リンゴ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ホッキ貝ごはん． ネギ・豆腐の味噌汁． ゆでブロッコリーのひき肉・ショウガあんかけ．

2010 年 01 月 31 日 (日)

• 0800 起床． ねむい． 朝飯前にうんどうを …… と考えたのだけど， なかなかうんどうできづ， なかなか朝飯が食えない．
• うんどう． 体重 73.8 kg． あいかわらずの， うんどう不足ふとり． 朝飯． 怠業．
• Elsevier サイトですでに配布されてる苫小牧樹木直径成長モデルの 図がおかしいんでは， と鍋嶋さんからご指摘いただき， あわてて見直したところ， たしかに下のごととくずれていた． しかしながら， 現時点での online 版 では問題ナシ． そもそもどういうバグが混入すれば， 下のごとくに乱れたりするんだろう? 私がファイルダウンロード & アップロードで何かしくじると， こういう現象を発生させられる?

• 昼飯． 1440 自宅発． 曇． 1550 研究室着．
• 進捗がおくれている， ねったい論文原稿よみのつづき ……
• コメントを書いて， メイル送信．
• 読んでるうちに気づいたのだけど …… データ解析の中で， なぜかしら 個体群のサイズ分布に関する統計量がふたつほど登場してしまうのだが， こいつらは個体群ごとに異なる標本数のもとで推定された値だったんだな …… うーむ， この推定値の (標本数依存な) ばらつきをマトモにあつかわなかったのはまずかったかも． しかもそのうちひとつは (熱帯林病とでもいうべきいやはやな) 高次モーメント統計量 だし．
• へろへろと撤退． 1830 研究室発． 夜になるとどんどん寒くなる． 買いもの． 1900 帰宅． 晩飯．
• 一月のガス代 (当家はプロパンガス) 9723 円! なンでこんなに高いんだろうね．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 30 分間． うでたてふせは昨日の 15 回でかなり上半身がやられてしまった． 回数すくなめにしといてよかった． 本日はうでたてふせ休養日． 上半身の筋肉がヨワいので， ふだんから負荷をかけるようにしとかんといけませんな ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.6 合． ホッキ貝ごはん． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1250): イソップベイカリーのクロワッサンとか． リンゴ．
  • 晩 (2110): 米麦 0.6 合． ハクサイ・シュンギク・ネギ・豆腐・春雨・鶏肉の鍋もの．