ぎょーむ日誌 2005-12-(11-20)
2005 年 12 月 11 日 (日)
-
0720 起床．
ねむい．
東京滞在三日目．
しかし本日は帰るだけ．
どうしようかと思ったけど早々に撤退することに．
0748 東横イン蒲田東口チェックアウト．
二泊で 14000 円ちょい．
0753 京急蒲田着．
羽田まで 330 円
(なぜこの区間はすごく高いのだろう?)．
0758 同発．
0808 羽田空港着．
さーて，
自動チェックイン機に航空券いれてみると
……
0830 出発に搭乗可能か，
ということで出発を一時間以上はやめることに．
関門くぐって朝飯調達．
0828 搭乗．
JAL 1009 便，
往路と同じく B-767-300．
しかしなかなか動かず．
晴．
-
日曜日の朝っぱらから北海道に移動しようというヒトは少ないらしく，
私の前後左右は半分以上が空席．
乗物は空いてるほうがだんぜん良い．
朝飯．
よーやく C 滑走路を南→北と離陸．
時刻は 0850．
千歳周辺は天気悪いらしく三沢上空でくるくると旋回をつづける．
[空の旅]
右は三沢上空あたりで時計まわりに旋回してるところ．
太平洋岸を北→南と見ている．
千歳 (左) についたらけっこう積雪してた．
しかし悪天ではなく晴．
-
1031 新千歳空港着陸．
遅延合計は 15-20 分ぐらい?
1048 JR 快速エアポートに乗って同発．
1125 札幌着．
札幌も晴．
不在のあいだに 15cm ぐらいの積雪．
本屋によったり昼飯調達してから
1200 研究室着．
-
昼飯．
脱力．
-
へろへろとぎょーむ日誌書きなど．
これは一種の怠業なんだろな．
-
だめだ．
ぎょーむはススまん．
-
1700 以降はネットも途絶することだし，
撤収するか．
1625 研究室発．
1810 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
なンとすでに
「S4 クラスとメソッド入門」
がアップロードされている．
すごい，
としか言いようがない．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
B-767-300 機内で．
万世カツサンド．
- 昼 (1220):
研究室お茶部屋．
ソーセイジパン．
- 晩 (2010):
米麦 0.9 合．
ワカメ酢のもの．
ダイコンの味噌汁．
ネギ・卵の炒めもの．
2005 年 12 月 12 日 (月)
-
0700 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
なんとなくだらだら感あり．
ちなみに代休とやらは，
書類上は先週の木曜日にとったことになっている．
選択の余地ないんだよね．
0940 自宅発．
晴．
積雪は増減なし．
0955 研究室着．
-
雑用 & 研究まわりの情報整理．
-
以前
のぎょーむ日誌にも書いたんだけど，
Wikle
って
(生態学難題どもに対するべいぢあんな解決策をさぐる方向性において)
先駆的というか 1998 年にすでに
階層ベイズ時空モデル
(Hiearchical Bayesian space-time models)
のまとめ的な論文を
Environmental and Ecological Statistics
に出したりしてるんだよね
……
なンとゆーか，
10 年ぐらい差をつけられてるよーな．
-
また別の，
これとはまったく関係ない論文をぱらぱらとながめて，
なぜか経済学部方面のヒトにメイル書かねばならぬことに
(土曜日，そういう質問をうけたので)．
Volkow et al. 2005. Density dependence explains tree species
abundance and diversity in tropical forests. Nature 438: 658-661.
例の Hubbell の熱帯林
中立説
に密度依存性いれて改善しました，
という内容．
この中立説って，
つくづくうまい framework 提示の方法だと思うよ
(戦略的，
というか)
……
つまり，
「正しい」のかどうかなんてのはどうでもよい，
という土俵になってるんだよね．
-
さて，
ひとくぎりついたので，
さっさと屋久島計算葉寿命篇に着手したいところなんだが
……
今月はじめに依頼されて放置していた論文原稿よみを先にやることに．
さすがにこれ以上の遅延は許されないような気がして，
ですね．
-
これすごくおもしろそうなんだけど，
けっこう難しそうなんだよね．
またしても MCMC なハナシだし．
-
と作業にとりくもうとすると，
いろいろと「考えさせる」メイルいただき，
手が完全にとまってしまった．
うーむ．
-
1430-2010 牛原さんと屋久島シュート問題これまでのまとめ．
なぜか久しぶりに poorpoint を使いまくることに
(牛原さん PC 上で)．
-
2100 研究室発．
2120 帰宅．
体重 73.6kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
うーむ，
ついに院生から運動不足を指摘された
……
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米麦 0.6 合．
ワカメ酢のもの．
ダイコンの味噌汁．
- 昼 (1250):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ダイコンの味噌汁．
- 晩 (2200):
うどん．
ダイコンの味噌汁．
ネギ・チンゲンサイ・エノキダケの卵とじ．
ワカメ酢のもの．
2005 年 12 月 13 日 (火)
-
0730 起床．
う．
いろいろとメイルが．
朝飯．
コーヒー．
0935 自宅発．
晴．
0950 研究室着．
-
メイル返信とか片づけたあと，
よーやく懸案の論文原稿にとりくむ．
-
かなり時間かかったけど，
何やってるかはわかってきた．
たいへん興味ぶかい．
しかし定式化の部分とかまだまだナゾだ．
とりあえず昼飯．
-
原稿解読のつづきを夕方まで．
内容はおもしろいんだけど
……
問題のたてかたというか中核的な部分の定式化まわりで
「なんでこれで OK なんだろう?」
とつまる．
何か巧妙なモデリングのような気もするし，
てきとーに選んだだけという可能性もあるような
……
と考えこんでしまう．
-
学外からのとびいり質問に苦闘する．
「統計学とは検定のことだ」
主義のヒトたちには，
下手にさからったりせずに，
「はいはい，こちらでございますよ」
と
青木さんペイジ
に誘導したりすると双方の不幸感の和を最小化できる
場合があったりするのかもしれない．
-
意外なことに，
2×2 より大きな分割表
(contingency table)
で Fisher の正確確率検定をする関数，
が CRAN で見つからない
(さがしかたが悪い可能性もある
……
後記:
R
標準の
fisher.test()
でできる，
とご指摘いただいた
……
われながら絶不調だ)
……
まあ，
この計算は Fisher 的というか少し変わった考えかたにもとづいているので，
ここでゆーい差を出してもわれわれには
「『独立』です，ええ『独立』ですとも」
とよくわからぬままふれちらかすぐらいしかできない，
という側面もあるわけだが
(とくに 2×2 より大きな分割表においては)．
-
つまりこういう
contingency table は対数線形モデル，
言いかえると
glm(..., family = "poisson")
なんかで始末すればいいのである．
そのほうがずっとわかりやすい．
ゆーい差とやらは「出にくい」んだろうけど知ったことか．
-
解読作業なかなかススんでないんだけど，
空腹になったので撤退．
1850 研究室発．
1905 帰宅．
晩飯．
-
早々にねてしまった
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
ネギ・チンゲンサイ・エノキダケの卵とじ．
ワカメ酢のもの．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ネギ・チンゲンサイ・エノキダケの卵とじ．
海藻スープ．
- 晩 (2000):
米麦 0.7 合．
ワカメ酢のもの．
キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・ホッケすりみのスープ．
2005 年 12 月 14 日 (水)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
昨日から着手してる原稿解読について考えつづける．
0850 自宅発．
雪．
歩いてるうちに，
自分で同じ問題を解決するなら，
似たような手法を使いつつも
まったく異なる定式化やるだろうな，
とアタマの中が整理されてくる．
0905 研究室着．
-
1000 より研究室セミナー．
某
「善意のわるもの」
D1 氏が企図した「M2 おいこみ 12 月セミナー」しりーづで，
本日は牛原さん．
これのために，
M2 したうけたる私も先週と一昨日はおいこまれていたわけで．
いやはや．
-
1100 すぎ終了．
(時間かせぎのため)
宿題原稿のコメントを部分的に作成し，
それを提出する．
昼飯．
-
上記の件，
すぐに返信いただく．
ちっとも時間かせぎになっとらん．
-
またそれに半分ぐらい返信かいたところでばてたので，
お茶部屋にふらふらと
……
すると伏撃態勢を整えていた M1 川合さんの一斉射撃をくらって
捕虜として拘束されてしまい，
そのままお茶部屋にて 2100 ごろまで人類史上初
「particle counter データの少しは『誠実さ』を感じさせる統計モデリング」
なるものにとりくまねばならぬことに．
-
生態学データ解析におけるわりざん汚染はまあひどいものなんだけど，
こういう繁殖まわりなんかも特に「わりざん呪われ」ぐあいははげしい分野，
という気がする．
そして今回のモデリングでも，
たいへん不本意ながら意味不明わりざんが一ヶ所だけ残ってしまった
……
これを解消するためにはすごくややこしい確率分布を仮定する必要があったんで．
-
ばてた．
撤退．
2120 研究室発．
2145 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.7 合．
キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・ホッケすりみのスープ．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・ホッケすりみのスープ．
- 晩 (2230):
米麦 0.7 合．
ネギ・モヤシ・豆腐の味噌汁．
チンゲンサイ・ピーマン・シイタケ・豚肉の炒めもの．
2005 年 12 月 15 日 (木)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
メイルよみつつ確率分布の問題を考えてみる
……
と，
ここ数日間ナゾだった問題がとけた．
0905 自宅発．
雪．
0920 研究室着．
-
で，
ここ一昨日から断続的にみている論文原稿よみ宿題へのコメント，
今朝がたあれこれ考えた確率分布のハナシを書いてみる．
これは
「何か巧妙なモデリングのような気もするし」
と書いてた部分が，
まあかなり巧妙なのではないでしょうか，
とわかりやすく (?) 説明しようという論法なんだが
……
-
送信．
まちがいに気づいたのですぐにまた訂正送信．
-
すこし「時間かせぎ」に成功したように思えたので，
また別件の統計こんさる．
よく読むとこれは現在拝読している論文原稿の
著者が得意とするわざによって解決しそう，
とわかったので「そちらにお尋ねになっては」
と返信してみる．
これは善意によるもので，
時間かせぎ効果をネラったものではない，
というのは述べるまでもないことである．
-
まだ時間かせぎに成功してるようなので
(というか先方がたんにお忙しいだけという気もしてきた)，
これまた放置していた
「異分野間統計学メイルやりとり」
のまた別のもう一件にとりくんでみる
……
真におどろくべきことに，
よく読むと
これまた今朝がたから問題になっている確率分布のたぐいのハナシであり，
もうちょっと具体的にいうなら「確率分割」関連のハナシである
……
本日のメイル書きはことごとくこれに関連するものばかり．
世の中「確率分割」ぶーむなのか?
-
このあたり検討しつつ昼飯．
-
1300 より一時間ほど
「M2 おいこみ 12 月セミナー」しりーづ最終回
(!! ……って二回しかやっていないぢゃんというつっこみは却下)．
本日は実吉さんで，
ケムリ発芽だけを強調したいわけではないという「転向」なハナシ．
-
確率分割メイル返信を書こうとして 90 分ほど苦闘．
近ごろの熱帯林樹木 species-abundance 曲線まにあなヒトたちは
幾何分布モデルがどれぐらい使いものになると考えてるのか，
よくわからない
(勉強不足)．
-
一件落着したので，
お茶部屋でうだうだ．
-
左こめかみというか額の左側が痛い．
鏡でみると赤くふくれている
……
ということで
一昨年
以来の修論しーづん免疫力低下による
ヘルペス
再発．
「おいこみセミナー」の効果てきめん，
ということか．
えーい，
どうしたもんかな．
自宅にはクスリとかまだ残っていたような．
-
ということで
……
免疫力低下を口実にのんびりと文献よんだり，
メイルをゆるゆると書いたり．
-
免疫力低下を口実に早々に撤退．
1830 研究室発．
1845 帰宅．
晩飯．
-
さて，
へるぺす薬だが
……
まだあった．
-
外用抗ウィルス剤
アラセナ A 軟膏
(持田製薬)
: 残りはチューブ 1.5 本
-
内服抗ウィルス剤
Valtrex
(GlaxoSimthKline)
: 残りは
一回 2 錠 × 一日 3 回 × 1 + 2/3 日分
軟膏，
有用かどうかわからんけど塗ってみる．
-
問題は「劇薬」 Valtrex だ．
これはあからさまにカラダに悪い．
しかしヘルペスが悪化するのもイヤなんで服用．
しばらくすると，
アタマがぼーっとして眠くなる．
さっさと寝る．
-
[今日の運動]
-
免疫力低下を口実に
……
というか，
ここしばらくの運動不足は免疫力低下の
原因でもあり
結果でもある
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.5 合．
ネギ・モヤシ・豆腐の味噌汁．
- 昼 (1245):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
チンゲンサイ・ピーマン・シイタケ・豚肉の炒めもの．
- 晩 (2000):
米麦 0.7 合．
ワカメ酢のもの．
ホッケ電磁波酒蒸し．
2005 年 12 月 16 日 (金)
-
0700 起床．
「劇薬」 Valtrex のせいでまだアタマがぼーっとしてる．
朝飯．
コーヒー．
Valtrex は一日三回服用なんだけど
……
こんなの毎日 6 錠も飲んだらそれだけでカラダがぼろぼろになりそうなんで，
朝昼の服用はやめとく．
0905 自宅発．
雪．
0920 研究室着．
-
しつこく免疫力低下を口実にして，
ゆるゆるとメイル読みかき．
ここ数日の異分野間統計メイルやりとりはヤマをこしたかんぢ．
しかしまだまだ対応は必要．
ゆるゆるとつづける．
[View as HTML もーど]
Gmail
っていろいろ便利なんだが
……
たとえばお役所的縦横ケイ線呪われのはげしいわーどファイルなんかも
``View as HTML'' モードでかなり正確に解毒できている．
-
昨日のハナシのつづきで「確率分割」ないくつかのメイル書き，
ゆるゆるとつづく．
なンか
……
あちこちにひんしゅくメイルを送信してるような気もする．
-
このぎょーむ日誌にクスリまわりのアヤしげなことを書いたりしてみたのだが，
御親切にも「医」な方面から
薬にも『賞味期限』がありまして、
大抵の薬は半年〜１年で化学成分が変性してしまう危険性があります。
というご指摘メイルをいただいた．
帰宅したらさっそくヴァルトレックスの残りは捨てよう．
ヘルペスは再発したら医者にみせたほうがよい，
とのことで
(とはいえ，
医者にみせても診察一秒で終了しそうだが)．
-
探してみると
……
二年前の診察券が見つかった．
地環研すぐ前にある中野医院 (皮膚科・泌尿器科)
は本日午後は 1330-1500 が診察時間か．
まあ，
有休もあまってるんで本日午後は半休を申請
(してくださるよう雪野さんにおねがいする)．
-
うーむ，
Valtrex
……
15 時間前に服用したのにまだアタマがぼーっとしている．
こんなアブないクスリもらうためだけに医者に行くのはイヤだなぁ．
-
お茶部屋で昼飯．
おいつめられ (ひらきなおり?) 修論生と
「のんびりしなくては」
雑談．
すでに「有給休暇」もーど．
-
1305 かとーオフィス発．
正門前セヴンイレヴン内 ATM で現金おろす．
ついでに北七条郵便局に行って生態学会年会費 11000 円 (!)
支払う．
手数料 320 円．
北大前通りを地環研方向にもどる．
1325 地環研前の皮膚科・中野医院着．
診察券・保健証だして 10 分ほどまつ．
-
診察室に入る．
今回も院長先生．
「えーと，
二年前にこちらでヘルペス診てもらったんですけど，
それが再発したみたいで
……」
「ちょっと見せてごらん
……
こりゃ『にきび』じゃね」
「えっ?
しかし前回と同じく頭痛とかこのあたりの顔面の神経がぴりぴりと
……」
「……
しかし一ヶ所しか腫れとらん
……
それじゃ，
にきびということで一週間ぶんのクスリだしときますから．
たくさん水疱でてきたらまた来なさい」
ということで 30 秒で終了．
いつもながら速い．
-
まあ，
今回はヘルペスであるにしても前回とくらべてぜんぜん軽いし，
うっかり「ヘルペス」と診断されて
あの高価かつ兇悪な Valtrex をどかっと出されてもかえって困ると思うんで，
おとなしく撤退することに．
-
だしてもらったクスリ:
診察料 2840 円．
投薬料 1360 円．
合計 4270 円の患者負担 30% の 1280 円．
-
1355 研究室もどる．
まあ「有休」なんでのんびりと．
-
のんびりついでにお茶部屋雑談．
-
R-help ML 読む．
お，
Ben Bolker 先生が GLMM まわりでコメントすると，
Doug Bates 氏が釣り出されてきて
……
-
宿題になってた論文原稿よみコメントまとめのメイルをゆるゆると書く．
1820 すぎにひととーり送信．
わーい，
おわったおわった．
一件落着
……
嗚呼，
しかし勉強しないといけないことはあれこれと．
-
脈絡なく統計なソフトウェアのハナシ．
Ox
とい統計言語 (環境?) がある．
シンタックスは C ふうでコンパイル型なので
R
より速い．
大森さんのサイトに
プログラミング入門
あり
(お，
WinBUGS 解説もあるな)．
また
AD Model Builder
(ADMB)
なるモノもあり，
水産資源解析分野の高速計算によく使われてるとのこと．
たまたま本日の R-help ML
において R から ADMB のモジュールを
よびだす
というハナシが紹介されていた．
-
庄山さん PC の RAM 増設相談．
調べてみると機械は
Dell Dimension 8250
(2002 年 10 月発売)．
これは 7F 「夜逃げ」退官時の残置機械．
RAM がくせもので，
PC1066 対応 RDRAM．
現在 4 bank すべてがうまっていて 64 x 2 + 128 x 2 で 384MB．
うーむ
……
よく知らないんだけど
RDRAM
(つまり規格は RIMM)
って，
いまどきけっこう入手困難な気がする．
そもそもお金があるかどうかわからんので，
来週そのあたりを雪野さんにおたずねするところから．
-
1940 研究室発．
2055 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
今日もまたうんどう休養日
……
まあしばらくは安静に．
天気も悪いし．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.7 合．
ワカメ酢のもの．
ホッケ電磁波酒蒸し．
- 昼 (1220):
研究室お茶部屋．
コロッケパン．
サツマイモパン．
昨日，
弁当箱を持ちかえるの忘れてたもんで．
- 晩 (2130):
米麦 0.7 合．
ワカメ酢のもの．
ホッケ電磁波酒蒸し．
2005 年 12 月 17 日 (土)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
昨日のメイル書きあれこれに関してコメントいただく．
午前中はそれを考えこむ．
-
ところで Γ(x + 1) = x!
が正解．
あまりにもひどいどわすれだったので，
これはしばらく忘れられそうにない．
-
またへるぺすてき頭痛がしてきたので中断して昼飯．
-
夕方までふとんにもぐりこんで読書．
なぜかしら甲山さんから貸していただいた山登り小説
「遠き雪嶺」
(谷甲州)
読み終わる．
昭和 11 年 (1936 年) 立教大学山岳部ガルワールヒマラヤ山域
ナンダコート (6867m)
遠征．
谷甲州らしく低温 & 酸素欠乏描写満載．
-
よくもまあこんな装備で厳冬期黒部だのヒマラヤだのに登るものよ，
というハナシ．
現代のわれわれがいかに化繊にたよって野外うろついてるか，
というか．
-
ベイスキャンプで飯を炊かせて毎日それを荷あげする，
ってのは日本的というか，
合理的なのか不合理なのかよくわからん補給戦術．
欧州登山家のほうが粗食ストレスに強いのかしらん
……
でも山の飯は重要ですよね．
-
logistics といえば，
この時代のネパール周辺にすでに使いまわしのきく遠征支援システム
を作り上げてしまった欧州人 (いぎりすじん?) 登山家どもは
アタマ狂ってるんではと疑われるほどに偏執的で傲岸かつ偉大である
といえましょう．
現代の野外生態学研究者たちを見ても
……
-
ところで出版元の角川が文庫本宣伝で
「昭和 21 年」
(正しくは 11 年)
とかでたらめ書くもんだから，
Amazon もそれを
そのままこぴぺ
して，
こういう数字だけはみょーに短期記憶する私が
「ナンダコート遠征?
ああ昭和 21 年の」
とかでたらめを言ってしまうわけですよ
(この本よむ前の状態)．
いやはや．
-
ところで上巻宣伝だけでなく，
下巻もめちゃくちゃだと気づいた
……
「世界初のヒマラヤ登攀を目指した日本人」
って何なの?
ヒマラヤって特定の山の名前だと誤解してんのか?
編集者は自分の担当してる本ぐらい読めよ．
同じ角川でも
単行本
は正確なんだが
(「人類史上初」は大仰すぎる表現だけどまちがいではない)．
-
ちょっと買いもの．
だいぶ復調してきたので
1625 自宅発．
雪．
1640 研究室着．
[積雪]
すっかり冬らしくなりました．
-
ゆるゆると勉強．
-
うーむ，
こんな論文があると教えていただいたんだけど，
Augustin NH, Mugglestone MA and Buckland ST.
1996.
An Autologistic Model for the Spatial Distribution of Wildlife.
Journal of Applied Ecology 33:339-347.
こういうのがすでに 1996 年にでていた，
とは．
やはり当方は 10 年ばかり引きはなされてるな．
しかしここに登場する Gibbs sampler ってこんなんでいいのか?
このアヤしげなる計算のやりかたは何だか身におぼえが
……
-
ゆるゆるとメイル書き．
-
2230 研究室発．
2245 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
くろわっさん．
- 昼 (1240):
米麦 0.6 合．
レトルトパウチド卵どんぶり．
- 晩 (2350):
マカロニ．
キャベツ・トマト・ピーマン・シイタケのカレー．
2005 年 12 月 18 日 (日)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
-
1545 自宅発．
晴．
1600 研究室着．
-
しかし仕事するわけでもなく，
お茶部屋雑談もーど．
まあ，
ゆるゆると
……
-
1700 すぎまたしても北大ネット途絶．
調べてみると
……
原因はおそらく北大 DNS server が落ちたか，
A 棟かその先の Hub かルーターが死んでいる．
少なくともこのへんからの利用は全滅してるはず．
学外からこちらへの接続も途絶のもよう．
いやはや．
-
しょっくなのは，
北大へっぽこ DNS server がやられると
(あとで止まってるのはルーターだとわかった)，
ここ A 棟 8F DNS server の挙動も不審になるらしい，
ということだ．
どうなってんの．
-
とりあえずローカルなネットを復旧する試みとして
……
A 棟 3F の「棟 Hub」を強制再起動してみる．
なぜかしらこれで部分的には復旧した．
やはり DNS まわりか?
-
これで HINES の腐れた「お知らせ」ペイジにはつなげるわけで
……
あった．
これって先週に終了してるはずの作業じゃないのか?
FW（ファイアウォール）ルータの交換作業に伴い、
下記の期間、全学のネットワークが停止します。
全学のネットワークシステム停止期間 ：
2005/12/18(日) PM 05:00〜08:00(3時間)
「2005.12.14 13時掲載」
だってさ
……
連絡ぐらいよこせよ．
いつまでたっても常識欠如が治癒されない連中というか，
なんとゆーか．
-
撤収．
1830 研究室発．
気温およそ -6°C．
1930 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.5 合．
キャベツ・トマト・ピーマン・シイタケのカレー．
- 昼 (1230):
米麦 0.7 合．
キャベツ・トマト・ピーマン・シイタケのカレー．
- 晩 (2010):
米麦 0.7 合．
ニラ卵炒飯．
キャベツ・トマト・ピーマン・シイタケのカレースープ．
2005 年 12 月 19 日 (月)
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0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0915 自宅発．
雪．
0930 研究室着
……
出発前から登校中にかけて，
アタマの中でモデリング検討してたら
弁当を自宅に置き忘れてしまった．
いやはや．
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メイル書きなど．
なるほど，
世の中には「断りにくい依頼」というものが
……
年末・年度末はどうなることやら，
という気がしてきた．
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11 月 30 日にいただいた
(等分散正規分布を仮定する線形モデルの)
分散分析 (!)
に関する質問に関する返信かきにようやく着手する．
私はこういうモデリング & 解析が好きではないんだけど
……
いや，
F 検定つかってる理由も理解してないのに
「なんでもかんでも分散分析」
ぽりしーの生態学研究者たちに辟易してるだけかな．
まあたまには復習も兼ねてというかんぢで．
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R
でいろいろと質問文にあったような状況について実験 & 試行錯誤してみる．
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やっぱり，
というか生態学の観測データまわりではよくみられることなんだけど，
今回問題になっている
「交互作用が強すぎる」
とでもいうような状況ではぶんさんぶんせきな
F 検定どもの結果はわかりにくいものになりがちである．
いわば線形モデル使った説明が「破綻ぎみ」な現象に対して ANOVA やっても
難解な結果が得られるばかり，
ということだ．
[「交互作用が強すぎる?」の例]
要因ふたつあって，
type は
{A, B}，
treatment は
{a, b}
とする．
A-b の組み合わせ
だけが他とは違う，
という状況．
このときに
type * treatemnt = type + treatemnt + type:treatemnt
なる線形モデルは「破綻ぎみ」で，
分散分析の F 検定の結果は
「全要因
type, treatemnt, type:treatemnt
がゆーいです」
となってしまう
(そうならざるをえない)．
Analysis of Variance Table
Response: size
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
type 1 54.90 54.90 12.829 0.0005993 ***
treatment 1 160.32 160.32 37.462 3.772e-08 ***
type:treatment 1 74.28 74.28 17.356 8.114e-05 ***
Residuals 76 325.25 4.28
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
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つまり「線形モデル破綻ぎみ」な状況なんかでは，
GLM の analysis of deviance も
「わかりにくい」
だろうってことですね．
(一般化) 線形モデルは便利なものだけど，
そこに組みこむ「要因」なるものをどう選ぶか
(さらにどう「表現」するか)
で得られる結果のわかりやすさが変わる場合もある．
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もちろん線形モデル使ってるかぎりは，
名義変数まわりで多少の工夫をしたところで，
本質的には何もかわらない．
ただし，
「交互作用が強すぎる」
と見えるのは，
名義変数のとりかたが不適切なだけといった場合もあるんで，
工夫すれば多少は「見やすく」なるかも，
といったハナシだ．
そして「ぶんさんぶんせき表」の「どこがゆーいか?」だけ見てても，
統計モデルによる自然現象の「説明」はうまくできません，
ってこと．
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つまり ANOVA なるコトやりたければ，
等分散性だの正規性だのだけではなく
「この現象は線形モデルでうまく説明できそうか」
も確認したほうがよろしいでしょう，
と言っていいのかな
……
「ANOVA と線形モデルって何か関係あったんですか?」
といったちゃぶ台ひっくり返しな疑問あるヒトは
そのあたりからまずは勉強されたらよろしいでしょう．
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とゆーか
……
毎回毎回
「世の中は何でも等分散正規分布 & 線形モデルだ!」
仮定にべったりと依存した解析ばかりやってる連中にかぎって
「線形モデルって何?」
と言ってしまうのは何故なのだろうか．
「統計そふと」が「わかりやすい結果」さえ出してくれるのであれば，
等分散正規分布万能主義だろうがべいづ推定だろうが動物占いだろうが
何でもいい，
ということなのかな．
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昼飯のためいったん帰宅．
1240 かとーオフィス発．
昼飯．
1330 研究室もどる．
自宅が近いと便利．
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屋久島べいづ計算にぢりぢりと復帰．
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お茶部屋で牛原さんと屋久島雑談．
葉っぱ面積 vs 葉っぱ重量，
なる図を描いてみると LMA
なる呪われ割り算値はあまり意味がないかも
(当年以外では)，
という気もする．
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昼飯後に北大生協に
・デスクトップ機用メモリ (RDRAM)
詳細: Dell Dimension 8250 (2002 年 10 月発売) 用
PC1066 対応 RDRAM (RIMM 規格)
最低でも 128MB x 2 (それより大きくても可)
入手できますかね，
とお尋ねしたところ，
さっそく
Buffalo の
でいいんじゃありませんか，
と教えていただいた．
・RD1G-128Mx2（128MB×2枚） ・・・税込 23,200 円 受発注品
・RD1G-256Mx2（256MB×2枚） ・・・税込 40,500 円 受発注品
うーむ，
3 年前発売のマシン (CPU は Penutium4 2.4GHz なんだが)
を強めるために四万円超はちょっとキビしいかも
……
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北大正門前の PC パーツ屋にもメイルで尋ねてみる．
といっても PC 工房は移転した
(?) らしいんで，
いまあるのは
TwoTop
なンだが
……
うわ，
北大生協でもさらに調査中とのこと．
なんかもうしわけないような
……
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来年一月の予定のつまりぐあいをみて，
私の処理能力では「危険な時間帯」になるところを発見．
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19 (木) 東京で森林調査地データ解析のハナシ
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22 (日) 北大でセンター試験監督 (朝から晩まで)
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23 (月) M1 授業 (一般化線形混合モデルのハナシ)
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25 (水) M1 授業 (一般化線形混合モデルのハナシ)
これって
ホントにばたばた飛び回ってるヒトからみると
「すかすか」
なんだろうけど．
しかし，
このあたりにまだ何か入ってくる可能性も残存している．
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19 日のは単発的で再利用可能性が低そう．
昨年の鹿児島での発表が多少つかいまわせるか?
M1 あいての授業は合計三時間を全部 GLMM にするときつそうなので，
23 日のほうの授業内容をかなり一般化線形モデルより
(つまり「個体差」ナシ)
なハナシにもっていくかな
(で，
overdispersion なるものをひたすら架空例で説明していく，
とか)．
このあたり，
新潟大会
自由集会
にそのまま使いまわせるように算段しているところ．
でないと，
三月とはもうめちゃくちゃですよ．
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overdispersion (過分散)
って説明するとしたら二項分布かポアソン分布の事例になるんだろうけど
……
たぶん二項分布例のほうがわかりやすいんだろうな．
ぽあそんなら「割り算図」を出さなくても説明できるんで
気分よさそうなんだけど，
これに合致する「それっぽい」架空例の構築が難しそう．
講義準備までにいろいろとネタを考えよう．
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ここ数日，
鼻づまりがひどい．
アタマまわりの血行が悪いかんぢ．
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お茶部屋に逃げると，
本日はいつもにもましてなお
リアルタイム言語処理能力が低下してるよーで，
院生たちのちょー高速雑談
(展開が速く話題とびまくり話者によって異なる複数文脈がぱられるに交錯する)
に追随できず，
すごすごと退散したのであった．
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仕事すすまぬまま撤退．
1845 研究室発．
1900 帰宅．
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RDRAM 問題，
TwoTop の見積りのほうが安い．
メーカー：BUFFALO
型番：RD1G-256Mx2 (256MB x2枚セット)
価格：¥36,280-(税込)
しかし納期がけっこう遅れそう．
やっぱ RDRAM って衰退してるのかしらん
(PC 用としては)．
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これに対して北大生協計算機まわり
(なぜか顔見知りの)
女性店員氏がきあいの入った調査結果を送ってくださった．
けっこう興味ぶかいものなので勝手ながら引用:
トランセンドジャパンというメーカーからも、対応しているものがありましたが
PC1066のものは販売終了しており
PC800対応（PC1066にも使用可能です。）であれば
これも受発注なのですが、取り扱いがあるそうです。
その場合、PC800は、やはりPC1066よりも若干遅い
（トランセンドの営業の方曰く、体感できるほどの差ではないそうです。）
ということと、初めから積んでいる、PC1066のメモリもPC800にひっぱられてしまい
PC800の速度になってしまうとのことです。
以下、PC800とPC1066の転送速度の違い等が載っているページを見つけましたので、
参考までにご覧ください。
で，
そのペイジというのが
『メモリモジュール比較と、その説明』
というもの．
生協のヒトたちも，
北大の研究者どもあいてにきたえられている，
というか
……
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さてお値段は TwoTop よりさらに安い
(PC1066 ではなく PC800 だから，
でもあるのだが)
・トランセンド TS256MDL350（128MBx2） ・・・¥16,800（税込） 受発注品
・トランセンド TS512MDL350（256MBx2） ・・・¥34,800（税込） 受発注品
※参考まで→ ・トランセンド TS1GDL350（512MB×2） ・・・¥72,800（税込） 受発注品
まあ，
院生のマシンなんで数値計算に使ったりすることなさそうだし
……
というか，
上の報告を拝読していて私コワくなってきたんですが，
ひょっとして当方の性格とか見ぬかれてて
「ここまで押せば久保は落ちる」
戦術なのでせうか
……
じじつ，
もうこれを断るぐらいなら「それでいいです」返信かこう，
という心境にまで追いつめられてしまっているんですが．
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ということで「それでいいです」メイルだす．
256MB×2 増設ぶん．
一件落着
……
なのかな．
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2230 自宅発北大構内走．
寒い．
しかし走ると多少の「血行回復」感あり．
私の血液って粘度とか高いのかしらん?
あるいは低温による乾燥のせいか．
2310 帰宅．
体重 73.2kg．
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明日は大掃除に忘年会．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.6 合．
キャベツ・トマト・ピーマン・シイタケのカレースープ．
- 昼 (1255):
米麦 0.6 合．
キャベツ・トマト・ピーマン・シイタケのカレースープ．
- 晩 (1950):
米麦 0.7 合．
ワカメ酢のもの．
ダイコン・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・タラすりみの味噌汁．
2005 年 12 月 20 日 (火)
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0650 起床．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
曇．
0925 研究室着．
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正午すぎまで研究室おおそうじ．
今年はお茶部屋におおくの人数がわりふられたので，
私はかとーオフィスまわりでうろうろと．
[机のまわり整理]
実験室仕様の棚が 7F であまっていたので，
自分の机の本棚にしつらえてみる．
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掃除してると苫小牧方面から
計算どうなってるの問い合わせいただき，
おびえる．
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掃除終了．
メイル書き．
昼飯．
風邪ではないんだけど，
先週のへるぺす騒ぎいらい鼻・ノドの調子が悪く，
(風邪ぢゃないと言ってるのに)
「風邪ひいてんじゃないですか?! 近寄らないでくださいっ」
と久保排斥運動が進行中．
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A 棟 5F 野田さんところの学生さんと統計勉強
……
うーむ三階層の混合ろぢすちっく，
か．
そんなの階層べいづモデルですよと安うけあいすると
自分のクビをしめあげることになるんで，
glmmPQL()
(in library(MASS))
でとりあえず様子みてはどうでしょう，
とお茶をにごしてみる．
時間かせぎだ．
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どうでもいいんだけど，
library(lme4)
から GLMM()
が消えた?
どうなってるんだろう．
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コワい問題から着手する
……
ということで，
苫小牧直径成長問題．
うーん，
これってどうやればいいんだっけ．
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また北大ネット途絶．
闇ネット内と A 棟内は通信可能．
原因はその上流にある．
いいかげんにしろ．
時刻は 1630 ごろ．
1700 ごろ回復．
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苫小牧直径成長，
意外と簡単に改善できるかも，
ということで
R
拡張インターフェイス経由で「外注」してる
C のコードを書き直してみる．
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しかし試験運転すらままならぬうちに，
忘年会
の時間．
1830 研究室発．
なンとなく二次会にまで連行されてしまって，
2410 帰宅．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米麦 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・タラすりみの味噌汁．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ダイコン・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・タラすりみの味噌汁．
- 晩 (1900):
忘年会．
[おぼろ豆腐]
二次会で出た料理．
豆乳の槽ににがりを投入して加熱すると，
豆腐ができる．