ぎょーむ日誌 2005-11-(01-10)
2005 年 11 月 01 日 (火)
-
0620 起床．
朝飯．
コーヒー．
0810 自宅発．
晴．
0825 研究室着．
-
なぜかいきなりお茶部屋などの書籍の整理整頓．
[廃棄予定本の山]
私の独断で捨てる本きめちゃいました．
「北海道のキャンプ場 1998」
とか
「宇宙からのメッセージ」 (?!)
とか．
吉田戦車
先生の御著書
「伝染るんです」
「ぷりぷり県」
全巻は当家にひきとらせていただくことにしました．
-
牛原さんの屋久島問題．
ふーむ，
赤坂君工夫の ``三次元''
tapply()
わざ，
か
……
しかしこれって樹種ごとにまとめていいもんかね．
などと検討してるうちに時間ぎれ．
-
1030 より
研究室セミナー，
本日は M2 実吉さんで
ケムリ発芽
のハナシ．
といっても駒ヶ岳とかでひろってきた種子なんで，
ケムリで発芽しなくなりました，
という内容．
なンかいろいろ隠匿しているような気がするんですけど
……
院生はどういう状況において結果などを隠匿する確率が高くなるのか，
というのは研究対象になるのかな．
犯罪心理学じゃなかった教育心理学の一部として．
-
昼飯．
院生たちはもの知りなのでいろいろと教えられる．
ツユクサはむやみに自家受粉が多い，
とか．
-
1330-1810 お茶部屋で牛原さんと屋久島照葉樹シュート解析．
休眠する/しない・二度伸びする/しないモデリング．
樹種ごとの標本数すくなくて
R
の
glm() では役にたたん．
自分で log.likelihood()
なる
(いろいろヘンな状況に対応できる)
対数尤度評価関数を定義して，
計算ススめる．
-
結局このあたり樹種ごとの単純推定ですませてしまったわけだが
……
もうちょいよく考えて，
縮小推定量というかべいづ推定の方策を検討すべきかもしれんな．
そう，
「種間差」とやらが random effects になる，
という
……
嗚呼，
わけわからん．
しかし屋久島問題ではこれは避けて通れないんだよね．
-
お茶部屋雑談．
院生たちに google map の使いかたご教示したら，
よくまーそんなの知ってるねとヒマ人あつかいされた．
-
Amazon の
なか見! 検索
ってスゴいね．
ちょー高速の大量立ち読み，
というか．
-
昼間のうちに雪野さんに北大のオンライン旅行システムのパスワード
教えてもらったんで，
明日の苫小牧出張の旅行申請を試みる．
システムが特定 web browser に異様に依存してるのみならず，
そもそもその特定ぶらうざー経由での操作もかなり腐れきっていて，
かなりの時間を費してしまった．
このあたり，
いづれまた．
-
2045 研究室発．
2100 帰宅．
晩飯．
-
ネット雑用．
いろいろメイル書き．
ああ，
もう 2400 すぎ．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0710):
米麦 0.6 合．
サンマのショウガ煮．
- 昼 (1230):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
サンマのショウガ煮．
ハクサイ・ネギ・シイタケ・卵の炒めもの．
- 晩 (2120):
米麦 0.8 合．
サンマのショウガ煮．
ニラ・キムチのスープ．
2005 年 11 月 02 日 (水)
-
0720 起床．
朝飯．
紅茶．
本日は苫小牧出張．
さーて，
出発するか
……
と時計をよくみると時刻はすでに 0826．
しまった．
のんびりしすぎた．
いかに札幌駅まで至近とはいえ 0834 発にぎりぎりでまにあわん．
いやはや．
とりあえず「遅れます」土下座メイル．
たぶん予定より 20 分遅れになるな．
うう．
-
0850 おもむろに自宅発．
晴．
0900 JR 札幌駅着．
あれ?
0904 発かと思ってたらちがった．
車中ひたすら苫小牧直径成長モデル (一般化線形混合モデル)
とベイズ推定的な考えかたの関連づけの説明方法を考えつづける．
0919 特急「北斗」に乗って同発．
苫小牧まで 2510 円．
1001 苫小牧着．
研究林
までタクシーで 1540 円．
うーむ，
愚行の代償というやつか．
1020 研究林着．
-
午前中は鍋嶋さんと直径成長モデルご相談．
とゆーか，
事前分布・事後分布わーるどご案内．
-
昼飯はまた蕎麦屋で．
うまい．
-
また研究林庁舎もどる．
鍋嶋さんがぎょーむ的におしつけられてるデータ解析の相談少々．
{0, 1}
ではない「多値」 logistic 回帰を
R
でやんのは multinom() (in libnrary(nnet))
なンですが，
欠点は (当然ながらというか)
推定すべきパラメーターの量がむちゃくちゃに増える，
というあたり．
まあ，
しばらくは nlme() とかでやっといたらどうでしょう，
というような．
-
ぢつは告白すると
苫小牧のヒトたち
の半分以上を識別できていない．
あとになってから
「あ，
あれが揚妻さんだったのか」
とか
「いま話してるのが瀧本さんだったのか」
などと気づいたり．
-
平尾君と苫小牧 leafminer 寄生モデリング相談，
1800 ごろまで．
ハナシはいきなり核心に突入し，
Gaussian Random Field (GRF)
応用わざであれこれしんぷるにケリがつくはず
と言いたてる私と，
そりゃいったいどういうことですと説明を要求する平尾君のやりとり．
ともかく
geoRglm
まわりの研究ススめることに．
-
さらに一時間ほど平尾君がぎょーむ的におしつけられてるデータ解析のこんさる．
本日の気分は
(こういうこんさる内容を左右するもっとも重要な要因は
「その日の気分」である)，
群集生態学まわりのめんどうはことごとく
GRF とか MCMC 計算で片づけてしまえば，
というようなハナシになってしまう．
すくなくとも群集生態学へなちょこ多変量解析よりはマシだろう．
-
1920 研究林発．
平尾君と晩飯．
車で駅までおくっていただく．
2011 特急「すずらん」にのって苫小牧発．
2101 JR 札幌着．
買いものなどして
2130 帰宅．
-
アタマの中がホワイトアウトぎみ．
ばてた．
朝から晩まで統計学バナシばかりやってたわけで
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米麦 0.7 合．
海藻・キムチスープ．
ママカリ酢漬け．
- 昼 (1240):
苫小牧市音羽町の藤そば．
大かけ．
770 円．
- 晩 (1940):
[サンマ刺身定食]
850 円．
研究林ちかく，
住吉町(?) の定食屋「味しん」．
意外にあっさりしたもので，
うまかった．
刺身の薬味はショウガと一味唐辛子・ネギセットの両方がべつべつにつく．
2005 年 11 月 03 日 (木)
-
0645 起床．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
曇．
0945 研究室着．
-
うだうだ．
休日もーど，
か．
-
昨日，
苫小牧の平尾君から教えてもらったんだが
……
Christopher Wikle
さんて
Hierarchical Bayesian Spatio-Temporal Models
(階層的ベイズ時空モデル)
つかいまくりなヒトだねー
……
本邦の統計学なヒトたちも生態学まわりの問題に巻き込みたいところだ．
-
屋久島葉っぱ問題にとりくむ．
-
しかしあまり進捗せずに昼飯．
A 棟 8F では風邪がはやってるよーで．
-
屋久島葉っぱ生残確率推定問題，
とりあえず尤度方程式は (紙のうえに) 書けた．
Newton 法は
……
つかわないほうがいいだろう．
Nelder-Mead 法
(
optim() の default)
だ．
-
まずデータ構造なんだが
……
いつものごとく
R
の
data.frame()
だけでは片づかないように見える．
ということで list()
を駆使した階層構造あるデータ構造を生成する関数をつくってみる．
-
できた．
たとえば
……
観測された樹木集団
trees の中の一樹木
(アデク #1)
はこうなっていて，
> str(trees[[1]])
List of 6
$ id : Factor w/ 195 levels "adeku 1","adeku 2",..: 177
$ spc : Factor w/ 29 levels "Camellia japonica",..: 1
$ Nper : num 1.04
$ light : num 1
$ list.segment:List of 4
..$ : Named num [1:5] 1 0 6 3 3
.. ..- attr(*, "names")= chr [1:5] "const" "age" "total" "leaf" ...
..$ : Named num [1:5] 1 1 6 6 0
.. ..- attr(*, "names")= chr [1:5] "const" "age" "total" "leaf" ...
..$ : Named num [1:5] 1 2 5 3 2
.. ..- attr(*, "names")= chr [1:5] "const" "age" "total" "leaf" ...
..$ : Named num [1:5] 1 3 5 5 0
.. ..- attr(*, "names")= chr [1:5] "const" "age" "total" "leaf" ...
$ dead.end :List of 3
..$ length : int 4
..$ v.total: int [1:4] 6 6 5 5
..$ age : num 5
この樹木の中のひとつの枝データはこう．
> trees[[1]]$list.segment
[[1]]
const age total leaf scar
1 0 6 3 3
[[2]]
const age total leaf scar
1 1 6 6 0
[[3]]
const age total leaf scar
1 2 5 3 2
[[4]]
const age total leaf scar
1 3 5 5 0
これは data.frame()
あるいは matrix()
とかでもいいのかもしれない
……
というのも，
この部分は行列計算に帰着できそうなんで．
ただし，
(ここがこの推定計算の難所になっていたんだが)
枝の節の中でも欠測になっている
「いちばん根もと方向」
の部分は
確率論的モデルで代用するので
(行列計算には帰着できない)
下のように別の構造のデータが必要とされる．
> trees[[1]]$dead.end
$length
[1] 4
$v.total
[1] 6 6 5 5
$age
[1] 5
-
つぎにこういう樹木集団をわたされたときに，
葉齡・明るさ・窒素その他あれこれで生残確率が決まると仮定して，
そのパラメーターをデータから最尤推定する関数をかく．
-
1615 ある一樹種に関して最尤推定する関数できた
(ただし点検はまだ)．
ひとやすみ．
-
お茶部屋で統計こんさる，
とゆーか院生といっしょにナヤむ．
植物の繁殖生態学とかの論文に登場する
データ解析方法は (ことさらに) 奇々怪々であるかのように思えてしまう．
著者はわかっててやってるのか，
それともやはりわかってないのか．
それすらよくわからん．
この論文とおした
reviewer がよくわかってないのは確実．
一時間以上ついやす．
-
本日の残りの作業，
上の推定計算を全樹種についておこない，
さらにそれぞれの樹種でモデル選択できるようにする．
かかる「樹種ごと推定」
が妥当かどうか疑問なんだけど，
とりあえず，
ということで．
-
さらに，
この統計モデルは「個体差」とか考慮してないんで，
これもあとから改良が必要．
個体差をいれて mixed model 化すると
R 単体では計算できず C とかで拡張かくひつようある．
-
ひとまず，
全 22 樹種のパラメーター推定 & モデル選択するわくぐみできた．
推定された結果についてはこれからチェックしないといけないんだけど
……
まあ，
それほどむちゃくちゃな結果はなさそう．
1905 研究室発．
1920 帰宅．
晩飯．
いきなり寝てしまう．
夜中にめざめる．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
米麦 0.6 合．
ピーマンネギ麻婆豆腐．
- 昼 (1240):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ピーマンネギ麻婆豆腐．
- 晩 (1935):
米麦 0.7 合．
ネギ卵炒飯．
ピーマンネギ麻婆豆腐．
2005 年 11 月 04 日 (金)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
晴．
0915 研究室着．
-
論文セミナー予習．
-
1000
論文セミナー，
本日は井田君で Barrett の総説．
両性花における anti-selfing (自殖よけ)
と sexual interference (両性間の干渉)
を区別せよ，
というもの．
前者の例は自家不和合，
後者の例は柱頭が「じゃま」で持ち出してもらえる花粉量が減る，
というような．
こういったハナシきいてて思ったんだけど，
このへんの繁殖生態学なヒトたちは
Barrett-Harder-工藤ふれいむわーく (??) でモノを考えるわけだが，
それは時間スケイルでいうと
「やくから柱頭・胚珠まで (あるいはどこかにこぼれ落ちるまで)」
に限定されてきるような気がした．
送粉効率 & 結実率で終了．
ところが自殖がよいか悪いか，
といったハナシは (観測困難な)
生活史あるいはそれより長い時間スケイルに依存してるんだよね．
-
屋久島データ解析のつづき．
-
昼飯後，
屋久島相談を
……
のはずだったんだけど，
予定ずれたので予算消化買いの
Dell デスクトップ機の設営のてつだい．
筐体はいわゆるタワー型でいまどきの感覚からすると
かさばっている．
しかしこれぐらいのほうがむしろ排熱に問題なく静音だろう，
と思ってたんだが
……
たしかに空冷ファンとか良さそうなんだけど，
HDD がみょーにかりかりとうるさい．
-
牛原さんと屋久島照葉樹枝あれこれモデリング相談．
とりあえずここまでの双方のモデリングのまとめ．
私は昨日計算できるようになった葉寿命モデルについて説明してるうちに，
(うっかりミスの典型としかいいようのない)
まちがいに気づいた．
葉痕ってのは葉の脱落したあとなんだけど
……
あたりまえのことながら
「いつ脱落したのか」
わからない
(追跡調査してればわかるんだけど，
今回のはそういうデータではない)．
-
こういう場合，
問題はどう解決すればよいのか．
これまたいつものごとく
基本わざのコンビネイションで制圧してみせるべき状況にあるわけで，
ごく素朴に
「1 年めに脱落した確率○，
2 年めに脱落した確率○，
3 年めに脱落した確率○，
……」
といった場合わけ尤度計算をくみこんだ統計モデルをつくり，
それをあてはめてパラメーター推定してやらねばならなかった
……
嗚呼，
うっかり．
-
ともかく明日中ぐらいまでには修繕します，
ということで．
-
牛原さんいわく，
MS おひすでは数式入力できませんとのことで，
OpenOffice.org 2.0
おすすめして，
相手が混乱からたちなおらぬうちにすばやくインストールしてみる．
-
考えてみれば OpenOffice ゐんどーづ版の動作をみるのははじめてだ．
Linux 版 2.0 との違いはほとんどないようにみえる．
OpenOffice
数式エディターはインターフェイスが鍵盤入力指向ぎみでなかなかよろしく，
出力もそこそこ．
さて問題の MS おひすファイル読み込み機能だが
……
なンか呪われグラフソフトウェアで作った図なんかは「圧潰」してるね．
それ以外は問題なし．
ただし「スライドショー」でフォントが勝手に変換されている．
PDF 出力はこのあたりまったく問題なし．
-
ばてきったので撤退．
あちこち返信すべきメイルがとどこおったまま．
1915 研究室発．
1930 帰宅．
晩飯．
ばてる．
-
しかし時間的よゆーがないので，
推定計算関数の修繕にとりくむ．
-
はかどらん
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米麦 0.6 合．
ハクサイ・タマネギ・エノキダケ・大豆のシチュー．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ハクサイ・タマネギ・エノキダケ・大豆のシチュー．
- 晩 (1950):
米麦 0.8 合．
ハクサイ・タマネギ・エノキダケ・大豆のシチュー．
2005 年 11 月 05 日 (土)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
屋久島照葉樹葉っぱ問題にとりくむ．
統計モデルの修繕，
というアレ．
昨日
「1 年めに脱落した確率○，
2 年めに脱落した確率○，
3 年めに脱落した確率○，
……」
といった場合わけ尤度計算をくみこんだ統計モデルをつくり，
とか書いたけどこれはまちがいで，
もっと簡単だとわかった
(昨晩のうちに)．
-
つまり齡 a -1 から a のあいだの生存確率を
p(a)
とすると，
齡 a まで生き残る確率は Π p(a) ．
すると齡 a までのどこかの時点で死んでしまう確率は
その余事象だから単純に 1 - Π p(a) ．
つまり二項分布にすぎない．
-
しかしながら
p(a)
は logit でもなければ probit でもないので
R
の glm()
は使えない．
optim()
を駆使して最尤推定する必要あり．
-
で，
ぢたばたしてるうちになんとか推定計算・作図ができるようになった．
うーむ．
しかし何かずれてるような
……
-
昼飯をはさんで計算チェックなど．
問題なさそう．
1400 自宅発．
晴．
1415 研究室着．
-
上の図でなんだかずれてるみたいだ，
となってた原因わかった．
(モデルが良いかどうかは別として)
推定計算 (推定結果で線で表示) 自体には単純なまちがいはなかった．
まずかったのは，
観測値 (点々表示) は年枝ごとにぷーるした腐れ割算値である．
-
いやはや，
またまた割算もしくは平均値の呪い
とでもいうべき状況だ．
なぜこういうでたらめ統計量がうまくいかないのかというと，
個体差
が強すぎるためである．
下の図のごとし．
-
つまり同一樹種で同一の場所 (明るい・暗い) であっても，
枝によっては早々に葉っぱを脱落させるやつもいれば，
いつまでたっても葉っぱを落とさないのもいる，
ということ．
-
ここで使っている統計モデルは
まだそういう個体差を考慮した推定になってないので，
いずれ改訂せねばならぬ．
混合モデル化もしくはべいづ推定化．
これはなかなかたいへんな計算になるのであとまわしだ．
今回はたぶんべいづ推定なモデルにしたてあげていかないと
ダメなんぢゃないかな
……
とゆーか，
たぶん避けられない．
-
今回の対象樹種，
全 22 種に関する自動作図 & 自動作表関数を完成させる．
なお，
いまやってのるは樹種ごとに独立の推定．
はい．
とりあえず．
-
とりあえず
「ここまで計算できました」
報告を牛原さんに．
どっちが院生でどっちがせんせーだかわからなくなってきた．
-
推定計算各部の細かい考えかたを説明すると時間かかる
……
が，
ここは理解してもらわねばならぬところ．
大学院生や研究者にはふたとおりあり，
わからないときにわかりませんというタイプと
わかってるふりをするタイプ．
牛原さんが前者なので助かる．
-
お茶部屋で説明だの議論だのしてるわけだが
……
ここは「食堂」でもあるわけで．
こちらが尤度だの環境要因のうまい定式化うんぬんと検討してるかたわらで，
院生たちが旺盛な食欲を発揮しつつ
「いやー，
あたしって植物生態と食べものぐらいしか話題ないんですよねー」
といったおしゃべりに熱中してるのは，
なかなかに猥雑でよいのかもしれない．
-
夜になって屋久島相談はひとまず終了．
-
院生部屋 A802 の電力事情が悪化している
(A801 も?)．
つぎたし工法で構築された
(さらにメンテナンスがへっぽこな)
A 棟 7-8F は北海道の建築物とは思えぬほど保温性が悪い．
しかも寒さに敏感なヒトが多いので冬は局所暖房のため
電気ヒーターなどが使われる．
これが停電の原因となる．
しかもいつのまにか大電力消耗するデスクトップ機が増えてしまって
(ええ，私が予算消化のため買ってしまったマシンもそれにすごく貢献してます)，
ますます停電おこりやすい状況になってしまった．
-
計算機の分散でもはかるか?
A802 在住で電力大食い計算機つかう女性大学院生に，
試みに
「電力的に余裕のある A803B (かとーオフィス) にひっこします?
私のうしろの大きな机が空いてるんだけど」
とお尋ねしてみたところ，
ただちに「絶対にイヤです」と強く断られてしまったので，
この案はぼつ．
-
となると，
あとは A802 に隣接する部屋 (かとーオフィスもしくはお茶部屋)
から電線ひっぱるしかないのかな．
昨年，
電流増大案とやらが出たんだけど，
いつのまにやらうやむやになってしまったし．
-
2000 研究室発．
2030 帰宅．
2225 自宅発北大構内走．
2310 帰宅．
体重 72.2kg．
うんどうぶそくのせいか，
重くなった．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.4 合．
ハクサイ・タマネギ・エノキダケ・大豆のシチュー．
- 昼 (1220):
蕎麦．
- 晩 (2340):
スパゲッティー．
トマト・ピーマン・ニンニク・バジル・サンマのソース．
ナメコ・海藻スープ．
2005 年 11 月 06 日 (日)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
洗濯．
-
R-help
は一日 30-40 通ほど配信されるので，
ちょっと放置しとくとなかなか読むのがたいへんになる．
R-help は
gmail
上だけで読めるように設定している．
-
蛇足ながら spam 来信はここしばらく一日あたり 50-60 通．
これまたほとんどすべては gmail が自動的に処分してくれる．
-
とどこおってたメイル返信十通弱にとりくむ．
私はそんなにメイルこないんだけど．
うーむ，
統計こんさるのしーづんになりつつある，
というか．
-
ここ数日のメイルみてると何やら似たような話題が
……
-
某大学の計算機が
辞書による総当たりでパスワードを割り出されて
侵入されたそーで
(とゆーか，
これは今ハヤりの単純な ssh attack とかではないかな)
-
某学会のサーヴァーがやはり侵入されて
「抗日」 website になってしまった
(生態学会のタダ働き管理者としてはコワいハナシです)
-
一昨日 (金曜日) の夜，
北大地環研の A 棟のネットワーク全体が
不通になってたそーで．
原因は動物生態の研究室の PC が暴走 (virus にやられた?)
してパケットだしまくりだったそーで．
-
1220 自宅発北大構内走．
晴．
十三条門周辺は観光客多数．
イチョウとカエデの紅葉というか黄葉の見物にきたよーで．
1315 帰宅．
体重 74.2kg．
あいかわらず重い．
昼飯．
-
1445 自宅発．
晴．
1500 研究室着．
-
また遅滞メイル返信のつづき．
-
1550 ひとまず終了．
-
帰宅しようとしたら川合さんにとっつかまって
R
講習．
内容は
「ゑくせるなんかで作ったために呪われてしまったデータ，
R でもって呪われ点をいかに特定し修復するか」
というもの．
ゑくせりあんたちの多くはデータがおかしいままアヤしげな計算をほどこし
「ゆーいだゆーいだ」
とか喜んでるんでしょうなあ．
-
2205 研究室発．
ばてた．
2230 帰宅．
晩飯の準備．
おそい晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
スパゲッティー．
トマト・ピーマン・ニンニク・バジル・サンマのソース．
- 昼 (1350):
スパゲッティー．
トマト・ピーマン・ニンニク・バジル・サンマのソース．
- 晩 (2350):
米麦 0.7 合．
ダイコン・タマネギ・ニラ・ピーマン・ブナシメジ・サバのカレー．
2005 年 11 月 07 日 (月)
-
0800 起床．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
曇．
0940 研究室着．
-
いきなり生態学会さーばー雑用．
また CGI 不調ですか．
-
調べてみると，
「何か問題が生じたはず」
の時間帯で何やらヘンなことが生じている．
具体的には 11/6 (日) の 0400 あたりだ．
このとき
-
The packages are updated. php-4.2.3-27, php-gd-4.2.3-27, php-imap-4.2.3-27, php-ldap-4.2.3-27, php-ming-4.2.3-27, php-mysql-4.2.3-27, php-pgsql-4.2.3-27
といった rpm package が「自動あっぷでいと」
されてる
-
これと連動して
/etc/init.d/httpd restart
-
なぜかしら同時刻に
/etc/httpd/core
(!!)
が吐かれている
-
/etc/httpd/conf/httpd.conf
がコピーされて
/etc/httpd/conf/httpd.conf.backup
となっている
(両ファイルの内容は完全に同じ)
で，
それいこう httpd の restart はない．
-
とりあえず httpd の restart で復旧．
-
対策は
……
どうすべきかよくわからん．
httpd に関係あってかつ「不要」と思われる rpm package
をアンインストールする，
ぐらいか．
-
次の雑用．
院生部屋の電力問題を検討する．
-
A802 から誰も使ってない古 Mac (G3 233MHz)
と同じく使われてない SCSI (すかぢー)
なスキャナを撤去
……
こいつらも電力つかってたんで
-
配電盤を確認
……
うーむ，
ひょっとして各部屋の
(これまた使われてない)
換気扇って別配電になってるのか?
だったらここを電源とすればいいんじゃないだろうか
とくに撤去作業は時間かかった．
あとトナー処理問題あれこれとか．
北大あやしげ旅費システムとか．
-
てなかんぢで午前オワってしまいましたよ．
やれやれ．
昼飯．
-
A802 電力分散問題，
換気扇電源から
(一部の)
計算機・ヒーター用の電気をとることに．
[つりさげ]
換気扇電源とはこういうもの．
電気屋さんいわく
「私たちからは『換気扇電源つかえ』とは言えませんので
……」．
たしかに，
まあ，
そうでしょうねえ．
-
亀山さんからツガザクラ調査の現状おしえていただく．
もでりんぐ，
しんどそう．
-
美唄の道立林試の明石さんがみえる．
ちかごろのお仕事のハナシなどうかがう．
-
1840 研究室発．
1855 帰宅．
晩飯．
いきなり寝てしまって，
真夜中にめざめる，
というパターン．
いやはや．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.7 合．
ダイコン・タマネギ・ニラ・ピーマン・ブナシメジ・サバのカレー．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ダイコン・タマネギ・ニラ・ピーマン・ブナシメジ・サバのカレー．
- 晩 (1940):
米麦 0.7 合．
ダイコン・タマネギ・ニラ・ピーマン・ブナシメジ・サバのカレー．
2005 年 11 月 08 日 (火)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
さーて，
そろそろ学校に行くか，
という時刻になって
竹中さん
からメイルいただく．
生態学会さーばー，
沈黙
……
というか
PHP
がヘンになっただけなんだよねー．
ただしこれは
新潟大会サイト
の壊滅を意味する．
ダメぢゃん．
-
原因は
昨日
のごたごたにあった
……
が後述するようになかなかの難問だった．
解決できない．
1020 自宅発．
曇．
走る．
1030 研究室着．
-
1030 より
研究室セミナー，
本日は M2 牛原さん．
はい，
ここ先週とりくんでた照葉樹葉っぱ生き死にの推定とかのあれですね．
とりあえず，
セミナー室でもネットにつないで，
日本のどこかにある生態学会れんたるさーばーの復旧作業．
屋久島問題については後述．
-
セミナー終了後，
新潟大会サイトは正午すぎになってよーやく復旧．
下はあとで竹中さんに送った事故報告．
えー，
つまりは私の自業自得だったのであった．
原因は一言でいえば，以前に cgiwrap を回避しようとしたときの試行錯誤の
「残骸」が時限爆弾のように遅延発火して (より具体的には apache の sub
sub sub version 問題とでもいうべきもの)，さらに原因が特定できずに復旧
に時間がかかった，ということです．原因・対処法は今回の調査でほぼ明らか
になったと思うので，これと同じ事故は再発しないと思います．
以下にもうすこし詳しく説明します (と言いますか，むしろ自分自身用の記録
のつもりで書いております)．
最初の原因は cgiwrap 回避の試行錯誤 (10/14) でした．このときに
(cgiwrap よびだしの原因が apache にあると誤断して) apache packge の再
構築を試みました．もともと入っていたのと同じ apache-1.3.27 ソースから
再構築したのですが，このときに patch level が少し新しいものを使い，そ
れをそのままインストールしました．これは 10/14-11/5 の期間は問題なく動
作していました．
* じつは sub sub version が同じ apache であっても patch lelve が異なる
と次のような面倒が生じる
11/6 (日) の朝に TurboLinux 自動 update で php その他のモジュールが更
進されました．このときから apache (httpd) の挙動がおかしくなっているこ
とが記録されています．しかし 11/7 (月) に httpd を再起動して，とりあえ
ずは動作しているかのように見えたわけです．
11/7 (月) の httpd 復旧作業のあとに，とうめん必要ない php 「副」モジュー
ル (たとえば使ってない PostgreSQL 呼出用など) を削除しました．これは
必要もない自動 update を回避するつもりのものでした．このときに，なぜか
しら php モジュール本体も自動削除されてました．しかしメモリ上には php
ライブラリはロードされていたので，そのまま動作してたわけです．
* これは Turbo Linux の package 管理 log を熟読すべきだった
11/8 (火) の朝に httpd が (当方の設定で) 自動的に再起動しました．この
ときに php 関連のモジュールがなくなっていたので，今朝から php を必要と
するペイジが動作してなかったわけです．
* おそらくこの「毎朝の再起動」はもはや不要 …… しかしながら今回はたま
たま早期発見に役だってしまった
最終的に判明した対処法は TurboLinux 社が (われわれの使っている)
Appliance Server 「専用」 に準備してる package だけでサーヴァーソフト
ウェア群を構成しなおす，という単純なものでした．
patch level の異なる apache を使うと，最低限の web server としては動作
するけれど php は使えない，といった事態になります．
ただしこの原因特定と package 再構成のテクニカルな面倒にてこずって復旧
まで時間がかかってしまった，ということです．
* 原因が特定できないうちにあてずっぽうで試行錯誤したのでさらに事態を悪
化させてしまった
終わってみればじつに簡単な原因それも他ならぬ自分で作った原因だったので
すが，あせるとなかなか正しい推理ができないものだと反省しております．
cgiwrap 回避まわりが原因で生じそうなトラブルはこれでひとまず終わったと
判断しています．結局 cgiwrap 変更に必要だったのは設定ファイル
/etc/httpd/conf/httpd.conf
の変更だけで他のモジュールは何も変更する必要なし，で現在稼働しているの
は私がごちゃごちゃやる前の状態のものにもどっています (php まわりは一昨
日更進されたものですが)．
ここに書かれてないこともいくつかある．
-
あせると何がわからなくなるのか?
たとえば Turbo Linux Appliance Server
(TLAS)
なる web interface の再起動の方法がわからなくなり，
ぱにっくにおちいる
(正解は
/etc/init.d/admserv restart
……
ぎょーむ日誌にもちゃんと記録してあるのに)
-
ぱにっくにおちいると何をやるか?
一見「互換性」あるように見える Turbo Linux8
の rpm をダウンロードしてインストールしてみたり
……
これは真の互換性なく web server
apache (httpd)
が中途半端にしか動作しない
-
なぜ動作不良におちいったとわかるか?
これは
/var/log/httpd/error_log
に (上のごとく原因が特定できてなければ)
「まったくのナゾ」としか言いようのない
Segmentation fault
が列挙されることになる
-
教訓:
れんたるさーばー屋におしつけられた OS,
TLAS の管理システムに逆らってはいけない
……
私にできることは与えられた package の組みあわせの中で
ユーザーたちの要望を満たす最適な設定を発見すること，
というところか
ともあれ，
これで TLAS な httpd に関しては，
いまさらながらかなり自信をもって対処できるようになった
(自信ない部所といえばメイルまわりか)．
専属管理者すら手配できぬまぬけ生態学会，
これに奴隷づかいされてる私とはいったいどういう
さーばー管理者なのだろうか?
TLAS のアブなさ斟酌せず apache
などコンパイルしてほうりこむ自滅的とらぶるめいかー．
はたまた，
限定された情報から原因を特定し rpm
コマンドの巧妙なごまかしわざコンビネイションで
状況を復旧してみせる実務家．
うーむ，
評価が難しい．
一般社会では使いものになりそうにないな．
ところで最終的に原因を特定する過程で，
例のごとくかとーさんとの会話が役にたった．
「これって httpd.conf おかしいんですよね」
「そうみえますね」
「しかし httpd.conf はこれとこれ設定しとけばいいわけでしょ」
「それだけでしょうね」
「しかるに log には Segmentation fault 吐かれてて
child process 落ちてる」
「だったらバイナリがヘンなんでしょね」
「やはりバイナリか」
というような単純なやりとりでも，
ぱにっくぎみのアタマを整理するのはたいへん役にたつのである．
修復を確認してエラく脱力．
A 棟 8F 内ふらふらとあるきまわる．
数百人から
「へっぽこ管理者は何やってんだよ」
と思われてる状況で復旧作業とかやると，
やっぱり
へろへろにばてきるね．
しばらくして落ち着いたので昼飯．
事故報告かきとか．
1500 すぎから 2 時間ほど「三者 + 1 面談」．
午前中のセミナーに参加できなかった甲山さん・露崎さんあいてに
牛原さんが屋久島ハナシ説明する場に参加して次のテを見当．
しかし，
こういう多樹種の (ややいきあたりばったりぎみな)
野外調査って，
つくづく「べいづな」問題よのう．
-
個体差みたいなのはふつー無情報事前分布で
……
苫小牧直径成長モデリングの例でいうと事後分布は
こう推定されたり
-
さらに
(ここであつかうようなてきとーなる)
「樹種差」もやはり (あたかも)
random effects 的にいれればよい，
とわかってきた
……
これの事前分布はいささかややこしくなりそうだが
(多変量正規分布?
よくわからん)
-
「欠測」な部分もとうぜんべいづ化
……
事前分布は「経験分布」か?
-
「見かけの葉齡」補正もまたべいづ
……
(年枝間の) 「節」ごとに幾何分布ですかね
-
実験なヒトたちからみれば factorial variable
なんぞは fixed effect の典型なんだろうが
……
じつは「明るい」「暗い」といった環境要因もまた
「人間がまちがえる確率 p」みたいなのを考えて，
「まちがえ確率 p がどういう値であれば
観測されたデータをもっともよく説明できるか」
というモデリングやればいい
(無情報事前分布)
-
窒素 (重量ぱーせんと!) の事前分布はベータ分布とか
-
さらに葉寿命だけでなくシュートの他の特徴も見ろよ，
ということであればこれは同時分布
(joint distribution)
の推定にほかならず，
同時分布の推定とはすなわち
Gibbs 分布からのサンプリングってことだ
ということで，
MCMC 計算はこういう「葉っぱの寿命は何で決まるか」
なんて問題にもすごく有用そう，
ということ．
しかし牛原さんには
「ややこしい計算はもうイヤです」
と嫌われてしまったので
「まあまあ」
となだめる．
屋久島問題はいっきにケリをつけたいところだが
……
ここにてくにかるなカベがあり，
R
の拡張を C++ で書く
(MCMCpack 環境下で書く?)
といった研究をせんといかんのだよね．
あとまわしにせんといかんような．
というのも，
他にも放置するとアブなそうな問題もあって，
ですね
……
お茶部屋で脱力ぎみ．
へー，
個体ベイスモデルの森林動態シミュレイター
SORTIE
って
ネット上でソースコード公開
してんのね．
Charles Canham の尽力によるもの，
か．
なんというか，
ゐんどーづ上でのコンパイルを前提にしたつくりになってるわけだが
(したがって Makefile
などない)．
参考にはなる．
1915 研究室発．
雨．
1930 帰宅．
晩飯．
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.6 合．
ネギ・ピーマン・ニンニク茎・卵の炒めもの．
ママカリ酢漬け．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ネギ・ピーマン・ニンニク茎・卵の炒めもの．
- 晩 (2000):
米麦 0.7 合．
ネギ・ピーマン・ニンニク茎・卵の炒めもの．
ママカリ酢漬け．
海藻スープ．
2005 年 11 月 09 日 (水)
-
0530 起床．
早寝早起き，
とでもいうのか．
札幌でもよーやく初雪，
とのこと．
しかし窓の外をみても単なる雨降りにしか見えん．
コーヒー．
のそのそと飯づくり．
朝飯．
0800 自宅発．
雪．
やっぱり降ってるか．
0815 研究室着．
-
昨日はぱにっく & もえつきで滞ってしまったメイル送信あれこれ．
-
生態学会さーばー残存とらぶる．
CGI プログラムとかの作ったファイルにナゾの uid がついてる，
というもの．
これは昨日のごたごた作業の過程でいったん apache を
rpm -e
したため．
このときに www という user & group が消されたんだよね．
ということで chown
で手動補修．
-
屋久島問題は (残念ながら)
いったん措いて，
わけわからぬツガザクラ問題にとりくむことに．
-
いまさらながらに工藤さん・笠木さん論文よむ．
-
昼飯．
昼飯後に A802 天井から配線のつづき．
なんと換気扇電源，
ソケットあるけど通電してないやつがある，
とわかった
(A802 の一番西側)．
-
ツガザクラのハナシ，
どうもいまいちよくわからんので，
とりあえず大雪山 (ヒサゴ沼) 観測データを亀山さんからいただく．
これを
R
であつかえるようにしてみる．
-
データ解析のとりかかりは「地図」作りから
(しかしデータとってるヒトにかぎって地図つくらなかったりするんだよね)
……
とりあえず，
季節性はいれずに作図するとこうなる．
エゾノツガザクラ
(
Pc)
●，
コエゾツガザクラ
(Pcy)
○，
アオノツガザクラ
(Pa)
+，
ニシキツガザクラ
(Pam)
●．
一点 10 花．
-
すごい集中分布だな．
このような場合，
マルハナバチが近傍にしか移動しないと仮定すると，
あたかもそのハチが ``preference'' とやらを持っているかのように見える
(擬似 preference とでもいうのか?)．
-
花数はこうなる．
> sapply(
c("n.Pc", "n.Pcy", "n.Pa", "n.Pam"),
function(s) tapply(du[,s], du$Plot, function(x) sum(x, na.rm = T))
)
n.Pc n.Pcy n.Pa n.Pam
A 4156 14839 921 0
B 2 5762 525 0
C 0 2327 10148 0
D 0 13788 30237 201
-
亀山さんとかにこの地図を見せると，
いろいろとハナシがでてくる．
しかしモデリングとか難しそう．
いやー，
花の空間分布はわかったし，
花粉制限とか花蜜量なんかは笠木さんたちが調べているんだが
……
訪花数とかわからんのだよね．
-
しかも翌日わかったんだけど花数もかなり年変動してるし．
あと「同じ plot でも同時に咲いてるとは限らない」
という季節性の効果もある．
ややこしい．
-
生態学会さーばー雑用．
しまった新潟大会サイト
(XOOPS)
内でも uid 問題あったか．
修復．
-
1755 研究室発．
1810 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
米麦 0.6 合．
サンマのショウガ煮．
ダイコン・ネギ・ナメコ・豆腐・サバぶしの味噌汁．
ママカリ酢づけ．
- 昼 (1220):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
サンマのショウガ煮．
- 晩 (1830):
米麦 0.8 合．
サンマのショウガ煮．
ダイコン・ネギ・ナメコ・豆腐・サバぶしの味噌汁．
ママカリ酢づけ．
2005 年 11 月 10 日 (木)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0845 自宅発．
晴．
0900 研究室着．
-
「わーどで書いたファイルが PDF 出力できません」
などという院生がいるので，
有無をいわせず
OpenOffice.org
をインストール．
これは MS おひすファイル解毒能力だけでなく，
PDF export 機能が最初からついてるんで．
-
昨日のツガザクラ花地図に関して，
また亀山さんからいろいろと教えていただく．
自家和合性の進化だの雑種形成による種分化だのといったハナシは
とうぶん
(あるいは永久に)
無理そう．
亀山さんとしては (花空間分布から憶測される)
花粉流動モデルみたいなのがあれば，
とりあえずは使いものになるそーで．
それぐらいなら作れるかな?
-
生態学会さーばー雑用．
また文字列消失か．
原因よくわからん．
とりあえず
/etc/init.d/httpd restart
で復旧
(これはいつものとーり)．
もはや cgiwrap
は不要なのでアンインストールし，
設定ファイルを点検してよけーな部分をコメントアウトなど．
-
昼飯．
新聞広告のケイキの写真みながら
「おいしそー
……
でも 300 円の一個じゃきっとおなかすくだろうな」
と述べる大学院生．
しばらくして，
「わたし，
近ごろはお菓子は『量より質』って思うようになってきたんだよね」
とのコメント．
たぶんご本人の内部世界ではいささかの矛盾もないに相違ない．
-
生態学会さーばー雑用つづき．
CGI プログラムで「文字列消失」なる事故が発生したかどうかを
点検するプログラムを作る．
といっても Perl スクリプトから
wget
して web server が返してきた内容を検分するだけなんだが．
cron で一時間ごとに実行し，
問題があれば私あてにメイル送るようにする．
cgiwrap
はすでに削除したし，
もはや考えられる対策はこれぐらいだろう．
-
またツガザクラデータにとりくむ．
-
夕方の数時間は松田さんと駒ヶ岳気象データにとりくむ．
時系列データって作図するだけでも難しいというか．
ましてや解析をや．
-
院生といっしょに R 解析すると，
なぜかしら当方がひたすら手を動かしながら解説を続けることとなり，
ばてる
……
まあ，
聞かされるほうもかなりヨワっているようだが．
-
撤退．
1955 研究室発．
1915 帰宅．
晩飯．
2215 自宅発北大構内走．
小雨．
しかし走ってるうちに本降りになってきたので撤退．
いやはや．
2235 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.6 合．
ニラ・モヤシ・豚肉の炒めもの．
ダイコン・ネギ・ナメコ・豆腐・サバぶしの味噌汁．
ママカリ酢づけ．
- 昼 (1250):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ニラ・モヤシ・豚肉の炒めもの．
- 晩 (2010):
米麦 0.7 合．
ニラ・モヤシ・豚肉の炒めもの．
ハクサイ・ニンジン・ホッケすり身のスープ．
