ぎょーむ日誌 2005-11-08

2005 年 11 月 08 日 (火)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー．
• さーて， そろそろ学校に行くか， という時刻になって 竹中さん からメイルいただく． 生態学会さーばー， 沈黙 …… というか PHP がヘンになっただけなんだよねー． ただしこれは 新潟大会サイト の壊滅を意味する． ダメぢゃん．
• 原因は 昨日 のごたごたにあった …… が後述するようになかなかの難問だった． 解決できない． 1020 自宅発． 曇． 走る． 1030 研究室着．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は M2 牛原さん． はい， ここ先週とりくんでた照葉樹葉っぱ生き死にの推定とかのあれですね． とりあえず， セミナー室でもネットにつないで， 日本のどこかにある生態学会れんたるさーばーの復旧作業． 屋久島問題については後述．
• セミナー終了後， 新潟大会サイトは正午すぎになってよーやく復旧． 下はあとで竹中さんに送った事故報告． えー， つまりは私の自業自得だったのであった．

原因は一言でいえば，以前に cgiwrap を回避しようとしたときの試行錯誤の
「残骸」が時限爆弾のように遅延発火して (より具体的には apache の sub
sub sub version 問題とでもいうべきもの)，さらに原因が特定できずに復旧
に時間がかかった，ということです．原因・対処法は今回の調査でほぼ明らか
になったと思うので，これと同じ事故は再発しないと思います．
以下にもうすこし詳しく説明します (と言いますか，むしろ自分自身用の記録
のつもりで書いております)．

最初の原因は cgiwrap 回避の試行錯誤 (10/14) でした．このときに
(cgiwrap よびだしの原因が apache にあると誤断して) apache packge の再
構築を試みました．もともと入っていたのと同じ apache-1.3.27 ソースから
再構築したのですが，このときに patch level が少し新しいものを使い，そ
れをそのままインストールしました．これは 10/14-11/5 の期間は問題なく動
作していました．

* じつは sub sub version が同じ apache であっても patch lelve が異なる
  と次のような面倒が生じる

11/6 (日) の朝に TurboLinux 自動 update で php その他のモジュールが更
進されました．このときから apache (httpd) の挙動がおかしくなっているこ
とが記録されています．しかし 11/7 (月) に httpd を再起動して，とりあえ
ずは動作しているかのように見えたわけです．

11/7 (月) の httpd 復旧作業のあとに，とうめん必要ない php 「副」モジュー
ル (たとえば使ってない PostgreSQL 呼出用など) を削除しました．これは
必要もない自動 update を回避するつもりのものでした．このときに，なぜか
しら php モジュール本体も自動削除されてました．しかしメモリ上には php
ライブラリはロードされていたので，そのまま動作してたわけです．

* これは Turbo Linux の package 管理 log を熟読すべきだった

11/8 (火) の朝に httpd が (当方の設定で) 自動的に再起動しました．この
ときに php 関連のモジュールがなくなっていたので，今朝から php を必要と
するペイジが動作してなかったわけです．

* おそらくこの「毎朝の再起動」はもはや不要 …… しかしながら今回はたま
  たま早期発見に役だってしまった

最終的に判明した対処法は TurboLinux 社が (われわれの使っている)
Appliance Server 「専用」 に準備してる package だけでサーヴァーソフト
ウェア群を構成しなおす，という単純なものでした．
patch level の異なる apache を使うと，最低限の web server としては動作
するけれど php は使えない，といった事態になります．
ただしこの原因特定と package 再構成のテクニカルな面倒にてこずって復旧
まで時間がかかってしまった，ということです．

* 原因が特定できないうちにあてずっぽうで試行錯誤したのでさらに事態を悪
  化させてしまった

終わってみればじつに簡単な原因それも他ならぬ自分で作った原因だったので
すが，あせるとなかなか正しい推理ができないものだと反省しております．
cgiwrap 回避まわりが原因で生じそうなトラブルはこれでひとまず終わったと
判断しています．結局 cgiwrap 変更に必要だったのは設定ファイル
/etc/httpd/conf/httpd.conf
の変更だけで他のモジュールは何も変更する必要なし，で現在稼働しているの
は私がごちゃごちゃやる前の状態のものにもどっています (php まわりは一昨
日更進されたものですが)．

• ここに書かれてないこともいくつかある．
  • あせると何がわからなくなるのか? たとえば Turbo Linux Appliance Server (TLAS) なる web interface の再起動の方法がわからなくなり， ぱにっくにおちいる (正解は /etc/init.d/admserv restart …… ぎょーむ日誌にもちゃんと記録してあるのに)
  • ぱにっくにおちいると何をやるか? 一見「互換性」あるように見える Turbo Linux8 の rpm をダウンロードしてインストールしてみたり …… これは真の互換性なく web server apache (httpd) が中途半端にしか動作しない
  • なぜ動作不良におちいったとわかるか? これは /var/log/httpd/error_log に (上のごとく原因が特定できてなければ) 「まったくのナゾ」としか言いようのない Segmentation fault が列挙されることになる
  • 教訓: れんたるさーばー屋におしつけられた OS, TLAS の管理システムに逆らってはいけない …… 私にできることは与えられた package の組みあわせの中で ユーザーたちの要望を満たす最適な設定を発見すること， というところか
  ともあれ， これで TLAS な httpd に関しては， いまさらながらかなり自信をもって対処できるようになった (自信ない部所といえばメイルまわりか)．
• 専属管理者すら手配できぬまぬけ生態学会， これに奴隷づかいされてる私とはいったいどういう さーばー管理者なのだろうか? TLAS のアブなさ斟酌せず apache などコンパイルしてほうりこむ自滅的とらぶるめいかー． はたまた， 限定された情報から原因を特定し rpm コマンドの巧妙なごまかしわざコンビネイションで 状況を復旧してみせる実務家． うーむ， 評価が難しい． 一般社会では使いものになりそうにないな．
• ところで最終的に原因を特定する過程で， 例のごとくかとーさんとの会話が役にたった．
  「これって httpd.conf おかしいんですよね」
  「そうみえますね」
  「しかし httpd.conf はこれとこれ設定しとけばいいわけでしょ」
  「それだけでしょうね」
  「しかるに log には Segmentation fault 吐かれてて child process 落ちてる」
  「だったらバイナリがヘンなんでしょね」
  「やはりバイナリか」
  というような単純なやりとりでも， ぱにっくぎみのアタマを整理するのはたいへん役にたつのである． 修復を確認してエラく脱力． A 棟 8F 内ふらふらとあるきまわる．
• 数百人から 「へっぽこ管理者は何やってんだよ」 と思われてる状況で復旧作業とかやると， やっぱり へろへろにばてきるね．
• しばらくして落ち着いたので昼飯． 事故報告かきとか．
• 1500 すぎから 2 時間ほど「三者 + 1 面談」． 午前中のセミナーに参加できなかった甲山さん・露崎さんあいてに 牛原さんが屋久島ハナシ説明する場に参加して次のテを見当．
• しかし， こういう多樹種の (ややいきあたりばったりぎみな) 野外調査って， つくづく「べいづな」問題よのう．
  • 個体差みたいなのはふつー無情報事前分布で …… 苫小牧直径成長モデリングの例でいうと事後分布は こう推定されたり
  • さらに (ここであつかうようなてきとーなる) 「樹種差」もやはり (あたかも) random effects 的にいれればよい， とわかってきた …… これの事前分布はいささかややこしくなりそうだが (多変量正規分布? よくわからん)
  • 「欠測」な部分もとうぜんべいづ化 …… 事前分布は「経験分布」か?
  • 「見かけの葉齡」補正もまたべいづ …… (年枝間の) 「節」ごとに幾何分布ですかね
  • 実験なヒトたちからみれば factorial variable なんぞは fixed effect の典型なんだろうが …… じつは「明るい」「暗い」といった環境要因もまた 「人間がまちがえる確率 p」みたいなのを考えて， 「まちがえ確率 p がどういう値であれば 観測されたデータをもっともよく説明できるか」 というモデリングやればいい (無情報事前分布)
  • 窒素 (重量ぱーせんと!) の事前分布はベータ分布とか
  • さらに葉寿命だけでなくシュートの他の特徴も見ろよ， ということであればこれは同時分布 (joint distribution) の推定にほかならず， 同時分布の推定とはすなわち Gibbs 分布からのサンプリングってことだ
  ということで， MCMC 計算はこういう「葉っぱの寿命は何で決まるか」 なんて問題にもすごく有用そう， ということ．
• しかし牛原さんには 「ややこしい計算はもうイヤです」 と嫌われてしまったので 「まあまあ」 となだめる．
• 屋久島問題はいっきにケリをつけたいところだが …… ここにてくにかるなカベがあり， R の拡張を C++ で書く (MCMCpack 環境下で書く?) といった研究をせんといかんのだよね． あとまわしにせんといかんような． というのも， 他にも放置するとアブなそうな問題もあって， ですね ……
• お茶部屋で脱力ぎみ．
• へー， 個体ベイスモデルの森林動態シミュレイター SORTIE って ネット上でソースコード公開 してんのね． Charles Canham の尽力によるもの， か． なんというか， ゐんどーづ上でのコンパイルを前提にしたつくりになってるわけだが (したがって Makefile などない)． 参考にはなる．
• 1915 研究室発． 雨． 1930 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ふせっせいな日々
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． ネギ・ピーマン・ニンニク茎・卵の炒めもの． ママカリ酢漬け．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ネギ・ピーマン・ニンニク茎・卵の炒めもの．
  • 晩 (2000): 米麦 0.7 合． ネギ・ピーマン・ニンニク茎・卵の炒めもの． ママカリ酢漬け． 海藻スープ．