ぎょーむ日誌 2005-05-(01-10)
2005 年 05 月 01 日 (日)
-
0730 起床．
ねむい．
日曜朝から NHK ラジオ第一で
えらく早口の放送伝道師が宗教番組やってる
……
と思ったら
宮脇昭が植樹信仰を熱狂的に宣伝している
不思議なインタヴュー番組だった．
とはいえアナウンサーが暴走を制止できなくなってたんで，
むしろ参院選の政見放送みたいな状況とでもいうべきか
(そういや UFO 党とかどうなったのだろう)．
「どういう自然を復元すればいいのか」
「植物生態学者である私が決めた『潜在自然植生』」
「だから阪神大震災でも倒れなかった」
「倒れてたらハラキリもんだっ」
「スマトラ沿岸も潜在自然植生にしておけば津波の被害はもっと少なかった」
(断定)
……
あいかわらず絶好調のよーで
……
やれやれ．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
1030 自宅発．
曇．
1040 研究室着．
-
ねむい．
さむい．
[五月になってもストーヴ]
ただし，
これはかとーオフィスではなく，
A802 院生部屋の状況である．
本日の札幌市の気温
10°C ぐらい．
-
さて，
何をやるべきか．
まず第一に，
さっさとアカマツまわりをやってしまいたい．
しかし次の金曜日・土曜日には，
あたったはいいものの何やったらよいのやら会議 in ざおー
とかいうのがあり
……
こんなの放置してもよさそうなもんなんだが，
そこまで豪胆ならざる今日このごろだ．
-
とりあえずアカマツにとりくんでみる．
-
しかしあまり進捗せぬまま昼飯．
外は雨．
-
依然としてススまん．
体はおきているけど脳は寝ている．
これを脳眠状態と定義しよう．
-
いっそのこと，
先月開店したばかりの
紀伊國屋書店札幌本店
とやらでも見てこようかな．
道内最大ということになってるこの本屋，
大学から歩いて 10 分ぐらいのとこにあるんだけど，
まだ行ってないんだよね
……
ふーむ，
2100 まで営業．
やっぱ，
あとにしますか．
-
返信とどこおってた何通かのメイル，
ぢりぢりとお返事かいてみる．
-
アカマツ計算プログラム群
(Perl + R)
の修正作業．
ばぐ見つけた．
NA 値まわりのとりあつかいで．
自作関数に na.rm 処理ひつよう
……
と思ったらすでにそういう処理かいてるぢゃん．
われながら，
ようじんぶかい．
-
しかし
NA 値ぬくと一群三反復，
というすばらしい状況が現出したり，
ですね．
いかな Glivenko-Cantelli の補題といえど，
これは無力とゆーべきであろう．
-
などという戯言はともかく
……
ともかく計算できるところは計算してしまう．
その結果をメイルにて送信．
-
うーむ，
すでにこんな時間か
……
ということで本日は紀伊之國屋書店いく時間を失ってしまった．
撤退．
2045 研究室発．
2100 帰宅．
晩飯．
-
いかん，
なかなか眠くならん．
-
[今日の素読]
-
Salsburg, D. 2001.
``
The Lady Tasting Tea
-- How statistics revolutionized science
in the twentieth century''.
Owl Book.
-
Chapter 28.
The computer turns upon itself
-
The Glivenko-Cantelli lemma is one of those results that
appears to be intuitively obvious, but only after it was discovered. If
nothing is known about the underlying probability distribution that
generated a set of data, the data themselves can be used to construct
a nonparametric distribution. This is an ugly mathematical functions,
filled with discontinuous and lacking in any kind of elegance.
But in spite of its awkward structure, Cantelli was able to
show that this ugly empirical distribution function got closer and
closer to the true distribution function as the number of observations
increased.
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
キャベツ・ニンジン・セロリ・ブナシメジ・豆腐・タコのカレー．
- 昼 (1345):
研究室お茶部屋．
「北欧」食パン．
- 晩 (2200):
米麦 0.7 合．
キャベツ・ニンジン・セロリ・ブナシメジ・豆腐・タコのカレー．
コンブ納豆あえ．
キュウリ．
2005 年 05 月 02 日 (月)
-
0740 起床．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
0850 自宅発．
晴．
0905 研究室着．
-
亀山さんとお茶部屋雑談．
えー，
これは金曜日・土曜日の会議とも関係ある
……
つまり亀山さんを傭ってるぷろぢぇくととも関係あるわけだが．
エゾノツガザクラ
と
アオノツガザクラ
の雪どけ傾度・生産力・ポリネイター・自殖・雑種形成にかかわる問題で．
このあたり工藤さんグループの面々，
笠木さん・平尾君の調査がすでにいろいろあって，
ですね．
私はハナシを聞きつつ，
ポリネイターの動きを観測したデータって，
たぶん「隠れマルコフ」だよな，
などと考えてしまうのであった．
しかしそうなると空間構造なりクローンサイズのデータもほしい．
なければてきとーにやるしかないけど．
-
なぜか相談ぎょーむつづく．
今度は 7F で甲山さん・高田さんと
山中さん
の研究申請ハナシを聞く．
なんでも北海道全体であれば 0.5km メッシュスケイルの解像度
(ネストすればさらに高くなる)
気象モデルの計算ができそうである，
と．
で植物生態学研究者はそういうのがあったときに何ができるか，
という問題．
私の回答としては，
全北海道モデルはあまり意味がなく
(そういうスケイルで観察されるパターンを説明できるプロセスの
環境依存性がぜんぜん解明されていないため)，
むしろ詳細な気象モデルで計算される微環境をもっとスケイルの小さい現象
(ある山とか研究林内のパターン)
を説明するのに使えれば，
というような．
-
昼飯．
昼飯後に (3 月に「夜逃げ」した) 7F 某研究室のあとかたづけ．
総動員令がかかり，
院生たちと重量物運搬，多量の紙ごみなどの始末におわれる．
1350 作業開始．
1620 作業終了．
この地環研の建物は重量物移動とかほとんど考慮してない設計で，
かなりたいへんだった．
大きな本棚 (2m × 1m × 0.5m
ぐらいのやつ)
10 基ばかりを階段で運ばないといけなかったり．
-
こんさるもどきと肉体労働ばかりで仕事は進捗せず．
うう．
2000 研究室発．
2030 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.5 合．
ネギ・ピーマン・卵炒飯．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
「北欧」ベイグルサンドイッチ．
- 晩 (2200):
米麦 0.7 合．
ネギ卵炒飯．
セロリ・乾燥野菜海藻の酢のもの．
モヤシ・キャベツ・コンニャク・煮干の味噌汁．
2005 年 05 月 03 日 (火)
-
1050 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
一日中，
自宅にひきこもりで古本よみに没頭してしまった
……
うーむ．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1130):
米麦 0.6 合．
ネギ卵炒飯．
セロリ・乾燥野菜海藻の酢のもの．
モヤシ・キャベツ・コンニャク・煮干の味噌汁．
- 昼 :
食ってない．
- 晩 (2000):
米麦 0.6 合．
セロリ・乾燥野菜海藻の酢のもの．
モヤシ・キャベツ・コンニャク・煮干の味噌汁．
2005 年 05 月 04 日 (水)
-
1000 起床．
1020 自宅発．
晴．
1035 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
とりあえず，
東北出張に関して「まったく準備せず」
を敢行できるほど度胸はないので，
なにやらそのあたりをゴマかす作業
……
しかしやる気がでないので，
LaTeX の
seminar.cls
の設定
seminar.con
なるファイルの設定試行錯誤をやってみる
(ちょうど一ヶ月前
にうだうだしてたあたりですな)．
-
seminar.con
の設定，
やはり座標系というかその縮尺どあいがナゾ，
というほかないことがわかった．
まあ，
\newlength{}
とかで新しい長さ単位を設定して，
すべてその相対位置で指定すればいいんだけど．
-
昼飯後に，
多少は内容もいれるか，
という気になる．
占部さんのお役所むけ説明をみなおす．
うーむ．
-
崩壊しつつあるやる気をふるいたたせるべく，
「あえて」過激な表紙を作ってみたり．
[しかしますます……]
やる気がなくなってしまった．
いやはや，
趣旨としては
(観測データにもとづかない)
いんちきモデルとか作っても
何の問題解決にもなりゃしませんよ，
ということなんだが
……
こういうハナシが通じるかどうかもよくわからん，
という状況で．
-
ということで，
いつのまにかまた上とは無関係な，
空間相関推定問題，
の世界に没頭してしまった．
-
本日の発見．
教科書的には
EM アルゴリズム
のある M step では対数尤度の「最大化」やれ，
ってコトなんだけど，
これを必ずしもまにウケる必要ないんだよん，
と気づいた．
つまりこの step では最尤推定などやるわけだが，
毎回毎回の iteration で最尤推定値を計算しなくてもよい．
計算の「途中」でほうりだしても問題なさそう，
ということだ．
-
このアイデアの良いところは，
E 過程で生成される「パターン」をすべて記憶しなくてよい，
ということにつきる．
-
たとえば Newton 法をもちいて最尤推定する，
としよう．
このときに，
以前に検討したように E step でパターンを生成しながら，
対数尤度とその偏微分係数を「1 パターンごとに」
計算して加算していけば，
全パターンを記憶しなくて良さそうだ，
ということがわかっている．
しかしながら，
このやりくちでは Newton 法の収束計算は「一歩」しかススまないから，
こりゃダメだろう，
と結論したわけだ．
-
しかしながら，
今日になってよーやく気づいたのは
「一歩」
だけススめばいいぢゃん，
というもの．
というのは，
この計算方法はひたすら
E → M →
E → M →
E → M →
...
と，
くりかえしていくやりかたであり，
何度も出現する M step の中で
ぢりぢりと Newton 法による最尤推定計算をススめればよい
(つまり全体をとおして
あたかも「減速 Newton 法」であるかのように計算される)
という考えかたを採用できそうだ，
とゆーことで．
-
……
とゆー方面は順調に進捗するわけだが，
出張あれこれは何もススまず．
いやはや．
2030 研究室発．
2100 帰宅．
体重 74.8kg．
-
三中さん
とこや
霜月さん
とこで紹介されてる
「創作童話: 博士（はくし）が100にんいるむら」
……
博士課程なるアヤしげなるものに関与するすべての人間は，
恐怖を感じるべきかも．
しかし，
真の恐怖とは，
いま現在もさらに事態が悪化
……
いやいや，
われわれはけしてうたぐってはなるまい．
せんけいのめいにみちあふれたる
さんがくかんのしかるべきひとびとが
かかるじたいをしょうらいしたせきにんをはたすべく
にちやどりょくしておられることを．
-
で，
ふと思い出したんだけど，
数すくない大学院まんがのひとつ
Piled Higher and Deeper
(PHD) の二ヶ月ほど前の
この号．
博士号学位審査 (defense …… にいたる経緯もまた面白いんだが)
実施予定のしらせを聞かされた大学院生の細君 (妊娠中)
の感きわまっての独白も興味ぶかい．
「私
……
もしかしたら，
この日 (学位審査) が来ないんじゃないかって」
「あなたは審査にパスして学位をとって，
そしてまともな仕事 (a real job) について，
そして
……
そして私たちの人生がホントに始まるんだわ」
「もう中古品なんか買わなくったっていい，
ラーメン (RAMEN!!) なんか食べなくてもいい
……」
「この子にも明るい未来が!」
さて，
その横にたたずむ旦那大学院生の
「見こみのウスい期待はそれぐらいにしとこうよ
(so much for low expectations)」
なる内心とは，
defense があやういことなのか (という描写も前後にある)．
それとも，
某国であっても
学位取得者に明るい未来がひらけない，
とゆー暗示か?
-
[今日の運動]
-
まさかこんなに運動不足な連休になるとは予想だに
……
-
[今日の食卓]
- 朝 (1040):
「北欧」食パン．
- 昼 (1450):
「北欧」食パン．
- 晩 (2200):
「北欧」食パン．
ピーマン・タマネギ・ニラ・ショウガ・豚レバの炒めもの．
2005 年 05 月 05 日 (木)
-
0850 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
さっさと研究室にいってヤル気がでないアレを
……
という抑圧された心理状況のもとでこそ現実逃避的な思考が暴走し，
その結果としてアタマの中が整理される瞬間が到来するのかもしれん
……
昨日は
EM アルゴリズム
の使いかたについて理解がススんだわけだが，
今朝は
べいづ推定
方面で．
あれこれ面倒きわまりない問題，
たとえば鍋嶋さんの苫小牧樹木直径成長モデルみたいな難問を
どうやって計算すりゃいいのか，
というやりかたがわかった
(今回のは変則わざではなく教科書的なんだが)．
-
生態学ではよくあることなんだが
……
たくさんの樹種とかについて調べるのはいいとして，
問題は樹種によってさんぷる数が異なる，
ということである．
しかも野外調査なもんだから同じ樹種の中でも個体ごとの差位は重要である．
こっちは混合モデル (mixed model)
の中で random effects としてあつかう．
とすると，
ですよ
……
樹種ごとのパラメーター推定すんのがイヤなら，
「樹種」
なるアヤしげな概念も random effects にしちまえ
(個体差・樹種差を二重混合モデルにする)
というのはかなり自然な考えかただろう
……
こういうことをやってるやつはあまり多くないんだが
(たぶん本邦では皆無)．
-
で，
二重
(あるいは多重)
混合モデルなんかは数値積分とか (まぁふつーは)
できんから，
べいぢあんな推定となり，
ここでも
MCMC 法うならせて乱数列をはきだすわけだ．
おそらく Gibbs sampler を構成するのは難しいだろうから
Metropolis-Hastings algorithm
でも使うことになるんだろう
(ぱられるてんぱりんぐ併用とかも必要かも)．
-
このあたり，
多樹種の場合はどのように定式化すべきか，
というあたりが私はよく理解できていなかった．
で，
今朝登校しようかどうしようかうだうだしつつ
つらつらと考てたときに思いついた方式とは
……
推定すべき各パラメーターについて，
事前分布から「樹種ごと」に候補を「提案」させれば，
上でのべる二重混合モデルに対応するべいづ推定になっている，
とゆーものだ．
-
……
などとここまで書いて，
これってぜんぜんふつーの Bayesian かも，
という気もしてきた．
まあ，
アタマの中が整理できたのはけっこうなことなんだけれど
……
いやいや，
ハイパーパラメーターを変化させるところでは工夫が必要だな．
たとえば，
平均を変えるときは全樹種を「平行移動」，
分散を変えるときは「圧縮・伸張」
というふうに計算できるように，
パラメーター構造を分割しておく必要あるだろう．
収束計算にすごく時間かかりそうだな．
-
1050 自宅発．
晴．
1110 研究室着．
上のよーな内容をうだうだと書いてげんじつとーひする．
う．
時刻はすでに 1250．
だれかたすけてー
-
と言っても誰もたすけてくれないので，
とりあえず
「これはできます，
これはできません」
な内容をまとめてみようとしてみる．
-
2240 研究室発．
2300 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0920):
ピーマン・タマネギ・ニラ・ショウガ・豚レバの炒めもの．
- 昼 (1430):
研究室お茶部屋．
「北欧」バゲット．
ピーマン・タマネギ・ニラ・ショウガ・豚レバの炒めもの．
- 晩 (2340):
米麦 0.9 合．
ニラ卵炒飯．
キュウリ・コンブの酢のもの．
2005 年 05 月 06 日 (金)
-
0700 起床．
朝飯．
コーヒー．
0820 自宅発．
晴．
0832 JR 札幌駅着．
空港まで 1040 円．
0840 快速エアポートに乗って同発．
空港で他の皆さん (6 名!) と合流．
1000 ANA 722 便 (A320) 搭乗．
1015 離陸．
-
1105 予定より早めに仙台空港着陸．
彦坂さん・牧野さんに迎えに来ていただく．
荷台の車に分譲して 1230 空港発．
高速道路で山形方面へ．
関沢で降りて昼飯．
蕎麦屋「蝋燭庵」．
おお，
山形蕎麦!
さらしな系の蕎麦．
渓流の流れを楽しみつつ，
御内儀さんの
「この近所で観察されたアオダイショウとカルガモ親子のにらみあい」
ハナシを拝聴しつつ．
-
1310 蕎麦屋発．
1340 蔵王温泉・こまくさ荘着．
他のみなさんと合流．
参加者 16 名．
-
1400 すぎから
「生物相互作用に着目した高山・亜高山生態系の
脆弱性評価システムの構築に関する研究」
キックオフ会議．
まずは研究代表者である東北大の占部さんから概要説明．
傭兵 PD
である亀山さん・及川さんの給料を改善できるような中間評価を獲得すべく，
みなさんがんばりましょう，
というような．
-
つづいてそのまま占部さんの研究計画の説明．
ミジンコのいる・いない推定ができるよーな，
データセットをとる．
(さいきん生態学会でよくみかける)
logistic 回帰によるミジンコの分布推定，
とくに標高依存性を調べる，
という解析
……
さてこれをプランクトンの多種系 (あるいは種ごと)
の推定に拡張する場合にどうしたらいいか．
まあ，
こーゆー「何が原因で何が結果なのか」
が判然としないハナシは
MCMC 法
のお世話になる統計モデリングが必要になるわけで．
このあたり，
ここ半年ほどのあいだに勉強しといてよかった．
-
北大低温研の福井さん・小島さんの水系バクテリアのサンプリングの説明．
温度上昇によって湖沼の酸化還元境界層の上下がありそうなんだけど，
それを左右するのがバクテリアの組成かも，
ということで DNA あつかう技法を駆使，
これまたいる・いないデータをとる，
というハナシ．
バクテリアに universal な遺伝子 (SSUrRNA)
だけ使えばよさそうなもんだけど，
どうも機能性遺伝子も使わないと十分にひろえないらしい．
-
山梨大の岩田さん．
山岳水系の生態系 & 食物網 (つまり腐食連鎖と生食連鎖のかねあい)
を調べたら面白いかも，
という研究計画．
森林限界よりうえの世界は意外と N rich な環境らしい．
人間活動由来の N を集めることができ，
それを食いつぶす植生がとぼしいためだ
(ただし日本では森林限界より上にハイマツがいるので必ずしも
この図式では説明できないかも，とのこと)．
ついでに空間構造ある食物網推定というようなハナシもでて，
これはまた MCMC ものになりそうな．
-
工藤さん・亀山さんで大雪山のハナシ．
数日前にお茶部屋でいろいろとはなしてたツガザクラの遺伝子まわりの
調査計画など．
このあたりのデータ解析も MCMC な統計モデリングが役にたつかもしれづ
……
というのも，
「内部状態」が直接観測できないポリネイター
(マルハナバチ)
の挙動を説明するにはそういう計算が安直であるからだ．
-
東北大・彦坂さん「高層湿原とわたくし」．
八甲田の異なる標高の高層湿原 (厳密には中層湿原になるそーで)
で工藤さんと同じく OpenTop Chamber 実験 & 層別刈り取りやります，
という計画．
「人工温暖化」の影響がでるまでしばらく時間かかるのかも．
-
……
以上で 1815 ごろに本日の検討終了．
座敷で晩飯．
硫黄系の温泉につかり，
夜中まで雑談がつづく．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
「北欧」バゲット．
- 昼 (1240):
関沢の蕎麦屋「蝋燭亭」．
板盛そば 3 人前 (1800 円)
を牧野さんと二人で食った．
- 晩 (1840):
「こまくさ荘」の晩飯．
おいしくいただいたのだが
……
うーむ，
何を食ったのかおもいだせん．
2005 年 05 月 07 日 (土)
-
蔵王会議二日目．
0715 起床．
朝飯．
自分の発表の準備．
-
0900 本日の日程開始．
昨日のつづき．
甲山さんが阿寒の亜高山林の針葉樹の幹に「ドリル」
(圧力センサーがついてて年輪よめるかもという売り文句のアヤしげな機械)
で穴あけます，
というハナシ．
長谷川宣教師殿がわざわざ札幌から持ってきた「ドリル」実演．
木柱に対する器物破損が生じたとかいうウワサも
……
この破壊活動のむくいは本日夕方にうけることになる．
-
モデリング (の下うけまわり)
担当ということになってる私の発表
「モデリングという方法論でできること・できないこと」．
計算やれといわれれば何とでもでっちあげられるけど，
そういうでっちあげ計算やる価値があるのかどうかよく考えましょう，
というもの．
-
最後に河田さんが何か遺伝子動態のはいったモデルとか，
「生態系の脆弱性」
を数値化できるような計算ができればいいねえ，
というハナシ．
私にしろ河田さんにしろ，
現時点では具体的な何かを提案できる段階ではない
……
まあ，
統計モデリングについては昨日・今日の皆さんの発表きくことで，
どういったたぐいのものか，
というのはわかってきたけれど．
-
ひととーり終わったので，
また来年にあるという中間評価にむけてというようなハナシや，
生態学会のシンポジウム準備とかの実務のもうしつけ，
など
……
1215 ごろ終了．
-
甲山さんの透析まちつつモデリング相談など．
1250 昼飯くいにでる．
外は雨．
本日も山形蕎麦．
山形でなら毎日蕎麦でもいいねえ．
-
1410 三台の車に分乗してこまくさ荘発．
くねくねとまがる有料道路・蔵王エコーラインを登って
山形・宮城県境の標高 1500m ばかりの刈田峠につく．
ガスの中で残念ながら視界はほとんどなし．
除雪してむりやり開通したところで，
高さ 5m 程度の雪壁が道路に面していたりする．
[刈田峠]
植物生態学研究者たちは
「ハイマツとササがいっしょにはえてるのかー」
などと感銘うけてるようである．
-
峠からくだる．
ここは登りも下りも「羊腸の小径」とでもいうべき
くねくね道路である．
宮城県がわにおりていくとなぜか天気も回復してきて
太平洋がみえたりする．
標高さがるにつれ樹高が高くなり，
開葉個体もふえていく．
また高速道路にのって仙台空港まで送っていただく．
1640 空港着．
どうもいろいろとお世話になりました．
[仙台空港における対テロ警備体制]
手荷物あずけ場所の検査場の光景．
「ドリル」による器物破損などテロ行為などには関与してない，
と釈明する宣教師殿．
-
1725 ANA 727 (往路と同じく A320) に搭乗．
晴の仙台を離陸して北上．
乗客すくなく半分以上は空席．
1830 雨の千歳に着陸．
1849 JR に乗って空港発．
1926 JR 札幌着．
やはり雨．
買いものなどしてから
2000 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
こまくさ荘の朝食．
バイキング形式．
- 昼 (1300):
蔵王中央ロープウェイ駅横の蕎麦屋．
板そば 840 円．
- 晩 (2200):
米麦 0.7 合．
納豆．
ニラ・エノキダケ・卵の炒めもの．
2005 年 05 月 08 日 (日)
-
0700 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
怠業
……
というか，
また統計学問題にとらっぷされてしまう．
ここしばらくのあいだ，
MCMC 法
を生態学まわりの問題解決に使う具体的な方法の検討をススめているわけだけど，
観測データとの対応させかたはいろいろと理解できつつあるのに対して，
かんぢんの Gibbs 分布を生成させるところがちょっとわからなくなっている．
直観的にこうだろうという数式はわかっているし，
それは Ising モデルなんかで使われてるものとは矛盾していないので，
たぶん正解なんだろう．
しかしながら，
形式的な方面についてはあいまいな部分があり，
ここの整合性がきちんととれていないかぎり，
何か大まちがいをやらかしてしまう可能性がある．
-
と沈澱していて，
ですね
……
いつのまにか夕方ぢゃないか．
1620 自宅発．
曇．
1635 研究室着．
-
M1 川合さんがいまやってる下うけ仕事に関しての質問．
なんでも顕微鏡写真の画像ファイル上の花粉数をカウントする
(ためにマークをおいていく)，
というハナシなんだが
……
うっかりレイヤー上ではなく原画像のうえにマークを直接
かきこんでしまったんだけど，
これって分離できないのか，
というもの．
ためしにそのマークの色だけ分離してみたんだが
……
[青色分離]
青色だけとりだしてみたんだけど，
やっぱダメですなぁ
……
-
で，
多少は仕事ススめようか，
と考えていたんだけど，
なぜかしら
tDiary
の導入評価試験などというものを夜中までやることになってしまった
……
これまた大学院生の要望で．
うう．
-
カスタマイズとかけっこう難しいというか，
プログラミングとか CSS に関する知識がないと無理だよなぁコレ，
というような．
教訓としては「ぷらぐいん集」いれたら不要なものは消すべし，
というあたりで．
動作がかなり理解不能になる．
2320 研究室発．
ちょい雨．
2335 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.7 合．
ニラ・エノキダケ・卵の炒めもの．
- 昼 (1330):
米麦 0.5 合．
セロリ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
- 晩 (2420):
米麦 0.7 合．
セロリ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
2005 年 05 月 09 日 (月)
-
1000 起床．
うーむ．
1035 自宅発．
曇．
1050 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
とある研究会 (応用物理学系) から何かハナシを，
という案内いただいたんだが
……
今回は残念ながらおことわりすることに．
あまりにも当方の仕事が進捗してないため．
-
で，
いまさらおことわりできんハナシのひとつ，
東さんの科研費
基盤A「外来侵入アリ類と融合コロニー形成に関する総合的研究」
(課題番号 17207003)
に関する返信かき．
ごちゃごちゃとややこしくなりそうなんで，
これにかんする WikiPage つくる．
-
おお，
PukiWiki
の最新版 1.4.5_1 インストールしてみたんだが，
けっこういろいろと機能追加されてるなぁ
……
-
またしても大統領命令メイル
(全員あて) が来る．
尚、わずか３年間で成果を上げなければなりませんので、
…… (中略) ……
久保さん以外は
既に関連する研究を行っているか開始されようとされている方々ばかりなので、
無理にテーマの変更をされる必要はないと考えています。
で，
釈明の余地ナシどしろーと門外漢たる私は何やりゃいいのか?
なんでも
7 月末の会議で生じる雑問題あれこれ片づけさせればよい，
ということになったそうで．
どこにいってもこういう役まわりなのか
……
-
もうすでにアタマのなかがごちゃごちゃしてきたんで，
占部さんぷろぢぇくとのほうも Wiki 化してみる．
[山生物 Wiki]
しかし現時点では内容それほどないんで，
占部さんから送っていただいた
集合写真などはってみたり
……
-
こういった下請けびぢねすあれこれ，
うまくさばけるのか?
かなり危険な状況だと認識すべきだろう．
-
……
とゆーこともあって，
今月の応用統計学会の
シンポジウム
参加はみおくる．
9 月の
年次大会
ぐらいには出席したいもんだ．
-
かとーさんいわく，
MacOS X 用
R-2.1.0
(CRAN
からダウンロード可能)
のユーザーインターフェイスがかなり改善されてる，
とのこと．
関数名・オブジェクト名の補間など．
改善されるのはいいんだが，
OS 間でインターフェイスがちがってくると，
ヒトに R の使いかた教えるときに苦労するかも．
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清野さん
とつぜんあらわれる．
「昨日の交流戦
の DH 要員として来ました」
とのこと．
ついでに明日からの苫小牧毎木調査用のアルミタグ
(あの PlotNet 予算消化の !!)
も調達にきたそーで
(これはじつに目的にかなった使いかた)．
雑談あれこれ．
-
ぎょーむ日誌
4/14
の記述，
北大メイルサーヴァーで「即座に転送設定」やってると，
まったくアクセスできなくなる問題について，
A 棟 6F 動物生態の石川さんよりメイルいただいた．
どうやら、新しいHINESのメールシステムでは、他サーバにメールを転送しHINESのサーバにメールを残さない場合、MailBoxなるものが作成されず？、POPサーバにアクセスできないようです。HINESのサーバにメールを残すという設定に変更したところ、POPサーバにアクセスできました。
……
とのこと．
なるほど，
いかにも北大ネット (HINES) 的なるへぼい設定だ，
と納得させられた．
-
で，
その HINES の本日のとらぶる情報だが
(あまりにもみっともないものが多いので
学外からはのぞけないよう隠匿されている)
……
「学内にウィルスメールが入り込み、感染が拡大しているようです」
だの
「感染拡大防止のために帰宅時には端末の電源を切るようにしてください!!」
だの
「メール受信時に「サーバからの接続を拒否されました」もしくは受信途中で
timeoutなどになり正常にメール受信が完了しない症例が確認されております」
だのイタい内容ばかり．
-
お茶部屋ではあいかわらずガスストーヴ全力運転．
窓の外は雨．
-
苫小牧から Sheffield 大に移った田中健太さんより，
R
の混合モデル計算 library
lme4
情報を教えていただいた．
なんでも最近の version では
lmer()
なる関数で混合モデルのたぐい
(線形混合モデルと一般化線形混合モデル)
をまとめてあつかえる，
とのこと．
-
ただし
help(lme4)
読んでみると一般化線形混合モデルに関しては，
PQL 法など使っているので最尤推定法になっていない，
とわかった．
つまりモデル選択とかが簡単ではない
……
このあたりは，
以前の関数 GLMM() のときとかわっていない
(ぎょーむ日誌
2005-02-02
あたりも参照)．
混合モデルの尤度計算は原理的にたいへんなのである．
-
改善点としては，
関数で random effects 指定する書きかたで
lmer(decrease ~ treatment + (1 | rowpos) + (1 | colpos), OrchardSprays))
というふうに書ける，
というあたり．
これは面白いかも．
-
また，
一般化線形混合モデルの計算方法は PQL 法だけでなく，
Alternatives are '"Laplace"' or
'"AGQ"' indicating the Laplacian and adaptive Gaussian
quadrature approximations respectively. The '"PQL"' method
is fastest but least accurate. The '"Laplace"' method is
intermediate in speed and accuracy. The '"AGQ"' method is the
most accurate but can be considerably slower than the others.
とあるように，
Laplace
と
AGQ
というのも追加された．
どちらも最尤法ではなくその「近似」計算なんだけれど．
-
あ，
書き忘れてたけど
lmer
オブジェクトで対数尤度や AIC をだしたい場合はこういうかんぢで
関数を使う
(glm オブジェクトとは少し異なる)．
fit <- lmer(....)
AIC(logLik(fit))
-
ともかく，
このあたりは計算がきついので最尤推定法がなかなかうまくできない．
しかしながら，
混合モデルユーザーとしては個体差だの地域差だの
「直接観測できんけど結果を左右する」
要因をモデルのあちこちに組み込んでみたい，
という要望あるもんだから
……
けっきょく
MCMC 法
&
Bayesian inference
に流れついてしまうわけだ
(で，
蔵王行き前にうだうだ考えてた問題たちにつながる，
と)．
-
小林さんから送っていただいたアカマツ原稿修正版を印刷出力したところで
本日いきぎれ．
2130 研究室発．
雨．
2145 帰宅．
体重 75.0kg．
運動不足ふとり．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1050):
研究室お茶部屋．
「北欧」食パン．
- 昼 (1730):
研究室お茶部屋．
「北欧」食パン．
セロリ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
- 晩 (2250):
スパゲッティー．
ホウレンソウ・トマトのソース．
キュウリ・納豆の和えもの．
2005 年 05 月 10 日 (火)
-
0920 起床．
朝飯．
コーヒー．
0935 自宅発．
雨．
かなり寒い．
0950 研究室着．
-
さて，
アカマツ原稿によーやく復帰できるハズなんだが
……
-
進捗しないので，
とりあえず小林さんにおわびメイル．
-
なんかまた関係ない教科書を読んでみたり
……
-
ぢりぢりと原稿のモデルまわりの補足を書いていく．
-
また北大ネット不調．
-
1600 より 植物生態学セミナー，
本日は高田さんで行列モデルの紹介．
密度に「どんかん」な
(あるいは密度的に関して「はためいわく」な)
type
が進化するという有名な Takada-Nakajima
定理にいくつか critical な仮定ある，
とわかったのが収穫だった．
一番重要なのは mutant の形質が wild type のそれから
「びみょー」
にずれてる必要がある，
ということだ．
つまりすごくヘンな突然変異があらわれたらどうなるのかわからない．
ただし，
アタマのなかでいろいろひねくってみると，
「侵入可能条件」
とよばれる部分に関しては差が大きくてもさしつかえないように思える
(つまりは固有値の大小比較にすぎないので)．
問題は「増加条件」とよばれるほうなんだよね
……
-
1810 研究室発．
JR 札幌駅西側の
七福神商店
なる居酒屋で高田さん歓迎会．
2220 帰宅．
[居酒屋]
こういう長細い部屋でした．
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[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1100):
「北欧」食パン．
- 昼 (1510):
研究室お茶部屋．
「北欧」食パン．
ホウレンソウ・トマトのソースというかスープ．
- 晩 (1830):
JR 札幌駅西側の居酒屋
七福神商店
で生ラム (ただし「丸い」やつ)
のしゃぶしゃぶなど．
