ぎょーむ日誌 2005-05-09

2005 年 05 月 09 日 (月)

• 1000 起床． うーむ． 1035 自宅発． 曇． 1050 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• とある研究会 (応用物理学系) から何かハナシを， という案内いただいたんだが …… 今回は残念ながらおことわりすることに． あまりにも当方の仕事が進捗してないため．
• で， いまさらおことわりできんハナシのひとつ， 東さんの科研費 基盤A「外来侵入アリ類と融合コロニー形成に関する総合的研究」 (課題番号 17207003) に関する返信かき． ごちゃごちゃとややこしくなりそうなんで， これにかんする WikiPage つくる．
• おお， PukiWiki の最新版 1.4.5_1 インストールしてみたんだが， けっこういろいろと機能追加されてるなぁ ……

[アリ Wiki]

「大統領」 の命令 (すなわち executive orders) なんぞをはりつけてみる． なんかごちゃごちゃしててですね．

• またしても大統領命令メイル (全員あて) が来る．

  　尚、わずか３年間で成果を上げなければなりませんので、 …… (中略) …… 久保さん以外は 既に関連する研究を行っているか開始されようとされている方々ばかりなので、 無理にテーマの変更をされる必要はないと考えています。

  で， 釈明の余地ナシどしろーと門外漢たる私は何やりゃいいのか? なんでも 7 月末の会議で生じる雑問題あれこれ片づけさせればよい， ということになったそうで． どこにいってもこういう役まわりなのか ……
• もうすでにアタマのなかがごちゃごちゃしてきたんで， 占部さんぷろぢぇくとのほうも Wiki 化してみる．

[山生物 Wiki]

しかし現時点では内容それほどないんで， 占部さんから送っていただいた 集合写真などはってみたり ……

• こういった下請けびぢねすあれこれ， うまくさばけるのか? かなり危険な状況だと認識すべきだろう．
• …… とゆーこともあって， 今月の応用統計学会の シンポジウム 参加はみおくる． 9 月の 年次大会 ぐらいには出席したいもんだ．
• かとーさんいわく， MacOS X 用 R-2.1.0 (CRAN からダウンロード可能) のユーザーインターフェイスがかなり改善されてる， とのこと． 関数名・オブジェクト名の補間など． 改善されるのはいいんだが， OS 間でインターフェイスがちがってくると， ヒトに R の使いかた教えるときに苦労するかも．
• 清野さん とつぜんあらわれる． 「昨日の交流戦 の DH 要員として来ました」 とのこと． ついでに明日からの苫小牧毎木調査用のアルミタグ (あの PlotNet 予算消化の !!) も調達にきたそーで (これはじつに目的にかなった使いかた)． 雑談あれこれ．
• ぎょーむ日誌 4/14 の記述， 北大メイルサーヴァーで「即座に転送設定」やってると， まったくアクセスできなくなる問題について， A 棟 6F 動物生態の石川さんよりメイルいただいた．

  どうやら、新しいHINESのメールシステムでは、他サーバにメールを転送しHINESのサーバにメールを残さない場合、MailBoxなるものが作成されず？、POPサーバにアクセスできないようです。HINESのサーバにメールを残すという設定に変更したところ、POPサーバにアクセスできました。

  …… とのこと． なるほど， いかにも北大ネット (HINES) 的なるへぼい設定だ， と納得させられた．
• で， その HINES の本日のとらぶる情報だが (あまりにもみっともないものが多いので 学外からはのぞけないよう隠匿されている) …… 「学内にウィルスメールが入り込み、感染が拡大しているようです」 だの 「感染拡大防止のために帰宅時には端末の電源を切るようにしてください!!」 だの 「メール受信時に「サーバからの接続を拒否されました」もしくは受信途中で timeoutなどになり正常にメール受信が完了しない症例が確認されております」 だのイタい内容ばかり．
• お茶部屋ではあいかわらずガスストーヴ全力運転． 窓の外は雨．
• 苫小牧から Sheffield 大に移った田中健太さんより， R の混合モデル計算 library lme4 情報を教えていただいた． なんでも最近の version では lmer() なる関数で混合モデルのたぐい (線形混合モデルと一般化線形混合モデル) をまとめてあつかえる， とのこと．
• ただし help(lme4) 読んでみると一般化線形混合モデルに関しては， PQL 法など使っているので最尤推定法になっていない， とわかった． つまりモデル選択とかが簡単ではない …… このあたりは， 以前の関数 GLMM() のときとかわっていない (ぎょーむ日誌 2005-02-02 あたりも参照)． 混合モデルの尤度計算は原理的にたいへんなのである．
• 改善点としては， 関数で random effects 指定する書きかたで

      lmer(decrease ~ treatment + (1 | rowpos) + (1 | colpos), OrchardSprays))
  

  というふうに書ける， というあたり． これは面白いかも．
• また， 一般化線形混合モデルの計算方法は PQL 法だけでなく，

  Alternatives are '"Laplace"' or '"AGQ"' indicating the Laplacian and adaptive Gaussian quadrature approximations respectively. The '"PQL"' method is fastest but least accurate. The '"Laplace"' method is intermediate in speed and accuracy. The '"AGQ"' method is the most accurate but can be considerably slower than the others.

  とあるように， Laplace と AGQ というのも追加された． どちらも最尤法ではなくその「近似」計算なんだけれど．
• あ， 書き忘れてたけど lmer オブジェクトで対数尤度や AIC をだしたい場合はこういうかんぢで 関数を使う (glm オブジェクトとは少し異なる)．

  	fit <- lmer(....)
  	AIC(logLik(fit))
  

• ともかく， このあたりは計算がきついので最尤推定法がなかなかうまくできない． しかしながら， 混合モデルユーザーとしては個体差だの地域差だの 「直接観測できんけど結果を左右する」 要因をモデルのあちこちに組み込んでみたい， という要望あるもんだから …… けっきょく MCMC 法 & Bayesian inference に流れついてしまうわけだ (で， 蔵王行き前にうだうだ考えてた問題たちにつながる， と)．
• 小林さんから送っていただいたアカマツ原稿修正版を印刷出力したところで 本日いきぎれ． 2130 研究室発． 雨． 2145 帰宅． 体重 75.0kg． 運動不足ふとり． 晩飯．
• [今日の運動]
  • で， 本日も ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (1050): 研究室お茶部屋． 「北欧」食パン．
  • 昼 (1730): 研究室お茶部屋． 「北欧」食パン． セロリ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2250): スパゲッティー． ホウレンソウ・トマトのソース． キュウリ・納豆の和えもの．