ぎょーむ日誌 2005-04-(21-30)

2005 年 04 月 21 日 (木)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• またうだうだと種間比較法の勉強．
• ふと思いついたんだが …… species が「独立な点」とみなせる場合として， 種分化してからすごーく時間が経過した (数十万世代? 数百万年?)， ってのはダメかな． つまり比較する集合の中で 「もっとも最近に出現した」 やつでさえ数千万年前にすでに存在していた， というのであれば「独立」と近似してもいいのではないかなぁ (現在にいたるまでにいろいろな環境変動にさらされてるから)． まあ， どういう形質に着目してるか， にもよるわけですが．
• これとは関係ないけど， 「個々の標本点 ⇔ もと集団の性質」 関係重視な私としては， てきとーに個体さんぷりんぐして 標本平均てきとーに計算して「種の代表値」 (あるいはその地域の個体群を代表する値) としてぜんぜんおっけー， とするやり口はちょっと気になる． たとえば， 同種内個体間で系統樹なんぞ描けてしまうならどうなるのだろうか? …… いや， 大雑把な種間比較ならもうどうでもよいのかもしれないけど， また別の問題， たとえば局所環境傾度だの集団遺伝学がらみのやつとか， ですね ……
• むろん「個体群」の定義は任意交配してる集団， ではありますけどね．
• 査読報告， とりあえず書きはじめる．
• ひととーり書けたので (まだ要推敲状態)， 1330 北大構内走． 曇． 1415 もどる． 昼飯． 「そんなに炭水化物ばかり食べてたら太りますよ」 と女性大学院生のご指摘をうける． うーむ． ちょうど炊飯器も壊れたままだし (ここしばらく鍋炊飯の日々)， 炭水化物ひかえめ実験でもやってみるか?
• 査読報告文のみなおし． あちこち修正． 1633 東欧某国の編集部に送信． やっと終った． まぬけなほど時間かかった． 種間比較に関しては何もわからん状態から多少は理解できるようになったけど．
• お茶部屋でだらだらする． なんでも， 旭川の 旭山動物園 が内地でも評判になってるらしい． 北海道にいながらちっとも知らなかった．
• やな仕事まとめて片づけるべく， 科研費交付申請・請求の書類かき (若手 B 「三次元樹木シミュレイターの開発と森林成長の解析」 2003-2005)．
• で， ここに例のごとく「ケイ線まみれ」な 呪われフォーマットが このあたり に転がってるんだが …… うーむ． OpenOffice 2.0 beta (Linux 版) で解毒はできるんだが， 改竄は難しい．
• 科研費マクロ とゆーのがあってこれは申請にはすごく便利なんだけど， 交付関係はない ……
• で， しょうがないので A801 のゐんどーづ機で呪われファイルいじることに． ありていにいって， 「純正」おひすとやらを使ってもマス目に文字をうめていくのは苦行である． というのも， 文部科学省の準備したファイルの書式指定その他がへっぽこのきわみで， 手動で微調整しないと「ずれまくり」なのである．
• どーにかこーにか作業終了． 2105 研究室発． 2120 帰宅． 体重 75.2kg． やはり， あいかわらず重い． 晩飯．
• 呪われ書類うめ問題， ぜんぶネット経由でできればどれほどラクになることか (書くほうも読むほうも)． これを実現するにあたり 技術的にはぜんぜん問題ないんだけど， しかしながらとうぶんそういう世の中にはなりそうにない． なぜなのかよくわからないんだけど， 文部科学省とそれに寄生するわれわれには 問題解決能力がひどく欠如してる部分がある， としか言いようがない．
• 今後もしばらく「ケイ線」な紙きれをうめる作業は続くわけで， このあたり個人的なレヴェルではもうすこし何とかしたいところだ． 科研費申請に関しては科研費マクロが使えるだろう (いつまでこのプロジェクトが継続するかわからんのだけど)． 問題はその他ごちゃごちゃで， 不出来な腐れファイルを 「うめる」， しかも毎回毎回毎回おなじような内容を， という作業がイヤになるわけだ．
• うーむ， 処理の流れとしてはこういうかんぢなんだろうか?
  1. 「わく」を画像ファイルとしてとりこむ (スキャナーもしくは呪われファイルの PDF 化)
  2. 必要な座標を取得する
  3. 座標と項目・書式 (フォントサイズなど) を関連づける
  4. LaTeX picture 環境上で 項目のデータ (文字列) を配置したファイルを生成する
  5. 印刷
  問題は 2. とかの座標まわりだな． ここがどうやっても簡単になりそうにない …… 「わく」位置自動よみとりソフトウェアみたいなもんが必要だな． 手動では無理， というか「山本進一方式」 (1. で取りこんだフォーマットの上に drawing ソフトウェアで記入していく) に作業効率に関して負けているなぁ．
• …… つまり Tgif とかを 「半自動座標よみとりシステム」 (2. と 3. の作業の半自動化) として活用すればいいんだろうか …… うーむ?
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): パン．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ネギ・ミズナ・ニンジン・マイタケ・豆腐・昆布の味噌汁．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ニラ卵炒飯． ネギ・ミズナ・ニンジン・マイタケ・豆腐・昆布の味噌汁． 「炭水化物へらしてみるか」 とは思ってるわけだが， 昨日炊いたのがまだ残っているもんで．

2005 年 04 月 22 日 (金)

• 0600 起床． なんとなく早起き． 0620 自宅発． 晴． 0635 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 昨日記載の呪われ書類処理方法のうだうだとした考えあれこれは， じつは本日になって書いたものである (ということがよくある …… まあ，昨日もいろいろ考えたんだけど)． やっぱ， 私の手もとで手ぬきしようとすると， いわゆる「山本進一方式」 (おそらく各地で同じような発明やったヒト多数) になるのか?
  • 呪われ書式を画像 (のたぐい) としてとりこむ
  • drawing ソフトウェア (私の環境だと Tgif, sodipodi, inkscape その他) で記入していく
  というような． 敗北感あるな．
• まぬけなことに， 「時差ぼけ」 で仕事ススまん．
• とりあえず昨日の紙きれどもを指定された枚数複写して， ハンコなどついて 1F 事務室に提出する．
• よーやくにして 査読だの書類仕事だのが一掃されたので， アカマツしたうけぎょーむに取りくむ．
• これまたここ 10 日ほどの雑事ぼけでススまん． じつに， 救済の余地ないまぬけぶりと言ってよいだろう．
• ぢりぢりと匍匐前進． まず観測データベイスから値を取りだすように Perl モジュールどもを改造していく． このシステムわれながらうまくできてるというべきか， いよーに複雑というべきか ……
• 1230 ごろひととーりの改造おわる． 1245 北大構内走発． 曇天． 寒い． 1330 もどる． 昼飯．
• 1400 低温研 D1 (低温研のくせに熱帯林の昆虫の研究やってる) 阿久津君のデータ解析こんさる． 本日のお題は MacArthur-Horn 法

  MacArthur, RH, and HS Horn. 1969. Foliage profile by vertical measurements. Ecology 50:802-804.

  という垂直葉群分布の推定 (というか憶測というか) について． 二人してこの 1969 年論文にらみつつ， 検討する．
• 二人であーだこーだやりあってると， 二時間ばかりで完ペキにわかってしまった (そもそもそんなに複雑な方法ではないので)． 難所だったのはここで調べてる「葉密度」 なるものの正体で， それはある (何らかの共通の確率論的モデルによって生成されたと考える) 範囲の森林のある場所に垂直にたてた直線 (大きさゼロ) に厚さゼロの葉っぱがどこにどれだけつきささるか， という定義なのであった． つまり調査する範囲の面積や葉面積は考慮の埒外， という考えかたで．
• ともかく生態学に「密度」という概念がでてきたら， その定義は何なのか注意ぶかく検討すべきである． しかし， おおくの生態学者は「わり算」による密度 (らしきもの) 計算は大好きなくせに， それを使った計算は苦手なんだよね ……
• さらに本日の検討によって， 低温研某研究室伝来の変体 M-H 法はアヤしいものだ， とわかった． この方法， データが「足りない」状況でごまかしを混入させると， とんでもない垂直葉群分布を生成せしめるんだよね． けっこう面倒だ． どうにかならんものかね．
• 1700 ごろこんさる終了． 窓の外はまた雪．
• 種間比較議論に関する補足的勉強， メイル書きなど． 1910 研究室発． 1940 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0650): 研究室お茶部屋． トースト．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ニラ卵炒飯． ネギ・ミズナ・ニンジン・マイタケ・豆腐・昆布の味噌汁．
  • 晩 (2040): モヤシ・ハクサイ・エノキダケ・卵の炒めもの． ホッケのフライパン焼き．

2005 年 04 月 23 日 (土)

• 0930 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• 1300 自宅発北大構内走． 小雨． 走ってる最中に， 以前からもやもやと考えていた EM アルゴリズム 応用の個体間相互作用ありモデルの推定計算に関して 技術的にツマってたあたりすぱっと整理できた． M-step のパラメーター推定計算， ドロくさくやる以外に方法ないもんだろうか， というところで困っていたんだが …… 何のことはない， E-step において Newton 法に必要な gradient も逐次的に構築していけばよい， というだけのことだと気づいた． ということで， 記憶容量のことは気にしないで計算できそう …… と書いてからこのやりかたの問題点に気づいた． やはり E-step の途中経過は全部記録しとかんと計算できんぢゃないか …… うう． 1355 帰宅． 体重 74.8kg． 昼飯．
• 1520 自宅発． 小雨． 1540 クラーク会舘地下の 理髪店． しばらく待つ． 1650 散髪終了． 北大図書館にこもる． 1800 研究室着．
• 上記の EM アルゴリズム問題， 相互作用する範囲がせまくて， しかも各点の状態数がすごく限定されているなら …… 各点ごとに近傍状態数のカウントだけを記録しておく， という方法もあるな．
• Vine の TestPkg に入ってた WindowMaker-0.91 をインストールして， 設定に没頭してしまう． まあ， 結局はほとんど以前からの設定を引きつげたんだけど WMRootMenu に関しては /etc/X11/WindowMaker/WMRootMenu をコピーしてまたカスタマイズやりなおした．
• ふーむ， vimaspell か． source vimaspell.vim すると使えるようになる． が， map されたキーアサインがきいてない．
• 2030 研究室発． 2100 帰宅． 晩飯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 26. The march of the martingales
  • Lévy then approached the problem form the other direction, asking what was it about specific situations that led to the normal distribution. He determined that a simple set of two conditions will guarantee that data tend to be normally distributed. These two conditions are not the only ways the normal distribution can be generated, but Lévy proof of the central limit theorem established the more general set of conditions that is always needed. These two conditions were adequate for the situation where we have a sequence of randomly generated numbers, one following on the other:
    1. The variability has to be bounded so individual values do not become infinitely large or small.
    2. The best estimate of the next number is the value of the last number.
    Lévy called such a sequence a ``martingale.''
• [今日の運動]
  • 北大構内走 55 分間．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): モヤシ・ハクサイ・エノキダケ・卵の炒めもの． リンゴ．
  • 昼 (1410): マカロニ． モヤシ・ハクサイ・エノキダケ・卵の炒めもの．
  • 晩 (2140): 餃子． ピーマン・ハクサイ・ブナシメジ・豆腐のカレースープ．

2005 年 04 月 24 日 (日)

• 0930 起床． 朝飯． コーヒー．
• 怠業． wmakerconf で遊ぶ． ああ， GNU/Maxima にも ……
• 徘徊とまらず， なぜか pstoedit の Tgif 変換機能を吟味していたり．

  	pstoedit -f tgif infile.ps > outfile.obj
  

  まあ， いちおう Tgif で「編集」できるが …… R の自動作画に比べると， やはり汚くなる (なめらかな曲線がぢゃぎーになったり)． 手作業による図の編集はダメですな． どうしても使わんといかん局面， というのがでるかもしれんけど (おそらく研究ではない雑用で)．

• 1455 自宅発北大構内走． 晴． 個体間相互作用ある (EM アルゴリズムあるいはベイズ推定で解決されるであろう) 確率論的モデルにおいて重要になる Gibbs 分布という概念を説明する 「大学院生お茶部屋たむろモデル」 というのを考えてみる． 院生間に相互作用があって， ですね …… 1545 帰宅． 体重 74.6kg．
• 昼飯． 洗濯． あいかわらず手動あしすとの必要な洗濯機に苦闘する． モーターがへたれてるのか? なんで電動回転機が経年劣化すんのか理解できんけど． たんなるグリスぎれとか． 何であれ修理ができないんではないかなぁ．
• 1720 自宅発． Homac でまたタッパーなんぞ買う． 1810 研究室着． 院生部屋， あいかわらずガスストーヴ使用中．
• 今年度のセミナーあれこれについて院生と相談． とりあえず D1 の井田君にめんどうを押しつけることに．
• アカマツ計算のつづき， データベイスよびだしは金曜日に改善したので， ぱらめとりっく bootstarp な R コードもなおす …… これはすぐにできた．
• 2130 研究室発． 2155 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 27. The intent to treat
  • Deming and many other statisticians have rejected the use of hypothesis tests outright. They insist that Fisher's work on methods of estimation should form the basis of statistical analyses. It is the parameters of the distribution that should be estimated. It makes no sense to run analyses that deal indirectly with these parameters through p-values and arbitrary hypotheses. These statisticians continue to use Neyman's confidence intervals to measure the uncertainty of their conclusions; but Neyman-Pearson hypothesis testing, they contend, belongs in the waste bin of history, along with Karl Pearson's method of moments. It is interesting to note that Neyman, himself, seldom used p-values and hypothesis tests in his own applied papers.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): ピーマン・ハクサイ・ブナシメジ・豆腐のカレースープ． ネギ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1610): スパゲッティー． ピーマン・ハクサイ・ブナシメジ・豆腐のカレースープ．
  • 晩 (2240): キャベツ・ニンジン・タマネギ・エリンギ・大豆のシチュー． ホッケ電磁波蒸し．

[かんてん]
こういうのも作ってみたり．


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2005 年 04 月 25 日 (月)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• とりあえずアカマツ計算に関して小林さんにメイル．
• で， 解説文のほうだが …… ふーむ， 3 月 10 日ごろ に 2 ペイジぶんぐらいは書いているな． parameteric bootstrap 法については， てぬきながらだいたい説明できてる．
• 折れ線回帰のほうも， ひととーりは書いているな．
• 資源分配モデルの推定 …… ここだけモデル選択っつーのも首尾一貫してないかも． ここも parametric bootstrap にするか? しかしそれもめんどう感あるな． うーむ．
• 何やらナゾなガンマ分布推定プログラムが残存してるし．
• で， 進捗しない， と． まもなく午前終了．
• うーむ， てぬきな parametric bootstrap 法で片づけようか， などと考えつつ 1240 北大構内走発． 曇天． 1320 研究室もどる． お茶部屋で昼飯． 尼崎電車脱線事故のハナシなどでる． ヒサンな事故から得られるものは教訓しかない． 本日の教訓． 電車はできるだけうしろのほうに乗る．
• 1400 から夕方すぎまで， 農学部 4 年生の富田君が来たんで， いろいろと樹木の遺伝学のハナシなどうかがう． こういうよく勉強してるヒトがまれに出現する， というのが大学というアヤしげな組織の すごく不思議でおもしろいところで． 途中から亀山さんに加わっていただいて， ハナシはまにあっくになり， ますます勉強になる．
• 皆さん， あちこちの調査地から帰ってくる． 苫小牧は本日は天気わるくてフクジュソウは開花せづ (昨日は暖かかったのでいっせいに開いたらしい)． とうぜんポリネイター (ハモグリバエ) も飛ばず． 有珠山北側はいまだ雪の中． 露崎さんによると今年は雪どけが 10 日以上おそいんでは， とのこと．
• 1825 研究室発． 1840 帰宅． 体重 74.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): キャベツ・ニンジン・タマネギ・エリンギ・大豆のシチュー． リンゴ．
  • 昼 (1440): 研究室お茶部屋． キャベツ・ニンジン・タマネギ・エリンギ・大豆のシチュー．
  • 晩 (1950): キャベツ・ニンジン・タマネギ・エリンギ・大豆のシチュー． チンゲンサイ・ピーマン・ニラ・卵の炒めもの．
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2005 年 04 月 26 日 (火)

• 0840 起床． どうも昨晩なかなか眠れなくて． 0850 自宅発． 晴． 0910 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• なにやら生態学会がらみのへんてこな用件が． こういう学会の組織って
  1. 上のほうのヒトたちが何か願望らしきものを (かなり抽象的に) のべる
  2. 下っぱどもはその内心を忖度しつつ， 実際の仕様を決定し実現可能性をさぐる
  というしくみなのだろうか． 私などは言うまでもなく最末端なんだが．
• Google がかかる警告文

  We're sorry...
  ... but we can't process your request right now. A computer virus or spyware application is sending us automated requests, and it appears that your computer or network has been infected.

  をだして， 我々のルーター経由の検索を拒否する． ここらにいるはっかーなヒトたちにまた協力をおねがいして， 捜査にのりだす．



• で， 先日 と同じく， ばか hub 挿入で sudo /usr/sbin/tcpdump port 80 やったわけだが …… またしても， そのような不審なアクセスは見つからなかった． うーむ?
• などと困ってるうちに， また Google が問題なく使えるようになったり．
• というどたばたで昼飯前の時間がすぎてしまった． 1335 北大構内走． 晴． 1415 もどる． 昼飯．
• こんどは工藤さん AppleMail から送信できない， とかで …… 例によってよくわからず， なぜかいったん AppleMail を終了したら， 送信できるようになった． これまた， ナゾ．
• 一階下の 7F でツル植物のごとく天井をはいまわっている 10base5 ケイブルが突然イヤになってしまったので， 撤去してしまう． しかし捨て場所ばないので， ゴミ倉庫と化しつつあるかとーオフィスにいったん置く．

[10base5 cable]
文字どーり， 前世紀の遺物． これまた 7F 某研究室「夜逃げ」のあとかたづけ． 直径 10mm ほどの旧式 Ethernet ケイブル． 天井内配線は取り外し不可能だったんで， 金ノコで切断した．


• 専攻 の website 管理者募集の案内が． 相場は

  バイト代は研究科から時給900円で、年度あたり240時間の業務です

  であるか． 月 1.8 万円． たしかに， あまりやることないんだろうけどな．
• 夕方から夜まで M2 牛原さんと R 勉強． とりあえず， 本日は， 呪われゐくせるファイルから情報を救出するところまで．
• 残念ながら R だけでは問題はかたづかず， 文字列変換に Perl を援用することに． やりたいことは イスノキA という文字列があったときに イスノキ と A に分割したい． こんなの簡単ぢゃん， と思われるかもしれないが文字コードとかにはかなり気をつかう必要ある．
• さらに， ゑくせる入力でありがちなんだが イスノキA のはずが イスノキ A だの イスノキＡ だの イスノキ□Ａ だの イスノキ (A を書き忘れ) だの になっている， とゆー事例が「ないわけではない」 という状況なんだよね．
• 私はこのあたりの， ソフトウェア特有かつ生態学研究者に特有なコワれデータ というものに慣れてしまっているのかもしれない …… というか毎年のよーにこういう作業を複数回やってるなぁ． さらに数値入力の単純まちがいもいろいろあるし (1.79 のはずが 179 になってる， とか)． では， 何もかもゑくせる上でやってしまうヒトたち， というのはどうしてるのか …… おそらく最大多数派であるのは， まちがいがあっても (そもそもこういうチェックなんかやらずに) そのまま解析・発表 というヒトたちだろう． この分野では観測データのあつかいが， すごくいいかげんなのである．
• Perl を用いてこのあたり自動補正する． てくにかるには
  • 少しでも複雑な置換ある場合にはかならず Jcode->new(...)->utf8
  • 2 byte → 1 byte 文字変換は Jcode->new(...)->tr($from, $to)， なぜか $from, $to は EUC でなければならない
  というあたりが注意点か．
• で， これで無事に 4 シートに分割されてたデータを (必要な修飾しつつ) R のひとつの data.frame() に格納できたので， ここからこのデータ構造の操作方法の練習をする．
• 2120 研究室発． 2150 帰宅． 体重 74.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 「北欧」サンドイッチ．
  • 昼 (1440): 研究室お茶部屋． キャベツ・ニンジン・タマネギ・エリンギ・大豆のシチュー．
  • 晩 (2250): 麻婆豆腐． キュウリ・乾燥野菜海藻の酢のもの．
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2005 年 04 月 27 日 (水)

• 0900 起床． うー． 0920 自宅発． 曇． 0935 研究室着． 朝飯． コーヒー …… など飲んでると， 亀山家長女のみくりちゃん (9ヵ月) が乳母車にのって研究室デヴュー． 命名の由来は Sparganium． 落ちつきはらっている， とゆー点に関してもえこちゃん・いぶきちゃん系 (つまり拝大五郎系) とでもいうべきか …… しかし， とても緊張してしまっている子どもは落ちついてるように見える場合もある， とゆーのがこれまでの教訓である．
• みなさん， 本日は 苫小牧 の毎木調査に行ってしまっているのか．
• 先日の科研費書類の修正に時間とられる． ばかげてるよなぁ． そしてイヤな雑務ほど丁寧に (さっさと終らせるために) という経験則は， おそらく正しいんだろうけれど実施は難しい． あの， 情報がわざと 見にくくするための書式にまちがいなく書きこむためには， かなりの精神の集中が不可欠なのである． しかるに
  「こんなこといちいち書かせるなんてばかげてるよな」
  「ここまでは事務室で一括でやっときゃいいのに …… アタマの悪い連中だな」
  「文部科学省では腐れわーど書式すらまともに設定できんのかね」
  などと考えつつ作業していると， 必要とされる極度に高度な (そしてムナしい) 集中力は発揮されないのである．
• このように考えると， ああいう極めて劣悪な書式は 「批判的な考えを封じて盲目的に従わせる」 ための道具， として機能してるんではなかろーかという気もしてきた …… 同じようなしくみとして， ゐんどーづが不条理な再起動を何度も命令してくる， というのがあるかもしれない． いやはや， 世の中 「つべこべ言わず言うとーりにしろっ」 なる まいんどこんとろーるだらけですよ．
• 1300 北大構内走発． 曇． 1340 もどる． 昼飯．
• う． A802 室のプリンター問題といあわせ先をまちがってしまった． coop.ne.jp ではなく coop.hokudai.ac.jp であったか．
• ところで私がまきこまれてる他人に研究プロジェクトのハナシ (のうち下賜金が発生しうるものについて) だが …… 今年度は標高とアリコロニーだけ， ですみそうだ． 他は採択されなかったよーで．
• アカマツ問題， さらに追加データきたので， これを解析システムにくみこむぢたばた．
• 夕方から夜にかけて， M2 牛原さんの R 練習． 本日は data.frame() に入った屋久島葉っぱデータの操作について． ふつーは vector とかから説明するのかもしれないけど， どうも「自分のデータ」もってるヒトたち (かつプログラミング経験皆無のゑくせりあん) には data.frame() から入るのがよいような気がする． というのも， 「お役たち感」あるばかりでなく， そのデータの内容がよくわかっているので 「こういう操作でこのデータのこのあたりが抽出されたな」 という「暗算」による対応づけが容易であるからだ．
• さらに， data.frame() から列をとるとそれは vector であり， さらにその要素は数値であったり文字列 (この概念の説明はやや難しい) であったり factor であったりする， と．
• 昨日・本日で合計 8-9 時間 R 練習によってこの近辺ではもっとも data.frame() の扱いに習熟した院生が誕生した． 時間それなりにかかっているのは， 本人に「うーん」と悩みながら操作していただいたためでもある …… コマンドライン操作な R は自分で動かしてみないと 何がおこってるのかよくわからないんだよね． 2040 研究室発． 2110 帰宅． 体重 75.0kg． 一進一退， か． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 「北欧」食パン．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋．
  • 晩 (2200): チンゲンサイ・ピーマン・ニラ・ショウガ・ブナシメジ・サバ の炒めもの． キュウリ・乾燥野菜海藻の酢のもの．
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2005 年 04 月 28 日 (木)

• 0850 起床． 不調． 朝飯． コーヒー． 1000 自宅発． 曇． 1015 研究室着．
• 研究室ネット雑用などなど． 今年度のセミナー案内 を開店．
• いかん， 時間が．
• A802 のプリンター， 本日まずはトナーカートリッヂ再生屋がようすを見にくる， との電話． 何時に来るのかわからん …… ということで北大構内走にでれない． 昼飯． なんだかお茶部屋雑談にとらっぷされる． 大学院生あいてに
  「よくわかってないことをわかってるふりをする研究者ワザ」
  「どうしてモデル屋 (の多数派?) はデータなくてもモデルを作るのか」
  といったことをうだうだと．
• トナー再生屋くる． なかなか興味ぶかいことを教えてくれた …… CANON LBP-2810 用カートリッジ (EP-86) は昨年までは， いわば不良品 ――― キャリア (トナーの粒子) のサイズが不適切なので トナーが過剰に放出されてしまう ――― がでまわっていた， ということだ． むろんあちこちで「印刷がおかしい」 というとらぶるが頻発したわけだが， 今年になってからキヤノンな人たちは 「こっそり」とその問題あるトナーカートリッジを交換していって …… というてんまつらしい． 情報隠匿は徹底しており， 同社の website にはこういう情報はまったくない． 検索してもこういう問題あまり見つからんので， たぶん隠しとおせると考えているのかしらん．
• 夕方から夜まで M2 牛原さん R れっすん． 本日は R の呪われぎみな「型」のハナシ， データ入力まちがいの補正方法， 作図あれこれなど． いつもながら， 大学院生の学習能力は高い． 計算機といえば GUI (graphical user interface) という世代であっても， コマンドライン入力によるソフトウェアの操作にはすぐに慣れるよーで． 実際のところ， この対話的な方式はけっこう便利で効率的， とゆーことなのでは．
• 2010 研究室発． 雨． 2025 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): ヨーグルト．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． チンゲンサイ・ピーマン・ニラ・ショウガ・ブナシメジ・サバ キュウリ・乾燥野菜海藻の酢のもの．
  • 晩 (2200): モヤシ・乾燥野菜海藻・ナメコ・コンブの味噌汁． 納豆・卵スパゲッティー．
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2005 年 04 月 29 日 (金)

• 0940 起床． 朝飯． コーヒー． 選択． 怠業．
• 屋久島葉寿命モデルについて考える …… 菊沢さん 葉の寿命本 とか出版されてるわけだが …… 私の理解では， そもそも「葉の寿命」なるものをどうやって計算すべきか， こういう基本的なことがらが依然としてナゾのまま放置 (といったらおこられるのだろうけど)， というのがこのあたりの現状だろう． 少なくとも屋久島データに関しては， 何かモデリングに関するうまい工夫が必要とされているのである． しかも樹種数が 23 もあるし．
• 1615 自宅発北大構内走． 曇天． 1700 帰宅． 体重 75.0kg． うーむ．
• 1730 自宅発． 曇． 1745 研究室着． 昼飯 …… ってすでに夜なんだが．
• A802 のカラーレイザープリンター， LBP-2810 トナー過剰放出がなおっているのか? ただしマゼンダの印字位置がずれている． calibration 命じる …… 五分ほど時間を要する． あ， これもなおった．
• 他のいろいろな仕事をほうりだしてしまって， 相互作用あり空間構造問題にとりくんでしまう． いやはや．

[白板らくがき]
もやもやした考えをまとめるには白板でらくがき， がよかったりする．


• マルコフ確率場で， パラメーターセット p のもとで あるパターンの対数尤度は log(そのパターンが出現する確率 | p) - log(Σ(あるパターンが出現する確率 | p)) となるわけだが， うしろの項はなかなか計算できない， と． で， いろいろと定数を分離したり， MCMC 平均値に置き換えるとゆー工夫なんかをやったりしていくわけだが …… やっぱりこれって苦労するわりには見とおしがよくない， というのをまた確認しただけにおわった． えーい
• で， そういう場合はどうすればいいのかとゆーと …… 「隠れマルコフモデル」 ですよ． これは生態学のあちこちに出現する難題あれこれの解決に かなり有用な考えかただと思う． まだぜんぜん使われていないけど (ゲノムよりな分野ではすでによく使われている) …… まあ， そのうち皆さん使いまくるようになるんでしょう．
• たとえば， いま考えてる 一番簡単なモデルを図で説明するとこういうかんぢで． いままで私はなぜかしら カクレ状態だけで閉じないといけない， などと思いこんでいたんだけど (教科書には こういう図 ばかり掲載されてるせいか?) …… 今日いろいろアタマをひねってるうちに， この図のごとくオモテから影響うけることにしたって いっこうにさしつかえあるまいよ， と気づいた． 考えてみれば あたりまえのハナシだったんだが．



• 駒ヶ岳にいってきた院生によると， やはり今年は雪どけが遅くて何もかも雪の下， という状況らしい． 2230 研究室発． 2250 帰宅． 晩飯の準備． お茶部屋からいろいろと賞味期限ぎれの調味料のたぐいを回収してきて使ってる． 中には年単位で賞味期限がすぎているのもあったりするんで， なかなか恐ろしい． 晩飯．
• また巨大なる寒天よせを作ってしまった． 本日はパイナップル． 電気泳動やるわけでもないのに アガロース のあつかいに習熟しつつあるなぁ．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): モヤシ・乾燥野菜海藻・ナメコ・コンブの味噌汁． マイタケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1810): 研究室お茶部屋． 「北欧」食パン．
  • 晩 (2330): イワシ電磁波蒸し． キュウリ． キャベツ・ニンジン・セロリ・ブナシメジ・豆腐・タコのカレー．
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2005 年 04 月 30 日 (土)

• 1120 起床． いかん， かんぜんに周期がずれてる． 朝飯． コーヒー．
• 怠業 …… とゆーか， また昨日のカクレ問題 にとらっぷされてしまう． 私のアタマの中の (外部からは観測できない) カクレ状態がそうさせているのだろう．



• かかる Hidden Markov Model と観測データのつじつまあわせの方法， つまり最尤推定法の尤度方程式をどういうふうに構成すればよいのか， よーやくにして考えついた． この問題においては， MCMC 法 によって生成される カクレ状態を sampling しておくだけでは不完全で， 各場所における occurence probability P_i も「記録」せんといかん， とゆーことだ …… これをもちいて「対数尤度の期待値」を計算して， そいつを最大化するパラメーターセットを探索すればよろしい (すなわち EM アルゴリズム )， そういうことだ．
• これにて一件落着． 実用的によい推定結果が得られるかどうかはともかく， 概念的にはこの手順でもって長年の懸案 (たんに時間かかりすぎただけなんだが) が矛盾なく解決した， ということで． そして現用の計算機でそれほど手間どらずに計算可能である …… たぶん， 例によって生態学ではない他分野 (空間統計学とか computer science 系など) では， 誰かが同じような内容を発表ずみである可能性は高そうだけど．
• とゆーか， 上の図は (なぜか hidden layer 内で相互作用のある) ニューラルネットそのもの， と見えてしまうかも． 視覚情報処理とか． たしかにこういうふうに図化してみると， Hidden Markov Model (HMM) と Neuralnet Model のあいだに関連ありそう， というのがわかるな． ふーむ
• さてさて， これをちょっとヒネれば， 苫小牧 leafminer 問題にもただちに応用できるし， 大阪大会でさんざんみせられた いろいろな動物・植物の分布推定問題のたぐいも ちょっとはマシなものになるだろう．
• むろんこのあたりを Bayesian inference にもっていくことは容易である …… が， パラメーターの事後分布に関する簡単な Gibbs sampler を構成できないように見えるんで， Rejection sampling とか Metropolis-Hastings algorithm でやることになり， かえってめんどう感あるかも．
• いっぽうで パラメーターではなく各場所の状態の「事後分布」に関しては， Gibbs sampler が簡単なものになっている …… したがって， 上のようにおてがる MCMC 法駆動な EM algorithm が使えるわけだ． しかしながら， 先日あれこれと検討したように， この方式でパラメーター最大化をやるのはそれなりに手間がかかり， 計算量としてはべいぢあんなやり口のそれに近づいてしまうのかもしれない．
• ひとくぎりついたんで， 1745 自宅発北大構内走． 曇天． やや寒い． 1815 帰宅． 体重 73.8kg． 昨日と比較すると 1.2kg 減 …… まあ， 90 分間も走れば多少は脱水するだろう， というよーな． いずれにせよ， 日単位で生じるのは水の出はいりだけだ．
• 本日 90 分間も走ったのは， 体調・天気のぐあいがよかったのと， 明日はうんどう休養日になる可能性があるため． 予定としては， 明朝は「生活周期ずれ」解消のために 0700 ごろにおきて， (家でじっとしてるとまた寝てしまうだろうから) 大学の研究室にいってうだうだしてみる …… というような． 睡眠ぶそくでふらふらしてる状態では， 北大構内走とか無理かもしれんわけで．
• 買いもの． 晩飯．
• またしょうこりもなく寒天でざーとを作ってしまった． 昨日のはすでに食ってしまったんで． 買いものにいったら乾燥ブルーベリーが賞味期限ぎれ接近で安売りされてたので (75g 150 円ぐらい)， これを材料に． 棒寒天， あらかじめ一時間ぐらい水につけておく． これに上記ブルーベリーと料理酒を加えてぐらぐらと煮たてる． 寒天をよくとかし， 酒精をトバすため． なぜか当家では料理酒だけはすこし 良さげなもの を使ってたりする． 角形の容器がないのでボウルにながしこむ． 水浴であらねつとってから冷蔵庫へ． 一時間もするとかたまった (容積 700cc ぐらい)． 全体が濃い紫色でおもしろい． 味もまあまあ …… 砂糖をほとんど加えてないので， いつものごとくウス味なんだけど． ふと思いついて， プレインヨーグルトであえてみると， これはなかなか良いくみあわせとわかった．
• やはり真夜中すぎても眠くならん．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 90 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1150): ヨーグルト．
  • 昼 : 食ってない …… ことにするか．
  • 晩 (2030): コンブ納豆あえ． キュウリ． スパゲッティー． キャベツ・ニンジン・セロリ・ブナシメジ・豆腐・タコのカレー．
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