ぎょーむ日誌 2012-10-(21-31)
2012 年 10 月 21 日 (日)
-
0830 起床．
ぐーぐーねました．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
-
とらちゃんだんす．
怠業．
-
ちょっとだけ集中講義の準備．
いやはや，
再来週の木・金曜日なんで
……
-
集中講義とは関係ないけど，
library(ggmcmcm)
という package が出たようだ．
これは
library(ggplot2) 版の
MCMC simulation 結果図示をするもの．
JAGS news
にも解説あり．
-
昼飯の準備．
昼飯．
-
AEON 桑園に行ってスターバックスに入ったり，
買いものあれこれとか．
[スターバックスとらちゃん]
例によって
Beco
というだっこひも (というか荷袋のないハーネスだけのバックパックのごときもの)
に入れて運搬していったんだけど，
こうするとなぜかしらとらちゃんは深い眠りにおちこむ．
スターバックスとか入ったら号泣するのではとの懸念はめでたく外れて，
ひたすらこのように転がっておりました
……
安納芋，
というサツマイモの品種．
これは品種原産地の種子島から，
らでぃっしゅぼーや経由で届いたもの．
リンゴなどといっしょに煮てみました．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
大丸地下の
パン屋
のパンあれこれ．
ブロッコリー・タマネギ・ニンジン・ハクサイ・大豆・ホタテのスープ．
キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
- 昼 (1340):
高野豆腐・ネギの卵とじうどん．
- 晩 (2010):
米 0.7 合，山菜ごはん．
ブロッコリー・タマネギ・ニンジン・ハクサイ・大豆・ホタテのスープ．
キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
カマスの塩焼き．
コマツナ・がんもどきの煮びたし．
アンノウイモ・リンゴ・レイズン煮．
2012 年 10 月 22 日 (月)
-
0750 起床．
ラジオ体操．
朝飯の準備．
朝飯．
0820 自宅発．
晴．
0840 研究室着．
コーヒー．
-
月曜日の朝はゆるゆるなかんじで
……
-
今回の
岩波べすとてん，
前回は 12 位だったよーで圏外だったけど，
今回は 6 位に復活．
Amazon
とかでもいーかんじでうろうろしてます．
データ解析しーづんに入りつつあるせいか，
割引販売
のほうも週に数冊ていどの売れ行きに．
-
また事務なメイルかき
……
-
昼飯．
-
午後は集中講義の準備，
来週木・金曜日の神戸大学で．
えーい，
既存あれこれを最大限に再利用したいわけだが，
いろいろ組み換えないといけないなあ．
-
1730 研究室発．
ちょい雨．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
[紅茶豚]
なぜかしら冷蔵庫に豚肉のかたまりがあったので，
一番簡単そうな
レシピ
を参照しながら作りました．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米 0.7 合．
卵．
ブロッコリー・タマネギ・ニンジン・ハクサイ・大豆・ホタテのスープ．
- 昼 (1220):
研究室．
米 0.7 合，山菜ごはん．
きんぴらごぼう．
リンゴ．
- 晩 (2040):
米 0.7 合．
シジミの味噌汁．
レンコダイの塩焼き．
ハクサイ・シイタケ・豚肉のポン酢炒め．
キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
2012 年 10 月 23 日 (火)
-
1720 研究室発．
雨．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
[レンコンのきんぴら]
夕食後も料理．
らでぃっしゅぼーやからいろいろ野菜が届いたので
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米 0.7 合．
ネギ・シイタケ・油揚げの味噌汁．
卵．
- 昼 (1220):
研究室．
米 0.7 合．
キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
リンゴ．
- 晩 (2010):
米 0.7 合．
ネギ・シイタケ・油揚げの味噌汁．
干しカレイ．
ニラ・豚肉・卵の炒めもの．
ホウレンソウのゴマあえ．
2012 年 10 月 24 日 (水)
-
0700 起床
……
とゆーか 3 時すぎぐらいからあまり眠れなかった．
いきなり，
とらちゃんだんす．
10 分ぐらいやったら，
眠りの国に帰っていった．
よしよし．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0810 自宅発．
ぱらぱら雨．
0830 研究室着．
-
昨晩は左肩前方がみょーにイタんだ．
どうも昨晩のとらちゃんだんすとかで，
ヘンなふうにチカラがかったのかも．
こういうアクシデントを除くと，
以前のように上半身 (とくに背面) が筋肉痛でしんどい，
ということはなくなってきた．
順応したのかもしれない．
2.5 ヶ月児のとらちゃん，
すでに 6000 g を突破したわけだが，
まだしばらくは「だんす」できるかも．
-
午前中は事務書類にやられていた．
扶養親族届とあれこれ証明のコピーを総務にだす．
戸籍謄本は明日午後．
-
次は会計の「平成 24 年分扶養控除等 (異動) 申告書」
とやらだが
……
考えてもわけわからんので，
質問メイルをだす．
-
事務所類ぐったり感にやられつつ，
昼飯．
[いつのまにやら]
北大構内も黄葉が始まっていた．
2012 年 10 月 25 日 (木)
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0730 起床．
また，
ちょっとねぶそくぎみかも．
今朝もまたいきなりとらちゃんだんす
……
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0830 自宅発．
晴．
しかし午後から悪天との予報．
0900 研究室着．
-
集中講義の準備のつづき
……
しかししゅーちゅー力がキレてきた
……
-
昼飯．
いきなり曇天になる．
昼飯後，
地環研すぐ前にある区役所の出店みたいなところで戸籍謄本うけとる．
450 円．
これを事務にぽいっと出して総務関係は終了．
提出前にカメラでスキャンしとく．
現住所と本籍地が異なるんだけど，
在住期間数カ月の本籍なるところの住所はすぐに失念するんで
……
-
なんとかおわらせて，
1740 研究室発．
買いもの．
1810 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
[Beco せおいわざ]
まあくびがかなりしっかりしてきたようなんで，
とらちゃんせおいながら台所仕事やってみた．
著者の樋口さんからいただきました．
ありがとうございます．
Bioconductor の紹介だけでなく，
R のさまざまな関数・package なども紹介されている．
R に有向グラフを作らせる方法とかも掲載されていて，
いろいろ役にたちそう．
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[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米 0.7 合．
レンコンのきんぴら．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
鶏からあげ．
リンゴ．
- 晩 (2010):
米 0.7 合．
オクラの味噌汁．
レタス・トマト・ネギ・ブナシメジ・鶏肉のポン酢炒め．
レンコンのきんぴら．
2012 年 10 月 26 日 (金)
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0700 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0820 自宅発．
晴．
0840 研究室着．
-
会計書類，
ぐだぐだ
……
-
昼飯．
[北大の秋]
むこうの手稲山の斜面も紅葉しております．
-
神戸大学集中講義の準備．
まだおわらん
……
-
1740 研究室発．
1750 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
amazon.com
と
amazon.co.jp
の Kindle を
統合できる
とのことだが
……
たしかに下の画像のごとく，
amazon.com の Kindle Store に行ってみたら
``Great News!'' とか表示されるけど，
指示にしたがって操作してみたら
We are unable to consolidate your libraries
ということで，
何かバグがあるみたい．
-
[今日の運動]
-
北大からの帰りに 10 分ほど走ってみた．
とらちゃんえくささいず．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
ぱん吉の食パン．
タマネギ・ジャガイモ・ソーセイジのスープ．
- 昼 (1240):
北大正門でてすぐ南の Sapporo Cafe でパスタ．
- 晩 (1940):
米 0.7 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
サンマのナンプラー煮．
ターツァイ・ベイコンのオイスターソース炒め．
2012 年 10 月 27 日 (土)
-
0700 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
-
とらちゃん，
午前からぐーぐー寝てる．
集中講義の準備をぢりぢりとすすめてみる．
-
昼飯の準備．
昼飯．
-
午後もとらちゃん寝ている．
ぢりぢりのつづき
……
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買いもの．
とらちゃんと少し散歩にでる．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
とらちゃんえくささいず
……
今日はごきげんな一日だったんだけど，
寝かしつけるのは 30 分ぐらいのとらちゃんだんすが必要だった
……
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[今日の食卓]
- 朝 (0800):
ぱん吉のパン．
タマネギ・ジャガイモ・ソーセイジのスープ．
- 昼 (1220):
ネギラーメン．
- 晩 (1900):
米 0.7 合．
ターツァイ・ニンジン・鶏肉のスープ．
サケのムニエル，
トマト・レタス・ニンニクのソース．
丸オクラ・エノキダケのあえもの．
2012 年 10 月 28 日 (日)
-
0740 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
曇天．
雨もすこしふってきた．
-
ちょっと怠業．
-
ちょっとだけ集中講義の準備をススめる．
-
昼飯の買い出し．
走り不足なので，
札幌駅まで走る．
大丸地下であれこれ買いもの．
雨ぱらぱら．
帰宅して昼飯．
-
午後はとらちゃんだんす，
そして大規模な連続ばくはつぶつ処理に苦闘．
-
晩飯の準備．
晩飯．
またとらちゃんだんす．
[ろいやるほすとせき]
自分は食事しないくせに食卓ではハイローチェアから周囲を睥睨したり愛嬌ふりまいたりして
(もてなしにおける host-guest 理論における)
ホストきどりなとら先生ですが，
さいきんは料理担当者を椅子にみたててホスト座席とするのもおきにいりのよーです
(この満面の笑み)
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
ぱん吉の角食．
ターツァイ・ニンジン・鶏肉のスープ．
レタス・ベイコン・卵の炒めもの．
- 昼 (1330):
大丸地下で買ってきたいなりずし，
ベイグル，
鶏からあげ
……
よくわからんくみあわせ．
- 晩 (1910):
米 0.7 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
タマネギ・ピーマン・ラムの炒めもの．
コマツナ・ニンジンのナムル．
2012 年 10 月 29 日 (月)
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0650 起床．
とらちゃんだんす．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
晴．
0810 研究室着．
-
さっさと集中講義の準備を終わらせたいのだが
……
-
粕谷さんと次回の生態学会大会の自由集会の相談．
うーむ，
「割算値」のハナシになるのかな
……
そのあたりの流れで「被度」の雑談に没頭してしまった．
植物とか固着性生物で使われることの多い「被度」ですが，これは考えれば
考えるほどわけのわからない数量のような気がします．
・日本の植物な人たちは「見た目被度」ばかり使う→これは何か奇妙な
順序統計量の応答変数として，ややこしいモデリングが必要になりそう，
考えたくない
・見た目被度を使わないひとたちは調査ワクを 10x10 とか区切ってカウント
データとする → ポアソン分布ではなく負の二項分布といった伝統的な問題
の再発見，あるいは空間統計学といった方向について，けっこうおもしろい
問題なんかもあつかえるかも……ただし日本ではほとんどみかけません
・画像処理ソフトウェア ImageJ などを使った "pixel 数" カウントデータと
いうのがこのごろときどき見かけるデータで (例: 植物の年輪断面 X 線
写真で見える道管のサイズ分布) これはカウントデータですが，どういう
分布にしたがうと考えればよいのか，よくわからない問題です
・GIS 被度 -- 「調査地を中心に半径 1000 m の円内の土地利用の割合を
ArcGIS で出し，それらが調査地における〇〇にどういう影響を与えて
いるかを調べた」なるのもハヤリもののひとつで，土地利用 A, B, C が
それぞれ何% で合計 100%，y ~ A + B + C といった説明変数でモデル選択
しました……という，かなり危なそうな解析なんかもよくみかけます
いやー，
GIS 被度ってどうにかならんかねー
……
と考えつつ昼飯．
集中講義の準備，
ぢりぢり．
Imagemagick の covert
を使って PDF ファイル
(複数ペイジからなるもの)
を 1 ペイジ 1 PNG ファイルとかに変換するときには，
convert abc.pdf xyz-%02d.png
と書式つきで出力ファイル名を指定できる．
上のように出力させると，
背景色とか指定していないので，
背景は「完全透過」となる．
それではちょっと都合が悪いので，
さらに，
for f in png/*.png; do composite -tile yellow.png $f tmp.png && mv -vf tmp.png $f; done
といった (やはり Imagemagick の) compose
を使うと各ペイジに黄色透過色でペイジ全体を着色できる．
この yellow.png
なるファイルは下のようなもので，
これは GIMP 内で背景が transparent なレイヤーを作り
(画像全体を単一色でぬり，さらに「レイヤーの透過度」を指定する)，
背景レイヤーを捨てて保存すると作れる．
こんなことをやる理由は，
全 6 回の講義資料中の 2-6 回目は以前の LaTeX つくりなおしでなんとかなったんだけど，
最初の導入部分である一時間目は新しく作る + 2-6 回目の切り貼りでなんとかするつもりで，
こういう作業のときに LaTeX がちょっとしんどいとおもったので
……
まあ，
こんなかんじで OpenOffice.org に png ファイルを import してやろう，
という手ぬきアイデア．
あ，
「めんどうなので」と書こうとして「めんどうなの」で切れている!
-
いや，
授業で「めんどう」うんぬんを示したいわけではありませんよ．
-
農学部の山浦さんのデータ解析相談．
以前のぎょーむ日誌
2008-07-11
の
glm() の link 関数のひとつである
cloglog
がどーのこーのと書いてあることについて．
まあ，
この link 関数を使って二項分布ではなくポアソン分布を推定するのは無理があるよーな．
現実のデータは overdispersion しているわけで．
-
集中講義の講義資料，
上記のやつはできていないんだけど，
他のやつは「できた」ことにして，
PDF ファイルをダウンロードできるようにする．
神戸大学にとりあえず連絡．
-
1730 研究室発．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯
……
お，
今日はけっこう早い時刻に晩飯となったな．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米 0.7 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
コマツナ・ニンジンのナムル．
- 昼 (1300):
研究室．
米 0.7 合．
きんぴらゴボウ．
リンゴ．
- 晩 (1850):
米 0.7 合．
ネギ・油揚げの味噌汁．
ホッケのひらき．
ナガイモすりおろし．
[新しい服]
いただきました．
ありがとうございます．
2012 年 10 月 30 日 (火)
-
0710 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0820 自宅発．
0840 研究室着．
-
集中講義の準備ぢりぢり
……
-
あまりはかどらなかった．
昼飯．
-
準備をつづけようにも，
これまた途中でほうりだしている Cardamine したうけ作業が気になってしょうがないので，
そちらを少しすすめることに．
あとは野となれ山となれ．
-
Cardamine 作業ぢりぢり
……
-
しかしあぶはちとらづな結果に．
1720 研究室発．
買いもの．
1750 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
という絵本をいただきました
……
くださったのは，
なにしろこういう本ですからわかるかたはわかると思いますが，
低温研の隅田さんです．
ありがとうございました．
[パイプモデルまで!]
樹木のかたちに関する英才教育をしなさい，
という趣旨でしょうかねえ
……
-
[今日の運動]
-
とらちゃんえくささいず
……
は日によって大きなちがいがあり，
今日はすくなめでした．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米 0.7 合．
ネギ・油揚げの味噌汁．
タマネギ・ネギ・卵・ひき肉のいためもの．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ゴボウ天．
松前漬．
リンゴ．
- 晩 (2020):
米 0.7 合．
ダイコンの葉・油揚げの味噌汁．
レタス・アサリのバター酒蒸し．
サツマイモ・ニンジン・シイタケ・鶏肉の煮物．
2012 年 10 月 31 日 (水)
-
0710 起床．
昨晩は「今日はあまりとらちゃんえくささいずがなかった」
と書いたあとに，
かなり長時間なとらちゃんだんすをした
……
朝飯の準備．
朝飯．
0800 自宅発．
晴．
0820 研究室着．
コーヒー．
-
明日午後から始まる集中講義の準備ぢりぢり
……
最初の 50 分間の部分，
ここだけがまだ完成していない現状．
-
昼飯．
[会計な書類]
保険料控除申告書というやつ．
保険会社から送ってきたハガキ中央に記載されている「証明額」
ではなく，
右下すみ「ご参考」の「申告額」を書けとのこと
……
一年後にまた同じ失敗しそうだな．
-
16 時すぎ，
集中講義の準備がひととーりできた．
-
Cardamine したうけ作業，
できたところまでひととーりまとめて，
ファイルアップロード．
解説メイルを送信．
これもひとくぎり
……?
-
1830 ごろ帰宅すればよいとの連絡があり，
神戸大学集中講義の課題提出フォーム作成にとりくむ．
使い回しのあまりよくない CGI プログラムとか
……
-
えーい，
動作試験するとコケるな．
httpd の
error.log
見ると
suexec policy violation
とゆーことなので，
suexec.log
みると
directory is writable by others
とのことなので
chmod 755
したらうまくいった．
-
1810 研究室発．
雨．
1830 帰宅．
晩飯．
-
集中講義のペイジのてなおしぢりぢり．
-
明日の朝はちょっと早起きしないといけない．
札幌から神戸，
意外と遠い．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米 0.7 合．
ダイコンの葉・油揚げの味噌汁．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
サツマイモ・ニンジン・シイタケ・鶏肉の煮物．
ゴボ天．
リンゴ．
- 晩 (1900):
ごはんつくってもらいました．
