ぎょーむ日誌 2012-10-29

2012 年 10 月 29 日 (月)

• 0650 起床． とらちゃんだんす． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0750 自宅発． 晴． 0810 研究室着．
• さっさと集中講義の準備を終わらせたいのだが ……
• 粕谷さんと次回の生態学会大会の自由集会の相談． うーむ， 「割算値」のハナシになるのかな …… そのあたりの流れで「被度」の雑談に没頭してしまった．

植物とか固着性生物で使われることの多い「被度」ですが，これは考えれば
考えるほどわけのわからない数量のような気がします．

・日本の植物な人たちは「見た目被度」ばかり使う→これは何か奇妙な
   順序統計量の応答変数として，ややこしいモデリングが必要になりそう，
   考えたくない

・見た目被度を使わないひとたちは調査ワクを 10x10 とか区切ってカウント
   データとする → ポアソン分布ではなく負の二項分布といった伝統的な問題
   の再発見，あるいは空間統計学といった方向について，けっこうおもしろい
   問題なんかもあつかえるかも……ただし日本ではほとんどみかけません

・画像処理ソフトウェア ImageJ などを使った "pixel 数" カウントデータと
   いうのがこのごろときどき見かけるデータで (例: 植物の年輪断面 X 線
   写真で見える道管のサイズ分布) これはカウントデータですが，どういう
   分布にしたがうと考えればよいのか，よくわからない問題です

・GIS 被度 -- 「調査地を中心に半径 1000 m の円内の土地利用の割合を
   ArcGIS で出し，それらが調査地における〇〇にどういう影響を与えて
   いるかを調べた」なるのもハヤリもののひとつで，土地利用 A, B, C が
   それぞれ何% で合計 100%，y ~ A + B + C  といった説明変数でモデル選択
   しました……という，かなり危なそうな解析なんかもよくみかけます

• いやー， GIS 被度ってどうにかならんかねー …… と考えつつ昼飯．
• 集中講義の準備， ぢりぢり．
• Imagemagick の covert を使って PDF ファイル (複数ペイジからなるもの) を 1 ペイジ 1 PNG ファイルとかに変換するときには， convert abc.pdf xyz-%02d.png と書式つきで出力ファイル名を指定できる．
• 上のように出力させると， 背景色とか指定していないので， 背景は「完全透過」となる． それではちょっと都合が悪いので， さらに， for f in png/*.png; do composite -tile yellow.png $f tmp.png && mv -vf tmp.png $f; done といった (やはり Imagemagick の) compose を使うと各ペイジに黄色透過色でペイジ全体を着色できる． この yellow.png なるファイルは下のようなもので， これは GIMP 内で背景が transparent なレイヤーを作り (画像全体を単一色でぬり，さらに「レイヤーの透過度」を指定する)， 背景レイヤーを捨てて保存すると作れる．

• こんなことをやる理由は， 全 6 回の講義資料中の 2-6 回目は以前の LaTeX つくりなおしでなんとかなったんだけど， 最初の導入部分である一時間目は新しく作る + 2-6 回目の切り貼りでなんとかするつもりで， こういう作業のときに LaTeX がちょっとしんどいとおもったので …… まあ， こんなかんじで OpenOffice.org に png ファイルを import してやろう， という手ぬきアイデア． あ， 「めんどうなので」と書こうとして「めんどうなの」で切れている!

• いや， 授業で「めんどう」うんぬんを示したいわけではありませんよ．
• 農学部の山浦さんのデータ解析相談． 以前のぎょーむ日誌 2008-07-11 の glm() の link 関数のひとつである cloglog がどーのこーのと書いてあることについて． まあ， この link 関数を使って二項分布ではなくポアソン分布を推定するのは無理があるよーな． 現実のデータは overdispersion しているわけで．
• 集中講義の講義資料， 上記のやつはできていないんだけど， 他のやつは「できた」ことにして， PDF ファイルをダウンロードできるようにする． 神戸大学にとりあえず連絡．
• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯 …… お， 今日はけっこう早い時刻に晩飯となったな．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.7 合． ネギ・豆腐の味噌汁． コマツナ・ニンジンのナムル．
  • 昼 (1300): 研究室． 米 0.7 合． きんぴらゴボウ． リンゴ．
  • 晩 (1850): 米 0.7 合． ネギ・油揚げの味噌汁． ホッケのひらき． ナガイモすりおろし．

[新しい服]

いただきました． ありがとうございます．