ぎょーむ日誌 2012-10-(11-20)

2012 年 10 月 11 日 (木)

• 0750 起床 …… うーむ， 生活周期が． そして朝からとらちゃんが ちゃーっとやってくれました． ちゃーっと …… キモチをきりかえて， 朝飯の準備． 朝飯． 0850 自宅発． 雨． 0910 研究室着． コーヒー．
• 今日もなんだか些細な問題解決に終始したような．
• 1630 から Trendy セミナー， 川越さんによる 2 年前のハナシ のつづき …… 今回は Approximate Bayesian Computation (ABC) ときましたか． 個体群増殖率のパラメーターの事前分布がちょっとヘンな気がする， と指摘してみた．
• ABC というのは Wikipedia の解説によれば， データそのものというより， データの要約統計量にモデルをあてはめるといった方式のようで． おもに大量 DNA シークエンスデータとかが得られる進化生物学まわりで使われているもよう …… 今回の川越さんの要約統計量は， 観察されたハプロタイプ数．
• おそくなった． 1835 研究室発． 買いもの． 1910 帰宅． 晩飯の準備のひきつぎ． 晩飯．

[とらおむつ]

ふろあがりとらちゃん迎撃態勢をととのえているところ． なぜかしら， パンパースのおむつはとらマーク． すでに新生児用ではなく， S サイズに昇進しております． クマぷーはさみは爪切り用． 新生児というのは， なぜかしら自分の顔をひっかいたりして傷だらけになったりするので …… しかし， この爪切りというのがなかなか難しい技術． なにしろ， いやがって号泣しながら暴れまわるので．

• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米 0.7 合． ネギ・サケの味噌汁． キャベツ・タマネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.7 合． ゴボウのきんぴら．
  • 晩 (2000): 米 0.7 合． ダイコン・タマネギ・ジャガイモ・ニンジン・ネギ・豚肉の味噌汁． ヒメタラ． コマツナのゴマあえ．

2012 年 10 月 12 日 (金)

• 0720 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． ちょっとおそくなって， 研究室着．

[switching hub が壊れた]

ネットにつながらなくなっておかしいなあ …… と router からケイブルまであちこち調べてみたんだけど， てもとの hub がぶっこわれている (正常に動作しているふりはしている) とわかった． 宇宙線か何かで半導体がふっとんだのだろうか? そもそもこれはけっこう古いやつだし …… とりあえず， 頑健な baka hub に交換しておく． それしかみつからなかったんで．

• ネット調査に時間とられてしまった …… 昼飯．
• Cardamine したうけぎょーむぢりぢり ……
• 進捗しないのでミズナラ作図問題．
• 1810 研究室発． 買いもの． 1840 帰宅． 晩飯の準備のひきつぎ． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.7 合． ダイコン・タマネギ・ジャガイモ・ニンジン・ネギ・豚肉の味噌汁．
  • 昼 (1300): 研究室． 米 0.7 合． キャベツ・タマネギ・ハムのサラダ． ミニトマト． 鶏のからあげ．
  • 晩 (2000): 米 0.7 合． 根菜・豚肉の味噌汁． セロリ・ネギ・豚肉のオイスターソース炒め． ナガイモ．

2012 年 10 月 13 日 (土)

• 0850 起床 …… すごくよくねた． とらちゃんばてな日々． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• パンクした自転車を AEON 桑園の自転車部門に持っていった． この自転車屋は北海道でもっとも修理件数が多いところだとか …… まあ， 桑園周辺に住んでいるヒトたちは「自転車必須」が多数派ということなのかも．
• いろいろ時間やりくりの都合で， 自転車はあずけて徒歩にて帰宅 ……

[おそらく自宅から最寄りの]

パンを焼いてるパン屋「き・き」 (厳密に言えばすぐ近所のセイコーマートでもクロワッサン焼いてるそうだけど) …… まあ， 食べログ によれば野菜とか使った洋菓子 (焼き菓子とか) がメインのようで． クロワッサンを買ってみた．

• 今日もとらちゃんだんすな一日で， なんともかんとも． 15 時ごろから 2 時間ほど時間があいたので， ミズナラ作図問題にとりくんでみた．
• 「どうしたものやら」などとうろうろしているうちに時間ぎれ ……
• あずけておいた自転車を回収にいく． あちこち壊れていたようで (後輪はチューブだけでなくタイヤも交換)， 合計 4000 円ちかくを支払うことに．
• 晩飯の準備． 晩飯．
• 科研費についてちょっと検討してみる …… 今回は「挑戦的萌芽研究」とかいうアヤしげなカテゴリにしようかな ……
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): モンクールのバゲットとか．
  • 昼 (1430): キキのクロワッサン． キャベツ・タマネギ・豚ひき肉の煮物．
  • 晩 (2000): 米 0.7 合． 根菜・豚肉の味噌汁． アブラコの煮物． ホウレンソウ・ニンジンのゴマあえ．

2012 年 10 月 14 日 (日)

• 0720 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• けっきょく， きょうもとらちゃんにかまけてオワってしまった ……
• 外出もほとんどしてない． 午前中にコープ札幌まで買いもの． 午後は肉まん買いに行ったとか ……
• うーむ， ほかにも何かやったはずだがうまくおもいだせん．
• 今日のとらちゃんかんさつ:
  • 外耳炎はまだ完治してない -- かさぶたみたいなものを右耳からとりだした -- これが号泣の原因???
  • まだ二ヶ月ちょっとのくせに両足を伸ばして立とうとする …… もちろん当方の腕力で上半身を支持しているような状況において， なんだけど
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): パンケイキ．
  • 昼 (1300): 米 0.7 合． 根菜・豚肉の味噌汁． ホッケのグリル． ミズナ・油揚げのにびたし．
  • 晩 (1940): 米 0.7 合． タマネギ・ジャガイモ・ネギの味噌汁． 豆腐・豚肉の中華ふう炒め (辛くない麻婆豆腐みたいな味付け)． ミズナ・蒸し鶏肉のマスタードソースサラダ．

2012 年 10 月 15 日 (月)

• 0740 起床． ねむい． 朝飯の準備． 朝飯． 0810 自宅発． 晴． 0830 研究室着． コーヒー． 月曜日はばてぎみかも．
• うーむ， とうとう 岩波べすとてん (理系単行本) からは脱落したか …… まあ， 五ヶ月間ちかくずっと「べすとてん」内だったので， ヨシとしますか． これからも， ちょくちょくと入ることもあるだろうけど．
• 捨てる神あらば …… というわけでもなかろーが， @yag_ays さんが 統計モデリング入門 の 読書ノート を書いてくださった． ありがとうございます．
• install.packages("Rmpi") がうまくできないので (mpi.h が見つからんとのこと)， sudo apt-get remove openmpi1.3 してから sudo apt-get install openmpi1.5-dev などとしてみた． うまくいったみたいだ．
• また北大くらうどのとらぶるで， 研究室 web server を一時間ほど停止 …… 「ノードが不安定になった」 とのことで， その原因を聞いてみると，

  お尋ねのありました、「ノードが不安定」とは
  ノードのメモリリソースが断片化していて最悪の場合ノードがダウンしたり
  ノードからVMへの操作ができなくなる可能性があるため、メンテナンスを実行したものです。
  

  とのこと．
• 昼飯．
• 「統計モデリング入門」の 割引販売 はぽつぽつと売れている …… 今日はちょっと送付先変更とかでごちゃごちゃしたけど， 岩波の吉田さんにすばやく対処していただいた．
• ミズナラ道管モデルの作図 …… うーむ， 標準の library(graphics) だけで描いてしまった …… ありがちな図に見えるだろーけど， library(graphics) だけで作るためには， ちょっと工夫が必要になる． そういう細かいところがけっこうたいへんだったので library(grid) が必要だったかも．

• 1720 研究室発． 買いもの． 1750 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.7 合． タマネギ・ジャガイモ・ネギの味噌汁． 卵．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． きんぴらゴボウ．
  • 晩 (1930): 米 0.7 合． ナガイモ・ネギ・鶏すりみ団子の味噌汁． ミズナ・蒸し鶏肉のマスタードソースサラダ． ゴボウ・ニンジン・ピーマン・豚肉の炒めもの． コマツナ・豚肉・卵の炒めもの．

2012 年 10 月 16 日 (火)

• 0740 起床． 朝飯の準備． 朝飯． 0820 自宅発． 0840 研究室着． コーヒー．
• 科研費書類かき …… まにあうのか?
• 1030 より 研究室セミナー， 今日は Tika さんでカリマンタン島のヒース林の動態． GLM の使いかたがかなりヘンだったので， そのあたりの修正方法を説明した …… しかし， 自分で指摘しておきながらナンだけど， 相補的対数-対数リンク関数 (link = cloglog) とか使うってのはどうかねえ．
• 午後もぐだぐだと．
• 北大くらうどについて， 情報基盤センターの担当者からまた情報を送っていただいた．

  お尋ねの件、保守メーカーの方と確認／対策方法について検討させていただきました。
  
  メモリリソースが断片化については１つのノードに多数のサーバが稼動しているため、
  必ずしも先生のご利用方法に問題があると現時点で判断できておりません。
  なお、OSを入れ替えていないサーバは、PVモジュールがインストールされており、こ
  のような問題が起きても、センター側でノードの移動が可能であるため連絡していま
  せん。
  

  PV ってのは 準仮想化 (Para-virtualization) のこと． 北大くらうどでは Xen のそれをさす． Ubuntu ではいったん HVM としてインストールして PVM 化する方法があるようだが …… うーむ?

  次にファイルシステムの件については、入れ替えたOSに起因する可能性があります。
  Ubuntuの利用をご希望の場合、「OSタイプ」で選択可能なバージョンをご利用いただ
  くと、お知らせのあった問題は起きない可能性があります。
  ただし、本センターで動作保障しているOSはCentOS5.5になりますので、安定性を重視
  する場合、このOSをご利用いただくことをお勧めします。
  

• ミズナラ道管モデルの図， 次のやつ． うーむ， これはダメだな． 明日， また改善策を考えよう．

• 1750 研究室発． 買いもの． 1820 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.7 合． ナガイモ・ネギ・鶏すりみ団子の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ゴボウ・ニンジン・ピーマン・豚肉の炒めもの．
  • 晩 (1940): 米 0.7 合． 豆腐・油揚げの味噌汁． サンマの塩焼き． モヤシ豆腐ちゃんぷるー．

2012 年 10 月 17 日 (水)

• 0740 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 曇天． 0850 研究室着．
• ミズナラ道管モデルの作図のやりなおし．

• 今日はどうもネットがふちょーぎみな …… しかし露崎さんのお尋ねすると， べつにそういうことはないとのこと．
• hub を交換してみたり， ケイブルまわりなんかもいろいろ調査してみたんだけど， よくわからなかった． 時間をくってしまった …… 北大 DNS の問題かな? プライマリを 133.87.1.11 から 133.87.1.22 にすると速くなったよーな気が?
• 昼飯．
• 今回も， 総合 (系) - 情報学 (分野) - 情報学基礎 (分科) - 統計科学 (細目名) - (11) 空間・環境統計， というところに出すことになりそう．
• いつもながら， 科研費 LaTeX はものすごくラクだー …… 毎年準備してくださる 「日本学術振興会 ／学術システム研究センター ／数物系科学専門調査班」 の皆さん， どうもありがとうございます．

[科研費 LaTeX からコンパイル]

ばかげたケイ線まみれのレイアウトに押しこむ作業とか， さまつなお金計算とか， そういうことをストレスなくやってくれるすぐれたシステムです．

• 1730 研究室発． ちょい雨． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 今日もとらちゃんとかくとう …… よーやく乳児用つめ切りの使いかたがわかってきたような気がする …… 切られるほうが号泣してましたが．

[夜中の選択ものほし]

外は雨っぽいので室内で．

• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.7 合． 豆腐・油揚げの味噌汁．
  • 昼 (1220): 研究室． 米 0.7 合． きんぴらゴボウ．
  • 晩 (1900): ハクサイ・ショウガ・ネギ・豚肉の鍋． 卵雑炊．

2012 年 10 月 18 日 (木)

• 0740 起床． 朝飯の準備． 朝飯． 0830 自宅発． 晴． 0850 研究室着． コーヒー．
• 科研費作文のみなおし …… 昨日， ひととーり書いてみたんだけど， やはり「久保作文」とでもいうべきぼろぼろさかげんだったので， どんどん修正する．

[図もいれてみた]

なんとなくサビしいかんじだったので …… それから dvipdfmx でフォントうめこみができないなあ， と思っていろいろ調べてみて， こちらの記事 とか参考にして設定をやりなおしてみた． 自分のマシンで不調だった理由は， Ubuntu 11.10 → 12.04 としたときにでも ttf フォントのパスが変わったため， と判明． /usr/share/texmf/fonts/truetype/ 以下のシンボリックリンクが切れていた．

• 個体群生態学における無限集団ってのは「操作的な概念」にすぎないわけで …… とか書いてみて不安になったので， Wikipedia で 操作主義 の項目とか読んでみた． まあ， 誤用ではないよね ……
• ひととーり修正して， JSPS のサイトで表紙とかもとりあえず生成してみて， 研究協力者に PDF ファイルダウンロード URL を連絡して， 遅い昼飯． 時刻はすでに 1330．
• 今週は (怠惰な私にしては) がんばりすぎなので， ばててきた …… ぎょーむ日誌などぐだぐだ．
• 科研費まわりのことが不明なんだけど， 担当の会計 (なぜかしら学術助成から移動した) にメイルでおたずねしても何も返信がこない．
• おたずねといえば …… 北大クラウド (Xen) について昨日といあわせてみたんだけど， 自分でインストールした OS を準仮想化 (PV) 化できるんなら， 不調ノードから移動してやるよとの連絡があった …… 検索してみると Ubuntu でできそう なかんじではあるのだが．
• また科研費書類ぐだぐだと修正． もう離脱したいんですけどー …… 会計はさっさと返事をよこしてくれー ……
• もー見直し作業がイヤになったのでヤメ． 時刻はすでに 16 時すぎ．
• 会計係の別メイルアカウントで連絡すると， 印刷出力したものもってこいとのこと ……
• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． とらちゃんだんすとか， なぜか自主的にやってる「二足起立」とれいにんぐの補助係とか ……
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.7 合． ミズナ・油揚げの味噌汁．
  • 昼 (1340): 研究室． 米 0.7 合． 揚げ出し豆腐．
  • 晩 (2040): 米 0.7 合． ネギ・マイタケ・豆腐の味噌汁． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の煮物． キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．

2012 年 10 月 19 日 (金)

• 0650 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． とらちゃんだんす． 0840 自宅発． 晴． 手稲山初冠雪とやらでかなり寒くなってきた． 0900 研究室着．
• 放置雑用あれこれにとりくんでみる努力 ……
• おっと， Cardamine 計算をやりなおさなくては． といっても応答変数が「制限酵素で切断されたかどうか」 から「メチル化されたかどうか」に変えるだけなんだが．
• なぜか ThinkPad X201s の 2GB のメモリでは足りなくなった (最後に WinBUGS から R に結果をわたすところでコケる) ので， 北大くらうど (私が使用可能なのは 3GB 弱) に持っていって計算． こちらのほうがびみょーに速い．
• 昼飯． 今シーズン初の暖房運転． 外気温 12 度ぐらい．
• ひたすら事務書類．
• なんとかかたづいたので， 本日おくられてきた行動生物学時点の校正．

[げら]

まあ， 項目数は少ないのでちゃっちゃっとかたづけました．

• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯 …… 最近は親の食事中にテイブル横でばくはつぶつ事件をおこす， ってのがとらちゃんのまいぶーむのようで． 他人の食事をみると消化器官が刺激されるとか， あるのか?
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米 0.7 合． ネギ・マイタケ・豆腐の味噌汁． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の煮物．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.7 合． キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2040): 米 0.7 合． シジミの味噌汁． サケみりん漬け焼き． ズッキーニ・ピーマン・パプリカ・タマネギのラタトウィユ． キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．

2012 年 10 月 20 日 (土)

• 0800 起床． ぐーぐーねました． いきなりとらちゃんだんす． 朝飯の準備． 朝飯．
• 午前は， ちょっと雨がぱらつく中， とらちゃんと散歩とか．
• 昼飯．
• 午後は北大クラーク会館地下で 散髪． 前回は 9/13 だったので， 今回はそんなにマがあいてない． 土曜日午後はこんでる． 店員さんによると， 土曜日は予約していただけると無難とのことで．
• ちょっと紀伊國屋書店によったり， 大丸地下の パン屋 で買いものしたり ……
• さらにコープ札幌でも買いものして， 18 時すぎに帰宅． 晩飯の準備． とらちゃんとかくとう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): ぱん吉のパン． ズッキーニ・ピーマン・パプリカ・タマネギのラタトウィユ． キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1240): スパゲッティー． ズッキーニ・ピーマン・パプリカ・タマネギのラタトウィユ． キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2040): 米 0.9 合． ブロッコリー・タマネギ・ニンジン・ハクサイ・大豆・ホタテのスープ． ミズナ・エノキダケ・高野豆腐のたきあわせ．