ぎょーむ日誌 2012-09-(01-10)

2012 年 09 月 01 日 (土)

• 0720 起床 …… よくねてしまった． 朝飯． コーヒー．
• 怠業． 今日も暑くなりそう …… 結果的には， ぎりぎりで真夏日は回避されたわけだが， まあ室温とか 30 度ごえ．

• そして， いまごろになって， せんぷー機の発注を命じられる ……
• 昼飯の準備． 昼飯．
• ちょくちょくと， とらちゃんお世話．
• ミズナラ道管モデリングの検討のつづき …… お， 種子田さんが 3 月の生態学会大会 (滋賀) で何やらおもしろうそうな発表 をされていたみたいだ． 気づかなかった．
• すでに 論文 になっているな …… 北大図書館にもぐりこんでリモートアクセス login， PDF をダウンロードしてみた …… ふーむ， すべての「支流」ごとに計算してるのかな．
• トウモロコシたべた．
• 西側にあるりびんぐはどうにも暑いので， 東側にある玄関に椅子をもって移動 …… こちらはすごく涼しい!
• しかしばててきたので， 怠業な ……
• 買いもの． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんとかくとう
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1230): 米 0.6 合． モヤシ・ネギの味噌汁． モヤシ・ニラ・ニンジン・ピーマンの炒めもの．
  • 晩 (1930): 米 0.6 合． ダイコン・ニンジン・ゴボウ・タマネギ・豚肉の味噌汁． カボチャ・厚揚げの煮物． レンコダイ の煮物． トマト．

2012 年 09 月 02 日 (日)

• 0720 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• ミズナラ道管モデルの検討のつづき． ときどき， とらちゃんうんどう．
• ちょっと外出． 札幌駅ちかくの紀伊国屋書店を 20 分ほどふらふら． 大丸地下で買いもの．
• 昼飯．
• 今日も暑いので， 東側にある玄関付近に椅子を移動する． 涼しい．
• ちょっと怠業．
• またミズナラ．
• 買いもの． 晩飯の準備． 晩飯．
• ミズナラ問題， とりあえず， 道管数から道管総面積を予測できるようなモデリングを ……

• また作図の工夫あれこれ …… こんなものかな?

• 真夜中すぎまでとらちゃんかくとう & うんどう．
• [今日の運動]
  • とらちゃんうんどう …… 今日は 50 回ぐらい上げ下げしたような気も
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.5 合． ダイコン・ニンジン・ゴボウ・タマネギ・豚肉の味噌汁． トマト．
  • 昼 (1330): 大丸地下の蕾亭で買ってきた太巻きなど．
  • 晩 (1900): 米 0.5 合． シジミの味噌汁． カツオのたたき． タマネギサラダ． ゴマオクラ豆腐．

2012 年 09 月 03 日 (月)

• 0700 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． やはり暑くなるか． ならば， 今日こそは …… 今日こそは 「今年最後の真夏日」 ということになってほしいわけだが． 0850 研究室着．
• ミズナラ道管モデルについての， 現状報告かき ……
• 11 時ごろから， 動物生態・野田研の院生・萩原君と群集パターンの検討 …… というか， ほとんどの時間は私への教育に費やされたわけだが． 群集のヒトたちは， データをひねくりしまくり割算しまくり → 直線回帰， などと「あいかわらず」なわけだが， 萩原君たちはそのへんおかしいんじゃないの， というアイデアで randomization + サンプリングによって， どういった群集パターンが生じるかを研究しているそうで …… (このへんもこのあとも，てきとーなる久保要約)
• サンプル数だの種数だのが所与であると考え， これをいくつかに分割して「局所群集」なるものを作ったとすると， 分割が「ランダム」であれば種数分布は超幾何 (hypergeometric) 分布にしたがう (cf. Fisher's exact test)． しかし種ごとに集中といったかたよりがあると， これは負の超幾何 (negative hypergeometric) 分布となり， これはかたよりの intensity parameter c をもつ． c = 0 なら超幾何分布なんだけど， どーもちかごろの群集生態学では c > 0 な「部分」(ナゾ?) を non-random process とかゆーそうで ……
• で， あたえられたデータから c とかが推定できるかどうか …… 種数だのサンプリング努力だの， いろいろ変えてみてシミュレイションしてみると， そのあたり必ずしも簡単ではないそーで．
• 二人してあれこれしゃべってると， 問題は多少は整理されたよーな ……
• まー， 私だったら， そのあたり種数とかも所与のものとは考えない ベイズ統計モデルとか作って， c の事後分布とか推定しますけどねえ …… といったハナシなんかも， ちょっとばかり．
• 昼飯．
• ミズナラ道管モデル， 年輪幅もくみこむ拡張作業．
• どーにもこーにも暑いので， 今日は北大図書館に避難． 2F ラウンジ．

[改築工事で新装された図書館]

3F ラウンジのかんじもかなり変わった． ここでは北大の無線 LAN の電波はとどかない …… 2F にある (以前は 3F にあった) 入り口付近にいくと， eduroam の電波がひろえる．

• モデリング試行錯誤 …… どうもいまいちな結果だな? ちょっと全体をみなおし．

• まあ， だいたいこんなところか．

• 1800 研究室発．

[手稲山・日没]

日没時刻もずいぶんと早くなってきました …… 秋分の日まであと 3 週間ほど．

• 買いもの． 1830 帰宅． 晩飯の準備． しかし …… とらちゃんとかくとう & とらちゃんえくささいず， ひたすらつづく．
• 21 時ごろになって， よーやく晩飯． ぐったり．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず， 今日は 30 回以上も上下したり， その他あれこれ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.6 合． ひき肉ショウガ卵焼き．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ひき肉ショウガ卵焼き． トマト．
  • 晩 (2100): 米 0.6 合． ジャガイモ・ゴボウ・タマネギ・シイタケ・油揚げの味噌汁． サンマの塩焼き． トマト． コマツナのゴマあえ．

2012 年 09 月 04 日 (火)

• 3 時すぎから 2 時間ほど， はげしい雷雨 …… で， 睡眠妨害されてしまって， ねぼう． 0820 起床． 弁当の準備． 朝飯． 0840 自宅発． 晴． 今日も暑そう． 0900 研究室着． コーヒー．

[雨雲の分布]

落雷の絨毯爆撃， 札幌市ねらいうち． ひっきりなしの閃光と轟音． 消防車が走りまわっているみたいだ ……

• どーにもこーにも， アタマがぼーっとしている． 気温もすでに 30 度ちかいし．
• ミズナラ道管モデルの改造 & 試運転つづく …… どうもいまいちうまくいってない．
• 昼飯． 今日も真夏日になってしまった ……
• R2WBwrapper.R にいろいろ問題あると発覚 …… とりあえずの修理．
• job を kill しきれていなかったので， こんらんが …… ばてますなぁ．
• 計算に時間がかかるようになってしまった． 3600 秒をついやしてアヤしい結果をひとつ取得． うーむ ……
• 1700 研究室発． 1720 帰宅． 今日からしばらく， 義理のおねえさんが来てくださることに．
• とらちゃんえくささいず． 今晩はいつもにもまして， 予測不可能性が高いな． 晩飯．
• 帰宅してからも計算ごそごそ試行錯誤， すこしばかり．
• 体重 71.0 kg． とらちゃんえくささいずやせ ……
• 給料が減らされるそーで ……

• [今日の運動]
  • とらちゃんとかくとう
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米 0.7 合． 卵．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． イワシのショウガ煮の缶詰． トマト．
  • 晩 (2000): 晩ご飯つくってもらいました．

2012 年 09 月 05 日 (水)

• 0700 起床． 弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 晴． 今日は「脱」真夏日． 0840 研究室着．
• ミズナラ道管モデルをぢりぢりと改良 …… もうちょっとサンプリング間隔は長くとったほうがよいか? 計算時間はいまのところ 1800 秒ぐらい． library(parallel) を使って 3 chain 並列でやった場合．

• 報告メイルなどをかきつつ， いまさらながら wikipedia の 木材 の項目をながめてみたり．
• 昼飯．
• やや現実逃避的に， Stan の とりあえず紹介ペイジ を作ってみたり ……

• Stan のウワサあれこれ …… コンパイルするから速い， Hamiltonian モンテカルロ法ですばやくブロックサンプリング， BUGS みたいなコードでプログラミングっぽいことができる …… なんかすごい無敵なかんじですね． いよいよ， 「脱」WinBUGS なるか?
• てなかんぢで午後おわってしまった …… うーむ? 1740 研究室発． 1800 帰宅． とらちゃんとかくとう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんうんどう
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.6 合． キンピラゴボウ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． キンピラゴボウ． トマト．
  • 晩 (2000): 晩ごはんつくってもらいました．

2012 年 09 月 06 日 (木)

• 0720 起床． 弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 曇天． 0840 研究室着． 今日はかなり気温が低く， せんぷー機もいらないほど． よーやく夏が去ったのかね ……
• 次のぎょーむに備えて， libreoffice を 3.6 から 3.5 にもどす作業． ついでに /etc/apt 以下の整理整頓．
• 3.5 にもどした libreoffice で書いた数式 …… なんと， ゐんどーづ上の MS おひすでも編集可能か． こりゃ， すごいね． とゆーことで， 確認作業は終了．
• ミズナラ道管モデリングにもどる． まずは， むちゃくちゃにちらかってしまった作図プログラムの統合・整理整頓 ……
• 昼飯．
• 作図プログラムの修正つづく …… とりあえず， りすとらに成功．

• つぎに全個体に共通する効果についての作図 …… 意外な結果かな? そういうかんじになってしまった． たぶんだいじょうぶだと思うんだけど， モデル全体を点検しといたほうがよさそう．

• 皆さんから， とらちゃんおいわいを いただきました． ありがとうございます．
• とりあえず， 報告メイルかき．
• 北大の事務から「海大秘第 477 号」とかいうアヤしげな指令が投げこまれてきた． 趣旨がよくわからぬ内容．

• 「海大秘」とかいうと， どこかの海軍の秘密指令か何か …… という気もしないでもないが， じつはぜんぜん関係ない． 「海大」とは「北海道大学」のことで， 「北大」は東北大学にとられて (東北大は「東大」を東京大にとられた)， こういうおかしい呼称になっている (東京海洋大はどうなるんだろうという気もするけれど， たぶん「洋大」とかだろう)． 「海大秘」の「秘」とは， 北大のぐちゃぐちゃな事務体系の web page を検索するとわかるのだが， 別表第 2 にあるとーり， ただたんに「総務企画部人事課の所掌事務に係る文書」には ことごとく「秘」なる略号がつくというバカげたハナシ．
• 1740 研究室発． ちょっと札幌駅南東にある紀伊國屋書店をぷらぷら …… おお， 統計モデリング入門 の第 3 刷がたくさん陳列されている． 以前は第 1 刷がかなり仕入れられていたんだけど， まあなんとかハケたようで． 1820 帰宅．
• とらちゃんとダンス & かくとう．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米 0.7 合． 卵．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． イカ． トマト．
  • 晩 (2000): 晩ごはんを作ってもらいました．

2012 年 09 月 07 日 (金)

• 0730 起床． 弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． しかし真夏日はすでに去った． 0900 研究室着．
• 停電のため， 9/8 (土) 15:00 - 9/10 (月) 9:00 まで server が停止します …… ってことで． 停止期間， ながいな ……
• ミズナラ道管モデルのみなおし ……
• 昼飯．
• ミズナラ道管モデルの本日の報告かき．
• 報告かきをしているうちに， (係数) × (年) という「直線的な年トレンド」 を省略したモデルを使ったらよいのではないかと思いついた． これが，そういう「年トレンド」なのか「個体が大きくなった効果」 なのか区別がつきにくいので．
• この点について， 従来の年輪気候学の方法にはいろいろと疑問なところもあるのだけど， その考えの一部を借用しようかという方法を思いついた． つまり「個体ごとの時系列変化をあらわすぐねぐね曲線」 に， サイズ依存性 (樹木の直径が増大するにつれ成長速度も増加する効果) なんかを「押しこんで」しまえばよい …… とゆー発想ですな．
• とりあえず， 予備的にというか予防的に推定計算してみようか …… 計算時間 1500 秒弱． よけーなパラメーターが減ったおかげで， 計算時間が数割みじかくなった! で， 予想したとーり， 「全個体に共通する『年』の効果 (各年独立)」 に関しては， ほとんど変わりがなかった．

• 全観測期間の前半・後半で何か「差」があるかどうか …… たぶんないでしょうな． まあ， このあとは， 「特異な年」と気象データの対応づけといった方向に ススむのかもしれない．
• また鍋嶋さんとメイル相談．
• データを少しひねくる ……
• 1750 研究室発． 1810 帰宅． とらちゃんとダンス & かくとう．
• [今日の運動]
  • とらちゃんとダンス & かくとう． けっこううんどうになってます ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.6 合． ラタトウィユ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． イカ． トマト．
  • 晩 (1900): 晩ごはん作ってもらいました．

2012 年 09 月 08 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 怠業．
• しかし， すぐにとらちゃんにふりまわされる．
• 昼飯の準備． 昼飯． 本日の最高気温 29.7 度， ぎりぎりで真夏日回避． まあ， 夕方から急に涼しくなったけど．
• またとらちゃんとかくとう． ばくはつ物処理， とか．

[スリング]

これを使うと， だっこ中の「自由さ」が大幅に改善されるとわかった． 哺乳瓶 & カメラとか．

• 晩飯の準備． 晩飯．
• これは研究室のみなさんからいただいた積み木． 立派なものだな …… 使えるようになるのは， まだ先のことだろうけれど．

• 夜もとらちゃんと …… ちかごろは， 毎晩， ベランダで星をみている． 外気にふれると， なぜかしら眠くなるようで．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米 0.6 合． ダイコン・ニンジン・油揚げの味噌汁．
  • 昼 (1330): 米 0.7 合． ラタトウィユ．
  • 晩 (2030): 米 0.7 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・タマネギ・シイタケ・ホタテの味噌汁． ツボダイの照り焼き． キャベツのサラダ．

2012 年 09 月 09 日 (日)

• 0720 起床． 朝飯の準備． 朝飯．
• けっこう大雨で， 自宅前の「ミニ大通公園」で開催されるはずだった 「おさんぽ祭り」 がどうなるのか心配だな ……
• やはり一日家にいると， とらちゃんとかくとう & ダンス， ぐったり怠業， 買いものとか飯の準備とか， 飯 …… のくりかえしになる．
• 晩ごはんの最中に， ばくはつ物処理の緊急出動． 今日はばくはつ物処理の発生の予測不可能性が高い．
• Ikea の Kvot とかあると， 洗いものとかで便利かな ……?
• 北大停電は 18 時ごろに終了， 今日はもう情報基盤センター管理下の server は起動できないと アキらめていたんだけど …… 意外なことに， 夜おそくになって北大くらうどが再起動． 研究室 web server も 22 時ごろに再起動できました．

• とにかく北大図書館は， 北大の中でも「いろいろわかってる」「まともな」 運営をしている部局だなぁ ……
• 図書館の運営とは直接は関係ないけど， 下は今月初めから昨日までの HUSCAP あくせすらんきんぐ． 岩波本「統計モデリング入門」 の「もと」となった「講義のーと」 はここ二ヶ月ほどまんねん 2 位状態． 1 位のタイトルは DIC うんぬんとなっているけれど， ベイズ統計のモデル選択とは何の関係もありません．

• 明日は朝はやくから 統計関連学会大会 (in 北大) の会場設営みたいな下ばたらきに動員されることになっております．
• とゆーことで， 今晩のうちに web server を再起動できてよかった． 予定どーり明日にされてたら， 雑用にまぎれて起動がすごく遅くなったはず．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず …… 肩・背中の筋肉がひへーした
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.7 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・タマネギ・シイタケ・ホタテの味噌汁． ヒジキの煮物．
  • 昼 (1300): 米 0.7 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・タマネギ・シイタケ・ホタテの味噌汁． シシャモ．
  • 晩 (1930): 米 0.7 合． ネギ・豆腐の味噌汁． キャベツ・ピーマン・ブナシメジ・豚肉の炒めもの． ゴボウ・ニンジンのきんぴら． ジャガイモの上げ蒸し． ミニトマト．

2012 年 09 月 10 日 (月)

• 0620 起床． ねむい． 弁当の準備． 朝飯． 0650 自宅発． 曇天． 0710 研究室着．
• 今日から大学北端で開催される統計関連学会連合大会の 札幌大会 の会場へ …… 以下は私の不審な挙動の記録． 下から上に時間が流れている．

[講演要旨集とか]

ぶあついけど， 生態学会大会のそれとは異なり， 一人 1 ペイジというぜいたくなレイアウトなので．

• 午前中は A 会場で口頭発表 5 個きいた． 一人 20-25 分ぐらい． 実行委員のしごとは何も (明示的には) 指示されてないんだけど， 「実行委員だから」という理由で審査はもうしつけられているんだよね ……
• こんぺなので発表者は大学院生であり， このセッションは数理統計よりなハナシばかりだったんだけど， まあわかりやすく説明してくれている． カーネル回帰とか時系列とか， そういう系の内容ばかり．
• で， やっていることは， ぐねぐね曲線回帰とか変数選択みたいなことなんだけど (一人だけ確率論的最適化アルゴリズムみたいな内容で， 統計学とはほぼ無関係なハナシだったが)， ともかく「それが役にたつか」というより， 何か「理論的うらづけ」があって最良不偏なんちゃらとか漸近的に…… が満たされていることが証明されている， といった決めセリフが尊ばれているようだ． 曲線のぐねぐね具合の変化の推定なんてものは， 階層ベイズ + MCMC でチカラまかせにできないものかしらん， などと考えてみたりしたんだけど， 「数値解さえ得られれば何でもいい」 という世界ではないよーですな．
• それはそれで重要なわくぐみだと思うんだけど (私自身はぜったいにやらないだろうから)， 〇〇に役にたつという理由でこの研究やっていますといった 前口上は「とってつけた」感がありますなあ ……
• ともあれ， 学会ぎょーむがこれですべて終わったはずなので (おお!)， さっさと会場から脱走． しかし北部生協の書籍部で少しとらっぷされてしまった． 統計モデリング入門 は一冊だけかあ …… いや， たいして一冊おいてあるだけでも (しかも第 3 刷のやつだ!) ありがたいと思うべきなのかも．
• 研究室にもどって昼飯．
• 午後はいきなり 7F 院生部屋の無線 LAN 修理を命じられる． 昨日の停電がよくなかったのか? えーい， なぞ? いろいろと効率わるく試行錯誤してみる． ブリッヂ機能とはあまり関係なさそうな設定変更 (router 時には DHCP で) …… いろいろやってるうちに何とか修理できた． じつは ethernet ケイブルが問題だったとか? ぐったり ……
• ぐったりしてる間もなく， 外国人院生の PC 修理． レジストリがぶちこわれているだあ?
• あれこれなんとかして …… すでに夕方． 仕事すすめたいけど， どーにもこーにも．
• 1710 研究室発． 買いもの． 1740 帰宅． 晩飯の準備． いや晩飯だけでなく 晩飯．
• とらちゃん出現一ヶ月経過， おかげさまで無事に成長中． 今日はとらちゃんえくささいずが少なかったな …… などと油断していたら， 翌未明にもうれつなるかくとうが ……
• [今日の運動]
  • 背筋が痛くなったので湿布をはってみました ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.6 合． ネギ・豆腐の味噌汁． ゴボウ・ニンジンのきんぴら．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ゴボウ・ニンジンのきんぴら． ジャガイモ． トマト．
  • 晩 (2040): 米 0.5 合． キャベツ・ニンジン・ブロッコリー・鶏肉のスープ． サバの塩焼き． モヤシのポン酢あえ．