ぎょーむ日誌 2010-03-(21-31)

2010 年 03 月 21 日 (日)

• 0820 起床． よく寝てしまった． ばててるのか? 暴風． 建物がちょっと揺れる． 春一番 というわけでもなさそう． そもそも北海道には春一番が無い? 朝飯． コーヒー． 怠業．
• あらら， いつのまにか正午すぎてしまった． 1230 自宅発北大構内走． 1305 帰宅． 体重 73.0 kg．
• 昼飯． 1410 自宅発． 暴風雪． よりによってこういう日に自宅の小本棚一個を研究室に輸送しようと もくろんでしまったので …… 強風に翻弄されながらよたよた歩きました． 1425 研究室着．
• 生態学会ぼけなのか， あるいは冬季というデータ解析こんさる繁忙期 (夏季はみなさん野外調査にでかける， といった理由その他で相談メイル数は少なくなる) が終わりつつある脱力なのか， ぎょーむススまず． よーやく春分ですなぁ ……
• それでもまだつきないこんさるメイル， とりあえず一件だけ返信かいてみる．
• メイルかきにばてたので， 研究室雑用 wiki を A 棟帰還後の状況にあわせて改訂する， という作業に着手してみる． まあ， 実験室内部関連とかはまだまだだけど， ひととーりは整理できた．

• 1930 研究室発． 風・雪はややおさまったような …… 札幌駅周辺の書店をふらふら． 2030 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• コートのボタンが外れかけているので， 裁縫仕事．
• 真夜中に雷鳴．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 35 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): シリアル． ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1240): 米麦 0.8 合． ニンジン・シイタケ・高野豆腐・鶏肉の煮物．
  • 晩 (2130): スパゲッティー， 豆板醤つかったペペロンチーニふう． ネギ・卵のスープ．

2010 年 03 月 22 日 (月)

• 0730 起床． 晴． しかしまたちょっと積雪したな …… 朝飯． コーヒー． 洗濯． ちょっと怠業．
• 0915 自宅発北大構内走． ちょっと晴れてるかなー， と走り出したら， いきなり粉雪うずまく強寒風． 寒い． うーむラジオの天気予報で言ってた「真冬なみの寒気」 とはこのことか …… と思いながら， 今日もてけてけと走って 0945 帰宅．
• 1020 自宅発． 風雪いよいよキビしく． ちょっと札幌駅によってみる． 1050 研究室着．

[札幌，風雪]

A 棟 8F から見た光景． まさに真冬なみ． 午後からは晴れましたけど．

• 昼飯．
• 今日もぽちぽちとデータ解析こんさるメイルかき．
• 先日ちょっと検討した R の glm() の factor な説明変数の挙動． そのとりあえずのまとめ． どうもこの <pre> な引用はちょっと読みにくいので， そのうち「生態学のデータ解析」 にでも移動したいねえ．

GLM の factor な説明変数について少し調べてみました．

とりあえず glm() の family = gaussian の場合だけ調べてみましたが，やは
り水準の順番のつけかたを変えても，説明変数を WinBUGS モデリングでよくや
るように {0, 1} にしても特に結果が (推定値のばらつきも含めて) 変わるわ
けではない，とわかりました．

以下は，そのあたりを例示してみたものです．

----
説明変数が factor であるときの R の glm() の推定値とそのばらつきについ
て調べるために，とりあえず (一番簡単な) glm(..., family = gaussian)に対
応した例題データを生成してみます．データの性質としては下記のものです．

・glm(y ~ x) に対応したモデル (y のばらつきは正規分布)
・y の SD は 0.5
・x のクラスは factor で 3 水準 (A, B, C)
・水準ごとの真の値は A = 1, B = 2, C = 3
・水準ごとのサンプル数は A = 100, B = 100, C = 50

このような条件をみたすように rnorm() で生成した架空データ例を図示すると
このようになります．

以下では，このデータを使って

1. 切片なしモデル (どうもこれが基本のように思えたので)
2. ふつうに glm(y ~ x)
3. x の水準をいれかえて，glm(y ~ x)

の三つの結果をを比べてみます．比較して確認できたことは「1, 2, 3 どれも
同じ結果になっている，ただし一見するとそう見えない」ということで，よう
するに factor の水準によって何か結果が変わるとかそういう話ではない，と
いうことです．

まず最初に切片なしモデルで水準ごとの推定値を得ました．
データは d という名前の data.frame に入っているとします．

[結果 1]
glm(formula = y ~ x - 1, data = d)
Coefficients:
   Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
xA   0.9543     0.0495    19.3   <2e-16
xB   2.0388     0.0495    41.2   <2e-16
xC   3.1617     0.0700    45.2   <2e-16

結果 1 の Std. Error (推定値のばらつき) について着目すると，推定値の
Std. Error がサンプル数に依存していることがわかります (A, B はサンプル
数 100, C は 50)． C の Std. Error は A, B の sqrt(2) 倍になっています
ね．

次はふつうに glm(y ~ x, ...) やってみました．データ生成時にとくに指定し
なかったので，R はアルファベット順にA, B, C と水準に順番をつけ，A を
「基準」として B, C のずれを推定します．

[結果 2]
glm(formula = y ~ x, data = d)
Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept)   0.9543     0.0495    19.3   <2e-16
xB            1.0845     0.0700    15.5   <2e-16
xC            2.2074     0.0857    25.8   <2e-16

さて，まず結果 2 の Estimate (推定値) に関しては

・(Intercept) は結果 1 の xA と同じ (A が基準だから)
・結果 2 の xB と xC はそれぞれ結果 1 の xB - xA, xC - xA になっている

と簡単です．

それでは Std. Error はどうなっているでしょうか．

・(Intercept) は結果 1 の xA の Std. Error と同じ

というのは良いでしょう．それでは，いま仮に (Std. Error)^2 を分散と呼ぶ
ことにすると，

・xB, xC の分散は，それぞれ結果 1 における xA と xB, xC 分散の和
  になっている

と言えます．xB を例にこれを説明してみましょう．結果 2 における xB は
0.0700 ですが，この値は結果 1 における xA と xB の分散の和の平方根つま
り sqrt(0.0495^2 + 0.0495^2) と一致します (理論的には本当に一致するはず
なのですが，数値計算における誤差で完全に一致しないこともあるようです)．

結果 2 における xC，つまり結果 1 でいうと xA と xC の差についても同様で
す．

以上の計算は確率変数の平均・分散に関する計算から導出されます．
いま x1 と x2 が確率変数だとすると，

Mean(x1 + x2) = Mean(x1) + Mean(x2)
Var(x1 + x2) = Var(x1) + Var(x2)

という確率変数の和に関する公式はよく掲載されていますが，差に関しても同
様で，
  
Mean(x1 - x2) = Mean(x1) - Mean(x2)
Var(x1 - x2) = Var(x1) + Var(x2)

となります．Var に関しては和だろうが差だろうが足し算になるわけですね．

ついでに，factor の水準の順番を変えても結果が変わらないことも確認してお
きましょう．

d の x の水準の順番をいれかえた d2 なる data.frame を作り，

d2 <- d
d2$x <- factor(d2$x, levels = c("C", "A", "B"))

これを glm() で推定すると，以下のようになります．

[結果 3]
glm(formula = y ~ x, data = d2)
Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept)   3.1617     0.0700    45.2   <2e-16
xA           -2.2074     0.0857   -25.8   <2e-16
xB           -1.1229     0.0857   -13.1   <2e-16

ここに見られる Estimate や Std. Error も結果 2 の場合と同様に算出できま
す．

いずれにせよ，結果 1-3 は同じことを言ってるのであり，相互変換可能です
(数値計算の誤差があるので厳密には一致しませんが)．たとえば結果 3 から結
果 1 を算出するには，

・Estimate に関しては引き算すればよい
・Std. Error に関しては，たとえば結果 1 の xA を計算するため
  には sqrt(0.0857^2 - 0.0700^2) とすれば結果 1 の xA の Std.
  Error に近い値である 0.04944 が得られる

となります．

glm() の他の family で同じようになっているかどうかはまだ確認していませ
んが，少なくとも近似的には同じような関係が成立しているだろうと思います．

----

……といったかんじで，かなり単純なものでした．ベイズモデルの場合は事前
分布の設定に依存しますが，無情報事前分布の場合は上記のような関係が成立
しているでしょう．

• 1830 研究室発． 1840 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 30 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1130): 札幌駅のパン屋で買ったサンドイッチなど．
  • 晩 (1900): カレー．

2010 年 03 月 23 日 (火)

• 0800 起床． ねむい． もうちょっと早寝早起きしたい． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 今日も雪． 0900 研究室着．
• 今日も自宅の小本棚 (三段ボックス) を研究室に運んでみた．

[本・紙ファイルの整理]

今日もってきたやつは， このように横置きにして紙ファイル (封筒) いれにしてみた． 中央の高い本棚 (白) は天井側から耐震つっかい棒で抑えている． 不安定そうな三段ボックスは C クランプで固定． 一番右のキャビネットとその上のダンボール箱は私のものではなく， 志水さんの地衣類標本の箱と， (本来は) それを格納すべきキャビネット．

• ひっこし後の部屋の片づけ， まだ完了とはいえないけれど紙たばのたぐいはとりあえず収納できた．
• 先週の生態学会大会の自由集会 「X の誤差」も統計モデル化 に粕谷さん投影資料へのリンクを追加．

• …… などとうだうだしてたら， 時間はすでに 1130． いかんいかん．
• ひさしぶりに， ちょっと現状把握にツトめてみよう …… やるべきことをひととーり列挙してみると ……
  • 岩波本かき: 今年に入ってからほとんど進捗してない． やはり冬季はしたうけ系のあれこれがどんどんくるので， 私にとってはキビしい季節だった， とゆーことで
  • キナバル樹木葉特性のモデリング: これは一ヶ月ほど放置されているしたうけぎょーむ
  • 放置されてる下うけぎょーむ: 現時点では佐藤さん・紺野さんの帯広開花モデリングだけか?
  • 査読ぎょーむ: ひとつ
  • 予稿かきぎょーむ: ひとつ
  • 放置されてる論文 (1) アリ: これはさっさと再投稿すべきものなのだけど， ぢつに昨年の 8 月以来放置されたまま
  • 放置されてる論文 (2) ウミガメ: 昨年の生態学会大会でポスター発表したんだけど， これはとうとう一年間の長きにわたって論文かきに着手できなかった
  • 放置されてる論文 (3) 熱帯イノシシ: これも昨年 8 月以来の放置， じつは空間統計モデルの再計算が必要なのではないかと疑っている ……
  • 研究室ネット雑用 (1) 調査用具管理の「脱」ゑくせる化， オンライン化
  • 研究室ネット雑用 (2) メイリングリストの整理， jseminar-ml の自由登録制など
  • 研究室ネット雑用 (3) 考えてみればメイリングリストだけでなく， セミナー要旨ペイジとか， 新年度対策のネット雑用はいろいろある
  • 研究室ネット雑用 (4) 野外調査日程管理と Google Calendar を連動させたい …… 現状のものはなかなか見づらく， たとえば調査地から大学院生が帰ってこない事例の把握が難しい (ただしこの問題解決に関しては「未帰還リスト」自動生成， といった直接的な方策のほうが有効かも)
• 放置ぎょーむ一覧を作ってみたら， なんだか仕事をしたきぶんになったので， 昼飯にでてみる． 雪． この時期・この時刻 (すでに 13 時すぎ) なら空いているだろう， との期待もムナしくなぜか中央食堂は満員．

[北大生協コップパン]

そこで昼飯調達のため， 中央食堂入り口にある大学ベイカリー コップパン に入ってみる． いろいろなパンを売っているんだが …… サンドイッチがないのがちょっと残念 (ここの 2F の購買には売っているんだが)． ドリップコーヒー (100 円) とかも売ってる．

• 研究室にもどって昼飯． 総務から 2010 年度の予定なるゑくせるファイルが送りつけられてきたので， Google Calendar 化した研究室の予定表にちこちこと入力してみる． 入力してみて初めて知ったのだけど， 北大の大学院では「学位申請書類提出〆切」「学位授与式」 それぞれに一年間に 4 回もあるんだね (授与式は 6, 9, 12, 3 月) ……

• 院生部屋プリンター問題． A710 の CANON LBP-5400， 印刷しようとするとどう設定してもトレイからの印刷になるトラブル． 設定を変更して，カセットの用紙の種類を 「普通紙H」→「普通紙」に変更したら，カセットからの給紙でうまく印刷できるようになった．
• 窓の外， 真冬のような降雪． また積雪?

[ベイズ本いろいろとどく]

Bayesian Inference: with ecological applications (右) と Hierarchical Modeling and Inference in Ecology (中央)． 左のペンギン本は以前からもっている生態学混合モデル本 Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R． いろいろと勉強になりそう．

• 1830 研究室発． 買いもの． 1850 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1330): 研究室． コップパンのクロワッサンとか．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ネギ・シュンギク・シイタケ・カキの鍋．

2010 年 03 月 24 日 (水)

• 0730 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• 昨日とどいたベイズ本などぱらぱらと見てみる．
• 10 時から 7F 実験室かたづけの手伝い．

[A708 実験室]

ダンボール箱から大量のビーカー・フラスコその他あれこれを 取り出して配置する作業なのだが …… ガラス器具の梱包材が大量にあるので， 私はもっぱらそのゴミ集めに専念していた． りある garbage collector．

• 昼飯．
• 今日の夕方の 研究院のセミナー に出てみようかなあ， とゆーことで予習のシロアリ論文よみ．

  Vargo, E. L. and C. Husseneder. 2009. The biology of subterranean termites: Insights from molecular studies on Reticulitermes and Coptotermes. Annual Review of Entomology 54: 379-403. (ここ からダウンロード可能)

• この review すごくおもしろいんだけど …… いつものごとく論文よむのが遅いので， 20 ペイジよむのに 4 時間ぐらいかかってしまった． うう．
• しかし結果的には， この予習なしではシロアリとーく (内容的には上記 review とかなり重なっていた) はまったく理解できなかったところだ …… 地中性シロアリの不思議な生活史， 複雑なカースト， 多様な breeding structure …… などなど．
• で， どーにかこーにかひととーり読んで， 16 時からの Ed Vargo さんの セミナー． 彼らの研究室ではおもに Reticulitermes と Coptotermes という二つの属 (これらな higher-lower termites をつなぐ transitional なシロアリ， シロアリ進化の理解に重要とのこと) の野外集団の構造を分子的な手法でもって調べている．
• これらの breeding structure は複雑であり， simple family (巣創設の 1 Queen + 1 King) ・extended family (第二世代以降の neotenics による inbreeding) ・mixed family (巣の融合) といった形態が考えられるが， North Carolina 付近で調べてみたら (彼らの予想に反して) simple family が多く巣内の遺伝的多様性は維持されていた．
• しかしながら， この breeding structure 組成には緯度的な勾配がある可能性が指摘されていて， 北米東岸・欧州西部のどちらにおいても分布の北限 (北米東岸だとマサチューセッツあたり) で mixed family が多くなるようだ． Ed Vargo はこのパターンが biotic interactions hypothesis (他種とくに病原菌との相互作用の強さが遺伝的多様性に影響する) で生成されうると考えている．
• またいくつかのシロアリは外来侵入種であり， 北米東岸からフランスに侵入した R. flavipes では (シロアリではなくアリの侵入種でみられるように) 巨大コロニー群の形成 (しかも mixed family ばかり) という特徴がみられた．
• ふーむ， それって分布北限のマサチューセッツとフランス侵入種は 同じような breeding structure になってるわけで， 何か共通のメカニズムがあるんじゃない …… と質問してみたら， まあやはりというか「天敵 (病気) ふりー」 な環境が mixed family (これは colony 成長速度が高いと期待される) に有利なんぢゃない， といったことを考えておられるそーで． まあ， シロアリだけでなくアリも同様なのかな?
• 1740 ごろセミナー終了． 今日は午後はずっと論文よみ・セミナー参加で， シロアリシロアリな時間をすごしてしまった． シロアリばてを感じたので， 1810 研究室発． 雪はやんでる． 買いもの． 1840 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米麦 0.8 合． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． コマツナ・タマネギ・ニンジン・ショウガ・ニンニク・シイタケ・豚肉の炒めもの． ネギ・タチの味噌汁．

2010 年 03 月 25 日 (木)

• 0750 起床． うー， 生活周期がちょっとずれぎみ． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 0910 研究室着．
• 作業すべきこといろいろあるのだが …… なぜか バグトラッキング システムの調査にのめりこんでしまった．
• まーた現実逃避を …… と思われるかもしれないけど， ぢつはこういうシステムの導入によって，
  • 岩波本の作業管理
  • 院生の野外調査旅程管理
  • ものおき部屋の物品管理
  なんかがまとめてうまくいくのでは …… とゆー夢想にとりつかれてしまったため．
• ちょっと調べるとバグ管理というよりプロジェクト管理みたいな おおげさなやつがぞろぞろ出てくるわけだが …… まあ， そんなに高機能なやつはいらない． FlexBTS なんかもお手軽そうだけど， 無難に 影舞 とか調べてみようかしらん …… これは少なくとも個人のあれこれ管理には使えるかも．
• しかしながら， どうもソフトウェア開発のバグトラッキングやプロジェクト管理の システムを院生の調査旅程管理に使うのは少々むりやりな気がしてきた． phpgroupware とかのほうがいいのかな? ちょっと大げさな気がするんだが．
• 昼飯．
• ちょっと影舞を試験運転してみた． カスタマイズはわりと簡単． 入力項目の編集は web 上から， 表示画面の変更は (乱暴ながら) resource/ja/template/_default/*.rhtml (default_template_dir) ファイルを変更すればよさそう． 下の表示は「状態」を「未解決・解決・却下」の 3 状態に変更し， topics.rhtml を少し変えてみたもの．

• 蛇足ながら上の「概要」は試験運転用にてきとーに入力したものであり， 実際には「第 2 章に対数尤度関数と推定値の SE の関係を追記」 といった項目が並ぶことになる， のですよ．
• ふーむ， 調査用具の物品管理ぐらいまでなら， これでいけそうかな? 調査旅程管理は， 「いつ帰ったか」 が一番重要なので， もっと別のシステムが必要になりそう．
• データ解析こんさるメイルかき． 階層ベイズモデルを使うと， 従来の解析に比べて「種差がでにくい」 あるいは「種差 A と種差 B の相関が見つかりにくい」 かどうか (階層ベイズモデルは樹種間の共通性を階層的な事前分布で表現しているため)， といった問題について．

まあ，問題はデータの不確定性みたいなのをどうあつかうか，という問題だと
思います．階層ベイズモデルは直接的な原因ではないでしょう．

なぜかというと，ここで問題にしているのは種差パラメーターbs と別の樹種差
X との相関であるからです．このような比較で重要なのは bs に関する樹種間
の順位です．階層的な事前分布を導入することで，樹種差 bs の値は全種共通
側に移動しますが，樹種間で順番がいれかわるわけではありません．したがっ
て，階層ベイズモデルによって樹種間の類似性を仮定していること自体は問題
ではありません．

では，従来型の解析と同様の結果になるかというと，そうならない場合があり
ます．従来型の解析では，

  1. bs は樹種間で完全独立して推定
  2. bs の推定値だけを次の解析に使い，その SE (推定の不確実さ) は無視

などといったパラメーター推定をするわけですが， 1. に関しては上述のよう
にどうでもよいのですが (ただし樹種ごとにサンプル数が異なる場合は致命的
になりうる)，2 のほうが相関解析に影響を与える可能性があります．

今回やっている bs と他の特性との相関解析では，bs の推定の不確実さ(bs の
事後分布の「幅」) が影響をあたえています．これは相関係数のばらつきをも
たらします．つまり，ゼロをまたぐ可能性が高くなります．くりかえしになり
ますが，これは階層的な事前分布だろうが，あるいはベイズかつ各樹種完全独
立を仮定するモデルでもまったく同じことです．

この bs の推定の不確実さは何によってもたらされるかというと，それはおも
に種内の個体差と測定の不確実さによると考えればよいでしょう．しかしなが
ら，従来の解析ではある段階での推定で得られた推定値 bs のみ使用し，その
後の解析ではこういった個体差・測定の不確実さに由来する推定値 bs の不確
かさは無視されていました  (今回の解析の樹種差 X は同じようにあつかわれ
ていますが)．

つまり従来の森林群集の樹種差に関する解析ではこの部分のばらつきを無視し
ているために，たとえば「相関係数の検定」などにおいて「有意差あり (帰無
仮説を棄却)」という結果がでやすくなるような検定が人為的に構成されていた
可能性が高いと思います．

• どーにもこーにも mew 使ってる emacs 内での (私は Vim 使いのくせに，メイルクライアントだけは emacs 依存) かな漢字変換が みょーに「重い」なぁ …… と調べてみて， こちら を参考にして， $HOME/.emacs で anthy.el を読むあたりを

  (load-library "anthy")
  (if (>= emacs-major-version 22)
    (setq anthy-accept-timeout 1))
  

  を追記してみたら， たしかに「軽く」なった!
• そういえば， Ubuntu 9.04 も全体に「重い」なぁ， と思ったので， こちら を参考にさせていただいて， sudo apt-get autoremove tracker などやってみた． Dropbox なんかも使わないときは dropbox stop してみようか．
• あと， 呪われ SCIM が下のよーにむやみと scim-helper-launcher を起動するのにも閉口している． ときどき killall -KILL scim-helper-launcher するんだけど ……

  26055 ?        Ssl    0:00 /usr/lib/gnome-settings-daemon/gnome-settings-daemon
  26277 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26281 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26283 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26286 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26289 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26291 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26293 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26295 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26300 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  

  どうもこれは firefox で入力フォームをふくむ web page を開くたびに scim-helper-launcher が追加されるよーな ……
• Galeon だと scim-helper-launcher がむちゃくちゃに増えたりはしない． いや， firefox でも常に増えるわけではないな …… 現象に再現性がない． しかしときどき scim-helper-launcher が増殖するのはたしかだ．
• また研究室雑用 Wiki の更新に時間とられる．
• といったかんぢで本日もオワってしまった． 不調だ． 1830 研究室発． 雪かみぞれか …… 買いもの． 1850 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． コマツナ・タマネギ・ニンジン・ショウガ・ニンニク・シイタケ・豚肉の炒めもの．
  • 昼 (1230): 自宅からもってきた米麦 0.8 合． 春雨スープ． リンゴ．
  • 晩 (2030): スパゲッティー．

2010 年 03 月 26 日 (金)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． ちょっと積雪したよーで． 0910 研究室着．
• 10 時から 1.5 時間ほど北大・環境 GCOE の沢田石さん・尾高さんから取材をうける． GCOE の 環境教育研究交流推進室 のプロジェクトのひとつ 「カジュアル・データベースプロジェクト」 の材料のひとつ (名寄の 柴田さん のものなどが暫定公開されている)． ということで． ふだんあまり話さないような， なんでこういうことをそもそもやっているのか， といったハナシなんかをしてみました． お二人ともインタヴューの場数をふんでおられるようで， (そういうのに慣れてない私でも) 楽しくお話できました．
• 昼飯．
• Matt の熱帯林論文原稿よみ (2006 年に reject されて放置されていたもの) …… うーむ， 昔は乱暴な解析をやってたものだ．
• で， 3 時間ほど Matt (マレイシアに行く途中になぜか日本に来てる) ・甲山さんと三者面談 …… うーむ， ねったいりんわーるど ……
• 終了． 宿題がひとつ増えてしまった． ぐったり．
• 主観的には本日は朝からずっとしゃべりつづけてるかんぢ …… 客観的にはそうではないのだが． で， 私の場合， ある時間以上しゃべるとアタマの中がまっしろ， からっぽになってしまうようなかんぢになってしまって， ですね ……
• へろへろと 1840 研究室発． 買いもの． 1910 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 食パン． キャベツ・ニンジン・ブロッコリー・ブナシメジ・鶏肉のスープ．
  • 昼 (1230): 8F お茶区画． 食パン． キャベツ・ニンジン・ブロッコリー・ブナシメジ・鶏肉のスープ．
  • 晩 (2020): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・豚肉の味噌汁． ダイコン・ミズナのポン酢あえ． タマネギ・エノキダケ・サバのホイル焼き．

2010 年 03 月 27 日 (土)

• 0800 起床． よく寝た． 朝飯． 怠業．
• おっと怠業ばかりで午前中がオワってしまう， と 1135 自宅発北大構内走． 3 月末だというのに本日の最高気温は -1°C の真冬日 …… 寒い! しかも走ってる最中に粉雪ぱらぱら． 1205 帰宅． 体重 74.2 kg …… うーむ， 増えてる． まあ， これも例年のごとく， うんどう再開直後にありがちな， 一時的な筋肉肥大 (筋肉の質の悪さを量でおぎなう?) だと思いたいのだが ……
• 環状通ぞいの モリモト まで昼飯のパンを調達にいく． ついでに， アオバト珈琲豆店 にたちよって， コーヒー豆も調達． で， そこから帰宅途中に不思議なものを見てしまった ……

[グロビュールが崩壊してる?!]

どくとくなスープカレーで有名な Globule がこんなかんじで営業停止状態になっていた． あとから自宅で調べてみたら …… すでに http://www.globule.jp/ には何も情報がなかったけど， Google の cache には情報が残っていた (その画像化)． なんで昨年 12 月に火事になってしまって， それ以来店をしめている状態のようだ． 残念なことですね ……

• 昼飯． コーヒー．
• 1350 自宅発． 雪． 真冬みたいだ． 1400 研究室着．

[雪の札幌市]

A 棟 8F からみた南面． 夕方には視界ゼロメートルの猛吹雪となる． 気温もどんどん低下．

• うーむ， しごとがすすまん ……
• うーむ， 今回の冬季繁忙期脱出ぐったり感はすごい， ということなのか …… 1820 研究室発． 雪は少しおさまっている． 1830 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 夜はまた積雪しそうな雪．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 30 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ナガイモ．
  • 昼 (1300): モリモトのサンドイッチなど．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． ホッケ． ダイコン・ニンジン・ネギ・豚肉の味噌汁．

2010 年 03 月 28 日 (日)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 天気は晴． しかしまた積雪したので北大構内走に出る気になれづ …… 怠業．
• JR 札幌駅ビルの映画館シネマフロンティアで シャーロック・ホームズ を見た． はりうっどアクションなホームズ． ホームズはそもそも バリツ とか修得したりしてるヒトだったりするので， 格闘映画でもいいんじゃないでしょうか． だいたい， 話のスジは原作シリーズにはないもので (そもそも Lord Blackwood なる人物もこの映画用に作られた) …… まあ， シャーロキアンでもない私としては， そのあたりどうでもいい． こういう大規模なはりうっど映画で好きなところがあるとすれば， 調査研究おたくみたいなスタッフ (場合によっては監督自身) がこれでもかこれでもかと背景構築にチカラいれているあたりで …… 今回の 19 世紀末ロンドン周辺再現の試みもなかなか楽しめました． しかも， 食肉処理場とかワルもの最終兵器なんかが ちょっと無駄にオーヴァーテクノロジーといいますか， スティームパンク っぽい演出になっているあたりもいいですねえ． 造船所も好きな場面で (Chatam dockyard という第二次英蘭戦争時に襲撃された歴史ある工廠周辺もこの映画の撮影地の一部なのだが ……)， ここで身長 2.1 m の巨漢が大暴れする場面でとつぜん英語字幕がでる …… これはホームズと巨漢がフランス語で会話を始めたため， とあとで調べてわかった． 巨漢役を演じるプロレスラー Robert Maillet が New Brunswick 出身のアケイディアン (日本語 Wikipedia のほうが詳しい!) であるため? しかし， ホームズは語学堪能という設定ってあったっけ? 真剣なるハエ & バイオリン実験や， 化学実験の痕跡観察にもとづくアブダクションはそれっぽくて良い．
• で， 本日は完全怠業日になってしまって， このあたりのことを調べてオワってしまった ……
• [今日の運動]
  • 積雪うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯．
  • 昼 (1330): スパゲッティー．
  • 晩 (2000): スパゲッティー．

2010 年 03 月 29 日 (月)

• 0740 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． ちょっと部屋のかたづけ． 0900 自宅発． 曇． 0910 研究室着．
• えーい， あれもやらねばこれもやらねば …… と少しばかりうろうろうろしたあげくに ……
• いきなり無理やり岩波本作業を再開してみる …… ぬをー， この静止摩擦力のすさまじさよ …… うごけうごけ ……
• などと苦闘してるあいだにも， こまかい研究室ねっと雑用などはわりこんでくる．
• 深谷君からのご案内:

  北大環境科学院野田研究室の深谷です。
  データ解析本の輪読会がありますのでお知らせ致します。
  
  周辺で興味のある方がおりましたら転送していただけるとうれしいです。
  
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  輪読本と範囲：
  Link and Barker (2009) Bayesian Inference: with ecological
  applications. Academic Press.
  のPart1とPart2(http://www.amazon.com/dp/0123748542/)
  
  日時：
  5月28, 29日
  
  場所：
  環境科学院A809講義室
  
  上記本の内容のPart 1-2をまとめて一回と、Part 3を一回（それぞれ約150ページ）の二回に分けてやります。
  （第二回は11月か12月にやる予定です）
  
  4月中に参加者の中から発表担当者（人数によるが、一人一章ないし半分）を決めたいと思いますので、
  参加を希望される方は深谷(kfukaya@|||||ees.hokudai.ac.jp) までご連絡お願いします。
  

  なお， この Bayesian Inference with Ecological Applications は Google Books でかなり内容を確認できる．
• 今日の岩波本作業 …… けっきょく 1 ペイジぶんぐらいしか書けなかったのだが …… まあ， 何も進捗しない日々はこれにて終了， とゆーことで． 1840 研究室発． 買いもの． 1900 帰宅．

• [今日の運動]
  • うんどう休養日はつづいてしまった …… この時期の積雪は意外と早くとけてしまうようなので， 明日あたりからまた走りますかね
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 食パン． ネギ・卵・鶏肉の炒めもの．
  • 昼 (1200): 研究室． 食パン． ネギ・卵・鶏肉の炒めもの．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． ニラ・卵のスープ． 鶏レバの煮もの． ダイコン・ニンジン・キュウリのポン酢あえ．

2010 年 03 月 30 日 (火)

• 0800 起床． ねむい． 生活周期をもう少し修正したい． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0910 研究室着．
• ちょっとまた研究室ネット雑用． メンバー一覧 の更新などなど．
• 1003 地震． A 棟 8F で震度 3 弱ぐらいだから， 札幌市は震度 2 ぐらいだろう …… お， このへんで地震というと， いつも震源は道東・太平洋側なんだけど， 今回は 道南・日本海側 でしたか．
• どうしてもこの時期は新年度雑用が …… お， 北大ネットの iiC-ID がよーやく メイルで申請可能 になったか． えーと， 学生番号が必要， と．
• 昼飯．
• 午後もどうもあれこれやっているうちに， 時間を失ってしまったような ……
• 大原さん から ご著書 をいただきました．

[植物の生活史と繁殖生態学]

生命の起源から群集構造にいたるまで， いろいろなことが網羅されている教科書． もちろん中心となるのは， 題のとおり， エンレイソウの生活史戦略の解析やスズランの繁殖生態学， などなど． 大原さん個人のこれまでの研究史にもなっていて， こうした研究の中での人とのつながりを大事にされている様子が 章末の coffee break ボックスに記されていたり．

• ちかごろ生態学会大会企画委員会まわりのメイルが行ったり来たりしていて， ですね …… どうも発信者たちのハナシがカミあってないと思えたので， 沈黙しているんだけど， 私が担当しなければならぬ口頭発表分野に関しては， 「発表分野」数を統合によって減少させる， といった方向になりそう．
• そーなった場合の面倒は …… 前回だと 昨年 11 月ごろ に苦闘していた発表ユニットわけ (各会場・時間での分野わけ) という作業がしんどくなりそうだ． たとえば「群集」という分野で募集してたのに， 会場・時間わくの関係で「植物群集」「動物群集」と分断しないといけない， といった事態におちいる可能性がある． キレイに・都合よく分割できればとくに問題ではないのだが， そんなにうまくいかないだろう．
• ちょっと解決策を考えてみたんだけど …… そうだなー， 口頭発表もうしこみしたヒトに， 自分の発表分野わくを選択させる (ここまでは従来と同じ)， しかしながら， 発表分野ごとにこちらが定めた定員わくがあって， それ以上は申しこめないようにする， ってのはどうかな? そうすると， 「群集」というわくが定員に達してしまったら， そのあとに申しこむヒトたちは自動的に「じゃ，べつの分野にするか」 となってくれそうな気が．
• こうすれば， 発表編成部が担当する 「分野わけて会場・時間わくにおしこむ」 「ある時間わくの中で発表を並びかえる」 といった二大ぎょーむのうち， 前者をやらなくてすむようになる．
• さらに， 発表もうしこむヒトに「時間わく」 まで選択してもらえるようにすれば (このときには， すでにわく指定したヒトの発表題名を見えるようにする)， つまりあたかも航空機搭乗者が自分の座席を選ぶようにしてくれれば， 上記の二大ぎょーむの後者もやらなくてすむようになる．
• とにかくめんどくさい作業をやるのはイヤなので， こういう省力化の方向で検討してみよう． めんどくさい方向にもどしたいのであれば， 私の後任担当者がやればいい．
• 以上， 生態学会口頭発表の 分野統合によって生じる新たなるめんどう発生を予見したので， これを機会に従来のものも含めて， まとめてめんどうを抹殺してしまおう， とゆープランでした． 大会企画委員会で問題になるとしたら， 定員の設定とかだろな． 分野わけをゆるくするんだから， 定員設定しても問題ないと思うのだが．
• 事務の総務係から通達． まだ寒くて春っぽくない北大周辺ですが， 挙動不審なヒトなんかはうろうろしてるみたいでーす …… とのこと．

北大の学生，教職員の皆さんへ 
 
不審者情報（３月３０日） 
 
本学構内で不審者に関する通報がありましたので，注意して下さい。 
 
* 1．        通報の概要 

(1) 不審者が出没した日時・場所・状況 
日時：平成２２年３月２９日（月）２３：４８ 
場所：恵迪寮北側遊歩道（環状通エルムトンネルの地上部） 
状況：女子学生が帰宅途中に，後ろから来た男に右手で口をふさがれた。
      女子学生が大声をあげると男は北方面に逃げた。 

(2) 不審者の特徴 
　　・男性 
　　・年齢：不詳 
　　・身長：１７０--１８０cm 
　　・その他：ベージュのフード付きのパーカーを着ていた。　
 
* ２．注意事項 

(1)　夜道の一人歩きや街灯のない暗がり等の通行は極力避けるよう心がけて下さい。 
特に，女性一人の夜間の人通りの少ない道の通行は避けて下さい。 

(2)　不審者を見かけたら，直ちに１１０番通報して下さい。 
なお，１１０番通報の際は，安全確保を最優先にして可能な限り捜査に協力願います。 
 
2010.3.30　北大総務部総務課 
 
March 30, 2010 
General Affairs Division, Hokkaido University 
 
SAFETY ALERT  
A suspicious person hanging around on campus has been reported. Please be
careful when alone, especially in the darkness both on and off campus. 
 
1. Details 
Witness Time & Date：23:48, March 29(Mon), 2010 
Place：Walkway at north side of Keiteki Dorm 
(At street level of Elm Tunnel of Kanjo street). 
Situation：A suspicious person covered a female student’s mouth from behind
            with his right hand. When she screamed, he ran away to the north. 

Specifics of the suspicious person： 
・Man 
・Age: Unknown 
・Hight:170--180cm 
・Wearing a beige colored parker 
 
2. Precautions 

1) We recommend you to avoid walking alone in the darkness both on and off campus,
   especially for women. 

2) If you see any suspicious activities, please dial 110 to report it to the police
   immediately. Also cooperate with the police as far as possible, placing the highest
   priority on ensuring your security.

• 研究室の ML に転送． しかし院生は誰も帰ろうとしない …… ので私が帰ることに． 1930 研究室発． 買いもの． 1950 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ， 今日もうんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合．
  • 昼 (1230): 今日はきまぐれで， 北大正門前の「ぱん吉」でひさしぶりにパンを買ってみました． サンドイッチとクロワッサン．
  • 晩 (2110): 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・マイタケ・ギョウザのスープ． ホウレンソウ・卵・豚肉の炒めもの．

2010 年 03 月 31 日 (水)

• 0810 起床． ねむい． ひとつサトった． 夜， なかなか眠れないときは， おもいきって北大構内走とか何かうんどうしたほうが， かえって早寝・早起きできそう． すでにそういうことが可能な季節だし． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0940 研究室着．
• なかなか岩波本作業にとりくめづ． これも良くないパターン．
• 昨日紹介した 大原さん の 「植物の生活史と繁殖生態学」 に関する割引販売の案内をいただいた．

  久保です．生態遺伝の大原さんが出版された新しい教科書「植物の生活史と繁
  殖生態学」
  
  http://kaiyusha.wordpress.com/2010/03/09/706/
  (A 棟 8F 共有スペイスに一冊おいてますので見てください)
  
  に関して，大原さんから割引購入の案内をいただきました．
  
  > ご購入になりたい方（院生・学生）がいらっしゃいましたら、
  > １冊、2352円＋310円（送料）でご購入頂けます。
  > 冊数が４~５冊まとまりますと、
  > 送料含めて2500円/人くらいでご購入いただけると思います。
  
  とのことなので (おそらく冊数が多いと送料が安くなるのでしょう)，この割引
  購入したい院生の皆さんは，
  
  ・できるだけ購入希望者を集める
  ・誰かが代表して大原さん ohara@@@@@@ees.hokudai.ac.jp に注文メイルを送る
  
  としてみてください．
  

  さらに追加情報

  ご参考までに、出版社からもらっている情報では
  
  　1冊　　　2,352円＋310円＝ 2,662円
  　2冊　　　4,704円＋370円＝ 5,074円
  　3冊　　　7,056円＋430円＝ 7,486円
  　4冊　　　9,408円＋490円＝ 9,898円
  　5冊　　 11,760円＋550円＝12,310円
  　6冊　　 14,112円＋610円＝14,722円
  　7冊　　 16,464円＋670円＝17,134円
  　8冊　　 18,816円＋730円＝19,546円
  　9冊　　 21,168円＋0円  ＝21,168円
  
  9冊以上  2,352円×冊数
  
  合計２万円を超えると送料が無料のようです。
  

• やはりこの時期は新年度雑用にまきこまれる． 従来は下のごとくゑくせるで管理されていた調査用具の 借りだし・返却管理を ……

• 「脱」ゑくせる， オンライン化をめざす． 基本アイデアは， bug tracking system である 影舞 のあちこちを改造して， 用具の借りだし・返却管理な web application にしたてる， というもの．
• ゼロから作るよりはずっとラクなんだけど， いろいろ苦しんでみた． まず， 例によって例のごとくともうしますか， apache2 な suEXEC 問題． http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/equipA808/" のような URL では suEXEC はマトモに動作せず， たとえば Options +ExecCGI などと .htaccess に書いても， エラーログには Options not allowed here などと冷たくあしらわれるだけ． 抜本的な解決策はなく， http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/equipA808/ といった ~ユーザー名 といったティルダ (tilde) つき URL の下で動作させるほかない．
• その問題を突破して， 2 時間ばかりぢたばたしてみると， どーにかこーにかひととーり動くものができたのだが …… 井田君のところでテストしてみると， 予期してた動作とはびみょーに異なる ……
• しかしばててきたので， いったん撤退． 1940 研究室発． 2000 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 夜中も物品管理 web application 修正のつづき． 影舞はなかなかすばらしい設計になっていて， resource/ja/template/ 内の rhtml (template ファイル) ファイル内にうめこまれている Ruby code や， message ファイル・XML ファイルなどを修正するだけで， 動作変更をふくむさまざまなカスタマイズが可能． 遷移挙動もふくめた user interface がきれいに分離した設計になっていて， こういう改造はけっきょくそのような UI まわりに集中している， ということかな．
• どーにかこーにか， だいたい予定どーりのものができたかな ……

• 時刻はとっくに真夜中すぎ． こういう深夜プログラミングはぢつに不健康で …… また生活周期がずれそう．
• [今日の運動]
  • そして不健康うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 食パン． プレインオムレツ． ダイコンサラダ．
  • 昼 (1330): 北大生協コップパンの ソーセイジパンとクロワッサン． リンゴ．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・牛肉の煮物．