ぎょーむ日誌 2010-03-25

2010 年 03 月 25 日 (木)

• 0750 起床． うー， 生活周期がちょっとずれぎみ． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 0910 研究室着．
• 作業すべきこといろいろあるのだが …… なぜか バグトラッキング システムの調査にのめりこんでしまった．
• まーた現実逃避を …… と思われるかもしれないけど， ぢつはこういうシステムの導入によって，
  • 岩波本の作業管理
  • 院生の野外調査旅程管理
  • ものおき部屋の物品管理
  なんかがまとめてうまくいくのでは …… とゆー夢想にとりつかれてしまったため．
• ちょっと調べるとバグ管理というよりプロジェクト管理みたいな おおげさなやつがぞろぞろ出てくるわけだが …… まあ， そんなに高機能なやつはいらない． FlexBTS なんかもお手軽そうだけど， 無難に 影舞 とか調べてみようかしらん …… これは少なくとも個人のあれこれ管理には使えるかも．
• しかしながら， どうもソフトウェア開発のバグトラッキングやプロジェクト管理の システムを院生の調査旅程管理に使うのは少々むりやりな気がしてきた． phpgroupware とかのほうがいいのかな? ちょっと大げさな気がするんだが．
• 昼飯．
• ちょっと影舞を試験運転してみた． カスタマイズはわりと簡単． 入力項目の編集は web 上から， 表示画面の変更は (乱暴ながら) resource/ja/template/_default/*.rhtml (default_template_dir) ファイルを変更すればよさそう． 下の表示は「状態」を「未解決・解決・却下」の 3 状態に変更し， topics.rhtml を少し変えてみたもの．

• 蛇足ながら上の「概要」は試験運転用にてきとーに入力したものであり， 実際には「第 2 章に対数尤度関数と推定値の SE の関係を追記」 といった項目が並ぶことになる， のですよ．
• ふーむ， 調査用具の物品管理ぐらいまでなら， これでいけそうかな? 調査旅程管理は， 「いつ帰ったか」 が一番重要なので， もっと別のシステムが必要になりそう．
• データ解析こんさるメイルかき． 階層ベイズモデルを使うと， 従来の解析に比べて「種差がでにくい」 あるいは「種差 A と種差 B の相関が見つかりにくい」 かどうか (階層ベイズモデルは樹種間の共通性を階層的な事前分布で表現しているため)， といった問題について．

まあ，問題はデータの不確定性みたいなのをどうあつかうか，という問題だと
思います．階層ベイズモデルは直接的な原因ではないでしょう．

なぜかというと，ここで問題にしているのは種差パラメーターbs と別の樹種差
X との相関であるからです．このような比較で重要なのは bs に関する樹種間
の順位です．階層的な事前分布を導入することで，樹種差 bs の値は全種共通
側に移動しますが，樹種間で順番がいれかわるわけではありません．したがっ
て，階層ベイズモデルによって樹種間の類似性を仮定していること自体は問題
ではありません．

では，従来型の解析と同様の結果になるかというと，そうならない場合があり
ます．従来型の解析では，

  1. bs は樹種間で完全独立して推定
  2. bs の推定値だけを次の解析に使い，その SE (推定の不確実さ) は無視

などといったパラメーター推定をするわけですが， 1. に関しては上述のよう
にどうでもよいのですが (ただし樹種ごとにサンプル数が異なる場合は致命的
になりうる)，2 のほうが相関解析に影響を与える可能性があります．

今回やっている bs と他の特性との相関解析では，bs の推定の不確実さ(bs の
事後分布の「幅」) が影響をあたえています．これは相関係数のばらつきをも
たらします．つまり，ゼロをまたぐ可能性が高くなります．くりかえしになり
ますが，これは階層的な事前分布だろうが，あるいはベイズかつ各樹種完全独
立を仮定するモデルでもまったく同じことです．

この bs の推定の不確実さは何によってもたらされるかというと，それはおも
に種内の個体差と測定の不確実さによると考えればよいでしょう．しかしなが
ら，従来の解析ではある段階での推定で得られた推定値 bs のみ使用し，その
後の解析ではこういった個体差・測定の不確実さに由来する推定値 bs の不確
かさは無視されていました  (今回の解析の樹種差 X は同じようにあつかわれ
ていますが)．

つまり従来の森林群集の樹種差に関する解析ではこの部分のばらつきを無視し
ているために，たとえば「相関係数の検定」などにおいて「有意差あり (帰無
仮説を棄却)」という結果がでやすくなるような検定が人為的に構成されていた
可能性が高いと思います．

• どーにもこーにも mew 使ってる emacs 内での (私は Vim 使いのくせに，メイルクライアントだけは emacs 依存) かな漢字変換が みょーに「重い」なぁ …… と調べてみて， こちら を参考にして， $HOME/.emacs で anthy.el を読むあたりを

  (load-library "anthy")
  (if (>= emacs-major-version 22)
    (setq anthy-accept-timeout 1))
  

  を追記してみたら， たしかに「軽く」なった!
• そういえば， Ubuntu 9.04 も全体に「重い」なぁ， と思ったので， こちら を参考にさせていただいて， sudo apt-get autoremove tracker などやってみた． Dropbox なんかも使わないときは dropbox stop してみようか．
• あと， 呪われ SCIM が下のよーにむやみと scim-helper-launcher を起動するのにも閉口している． ときどき killall -KILL scim-helper-launcher するんだけど ……

  26055 ?        Ssl    0:00 /usr/lib/gnome-settings-daemon/gnome-settings-daemon
  26277 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26281 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26283 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26286 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26289 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26291 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26293 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26295 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  26300 ?        Ss     0:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-launcher --daemon --config socket --display :
  

  どうもこれは firefox で入力フォームをふくむ web page を開くたびに scim-helper-launcher が追加されるよーな ……
• Galeon だと scim-helper-launcher がむちゃくちゃに増えたりはしない． いや， firefox でも常に増えるわけではないな …… 現象に再現性がない． しかしときどき scim-helper-launcher が増殖するのはたしかだ．
• また研究室雑用 Wiki の更新に時間とられる．
• といったかんぢで本日もオワってしまった． 不調だ． 1830 研究室発． 雪かみぞれか …… 買いもの． 1850 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． コマツナ・タマネギ・ニンジン・ショウガ・ニンニク・シイタケ・豚肉の炒めもの．
  • 昼 (1230): 自宅からもってきた米麦 0.8 合． 春雨スープ． リンゴ．
  • 晩 (2030): スパゲッティー．