ぎょーむ日誌 2006-11-30

2006 年 11 月 30 日 (木)

• 0705 起床． 朝飯． コーヒー． 0845 自宅発． 晴． すでに毎日の最低気温は氷点下になっている． 0900 研究室着．
• A804 室廊下の天井で何やら工事． けっこう騒音が．
• シウリザクラ図 …… なるほど， 「できてません」 か． まあ明日あたりからの展開次第だな． 今日あわてて強制執行することはない．
• ということで， 来週の「アブない」東京出張の準備に着手してみる． 具体的には 40 分間ほど R と MCMC 計算 について話さないといけない． いろいろと難しいところがあるんだけど …… たとえば聴衆の構成． おそらく以下のように極端なヒトたちからなっているだろう:
  1. このあたりむちゃくちゃに詳しい (もちろん私などより遥かによく理解している) ヒトたち
  2. 「MCMC 計算って何?」 なヒトたち
  どっちが多数派なのか判然としないのが この集会のオソろしいところなんだが …… まあ， 2. 方面にあわせて準備するのが妥当であろう．
• 12/9 (土) の日本語版集会で他に発表される ヒトたち って， generic というかどういう聴き手にもウケそうなハナシだよな …… 私のだけが中途半端な気がする．
• うーむ， 終了点 → 出発点方向で考えてみようか． 全体 40 分間の中の 25-30 分めあたりから 最後のほうの 10-15 分間ぐらいを使って何を話していればよいのかといえば， おそらく 「まあやっぱり WinBUGS と R2WinBUGS が今のところは便利なんで， しばらくはコレをこう使ってみますかね」 といった内容だろう．
• とするとその前は「有力な対抗馬かつ R と縁の深い」 JAGS について紹介しとかんといかんだろうし (何しろ「R の整備と利用」研究会なのだ!)， OpenBUGS についても言及せんといかんだろう． OpenBUGS といえば， lindley さんの R と WinBUGS における OpenBUGS まわりの解明はすごいよね (R2WinBUGS 改造わざとかもスゴい)．
• で， こういった *GS なソフトウェアを導入せねばならん理由をあげねばならず， それは 「R 単体では MCMC 計算やるのはなかなかしんどいから」 と言いつつも library(MCMCpack) とかにも言及せざるをえなくなる， と． すると今年 3 月発行の Rnews Volume 6/1 (べいづ特集号) とかにもふれる必要があり， WinBUGS が優占種になってしまってる世界で どうして OpenBUGS や JAGS が必要かといったハナシもありかもね．
• ここまでのハナシで 40 分間のうち 30 分ぐらいは使っているかもしれん． というのも， R & BUGS のコードをみせたり， 実演とかもやらんといかんだろうから．
• とすると， 「残された最初の 10 分間」 (10 分間もないかも?) では何をしゃべるべきか? というと， まあ「MCMC 計算って何?」という聴き手もそれなりにいると想定して， 「MCMC 計算はベイズ推定に必要」 「ベイズ推定とは， 階層ベイズモデルとは， GLMM (経験ベイズ法) とのちがいは」 といったハナシになるだろう …… やっぱり今回も 「簡単な例題を解いていきつつ手法を紹介する」 というわくぐみでやるか?
• まあ一月末の授業のうち一回はそういうハナシだろうし， (もし採択されれば) 三月の生態学会松山大会の自由集会もそういうハナシだろうから， 今のうちから準備しとくのは悪くない． 授業・自由集会と今回のちがいは何か， と考えると …… 今回のが一番 「ソフトウェア寄り， 考えかた省略」 というかんじだな． M1 あいての授業とかでは MCMCpack なんて絶対に紹介しないよ (ホントか?)．
• 使う例題とかまた 架空植物の結実 とかだろうなあ …… おっと， この生態学会誌の解説記事， 新しくなった glmmML() に対応させなくては．
• 食材ローテイションにしくじり， いったん帰宅して昼飯となる． 北大構内走向けの好天なのにもったいない． 1230 帰宅． ついでに洗濯． 昼飯の準備． 昼飯． 1340 研究室もどる． いつのまにか雪．
• 和文誌の GLMM 解説記事 web 補足 に glmmML(cbind(Yes, No) ~ ...) 記法に関する追記， と．
• 窓の外はすごい雪． 冬型気圧配置．
• 文部科学省共済組合北海道大学支部からナゾの紙切れ． 医療費の合計， とかで 6 月に通院してた歯医者に合計 23520 円だそーで．
• めんどくさそうな作業をまず片づけるか， ということで， シウリザクラ下うけ作文の私のここまでの分担部分の見なおし & TeX2Word をもちいたわーど化．
• …… の作業には着手できず， 松田さんと駒ヶ岳データを R で楽しくデータ解析． かなりトリッキーな data.frame() 変換が必要とされた．
• もちろん R があれば何とでもなるわけだが …… いかに R が「データまちがい探し」においても きわめて強力なツールであるとはいえ， 事後的にまちがいを search & destroy するのがいつも正しい方策であるのか， と．
• 代替案としては入力段階でチェックすることで， より具体的には
  1. ゑくせる上で入力時まちがいのチェック: VBA によるプログラミングが必要だろう (かなり面倒そう)
  2. web interface とかをもつ何かリレイショナルデータベイス: チェック部分は Perl とか?
  3. R そのものを入力ソフトウェアとする
  じつは 3 が案外妥当なのでは， という気がしてきた． 「データ入力はゑくせるでなきゃダメだ!」 という院生たちのゑくせる信仰をくつがえすような 使いやすい interface (もちろん非ゑくせる的な) を設計するのはたいへんそうだけど．
• 1630 より Trendy セミナー， 本日は 崎尾均さん (埼玉県農林総合研究センター)． 秩父山地の渓畔林の林冠木である シオジ，サワグルミ，カツラの特徴を抽出するような調査・実験いろいろ． どのように渓谷内の撹乱に依存しているか， 三者三様のやりくちがあるらしい， ということが示されていく．
• いろいろ紹介された中で， わりと細かい問題が気になった． シオジの結実はあるていど広いの個体群内で同調しており， 3-4 年に一度ぐらいは落下種子量ゼロとなる年がある． 種子生産の個体群内同調は 井鷺さん のいわゆるタンクモデルで説明できるだろう．
• それはよいのだけど …… ここで奇妙なのは， シオジは雌雄異種であり， 開花の同調はメスだけでなくオスででも見られるんだよね． オスの個体では種子を作らないんだけど， 花を作り花粉をばらまくだけ． そして井鷺さんのモデルではオスの花の同調開花は説明できないんだよねえ ……
• 崎尾さんからうかがったあれこれを列挙しておこう． 気象要因ではこの同調は説明できなさそう (key となる気象要因は見つけられなかった)． シオジの性比はだいたい 1:1 (おそらく成木の)． サイズなどによる性転換なし． 花粉はたぶん風で運ばれているのだろう， と．
• セミナー終了後， また駒ヶ岳データにとりくむ． なんとかなったので 1930 研究室発． 1945 帰宅． 体重 71.4kg． 晩飯．
• なぜか今宵は統計メイルがたくさんきてるので (masting 日?)， いろいろ返信してみる．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.6 合． 味噌汁．
  • 昼 (1310): 米麦 0.6 合． 鶏レバ・ショウガ炊きこみ飯． たまに鶏レバとか買ったりすると， こう調理のタイミングを逸してですねえ …… しかし考えてみれば， 昨晩のうちに加熱調理して煮物にでもしてしまえばよかった．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． 鶏レバ・ショウガ炊きこみ飯． コマツナあえもの．