ぎょーむ日誌 2001-09-(01-10)

2001 年 09 月 01 日 (土)

• 0900 起床． よく寝てしまった．
• 午前中はでれでれとすごしてしまう．
• 1200 すぎから Abies PipeTree のポリゴン化を簡単化する 作業をはじめる． PipeBundle コンストラクターの呼び出しが 一箇所間違ってたと気づいて冷汗が出る． こういう間違いはプログラムに検出させなくては． 1440 三角形の個数をかなり減じた結果を出す．

[ぽりごん数を減じる] ひとつの分節 PipeBundle について 生成する三角形の数を， たとえば int( sqrt( 3.0 * 半径(cm)) ) * 2 とする． 0 のときはナシ (どうせあとから針葉らしきものをつけるのだ)． 2, 4 のときは「ちくわ」ではなく短冊にする (三角形 2 コ)．

• ちょっとひとやすみ． 昼飯に蕎麦など食う．
• 機能より見てくれ優先で作業を進めてみるか， という方針をたてて， Abies PipeTree に針葉をとりつけよーか画策する．
• 以前の PipeTree では， 森林→樹木→パイプ→葉群 というようなよくわからぬ階層構造と これを介した情報のやりとりを重視していた． 今回の版ではそれはヤメた．
• 針葉の葉群をあらわす Foliage は PipeTree 直下に置く． しかし， この PipeTree に対するシミュレイター内いぢめは いぜんとして継続しており， 「何も仕事させてもらえない」状態のままなのである．
• 新人 Foliage も大家の PipeTree にはろくに挨拶もせずに， 自分専用の新情報処理装置である NeedleMaker とばかり話しこんでいる． この NeedleMaker に関しても， 最上級者 Forest が作ってしまって PipeTree には何も知らされぬうちに「あたまごし」に 下級クラスたちに直接わたしてしまうのである． やはりこれも IT 化の時代の流れであろうか， と中間管理職 PipeTree はため息をつくのであった．
• さて， 針葉であるが …… これも生物学的側面のよくわからぬモデリングだ． じつは各末端で生産される葉群の重量， というのはすでに TerminalAdjuster 内で計算されている．
• というのも， このシミュレイター pipetree においては， パイプモデルという信仰と演算処理が不可分， すなわち政教分離できぬ国体を護持している． アロメトリーなる厳格な戒律したがって 末端の枝の太さが計算されれば， それで自動的に葉っぱの重さが決まってしまうのである．
• こういう手順である． 葉面積はパイプの面積に比例， というのはこの宗教のよってたつところなので， 葉面積と称される数値はでる． シラビソの針葉とは こういうもの であるらしい． これの面積なるものがどう定義されるのか知らないけど， まぁなんかてきとーに決めてるのだろう． ただし， 前述の中心教義にそむかぬようにどう決めてるのか， というのはいくら考えてもよくわからぬところだ．
• ともかく， 葉面積と名づけられた量が決められると， つぎに葉面積指数というこれまた奇怪な数値があるので (あとからの訂正: これは葉面積指数 (LAI) ではなく specific leaf area, SLA と呼ばれる量である)， これを乗じると葉群の重さが算出 …… 形骸化した古来伝承儀式の連続ワザ， といったおもむきである． うーむ．
• あと， 常緑樹なので， 作った葉群を使い棄てにできない． 一定期間保存したのち廃棄， というお役所処理も追加しないとならない． ところで， これってくだんの葉面積∝太さ合計の 中心教義にそむいてるのでは? シミュレイターの中では葉群の量は捨てる瞬間まで 一定のままだけど (針葉群の経年減衰に関するデータ無いから)， じっさいのシラビソでは徐々に針葉が減じるわけでしょう．
• …… といった諸々の疑問は深く考えずに， Foliage クラスと NeedleMaker クラスの インターフェイス部と実装部を書き， こいつらに対応するために関係各位も書き直す． 初期化のところで， 総重量→茎の重さ+葉群の重さを同時に算出するために， TerminalAdjuster にそれ専用のメンバー関数を追加する．
• 2050 NeedleMaker と Foliage クラスを増設した pipetree がコンパイラー通って出てきた． これをうかつに実行したりすると， またたいへんなことになりそう． いったん make clean． バックアップ． つづきに着手する前に晩飯．
• 晩飯作りつつ， StarWars テーマ曲の脳内演奏止まらず． アタマ壊れてるのか?
• 晩飯食い終ってしばしでれでれしてみる． wc で今まで書いた行数を数えてみると …… げ， いつのまにか 3000 行近くにまで増えている (ライブラリは含まず)． かなり危険な規模になりつつあるよーな． まぁ， コメントとか空行とか「}」だけの行とかあるから， 実質的には 1000 ステップ (ってどうカウントすればいいんだ) ぐらいかな． うん， きっとそうに違いない．
• さて， 葉っぱ関係が追加されたのを動かしてみたわけだが …… 前代未聞の Segmentation Fault エラー． このテのやつはディバッガー gdb でおっかければ すぐに問題点把握できるはずなんだが …… なんで一度特定できたアドレスのオブジェクトが 二度目には見つからん?
• 週末時差を避けるために 2405 作業終了． また宵越しのバグである． 大森町商店街のほうにふらふらとでかける． ガス代 1675 円支払い．
• もう， 寝ようとおもったんだけど， 宵越しのバグは気分悪いので， 一時間ほどかけて見直すと発生源がわかった． 中間管理職 PipeTree クラス内のお役所窓口の問題であった． 「聖域なき構造改革」 とゆーことで， 窓口を整理する．
• これでいちおう針葉はつくんだが …… ちょっとまだ問題点ある． 葉群の「面積」とよばれる数値に関して検算が必要．

[とりあえず，葉っぱ] なんかヘンなんだよね． 針葉に回される資源がすごく少ない， というか． この図では緑の葉群部分をかなり誇張して 描いています．

• 葉っぱだけで丸一日費してしまった． 時刻は 0300 すぎ ……
• (一言近況) シラビソ PipeTree 開発でぢたばたする日々が 続いています． いつになったら終ることやら． (2001.09.01)
• 今日の食卓
  • 朝 (0950): 蕎麦．
  • 昼 (1510): 蕎麦． おやつにリンゴなどかじる． 安かったんで買ったんです． 6 個 280 円．
  • 晩 (2120): 米 0.8 合． 宮城県産ツルムラサキ・タマネギ・ニンニク茎・ヒラタケの 炒めもの．

2001 年 09 月 02 日 (日)

• 0900 起床． 6 時間ぐらい寝たかな． 眠い． しかしなんか眠れん． まぁ， 週末時差が生じるよりはマシか．
• 朝飯少し食ってコーヒー多めに飲むと， とりあえずいきなり寝たりしないぐらいには 眠気去る． しかしカフェインのせいで気分悪い．
• 午前中は本を読んだりしてでれでれとすごす． まぁ， 休憩ということで．
• 1200 すぎても今日は仕事に着手できん． 体力よゆー無し感状態では NetHack にも 手を出せないのである (これは体力・知力をかなり使うんで)．
• しょうがないんで， 雑用でもするかと …… 有料化された Yahoo! オークションに復帰． この登録手続というのを SSL を介してやって， 出品・落札した月には 280 円を支払う契約をする． クレジットカード経由．
• (傭兵なのに) むりやり加入させられてる保健組合から 「○○周年記念品」 とかで問答無用で送りつけられてきた 例の怪しげ健康器具を売り飛ばしてやることにする． まぁ， 一ヶ月ぶんのコメ代にでもなれば， という値段のつけかた． 私には食物のほうが切実である．
• Yahoo! オークションに復帰 …… というのを素早く察知したらしい某宣教師殿から布教メイル． どういう機構で監視されてるのか 具体的には何もわからないんだけど， 私の ThinkPad か ADSL 闇ルーター (外づけ計算機) にすでに「バックドア」などが仕掛けられてるとしか思えぬ．
• 宣教師殿の勧誘は今回もまた巧みである． 文面はまったく布教感のないもの． 大きめの入力装置がウリの某 PDA， Y! オークションに出品， といった情報 …… しかも， その小型情報端末を設計したのは 航空宇宙お役所ならびに地球ふろんちあ方面に癒着な 本邦の電子機器製造業者でありながら， 当該商品は敵国むけのものであるため， めでたいことに鍵盤配列が日本工業規格に準じていない， というまったく素晴しい特徴． まさに宝玉のごときレアアイテムである．
• 重さ 700g． シンプルな非 JIS 配列， ううう …… そのキーボード部分だけが脳内にひどく具体的に構成される． 打鍵感まで「わかる」ほどだ …… しかしこの機器を楽しく使おうとすると， 宣教師殿が布教しておられる BSD な OS を入れねばならぬ …… というところがワナなんだよね． いや， べつに BSD 系だっておおいに結構なんですけど， 私にとってなじみのないハードウェアアーキテクチャーと あまり使ったことない OS の組み合わせ， というのはいかにも危なすぎる． たぶん何もかも投げ出して， しばらくはそれに没頭してしまうだろう．
• …… ということで今回は見送り． しかし「次」はないかも． いやいや， 値段だって安くないしね． ほらほらコメ 10 ヵ月分じゃないか …… とコメ本位制の私は自分に 「買わなくてもいい理由」 を納得させようとするのであった．
• Y! オークションに復帰したついでに， いぜんの ThinkPad 崩解さわぎのときに よぶんに買ってしまった Li-ion 電池も売りに出す． これ一本でやはりコメひとつきぶんはいけるだろう． 収支を考えると損なんだけどね． まぁ， 一部回収ということで．
• 夕方ごろには体力的に回復してきたような気がするんだけど …… 食料買い出しにいったら， またばてた． どうも弱ってるな．
• 大森町商店街情報． 葉もの野菜が安くなりつつあるのにたいして， 私の夏の食生活の基本であったゴーヤはすでに 1 本 200 円を突破して購買不可能領域に去ってしまった． リンゴは 6 個 298 円と安い． 近ごろコーヒーは京急大森町駅近くの 茶・飲み物 ・(とうぜん)海苔などなどを売る 多角経営の小さな店で買っている． 一番安くてカフェイン含有量高い 400g 380 円のやつをひいてもらう． 10 日分ぐらいか． 夏まえに 新宿とんかつさぼてん の持ち帰り専門出店がやはり駅の近くにできた． 「とんかつ持ち帰り専門なんてまにあっくな …… すぐにあきられるんじゃない」 と西日本出身な私は憶測してたのだけど， 当地のひとびとはとんかつ重視する生活習慣であるらしく， いつも繁盛してるように見える．
• 2100 すぎ． だめだ． 仕事に着手できん． 晩飯でも作るか．
• 晩飯食ってもやる気なし． 今日は計算機ぎょーむはやーめた， と投げる． 廃棄予定の本雑誌が山積みになってるので そいつをヒモでくくってしまおう． そうすれば水曜日に出せる．
• ヒモくくり作業終了． 1 時間ほどかかってしまった． 全部で 40 Kg ほどか?
• クレジットカード会社からの利用代金明細書． 通信関係ばかりである． Asahi-net 472 円． 東京めたりっく通信 5971 円． めたりっくはサーヴィスの質については文句ないけど， いささか割り高感あるな． 他社と違って ADSL 回線提供 + ISP 料金あわせたもの， とは理解してるが．
• Asahi-net は 472 円で大活躍である． ここしばらくアナログ回線の PPP 接続はやっていない． しかし夜間・休日のメイル転送には欠かせぬ存在なのである． 私は帰宅前に独房内の BookPC に「転送命令」を出しておく． すると， そのあとに kubo@ees.hokudai.ac.jp に来たメイルは ⇒ 独房群腐れメイルサーヴァー ⇒ 独房内 BookPC (qmail による自分専用メイルサーヴァー) ⇒ Asahi-net のメイルサーヴァー ⇒ (ADSL 回線) ⇒ 自宅闇ルーター ⇒ 自宅机の上の ThinkPad という経路で 転送されてくるからである．
• そう， 腐れ firewall のせいで独房内の BookPC と連絡が取れない． そこで 二次メイルバッファーとして Asahi-net が役に立つのである． さらに自宅以外の場所であっても web browser 使えるところなら， その web mail システム使えるからね．
• さてさて， できるだけさっさと寝て， 明日からのバグ作りとバグとりに備えますかね．
• 今日の食卓
  • 朝 (0930): 米 0.3 合． 昨晩の炒めもの残り．
  • 昼 (1430): 米 0.6 合． 昨晩の残りその他で野菜雑炊．
  • 晩 (2130): スパゲッティー． 細かくみじん切りにしたタマネギ・ニンニク茎を炒めて そこらの調味料で味つけしてソースとする．

2001 年 09 月 03 日 (月)

• 0710 起床． 過去 2 週間のあいだに叩きつぶしてきた 数十個のバグのたたりのせいでよく眠れない． 分子生物学系の研究室には 実験動物として死んだネズミなんかを 合祀する墓のようなものを 作ってるところもあるらしいから， 当方も独房内にバグ塚でも作ってみるか?
• 朝飯・弁当の準備． 洗濯． 朝飯． シャワー． コーヒー． まぁ， コーヒー飲んでも気分悪くならない程度には回復．
• 0750 自宅発． 曇り． 燃えるゴミ出す． 特急に乗って 0804 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0830 京急上大岡発． 0845 研究所着．
• 朝から発注者で PipeTree 概念設計者の 甲山さんからメイル． 一昨日のぎょーむ日誌に「葉面積指数」 と書いてるのは間違いで SLA との御指摘． その他にも指摘だか憶測だかあれこれ． ついでにトドマツの写真なんぞも送っていただく．

[トドマツ] シラビソはほとんど同じようなカタチ， だそうです．

• 調べてみるとプログラム中では ちゃんとSLA 使ってた． しかし「ぎょーむ日誌」書く頭の中では 葉面積指数と誤変換されてたよーだ． 葉面積指数は LAI ですな．
• 土曜日から気になっていた茎の太さ→葉群の「面積」 の換算であるが …… モデルを再点検してみると 甲山アロメトリー世界ではそんなに 変な数値にならぬようだ．
  • 茎の太さ(cm)→葉重量(g): foliage_weight = 25 * pow( D, 2.0 ).
  • 葉重量(g)→葉面積(cm^2): foliage_area = SLA * foliage_weight, SLA = 50.
  • 茎の太さ(cm)→茎の長さ(cm) length = 28 * pow( D, 1.1 ).
  とゆーことで， 茎の全長にわたって長方形の葉群がついていたとすると， その「幅」 x (cm) は，

となり， 直径 0.1cm の茎にたいして針葉群の「幅」は 5.6cm となりけっこうでかい．

• ということで， もいちど末端やりくり業者の TerminalAdjuster を調べてみると …… ここの計算が間違ってた．
• 直してもまだ表示がヘンなんだよね …… バグなのか． モデルがまずいのか．
• 昼飯を 15 分で食った以外はずっと 葉っぱ表示問題に取り組む．
• 1430 あれこれ手直しして， 言うところのアロメトリーの戒律に従う PipeTree が 生成されたようだ． しかしこれって針葉樹に見えるだろうか．

[この木なんの木] つくってるほうも だんだんわからなくなってきました．

• あれこれ作業を続けて …… ふと気づくと時刻は 1530． いかん． 能率あがっていない． いま引っかかってるのは， 死んだはずの枝が呼び出されて core 吐きエラー， というやつで， だいたいの原因はわかるんだけど， それ以上は追求しないで， てきとーに見当つけて 「こうすりゃいいんじゃないの」 ってなかんじで直そうとして， うまくいかない， という状況． よーし， 少し休憩． それから 処理の順番をもう一度整理しなおしてみよう．
• 独房群屋上に上がる． 少し前まで雨が降ってた様子だ． 10 分ほど体のあちこちをストレッチ． 自宅のある大森と違って， 外気を吸っても危険そうでなくて良い．
• 独房に戻って関係するコードだけを印刷出力． 新しい PipeBundle が生成される過程を順に追ってみる． Forest が PipeTree に Transformation を発令 …… CentralAdjuster と TerminalAdjuster がやりあって 予算配分決定 …… CentralAdjuster→ResourceAllocator→PipeTerminal という命令伝達経路で新しい PipeBundle 生成の …… ここだな．
• 新しく生成された PipeBundle が小さすぎると， 一番の下請けである TubeMaker が自分の雇い主に 「あんた生残できません」 宣告出すんだけど (で，見限って仕事放棄する)， 「死亡」通知うけとった PipeBundle がそれにかまわずに 葉っぱとかつけたりするもんだから， あれこれエラーが生じたわけだ．
• 抜本的にどう直すかはあとから考えることにして， この見通しで正しいかどうか調べてみるか． TubeMaker にダメ出しされた PipeBundle は コンストラクターの途中で作業中断してみると …… よし， 動いた．

[頂芽優先ではない配分の例，ふたたび] 獲得資源は枝先の重さにだけ比例， 頂芽優先みたいなコトはやめ， とするとこういうふうにつぶれ気味になる …… 場合もある． こうならない例は後述．

• さてさて， 面倒なバグもとれたし， 独房内拘束時間も終了したから …… と帰ろうとすると， 海洋技術センター (JAMSTEC) からメイル． 毎日毎日よけーなメイルばかり送りやがって， 当方は JAMSTEC なんか関係ないんだよ …… と思いつつ自作メイルフィルターで 先頭部分だけ確認して捨てようとしたら …… これはたまたま愉快なものだった． いや， やはり当方のぎょーむには関係ないんですけどね．
• 昨日ちらっと書いてた地球ふろんちあ癒着な 電子機器製造業者 (国民機とやらがウリだったところ) は同じく旧科技庁系の JAMSTEC にも浸透していたのだが …… このたび， その JAMSTEC 本拠のすぱこんを癒着な SX-4 から新型に換装するにあたって選ばれたのは …… なンと Compaq のクラスター機． つまりヴェクター計算機はヤメて， 時代の流れにあわせてスカラー超並列に乗り換えたわけだ． いやー， お役所わーるどでも公正な競争が実現することがある， とはなかなかめでたいことであります． 税金の使い方としたはマシな判断でしょう．
• とはいえ 「元」国民機メイカーもめげることはありません． なにしろ， ここ独房群の隣に建造中の， もしかしたら人類史上最後になるかもしれない ちょー大型ヴェクター計算機を受注したんだからなぁ． まぁ， なんといいますか， 第二次大戦が始まったあとになって完成した 堂々たる巨大戦艦のようなものか． お値段は H-IIA ロケット半ダースぶんよりよほど高いらしい． もう完成寸前であるためか， 小泉首相もこれに建造中止とは命令できなかったようだ．
• さてさて撤退． 1750 研究所発． 雨がちょっと降ってる． 普通に乗って 1810 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1820 京急上大岡発． 1900 帰宅．
• 晩飯食って 2 時間ほどもうだうだしてから， Abies PipeTree 手直しの続き． PipeBundle をわざわざ new で作ってから delete するのは効率悪そうなので， パイプ末端 PipeTerminal と末端やりくり屋 TerminalAdjuster の間の話し合いで事前にケリをつけるように改善する．
• よーし …… それじゃ， もうちょっと死亡の条件を厳しく (長さ 2cm で死亡 → 3cm で，その他) してみると …… うーむ， このファクターの影響けっこう大きいかも．

[今度は針葉樹っぽいか?] これもまた頂芽優先みたいなのを とくに明示的には入れてない状況なんだけど， 三角形な樹冠が形成されてるようだ． 側方にできるしょぼい枝先は早々に刈り取られるので， そちらに資源を取られないからだと思う．

• じつはこのあたりの挙動は 今朝の甲山さんのメイルに書かれていた見通しにあってる， ように見える． 私はあまり信じてなかったんだけど． とはいえ， この新モデルはかなりパラメーター感受性が高いような気もする． それにまだまだアタマ痛くなるようなバグも 残存してるかもしれないし．
• ともかく現状のままでいろいろと試験をしつつ …… 呼吸による資源浪費モデル組み込んで， 三次元虚業ライブラリを呼びつけて光計算やらせて， よくわからぬ光合成らしき現象のサブモデルも入れて ……
• 早く完成させたいんだけど， 収容のつかないバグ混入はイヤだなぁ． 今日はバグ取りだけで一日が終った． 明日はどこまで進むか． あと三週間と一日．
• 夜中にちと面倒そうな仕事の依頼． なんか面白そうなんで引き受けてしまった． 自滅的判断か?
• 今日の食卓
  • 朝 (0720): 米 0.6 合． ワカメたきこみ飯． タマネギ・ヒラタケの炒めもの．
  • 昼 (1230): 弁当． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1910): 米 0.7 合． 朝の残りで雑炊．

2001 年 09 月 04 日 (火)

• 0715 起床． あいかわらず良く眠れない． バグのたたりは恐ろしい．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー． コーヒー無し．
• 0755 自宅発． 曇． 特急に乗って 0804 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0830 京急上大岡発． こちらは晴れてる． 0845 研究所着．
• 今朝はなぜかメイルがいろいろ来てるので， それに返信書いたりする．
• Abies PipeTree 「図示して初めてわかりました」 バグ退治のつづき． 甲山さんのアイデアによると針葉群は 4 年ほどで 寿命が来て死んでしまう， となっている． しかし一部に 4 年を越えて生残する葉っぱがある． どこがヘンなんだろうね．
• まさか， こちらの知らないところでパイプ末端 PipeTerminal が複製されてる， ってことはないよな …… 念のために 特定枝次数の PipeTerminal の現在位置を 報告させてみたけど， とくに問題ナシ．

[パイプ末端たち] オレンジ色の球が PipeTerminal です． こいつらが「爆散」しながらすっ飛んでいった 軌跡に樹木断片 PipeBundle や葉っぱ Foliage が残されていくわけです．

• 午前終ってもバグ取れず． というか， バグ狩りのテンポが遅い． しかし， ここは焦らずにちと休むか， とのんびり昼飯など食う．
• 1255 仕事を再開して 10 分でバグの所在わかった …… またしてもシミュレイター内のお役所 PipeTree クラスに おける呼び出しのまずさであった． よし， これで葉群動態なおった． いろいろと実験的に描画させてみた． 昨日もちらっと書いてた 「長さ◯cm 未満の PipeBundle は切り捨てるか」 というパラメーターの影響は恐ろしく強い．
• 主軸・側軸それぞれの「資源誘引能力」を左右してるのは それぞれ「サイズ」「個数」である． 小さい側軸を切ってしまえば サイズに優れる主軸に資源が流れ， たくさん残すと横方向に広まっていく． これは現時点ではたまたまそういうモデルにしてる， というだけである．

(2cm 未満は切り捨てる)

(3cm 未満は切り捨てる)

[長さの下限わずか 1cm の違いで] これはまだ光計算・光合成モデルの 入っていないシミュレイターである． 緑色でない葉っぱは枯れる寸前のやつ． 右の図で枯れ上がりらしき現象が生じてるのは， 「明示的ではない頂芽優先」 の結果だと思う． ごくおおざっぱに要約してしまえば， 主軸は側軸より常に長く太く形成されて， それに比例して多くの資源を取る， という傾向である． いまのところは， そういうモデリングになっている．

• たぶん「資源誘引能力」が末端での明るさとかで 決まるようになれば， 上ほど sensitive ではなくなるような気がする． 面白くなくなるけど robust にはなるんじゃないかな．
• 葉っぱの呼吸を考慮すれば， 右の図の幹頂端のようなでかい葉群はできなくなるかも． 同化部 (葉っぱ)・非同化部 (それ以外) の呼吸を いれてみる．
• なにやらトドマツ (シラビソと良く似た樹木) の枝先端部に関する情報が 甲山さんから送られてくる．

えーと， 解説していただいたところによると …… これはトドマツ枝先で葉が落ちた後の姿． 4本，節の輪生状側枝があり(上部)，その下 の7本ほどある短めの側枝(下部)は節間側枝で， 極めて成長がいいときにだけ形成． 軸は円筒型， ということのようです．

• あと， 葉っぱがたくさんついてる軸では パイプモデル的ではない， というような議論．
• ところがそのころ当方はかなりひどいエラーに やられていたのである． new や delete がきちんと動作しない， つまりコンストラクターやディストラクターが 呪われてしまった， といういかにも呪われ言語 C++ ふうな やられかたである．
• ディバッガー gdb を使っても 問題発生位置を特定するばかりで， 何が原因なのかよくわからない．
• かなり集中的に調べたんだけどわからず． 体力使い切る前にいったん撤退． 1750 研究所発． 普通に乗って 1805 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1810 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1830 京急川崎発． 1900 帰宅．
• 栄養補給を少し重視した晩飯食ってから ふたたび取り組む …… けっきょく 24 時すぎまでがんばったがわからず．
• 正面からの力攻めは不利と判断して戦略を切り替える． バグ狩は手段であり目的ではないのである． さて， 「こんなこともあろうかと思って」 昨晩退避しておいたコードを取りだす． これを今回の問題発生前の状態まで手動で更新する． 今日の「ぎょーむ日誌」の 「長さの下限わずか 1cm の違いで」 のあたりまでね． これは 10 分でできた．
• 呪われエラーが生じるのはこのあと 呼吸モデルを組み込んだ過程であった． しかし， 今日の復旧作業はここまで． 明日は今日の午後後半行ったコーディングのうち， 必要なものをひとつずつ組み込んでいって挙動を調べる．
• 明日の起床時間まで 5 時間ぐらい眠れそうか? うーむ． 疲れてるんだけど， いまだ脳内全力運転からのクーリングダウン途中． すぐには寝つけそうにない．
• 明日は紙ごみの日だけど， 一昨日ヒモでくくった古本古雑誌を出してる よゆーはないかもしれん． 朝からばててるだろうな． 明後日あたり夏休みの残りを一日使おうか．
• 今日の食卓
  • 朝 (0730): 米 0.6 合． キャベツ・タマネギ・ヒラタケの炒めもの．
  • 昼 (1210): 弁当． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1925): 米 0.7 合． 朝の残り． 納豆と茹でたオクラを包丁でたたいたもの． 鶏のレバ醤油砂糖ショウガ煮．

2001 年 09 月 05 日 (水)

• 0700 起床． 5 時間弱は寝た． しかし気分悪い．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． 6 階から 4 往復して古本・古雑誌を捨てに出す． 朝からばてばて． シャワー． コーヒー飲む気しないので紅茶を飲む．
• 0740 自宅発． 晴れ． しかし空気はやや涼しい． 特急に乗って 0752 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0819 京急上大岡発． 0830 研究所着． ふう． あした休もうかな．
• 終りの見えないバグ取り再開． いつものごとく安全対策をとってからコードをさわる …… 詳しく調べてみると， 昨日の改造だけが問題なのではなく 一昨日の段階ですでに変な部分ができてる， とわかった． ディストラクターがまっとうに機能してない． いや， たいていの場合はきちんと動く． 問題は樹木個体のまん中にあって垂直に上昇する末端 なんかを削除しようとすると， なんかヘンなんだよね．
• 初めて例外処理のいうのをやり try { delete ...; } catch ( ... ) { ... } で delete が出す例外をとらえようとするけれど， 何も出てこない．
• うーん，へんだ． ちくわを構成する三角形のうち最後の一個を消すと core 吐き． なぜだろう．
• 1055 よーやく原因がわかった． さまざまな疑問まとめて氷解． そして毎度毎度のことながら， つまらぬ不注意が原因であった． 要約するなら， すでに delete したものをもいっぺん delete していたのである． あほあほだなぁ． まさに時間と体力の浪費．
• えー， パイプ樹木を構成する部品は PipeBundle といって， なんというか樹木を節 (一年間に成長した部分) ごとに 切り分けていったものと対応する． こいつは根っこ方向と先端方向の両方で 他の PipeBundle につながっている．
• 先端のほうが死ぬと， そこから順番に根本方向の PipeBundle も死んで行く． 死ぬときにまず自分の「外観」たるちくわこと Tube を削除する． 肉体消滅， というか． しかしタマシイはまだ浮かばれぬままそのへんをふらふらしてる． で， その翌年にタマシイのほうも あの世に移動していただくようになっている．
• これでたいていの場合は問題ない． まずいことになるのは， この迷いタマシイがあるときに， 最上級者の Forest が 「もう終了時間になったからシミュレイションやーめた」 といきなり投げてしまうような状況である． Forest は自分の持つディストラクターを発動， この世界を辺境から中央にむかって階層的に 片端からすべてを消滅させていく (最後は自分自身を消す)． まだ生きてる PipeBundle たちも， まずは Tube を捨てつぎに本体を消してしまう …… では， 昨年死んでまだ成仏してなかったのは? やはり同じお役所手続きで処分されるので， すでに失われた「外観」 delete しようとして …… core 吐き．
• 応急の対策は …… いろいろなやりかたが考えられるけど， まずは安直に 「あんた死になさい」宣告だされた PipeBundle は「死んでるところです (DYING)」 状態に遷移するけど， 外観はしばらく保持． 翌年に心身ともに消えていただく， とする． これではまずいかもしれんが， また後から考えよう． とりあえず core は吐かなくなった． ふう．
• まぁ， シミュレイター終了するときに， いちいちすべてのオブジェクトのディストラクター 呼ぶこともないんだけどね (終了時の消し忘れは OS が処分してくれるから)． しかし， ディストラクターは終了時以外にも呼ばれるし， いついかなる状況においても完ペキに動作しなければならない． 今回はよけーな処理をすることで ディストラクターの不具合を発見できた， ということにしておくか． あまりにも巨大な犠牲であったが．
• 脱力しそうなのをこらえて， 材の呼吸モデルなどを組み込んでみる． 昨日はバグを取りつつ， いろいろな部品を作っていたのである． Assimilator という ひどく現象論的なというかがさつな光合成担当モジュールも稼働． しかし光計算はまだやってないけどね．
• 昼飯の弁当食いつつあれこれ動作試験． 呼吸するように変更しても， 挙動がそんなに変わったりするわけでもないみたいね．

[なんか先端肥大になりがちな] みょーに加速度的に伸びてるんだよね． スコアのつけかた変えてみようかな．

• 光合成・呼吸まわりのパラメーター数値を再検討してみると， どうもいま使ってるのはまずいんじゃなかろうか， という試算ができた． このあたりは甲山さんに調べていただくことにして， こちらではてきとーな数値で動かすことにする．
• 昨日みたいなつぶれた樹型ができるか， の捕捉メモ． VERTICAL な軸， つまり幹になる leading terminal だけは3 本の 子供を持つ可能性があるのに対して， LATERAL な軸たちは最大でも 2 本の側軸しか持たない． どの側軸も同じサイズでなければならないので， 同一の資源を与えられた場合， VERTICAL 主軸が 3 本の側軸に資源を取られて 2 本しか側軸持たないLATERAL 主軸より小さくなる場合がある．
• 時刻は 1445． いまのところうまく動いてるようなので， もひとつ前進． 政教分離不可能な pipetree における 中心教義をより完全に成立させるべく， 古い葉の面積まで考慮した軸の太さの補正をやる． 狂信的だなぁ．
• 1510 古い葉が落ちると， それを支えていたパイプが不要になる (再利用もしくは放棄される)， という機構を組み込んでみる． やはりそんなに結果はかわるものでない．

[狂信的なほどに忠実な樹木] まだ明るさ計算とかやってないから， 葉っぱなんかが変な場所についている． しかし某教団の教義は宇宙的普遍性は有するがゆえに， かかる地球外植物ごときに対しても 厳密に成立してるのである． 試みに 図の中のどの場所でもいいから， 軸の太さとそれより先端方向についてる すべての葉っぱの合計面積を比較して見て下さい．

• さて， いよいよ三次元虚業ライブラリを 呼び出して開空度計算やらせてみますかね． 召喚呪文が面倒だったような気がする． 現時点でのやりかたをメモしておくか．
• // 準備
  • Fvision fvision;
  • fvision.Initialization( &voxels, &sky ); // 初期化．三次元区画 Voxles と天球光分布 sky を渡す．
  // 動態ルーチン
  • // 樹木の Transformation
  • fvision.RegistVit( &new_vit ); // 三次元実存 Vit の登録． new Vit(...) などやってから．
  • fvision.RegistEye( &new_eye ); // Eye の登録． eye.formation(...) などやってから．
  • fvision.SkyWatch( ".", eye_per_mark ); // 登録された Eye が「見る」
  • fvision.ClearListVit(); // 消去許可のある Vit を登録から外す．
  • fvision.ClearVectorEye(); // 登録されている Eye を外す．
• 目 Eye はまとめて登録しなくても， 個別に SkyWtach させることができる． Eye と Vit はこれらのを基底クラスとする 派生クラス EyePipeTree だの VitTriangle だの 作ってシミュレイターごとにカスタマイズできるようになってる …… という仕掛けだったな． 6 月に Pasoh 計算やって以来さわってなかったので， 使い方を忘れてた．
• ちょっとひと休みして独房群屋上まで上がる． 天気晴れ． 気温は 25 ℃ぐらいか? ストレッチなどやりながら， 屋上ぐるぐる歩いてみる． この独房群の周囲はどこも工事中であり， 巨大な穴が掘られたりしている． 新しい建物が …… 3 つか? うーむ， 世間では特殊法人とりつぶしが進もうとしているのに (JAMSTEC も特殊法人)， <しんかい2000> 手放したり バス売ったり してる JAMSTEC， どういう名目で どこから予算ふんだくってきて， いったい何をねらって …… 謎．
• 甲山さんからパラメーター関係の返信メイル． さて， 光合成・呼吸といったサブモデルのパラメーターについて， いにしえの縞枯山文献などから 新たに特定していただいた数値なんだが …… やはりなんだかヘンなん気がする． というよりモデリングの疑問だな． この光合成の積分らしきものをあらわす数式， 使いかた， これでいいのだろうか．
• …… などと考えてみるも結論の出ぬままいったん撤退． 1750 研究所発． 普通に乗って 1805 京急杉田発． 重要無形文化財に指定されている 某流派の光合成・呼吸の計算お作法は間違ってる， と車内で気づく． いまどきの若者であるゆえ 宗家の計算法については研究してないけど， 少なくとも pipetree に入れてる 甲山さんふうアレンジは単位がおかしい． 快特に乗り換えて 1810 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1830 京急川崎発． 1900 帰宅．
• 晩飯食ってから， もいちど検算 …… 光合成速度とかいうやつは， 葉の重量に比例ではなくて， 非線型な式になっちまうんじゃないでしょうか， というメイル書いてみる． さて， どうなるか． こちら方面の作業は明日まで保留．
• 2330 まで架空植物世界における局所的な 「明るさ」を計算するための改造． ゆっくりしたペイス． 大わくはできた． 明日は個々の葉群たちに自分専用の「目」を生成させ， 無数の三角形破片まきちらされた数値三次元世界の虚空を 観天させれば「明るさ」は計算されるはずである．
• 今日の食卓
  • 朝 (0710): 米 0.6 合． 昨晩の残りの納豆オクラ． キャベツとヒラタケの炒めもの．
  • 昼 (1205): 弁当． 米 0.8 合． キャベツとヒラタケの炒めもの． 昨晩の残りの鶏レバ．
  • 晩 (1920): 納豆スパゲッティー． 朝の残り． 鶏レバはあと数日もつか?

2001 年 09 月 06 日 (木)

• 0720 起床． 0700 に起きれん． 眠い．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー．
• 0755 自宅発． 曇． 特急に乗って 0803 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0830 京急上大岡発． 0845 研究所着．
• 昨日よくわからなかった光合成による 年間同化量らしきものを計算するモデルについて， さっそく甲山さんからメイルいただく． けど， 決着はつかず． 当方に改善案無いので， そちらはおまかせすることに．
• こちらはパイプ樹木の枝の先のほうに 光センサー「目」を組み込む作業． 枝はどんどん伸びては分裂するのだから， 目の位置も数も変わっていくのである．
• いま作ってるシミュレイターは 次第に悪しきお役所のごとき世界となっており， 目の位置変えるだけでもこれだけの伝言ゲイムが 発生してしまう．
  • Forest 「目の位置変えてくれ」
  • PipeTree 「目? なんか知らないけど PipeTerminal がやるそうです」
  • PipeTerminal 「私は Foliage に命令するだけ」
  • Foliage 「三次元計算できないので NeedleMaker におまかせ」
  • NeedleMaker 「はいはい，位置計算だけならやりますよ」
  • Foliage 「じゃあ，目を動かします」
• 目を新しく作る， いらなくなったのを登録抹消する …… といったぎょーむも同様にあれこれと面倒である． 面倒をさらに加速してるのは， 計算量をせこせこと節約するために ひとつの目をいくつかの Foliage が共有している， というモデリングである． だから古い葉っぱなんぞ残すと面倒に ……
• 午前中はそういう部分の作り込み． とりあえずコンパイルは通るようになった． 問題点をあらいだす前に 昼飯の弁当を食う．
• 細かいバグなど直したつつ目の配置試験． とりあえずこんなところか?

[光センサー配置] 黄色い三角形が光センサー「目」 の位置と中央視線方向． この目が時間とともに樹木の上を動いたり分裂したり …… 計算機に余力あれば目は動かしたりせずに， その場で観測を続けるようにしたい．

• 甲山さんからパイプ樹木先端の主軸・側軸の長さ比が 変なんじゃない， というメイルの指摘に始まって， このあとは予定を中断して このへんのサブモデルの見直し．
• けっきょく， Vertical の主軸の先端だけは 末端のやりくりまったくの特別扱いだけど， 同時に資源配分系の中では 他の先端と同じように計算できないといけない， という首尾一貫しない扱い． しかしデータはこっちに無いし， 時間も残されてないから検討するのはやめ．
• ますますわやくちゃになった資源配分系をどう実装するか， という問題の解決だけを考える． 現在の TerminalAdjuster を基底クラスとして， TerminalAdjusterVeritcal と TerminalAdjusterLateral を派生するしかないね． さらに TerminalAdjusterVeritcal の中で， 場合わけをして計算結果キャッシュサーヴァーに 資源配分解を登録していくか．
• まだ改装には着手してないけど， いったん帰る． 1855 研究所発． 普通に乗って 1905 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1910 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1930 京急川崎発． 2000 帰宅．
• 晩飯食ってから資源配分系のコード見直してみる． とりあえずいままでの TerminalAdjuster かr TerminalAdjusterLateral を分離せんといかんかな． すごく面倒そう．
• どれとどれを基底に残し， どれを仮想関数にしてしまうか． このメンバー変数は private か protected か． このメンバー関数は private か public か． といった検討からはじめて 2230 ごろまでかかって， とりあえず基底・派生クラスがコンパイル通るようにする． 構造上分化しただけで機能的にはまだ充分に分化していない．
• お， Yahoo! オークションに出してた電池は終ってるね． たくさんの人が追跡してたのに， けっきょく出発価格で終ったか． しかしコメ一ヶ月分になったからいーや． 対応のメイル書く．
• TerminalAdjuster 分割の前にいれておいた紅茶， 隣の部屋に放置したままだった． すっかり冷えきって苦くなったのを飲む． この派生手術， 心臓移植とまではいかずとも美容整形ぐらいの 精神集中は要求されたんじゃないかなぁ． ふう．
• 基底クラス TerminalAdjuster のインターフェイスが 破綻してないか調べる． まぁ， いざとなれば ( TerminalAdjusterVeritcal* ) terminal_adjuster などと C++ 呪われな型変換やればいいんだけどね． 関連するクラスのコンパイルを調べたかぎりでは問題なさそう．
• 2430 TerminalAdjuster から TerminalAdjusterVeritcal と TerminalAdjusterLateral を派生した新版で， pipetree 成長した． 詳しい動作試験はまた明日．
• なんか， 生態学研究者の何割かを占めるあろめとらーたちの 方法論を基本的なところから批判したくなってきた． 「線ひけました」 「ゆーいでした」 「関係わかりました」 って統計学的にも生物学的にも 何やってるのかよくわからん． とはいえ， こちらもああいうデータの扱いに慣れてるわけでもないから …… 長い戦いになりそうですなぁ．
• 今日の食卓
  • 朝 (0730): 米 0.6 合． 鶏レバ醤油砂糖ショウガ煮込みが なかなか減らないので， 半分ほど投入して炊きこみ飯とする． そんなにまずくはない． キャベツ・タマネギの炒めもの．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (): 米 0.6 合．

2001 年 09 月 07 日 (金)

• 0710 起床． 眠い． やはり今週は夏休みの残りのうち 1 日を使うべきだったか．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー．
• 0745 自宅発． くもり． 特急に乗って 0754 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• なかなか仕事に着手できん．
• 葉群の上にとりつけた光センサー「目」に映る障害物である 三角形 VitTriangle たちを三次元虚業ライブラリの 総合窓口を経由して三次元区画 Voxels に登録しようとするんだが …… なぜかうまくいかない．
• これもしょーもないミスで VitTriangle の複数ある コンストラクターの挙動に矛盾があったためであった． うーん， バテてるのか?
• さて開空度らしき数量の計算結果なんだが …… なぜか多くの場所でとても暗い数値が出てる． これってまだ単木的な状況だよ? 変だ変だ．
• しょうがないから， また「視線」を描画してみるか …… という試験の準備． 動作試験もだんだんたいへんになってきた．
• というあたりで早くも午前が終ってしまった． いかんなぁ． 昼休みつつ弁当食う．
• Yahoo! オークションに出してた怪しげ健康器具落札された． こちらは開始価格のほぼ 2 倍に． 昨日の電池とあわせるとコメ代 3ヵ月ぶんは助かったか? 連絡メイルなど出す．
• 午後も観天バグの直しのつづき． 1350 ようやくおかしなところがわかった．

[なんかへんだと思ったら] これって逆向けにぶっぱなしてません? 期せずして葉っぱにあたった「視線」は そこでぴたっと食い止められると確認はできたけど．

• おおっと， これは下向けに撃ってるんじゃなくて， 賢いというかバカな視線が 視点からもっとも近い障害物を見つけて， そちらにぶつかっていってるんだ． つまり視線のヴェクターの正負を考えてないわけだ． さーて， どのレヴェルで修正を加えるべきか．
• まじめに考えるのがイヤになったので， EyePipetree の中での「あたったとき処理」の Check 関数で自分より低いところにある 障害物は無視することにした． こーいう手抜きな直しかたでいいんだろうか …… 時刻 1415．

[安直に解決?] めでたく， 対空射撃網の完成， ということでしょうか．

• 開空度計算やると， 速度がガタ落ち …… まずいことに 1 ステップ (1 年) の 計算時間が三次元オブジェクトの個数に強く影響されている．
• 三次元区画 Voxel の大きさをいろいろと変えてみると …… ああ， やっぱり区画を小さくすると計算速度が速くなる． つまり三角形断片がすごく集中分布してるのが問題である， ということなんだろうな．
• 計算速度問題だのおかしな生産モデルだのにケリがつかぬまま帰宅． 今日もばてた． 1755 研究所発． 普通に乗って 1810 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1820 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1840 京急川崎発． 1920 帰宅．
• 晩飯食ってからも Abies PipeTree の続き． 残念ながら高速化に着手せざるをえない． どうすればよいか， という方針は帰りの電車のなかで確定した． しかしかなり面倒であるので， 明日体力が回復してから．
• 今晩は「最大成長量問題」に取り組む． あろめとらーな制約・ あじゃすたーずの偏執的に厳密な資源配分が実現している 空想植物世界において現実ばなれしてる点は多々あるんだが …… その中でももっとも目立つのは一昨日の図にあるような 「先端肥大」 とでも呼ぶべき現象である． これを押さえこむ術策が必要とされている．
• なにしろ先端枝の長さが 1 年間に 60cm とか 80cm とか 伸びたりするからなぁ …… ところが「現実にはせいぜい 30cm」 だそうで， これがなかなかやっかいなのである．
• すでに作ってきた小役人的な枝先端形成システムがこのような 御都合主義な「上限」を安易に組み込むことを 拒否しているのである． これは Xg の資源が与えられたら， それに見合うような太さ長さの主軸ならびに側軸を 適切な本数形成するにようになっている． ここで急に「長さ○○センチ以上は作るな」 というルールをあとから追加すると， 矛盾が生じるのである． 具体的には余ってはいけないはずの構築用資源が余ってしまう．
• ということで， 最終目的としては軸の長さを制限したいのだけど， だからといって長さを直接にいじくるのは 自分で作った法律にもとづいて自分自身に死刑判決を下すような 愚策なのである．
• ではどうするか? 当然， そのひとつ上流工程に手を加えることになる． ここはアロメトリーの宗教的制約をまぬがれている．
• さて具体的な定式化であるが …… 基本となるアイデアは 「10g の炭水化物を渡されたら 10g の枝を作ることができるか?」 というものである． 答はもちろん否で， そうやって下賜された資源のうち何割かをさいて 「炭水化物から枝を形成するためのエネルギー」 として用いなければならない． つまり 10g の炭水化物をもらってもできる枝は 5g とか 6g といった重量になる．
• この構造材+エネルギーへの分割なのだけど， ここでも安易に 「一定の比率で ……」 などとやってはいけない． これでは上限が設定されないのである． 投資量 10g なら新しい枝 5g， 100g なら 50g というふうに， 投入した資源に呼応して 末端枝のサイズが際限なく増大してしまう．
• これをうまく収束させるにはどうしたらよいか? 「いくらでも増大する可能性があるのに 有限の大きさに収束する」 といったうまい数理モデルはないだろうか …… この場合は既存の生態学のモデルは何の役にも立たず， むしろ力学あたりから借用してくるのがラクである． そう， 「空気抵抗によって決まる落体の終端速度」 である．
• 空気中で落っこちるモノの加速度はそのときの速度に比例する 抵抗をうける …… というのを流用して， 成長速度に比例する資源浪費 (構造材ではなく「摩擦熱」として消える炭水化物) を仮定してやると， うまく上限を入れることができる， とわかった．
• 他よりもたくさんの資源を与えられた枝先は それをのんびりと「消費」してよいわけではなく， 他の枝先と同じ長さの限られた成長可能期間のうちに 全部使い切ってしまわないといかない (このへんは予算完全消化を強要されるお役所と同じである， と仮定してるわけね)． つまり成長速度が相対的に速くなってしまって 「浪費」も増える， という定式化である．
• 世の中に樹木の枝の研究者というのはたくさんいるんだろうけど (大半はあろめとらーなのかな?)， こういう「枝形成速度に伴って増大する建設コスト」 みたいなのをちゃんと調べたヒトっているんだろうか?
• とはいえこれもいいかげんなモデルだなぁ， と思いつつ 今晩は数枚の古紙のウラにあれこれと怪しげな数式を 書き散らして静かに夜がふけていくのであった．
• 夜中に落札された健康器具を落札者に宅急便で送りだす． 電話料金も支払う． 1908 円．
• 今日の食卓
  • 朝 (0720): 米 0.6 合． 昨日と同じく鶏レバ煮物の炊きこみ飯． キャベツ・タマネギ・シイタケの炒めもの．
  • 昼 (1215): 弁当． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1940): 米 0.7 合． 朝の残り．

2001 年 09 月 08 日 (土)

• 0830 起床． まあまあ眠れました．
• しかし午前中は昨晩は書けなかったぎょーむ日誌を 書いてしまう以外は 何も仕事が進捗せず．
• 昼過ぎに散発に出かける． 曇． すでに日中に行動できるぐらい涼しくなっている． 気温 25℃ぐらいか． いつものごとく第一京浜・環七交叉点の 理髪店で髪を短くしてもらう． 2400 円．
• 帰って昼飯食うと， 少し体力的には回復． メイルの返信など書いてみる．
• 北大の小林さんから参考文献送っていただく．
  • Xavier Le Roux, Andr Lacointe, Abraham Escobar-Gutirrez and Sverine Le Dizs. 2001. Carbon-based models of individual tree growth: A critical appraisal. Ann.For.Sci. 58: 469-506.
  …… こりゃあ， すごい． 150 近くの文献を引用して 樹木個体モデリングぎょーかい全体を概観している review だ．
• 自分で調べる手間がはぶけた． 私の場合， 自分自身のでっちあげ & 思いつきに依存して， 他人の研究についはあまりちゃんと調べたりしてないもんで ……
• 昨日から長谷川宣教師殿がなぜか Ruby スクリプトを 当方に送ってくる． こーでぃんぐ評論家を自称する私は その Ruby なイテレイターが多用されたコードに 論評なぞ加えてしまうのであった． 新手の布教方法だろうか?
• 自宅の通信環境を整備しておられる甲山さんから， 土日にもメイルが来信するようになってしまった． 昨日のぎょーむ日誌に書いてた 「たとえ無限大の投入資源であっても有限サイズの構造材に変換する」 詐術についてあれこれ．
• …… さて， 午後から 2600 ごろまでかかって 三次元虚業ライブラリのデータ構造を改築することで 高速化をねらう作業をやっていたんだが …… よくわからぬバグの取れぬまま本日の作業終了． ばてばて． 高速化とよばれる儀式のもたらす消耗と呪いの一例については 「こそくな高速化と世界の破綻」 ．
• 今日の食卓
  • 朝 (1000): タマネギ・ニンニク茎・シイタケ炒めたものの サンドイッチ．
  • 昼 (1330): 蕎麦． 朝の炒めものの残り．
  • 晩 (2350): 納豆蕎麦．

2001 年 09 月 09 日 (日)

• 0920 起床． うう．
• …… 時刻はすでに 2225． 今日も一日プログラミングで終った． かなり厳しい週末であった． 明日以降にそなえるという口実で， そろそろ切り上げようかな． 既知のバグはすべて掃討． そうだ． これ以上いじるとまた新しいバグが混入する． 本日のぎょーむここまで． 撤収．
• 外に出る． なんだか台風が近くを徘徊してたらしい． 少し雨がぱらついてるか? 京急大森町横の TSUTAYA で本などながめて， マルエツで食料調達． 明日の米が無いのである． しかし金も無い． 逡巡したあげく 2Kg 850 円オーストラリア産 コシヒカリなど買う． いつもは効率を重視して 10Kg 買いするんだけど．
• ふらふら歩いて帰宅するとこわばっていた身体が 少しほぐれたような気がする． 今日は 12 時間以上座りっぱなしだったなぁ．
• ここ二日間やったことを簡単にメモしておく． 今回の改造作業で狙っていたのは高速化であった． 新ライブラリの 「精密ですけーらぶるな三次元計算」 とやらのお題目もけっこーですが， とにかく元祖 PipeTree などに比べて三次元計算が遅すぎる． 残り時間だってあまり無いんだ．
• ということで， 三次元虚業ライブラリの内部を大幅に直し， それに伴う必然として悪夢のごときバグが大量発生したので そいつらとひたすらに乱闘に明け暮れてたのである． 「痛みを伴う構造改革」とはこのことか? 頭くらくら体ばきばき．
• 土曜日の午前の時点で， 三次元区画の大きさを一辺 25cm にとって 6 年間の樹木成長をシミュレイトすると， なんと 160 秒もかかった． これを速くするには， そこで区画の大きさを縮めてみればよい．

…… というふうに， 結果は同じままに このように計算速度を改善することができる．
• じゃあ， 最初からそうすればいいじゃん …… と思うだろうが， 改造前のライブラリでは区画を細かくすると メモリをどか食いする構造になっていたのである． たとえば 25cm 区画に比べると 12.5cm のものは じつに 8 倍も場所をとる．
• このあたりを過去 2 年間にわたって研鑽してきた メモリ貧乏使いのワザを駆使して解決しようとしていた …… いまから思えば気の遠くなるような試行錯誤の結果， 今日の夕方ごろには ……

…… と速度的にはそれほど改善されていないんだが …… 実行時のメモリ使用量が 自分でも驚くほど激減してしまった． これけっこうすごい． 計算精度は改造前の程度を維持してるんだよ． 128MB しか積んでいない外づけ計算機 Mate でも よゆーしゃくしゃく． 10 年生ぐらいだと 30MB も使ってないのか?
• まぁ， 最終的には 10-20 本ぐらいの 樹木をまとめて計算せんといかんのだけど， この改装によってよーやく光明が見えた， というかんぢだ． ホント昨日の時点ではどうしようかと思ってたよ． 320MB 搭載の独房内 BookPC でも単木 10 年シミュレイションできなかったからなぁ． 8 年ぐらいで core げろげろ吐いて勝手に終了してた．
• だいたい推測がつくと思うけど， 昨日の午前中まではこういった三次元区画は文字どーり 三次元配列というようなデータ構造になっていた． これは計算に必要ないところまでメモリを食ってしまう． で， 改良版についてはいまは必要なところだけ区画ぶんの 資源を確保するようにしている．
• あと， 他のオブジェクトと共有できる資源は共有する， というような貧乏使いまわしやったり．
• とりあえず計算はちんたら遅いままだけど (時間がたつにつれ枝の本数はバクハツ的に増え， 一年ぶんの成長を計算するのに必要な時間がどんどん長くなる)， メモリ食わないってことはいいことだ． paging なるハードディスク上の仮想メモリへの 書きこみが生じなくなるからである． いま動作試験してるより大きな規模の計算やらせるときでも， これによって速度がかなりかせげるはずだ． ああいうスワップが「ごりごり」発生し始めると (実際に HDD がそういう音をたてる) いきなり速度ががた落ちするもんね．
• ちなみに初代 PipeTree では このあたりはどうしようもなかったので， 樹木集団の計算やるときは， かなり精度を落していた． 今回はまだそこまでは追いつめられていない．
• 以前よりは不安なく三次元計算できるようになったので， 成長を制御しているサブモデルやパラメーターの調節に ふたたび取り組んでみる． どうも甲山さんパラメーターだと成長がよすぎるんだよね． ちょっと生産力を落してみても ……

[こみこみ] まぁ，単木的な状況だから， こういうふうになるのかもしれんが， 下のほうはもうちょっと仲間殺しによる 枯れ上りが生じてもよさそうなんだが．

• ということで， 樹木内格差をかなりきつくつけ 「富めるものはますます富み， 貧しきはいよいよ貧しく」 と悪しき資本主義的なルールにしてみると ……

[今度はやりすぎか?] しかしこれぐらい死んでくれると 計算はラクですな．

• …… というふうに明日からは試行錯誤をしなければならない． 隠れていたバグがのそのそと出てきたり， また新しいバグを「創作」してしまったり …… ちなみに出発まであと 16 日である． ふう．
• カラダあちこち痛い． 寝る前にストレッチやろう． うだうだとこんなもの書いてたせいで， 時刻はすでに 2425．
• 今日の食卓
  • 朝 (0950): 蕎麦．
  • 昼 (1530): 米 0.7 合． ツルムラサキおひたし． キムチの素味．
  • 晩 (2130): 米 0.7 合． オクラとシイタケを茹でて細かく切って混ぜたもの． 麺つゆ味．

2001 年 09 月 10 日 (月)

• 0700 起床． 寝れたのは結局 0200 すぎ． 今晩はバグ戦争なんぞやらずにさっさと寝る， と決意．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー． コーヒー．
• 0745 自宅発． 雨． 台風 15 号というのが接近してるらしい． 燃えるゴミ出し． 特急に乗って 0754 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 横浜方面， 雨強し． 0835 研究所着．
• 朝から気分悪い． コーヒー飲んだのがまずかったか．
• ここしばらく甲山さんの Abies 論文の別刷りを探してたんだけど なかなか見つからなかった． 今朝， ふと気づいたんだけど， 目の前の液晶ディスプレイの横にずいぶんと前から 立てかけてあった． うーむ．
• で， 拝読すると …… なんかいま計算してるのとは違うような． まぁ， このあたりはおいおい調節してみよう．
• アタマがまだぼけてる状態なので， いーかげんに Abies PipeTree 試験運転などやったりしながら， メイルなど書いたりする． まだマトモに動かぬ樹木シミュレイターに関する 研究成果とやらの発表に関連する連絡を 分離独立目論む某州に送ったり． やれやれ． あ， 飛行機発着待ちのための宿泊まだとってないよう．
• なーんか BookPC の計算速度遅くないか? クロック数 733MHz のはずなんだが， 自宅外づけ計算機 Mate650MHz より遅いような気がする． どちらも PentiumIII．
• ちょっとした小改良しただけで午前中終了． 昨日の「ぎょーむ日誌」の下ぶぐれな「こみこみ」 樹木はイヤだと思った甲山さんメイルによってめでたく 垂直系・水平系の主軸長さ→側軸長さ変換のモデルが再統一された． まぁ， 一次式モデルなんだが．

• 弁当食いながら計算させてみると， たしかに横方向の分裂はこれで多少は食い止められる． しかしなかなか下の枝が死なない． やはり競争をきつくせんといかんのじゃないかな． ところで種内競争というような生態学じゃーごんはあるけど， 個体内競争， という概念はあるんだろうか． まぁ， いまの PipeTree の場合， 個体内の資源共有の度合が強いんで， あたかも「競争」みたいに見えるんだが．
• ところでどうしてこんなに計算遅いんだろう …… と思ったら， いまたまたま調べていたパラメーターセットは すごく矮化した個体を生成するものだった． 狭いところにぎちぎちに詰め込んだら， そりゃあ計算速度落ちますね． 三次元区画で切り分けるというまじないが効かなくなるから．
• 逆に言えば計算にどれぐらい時間かかっているのか， を見ればどんな樹型なのかだいたい想像がつく， ということですな． 計算が速いときはすらりとしてる．
• 弁当の飯がうまく感じられる． 体力が少し回復してきたんだろうか． あるいは昨晩調達してきた オーストラリア産コシヒカリの功名かしらん?
• 午後もメイルなど書いたり小手先変更→試運転といった ぬるいことをやっていたんだけど， いつまでもうだうだしてられないので， 次なる改造の準備に着手する． 三次元区画 Voxels の境界処理である．
• 三次元虚業ライブラリー， すでにかなりややこしくなってるんで， いきなりぱっとみて本能のおもむくままにコード改変， とはいかない． 関連するコードを 10 ペイジほど印刷し， どのポイントで変更するか， といった検討をしてみる．
• その結果わかったのは …… 境界条件処理， というのはどうしてもどろくさくなってしまう， という現実である． えーい． またまためんどうだ． しかしこれもまた逃げられぬ局面だ．
• 生物統計メイリングリスト biometry を通じて， 三中さんから今年の計量生物学セミナーの 案内 ． 「Bioinformatics: ゲノム情報による遺伝子の探索，機能予測， 集団構造と進化の推定」 か …… すごく楽しそうだけど， 今回はパス． どうもそのあたりは何か別の予定 (複数) がありそうな ……
• 三次元区画 Voxels の境界条件問題だが …… メモに問題点を列挙してみるとかなりややこしいものになる， とわかった． もいちどメモを整理してから コーディングしてみよう．
• ということで本日は撤退． 1745 研究所発． 雨やんでる． 普通に乗って 1800 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1810 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1800 京急川崎発． 京急蒲田すぎるあたりからざーざー降ってきた． 1900 帰宅．
• ラジオの台風情報ききながらぼーっと晩飯を食い紅茶を飲む．
• おっと時刻はすでに 2100． 帰りの電車の中でくだんの三次元境界問題に関する うまい処理法を思いついた． やっぱりちょっと vi (vim) エディターから 離れてあれこれ考えをひねってみたりすると， 良い方法なんかを思いついたりするもんだ．
• とはいえ， 今晩もいまから三次元ライブラリに手を加えたりはしない． 悪質なバグが発生したら眠れなくなる． そのかわり， アイデアを整理したメモをぢりぢり作ってみるかな …… うーむ， 「どのカベにぶちあたったか?」 の判定は泥くさいままだ．
• で， 私にしては珍しくてきぱきと こういう詳細でながーいメモ を 2240 ごろに書き上げてしまってから， ようやくある重大なことに気づいた． 自分はなんて阿呆なんだ． こんなごちゃごちゃした関数作る必要， まったくないじゃない． 境界条件が三種類もあってあってややこしい． そうですか． だったら， 継承を使えばいいだけじゃない． 呪われ言語 C++ なんだから． Boundary を基底クラスとして， BoundaryAbsorptive と BoundaryReflective と BoundaryPeriodic を派生すればいいんでしょう? いちいち条件分岐する必要なし． 衝突点を特定するときも 六枚の Boundary* からなる vector<Boundary*> くるくる回すだけ． そっちのほうがよっぽどすっきりスマート， 柔軟性も高い …… いやー， まいったまいった． ははは …… はは ……
• 今日は平日でありながら休日のごとき 静かな一日でありました． まぁ， そういう日があってもいいでしょう． 発表までの日数が残されていない， という点を看過しえるならば …… さーて， 寝よ寝よ．
• 今日の食卓
  • 朝 (0715): 米 0.6 合． ツルムラサキおひたし． キムチの素味． じつは昨日の昼の残り．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1920): 米 0.6 合． タマネギ・ニンニク茎・ヒラタケ・卵の炒めもの．