library(lme4)
の変転あれこれ,
そして
Jim Lindsey の package は今でも
メンテナンスされてる
(今後もしばらくはだいじょうぶそうなかんぢ)
という二点だ
……
GLMM まわり
はいろいろ書き換えんといかんな.
library(lme4)
の推定関数
lmer()
一族においては,
method
なる推定法指定のオプションが廃止
(deprecated
)
されてしまって,
REML
が使えるモデルなら
REML = TRUE/FALSE
指定,
そうでないなら
(glmer()
な状況)
nAGQ
の指定で 1 なら Laplace 近似,
それより大なら対数尤度の
adaptive Gauss-Hermite approximation
での評価点の個数.
glmm()
関数は library(repeated)
(help index)
にあり,
これをインストールするためには
library(rmutil)
が必要.
glmm()
の出力オブジェクトである
glmm
クラスは glm
クラスを継承しており,
などにも対応している.
sd
が (見かけの上だけなんだけど)
あたかも model formula のように見せかける
強引なつじつまあわせの実装をしたために,
stepAIC()
によるモデル単純化をしくじったり,
じつは
stepAIC()
使用時にはそもそも対数尤度を正しく評価できない場合もあるといった
欠点も存在している.
lmer()
ぎらい
は悪化しました.
MCMCglmm()
関数がもっと簡単に使えるようになればよいのかなぁ?
family = gaussian
の場合はそんなことを反映できない),
またそういう情報があったとしても,
ブロック数がすくなければ「全ブロック共通の切片」
みたいな値の事後分布も収束しません,
と
……
これもまああたりまえかな.
libray(lme4)
の lmer()
であつかえる問題とは思えない.
そしてこのあたりがうまくモデリングできてないので,
よけーな交互作用項ありモデルが AIC 最良になったりするわけで
……
sudo lsof -nPi:22
などとしてみると,
たしかに IPv6 で通信してるよーにみえた.
これが発端.
/etc/sysctl.conf
を設定しなさいといったことが書かれていた.
/etc/sysctl.conf
がそのように設定されていて IPv6 あれこれは disable だった.
DISPLAY
が自動的に設定されなくなり,
それだけでなく無理矢理に export DISPLAY=...
うんぬんとやってみても設定できず,
X な何かを起動すると can't open display とか出るんだよね.
/etc/sysctl.conf
で
net.ipv6.conf.all.disable_ipv6
などを 0
にして,
sudo sysctl -p
などとすると ssh な X11 forwarding ができるようになったんだよねー
……
dvipdfmx
日本語文字まわり.
dvipdfmx
のコンパイルを通そうとしたのだが
……
$\sim$
に置換するとか)
でしのいでみた
……
まあ,
とりあえず終了
……
apt-get
して LaTeX ファイルのアタマの部分を
\documentclass[12pt,a4]{article} \usepackage{xltxtra} \setmainfont[Mapping=tex-text]{IPAGothic} \XeTeXlinebreaklocale "ja"などとして
xelatex foo.tex
とすれば,
いきなり PDF
ファイルが生成されたり.
\setmainfont[ItalicFont={LiberationSerif-Italic}]{VL-Gothic-Regular}などとするとイタリックフォントを別に指定できる …… 組版的にカッコの前後があきすぎてるのは, 元データから LaTeX タグに変換するところでよけーな 空白をいれてたためで, これはあとで修正しといた.
/usr/share/fonts/
以下にある
(アウトラインな?)
フォントなら上述のごとく指定できるようだ.
他のディレクトリに格納されているフォントも可能,
あるいは何か少々工夫すれば可能みたいなんだけど,
どーにもこーにも Linux & TeX
のフォントまわりはまったくわからない.
\setmainfont[Mapping=tex-text,AutoFakeSlant=0.4]{VL-Gothic-Regular}といった「にせ斜体」指定も可能みたいだが, Ubuntu 10.04 に入ってる texlive_2009 ではエラーとなった.
C1_01_NO_FILE
といったダミーファイルを置くようにしている.