ぎょーむ日誌 2011-02-21

2011 年 02 月 21 日 (月)

• 0710 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• 今日は生態学会札幌大会のよくわからぬ書類かき ……
• そしてなぜかしら江川さんとの GLMM 研究 --- ちかごろの R まわりにおける GLMM パラメーター推定関数の事情あれこれ調査 に費やされてしまったのであった …… まあ， なにしろ皆さんあーだこーだと理由をつけて WinBUGS な階層ベイズモデル推定をやりたがらないので， このあたりも依然として知っておく必要あり， とゆーことで．
• まずわかったこと: library(lme4) の変転あれこれ， そして Jim Lindsey の package は今でも メンテナンスされてる (今後もしばらくはだいじょうぶそうなかんぢ) という二点だ …… GLMM まわり はいろいろ書き換えんといかんな．
• library(lme4) の推定関数 lmer() 一族においては， method なる推定法指定のオプションが廃止 (deprecated) されてしまって， REML が使えるモデルなら REML = TRUE/FALSE 指定， そうでないなら (glmer() な状況) nAGQ の指定で 1 なら Laplace 近似， それより大なら対数尤度の adaptive Gauss-Hermite approximation での評価点の個数．
• Lindsey さんはあいかわらず CRAN ぎらいで， 上述の自分のサイトで package を公開してるわけだが， R の version 更新に対応しようとしている …… glmm() 関数は library(repeated) (help index) にあり， これをインストールするためには library(rmutil) が必要．
• Lindsey さんの glmm() の出力オブジェクトである glmm クラスは glm クラスを継承しており， などにも対応している．
• ただし random effects のばらつきをあらわすパラメーター sd が (見かけの上だけなんだけど) あたかも model formula のように見せかける 強引なつじつまあわせの実装をしたために， stepAIC() によるモデル単純化をしくじったり， じつは stepAIC() 使用時にはそもそも対数尤度を正しく評価できない場合もあるといった 欠点も存在している．
• まー， GLMM まわり はいろいろ書き換えますよ． 本日の体験から， ますます lmer() ぎらい は悪化しました． MCMCglmm() 関数がもっと簡単に使えるようになればよいのかなぁ?
• ついでに， 粕谷さんからの GLMM 宿題にも少し着手してみた …… 結論はわりと単純で， データのばらつきも正規分布で random effects ならばらつきも正規分布であらわされる場合， あたりまえのことながら， 「『残差』はブロック差よりずっと小さい」 といったたぐいの事前情報をうまくつかわなければ， そもそもまともなパラメーター推定はできないし (上記の GLMM 推定関数で family = gaussian の場合はそんなことを反映できない)， またそういう情報があったとしても， ブロック数がすくなければ「全ブロック共通の切片」 みたいな値の事後分布も収束しません， と …… これもまああたりまえかな．

• 今日はこのほかにも， 生態学会札幌大会の細かいあれこれが …… 託児依頼なんてほとんどないだろうと楽観してたのが完全にハズれて 次から次へとメイルがくるは， 一般講演口頭発表のファイルがどーのこーのといった ……
• 1810 研究室発． 買いもの． 1840 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• ぐったり．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． どーもうんどう休養日になりがち ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米 0.5 合． ネギ・油揚の味噌汁． イカキムチ．
  • 昼 (1200): 研究室． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (1940): 米 0.5 合． ネギ・ニンジン・魚すりみの味噌汁． ゴボウ・ニンジン・豚肉のきんぴら． イカキムチとキュウリ．