ぎょーむ日誌 2009-04-(01-10)

2009 年 04 月 01 日 (水)

• 0740 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• 今日も生態学会さーばー移行作業のつづき． しんどい．
• まず www.esj.ne.jp の移行の準備． これは旧さーばー上でいつ誰が書きかえてしまうかわからないので， 技術的な工夫が必要だ． で， このような場合に便利な魔法といえば， それは rsync に他ならない．

  sudo rsync -auvzb -e ssh XXX:/home/.sites/143/site2/web/ ./web/
  

  これで差分こぴーされるだけでなく， uname とかも mapping される．
• ところがうまくいかない場合もあって， それは新旧さーばーで uname がちがう場合， たとえば httpd は旧さーばー上では www (uid = 306) で動いているけど， 新さーばー上では apache だ． これは find による「条件つき chown」 を実行する．

  sudo find ./web/ -uid 306 -exec chown --verbose apache.apache '{}' \;
  

  PukiWiki とか PHP が生成したファイルは httpd の uid になるからね．
• で， このよーな魔法コンビネイションわざを発動するためには， 事前に useradd で必要な user を登録しとく必要がある． つまり Plesk なユーザー登録は使わずに， Unix 上でごりごりと直接に作ってみた (後記: useradd は暗号化パスワードが必要， newusers コマンドのほうがマシか?)． ま， ばかばかしい手間がはぶけたわけだが， この新さーばー管理者を誰が交代してくれるんだろうか， といった不安はある．
• もちろんここまでの作業は， ぎょーむ日誌だけでなく別のところにも逐一記録しながら作業してますよ． とにかく www.esj.ne.jp 「ほぼ全自動」 移行システムは準備万端．
• www.e-eafes.org は休眠サイトなのでチカラわざでぽいっと移行． これはすごく簡単．
• さて， 残された問題は mail.esj.ne.jp の移行だ ……
• チカラつきたので昼飯．
• 人事の日． 北大フィールド科学センターの北研究林 の辞令もこちらの建物で出されるので (同じ環境科学院だから)， そのついでに同研究林に新しく赴任される 苫小牧の中村さんと京都生態研センターの岸田さんが ご挨拶に見えられた．
• 新しい人といえば， 奈良県林試の宮崎祐子さんは佐竹さんの PD としてこちらに移ってこられた． 北大の環境科学院まわりもヒトが増えて楽しい．
• 生態学会さーばー雑用のつづき． mail.esj.ne.jp まわりともうしますか， メイリングリスト関連を移行しようとすると， DNS 設定あれこれ必要になるわけで． これに関連して， 昨日依頼していた DNS 設定変更に関する返信に対する 久保返信の一部 (DNS まわりに関してまちがいありましたら， どなたかご指摘を):

  > ご依頼の内容通り、切替前までは下記内容にて設定を行います。
  > 
  > www.e-eafes.org　→ 203.104.97.39
  > www.esj.ne.jp → 203.104.97.39
  > mail.esj.ne.jp→ 203.104.97.39
  > lists.esj.ne.jp　→　203.104.99.221
  > esj.ne.jp　→　203.104.99.221
  
  よろしくお願いいたします．これはすぐに変更してもらってかまいません．
  
  > お伝えいただいた、ゾーン情報にMXレコードの記述がありませんでした。
  > 上記ドメインにてメールの利用がなければ、差し支えありませんが、
  > 念のため、ご確認下さいますようお願い致します。
  
  旧サーバー 203.104.97.39 上では今までメイルを運用してきましたが，
  とくに問題なく受信できていました．DNS の設定には詳しくないのですが，
  おそらく MX レコードがみつからないので A レコードで代用していた，
  ということではないでしょうか．
  
  もし MX レコードの設定が必要でしたら，
  mail.esj.ne.jp と esj.ne.jp それぞれに設定していただけないでしょうか．
  
  > 変更の時期についてですが、ご希望の日時があれば、
  > お伝えいただきますようお願い致します。
  > 弊社の営業時間内（平日9時〜18時）でしたら、対応が可能になります。
  
  全体の移行に関しては，web コンテンツを旧→新サーバーで同期させるしくみ
  は作ったので，あとはメイルとメイリングリストの設定をすれば完了すると
  思います．今週中に新サーバーへの全面的な DNS 設定変更をお願いすること
  になりそうです．
  

• DNS の設定まち， となったのでお茶部屋でちょっと休憩．
• なんだかしばらく連絡がくる気配がないので， R で update.packages() したところ …… libarary(VGAM) のコンパイルでこけた． 昨年 6 月 にも同じコトでやられていて (完全に忘れてた)

  作者 Yee さんのサイトから tar.gz をダウンロード， src directory 中の testf90.f90 してから R CMD INSTALL するとうまくいった．

  とやや意味不明ぎみに記録されているけど， 試行錯誤してみたところ

  testf90.f90 を削除 してから

  という意味のようで． うーむ， ぜんぜん記憶にない．
• 専攻科事務補佐の中野さんが 7F に移ってこられたのだが (甲山さんが専攻長になってしまったから)， 事務用の PC がない， とのこと． 数日前に相談したときには甲山さんが準備する， といったテはずになっていたはずなのだが …… まあ， 忘れたんでしょう． そしてご本人はすでに透析のため帰宅されたので， 例によって雪野さんが走りまわることに．
• と思ったらこちはには (専攻科より上の) 学院さーばー雑用が． なんだかよくわからぬ内容．
• いつまでも放置しておけぬ R 作図わざ本， 編集者のかきこみびっしりの原稿全体をながめてみる …… うーむ， なにか一括置換スクリプトが必要とされてますな．
• 1855 研究室発． 買いもの． 1920 帰宅． 体重 72.6 kg． いやはや， 不健康太りだ． ちょっとうんどう． 晩飯．
• NHK ラジオ第一の 19 時の「今日のニュース」 を聞いてて「あれ?」と思って調べてみたら …… 中島裕子さんが隔週でキャスターを! 番組ペイジ はまだ更新されてないけど． えーと， ここしばらくの中島さんの NHK ラジオ第一での遍歴は NHK ジャーナル → (中国でご活躍) → 土曜・日曜あさいちばん → 今日のニュース (19 時)， といったところか．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.4 合． ニンジン・タケノコ・コンニャク・鶏肉の煮物．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ニンジン・タケノコ・コンニャク・鶏肉の煮物．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． 麻婆豆腐．

2009 年 04 月 02 日 (木)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 0855 研究室着．
• また何やらメイルかきとか．
• ややぐったり． そしてさっさと R 作図わざ本の翻訳原稿修正にとりくみたいんだけど …… その前にまた The Lichenologist 校正の微修正． なかなか執拗なる編集長殿がいろいろまちがいを発見してくださったので． この proof にせよ R 作図わざ原稿本にせよ， 「ちょいミス」みのがしがあまりにも多い． まあ， そういう性格なんだろーけど， 「(何かべつのぎょーむにおわれつつ) いやいややってる」 といったあたりも問題なんだろーな．
• なぜかお茶部屋にコーヒーがあったので， ちょっといただく． 今年 12 月の苫小牧巨大クレーンの解体ってどうやるんだろう， といった雑談．
• 気をとりなおして The Lichenologist 再校正にとりくむ．
• Figure legends の追加説明はすぐにできた． イヤなのが References の修正． なンでイヤなのかというと， MS わーど使わないといけないから．
• あーやだやだ， と思いつつ VMware を起動． 計算機内隔離環境の中でイヤなソフトウェアを起動．
• すると専攻科事務の中野さんの新 PC 設定にまきこまれる．
• 昼飯． ややぐったり．
• 新年度な研究室ネット雑用． けっこう時間とられる．
• 佐竹さんの論文原稿のデータ解析まわりのチェック， そのあたりの議論．
• またネット雑用しているうちに， find の「条件つき検索」が少し理解できてきた． find ごちゃごちゃ -newer FILE とすると FILE より新しいファイルだけが列挙されたりする， と．
• ひととーりかたづいたので， 「やだやだ」な The Lichenologist わーど作業にとりくむ …… なんとか終了． とりあえず清水さんにメイル．
• えーい， 今日は「R 作図わざ」本作業はススまなかった． どうなることやら． 2010 研究室発． 2030 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養状態におちいる ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． ヨーグルト．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 麻婆豆腐．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． ニラ・油揚の味噌汁． ピーマン・牛肉の炒めもの．

2009 年 04 月 03 日 (金)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0925 研究室着．
• 朝から生態学会さーばー雑用． 昨日のメイル転送設定， 一部しくじっていたのでその修正．
• ここしばらく， 北大から Ecological Applications の論文が読めなかったんだけど， 図書館にお願いしたらそのあたり修復してもらえた． で， Ecological Applications Volume 19(3) は Forum-Hierarchical Statistical Models in Ecology というのを特集している． けっこうまにあっくな内容， という気がする．

  Forum-Hierarchical Statistical Models in Ecology
  
  551 [ ] New tools for insight from ecological models and data
          N. Thompson Hobbs
  
  553 [ ] Accounting for uncertainty in ecological analysis: the strengths
          and limitations of hierarchical statistical modeling
          Noel Cressie, Catherine A. Calder, James S. Clark, Jay M. Ver
          Hoef, Christopher K. Wikle
  
  571 [ ] Parameter identifiability, constraint, and equifinality in data
          assimilation with ecosystem models
          Yiqi Luo, Ensheng Weng, Xiaowen Wu, Chao Gao, Xuhui Zhou, Li
          Zhang
  
  574 [ ] The importance of accounting for spatial and temporal
          correlation in analyses of ecological data
          Jennifer A. Hoeting
  
  577 [ ] Hierarchical Bayesian statistics: merging experimental and
          modeling approaches in ecology
          Kiona Ogle
  
  581 [ ] Bayesian methods for hierarchical models: Are ecologists making
          a Faustian bargain
          Subhash R. Lele, Brian Dennis
  
  584 [ ] Shared challenges and common ground for Bayesian and classical
          analysis of hierarchical statistical models
          Perry de Valpine
  
  588 [ ] Learning hierarchical models: advice for the rest of us
          Ben Bolker
  
  592 [ ] Preaching to the unconverted
          Maria Uriarte, Charles B. Yackulic
  

• それから Journal of the Royal Statistical Society (Series C) には資源分配なベイズのハナシが． うーむ， これは資源分配 + 生活史のハナシ， というなかなか複雑なモデリング．

  C. Jessica E. Metcalf, David A. Stephens, Mark Rees, Svata M. Louda, Kathleen H. Keeler. 2009. Using Bayesian inference to understand the allocation of resources between sexual and asexual reproduction. Journal of the Royal Statistical Society: Series C 58:143-170. DOI 10.1111/j.1467-9876.2008.00652.x (url)

• ああ， このあたりどんどんススんでいく …… 古びないうちにどんどん論文をだしていかねば ……
• 昼飯．
• 新年度の研究室ネット雑用．
• 1430 から新入生ガイダンス． 新 M1 は 3 (?)， 新 PD は 1， 新研究生 1． 安全講習．
• 先日 の中央値検討のつづき …… やはり中央値計算あれこれは， 平均値の計算とくらべて格段に難しい．

  じつはいろいろ検討してみますと，f(X) と g(Y) が独立である場合でも，
  
  ・f(X) と g(Y) の中央値が等しい→ h(D) の中央値はゼロ
  
  とは「ならない」ようです．平均値とは異なり，なかなかこのあたりの中央値
  計算は難しいですね．
  
  ということで，先日の私があれこれ書いていたのは「h(D) の中央値がゼロで，
  f(X) と g(Y) の中央値が等しいときに，f(X) と g(Y) はどのような性質をも
  つか」というかなり限定されたハナシでした．
  

• 1800 から A804 セミナー室で新歓コンパ． 今回も院生の皆さんすごく尽力して準備してくれました． ほとんど調理設備のないあのお茶部屋でローストビーフを焼くとか． しかし来年のいまごろは A 棟は耐震工事で一度解体されてから 再建されているはずで， そのときには料理場所はなくなっている可能性が高い． 少なくともガスレンジはない．
• 本日の生態学会さーばー雑用， さーばー屋さんがいつまでたっても DNS 設定を ちゃんとやらないので作業が停滞したまま． ばかばかしいことなのだが， このあたりの設定がちゃんとしてないとメイリングリスト の移行作業すらできない． まあ， 当方はべつに急いではいないんだけど．
• 松田君から連絡． うーむ， お花見おサル論文はまた reject ですか． まあ， ツッコミどころは多いからなぁ．
• 2025 研究室発． 2040 帰宅．
• [今日の運動]
  • うーむ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 食パン． リンゴ． ヨーグルト．
  • 昼 (1230): 研究室． サンクスの握り飯．
  • 晩 (1810): 新歓コンパ．

2009 年 04 月 04 日 (土)

• 0740 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 怠業． 洗濯はきのうやった．
• …… 気づいたら正午すぎだ． うう． のそのそとうんどうの準備． 1305 自宅発北大構内走． 暖かい． 手袋なしで走れる． 1350 帰宅． 前回ほどへろへろ感はない． 体重 71.8 kg． とりあえず， 「観測値」は 71 kg 台にもどった． 昼飯．
• けっきょく午後-夜は札幌駅すぐ北の小映画館 蠍座 で二本の映画をみてしまった． 内容的にはぜんぜんばらばらなもので ……
• ひとつめは， 100 年ほど前に初めて博士号をとった日本女性 原口鶴子のドキュメンタリー で， 日本女性が大学に進学できなかった時代にコロンビア大学で学位をとったんだけど， 29 才でなくなってしまった人のハナシ． なくなるまでの数年間にいろいろ本を書いてくれたおかげで， 大学院生時代の楽しげな様子が伝わってくる． この映画の監督は女性， 原口研究書や記録を調べるのも女性， ということでロールモデル探求みたいな側面あるのかな． うーむ， 実験心理学という当事まだ確立してないふらふらした分野における， 研究者・大学院生たちの試行錯誤みたいな点ももうちょっと解説してほしかった．
• 次，ワイルド・バレット (原題 Running Scared)． この邦題なんなのと思うわけだが主演 Paul Walker が以前 が出演してたシリーズ名にひっかけてるらしい． 蠍座館主が先月の「通信」で 「おもしろいアクション映画」と 熱心にススめておられたので見てみた …… たしかに手ぬきナシのエンターテインメントだったけど， 内容はむしろ暴力犯罪映画． 場所は上記コロンビア大学の数十キロ南あたりのニュージャージー 暴力犯罪地帯 (州北部海岸っぽいところ …… ただし経費節約のため (?) 撮影した場所はチェコのプラハだそーで)． 監督の趣味が炸裂， アメリカ底辺での犯罪をこれでもかこれでもかと描く， というもので麻薬，犯罪者集団と癒着する警察，ホームレスの薬物取引， 売春組織のボス，イタリアンマフィア vs ロシアンマフィア， 貧しいヒスパニック， DV (子供がひっぱたかれる場面なんかも)， 児童誘拐殺人 (その場面ありませんが) …… とにかく「何かハナシが進展する場面」ではかならず 拳銃や散弾銃がふりまわされる (ただし実際の発砲は少ない)． 皆さんひたすら fuck, fucking を連呼． オレグ少年役の子供俳優はカナダ出身なんだけど， 「アメリカ映画に登場するロシア人」 っぽい化粧・演出だった．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 食パン． リンゴ．
  • 昼 (1430): 米麦 0.6 合． ホッケの電磁波酒蒸し． リンゴ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ジャガイモ・ニンジン・豚肉の煮もの． ヨーグルト．

2009 年 04 月 05 日 (日)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• えーと， 北大構内走にでようとしてるんだけど， なかなか出れない状況， といいますか ……
  「走りにでようかな」
  「なかなかたいへんそうだ」
  「さっさと出てしまいたいな」
  「カラダが走るのを拒否してるのかな」
  といったよくわからぬ自問自答でどんどん時間が経過してしまって， ですね．
• 1330 自宅発北大構内走． 1420 帰宅． 体重 72.4 kg． 昼飯．
• 1550 自宅発． 晴． 1605 研究室着．
• 査読ぎょーむ．
• ひととーり読めた． 今回はいつものよーな「どうしようもない」， ホントにひどい論文原稿ではない． かなりまっとう． しかし検討すべき問題はいろいろある． 査読報告かき， 明日まる一日を費すことになりそう． 2030 研究室発． 2040 帰宅．
• さて， 本日は昼前に朝鮮半島北東部から弾道軌道飛翔体などが 打ちあげられたわけだが …… まあ， この状況を政治的に最大限に利用したくてたまらない 日朝両方政府とその尻馬にのってさわぐマスメディアなヒトたちは おいといて， ですね．
• えーと， しかしながらですねえ， 北朝鮮のロケット好き少年たちをダマすような公式発表って， ちょっとこれは人道上問題にされるべき何かがあるんぢゃないかな …… 1998 年の テポドン 1 で地球周回軌道にのせそこなった 光明星 1 号 のときとまったく同じく今回もこりずに

  「光明星２号」は４０．６°の軌道傾斜角で、地球から 最も近い距離で４９０ km、最も遠い距離で１４２６ km の 楕円軌道を回っており、周期は１０４分１２秒である。

  だの

  現在、衛星からは「金日成将軍の歌」および「金正日将軍の歌」のメロディー と各種測定資料が４７０MHzの周波数で地球上に電送されており、 衛星を利用したUHF周波数帯域での中継通信が行われている。

  だの (朝鮮新報) って， こんなニュース流したら， ロケット好き少年たちはきっと夜空を見まわしながら ……
  「軌道傾斜角がけっこうキツいからかな? なかなか上空を通ってくれないね」
  「まだ 6 時間しか観測してないからね …… 夜は寒いね」
  「日の沈む時間じゃなきゃ見えないのかな?」
  「でも近地点でも 490 km も離れてるから， 将軍様の歌は聞こえてもいいんじゃないかな」
  「ノイズばかりだね …… ちょっとラジオのアンテナの方角を変えてみたら?」
  …… などなどと夜中じゅういっしょうけんめい 「存在しない」衛星の飛翔をとらえようとしてしまうんじゃないかな …… これってけっこうヒドくありません? 宣伝煽動部 (政府の宣伝省) の皆さん．
• しかし 1998 年のときの 朝鮮新報 記事みてたら， 上のような報道って何とでもゴマかせるような気がしてきた．
• まずラジオだが …… 私の憶測ではああいう国家を維持するためには， ラジオ・TV など受信機を無料配布する必要があり， しかもそれは特定の周波数しか受信できない， となってるような気がする． 改造はもちろん違法． したがって少年たちがラジオをどうこうして 宇宙からの電波をキャッチすることはできそうにない．
• そして「衛星の目視」だけど， これは上の 1998 年の記事のごとく何とでもごまかせるな． たとえば「○○地方では 5 日の 19:05 から 19:07 にかけて北から東の空にむかって光明星 2 号の通過します」 とか報道しておいて， じつはその時刻とは若田さんとかが常駐してる 国際宇宙ステイション なんかがぴゅーっと飛んでいく時間だった， というふうにしておけばよいわけだよね ……
• うーむ， 私などもいわば職業的なうそつきではあるけれど， やっぱりこういうタイプの捏造は良くないんぢゃないかな ……
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): シリアル． ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1500): タラコスパゲッティー． ヨーグルト． リンゴ．
  • 晩 (2100): タラコスパゲッティー．

2009 年 04 月 06 日 (月)

• 0820 起床． うーむ． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• 査読ぎょーむ， つづく． ときどき雑用などがとびこんでくる．
• たとえば生態学会さーばー移転雑用． さーばー屋さんの DNS 設定がいつまでたっても流通しないので， 問い合わせてみたところ，

  DNS設定についてですが、切替作業に不備があり、
  変更が行われていない状態でした。
  

  とのことで， あれこれ指示があったりしたわけだが …… とりあえず新さーばーで 「DNS 設定」 とやらを「スイッチオフ」にしてみる (全ドメイン)．
• 査読報告かき， ぢりぢりとススめる． 問題なのは， 報告を書いていくうちに「マズい点」 がぼろぼろと発見されてしまうこと …… 著者もイヤだろうけど当方もイヤだ．
• うーむ， 今回も科研費とれなかった …… 申請書みなおしてみたんだけど， これを「生理生態」というセクションにだしたのがマズかった， というあたりかな．
• 査読報告かき， なかなか終わらん …… というのも， 著者がかなりヘンなわざを使っている． それをダメだと指摘するのは簡単． しかし単なるダメだしでは説得力がないので (「えー，他に方法ないからいいぢゃん」とか言われる)， もうちょっとマシな方法を提案しなければならない． ということで， 著者にかわって問題を考えている， 状態．
• お茶部屋で大学院生にたべものをめぐんでもらった．
• 査読報告かき， まだ終わってないけど， 難問のひとつは「とりあえずの回答」できたし， ばててきたので本日は撤収． 2055 研究室発． 買いもの． 2120 帰宅．
• [今日の運動]
  • 明日はさっさと帰ってうんどうしよう ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): シリアル．
  • 昼 (1200): 研究室． 食パン．
  • 晩 (1930): 研究室お茶部屋． 帰宅してからシリアル・ヨーグルト．

2009 年 04 月 07 日 (火)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• 午前中を費やして査読報告を書きあげた． ふう． どうせいま送信しても先方は夜中なので， しばらく放置．
• 午後はまた生態学会さーばー雑用にとりくむ．
• とりあえず www.esj.ne.jp (旧さーばー) へのアクセスを esj.ne.jp (新さーばー) に強制転送する .htaccess 設定． こんなかんぢで， Apache の 黒魔術 こと rewrite わざを使う．

  RewriteEngine on
  RewriteBase /
  RewriteRule (.*) http://esj.ne.jp/$1 [NE,R=301,L]
  

• いやー， じつは最初は NE 指定を知らなかったので %AB%CD といった (PukiWiki ペイジの引数とかに使われてる) エンコード文字列がさらに %25AB%25CD とエンコードされて困った． つまり % が %25 とエンコードされてるってこと． これを回避するためには上述のごとく， NE (nonescape) 指定 が必要． と．
• で， 生態学会さいとには大量の竹中さん作 CGI プログラム (in Perl) があるわけだが， これが移行先の新さーばーでぜんぜん動かない， とわかった． これは困った．
• 原因をひとつずつつぶしていく． まずは Jcode など Perl モジュールの未インストール．
• ひょっとしたらすでに (Vine Linux におけるがごとく) Jcode が package 化されてるかも …… えーと， CentOS では yum か． yum update するとほとんどシステムまるごと入れ換え， みたいなさわぎに．
• で， けっきょくのところ Jcode はなかった． use encode しろってことかな?
• しかし use Jcode を全部修正するのはたいへんなので， cpan で Perl module 管理モードに入って， Jcode をインストール．
• しかしまだ CGI プログラムは動かない． 原因不明． Unix シェル上でもまったく動作しない …… Perl debugger はなんとも使いにくいので (あとから考えたら使いかたが悪かったのだが)， どろくさく死亡点を探索する …… すると， 竹中さん作の Perl module の中で， とある情報が見つからないと 「だまって死ぬ」 というちょー安全設計になっているとわかった． こりゃー， 挙動不審にみえるわけだわ …… このあたり， 死なないように補修．
• これで CGI プログラムは Unix シェル上では動作するようにはなったが， web からは動かせない …… さすがにこのあたりになってくると， 以前からさんざん苦闘 してきた経験から cgi wrapper か suexec まわりが呪われている， と気づく．
• で， 結局のところ問題点は suexec だった． 以前のごとくに suexec まわりを完全にツブしてもよいのだが …… Apache のエラー警告をみてるうちに， これは設定のやりようでうまくいくかも， と気づいた． すなわち， 仮想サーバーごとの httpd 設定 /var/www/vhosts/esj.ne.jp/conf/httpd.include の VirtualHost 203.104.99.221:80 において SuexecUserGroup comadmin comadmin 設定すればよし， と．
• CGI 問題も片づいたので， さーばー屋さんに DNS 設定をかえて www.esj.ne.jp が参照する IP アドレスを新さーばーに変えてもらう …… お， この設定変更はなぜか広まるのが早い?
• 本日も大会企画委員会のヒトとかが生態学会さーばーにしきりにアクセスしたり， wiki をかきかえたり， メイリングリストでやりとりしてるんだけど …… おもしろいのは， というか， とうぜんのことではあるんだけど， 誰もさーばーが変わったことには気づいていない ……
• 査読報告送信．
• てなことで午後は終わってしまった． 生態学会さーばー雑用， 残されたぎょーむはメイルアカウントの移動と メイリングリストの移動だな． 1850 研究室発． 1910 帰宅． 体重 72.4 kg． うーむ． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1230): 研究室． 北大生協サンドイッチ． リンゴ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． キャベツ・シイタケ・卵の炒めもの． コンニャクのショウガ煮．

2009 年 04 月 08 日 (水)

• 0820 起床． 生活周期， ずれぎみ． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 晴． 0945 研究室着．
• 研究室ねっと雑用， とか． 新 M1 のメイルアカウント申請なんだけど， 北大ねっと管理者が準備したばかばかしい紙きれに 何かを書いて事務の会計係に提出して何日かまつ， という処理がアホらしくなったので， 私の iiC-ID (なるよくわからんアカウント) の「枝番」として派生させる …… つまりオンラインでぽいっとメイルアカウントを 自分で勝手に生成すればよい， とわかったのでそのようにしてみる．
• 今年も工藤さんと協同研究するべく， Lawrence Harder さんがカナダからみえた． 私にも何やらデータ解析相談あるとか …… これはまた後日に．
• さて， 査読報告を昨日だしたので， 「明確な〆切日」が設定されたぎょーむ， これには 「修士論文要旨を◯日までに提出しなければならないんです」 といったたぐいの下うけぎょーむもふくまれるわけだが， とりあえずひととーり消滅した． あとは， R 作図わざ本の翻訳原稿なおせとかさっさと論文かけといった， 明確な〆切日が設定されてない「圧迫感」が残存するばかりだ．
• で， かかる圧迫感のうち， さっさととりかかったほうがよさそうなのは ……
  • 宮田さん論文
  • Cao さん下うけ
  • R 作図わざ本の翻訳原稿修正
  • 生態学会さーばー移転雑用 (メイルまわり)
  といったあたりか?
• と状況を整理してみたものの， 本日は宮田さん論文まわりに関する 相談しながらあれこれ再計算， でオワってしまった． はい， これが (スタンド分類でいえば) 「近距離ぱわー型」 としてふるまえる大学院生なのでしょう …… 遠距離のみなさん， すみません．
• 宮田さんデータ解析 再計算に関しては
  • 無情報事前分布にできるところは無情報にする (樹種差を出さなくてよい部分)
  • 測定誤差と個体差を区別できない部分は， 測定誤差を「主観的」にする (この測定機による重量測定誤差は 0.1 g，など)
  • 全体の流れを整理してみると， 非同化部の重量分割に関してはこのモデルでは不要なので まるごと削除
  といったところか．
• 試行錯誤の再計算， 最終的には 6000 MCMC step で 計算時間は 1500 秒ぐらいで終わるようになった．
• で， 論文をどうまとめるべきか， という問題あるわけだが …… このあたりは明日以降にして， 2040 研究室発． 2110 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.6 合． コンニャクのショウガ煮．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． 春雨スープ．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． シュンギク・ダイコン・豆腐・ホタテのキムチスープ．

2009 年 04 月 09 日 (木)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• 昨日の宮田さん論文つまり苫小牧 13 樹種 シュート形成問題の再計算にとりくんでみる． というのも， 昨日得られた事後分布を調べてみたら， 以前のものとはちょっとちがったので． これは「説明変数をなんでもかんでも中央化」 というわざを導入してしまった結果なんだよね ……
• 「あろめとりっく」 な部分はむやみに中央化しないほうがよいかしらん， ということで再計算． 単純ミスで 20 分ロス．
• そういえば， 昨日のデータ解析こんさるメイルで， 「二項分布のサイズと確率を同時に推定できるか?」 というお題があったんだけど， たとえばゐんばぐすとかでも無理やり

  model
  {
  	for (i in 1:N.sample) {
  		Y[i] ~ dbin(p, n)
  	}
  	p ~ dbeta(0.5, 0.5)
  	n <- Ymax + m
  	m ~ dnegbin(0.5, 10)
  }
  

  このような BUGS コードを書けば推定計算はやってくれる． しかしマトモな推定はできない． 上の記号でいうと p と n が識別不能とはいわないけど 識別しにくいところが根本的な問題．
• で， 苫小牧 13 樹種シュートモデルの再計算， 中央化しない場合は MCMC step 数が 1.5 倍ぐらい必要， とわかった．
• で， 宮田さんと相談してみて， とりあえず中央化したほう (昨日の計算) で論文を書き直してみる方向で ……
• さらにそのあと 14 時ごろまで， 統計モデリングの説明を抽象化してみる方法を 二人で検討してみる． 全体が 4 つのコンポーネントからなるわけだが， これらのコンポーネントたちは共通する構造をもつわけで， それに注目して説明すると簡潔になるのではないかな， といった方向性のハナシで．
• 昼飯．
• 放置していた Cao さんのデータに少しとりくんでみる …… うわー， 生データはカウントデータのはずなのに， すでに割算値化されてて， ゑくせるしーと上にはもとデータがない． これでは統計モデリングできないんで， そのあたりを説明するメイルかき．
• ねっと雑用いくつか．
• 「R の作図わざ」本の翻訳原稿修正作業． とりあえず， 一括変換の Perl スクリプトの準備．
• 1850 研究室発． カナダからひと月ほど滞在研究される Harder さん 晩飯接待の井田君のお供というかんじで， デンスケで晩飯． とりとめもない雑談などしていたのだが， ふと生態学会盛岡大会の堀部君の発表を思いだして， Levy flight のことを聞いてみたのだが …… 花粉媒介者 (pollinator) ぎょーかいではまだ あまり注目されてないようで．
• そして， なぜかアレルギーのハナシ．
  「花粉アレルギーってのは繁殖生態学者にとっては危機ですね」
  「うちの院生なんかも対象生物由来のアレルギーなんかになったり」
  「それは例えばどんな?」
  「彼は自分が調べてる植物の防御ケミカルにやられてね」
  「その植物は生態学者が好きではないんでしょうね」
  「そうにちがいない」
• 1950 帰宅．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1400): 研究室． セヴンイレヴンのサンドイッチ． リンゴ．
  • 晩 (1900): デンスケで今日のおススめ弁当， サンマやさつまあげなど． 750 円．

2009 年 04 月 10 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0935 研究室着．
• また苫小牧シュート形成モデルの論文化の検討． notation の整理と， 読者 (査読者?) にこの階層ベイズモデルを 「無理やりにでも理解させる」 カギとなる図表の工夫 ……
• 図に関してはまだ紙の上で手描きの段階なんだけど， ふと「Inkscape で波線を作るにはどうしたらいいんだろう? (今まではベジェ曲線をいいかげんにいじっていた)」 といったことが気になって調べてみたら …… Function Plotter を使えばよいとのこと． これはとても助かった． 矩形を描いてから， 選択したまま Effects → Render → Function Plotter， と．
• …… 主著者の宮田さん放置でハナシをすすめるわけにもいかんので， とりあえずこのへんでストップ．
• 「R 作図わざ本」の翻訳原稿の修正作業にとりくむ．
• 途中， いろいろと割り込みが入りつつ， 前がき部分をひととーり修正． うーむ， 全文の一括置換でてこずったとはいえ， 10 ペイジ弱をなおすのに 4 時間ぐらいかかった． 全 300 ペイジ弱． 前途遼遠．
• 前途遼遠な仕事には体力が重要だろう， ということで 1830 研究室発． 1845 帰宅． 1950 自宅発北大構内走． 2040 帰宅． 体重 72.2 kg． うーむ， ぜんぜん落ちない． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): シリアル．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ホッケの電磁波酒蒸し． リンゴ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・シイタケの炒めもの．