ぎょーむ日誌 2009-04-09

2009 年 04 月 09 日 (木)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• 昨日の宮田さん論文つまり苫小牧 13 樹種 シュート形成問題の再計算にとりくんでみる． というのも， 昨日得られた事後分布を調べてみたら， 以前のものとはちょっとちがったので． これは「説明変数をなんでもかんでも中央化」 というわざを導入してしまった結果なんだよね ……
• 「あろめとりっく」 な部分はむやみに中央化しないほうがよいかしらん， ということで再計算． 単純ミスで 20 分ロス．
• そういえば， 昨日のデータ解析こんさるメイルで， 「二項分布のサイズと確率を同時に推定できるか?」 というお題があったんだけど， たとえばゐんばぐすとかでも無理やり

  model
  {
  	for (i in 1:N.sample) {
  		Y[i] ~ dbin(p, n)
  	}
  	p ~ dbeta(0.5, 0.5)
  	n <- Ymax + m
  	m ~ dnegbin(0.5, 10)
  }
  

  このような BUGS コードを書けば推定計算はやってくれる． しかしマトモな推定はできない． 上の記号でいうと p と n が識別不能とはいわないけど 識別しにくいところが根本的な問題．
• で， 苫小牧 13 樹種シュートモデルの再計算， 中央化しない場合は MCMC step 数が 1.5 倍ぐらい必要， とわかった．
• で， 宮田さんと相談してみて， とりあえず中央化したほう (昨日の計算) で論文を書き直してみる方向で ……
• さらにそのあと 14 時ごろまで， 統計モデリングの説明を抽象化してみる方法を 二人で検討してみる． 全体が 4 つのコンポーネントからなるわけだが， これらのコンポーネントたちは共通する構造をもつわけで， それに注目して説明すると簡潔になるのではないかな， といった方向性のハナシで．
• 昼飯．
• 放置していた Cao さんのデータに少しとりくんでみる …… うわー， 生データはカウントデータのはずなのに， すでに割算値化されてて， ゑくせるしーと上にはもとデータがない． これでは統計モデリングできないんで， そのあたりを説明するメイルかき．
• ねっと雑用いくつか．
• 「R の作図わざ」本の翻訳原稿修正作業． とりあえず， 一括変換の Perl スクリプトの準備．
• 1850 研究室発． カナダからひと月ほど滞在研究される Harder さん 晩飯接待の井田君のお供というかんじで， デンスケで晩飯． とりとめもない雑談などしていたのだが， ふと生態学会盛岡大会の堀部君の発表を思いだして， Levy flight のことを聞いてみたのだが …… 花粉媒介者 (pollinator) ぎょーかいではまだ あまり注目されてないようで．
• そして， なぜかアレルギーのハナシ．
  「花粉アレルギーってのは繁殖生態学者にとっては危機ですね」
  「うちの院生なんかも対象生物由来のアレルギーなんかになったり」
  「それは例えばどんな?」
  「彼は自分が調べてる植物の防御ケミカルにやられてね」
  「その植物は生態学者が好きではないんでしょうね」
  「そうにちがいない」
• 1950 帰宅．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1400): 研究室． セヴンイレヴンのサンドイッチ． リンゴ．
  • 晩 (1900): デンスケで今日のおススめ弁当， サンマやさつまあげなど． 750 円．