ぎょーむ日誌 2008-02-(11-20)
2008 年 02 月 11 日 (月)
[ビールと論文]
チェコでは
「鳥類生態学者の論文を出す速度はビール消費速度と負の相関がある」
論文:
(Oikos OnlineEarly articles)
Tomas Grim.
2008.
A possible role of social activity to explain differences in publication
output among ecologists.
Oikos (
URL).
生態学者の行動生態学に関する論文，
とゆーことのようで．
縦軸・横軸の値は
Box-Cox 変換
されてしまっているので，
もともとの数値とは異なる．
-
さーて，
次はトドマツ原稿改訂分担部分を
……
という方向にアタマを切りかえようとする努力．
-
subject editor の
「なーんで二次元正規分布なんかを散布カーネルに使うわけ?
それって『尖りすぎ』 (leptokurtic) だろ?」
なる指摘に対して，
ここで使っている散布カーネルは二次元正規分布と
「ばらつき」パラメーターの事後分布のたたみこみ (convolution)
になってるから，
単純な二次元正規分布よりいろいろな「尖り」を実現できている，
と反論してみる作文かき．
-
母樹ごとの子供数の偏りというか，
overdispersion のチェック．
> (vf <- tapply(d$n.obs, d$mt, sum)) # 母樹ごとの子供数
A001 A002 A005 A009 A010 A012 A015 A016 A018 A020 A021 A023 A024 A026 A027 A028 A029 A031
8 1 1 1 1 1 1 1 3 6 6 25 24 18 5 37 13 5
A034 A035 A038 A039 A042 A044 A045 A047 A048 A051 A052 A053 A058 A060 A062 A063 A065 A067
14 1 16 2 5 1 2 8 2 3 37 1 1 2 1 7 5 4
A068 A071 A072 A077 A080 A081 A082 A085 A089 A091 A093 A094 A097 A101 A106 A109 A113 A117
1 1 1 1 2 2 3 1 34 1 1 3 5 3 1 1 1 3
A118 A119 A120 A121 A122 A123 A124 A125 A132 A133 A135 A136 A137 A139 A141 A143 A144 A145
1 1 1 4 2 1 9 7 1 1 1 1 1 8 2 2 4 6
A146 A147 A148 A149 A151 A155 A159 A160 A163 A170
1 3 7 5 1 1 9 1 1 3
> mean(vf) # 子供数の平均
[1] 5.1098
> var(vf) # 子供数の分散 >> 平均，つまり overdispersion
[1] 59.877
まあ，
これはそれをチェックしろ言われたので．
いちおう overdispersion.R
なる R スクリプトにまとめておく．
-
観測された母子間距離分布図．
これを作図する関数は
figKernel.R
にほうりこんでおく．
-
いろいろファイルを
make pdf
したりアップロード．
後藤さんにとりあえずのメイルを書いて，
送信．
まあ，
これも一件落着
……
というか時間かせぎできたかんじだ．
-
とはいえ，
例によって時間を費やしてしまった
……
2025 研究室発．
2040 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1000):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1400):
米麦 0.6 合．
北 12 生協でかったヒジキ煮物パック (小)．
- 晩 (2120):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ショウガ・豆腐のコンソメスープ．
ネギ・ニンニク・卵の炒めもの．
2008 年 02 月 12 日 (火)
-
0700 起床．
なんだかあまりよく眠れなかった．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
曇．
ちょっと積雪．
今日の午後からまた寒気団が到来するようだ．
0915 研究室着．
-
明後日からの森林総研 R 講習会，
やはり以前の教材いろいろそのまま使いまわしだけ，
というのはいかにもまずいような気がしてきた
……
そこで，
出だしの投影資料 PDF file だけでもちょっと作りなおしてみる．
-
と言いますか，
下うけと原稿よみの日々が続いていたので，
少しこういう準備作業でもやってアタマをきりかえないと，
つくばで皆さんの前に立っていきなり失語症になったりしかねないので
……
-
とはいえ，
今日明日は修論発表会なのでそれにばかりかまけているわけにはいかない．
1000-1200，
百周年記念会館で開催されてる修論発表会にでてみる．
今年度は専攻長の意向で (ほぼ) 50 音順の発表，
つまり
生物圏科学専攻
のいろいろな研究室のハナシが聞けるわけで
……
うーむ，
最近アタマがばてぎみだったのか，
ふだん聞かない研究発表を拝聴するとアタマが刺激される．
-
また森林総研 R 講習会のでだし部分の準備．
昼飯．
-
R プログラミング自由集会
に関するメイルやりとり．
時間配分は
-
久保 (15 分)
-
竹中 (50 分)
-
休憩 5 分
-
粕谷 (50 分)
ぐらいが妥当ではないかな．
私の部分は「R でプログラムするってどういうこと?」，
それから (VMware 上なんかの) ゐんどーづ上での R スクリプト実行の
実演ぐらいで終わらせたほうがよさそうだ．
[修論発表会]
午後も修論発表会にでる．
まあ，
皆さん，
無難に発表・質疑応答をこなしているな
……
-
1910 研究室発．
1930 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
春雨スープ．
- 晩 (2050):
米麦 0.8 合．
タマネギ・ネギ・卵の炒めもの．
2008 年 02 月 13 日 (水)
-
0630 起床
……
えーい，
昨晩はばたっと倒れてしまったので，
電燈・暖房つけっぱなし状態．
今晩，
つくば方面に出張するのでその旅じたく
……
といってもいいかげんにすませる．
朝飯．
コーヒー．
0810 自宅発．
大雪．
まあ，
千歳方面はこんなにふってないだろうから，
飛行機とぶだろう．
0825 研究室着．
-
今日も修論発表会．
しかし，
ちょっとだけ出てまた明日からの森林総研 R 講習会まわりの資料よんだり，
投影資料を作りなおしたり
……
二日間で合計 10 時間ぐらいしゃべらないといけないようなので，
アタマをちょっとそっち方面に切りかえたいわけだ．
-
窓の外はあいかわらず大雪．
-
「統計モデリングとは何か?」
なスライドを追加．
-
大統領命令でアリ科研費に関して
(いきなり)
「この三年間の論文集を作るぞ」
指令．
そういうコトはもっと前に言ってくれよなあ
……
と思ったんだが，
事務担当のかたに確認してみると，
やはりホントの提出期限みたいなのは 5 月ごろでは，
とのこと．
まだ時間かせぎはできそうかな．
-
で，
その指令メイルに何やら巨大な PDF ファイルがつけられていて，
メイル爆弾攻撃か何かかと警戒してみたんだが
……
大統領本 (近日刊行)
の表紙の校正ずりだった
……
-
うーむ
「ヒアリ戦争」への備え
とのことで，
大統領だけあって戦争準備にはおさおさ怠りないようだ．
おもしろいのは，
このアリ科研費のメンバーでヒアリを研究しているヒトは
(ご本人も含めて)
誰もいない，
しかしこのアリ科研費の成果にしちゃおうという，
いうあたりか．
外来アリ全般までふくめると，
メンバーの伊藤さんがアルゼンチンアリ研究しておられるんだけどね．
-
で，
動物生態研究室の
藤原君のアリ修論発表を聞くべくまた百周年記念会館にちょっと行ってみる．
どうも動物生態では研究室そうがかりで準備をがんばったようで
……
帰りに地環研 5F のエレヴェイター前で藤原君と長谷川修さんと
アリ議論 30 分ばかり．
-
森林総研 R 講習会，
でだしの投影資料つくりなおし作業．
今回の参加者むけの一枚も追加してみる．
-
また別件のデータ解析こんさるメイルに返信
……
書きおわらないうちに出発する時間になってしまった．
-
1642 研究室発．
雪はやんでる．
定刻より 4 分おくれで
1659 JR 札幌駅発．
1040 円．
1735 新千歳空港着．
さてさて，
時代はすでに航空券ナシ状態になってるわけだが
……
[e チケット]
電子航空券，
ネット上で座席予約したついでに，
二次元バーコードをプリントアウトした．
こんなちっこいパターンで大丈夫なのかねえ，
と不安だったけど読みとりは何の問題もなかった．
さてさて，
公費出張につきものの航空半券 & 領収書だが
……
もはや半券の提出は求められていないもよう，
領収書に関しては搭乗口ふきんに置かれている
ANA SKY KIOSK
で発行してもらえた．
(
後記:
森林総研では航空半券ではなく，
搭乗口で発行される座席番号紙の提出をもとめられた
……
捨てなくて良かった)
-
早めの晩飯，
といってもサンドイッチなんだけど搭乗前に食べてしまった．
1830 搭乗．
ANA 074 便 B-747-400．
なぜかしらほぼ満席．
1840 taxing 開始．
寒気団の猛威にさらされてる北海道から脱出するべく離陸．
まあ，
千歳は太平洋側なので降雪は少なめなんだけど．
-
機中では間瀬さんの
R プログラミングマニュアル
のあちこちを読んでみる．
これを読むと R の中の S 言語とはじつに不思議なプログラミング言語であり，
それを丹念につついてるこの本はじつに稀有なモノ，
と実感させられる
……
-
てなことやってるうちに
2005 羽田に離陸．
2027 東京モノレイルにのって空港発．
470 円．
2050 浜松町着．
自動券売機で本日の宿泊地・佐貫までの乗車券 (950 円)
と上野-佐貫間の自由席特急券 (500 円)
購入．
2058 山手線に乗って同発．
けっこう混んでる．
14 分後に上野着．
この駅，
けっこう迷宮的だなぁ
……
[2130 上野発フレッシュひたち]
JR 常磐線の特急が出発する 16 番ホーム，
なンでこの時間でこんなに混んでるわけ?
特急の自由席車両に乗らんとする人々の長蛇の列．
-
2130 上野発．
途中，
柏にだけ止まって
2203 佐貫着．
-
さいわい宿は駅のすぐ前，
竜ヶ崎プラザホテル．
二泊朝食つきで 14680 円．
なぜか室内に「上りかまち」なんかがあったり，
浴槽せまいけど洗い場がある，
といった不思議な部屋．
まあ，
都会のびぢねすホテル的な
「せまいかんじ」はない．
-
[今日の運動]
-
うんどう休養日
……
うーん，
羽田第二ターミナルの長距離速歩，
とか?
-
カラダがこわばってるような気がするので，
寝る前にストレッチ
-
[今日の食卓]
- 朝 (0650):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1300):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
春雨スープ．
- 晩 (1800):
新千歳空港の搭乗口ふきんでサンドイッチたべた．
保安ゲイトくぐる前に
2F ショッピングコーナーで買ってしまったたものなんだけど，
搭乗口ふきんで「もりもと」のサンドイッチうってることに気づいた
……
2008 年 02 月 14 日 (木)
-
0630 起床．
森林総研 R 講習第一日目．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
-
0725 宿発．
晴．
0742 JR 佐貫発．
この時間，
下りの常磐線なんてすいているだろう，
という予想は外れ高校生その他で充填された 4 分間の鉄道旅行となった．
0746 牛久駅着．
つくばセンター行きのバス (森林総研も通過する)
が止まってたんだけど，
時間もあるので運動不足解消のため
道のりおよそ
3 キロちょい
の高速歩きにいどむ．
住宅地の中を歩いていく．
[0820 森林総研着]
いそいで歩いたので，
けっこうばてた．
うんどう不足だ．
-
群落動態研の研究室におじゃまする．
森林総研では航空半券ではなく，
搭乗口で発行される座席番号紙の提出をもとめられた
……
捨てなくて良かった．
-
0900 ごろより，
森林総研 R 講習 + 統計モデリング布教．
こんな 日程．
群落動態研，
植生管理研，
資源解析研，
物質生産研
などから 15 人ほど参加していただいた．
午前・午後それぞれで R 実習あるので人数を限定させてもらったわけだが，
やはりこれぐらいの人数でないと様子をみてまわれない．
-
ゐんどーづ R の実演しようとして，
VMware でしくじる．
宿のネット接続環境をひきずっていたため．
-
R における文字どーり「見えにくい」エラー，
というのがあるとわかった．
日本語のいわゆる「全角空白」が R コードにまじってると，
そこで実行が停止することがある．
(後記: R-2.7.0 以降はこういう「日本語空白」
文字があっても R はこれを無視する，
つまりコード中にまぎれこんでても問題なくなるそうで)
-
1150 ごろ午前の部，
終了．
阿部さんと所内の食堂で昼飯．
-
午後は最尤推定のハナシと R 作図実習．
最後にいろいろと質問でてだいたいさばけたのだが
……
「作図における日本語 (その他) フォント指定」
にはうまく答えられなかった．
これって graphic device 依存かつ OS 依存，
ではなかろーか?
-
その後は群落動態研でちょっと一休みしつつ，
明日午後の R 作図挑戦をうけたり，
作図とはあまり関係ないデータ解析こんさるなんかも
……
-
1800 すぎ太田さんの車にのせていただいて，
牛久駅ちかくの料理屋で森林総研の皆さんと晩飯．
楽しくすごす．
どうもありがとうございました．
-
2135 牛久発．
2139 佐貫着．
2145 宿にもどる．
-
[今日の運動]
-
まあ，
牛久高速歩行 30 分強，
ということで．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
宿の朝飯．
目玉焼きメインのふつーの和定食，
みたいな．
- 昼 (1210):
森林総研食堂．
サバの昼定食 450 円．
[森林総研所内食堂]
うーむ，
ここでも event 重視というか，
なんだか最下段に苺の ♥ 型が．
- 晩 (1840):
JR 牛久駅ちかくの和食処
田花屋
で寄せ鍋そのほかたくさん食べた．
2008 年 02 月 15 日 (金)
-
0630 起床．
森林総研 R 講習最終日．
朝飯．
コーヒー．
-
0740 宿発．
0751 JR 佐貫発．
0755 牛久着．
今日はバスに乗ってみることに．
ここからバスに乗るのははじめてかも．
[関東鉄道バス]
「つくばセンター」行き．
JR 牛久駅東口．
切符売場でてすぐの階段を右におりたところから乗る．
0800 駅発，
0815 森林総研着．
240 円．
時刻表
によると，
次のつくばセンター行バスは 8 時間後の 1600 発，
である．
まあ，
谷田部車庫行き
に乗ればいいんだけど．
-
0900 より
森林総研 R 講習会二日目．
午前中はポアソン回帰とロジスティック回帰，
つまり GLM 入門なハナシ．
[R 講習 GLM 入門篇の教室]
皆さん，
glm()
で得られた結果を使って作図しているところです．
-
また所内食堂で昼飯．
-
1310 から午後の部．
午前中にやり残した「何でも割算するな!」の
offset 項わざ
の解説．
-
その後は皆さんの「データを作図してみろ」挑戦をうけて私が図を作ってみるコーナー．
-
正木さんのヒノキ調査地の地図を
plot()，
で．
樹木のサイズを cex
で表現したり，
等級を pch や col
で区別できるようにする．
あと，
text(..., pos = 1)
で個体 ID を追加，
とか．
-
阿部さんの苫小牧調査地の地図．
やはり地図だが，
こんどは
library(lattice)
してから xyplot(y ~ x | species, data = d)
というふうに樹種ごとの地図を作らせてみたり．
-
田中さんの熱帯樹木 9 樹種の実生の地上部 vs 地下部重量．
これも
library(lattice)
xyplot(log(shoot) ~ log(root) | species, data = d)
てなかんじで．
「1:1 のセン」
なるものを追加しようとすると，
とたんに見とおしの悪い書きかたになり，
たとえば
xyplot(
log(shoot) ~ log(root) | species,
data = d,
panel = function(x, y) {
panel.points(x, y)
panel.abline(0, 1, col = "gray")
}
)
となってしまう．
-
などとやってるうちにセミナー室利用時間の終了がせまってきたので，
1500 前に無事 R 講習はおひらきに．
参加してくださった皆さん，
おつかれさまでした．
私もいろいろ勉強になりました．
-
また群落動態研のテイブルをおかりして，
生態学会 & 地環研 server 雑用とか，
お茶をいただくとか，
個別的な R & 統計モデリングこんさるだとか
……
-
1700 どうもお世話になりました，
と森林総研発．
また太田さんの車で JR 牛久駅まで送っていただいた
(ありがとうございます)．
1715 牛久着．
切符購入．
浜松町までの乗車券 (950 円) + 上野までの自由席特急券 (900 円)
……
ということで (一駅だけ上野側の) 佐貫-上野間にくらべて 400 円高くなってる，
とわかった．
-
1733 フレッシュひたちに乗って牛久発．
けっこうぐったりしてるうちに東京方面に運搬されてしまった．
1808 上野着．
京浜東北線に乗り換えて
1811 同発．
うーむ，
平日 (金曜日) の帰宅時間だと思うんだが，
なぜこの時間帯の京浜東北線や山手線の車内はすいていいるのだろうか?
-
1824 浜松町着．
東京モノレイル 470 円の切符を買って 1829 同発．
各駅停車に乗ったので車内はとてもすいてる
……
というのも，
この 4 分後に「空港快速」が浜松町をでるからだ．
快速には中間点の昭和島で追い抜かれたわけだが，
これは乗客ぎっしり満載状態になってるな．
いやはや，
「早く空港につきたい」という心理から普通をパスして快速に乗るんだろうけど
……
しょせんは東京モノレイル，
停車駅を減らしたところでそんなに速くはならず，
先行した空港快速が到着した 1-2 分後にはこちらの普通も羽田にたどりつくのである．
-
ということで，
1853 羽田着．
また電子航空券の二次元バーコードで保安ゲイト通過．
第二ターミナル「岬の突端」というべき 53 番搭乗口ちかくで
晩飯かって搭乗前に食べてしまう．
1925 ANA 79 便，
久しぶりに B-767-300 に搭乗することに．
搭乗ゲイトで発行される「搭乗券」なる座席番号・搭乗日など書かれた紙片は
保管しておいてあとで (今回の旅費をだしてくれる) 森林総研に郵送せねばならない．
理由はよくわからないんだけど満席．
1938 taxing 開始．
-
またぐったりしてるうちに北海道まで輸送されてて，
2103 着陸．
2130 JR 快速エアポートに乗って空港発．
1040 円．
千歳は雪．
石狩平野に入ると風雪．
2207 札幌着．
2225 無事に帰宅．
一件落着．
ふう．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
宿の朝飯．
昨日とおなじようなかんじ．
- 昼 (1200):
森林総研所内食堂．
2008 年 02 月 16 日 (土)
-
0830 起床．
まだねむいよー
……
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
ぐったり．
-
昼飯．
そろそろ吹雪もおさまったかなー，
と出てみると
……
ぜんぜんやんでない．
しかし引きかえすのもめんどうなので，
1315 自宅発．
[雪に埋もれる北大 1]
地環研．
1-2 月の豪雪で地環研前駐車場横の
「除雪山」 (写真右) の標高もじりじりと高まりつつあり，
今は 5 m をこえているようにみえる．
さてさて，
かかる豪雪の中を除雪山ならぬ
無意根山
(標高 1461 m)
に登りにいった甲山さん・工藤さんたちは
どうなってしまったのだろうか?
[雪に埋もれる北大 2]
まあ，
こんな日は理髪店もすいてるだろうと，
わざわざ
雪をかきわけつつ北大構内を横断してクラーク会館地下までいってみたんだが
……
「本日は暖房工事のため臨時休業」
とのことで，
がっくりしつつ
1340 研究室着．
[雪だるまと雪洞]
で，
「ちゃんと写真とってくださいね」
と命じられた雪だるまと雪洞．
これは地環研駐車場のいちばん北側の林内に
A 棟 7-8F の院生たちが構築してしまったもの．
修論ばてでおとなしくなってるかとおもいきや，
逆に体力復旧ありあまっておられるよーで
……
-
2040 帰宅．
体重 70.2 kg．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0910):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1210):
スパゲッティー．
ニンニク・卵のソース．
- 晩 (2140):
米麦 0.8 合．
ダイコン・ショウガのコンソメスープ．
卵焼き．
2008 年 02 月 17 日 (日)
-
0840 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
ちょっとうんどう．
-
二日ほどかけてけっこう厚いハヤカワ SF 文庫本を通読してしまった．
Honor Harrington シリーズで有名な (といっても ← これは読んだことないんだけど)
David Weber
の「反逆者の月」 (Mutineers' Moon)
……
まあ，
内容はなンと申しますか，
べつに感銘ウケたりヒトにおすすめできるものではなく，
めりけんふう SF 映画とか SF TV ドラマの活字版といったもので．
ふつーのヒトなら「何だこりゃ」となげてしまいそうな一冊を
私が通読してしまった理由はふたつ，
かな．
-
ひとつはこの分野，
すなわちスペイスオペラの古典というべき，
1930-40 年代に書かれた
レンズマン
(とくに「銀河パトロール隊」)
のパロディかと思うほどそっくりなプロット
というか「場面づくり」の不思議さで，
著者もとうぜんよくよく熟知した上でやってると思われるのだが，
その意図はどこにあるのだろうかとか，
50 年以上をへても (原著は 1991 年出版) 変わらぬこういう場面づくりって
やっぱりスペイスオペラに必要とされるものなんだろうかとか，
最後ぐらいは Galactic Patrol とは変えるはずだよねと思ってたら
ますますそっくりでありゃーとか
……
まあ，
いろいろ考えてしまったのが理由そのいち．
-
もひとつの理由は
……
ネット上のあちこちでもすでに言及されているが，
5 万年間の孤独のもとで活動を継続してきた艦載人工知能ダハクがけなげで
融通がきかなくて何だかむしょうにカワイイのである．
私は SF に登場する有人の宇宙船とかそんなに特に好きではないんだけど
(たぶん人間を孤立した艦内の系で生残させる設備がたいへんそうでめんどうだ，
とか考えるから)，
なぜかしら無人なやつにはときどきココロうばわれたりするんだよねえ
……
ましてや，
その計算機が
自己改良
をススめつついっしょうけんめい仕事していようものなら．
その意味では，
「生きとし生けるものを抹消する」
なーんてフェイルセイフ free な無茶命令実現のため創意工夫・日々努力を怠らぬ
恒星間
doomsday
兵器システム
バーサーカー
なんかも好きですねえ
……
-
昼飯．
1330 自宅発．
曇．
北 11 セヴンイレヴンで電気代支払う．
1497 円．
まあ，
電気代は冬でもそんなには高くならないようで．
月末のガス代はおそろしいけれど
……
1345 研究室着．
[埋没]
昨晩撮影した地環研前駐車場北側林内の雪だるま + 雪洞，
休日・夜間も働く北大構内除雪チームの奮闘によってあとかたもなく
埋没してしまっていた．
-
だらだらと仕事にとりかかる．
まずは先日のトドマツ母子距離モデル再計算に関する
練さん質問への回答メイルかき．
なるほど，
私の母子間距離の頻度分布図がおかしかったわけだ
……
修正して再アップロード．
-
研究室雑用，
など．
-
アリ研究をオワらせるための作業，
つまり論文かきにとりくみたいのだが
……
何しろ半年 (!) 放置されてたので，
アタマの中からアリあれこれがかなり揮発してしまっている．
そこでアリりはびりと実益をかねて，
来月の生態学会大会のポスター作りにとりくんでみる．
-
ということで，
いつものごとく
LaTeX の
a0poster.cls
に苦闘してみる
……
-
無意根登山隊は無事に帰着してきた．
とんでもない豪雪で，
スキーは登りにも下りにもあまり役にたたず，
主稜線まえで撤退，
なんとか日没前に駐車場までもどれた
……
とのことで．
-
2010 研究室発．
2025 帰宅．
体重 70.2 kg．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 15 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1220):
米麦 0.7 合．
ニラショウガ卵炒飯．
ダイコン・ショウガのコンソメスープ．
- 晩 (2110):
米麦 0.8 合．
ダイコン・ブナシメジのコンソメスープ．
サバ電磁波酒蒸し．
2008 年 02 月 18 日 (月)
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0810 起床．
朝飯．
コーヒー．
0905 自宅発．
雪．
0920 研究室着．
データ解析こんさるの予習．
本日は M1 データ解析こんさるの日，
ともうしますか
……
といっても他の研究室の M1 さん相手なんだけど．
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0950 研究室発．
理学部 5 号館 913 号室
松島研究室
におじゃまして，
川森さん・松島さんにヒヨコうろうろモデリング議論．
ヒヨコはけっこうもの覚えがよいとする川森さんモデルと，
ヒヨコなんてがんこなくせにすぐにモノ忘れしてしまうと仮定する久保モデル．
このヒヨコ対決の帰結は
……
まあ，
言うまでもあるまい．
私はヒヨコに対する愛情が足りないようだ．
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ということで，
研究室にもどってとりあえず昼飯．
-
で，
川森さんからお借りしてきた BUGS code の読解にとりくんでみる
……
うーむ，
ひよこモデル，
けっこう複雑だ．
-
で，
呪われぎみなソフトウェアゐんばぐすが
script.txt
をまったく実行しない，
という前代未聞なエラー (?) にやられているうちに時間ぎれ
……
これはのちほど WinBUGS に与えるデータに NA
(not available; 欠側値)
が含まれるとこういう挙動になる，
とわかった (後記: これはそんなにナマやさしい問題ではなかった)．
次のデータ解析こんさるの予習．
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1400 から 5F 野田研の深谷君のデータ解析こんさる．
また「なんでもかんでも直線回帰」の世界に退化していたので，
個体群動態の時系列データをあつかう階層ベイズモデルの世界にもどす
道路の整備工事．
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野郎大学院生の場合 (うん? 近ごろでは両性の平等が実現しつつあるか?)，
てくにかるなカベにあたると自暴自棄なデータ解析にハシりがちなのかもしれない．
しかしまあ，
あるていどカシこい大学院生であればこのへんカベのこえかたの手口を説明すると，
あとは勝手に
……
というかんじで 5 岩礁 in 5 海岸 in 調査地域，
と nested な構造をもった階層ベイズモデリングまで進捗した．
めでたしめでたし．
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すでに夕方．
今日はどうも「動物生態学の日」，
のよーでまたどうぶつ質問．
こないだおはなしされていた、魚（ヤマメ？）を二匹水槽で飼って
テキトーに餌をやると自動的に順位ができてサイズ差が大きくなる
という話ですが、元論文とか誰がやっている仕事かとかって覚えてます？
気になったのでご存知なら教えてください。
私はちょっとばてぎみだと下記のごとく要領の得ないメイルを書きがちで，
しかも書いてる途中に自分のまちがいに気づいて訂正するんだけど，
めんどくさくなって前に書いた部分も消してない，
といった挙動をとることがわかる．
私は院生のときに同じ九大理学部生物の大学院にいた箱山さんというかたが実
験してました (実験してた場所は中央水研の上田支所)．箱山さんの現在の所属
はその上田支所です．
http://www5.ocn.ne.jp/~hakoyama/hiroshi/home.html
論文は
http://scholar.google.co.jp/scholar?q=hakoyama+iguchi+growth
と検索して二番目にでてくる
Transition from a random to an ideal free to an ideal despotic
distribution: the effect of individual difference in growth
だったと思います (他にもあるかも)．魚はヤマメ (Oncorhynchus masou
masou) ではなくアマゴ (Oncorhynchus masou ishikawai) でした．たしか遺
伝的には同等なクローンアマゴをつかっていたと思います．
ここには個体ごとのサイズ変化が示されてなくて残念なのですが(もとデータは
個体識別してたはずですが)，要するに feeder が二箇所あったときに，
[1] エサが feeder1 だけから供給されるとき
個体間の体格差がでかくなる．理由はエサがおちてくる場所がきまってるので，
そこに居すわるヌシみたいなやつがでてきて，エサを独占するから．
[2] エサが feeder1 と 2 から供給されるとき
エサが落ちてくるたびにサカナたちがあちこち動きまわるので，けんかは弱い
けど素ばやい個体もエサをとれるので，体格差はそんなに大きくならない
……というハナシだと思っていたのですが，Fig. 1 とかみると [1] は第四週
目だけで成立，[2] もエサ供給速度が feeder1:feeder2 = 5:5 がもっとも均質
というわけではない，ということで，あまりうまく表現できてないようです．
水槽内 6 匹のうち 1 匹だけがでかくなる，といった現象は (この現象は昔か
ら知られていて「とび」というそうです) まちがいなく観察されたはずなんで
すが……
と思ってもう一度 google scholar にもどってみると，二番目ではなく三番目
の体格差論文でした (いやはや，われながらうかつ……):
Why is competition more intense if food is supplied more slowly?
エサやり速度がゆっくりしてると aggressive なやつがエサの落ちてくるポイ
ントを独占する，エサやり速度がはやいとエサくってるあいだに次のエサが落
ちてくるので他の個体もエサをとれる，といったハナシだったと思います．
ようするにサカナみたいな動物も「水槽の中」と場所を限定してしまうと，
植物みたいな固着性生物的な競争様式になってしまう，
ということで．
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といったかんぢで自分の仕事などはススまぬうちに体力ぎれ．
撤退．
1845 研究室発．
買いもの．
1905 帰宅．
体重 70.2 kg．
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Gmail の私のメイルフィルターは
***@yahoo.co.jp
ってのをぜんぶ spam フォルダにほうりこむようだ
……
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0830):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1230):
研究室．
北大生協の巻き寿司．
- 晩 (1930):
米麦 0.8 合．
ダイコン・ブナシメジ・すりみのコンソメスープ．
コンブサラダ．
2008 年 02 月 19 日 (火)
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0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0915 自宅発．
晴．
0930 研究室着．
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またいろいろとデータ解析こんさるメイルかき，
とか．
-
あらら，
メイル書きで午前中がオワってしまった．
敵国語作文はいつものことながら時間をくってしまう
……
昼飯調達にでる．
昼飯．
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また川森さんのヒヨコうろうろ階層ベイズモデルにとりくむ．
昨日，
これは WinBUGS にわたすデータに
NA
が含まれてるから動かないんだ，
とかてきとーなる結論を下してしまったわけだが
……
真実はそんなにナマやさしいものではなかった．
-
いやー，
じつに
本来の意味での
というか hacker 的才能にもめぐまれてる川森さんの BUGS
code は複雑なものであり
……
これはヒヨコの記憶が何 block 前の実験試行から影響してるかなんてことを，
ヒヨコ個体ごとに変えるといった，
まあ私のこのヘボい説明では何が何やらだけど，
ともかく
「BUGS 言語で表現できる統計モデル」
のひとつの限界にせまるようなものなんだよね．
私だったらぜったいに途中であきらめてしまうわ
……
ということで，
昨日却下されたヒヨコへの愛情が足りないモデルを提案したわけだが．
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それはともかく，
このスゴい BUGS code を R の
library(R2WinBUGS)
をとおして動かそうとすると，
Windows 上でなら動作する，
とわかった．
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しかしながら，
私がいつもやってるように Linux 上で Wine を介在して
WinBUGS を呼びだそうとすると，
コレは動かないのである．
理由はまったく不明だけど，
おそらく Wine の限界みたいなモノなんだろう．
じつは hacker ではない私としてはこのあたり，
よくわからない
……
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1530 から甲山さん部屋でシウリザクラ「四者」面談．
はてさてどうなることやら
……
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1630
Trendy セミナー，
本日は動物生態 PD の小泉君，
地理構造のある集団遺伝学でよく使われてる空間距離 vs 遺伝的距離の
Mantel 検定的な解析法の改善にいどんでみました，
というもの．
うーむ，
やりたいことは明確なのだが，
そもそももとの Mantel 検定なるものは統計モデルベイスとは言えないので
(つまるところ，まぜてセンをひっぱってみるだけ)，
これをひねくってもそれほど改善されない．
しかもひねくりかたはけっこうアヤしい
(と本人もわかっている)．
ということで，
もっと遺伝子動態モデルを基礎におくような，
統計モデリングで解析したほうが良いのでは，
といったコメントしてみる．
そっちのほうが推定結果の解釈なんかはだんぜんラクなはずだ．
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ネット雑用などやって，
1850 研究室発．
1900 帰宅．
体重 70.6 kg．
晩飯．
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2020 ごろ先日 amazon でややとーとつに買ってしまった
デイパックとどく．
[新旧デイパック]
新デイパック
GRAVIS MIRAGE BLACK
(黒)
と旧デイパック Karrimor (赤)．
Gravis については一本じめだとおもってたけどそうではなかった．
背面中央部は単なるハンドル．
容量的には 2-3 泊出張が限界だった Karrimor より一泊ぶんぐらい増えそうなのでよい．
福岡大会にも対応できるかも．
Gravis は 11550 円が 4620 円になってたので衝動的に買ってしまった次第．
[新デイパック下部]
これのかわっているところは，
アウトドア使用を想定してるのか，
内部に防水コンパートメントがあり，
しかもそこへのモノの出し入れはデイパック下部から
(おそらく防水性を高めるため)，
という斬新なのかアイデアだおれなのかよくわからぬ設計．
このデイパック，
開閉部がことごとく zipper なのが強度的にちょっと不安．
まあ，
何か工夫してるんだろうけど
……
[旧デイパック補修あと]
何しろ 10 年ぐらい使ってるので，
あちこち破れ & その補修あとだらけである．
これはチカラのかかるショルダーストラップ基部．
糸でぬいつけて，
さらに瞬間接着剤でカタめている．
通学用にはこちらのサイズのほうが良いように思えるので，
いましばらく補修しつつ使うことになりそうだな．
-
えーと，
ですね
……
こちらの修論発表とかオワってひと安心，
と思っていたらこんどは研究室外・学外からのこんさるメイルが
どしどし来信するようになってしまって，
ですね
……
生態学研究者のみなさん，
早くフィールド調査にでてください．
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[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1250):
研究室．
北大生協納豆巻．
- 晩 (1950):
米麦 0.8 合．
ネギ・シイタケ・卵の炒めもの．
ダイコン・豆腐のコンソメスープ．
2008 年 02 月 20 日 (水)
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0830 起床．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
晴．
本日は気温高い．
0945 研究室着．
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データ解析こんさるメイル返信かき．
本日中になんとかなればよいのだが．
うーむ，
ミチタネツケバナ
の花の上下位置と開花順序の関係がわからん．
しかし，
夕方になっていただいたメイルによると，
実物をよく観察すれば上下位置は明瞭で，
開花順序なんかも簡単に特定できるそうで．
-
ここの院生，
斎藤君のデータ解析こんさる．
20 種以上の植物をあつかってるので，
とりあえずいろいろ図を描いてみましょう，
といった方向で作図プログラミングの例をいくつか示してみる．
-
午前中はこれで終了．
昼飯．
-
明後日からの川渡出張準備．
どうやら最終日の 2/24 (日) は午前中でだいたいの予定が
終わるようなので札幌にもどる飛行機を 1705 仙台発に変更．
-
そしてまた別のデータ解析こんさるメイルの返信かきのつづき．
-
するとまた別の断りにくいぎょーむ依頼が．
うー
……
しばらく放置することに．
-
複雑怪奇というほかない北大ネット HINES から，
かくのごとく意味不明な理由で，
この新システムへの移行に伴い、旧システムで使用していたPIDと新システムで使用
するiic-IDを関連付ける必要があります（関連付けが行われないと旧システムの情報
が引き継がれません）。
また各ユーザーにいちいち手作業させる
わけのわかんない命令
が．
とりあえず，
命じられた作業を終了させてみる．
いやはや，
全学的な混乱を招来する予感．
そしてまた，
これっていつものごとく日本語よめないユーザーへの配慮がゼロ，
という気もしてきたんだが
……
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次のデータ解析こんさるメイルかき．
水中栄養塩類の統計モデリング．
これって流量データが必要だと思うんだよねえ，
というコメントなど．
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夕方はまた斎藤君のスキー場植生復元なデータ解析．
このデータを
pairs()
などでよくよく観察してみると，
草本 vs 木本という対決だけでなく，
草本 vs 草本という対決もあるとわかったのだけど，
まあ「とりあえずの統計モデリング」として今回はそのあたり目をつぶって，
glmmML()
でえいやっと．
モデルの予測を図示してみて観測データと比較してみると，
意外と悪くないような気がしてきた．
木本の定着を阻害しているらしい草本どうしの排他性がつよいので
(比較的せまい quadrat をとっているのでそのあたりが強調されて見える)，
草本種それぞれの影響がわかりやすいデータになっているからだろう．
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またメイルかきして撤退．
1920 研究室発．
1935 帰宅．
体重 70.6 kg．
ちょっとうんどう．
晩飯．
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[今日の運動]
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腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
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[今日の食卓]
- 朝 (0840):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1300):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
春雨スープ．
- 晩 (2100):
米麦 0.8 合．
ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の煮物．
フキの煮物．
