KuboLog 2008-02-11

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

2008 年 02 月 11 日 (月)

0930 起床．うーむ，生活周期，ちょっとずれぎみ．朝飯．コーヒー．休日きぶんがぬけず，怠業．

1120 自宅発．曇．今日も気温高い．しかし予報によると，明日からまた真冬日が続くようだ． 1140 研究室着．

シウリザクラ原稿こめんと書きにとりくむ．はい，よーやく．

あたりまえのことに今さらながら気づいた．いや，以前から「わかって」はいたんだけど．えーい，どうしてこう単純化した正当化がさっとでてこなかったんだろうなあ ……

「この種子の父親はプロット内にいる」という条件つき確率だけを考えるなら……

(簡単な証明)
f*: 樹木個体の male fertility (f > 0)
F: f* の和，(もちろん) plot 内の樹木個体のみ
X: plot 外の male fertility，plot 内どこでも一定

ある個体 A がある種子の父親である確率は fA / (F + X)．このときにこの種子の
「父親が plot 外ではない」と条件 (確率 F / (F + X)) をつけると，

  (fA / (F + X)) / (F / (F + X)) = fA / F

となり (つまり Equation 1 と同型になり)，X の大小を考慮しなくてよい．

昼飯をはさんでコメント書きつづく．

メイル本文も書いて，永光さんに送信．原稿いただいたのは 12/21 だったのか …… われながらヒドい．とりあえず，一件落着．しかし年末と先月はホントに下うけの日々だったわけで．幸か不幸か，永光さんも他の論文かきにおいそがしかったそうで．

お茶部屋における少数派性別側の会話．
「あれは何の音だろうね? セミナー室から?」
「セミナー室は明日からの修論発表会の練習が」
「なるほど．あのてんしょん高いヒトたちの」
「発表準備でいよーなてんしょんですからね」
「安全のため，近よらないようにしよう」
「まったくです」
ジュラ紀・白亜紀に生きた哺乳類の祖先たちの生活を想像しつつ．

冗談なのかホンキなのか ……

[ビールと論文]

チェコでは「鳥類生態学者の論文を出す速度はビール消費速度と負の相関がある」論文: (Oikos OnlineEarly articles) Tomas Grim. 2008. A possible role of social activity to explain differences in publication output among ecologists. Oikos (URL). 生態学者の行動生態学に関する論文，とゆーことのようで．縦軸・横軸の値は Box-Cox 変換されてしまっているので，もともとの数値とは異なる．

さーて，次はトドマツ原稿改訂分担部分を …… という方向にアタマを切りかえようとする努力．

subject editor の「なーんで二次元正規分布なんかを散布カーネルに使うわけ? それって『尖りすぎ』 (leptokurtic) だろ?」なる指摘に対して，ここで使っている散布カーネルは二次元正規分布と「ばらつき」パラメーターの事後分布のたたみこみ (convolution) になってるから，単純な二次元正規分布よりいろいろな「尖り」を実現できている，と反論してみる作文かき．

母樹ごとの子供数の偏りというか， overdispersion のチェック．

> (vf <- tapply(d$n.obs, d$mt, sum)) # 母樹ごとの子供数
A001 A002 A005 A009 A010 A012 A015 A016 A018 A020 A021 A023 A024 A026 A027 A028 A029 A031
   8    1    1    1    1    1    1    1    3    6    6   25   24   18    5   37   13    5
A034 A035 A038 A039 A042 A044 A045 A047 A048 A051 A052 A053 A058 A060 A062 A063 A065 A067
  14    1   16    2    5    1    2    8    2    3   37    1    1    2    1    7    5    4
A068 A071 A072 A077 A080 A081 A082 A085 A089 A091 A093 A094 A097 A101 A106 A109 A113 A117
   1    1    1    1    2    2    3    1   34    1    1    3    5    3    1    1    1    3
A118 A119 A120 A121 A122 A123 A124 A125 A132 A133 A135 A136 A137 A139 A141 A143 A144 A145
   1    1    1    4    2    1    9    7    1    1    1    1    1    8    2    2    4    6
A146 A147 A148 A149 A151 A155 A159 A160 A163 A170
   1    3    7    5    1    1    9    1    1    3

> mean(vf) # 子供数の平均
[1] 5.1098
> var(vf) # 子供数の分散 >> 平均，つまり overdispersion
[1] 59.877

まあ，これはそれをチェックしろ言われたので．いちおう overdispersion.R なる R スクリプトにまとめておく．

観測された母子間距離分布図．これを作図する関数は figKernel.R にほうりこんでおく．

いろいろファイルを make pdf したりアップロード．後藤さんにとりあえずのメイルを書いて，送信．まあ，これも一件落着 …… というか時間かせぎできたかんじだ．

とはいえ，例によって時間を費やしてしまった …… 2025 研究室発． 2040 帰宅．晩飯の準備．晩飯．

[今日の運動]

うんどう休養日になってしまった

[今日の食卓]

朝 (1000): ヨーグルト．リンゴ．
昼 (1400): 米麦 0.6 合．北 12 生協でかったヒジキ煮物パック (小)．
晩 (2120): 米麦 0.8 合．キャベツ・ショウガ・豆腐のコンソメスープ．ネギ・ニンニク・卵の炒めもの．

ぎょーむ日誌 2008-02-11

2008 年 02 月 11 日 (月)