ぎょーむ日誌 2006-10-25
2006 年 10 月 25 日 (水)
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0740 起床．
0805 自宅発．
晴．
0820 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
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ふーむ
……
新型の「CGI プログラム動かすスパムロボット」．
「あの」生態学会釧路大会 web あれこれに関しては Google 上での
検索結果
でもすでに生態学会さーばー上に「移転」が完了したんだけど
(
mod_rewrite 使うと，
この「検索エンジン上の移転」が比較的速いそーで)
……
で，
この中にある申しこみ CGI プログラムなどはずっと以前から
「実行不可能」状態においてるので
(ついでにそう簡単には見つからないようにしているので)
何も問題は生じなかった．
ところが (Java で書かれているらしい)
この新型スパムロボットは「実行不可能」ではあっても
「読み取り可能」な CGI プログラムであれば，
読み取って自分ところで「かなり器用に」実行してしまうみたいね
……
ともあれ読み取り不可状態に変更，
と．
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ついでにそのあたりのネット雑用あれこれ．
こういうコトやってると一日の不幸なでだし，
という気がする．
-
で，
1100 ごろからようやく本業とゆーか
……
えーと，
つまり計算したうけ．
本日は志水さんのデータ，
すなわち「地衣類の繁殖は何で決まるか」
というベイズモデルとその MCMC 計算．
-
とりあえず
JAGS
で計算してみることに．
この Gibbs sampler ソフトウェアをさわるのは，
たぶん
6 月末
以来のことなのであれこれアタマから脱落している．
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1220 棟内アナウンス．
「B 棟 2F で有機溶剤の廃液が……」
だの
「目・ノドの痛みが……」
だの．
そして事務室から連絡メイル
……
しかし，
院生には配信されてなかったので，
研究室 ML で配信した．
現在、Ｂ棟２階にて有機溶剤の廃液（ブロロホルム）が漏れたことにより，
刺激臭が発生しています。
揮発による処理のため，館内に臭いが回っていますので，各室，ドアを閉
める，窓を開ける等により対応してください。
ただし，東側の窓を開けて処理していますので，東側の部屋の方は，窓は
開けない方が良いかと思われます（空気より軽いため）。
目の痛み，吐き気等の症状が発生します。
うがい，鼻の洗浄を行うようにして下さい。
軽い症状であれば時間経過により落ち着くようですが，必要に応じて医療
機関の診察を受けるようにしてください。
……
いやはや何がどうなっているのやら．
A 棟 7-8F 内のヒトたちの応答をみると，
この毒ガスにかなり敏感なヒトとそうでないヒトがいるとわかった
……
という実験をやりたかったのか，
コレは?
私はちょっと目がちくちくする程度ですんだんだけど．
そうか，
つまり「カナリア」
として使えるヒトがいる，
ということだ
……
ふーむ．
昼飯．
地衣類繁殖モデリング，
JAGS のデータファイルやコマンドファイルはめんどうなので，
これらを生成する R
プログラムを作る．
model ファイルは自動生成というわけにもいかず，
こういったかんぢになった．
model {
# inverse variances
iv.p ~ dgamma(1.0e-3, 1.0e-3)
iv.prock ~ dgamma(1.0e-3, 1.0e-3);
iv.pface ~ dgamma(1.0e-3, 1.0e-3);
iv.pid ~ dgamma(1.0e-3, 1.0e-3);
# factors
pspcU ~ dnorm(0, iv.p);
pspcL ~ dnorm(0, iv.p);
pareaU ~ dnorm(0, iv.p);
pareaL ~ dnorm(0, iv.p);
pslri1U ~ dnorm(0, iv.p);
pslri1L ~ dnorm(0, iv.p);
pslri2U ~ dnorm(0, iv.p);
pslri2L ~ dnorm(0, iv.p);
for (i in 1:n.rock) {
prock[i] ~ dnorm(0.0, iv.prock);
}
for (i in 1:n.face) {
pface[i] ~ dnorm(0.0, iv.pface);
}
for (i in 1:n.sample) {
pid[i] ~ dnorm(0.0, iv.pid);
apothecia[i] ~ dpois(exp(
prock[rock[i]]
+ pface[face[i]]
+ pspcU + (pspcL - pspcU) * spc[i]
+ pid[i]
+ (pareaU + (pareaL - pareaU) * spc[i]) * log.area[i]
+ (pslri1U + (pslri1L - pslri1U) * spc[i]) * slri1[i]
+ (pslri2U + (pslri2L - pslri2U) * spc[i]) * slri2[i]
));
}
}
計算に時間がかかるので
(といっても数千 MCMC step に 5-10 分ぐらい)，
二ヶ月ぶりに A801 室の Dell 機を起動して
こちらで計算．
上の model 定義はかなりじつはかなりあとになって整ってきたもので，
最初のうちはどうしたもんだか，
と試行錯誤がひたすら続いた．
たとえば「二種類の生物」というのはやっかいな状況である．
三種以上なら問答無用にて階層ベイズモデル化すればよろしい．
しかしながら，
二種の場合はそうすべきなのかびみょーなところだ
……
いろいろためしたあげくに，
上の model file にあるがごとく
Umbilicaria cylindrica
(タカネコゲノリ)
と
Lasallia pensylvanica
(オオイワブスマ)
を「同時かつ別々に」推定していくことに．
はてさて，
どうなることやら．
(後記:
よく見ると上の model
定義のこのあたりは冗長な書きかたになっているので
マネしないよーに)
ひたすら試行錯誤．
どのようなモデルをもちいようとも，
三段階のややこしー階層性をもつ
このパターンを説明するパラメーターの事後分布たちは
数千 MCMC ステップぐらいでは「収束」しない，
とわかってきた．
本日は院生密度が低い．
静かだ．
院生密度が低いと露崎さんの出現頻度が高まるらしい，
という観察が得られた．
ばててきたので計算命じておいて撤退．
1930 研究室発．
JR 札幌駅の本屋によってから帰宅．
1955 帰宅．
[駅で野球観戦するヒトたち]
地元球団だまって応援するたちの異様な迫力がにぢんでいます．
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そして「栗御飯用のクリ」を研究室におきわすれてきたことに気づいたので，
(速歩) 往復 20 分間を費して取りに行った．
このクリはとある複雑なる事情によって，
昨日「塩づけ」みたいな状態にされてしまい，
さらに「塩ぬき」と称して過去 24 時間水没させられていたもの
……
かかる状況が発生した件に関して私は責任とらされる立場ではないんだけど，
「まあ，
この水びたし塩クリは栗御飯ぐらいにしか使えないだろう」
と当家でひきとることになった次第で
……
お茶部屋ではおりあしく院生の皆さんの晩飯直後で，
私の行動・服装などに関していろいろとキビしく指摘されてしまったので，
すばやく逃げる．
帰宅して晩飯の準備．
晩飯．
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そして A 棟 8F 闇ネットにもぐりこんで計算状況をしらべてみる
……
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[今日の運動]
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うんどうできるかできないか，
これは一日の「どこに」うんどう時間をもってくるか，
にかなり依存してるんだよね
……
また昼ジョギング復活か?
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[今日の食卓]
- 朝 (0840):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 晩 (2200):
「写真とれ」
と命じられたので撮っておきました
……
[栗御飯]
塩ぬき塩クリを使っていつもの炊飯用土鍋
(炊飯器が壊れたままなので)
で炊いたもの．
まあ，
このクリはそれなりに良いもので栗御飯もそこそこにおいしかったんだけど，
いかんせんずっと水づけだったんでかなり崩壊しててですね
……
なんというか
「飯にちょっとマッシュポテトを混ぜた状態」
みたいになってしまった．