ぎょーむ日誌 2006-05-03

2006 年 05 月 03 日 (水)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• ぢつはここ数日いろいろ調べている 苫小牧 leafminer 寄生モデルの Bayes 化の検討， のつづき． Bayes 化する理由は 「種間差はどうなってるンだ?」 とゆー「ありがち質問」を手軽に封じるため． 「種差」パラメーター事後分布の信頼区間を示すことで， 多重検定はもちろん多重モデル選択も回避できる， はず．
• というのも， このモデリングの目的は「種差」にはないから． なぜなら現段階では「種差」があろうがなかろうがどっちでもよろしいわけで …… しかしそのあたり聞いてくるのが 「ありがち質問」 というやつで， これをどうにかしたい． この解析で重要なのはむしろ寄生という事象発生における 「すみ場所 (樹木) ごとの差」 なんだけどね．
• うーむ， ところが Bayesian にした場合， かんぢんの 「すみ場所差」ありなしモデルはそれぞれどう評価したものか， いまいちあきらかではないんだよね． お手軽にやるなら DIC ということになるわけだが ……
• さらにまだどうしたらよいのかわからんのは Bayes 化モデルの実装だ． 可能性を列挙してみると ……
  1. JAGS: これを使うと自分でコード書く分量は一番すくなさそう． しかし parasitoid dispersal kernel (PDK) のパラメーター推定とかはできなさそう． これは JAGS から自作高速 extension 呼びだす方法がわからんので …… そもそもそんな方法ないんでは， との疑念が深まりつつある． その他いろいろ研究せんといかん．
  2. MCMCpack: めとろぽりす法まわりは自分で書く必要なくなる． しかしここで使われているのは 愚直 Metropolis-Hastings アルゴリズムだと思うんで， 対数尤度評価関数を高速化するべく R extension として実装する必要がある． で， それを作るなら PDK のパラメーターも推定できるかも， というような．
  3. 自分でかく: MCMCpack でなくこちらでいくとすると …… 以前に (屋久島葉寿命問題 のために) Perl で書いた nested M-H ドライヴァーを R + R extension (in 呪われ言語 C++) なんかにたぶん移植したくなる (愚直アルゴリズムを回避するために) …… しかし， かなりたいへんそう (ケガれ言語 Perl には端倪すべからざる点がある， ということか)．
• うーむ， とアタマかかえつつ 1140 自宅発． 晴． 北大正門前の TwoTop だと SDRAM DDR333 512MB は 4580 円だった． 1210 研究室着．
• これはいまの仕事との脈絡まったくないんだけど， たんなる気分転換のために RSQLite package インストールして遊んでみる． 検索してみると， モンキーセンターの研究者のかた (おそらく 竹ノ下さん) も 使っておられる とか．
• 昼飯． 亜寒帯抑留生活に疲れた院生の皆さん (とくにこれが初めてになる M1 のヒトたち) は内地 (本州) に一時帰国されているので研究室内の人口密度は低い． 本日も道内の気温は高くない． サクラ開花もまだまだ．
• A Cartoon Guide to AIC, BIC ， おもしろい． すごいオチだ．
• で， このマンガのオチをみてるうちに， 午前中に検討してた問題のひとつについて奇妙な解決案を思いついた …… 「すみ場所差」ありなし項の 「使う (すみ場所差あり)・使わない (すみ場所差なし)」 あらわす 一個のパラメーター (∈ {0, 1}) を導入し， これの事前分布を確率 0.5 のベルヌーイ分布とする (つまり無情報事前分布)． で， 「使う・使わない」の事後分布をみるってのは? あるいは事前分布が確率 p のベルヌーイ分布で， そして p の超事前分布を一様分布とか無情報にしてやって， この p の事後分布をだす， とか (こっちはダメかも)? うーむ， 「何でもあり」 べいぢあん世界おそるべし ……
• まあ， この策を使うかどうかはともかく， 検定ナシ・モデル選択ナシで ハナシがぜんぶ片づくかもしれぬ思考実験， とゆーことで …… しかし， ちょっとまちがってるような気もする． 「使わない」ご利益がどこにも入ってないよね． 「使う」⇔「使わない」 を似たような頻度でいったりきたりするようなら， もうそれだけで 「すみ場所差なし」と判断すればよさそうだけど．
• といったうだうだとした検討つづく．
• お， 「投稿された原稿はすみかやに査読」 という当世ふう潮流に叛逆しつづけている反主流派ぢゃーなる Ecological Modelling， ちかごろは私がだす「どうなってます?」 なる無風流な問い合わせメイルも完全無視されるようになってたわけだが …… 投稿九ヶ月後になってよーやく Under Review から With Editor に状態がかわった (反主流派のくせに web 上で状態ちぇっくできるところだけは みょーに当世ふうだな)． さて， どうなることやら …… あるいは With Editor で何年またされることになるのか?
• そしてさんざん待たせても平気で (というか同誌の価値観からすると当方の 「待たされる」 なる言いぐさそのものからして 被害妄想的被害者意識にほかならないのだろうけど) reject とか言いそうだな．
• 2040 研究室発． 2105 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): バゲット． ハクサイ・チンゲンサイ・豆腐・サケのカレー．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 海藻スープ．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． ハクサイ・チンゲンサイ・豆腐・サケのカレー．