ぎょーむ日誌 2002-06-(21-30)
2002 年 06 月 21 日 (金)
- 0800 起床．
うーむ，
眠りが浅い．
セロトニン欠乏してるのか?
シャワー．
朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
0845 自宅発．
雨．
0855 研究室着．
- つい数日前に話題になった
Apache のセキュリティーホール
をふさぐ Vine2.5 用 rpm package できたんで，
さっそくインストール．
- 昨日の計算プログラム作製の続きになかなか着手できない．
- Abies 電気盆栽の具合はよろしくない．
- かとー先生が Analog-Digital 変換 PCI ボード
であれこれと
……
ご本人の研究やハッキングとは無関係な傭われ仕事，
というところがお気の毒ではあるけれど．
|
[A-D 変換 PCI ボード]
1 枚 16 万円．
なんでそんなに高いの?
甲山さん・小池さんといった
金づかいのアラいおじさんたちが
何か画策してるらしい
……
いやはや．
|
- 私の偏愛する
vi improved こと vim
の小ワザひとつ
(vim の :help 2html
に書いてあったもの)．
vim -f +"syn on" +"run! syntax/2html.vim" +"wq" +"q" ファイル名
を実行するとシンタックス着色ファイルを生成してくれる
(そして vim は勝手に終了する)．
生成例としては (いつものごとし，なんだけど)
こんなの
．
ただしこれは生成結果を Perl スクリプトにほうりこんで，
色を変えている．
- などと遊んでると，
昨日は調査に出てて不在だった工藤さんがかとーオフィスに来て，
くだんの計算法あれこれの確認．
さーて，
そろそろやりますか．
- ぢりぢりと書き進めて昼飯．
工藤組の野外調査・
空沼岳
(M2 井田君の調査地)
ちょー高速登山に同行した石井さんが筋肉痛をうったえておられる．
あれ速いんだよね，
ホントに．
- MacPerl でも動くよーに，
とよけいなことを考えているので，
ファイルを分割できない．
私はどの言語であれ 1 ファイルの中の行数が 200 を超えると
かなり不安になる．
まぁ，
世の中には数百行の長さの関数を書いてしまうような
終ってるプログラマーもいたりするんだけど．
- バグとり．
- 1630 バグとり終って，
調査サイトごとのゆーどが計算される．
#=== GOS00text ==================================================
#--- Model E --------------------------------------------------
transfer_AA: 338 transfer_AC: 53 transfer_CA: 56 transfer_CC: 1082
transfer_total: 1529
prob_AA: 0.221 prob_AC: 0.035 prob_CA: 0.037 prob_CC: 0.708
conditional_prob_A: 0.142
conditional_prob_C: 0.047
plot = E model = E log_likelihood = -2.2619e+02
#--- Model M --------------------------------------------------
...
#--- Model E+M --------------------------------------------------
transfer_AA: 826 transfer_AC: 97 transfer_CA: 103 transfer_CC: 2437
transfer_total: 3463
prob_AA: 0.239 prob_AC: 0.028 prob_CA: 0.030 prob_CC: 0.704
conditional_prob_A: 0.111
conditional_prob_C: 0.038
plot = E model = E+M log_likelihood = -2.2962e+02
plot = M model = E+M log_likelihood = -2.1058e+02
#--- Model M+L --------------------------------------------------
...
#--- Model E+M+L --------------------------------------------------
transfer_AA: 2688 transfer_AC: 123 transfer_CA: 129 transfer_CC: 2653
transfer_total: 5593
prob_AA: 0.481 prob_AC: 0.022 prob_CA: 0.023 prob_CC: 0.474
conditional_prob_A: 0.046
conditional_prob_C: 0.044
plot = E model = E+M+L log_likelihood = -2.5387e+02
plot = M model = E+M+L log_likelihood = -2.1931e+02
plot = L model = E+M+L log_likelihood = -1.2359e+02
こういうの 7 箇所の調査地について計算させるわけね．
ま，
データの組合せから考えられるいろいろなモデルに
関して log_likelihood を計算してる，
ということで．
- 次はこいつを読みこんで，
尤度をさらに組み合わせて，
またべつの組み合わせと比較する尤度比検定だとか
AIC モデル選択だとかそういうことをやらせる
Perl スクリプト書かねばならん．
- こっちは比較的簡単にできた
……
とおもったらイレギュラーな観測があるじゃないか．
ある年のある調査地だけは三つではなく二つのプロットしか見てない．
とすると，
そこだけ組み合わせ変わるわけ?
……
どうしたもんかな．
- あまりよろしくない方法でそこを乗り切る．
プロット数最大三個に固定されてしまった
(三個からはどれでもいくつ欠けてもいいんだけど)．
まぁ，
現時点における多少の汎用性欠如にはがまんするか．
- 最終的な計算結果出て来てるんだが，
莫大なる組み合わせ数の数値をながめているうちに，
計算された尤度の順位関係が一部ヘンだ，
と気づく．
しかし腹が減っていらいらするので
2020 研究室発．
雨．
北 12 生協で買い物して
2040 帰宅．
- 晩飯の炊飯を待つあいだに最後の気合いでバグとりやる
……
尤度方程式の単純な書き写し間違いとわかった．
これで順当な結果がでる．
晩飯くってから上位一番・二番間の
likelihood_ratio_test と
AIC を計算させるようにようにする．
これで一件落着か．
今日はコードいじりやめ．
#=== GOS00text ==================================================
# E,M,L v.s. E+M,L
likelihood_ratio_test: df = 2 chi2 = 1.064e+01 prob = 0.0049
AIC model selection: E,M,L = 1.0520e+03 E+M,L = 1.0586e+03
model = E,M,L number_of_q[AC] = 6 log_likelihood = -5.1998e+02
model = E+M,L number_of_q[AC] = 4 log_likelihood = -5.2530e+02
model = M+L,E number_of_q[AC] = 4 log_likelihood = -5.6144e+02
model = L+E,M number_of_q[AC] = 4 log_likelihood = -5.8009e+02
model = E+M+L number_of_q[AC] = 2 log_likelihood = -5.9677e+02
- さーて，
明日はこの計算に関する LaTeX メモの残りを書いて，
すでに構築しつつあるこれ関係の web page 群を書いてしまえば
一件落着か?
なんとか短期決戦として無事に終らせたい．
- [今日の運動]
- [今日の食卓]
- 朝 (0830):
米 0.7 合．
ナス・シシトウ・タマネギ・マイタケの炒めもの．
- 昼 (1300):
弁当．
研究室お茶部屋．
米 0.7 合．
朝と同じ．
- 晩 (2120):
米 0.7 合．
朝と同じ．
トマト．
2002 年 06 月 22 日 (土)
- 0800 起床．
シャワー．
朝飯．
コーヒー．
- 木曜日から始めた統計学計算を終息させるべく，
計算結果とかをネット上で見れるようにする．
- 学校にいくか．
1020 自宅発．
曇．
また雨ふりそうだ．
1030 研究室着．
- 解説文書の手直し．
- 今日は両発注者が来てないんで，
あおられ感ナシ．
これ以上は計算すべきこともないし．
Makefile による自動化もできてるし．
いやはや，
さっさと終らせなくてはいけないんだが．
と思いつつのんびりと昼飯．
- 雨ふってるのに近くのテニスコートがやかましい．
体育会系サークルのよくわからぬ試合観戦宗教的儀式のようだ．
- 机上のタコ足配線がひどく絶望的な状況になってきたので，
一時間ほどかけていろいろと配置をかえて
すっきりさせる
……
が，
憎むべき電気鼠の配置だけはすっきりしない．
ますます鼠に手を触れないですませるワザ
の発明発見が加速されそうな．
- 鍵盤趣味を再発させて IBM Space SaverII 買うのもなぁ
……
- どうにも緊張感が切れたのか，
仕事進捗しない．
- 外は雨．
寒い．
「ストーブつけましょうか」
とは
かとー先生の提案．
おお，
夏至にストーブ．
- 撤退．
1850 研究室発．
雨．
北大周辺の古本屋をふらふらとまわる．
1950 帰宅．
- そして夜は仕事すすまん．
- [今日の運動]
- [今日の食卓]
- 朝 (0830):
シリアル．
トマト．
バナナ．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
うどん．
プチトマト．
- 晩 (2050):
米 0.8 合．
ゴーヤ・タマネギ・シイタケ・豆腐の炒めもの．
2002 年 06 月 23 日 (日)
- 0820 起床．
朝飯．
コーヒー．
- 昨日おわらなかった統計学メモしあげの続き．
当家はネットにつながる経路なく，
けーたいもなく，
TV もなく
……
NHK ラジオ第一「日曜討論」のココロすさむやりとりを
聞き流しつつ仕事に専念する．
- 邪魔がはいる．
NHK の受信料?
だからここには TV ないって書いたばかりだろーが．
「ぎょーむ日誌」
チェックしてから訪問してもらいたい．
- 1120 LaTeX で書いてた計算手順と
その考え方の説明ほうはなんとか終った．
-
1215 自宅発北大構内走．
曇天．
北大ちかくで研究室にむかうかとー先生とでくわす．
日曜日なのに
……
かとー家で何かあったのだろうか?
いつもよりたくさん走って
1320 帰宅．
シャワー．
体重 71.8kg．
ぢりぢりと低下中
……
と信じたい．
- 昼飯．
また計算メモを直す．
- 1435 自宅発．
あいかわらず曇．
1445 研究室着．
- 走るのはいいんだが，
そのせいか今日は脱水症状ぎみで
ふらふらとお茶部屋に行って水分補給を繰りかえす．
遅い昼飯食ってる小菅君と
「千葉県分断・東京都拡張計画」
に関して地図を見ながら延々と概念研究を行う．
「ま，千葉には安房・上総だけ残してやって，
つまり房総半島におしこめて，と」
「いまさら旧国にこだわらなくてもいいじゃないですか」
「なるほど …… だったらこの東関東自動車道ぞいに分断するか．
空港のある成田と東大移転予定先の柏が含まれるから，
これで名称上の無矛盾性が満たされるようになる
……
ディズニーランドのある浦安周辺も併合せんといかんね」
「この構想をシンタロウにもちかければ，
即戦即決でやってくれますよ」
- ところでそのシンタロウ氏なる人物の君臨している組織に
追いうち上納金 22800 円課せられてるんだが．
どうしたもんかな．
- ここ数日かかわっていた統計学的問題を終らせる作業に取り組む．
計算出力をどうみればよいのか，
という説明．
で，
その結果というのが発注者の意向どーりにはなってないような
気がするんだけど
……
まぁ，
そっから先は今回の傭われびぢねすの範囲ではないな．
- これはなんとか終ったことにして，
と．
説明 pdf ファイルから計算プログラムから計算結果例まで
全部ネットにあげて了．
もひとつ web 雑用あるんだけど，
なんかやる気しなくて撤退．
2110 研究室発．
また古本屋にトラップされる．
閉店直前の北 12 生協によって
2200 帰宅．
- 晩飯くってしばらくしてから，
さきほど放棄した雑用少しだけ着手
……
のつもりだったが最後までやってしまった．
うう．
時刻は 2530．
明朝は 0900 から研究室セミナーなんだけどなぁ
……
- [今日の運動]
-
自宅発北大構内走 (1215-1320)．
ストレッチング．
- [今日の食卓]
- 朝 (0840):
米 0.8 合．
ゴーヤ・タマネギ・シイタケ・豆腐の炒めもの．
- 昼 (1340):
米 0.7 合．
朝の残りと卵で炒飯．
- 晩 (2240):
米 0.8 合．
コマツナ・シシトウ・タマネギ・油揚の炒めもの．
2002 年 06 月 24 日 (月)
- 0740 起床．
ねむい．
朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
0820 自宅発．
曇．
寒い．
ラジオの気象情報によると
現在の札幌市の今朝の最低気温は 9.7 ℃．
道内の標高高い峠では降雪があったそうな．
さすがですよ
……
0830 研究室着．
- 0900 より
研究室セミナー
．
今日は M1 森君．
シウリザクラがどれぐらい自殖 (自分の花粉でもって結実すること)
やってるかだとか，
種子をどれぐらい飛ばしているか，
というのを調べます
……
というモノ．
自殖するかしないか，
これは何で決まるか?
というようなことを考えると理論的にはいろいろあるんだよねえ，
などとコメント．
- 1000 終了．
このあと 10 時間ちかくかけて，
ひどく呪われきった，
人間の想像力の極限にいどむような方式で書かれた
HTML ファイルの修正．
もちろん形式だけを直せばよいのではなくて，
これまたねじくれきった
「説明のやりかた」まで改変しなくては
……
意味が通じないしろものだ．
つまり昨晩の web page 雑用が
その規模を拡大して再襲来してきたよーなもんで．
- テキスト変換は得意ワザなんだけど
……
今回はその自動化処理がほとんど通用しない．
匍匐前進しつつ地雷をひとつひとつさぐりながら進む．
- このような災いをもたらした甲山さんは
風邪ひき状態のまま出張にでかけ金曜日まで音信不通になる．
あとは私が何もかもやらんといかんようで．
- D3 ユニさんの誕生日ということで，
利他的な下野さん・浦口さんがチーズケイキを買ってこられたので，
皆で祝福したのちにお相伴にあずかる．
- 残念ながら売り物ソフトウェアを使わざるを得ない局面，
というのはまだ存在する
……
研究室の計算機で
Adobe Illustrator
を久しぶりに使ってみる．
やはり便利なモノですなぁ．
これ．
- Free 版 Illustrator というのは，
まだない．
たぶん作るのが難しいからだろう．
疑似 Photoshop というべき freeware
Gimp
はすでにひろく普及してるんだが
……
とはいえ，
ラスター画像操作といっても
一部の切り貼りとかガンマ値変えるだけとか
他のフォーマットに変える，
といったごく簡単なコトしかやらない私のようなヒトには
コマンドラインベイスの
ImageMagick
がおススめ．
- 2000 すぎ全作業終了．
関係者 40 数名に通知をおくる．
ばてた．
- ばててるのにヒトの神経を逆なでするのがたいへんお上手な
(おそらくそれが生きがいなのだろう)
某せんせーがやはりそういうメイルなんぞ送りつけてくる
……
てきとーに対応．
- 撤退．
2110 研究室発．
北 12 生協で買い物．
疲れてると決断力がにぶるのか買い物も進捗しない．
2140 帰宅．
血糖値低下．
北大構内走にでかける気力なし．
- まぁ，
この雑用も短期勝負で片づいたからいーや．
今日はどうせ寝不足でヨワってたわけだし．
- [今日の運動]
- [今日の食卓]
- 朝 (0800):
米 0.7 合．
コマツナ・シシトウ・タマネギ・油揚の炒めもの．
- 昼 (1310):
弁当．
研究室お茶部屋．
米 0.7 合．
朝と同じ．
- 晩 (2210):
米 0.7 合．
朝と同じ．
2002 年 06 月 25 日 (火)
- 0720 起床．
朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
0820 自宅発．
晴．
0830 研究室着．
- 北海道新聞 (どーしん) の第一面は道内 6 月の雪景色と
AIRDO 破綻
(「民事再生法の適用」とかいうよくわからぬもの)
に関する実にろーかるな話題が
実に巨大なる写真と見出しに飾られて麗々しく報じられている．
- 昨日の雑用に関して Simon 御大
「ハマチが楽しみだ」
なるナゾの二行メイル．
なんなんだ．
- うう．
にせアカマツどらふとに復帰できん．
- 0950 かとー先生登校．
ヨワっておられる．
「朝からふちょーですか」
「甲山さんのせいです」
「これはまた，何があったんでしょう」
「風邪．ほら，しきりにここの部屋に来ては
感染してまわってたじゃないですか」
……
そういう生物兵器テロにもさらされていたとは気づかなかった．
- 仕事はかどらないので，
日曜日に終わらせた計算の手順を
LaTeX で清書した統計学メモを両面コピーして何ヵ所かに配付してみたり．
- 仕事はかどらないので，
北大構内現実逃避の旅に出かけてみたり．
北大書籍部で
OpenGL 本
など買ってみたり．
- かとーオフィスにもどると
Michael Crawley
が
S-Plus 本
などが届いている．
厚さ 5cm ちかい．
重い．
- 昼飯．
ユニさんにインドネシアカレーもらう．
うまい．
- 午後になってようやくドラフトをぢりぢりと直しはじめる．
香川の小林さんとメイルやりとりしつつ．
- にせアカマツどらふとはモデルの表現方法にも
いろいろと工夫を重ねてるつもりなんだけど
……
そのなかで
stem と
tree
の中間をなす構造に関して
cohort[a]
とゆーのを使っている．
齢 a の軸コホート．
しかしこの演算子
[.]
ってのがイヤなかんぢでしかも面白くない副作用がある．
- このあたりどうにかならんかしらん，
と全体をみまわしていてると，
cohort[a]
は
cohort[a + 1]
または
cohort[a - 1]
としか相互作用しないことに気づいた．
ならば，
cohort_daughter = {stem ∈ ALL | stem.age = a},
cohort_mother = {stem ∈ ALL | stem.age = a + 1},
として，
このふたつの間の関係だけを定義していけばいいな
(daughters と mothers と
したほうが簡潔か)．
計算やらせてる Perl モジュールの中でも
(読みやすくなるように)
そういう方式で叙述してるんだし．
- 夕方，
前の木曜日から日曜日にかけて計算していた統計学問題に関して，
PD 石井さんと 90 分間ほどあれこれと議論．
自分ではメモにしてきちんと整理してたつもりだった
……
指摘されて気づいたのは，
これは私に渡された観測データだけしか存在しない，
という状況のもとで問題を完結させていたんだよね．
- 一方で，
石井さんは他の観測データについてよく記憶していて
そちらとの連係がとれるのでは，
というご指摘．
私も多少は気になってたんだけど，
そのへんの影響を遮断できると考えていたので
(とはいえいいかげんにしか覚えてなかった)，
問題全体を分断して自分の手法が適用できる範囲を限定して
defense につとめる．
- 補足説明すべき点をいろいろと教えていただいて，
ひととーり決着がついたところで，
最後に検定論 vs モデル選択というツメに踏みこんだところで
……
「あ，いま何時だろう」
と石井さん．
「18:30 です」
「じつは今日は妻を待たせておりますんで」
「それはたいへんに申しわけないことです」
- 当方も撤退するかと
1910 研究室発．
1920 帰宅．
2000 自宅発北大構内走．
2040 帰宅．
体重 71.6kg．
ま，
増えてないとゆーことで．
晩飯．
- 夕方の議論の最後に問題になってた，
統計学的検定と統計学的モデル選択の違い，
というのをわかりやすく説明するリクツをあれこれ考えて
夜をすごしてしまう．
かとーオフィスと違ってここには統計学本もなければネットもない．
自分のアイデアに集中してみる
……
気づくとすでに 2400 すぎ．
- [今日の運動]
-
自宅発北大構内走 (2000-2040)．
ストレッチング．
- [今日の食卓]
- 朝 (0750):
米 0.7 合．
ゴーヤ・シシトウ・コマツナ・シイタケの炒めもの．
- 昼 (1250):
弁当．
研究室お茶部屋．
米 0.7 合．
朝と同じ
……
にするつもりだったんだけど，
ユニさんのインドネシアカレーもらう．
- 晩 (2100):
米 0.8 合．
朝と同じ．
2002 年 06 月 26 日 (水)
- 0850 起床．
いやぱや．
朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
晴．
0940 研究室着．
- 午前中は統計学本読んで終る．
昨日の「検定論 vs モデル選択」統計学問答に関して
……
「帰無仮説が棄却されなかったときに『帰無仮説が正しい』
と言えない理由は何か?」
について．
私のまわりにある 10 冊以上の統計学本でこのあたりを
明確に述べているモノはどうも無さそうなんで
(むろん読みと考察が不充分ではあるんだけど)，
私自身によるとりあえずのとりまとめの試み．
-
統計学的検定は
「比較してる二群に違いがある
(一定の不確からしさを伴いつつ)」
と言明するために構成されている．
-
帰無仮説・対立仮説はともに命題である．
すなわち真または偽といえる．
しかし統計学的検定法では必ずしも
「帰無仮説が真→比較している二群は同等」
とはしない．
-
帰無仮説は対立仮説が統計学的に真である
と言明する統計学的な背理法のために
設定される．
-
いかなる検定法
(統計学的な背理法)
のもとでも
第一種過誤 (帰無仮説を間違えて偽とする) 確率α
と
第二種過誤 (帰無仮説を間違えて真とする) 確率β
の間に拮抗関係がある．
つまりαを減らせば必ずβが増える．
(この部分，
最初は第一種と第二種をとりちがえて書いていて，
竹中さんのご指摘をうけて修正)
- あるαの値のもとでβが最小化されるように設定されている検定は
最良検定
(あるいは最強力検定 most powerful test
…… こっちのほうがよく使われるか?)
と呼ばれる．
-
Neyman-Pearson の補題によって，
ふつーの検定
(単純仮説，
かつおそらく尤度比検定に変換しうるモノ)
で選ばれた任意のαは最良棄却域
になっている．
つまりβが最小化されている．
-
ふつーの検定においてはβは無視される．
ふつーにやれば最良検定なんだから
「βは最小化されている」というハナシだけを受け入れる．
-
対立確率の実現確率 p がαを下まわれば，
統計学的な背理法でもって
(αの危険を伴いつつ)
「帰無仮説の棄却→対立仮説の採択」
となる．
βはαと拮抗関係にあり，
かつ最良検定ではそのα値のもとでは
βをさらに小さくできないので
βの大きさは考えない．
最良検定でありさえすれば
第二種過誤の確率βの大きさは
どうでもよい，
ということになっている．
-
それが許されるのは，
検定の目的は対立仮説の採択にあり，
第一種過誤の確率αさえ小さければ
それでヨシとしているため．
-
いっぽうで
帰無仮説は統計学的な背理法の操作の過程で
でっちあげた仮説で，
そもそも真でありえるはずがない，
という位置づけだったから．
-
帰無仮説は棄却されたときにだけ役目を果たす，
つまり
「二群に違いアリ」
と言うためだけに構築される．
なお，
この「棄却→違いアリ」を導出する論理の妥当性は
統計学の世界では決めることができない．
それが応用される各分野で検討されるべき問題である．
-
逆に p がαより大きい場合は
帰無仮説を棄却できなかった，
と控えめに述べる
(「帰無仮説が真」という言い方はあまり聞かない)．
「帰無仮説が真→比較している二群は同等」
といった強い主張にできないのは
βを評価してないから
――
すなわち
「帰無仮説を間違えて真とする」
失敗の不確からしさの度合いがわからない．
-
それではαを大きくしてβを小さくしようとする
操作は許されるか?
これによって
第一種過誤
の確率が高くなる
(違いがあるとは言えないのに
「違いアリ」としてしまう)
ので本来の目的にそぐわない．
-
検定論には非対称性があり，
第二種過誤は許容できても
第一種過誤は許容できない，
としている．
-
同等性を一定の危険率βのもとで言明する
統計学的手法はない
(「同等性の検定」とやらにおいてもαだけが評価される)．
帰無仮説が棄却されなかったら，
「なんとなく同等，かも」
とかしてみたり
(誰かからケチをつけられないかぎりは)．
- ……
ちょっと強引かなあ．
- これとは別によく言われてる正当化としては，
「帰無仮説を棄却するにはサンプル数さえ増やせばよい」
とゆーもの．
たしかに，
サンプル数増やすにつれ帰無仮説が棄却できる確率は高くなる．
では，
逆に帰無仮説を棄却されないようにサンプル数減らすか?
そんなコトしないよね．
- モデル選択の世界はさらに魑魅魍魎．
しかしモデル選択しなければならぬ，
という局面は意外と多い．
帰無仮説 (みたいなヤツ) の採択もできるしね．
- 統計学はやはり難しいと思いつつ昼飯．
- いかん，
アタマが統計学からにせアカマツに切り替わらない．
- 書くの忘れてたけど，
先週末またレイザープリンターが故障して
(コーティング紙を喰わせた強烈なるジャミング)
生協に修理に出していた．
修理見積りの電話．
6800 円．
しょうがないんで修理おねがいする．
いやはや．
- にせアカマツドラフトを直していく．
- 1630
Trendy セミナー
．
今日は
大原研
の PD 亀山さん．
広島大時代に調べておられた中国山地・鎌倉寺山の
ホンシャクナゲの遺伝学的構造に関するもの．
調査区内個体の遺伝子型は個別に同定
(6-12 個のマイクロサテライト配列に着目して)
できたんで，
さて何をやりましょうか，
というハナシ．
調査区の外から花粉・種子のカタチで遺伝子がけっこう流れ込んでいる．
さらに距離-近縁関係の相関，
と樹木密度の関係が把握できない
……
難しい．
- 1730 終了．
皆して亀山さんとりかこんでお茶部屋でたむろしてると，
日曜日までやってた計算に関して，
発注者・笠木さんから植物の種類ごとに
推定をやってほしいという要望．
うーむ，
そうきたか．
- そーいうこと言われそう，
と思ってたんで
……
計算プログラムの修正は一時間ちょいですんだ．
計算手順メモを直すのに意外と時間をくう．
2000 作業終了．
あれこれ一式をアップロード．
- 2040 研究室発．
北 12 生協で買い物して
2110 帰宅．
ハラへったので今日は北大構内走やめ．
いやはや．
- [今日の運動]
- [今日の食卓]
- 朝 (0910):
米 0.7 合．
ゴーヤ・シシトウ・コマツナ・シイタケ・卵の炒めもの．
- 昼 (1310):
弁当．
研究室お茶部屋．
米 0.7 合．
朝と同じ．
- 晩 (2200):
米 0.8 合．
コマツナ・マイタケ・豆腐の炒めもの．
2002 年 06 月 27 日 (木)
- 0800 起床．
シャワー．
朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
0840 自宅発．
晴．
0850 研究室着．
- にせアカマツどらふと直しのつづき．
- 竹中さんから「過誤の過誤?」なるご指摘メイルいただき，
昨日の検定論の説明で
第一種と第二種の過誤をとりちがえて書いてのを修正．
過誤．
- これ以外はにせアカマツで平和に午前中が終る．
昼飯．
-
OpenSSH
に
未公開バグ
(OpenSSH 作者だけが知ってるらしい)．
とりあえずの対策としては，
version 3.3 にして
(これはすでに VinePlus などで出回っている)
UsePrivilegeSeparation
を yes (default でこうなってる)，
にする
……
- はっかーたちのネットでのスサみきったやりとりを見てたら，
もう対策ヴァージョン出た．
人間離れして異常に素早い．
まぁ，
そのうち Vine 用にも出るだろう，
と当方はのんびりしてみたり．
|
|
[OpenSSH ますこっときゃら]
ちくちく
(と勝手に命名)
|
- 昼飯．
- 午後もにせアカマツ直し．
- 竹中さんが昨日の
「帰無仮説が棄却されなかったときに『帰無仮説が正しい』
と言えない理由は何か?」
に関してメイル問答しかけてこられたので，
それに返信しつつ．
PD 石井さんとの議論が「ぎょーむ日誌」を
つうじてネット上に飛び火していってるワケだな
……
- にせアカマツに関しては，
モデルそのもは良くはならないけど，
その表現は徐々にマシになりつつあるような気がする．
1850 研究室発．
1900 帰宅．
1920 自宅発北大構内走．
2010 帰宅．
体重 71.4kg．
順調順調．
- 自宅発北大構内走だとケガ予防方面も改善される．
走ったらまずヒザを水で冷やす．
いまのところヒザは全く問題ナシだけど，
まぁ酷使したら冷却とゆーことで．
- 冷却．
シャワー．
隣接する北 12 生協で買い物．
晩飯の準備．
晩飯．
- どーも晩飯後は仕事がはかどらん．
- [今日の素読]
2320 より．
-
Hector, Andy, Kim Dobson, Asher Minns, Ellen Bazeley-White
and John Hartley Lawton.
2001.
Community diversity and invasion resistence:
An experimental test in a grassland ecosystem
and a review of comparable studies.
Ecological Research 16: 819-831.
- [今日の運動]
-
自宅発北大構内走 (1920-2010)．
ストレッチング．
- [今日の食卓]
- 朝 (0820):
米 0.7 合．
コマツナ・マイタケ・豆腐の炒めもの．
- 昼 (1240):
弁当．
研究室お茶部屋．
米 0.7 合．
朝と同じ+卵．
- 晩 (2050):
米 0.7 合．
コマツナ・セロリ・マイタケの炒めもの．
2002 年 06 月 28 日 (金)
- 0800 起床．
朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
0840 自宅発．
曇．
0850 研究室着．
- openssh 一式を新しくしてみる．
- じつは暗中模索の続いていた電気盆栽で多少はマシな
計算結果
が出たので，
少し検討する．
実物と比較すると
数値上のつじつまはあっているように見える．
しかしながらそれでは不充分だ．
樹冠はすかすか
……
これではダメだ．
よくわからぬので，
天球光分布をかえて再計算させてみるか．
|
[にせ Abies 齢 40 ]
孤立して立ってる樹木の樹冠が
こうすかすかとしているのは，
いかにもウソくさい
……
ウソはよいのだが，
簡単にばれるウソは耐へがたい，
と職業的ウソつきなら誰しも
そう考えるものなのだ．
|
- 先日の web 雑用の修正作業．
- にせアカマツどらふと．
ぢりぢり．
- 1200 すぎ，
かと先生登校．
風邪はいよいよ悪化されてるとか．
なんか私もちとノドが痛いような気もしないでもない．
昼飯．
午後もどらふと．
- 先日，
ここ「ぎょーむ日誌」に書いた
「帰無仮説が棄却されなかったときに『帰無仮説が正しい』
と言えないのは何故か」
問題に関して，
今度は粕谷さんからそれ関連の情報を教えていただく．
統計学異端審問官の面目躍如というか，
面白い内容なので何点かを私が要約してみると
……
(いちおー本人の御承諾はいただいた)
-
帰無仮説が捨てられなかったときに
「それに何か意味付けをしたいなら
検出力を示さないとだめですよ」とする
学術雑誌がけっこう増えてる
-
ちょっと前までは
「帰無仮説を棄却されないようにサンプル数減らす」
というワザは使われていた
-
検定と「予測の最適化」 (モデル選択) は目的が違うので，
使う人本人が正直によく考えてみれば，
どっちを使うべきかわかるハズ
(どちらにすべきかは
何を言いたいかに依存しているので
使う人本人が多少は考えないと
……)
-
検定と「予測の最適化」の使い分けは、
前者がよく理解できないうちに
後者がわりと広く使われているのを知るという状態
……
結果として何もかも
よくわからなくなっている人が多い
- 最後の項に関しては，
「AICで検定」したり
「尤度だから検定ではない」と言ったり，
という実情らしい
……
私が御用聞きのため出入りしてる本邦植物生態学とゆー業界では，
そもそも尤度といった確率論にもとづく概念が普及してないので，
こういうのは目撃したことない．
- なんでも，
普及している統計学ソフトウェアの
ぢう回帰の計算には
予測の最適化に基づく分析が組み込まれていることが多いんで，
これまた検定と混同してるヒトが多いとか．
- 「予測の最適化」とは岸野洋久さんあたりが言ってるらしい．
岸野本をみると
……
最終予測誤差の最小化，
というような意味合いか?
- 1630 北大構内現実逃避の旅に出る
……
へー，
図書館がなんかあれこれと便利になってる．
1800 ごろかとーオフィスにもどる．
- 電気盆栽はうまくいってない．
天球光分布を少し変えたらいではダメだな．
「ある枝はどのように枯れるのか」
という難問に取り組まねばならない．
重要でありながらデータがちゃんと取られてないところだ．
まったくわからない．
今のところよいアイデアもないから投了するか?
- 1930 研究室発．
1940 帰宅．
帰宅するなり寝てしまった．
眼がさめると 2300 すぎ．
うう．
- [今日の素読]
2340 より．
-
Hector, Andy, Kim Dobson, Asher Minns, Ellen Bazeley-White
and John Hartley Lawton.
2001.
Community diversity and invasion resistence:
An experimental test in a grassland ecosystem
and a review of comparable studies.
Ecological Research 16: 819-831.
-
まぁ，
簡単に内容を述べると
……
「多様性の高い生態系は侵入者を受けつけない」
という Elton 仮説，
これが Silwood Park の某実験では肯定的な結果で，
他の多くの実験では否定的だったというもの．
- [今日の運動]
- [今日の食卓]
- 朝 (0815):
米 0.7 合．
コマツナ・セロリ・マイタケの炒めもの．
- 昼 (1240):
弁当．
研究室お茶部屋．
米 0.7 合．
朝と同じ．
- 晩 (2320):
うどん．
2002 年 06 月 29 日 (土)
- 0900 起床．
朝飯．
コーヒー．
- でれでれと本など読んでから
1100 自宅発北大構内走．
晴．
暑い．
1200 帰宅．
シャワー．
体重 71.8kg．
単調には落ちんねぇ
……
摂生しなくては．
昼飯．
- 1320 自宅発．
晴．
久しぶりに JR 函館本線こえて南進．
本屋とか Loft の文房具屋なぞうろうろ．
「カットのみ 1700 円 (15 分)」
という散髪屋を見つけたので入ってみる．
しかし客が少なくてヒマだったらしい担当の兄ちゃんが
丁寧なる仕事して髪切るだけで 35 分もかける．
やはり琴似のような蛮地でないと
神速羊毛刈取バリカン技は見られないのだろうか．
1530 研究室着．
- ネットワークがつながらん
……
土曜日は 1700 まで
(平日は 2200 まで)
開いてる北大図書館にいって調べてみると，
どうやら地環研だけがやられてしまってるようだ．
やれやれ．
- いまいち仕事をやる気になれないまま
図書館からかりだしてきた本など読んで時間浪費．
2000 研究室発．
北 12 生協で買い物してから
2020 帰宅．
- なんか仕事やらずに一日が終った．
いやはや．
- [今日の素読]
2320 より．
-
Deutschman, D.
2001.
Design and analysis of biodiversity field experiments.
Ecological Research 16: 833-843.
-
生物多様性が高まると生態系機能が向上する
とゆー実験結果が得られました
……
とゆー妖しげなハナシは
統計学モデリングに依存してるんだから，
もうちょっとそのへんちゃんとやりませう，
とゆー真っ当なハナシ．
- [今日の運動]
-
自宅発北大構内走 (1900-2000)．
ストレッチング．
- [今日の食卓]
- 朝 (0920):
シリアル．
牛乳．
- 昼 (1240):
うどん．
- 晩 (2110):
米 0.8 合．
ゴーヤ・タマネギ・ニラ・シイタケ・卵の炒めもの．
2002 年 06 月 30 日 (日)
- 0900 起床．
0930 自宅発北大構内走．
曇．
やはり起きてすぐ走るのはしんどい．
1020 帰宅．
脚冷却．
シャワー．
体重 72.2kg．
うーむ，
反跳効果というやつか?
朝飯．
コーヒー．
- どうも自宅ではどの時間帯でもでれでれしてしまうようで．
洗濯したり隣の北 12 生協に買い物にいったり．
- 1330 自宅発．
晴．
1340 研究室着．
おお，
かとー先生がなぜかまた日曜日に
……
それはともかく，
ネットは回復してるようで．
- Abies 電気盆栽，
なにをやってもダメというかんぢだな．
今回は「そう簡単には暗死にしない」
というパラメーター設定なんだが
……
太さ-高さ関係は観測値 (と称されてるモノ)
の内側にとどまる．
末端数もひどく多い．
しかし樹冠をとおして向うが見えてしまう．
(今回の計算)
|
(一昨日のもの)
|
- またのそのそと北大構内現実逃避の旅に出る．
アカエゾマツとかいうのがむやみに植えられている．
高さ 5-6m ばかりの孤立木を選んで，
根元方向から樹冠に頭を突っこんでみる
……
うーむ，
枯れ枝をすぐには落さないで数十年ぐらいはつけたままにする，
としてみるかい?
枯れ死に個体もそのまま放置，
とか．
- なにしろ野外調査やってる連中ときたら，
いったん失活したモノは観測データ上
もう「無いもの」として扱うからなぁ
……
壊死破片と放置死体無くして森林景観ナシ，
というようなスローガンはないのか?
スプラッター森林生態学とか．
- しかし死んだ枝をそのまま残すように改造するには，
ちょっと工夫が必要だな．
- 北大図書館，
感心すべきことに日曜日も 1700 まで平常どーり開館している
……
統計学本一冊と研究には関係のない本をまた三冊ばかり借りて帰る．
- 今日も仕事ははかどらぬままに
1940 研究室発．
1950 帰宅．
- 帰ってからも本を読む．
金土日で十数冊読んだ
……
といっても北大図書館本館が偏執狂のごとく全巻取り揃えに執着している，
岩波だの講談社だの中公だののお手軽新書のたぐいばかりではあるが．
およそ雑多なる知識がざらざらと脳内に流入．
たぶんそういう有象無象をかなり欲していたのであろう．
ただ勢いあまって脳内の
余りにも深いところに行きついてしまったがゆえに，
取りだすことすらままならなくなったのは
これ致しかたない仕儀と言わねばなるまい．
- [今日の素読]
2330 より．
-
Hubbell, S., J. Ahumada, R. Condit and R. Foster.
2001.
Local neighborhood effects on long-term surivival
of individual trees in a neotropical forest.
Ecological Research 16:859-875.
- [今日の運動]
-
自宅発北大構内走 (0930-1020)．
ストレッチング．
- [今日の食卓]
- 朝 (1050):
米 0.7 合．
ゴーヤ・タマネギ・ニラ・シイタケ・卵の炒めもの．
- 昼 (1310):
米 0.7 合．
朝と同じ．
- 晩 (2130):
米 0.7 合．
ダイコンナ・タマネギ・ピーマン・シイタケの炒めもの．