ぎょーむ日誌 2002-05-(21-31)

2002 年 05 月 21 日 (火)

• 0920 起床． うう， なんか不調だ． シャワー． 0940 自宅発． 曇． 今日も天気よくない． 0950 研究室着． 遅刻， というべきか． 朝飯．
• 今日はバグとりで終った． 重篤だったのをふたつほど潰したんで， 改良された新機構たちがこれで問題なく動くようになってくれたけど …… ばてた．
• 午前中は個体レヴェルで見られる挙動不審に関するもの． 原因がなかなか特定できなかったんだけど， 昨日の帰路途上で思いついた策を用いると 呪われポイントがわかった．
• ヘンだったのは PipeBunle (こーいうの) 親子間で「生き太り・死に太り」増減の整合性とれてない， というもの． この問題発生箇所を枝分かれ構造の中から見つけるのはたいへんなので …… だったらノックアウトマウスならぬ 「branching knock-out (枝分かれしない) 樹木」を作って， それを調べればいいぢゃん， というのが解決策． で， こういうの作った．

[branching knock-out 樹木] ええ， 枝分かれ遺伝子をつぶしてみました (うそです)．

• 間違いは後述する新機構を組み込むときに混入した単純バグだった．

	直径成長量推定再帰関数 { ... }
	直径成長再帰関数 { ... }

となってなければならなかったのに，

	直径成長再帰関数 {
		直径成長量推定再帰関数 { ... }
		...
	}

となってたとゆーモノで． いやはや．
• このバグは「死にパイプの部分的再利用」という せこい収支計算を組み込む過程で生じた． で， この新機構は「PipeTree を太らせずに枝数を増やす」 ために導入された．
• 宗教ぱいぷもでる原理主義的には茎の太さと「葉っぱの面積」 (針葉でどうやって葉面積を算出するのか， 私はいまだにまっとうな説明を聞いたことないけど) というのが緊密に対応してないといけないらしい． で， モデルにそれを組み込んだりすると， (葉の寿命などで) 針葉が死んだりすると， それにあわせて茎内部でも死ぬ部分がどんどん増えていく． ところが， 樹木個体の高さ-太さ関係というのは， いちおうそれらしい観測データあるんで (何歳の個体なら直径○cm というような)， それにあわせようとすると …… すかすかな樹冠になる． 枝数をむやみに増やすと枝だの幹だのが すさまじく「死に太り」してしまうからだ．
• すかすかでない樹冠を作りたければ枝数を増やしてやるのが 最もまっとうな解決となる． しかしそれをやると現実ばなれしたぶくぶく太り …… という矛盾を回避するのが「死にパイプつなぎかえ」 という原理主義からは逸脱した収支計算である (原案は 牧さん)．
• 生きている枝の内部では 資源を費してつねに新しいパイプが生成されている． 生きたパイプの増大が「生き太り」をもたらす． そのかたわらでは， (原理主義にしたがって) パイプがばたばた死んでいって「死に太り」が発生する …… ということで樹木の枝・幹はひたすら太るわけなんだけど， 死にたてのパイプを帳簿操作上 「生きてる部分につなぎかえて」 やると「死に太り」が減じる (場合によってはゼロになる)．
• この帳簿操作の効果は劇的で， 先週末に示した下図のような， うじゃうじゃと枝分かれしてるような個体を作っても 幹はむやみやたらと太ったりはしない …… つまりすかすかでない樹冠を作れるということだ．

• しかしこれではクスリが効きすぎという場合もあって， 枝数はものすごくたくさんあるのに 幹の直径はほとんど増大しなかったり …… ということで， 折衷案というか妥協案として 「死んだパイプのうち一部 (もしくは全部) を回収して再利用可能」 としてみた． どれぐらい使いまわしてよいかは連続値として指定する …… という機構を作っていて， 上のような呪われバグが混入してしまったんだよね． いやはや． まあ， いままでややこしかったパイプ増減計算がひどく単純化されたから， これでヨシとするか．
• 午後からは 「単木では問題なく動作するのに集団状態にすると挙動不審」 という， これまたわけのわからぬバグにとりくむ． 夕方になって原因が解明されたんだけど， こっちは先ほどよりさらに下らぬ阿呆な失敗で …… ひどく脱力した． たとえて言えば， サイフがみつからないので 「どのへんで落したんだろう」 と昨日今日歩いたところをトレイスして探しまわったあげくに， 自分のポケットに入っているのを発見した， というような．
• PipeTree では個体内部では， 上でうだうだ説明してるような収支計算のたぐいはやらずに， Adjuster 群という樹種特異的な計算機構に外注させている． 利点としては個体ごとにそういう複雑な計算機構を準備しなくてよい， ということ． 個体が複数いる場合は， 計算する前に「この個体について計算してね」というのを Adjuster 群に教えてやらねばならないんだけど， 改造どたばたの渦中にあってそれを指示するコードが消失していた， とゆーのが失敗だった． 嗚呼．
• 蛇足ながら現在の Adjuster 群は以下のようなコンポーネントで 構成されている． まぁ， こういうややこしいのは個体内部から取りだして， 独立した計算システムとしておいたほうが何かと便利なわけで．

• 夕方までにはバグとり終って， 夜はパラメーター調整．

[待望の「暗い森」] 樹冠が高密になったんで …… しかし計算時間もまた今までの数倍に増大．

• モデルが変わったんでパラメーター調整むずかしいな． 集団計算やらせておいて 2330 研究室発． 2340 帰宅． もうちょっと早く帰宅するような生活周期にしたい．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 (1900-1940)． ストレッチングとか．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 研究室お茶部屋． パン．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 体調不調の甲山さんが食べなかった弁当もらった． ごちそうさまでした．
  • 晩 (2030): 研究室お茶部屋． 米 1.0 合． タマネギ雑炊．

2002 年 05 月 22 日 (水)

• 0800 起床． ねむい． シャワー． 0820 自宅発． 晴． 0830 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 昨晩の集団計算結果は …… 死亡個体数は適正 (いんちきくさい陰葉・陽葉モデルのおかげか?)， ただし生き残った個体は巨大すぎる (高さ 13m 直径 30cm とか …… 高さ 10m で直径 16cm ぐらいにおさまってほしい)．
• 甲山さんがかとーオフィスに来たので， とりあえずそのあたり説明してみたり． 新しくしたサブモデルたちにとって 適切なパラメーター領域をさがす作業がしばらく続きそう． 「以前より計算に数倍の時間かかります」 と念押し．
• 断続平衡説 (おお Canna はこれ五文字熟語として変換した) の S.J. Gould の 訃報 ． 30 年前の彼の研究で確率過程で化石にみられる種多様性を説明しようとした， というのがなかなか面白かった．
• JAMSTEC の旧アドレスあてに間違いメイルがぽつぽつ届く． To: 指定を間違えていて， 女性どうしのメイルやりとりが誤配されてくる． 「私は結婚不信におちいりそう」 というのをいただいても …… とりあえず発信者に「まちがってますよ」連絡． その後， 返信ナシ．
• うーん， 午前中はなんだかそういうのでばたばたして終った．
• 本研究室恒例の自動車事故発生 (札幌市内)． 運転してた大学院生さんはまったく無事でした．
• Abies PipeTree は副業状態にして， さっさとアカマツとりまとめ作業に復帰したいと願いつつ …… 夜まで電気盆栽調整に終ってしまった． なんとも腹だたしいなぁ．
• なんか微妙なバグがあるし．

• そういえば計算機雑用とかもいろいろあるのに， そちらも停滞中だ．
• 2330 研究室発． 2340 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 (1750-1820)． ストレッチングとか．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 研究室お茶部屋． パンかじる．
  • 昼 (1320): 忘れ物回収するため帰宅したついでに昼飯． にせバゲットかじる．
  • 晩 (2030): 研究室お茶部屋で大学院生さんたちと． しかしその内容については「口外無用」令がなぜか達せられて， ですね……

2002 年 05 月 23 日 (木)

• 0830 起床． 生活周期ずれてる． シャワー． 0850 自宅発． 曇． 0900 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 今日も夕方までバグとりばかり． ともかく連日「なんか結果でた?」と甲山チェックが入る． バグとりばかりに時間とられて消耗するのはイヤなんだけど， 「まだバグがあって」というのはさらに腹がたつので， このように他の仕事をほうりだして呪われ言語 C++ に取り組んでいる． しかし後述するように太り計算つじつまあわせに関しては， もはやバグはない， と言ってよい状態になったと思う．
• で， (最後であってほしい) 間違いとゆーのは …… Abies 電気盆栽計算してると， ある時点から死んだ面積が指数関数的に増大して， というもの．
• 間違いさがし作業の手順は 言ってみれば単純なものだ．
  • くだんのノックアウト樹木を作る．
  • 生き太り・死に太りの増減の時間経過を PipeBundle ごと報告させてみる．
  • 液晶ディスプレイいっぱいに表示された数値を アタマの中でひたすら足し算・引き算して 問題が生じている箇所を特定する．
• おそらくこの Abies PipeTree の PipeBundle 直径成長つじつまあわせに関する最後のバグを発見． 修正には area_alive -= area_dead_cache; と追加するだけ． も一度試験運転． これでつじつまあった． あれこれ数値の書き換えタイミングも問題ナシ．
• 一週間前まではこのへんの計算は 「死に領域を再利用する場合はこーで， そうでない部分はあーで」 というかんぢのだらだらとした場合わけがあって (アイデアがよく整理されてなかった)， コードが非常にややこしかった． しかしここ数日の集中的な改良によって， 以前よりも汎用性高めつつ読みやすくなった． なにしろ， これにホントに関与してる部分はわずか 50 行未満 (関数みっつ) に要約できたんで …… ということで， PipeBundle 太さつじつまあわせに関しては 「おそらく最後のバグ」 と言っていいじゃないのかなぁ．
• なお， これらの関数を適切な順番で呼び出していって 個体内部で矛盾無く資源配分するのは CentralAdjuster の役割， となる． 樹木個体そのものにはそういう賢い機能は付与されてなくて Adjuster 群に計算を外注させているから．
• 既知のバグはとれたんで， また盆栽計算に復帰するわけだが …… 「こうなったらこのパラメーター調節」 というカンがしばらく戻らなくて (バグとりばかりやってるからだ)， 見当はずれな値を指定して計算させては へっぽこ針葉樹ばかりを生成してしまう．
• しばらくしてから， ようやく樹木らしきモノを発生させることができたんで， 育成してみる． 末端数が増えたんで「すかすか樹冠」ではなくなったんだけど， 計算に時間がかかる．
• 講座内 Abies 専門家の M2 森君から苫小牧トドマツデータについて いろいろと教えていただく． といっても今回は個体頂端の長さ成長・分裂本数に関するモノだけ， ということなんだが． 夏期の気温が高いせいか， 八ヶ岳 Abies より数倍ほど長さ成長がよいようだ．
• 北大構内走に出て， 晩飯食って， さーて， 小林さんからの REDPINE コメント検討したり， とどこおっているメイル返信を …… と取り掛かろうとしたら緊急召集令状．
• 新潟大演習林の本間さんが札幌に来てるんで一緒に食事しましょう， というもので私は晩飯食ったにもかかわらず出かけてしまった．
• 北 21 東 1 の名前失念アジア料理店 (後記 …… 店名「南国屋」2002 年 1 月開店，とわかった) に， 浦口さん・西村さん・松木さん・原さん (京大生態研センター)・私 で本間さんの佐渡島ハナシをいろいろとうかがう． 自慢とぼやきがよい加減で混じる本間 talk はあいかわらず楽しいものだ． テンとタヌキと老人が路上うろうろしてる日本海上孤島， 本間さんが「わんだーらんど」化 (というか秘密基地化というか) しつつある新潟大演習林に行ってみたくなった．
• 2510 帰宅． うーん， 生活周期が．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 (1750-1830)． ストレッチングとか．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 研究室お茶部屋． バゲットかじる．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米 0.6 合． ターツァイ・ピーマン・マイタケ・豆腐の …… カレー． なんかわけのわからんもの食ってます． はい．
  • 晩 (1950): 研究室お茶部屋． 米 0.6 合． 昼の残り．

2002 年 05 月 24 日 (金)

• 0850 起床． あらら． シャワー． 0910 自宅発． 曇いきなり雨． 0920 研究室着． うう， 自分的には遅刻． 朝飯．
• 今日こそは脱 Abies 電気盆栽 …… をめざしたにもかかわらず， おおむねこの針葉樹育成ゲイムで終ってしまった．
• 盆栽ゲイムといえば …… じつは私が作ってるのよりよほど見てくれよいものを 作ってるソフトウェア会社があるんだよね …… 「バーチャル盆栽」 ． かの 岩手大情報工学千葉研究室 と結託してるらしい． こういうソフトウェア商品， それなりに需要ありそうな気はする． じつはそちらの趣味の世界ではよく売れてるのかも．
• Abies 電気盆栽， 時間つぶしになるんだがなぁ …… いや， それこそが問題なんだけど．
• 雷雨． 1313 瞬断 …… つまり瞬間停電． 研究室内の計算機はほぼ無事だったけど， 最速の <Lex> はオチた． かとー先生によると Athron 1.1GHz が大電力くってるためらしい． うーん． これで電気盆栽やってたんですが． まあ， やりなおし．
• 計算結果をぼーっとながめてるだけ， ってのもナンなので雑用． 大計センターにここのネットが移管されるのにそなえて， ルーターと <hosho> と甲山 Mac9600 は 固定 IP アドレスを引きつづき使用すると申請する．
• A 棟 8F のマシンはほぼ闇ネット接続になっているので， 移管されても関係ない． 7F の露崎さんところは DHCP 化ずみ． ということで， 甲山・雪野部屋と客部屋だな．
• 甲山さんたちの Mac と客部屋英語版 Windows 機の ネットワークカード MAC アドレス調べる． Mac は system profile とやらを見ればよいとして， MSDOS は? …… どうやら winipcfg というコマンドを使えばいいようだ． こいつらは DHCP 申請． 移管後も自動的に引き継がれる．
• どうも Abies ぢゃんきーな日々を送っていると， 他の仕事をちょっとやるとばてる．

[現状はこんなかんぢ] 末端数ふえたのはいいんだが (え? まだ「すかすか」?) …… 計算に時間かかる． 待ってるあいだも気になるんだよねえ． 他の仕事がススまん．

• そんなこんなで一週間が終りつつある．
• [今日の運動]
  • 雨やまんので運動休養日になってしまった． カラダ動かさないと肩こりのせいで背中痛い．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 研究室お茶部屋． にせバゲットかじる． トマト．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． にせバゲットかじる． カレー残り．
  • 晩 (2000): 研究室お茶部屋． 米 0.6 合． カレー残り．

2002 年 05 月 25 日 (土)

• 0600 起床． なぜか早起きしてしまった． 眠い． 朝飯． シャワー． でれでれ …… してるヒマあったら少しは段ボール箱に囲まれた生活環境を なんとかすべきなんだが． 0810 自宅発． 晴． 0820 研究室着．
• 午前中は Abies 電気盆栽の試験運転． 昨晩から気になってる挙動不審 「ぱいぷ再利用してるのにみょーにすかすか樹冠」 というやつを調べてみる． 試行錯誤してたら， Assimilator が少しヘンだった． 割り算を憎むあまり割り算すべきところをカケ算にしてた …… という意味不明なバグをを修正すると だいたい意図したとーりの樹型が生成されるようになってきた．

[ま，このあたりで] モデルのヴァージョンアップ (とそれに付随するバグとり) 作業は一区切り， というところか． あとはパラメーター値調整がもっぱら …… であってほしい．

• 午後はこの電気盆栽育成の具合をときどき監視しつつ， ネット上のプログラミング言語宗教論争をトレイスしてみたり．
• 現在の Linux カーネル安定番 (2.4.x 系列) のメンテナーやってる Marcelo Tosatti (18 歳のブラジル人) との 一問一答 よむ …… なンかすごいヒトですよ． 日々変わっていくカーネルコードを知悉してるのはもちろん， 海千山千のはっかーたちをとりまとめて仕事をさせたり． 私は 18 歳のころに何ができたんだろうか?
• ところで， ここしばらく肩こりがひどいだけでなく腰痛ぎみ (む? このふたつはぢつは何か連関してるのか? …… 検索してみると 「肩こりと腰痛の話」 というペイジとか見つかった) …… 私はここの研究室の安物イスがよくないんではないか， と疑っている． 明日は自宅でばらばらになったままの (いうところの) オフィスチェアーを組み立てて研究室に持って来るか．
• ちなみに横浜独房群は生態学者の研究環境としてはおよそ劣悪であったけど， 什器というか備品にはえらくカネがかかった ばぶりーなモノが多かった． 椅子もそのひとつ． 自宅用のイスを買うときにヨドバシカメラの 陳列品十数脚に試し座りしてみたんだけど， 2 万円台以下の価格帯ではあれほどのすわりごごちのものはなかった．
• ともあれ腰痛のほうはここ数日で急速に悪化しつつあるようで， これ以上は進行せぬように留意しながら 何か対策とらねば …… と称して， 今日は仕事もせずにだらだらと．
• 土曜日なのに 甲山さんは放送大学教材の準備とやらでばたばたしておられる．
• 座ると腰痛いんでと称して早めに撤退． 帰宅して晩飯くってごろごろ転がって本など読む． 当家は電波式受像機のたぐいがないんで， サッカーの試合みたり， というようなことはできない．
• [今日の運動]
  • 今日もなんとなく北大構内走に出るタイミングを逸して …… しかし帰宅してから肩こりで背中痛いんで 腕立てふせやって直す．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0620): にせバゲット …… と言いつつこればかり食ってるな． トマト・チーズ． にせバゲット …… と言いつつこればかり食ってるな． トマト・チーズ． にせバゲット …… と言いつつこればかり食ってるな． トマト・チーズ．
  • 昼 (1310): 朝と同じ．
  • 晩 (2040): 朝と同じ．

2002 年 05 月 26 日 (日)

• 0830 起床． シャワー． 朝飯．
• 昨日決意したとーり， 以前に自分で購入したぎょーむ用椅子を組み立てて 北大に持って行くことにする． そのためには部屋を埋めつくす段ボール箱を整理して， 必要な部品と工具を「発掘」せねばならぬ …… 覚悟かためて作業に着手する．
• ぎょーむ椅子を組み立てたついでに， 小テイブル (70cm × 100cm ぐらいか) とそれ用の椅子 (一脚) も組み立てることに …… おお， ついに段ボール箱の室内占有率がついに過半数われ． テイブル・椅子なんかも設置されて脱・段ボール箱生活というような． 人類全体にとってはささやかなる一歩ではあるが， 私にとっては大きな一歩であるに違いない．
• しかしガスコンロ置くことはまだできない． でかすぎるんだよね． いや， ここの流しまわりが貧弱すぎるのか．
• もひとつの問題は洗濯した衣類を収納する方法なんだよな …… 段ボール箱につっこんどくと 「久保さん，たまには洗濯してください」 とか言われるし (ホテル久保宿泊客の反応より)． あれは洗濯したものを畳んでいなかったのが いけなかったのかしらん?
• 体重計とその電池もようやく「発掘」される． ひさしぶりに測定してみると …… 体重 73.4kg． あらら 3kg 太った． うーむ． 呪われ C++ コードだの 宗教的というかオカルト的な PipeTree で 夜遅くまで脳を痛めつける → アタマ壊れてるので帰宅しても眠れない → さっさと寝なくてはと思う → 酒は飲まないことにしてるんで牛乳をたくさんのむ → 満腹感と脂肪摂取 ( →セロトニン誘導 ) の効能で寝つける …… という近ごろの生活周期がよろしくなかったか? ぢつは毎日 1 リットル以上は飲んでたり …… 酒にせよ牛乳にせよ何にせよどうして， こう， すぐに何でも極端に走るのかねえ．
• ともあれ体重計も復旧したんで， また毎日測定を継続しつつぼちぼちと落していきますか． 体重． 70.4kg とかにもどすには 1-2ヵ月かかるんだろうなぁ． いやいや目標 70kg 未満だ．
• 床もかなり見えるようになったんで掃除機を運用する． おお， なんか人間らしい生活 …… というべきか．
• 1200 自宅発． 曇． さて， 腰に負担をかけずに重さ 13kg の椅子を 北大まで人力運搬するにはどうしたらよいか． 重量物運搬の原則 「重いものは上に」 「荷物重心を体の中心線にできるだけ近づける」 をかんがみるに …… 椅子を上下反転， それをアタマの上にのせた． おお， これはラクだ． ただし， 道いく人々がこちらを見て驚愕 もしくは見て見ぬふりをする， という社会的制裁に耐えねばならないが． 1215 研究室着．
• さっそく椅子をとりかえる …… こりゃあ， ぜんぜん違う． 今までのは座っただけで (すでに) 腰が痛くなるんだけど， この椅子だと問題ナシ …… やはり椅子選びは重要． 必要とあらばケチケチしてはいけない．

[久保いす] LOAS の RZC-301BR という椅子． とくに高級品とは呼べないけれど， まずまず快適な座りごこちです． 背面ささえがでかくてよい． アームレストは取り付けてない． つけたほうがいいか?

• 昼飯の準備してたら PD 石井さんが マルハナバチ女王たちの育児進行ぶりを 上機嫌で教えてくださる． M2 森君が 「ぜひその様子を見せてください」 とこの状況におけるひどく正しい申し出をしたので (とうぜん石井さん快諾して機嫌ますます良くなる)， 私も 7F 実験室に同行する．
• 実験室一画が仕切られており電気ストーヴと加湿器で 高温多湿が維持されている． そこに段ボール箱かぶせた飼育箱が並んでいる． おお， これがマルハナバチコロニー育成システム …… 女王の数はいま 13-14 ぐらいだとか． 彼女たちは個別に飼育箱に入れられて 産卵・育児に専念することが期待されている． 石井さんのここしばらくの努力と祈りが通じて， ひとつの飼育箱では 女王蜂がマタニティーブルーというか出産後情緒不安定を克服して ワーカー蛹まで育てつつあるところのようだ．

[マルハナバチ女王] ふだんは完全暗闇状態におかれている飼育箱内部を 覗き見しているところ． 銀色に見えてるのは断熱材． 木箱内部の褐色のものが (野外では地中に構築される) 巣で， その横の黒いのは女王．

• 彼女たちは (やはり，というべきか) たいへんに気難しい生き物で， むやみに覗いたりしてると， 「すぐにヘソまげて育児放棄」 (石井さん談) したりするらしい． ということは 「ぎょーむ日誌」とか読んで 自分が美人に撮影されてないのを発見したら， これまた「ヘソまげて」しまうに違いない．
• 計算終了まちつつだらだらと午後の時間を浪費．
• 1740 ごろ電気盆栽の集団育成試験おわった． いつもの計算結果 ひととーり． まだまだだめだめ．
• 「生きたパイプ」「死んだパイプ」 という呪術的な概念がこの Abies PipeTree には残存してるんだが (正確には PipeBunle ごとに 「生きてる断面積」「死んでる断面積」 といった数量だけが勘定されてるんだけど)， なんかこれって 「生きてるぱいぷ死んでるぱいぷ …… 実際の樹木の何になるんだろう?」 とか真面目に考えてはいけないモノなんだね．
• まあ， 現在のモデルでは pipe_recycle_rate を好きなように設定できるし． いっそのこと 1 で固定するか?
• 今回は 0.95 に設定して， その他のパラメーターも再調整して再び計算開始． とりあえず最大資源獲得速度は変えない． 樹木ばとるが始まったら， 敗北してる側方は放棄して頂部に資源が回すように 個体内資源配分パラメーターを動かす．
• 夜になったけど北大構内走にでかける． いつものコースを二周する． 研究室にもどって晩飯．
• 計算の途中経過みると， どうも生産力不足ぎみのようだ． しかしこれはうかつに増やせないんだよね． ごちゃごちゃと微調整をくりかえす．
• 計算ジョブ実行させておいて 2330 研究室発． 椅子のおかげで腰痛はだいぶ回復感あり． 2340 帰宅 …… おお， 室内が広く感じられる．
• うーん …… セロトニン欠乏症． やはり牛乳依存症だ．
• [今日の運動]
  • お茶部屋ソファで腹筋運動 50 回． 腰痛と腹筋は何か関連ありそうなんで．
  • 北大構内走 (2000-2055)． いつもよりゆっくり長く走る． ストレッチングとか．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): にせバゲット トマト・チーズ．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米 0.7 合． ホウレンソウ・アスパガラガス・シイタケ・油揚の炒めもの．
  • 晩 (2130): 研究室お茶部屋． 米 0.7 合． 昼の残り．

2002 年 05 月 27 日 (月)

• 0810 起床． シャワー． 体重 72.8kg． 昨日より 0.6kg 減ったけど， この観測値は測定時の体内水分状態 (カラダの乾きぐあい，か?) にかなり依存してるんだよね． 0830 自宅発． 曇． 0840 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 0910 かとー先生が登校． 「月曜日は早く家を出なければならないんです」 と眠そうに． 「そう強いられてるんです」． ひー
• Abies 電気盆栽はある時点で高さ生長への傾斜配分がきつくなりすぎ． またまたパラメーター調整 …… この試行錯誤の過程をできるだけ手際よくやって， 計算ぎょーむは「裏ジョブ」化しなくては．
• 針葉樹育成は <Lex> にまかせて， こちらはにせアカマツな仕事に着手 …… しかしなかなかアタマきりかわらない． 漢字 Talk 6.0.7 のころには System Switcher というのがあったな， などと関係ありそうで全くないことを思い出してみたり．
• 計算機の CPU に関しては， BookPC が X 端末ぎょーむだけでナマけており， そこにターミナルよびつけてる <Lex> ではぢりぢり育成計算， ThinkPad240Z もやはり ssh 経由の端末としてつながって 「ぎょーむ日誌」書きとかに使われてるわけだが， 本体いづこにありやと探せば 電源・LAN ケイブル装着されたまま 棚の中につっこまれている．
• と進捗はかばかしくないままに 午前中が終って昼飯．
• 1300 より 研究室セミナー ． 今日も前回と同じく「M2 もそろそろ研究の方向性を考えねば」 セミナー， 森君・奥田君．
• 森君は「シュート (枝先) の挙動は個々に独立してない (みたいだ)」 という研究論文をいくつか紹介． つまりいま Abies 電気盆栽でやってるみたいに， 暗いところ→明るいところへの資源転流 (というか傾斜配分) あるんじゃないの， という実験・観測事例をいくつか (ほらね， あの針葉樹育成ゲイムはでたらめのみによって 構成されてるわけでもないんですよ)． さて， 今からそういう実験やって あと半年で苫小牧トドマツでそういうパターンを 見いだすことができるんだろうか， というあたりが問題かなぁ． うん， これは深刻だ．
• 奥田君はカムチャツカ調査地の林床でのそのそはいまわる ハイマツの研究紹介． 高木・矮性低木との共存， ハイハツ実生更新 v.s. 伏状更新， といったあたりの話題なんだが …… まだまだ解明されてないんではないかね． おもしろそうな研究対象ではあるけれど．
• どうもこの二人に関しては研究とりまとめ段階で 私の計算プログラム使うことになりそうな …… まぁ， 今よりはマシなものを準備しておこう． 1500 セミナー終了．
• なんとなく Abies 電気盆栽に没頭してしまう． うう． 末端数増えて計算時間もますます増大．
• お茶部屋で腰痛話してたら， 下野さん・浦口さんに 「姿勢悪い，腰痛になってあたりまえ」 との指導をうける． そうかなぁ． 独房区画内に押し込められてたときは， いまより身動きままならなかったんだけど．
• 秋田大から成田さんの学生さんが研究室見学にみえる． なぜか稲庭うどんいただいた． あとで 「久保さん，うどんもらったんですってね」 と質問のカタチをとった牽制かけられたので， ただちにお茶部屋 free food として提供することを確約する．
• 夕方もぢたばた． いやはや． どういうのがホンモノらしいか? という情報が足りん．
• 札幌市西部の回転寿司人気第一位「なごやか亭」にみんなで行こう， というハナシになって， 私も金魚のフンのごとくついて行こうとしたんだけど， 直前になって逃亡してしまった． なんとなく「いま寿司とか食べても楽しくなさそう」 という気分で ……
  • 仕事とどこおってる現状では 回転寿司みなさんと楽しめなかったり．
  • 「なごやか亭」はちょー人気店らしいんで 数十分におよぶという待ち時間の間に 計算経過が気になったりするんでは， とか．
  • そして現在は体重過剰， しかもこのままでは運動休養日になって ますます運動不足に．
  あまり説得的ではないなあ．
• 回転寿司の煩悩をたちきるために北大構内走にでる． いかな高緯度地方とはいえ 2000 ごろにはすっかり夜になってる． 時間かかる計算やらせているんで， 今日もゆっくり長く走る．
• もどってきて晩飯． 樹木偽造計算の結果は微妙にずれていて， それを修正する操作手順体系がアタマの中に構築できない …… いったい何やってんだろうね．
• 偽物といえば「神の手」によって発見された 重要な遺跡はことごとく ねつ造 ， と結着したようで． 贋作者の末路はああいうものか， と自分の商売をかえりみつつ．
• かとーさんが非常に早く登校してきたのに遅くまでおられる． なんでも今日は 2430 まで研究室にいるべし と指示されてるってハナシで …… うーむ． 晩飯として (ここしばらくひかえていたらしい) ハッカー的ぢゃんくフーヅを買ってきた．
  「それは …… 奥様に対する何か反抗の意思表示になってるんでしょうか?」
  「いえちがいます」 (即答)
• おっと， もう 2330 か． とっとと帰らなくては． 今日もあまりススまなかった． 計算むやみにやらせてるだけ， というわけでもないつもりではあるんだが ……

[このあたりうろうろ] 高さ成長にかたよりがちなんだよね． しかし末端間相互作用を弱めると， 集団計算したときに個体全体がへぼくなるし．

• [今日の運動]
  • 北大構内走 (1950-2040)． ストレッチングとか． やはり日のあるうちに走りにでるべきだな． 暗いと足もとあぶない．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 研究室お茶部屋． 米 0.6 合． 昨日の ホウレンソウ・アスパガラガス・シイタケ・油揚の炒めもの 残り． トマト．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (2110): 研究室お茶部屋． 米 0.7 合． ナス・コマツナ・ピーマン・シイタケ・豆腐の炒めもの．

2002 年 05 月 28 日 (火)

• 0755 起床． シャワー． 体重 72.6kg． まぁ， 増加は止まってるようで． 0810 自宅発． 曇． 0820 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 地環研ネットのヌシ・岡田さんから 地環研 DHCP 接続は移管後に北大 DHCP 接続には 自動的には切り替わりませんよ， とご教示いただく …… わー， 無駄な一手をさしてしまった．
• 単木計算は …… あいかわらず高さに資源まわしすぎだな． このまま集団計算させてみたらどうなるか? 少なくとも最初の 40 年ぐらいはホンモノらしく 見えるんではないだろうか …… というのを調べるため計算させてみる．
• 甲山計算ちぇっくがはいったので， 計算が遅々としてススまぬ現状を説明してみたり …… まぁ， 発注者に多少の安心感を与えるために， 「明るさ計算」高速化法の原案を説明する． これは昨年末に考えついた「明るさくりこみ法」 その細部は近ごろの北大構内走をやりつつ詰めていってるモノ． ただし， 実際に組み込むとなると二週間ぐらいかかるかもしれないので， まだ開発着手しない． もう少し大学内部をうろうろする必要がある．
• そのへんのロードマップをうだうだと議論して午前中終了． 昼飯． きたる World Cup の優勝候補諸国主力選手たちに関して 某女性大学院生がカッコよくないと断定したので， サッカー好きのかとーさん・石井さんが わがことのごとく憤然として 「どうしてこのカッコよさがわからないのか」 とあれこれ説得を試みていた．
• 午後から夜にかけて， 投げやり電気盆栽を (<Lex> で) 裏ぢょぶとして実行させつつ， にせアカマツ原稿のとりまとめ作業にかかる．
• なまけものの私としては英雄的な手作業の量は減らして， 自動処理でがさがさと片づけてしまいたいところなんだが …… 小林さんから送っていただいた原稿を これまで書いてきた LaTeX ファイルに統合する作業は かなり手動によるものとなった． いやはや， 変換用 Perl スクリプトもたくさん書きましたけどね (なにもかも手作業するほど根気がない)．
• 一番の問題は参考文献一覧を BiBTeX データファイルに変換するところだな． 下の BiBTeX アイテムは私の手もとにある文献の例なんだけど， こういう形式にする．

	@Article{
		Lignum1997,
		author	= {Siev\"{a}nen, R. and Nikinmaa, E. and Perttunen, J.},
		year		= "1995",
		title	 = "Evaluation of Importance of Sapwood Senescence
			on Tree Growth Using the Model {LIGNUM}",
		journal = "Silva Finica",
		volume	= "31",
		pages	 = "329-340"
	}

@Article だけじゃなくて， 本とか本の中の章とか博士論文とか， いろいろ格納フォーマットある． 出力フォーマットはもちろん雑誌にあわせて変えればいい．
• BiBTeX は LaTeX システムの一部なんで テキストでいろいろと文字修飾が指定できる． がこれが難しくて， かとー先生にいろいろ教えていただいた． たとえば， 上の例の Siev\"{a}nen の \"{a} は ä なんだけど (HTML では ä)， そういうの指定したければ "..." でくくるのではなくて， { ... } としなければならないとか， 論文題名に植物の学名が含まれてるときは {\itshape {P}inus densiflora} ではダメで \textit{{P}inus densiflora} としないといけない， とか．
• このへん手動と Perl 正規表現置換ワザで切りぬける．
• とりあえず統合したファイルで文献部分もふくめてコンパイルはとおるようになった …… 気がつくとすでに日没後． 腹も減ったので短めの北大構内走に出る． 晩飯．
• 放置しておいた Abies 電気盆栽がみょーなコトになってるんで， パラメーター領域をちょっと右往左往する． 長時間計算始めさせてから帰宅準備． 2320 研究室発． 2330 帰宅． やはり夜型はいかん．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 (2030-2100)． ストレッチングとか．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 研究室お茶部屋． 米 0.6 合． ナス・コマツナ・ピーマン・シイタケ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (2120): 研究室お茶部屋． 米 0.7 合． 朝と同じ．

2002 年 05 月 29 日 (水)

• 0500 起床． まだ眠いけどここ高緯度地方ではすでに 窓から日光が直射しておりよく眠れない． 4 時間ぐらいしか寝てないんだが． とりあえず， ずいぶんと個数を減じた段ボール箱をひっくり返して， カーテンをみつけだし東側の窓に装着する． あまり遮光効果がない． シャワー． 体重 73.2kg． うーん， 減らない． 0640 自宅発． 晴． 0650 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 早く登校したからいってロクなことやるわけではない …… 数式パーザーなどうろうろ探してみる． いくつか試行してみて， 仏国オリヴァーさんなる人物の手になる Mathematical expression parser in C++ が使いやすいと思った． ソースコードはかなりヤバげな印象あるが． しかし遊んだだけで体力がつきた．
• これまたどうでもいいんだけど， ä という文字は HTML では ä とすれば表示されると気づく． ただし Netscape 4.7 とかテキストブラウザー w3m では ? とか a: となるのが不憫である．
• 枝の末端数がすごく増えてるのに， みかけがすかすかなままの Abies 呪われ電気盆栽の調整． 調整といっても， たんにパラメーター値を変えたり， サブモデルをちょっとだけ変更して部分的に再コンパイルするだけ なんだが …… この作業， なぜかひどく疲れる．
• 午後もばてたまま．
• 粕屋さんからなぜか発芽率の確率論的モデルに関する質問をいただいたので， そのスジの専門家・下野さんに教えを乞う． ふーむ …… ろぢすてぃっく回帰ですか (文献としては Schutz, W. and G. Rave. 1999. The effect of cold stratification and light on the seed germination of temperate sedges (Carex) from various habitats and implications for regenerative strateties. Plant Ecology 144: 215-230. とか)． 私はこれもあまり好きではないんだよねえ． log(p/(1-p)) = 線形モデル， って生物学的な正当化がかなり難しいと思うんで． とりあえず教わったことを返信．
• 枝末端数が多いために計算が遅々としてススまぬ電気盆栽は <Lex> におまかせしといて， にせアカマツドラフトぢりぢりと直す．
• 疲れてるときは単純作業でも …… と (10 日間ほど連続稼働はしてはいたんだけど) HDD に何か問題あるらしい Exceed に Vine2.5 のインストールを試みる …… だめだ， 再フォーマットしないことにはインストールもできないようだ．
• 夕方すぎに限界になったのでさっさと撤退． 1850 研究室発． 北 12 生協で買い物して 1920 帰宅． おお， 2 ヵ月ぶりに聞く NHK 19 時ニュースの担当は向坂さんだ．
• 今日はこれでおわり．
• [今日の運動]
  • 今日は運動休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 研究室お茶部屋． ぢゃんくパン． マヨネイズ・おたふくソース・青海苔． ああ， おわっている．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． スパゲッティー． ナス・ニンニクと缶詰トマトでソース作る．
  • 晩 (1930): 米 0.7 合． 北 12 生協で買った鶏レバ．

2002 年 05 月 30 日 (木)

• 0830 起床． よく寝た． 体調復調． シャワー． 体重 72.8kg． 朝飯． 0905 自宅発． 曇． 0915 研究室着．
• Abies 電気盆栽ススんでいない． これはデータ構造のせいでもある …… Voxel そのものの探索は hash でやってるんだけど， Voxel 内は線形探索になってるからなんだよね． ということで， 葉っぱ密度の高い Voxel で「足止め」をくらうわけだ． 先日に述べたようにこのあたりの高速化の腹案はあるんだけど …… まぁ， まだやらなくてもいいんでは， というような．
• 雑用で午前中おわる． なぜかスギ・ヒノキの寿命を調べないといけなかったり ―― 鈴木英治さんの 「植物はなぜ 5000 年も生きるのか」 (2002, 講談社ブルーバックス B1365) によると， スギよりヒノキのほうが長生きするらしいんだけど， それゆえに建材にむいてるということで大木は取り尽くされたため， 現存の個体に関していえばスギのほうが長寿なものが見つかる．
• あと Exceed に Vine Linux 再インストールしてみたり． これはえらく時間かかる． 一方で， Abies 電気盆栽は末端数が多いため， まるで計算がすすまない．
• 午後はにせアカマツ原稿の続きをやろうとしたんだけど， PipeTree その他あれこれで使われている 三次元「明るさ」計算ライブラリの手直しで終った．
• これは高速化のための改善ではない． 将来の高速化ニラんで 「現状ではどんな構造だったかな」 と確認してみたら …… 今年の 3 月ごろにやってた小川モデル寄りの改造のせいで， すっきりしない初期化手順が設定されてたんだよね． で， これを直していた．
• 明るさ計算とは言ってしまえば下の図のような世界にすぎない． で， PipeTree だの 小川毎木シミュレイションだのといった利用者側としては， こういう世界を「いっぱつ」で準備してしまいたいわけだ．

• ところが現状では利用者側で Sky を作ってやったり Voxels の大きさ決めてやったり， とうっとうしくなってる． これは何ともイヤだったので， ともかく直した． あのいやらしい小川毎木シミュレイションの場合， 計算プログラム起動後に Voxels の大きさ変えたりする面倒があるんだが， まぁそれも共通窓口 Fvision とおして 何とかするしかないな．
• 夕方ごろになんとか「明るさ」計算リストラがひとまず終了． 見通しがまたよくなった．
• ところで Exceed は Vine Linux いれても起動しない． かとー先生に診ていただいたところ …… /etc/lilo.conf に LBA32 というナゾの一行を追加しただけで 起動してしまった． 魔術だ …… 私はこの世ならざるモノを見てしまった．
• しかしこの機械， IDE ハードディスクの DMA を ON にできなくて ディスクアクセスが異常に遅い． ドライヴが壊れたのかマザーボードのチップがいかれているのか． ともあれ， 協議によって 「日▲※○機の仕掛けた最後のワナだ」 という結論に到達する． LCD と鍵盤は健在なんでもったいないんだけど， この Pentium 166MHz マシンにこれ以上の投資をする気にもなれないんで， 引出しの中で待機を命じる．
• あれやこれやでいつの間にか夜． また暗くなってから北大構内走にでかける．
• M2 井田君が関数からグラフ生成したい， というんで Mac 用 Gnuplot ススめてみる． 使い勝手は Unix 版と同じようなモノかな． なかなか悪くない． ようやく Mac でもまっとうなグラフ描き freeware が 入手可能になったというべきか．
• 電気盆栽計算はいつまでたっても終らない． しかし枝末端数が増えたからといって まっとうな形状の樹木集団になってるかというと全然そんなことはない． というか何が「まっとうな形状」なのかを判定する基準もほとんどない． 数値計算の遅さというより， 樹木生成という現象にたいする 生態学者の無知ゆえにこの計算はとうぶん終りそうにない．
• これとは別に改良した三次元「明るさ」ライブラリの動作試験もつづける． 今回は新しいコード追加はほぼゼロで， 初期化の手順を変えただけなんで簡単に終了する．
• 2400 研究室発． 2410 帰宅． また遅くなる方向にずれてるな．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 (2030-2100)． ストレッチングとか．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): シリアル． 牛乳．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米 0.7 合． 昨日のナス・トマトソース残り．
  • 晩 (2130): 研究室お茶部屋． 米 0.7 合． 昨日のナス・トマトソース残り． コマツナ・ナス・シイタケの炒めもの．

2002 年 05 月 31 日 (金)

• 1030 起床 …… なんとも壊れた生活だなぁ． 8 時間ほど寝たんだけどアタマすっきりしないし． やはり日が暮れた後になっても 呪われ属性のプログラミング言語 C++ コードを 脳内実行させつつ推敲したりするのはよくない． 眠れなくなるんだよね． シャワー． 体重 73.0kg． ということで牛乳 1 リットル飲みをやめないと体重も落ちないし． 1050 自宅発． 曇． 1100 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 毎日少なからぬ量のごみメイルを中継してくれていた 地環研ネット管理者メイリングリストにフィルターがつけられた． めでたいことです …… と思ったら， 某研究室のヒトが「いままで SPAM でこまってました」 とかいうメイルを全員に配信する． そーいうのも SPAM だってば．
• ちなみに， かとー先生などはすでにいんたーなしょなるハッカーとして著明なので， 大陸中国からぢゃんくメイルがどしどしと． それを Mozilla で簡易字体でエンコードして表示してやると， 計算機部品のダイレクトメイルとわかった． おお， 「奔騰」って Pentium のコトなのね．
• 昨晩は Mac 用 Gnuplot で遊んでしまったわけだが， 今日は Linux 用 Gnuplot 新ヴァージョンのベータ版でちょっと使ってみる． これがまた OpenGL を使ってるという， なんともはやなモノで (下のような三次元図が電気鼠オペレイションでぐりぐり回転する) …… いや， 何か使いみちあるかも．

• SlashDot で 「地球シミュレータの10倍速のスパコン網開発へ」 というコトでいま話題の「ぐりっど」の紹介．
• こういう分散コンピューティングと比べると． あの独房群横のちょー巨大計算機 (といいますか，独房群のほうがアレのおまけ施設だったわけだが) の「戦艦大和」性が際立っている …… 「お役人の考えるカンちがい国威発揚」 「莫大な建造費とランニングコスト」 「製造技術は高度でも運用とソフトウェアへぼい」 「技術動向が把握できてなくて時代遅れに」 「役立たず (といって悪ければ使い勝手がひどくて汎用性に欠けてて費用対効果低い)」 …… むかしの 大型計算機センター決戦主義からぬけてないというか． これは本邦数理科学者の責任もまぬがれないんだが．
• 遅起きのむくいとして午前中はあっというまに終る．
• ここ 2 日ほど計算させていた電気盆栽が 63 年目に達してたので， 計算中止を発令． 集団状態での結果の 数字 はそれほどマトはずれには見えないだよね． 単木状態では高くなりすぎ …… なんだろうか? しかし単木状態での観測データがよくわからぬものなので， 黒白つけがたい． いやはや．
• 呪われ言語 & よくわからぬ計算ばかりの数週間を費しているせいか …… 夕方ごろからみょーな頭痛にみまわれる．
• かとー先生はサッカー観戦のため素早く帰宅されたので， かとーオフィスのソファにひっくりかえって 甲山さんおススめ小説本などつらつらと読んでみる (わざわざ中公文庫を貸してくださった)． 池澤夏樹 「スティル・ライフ」 ． なんでも作中の佐々井氏なる達観した人物が 私に似てるとのことなんだけど， 読んでみるととうていこの境地にはほど遠いとわかった． 彼の独特なる「理科っぽい」センスはちょっと真似たいところだが． 池澤夏樹は初見なんだけど， 少なくとも頭痛のときに読むべき本ではないとも理解できた． 後日に気力あれば再読．
• だらだらとしていてもしょうがないので， 今日もさっさと切り上げて帰宅． 2100 研究室発 …… いや， ふだんからこれぐらいの時刻には大学から出るべきだな． 北 12 生協で買い物して 2130 帰宅．
• [今日の運動]
  • づつーのため運動休養日． 嗚呼．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1100): 研究室お茶部屋． 米 0.5 合． 小菅炊きこみ飯のおすそわけいただく．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米 0.6 合． 昨晩の炒めもの残り．
  • 晩 (1930): 研究室お茶部屋． 米 0.8 合． 昼と同じ