KuboLog 2002-06-21

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

2002 年 06 月 21 日 (金)

0800 起床．うーむ，眠りが浅い．セロトニン欠乏してるのか? シャワー．朝飯・弁当の準備．朝飯．コーヒー． 0845 自宅発．雨． 0855 研究室着．

つい数日前に話題になった Apache のセキュリティーホールをふさぐ Vine2.5 用 rpm package できたんで，さっそくインストール．

昨日の計算プログラム作製の続きになかなか着手できない．

Abies 電気盆栽の具合はよろしくない．

かとー先生が Analog-Digital 変換 PCI ボードであれこれと …… ご本人の研究やハッキングとは無関係な傭われ仕事，というところがお気の毒ではあるけれど．

[A-D 変換 PCI ボード]
1 枚 16 万円．なんでそんなに高いの? 甲山さん・小池さんといった金づかいのアラいおじさんたちが何か画策してるらしい …… いやはや．

私の偏愛する vi improved こと vim の小ワザひとつ (vim の :help 2html に書いてあったもの)．

vim -f +"syn on" +"run! syntax/2html.vim" +"wq" +"q" ファイル名

を実行するとシンタックス着色ファイルを生成してくれる (そして vim は勝手に終了する)．生成例としては (いつものごとし，なんだけど) こんなの．ただしこれは生成結果を Perl スクリプトにほうりこんで，色を変えている．

などと遊んでると，昨日は調査に出てて不在だった工藤さんがかとーオフィスに来て，くだんの計算法あれこれの確認．さーて，そろそろやりますか．

ぢりぢりと書き進めて昼飯．工藤組の野外調査・空沼岳 (M2 井田君の調査地) ちょー高速登山に同行した石井さんが筋肉痛をうったえておられる．あれ速いんだよね，ホントに．

MacPerl でも動くよーに，とよけいなことを考えているので，ファイルを分割できない．私はどの言語であれ 1 ファイルの中の行数が 200 を超えるとかなり不安になる．まぁ，世の中には数百行の長さの関数を書いてしまうような終ってるプログラマーもいたりするんだけど．

バグとり．

1630 バグとり終って，調査サイトごとのゆーどが計算される．

#=== GOS00text ================================================== #--- Model E -------------------------------------------------- transfer_AA: 338 transfer_AC: 53 transfer_CA: 56 transfer_CC: 1082 transfer_total: 1529 prob_AA: 0.221 prob_AC: 0.035 prob_CA: 0.037 prob_CC: 0.708 conditional_prob_A: 0.142 conditional_prob_C: 0.047 plot = E model = E log_likelihood = -2.2619e+02 #--- Model M -------------------------------------------------- ... #--- Model E+M -------------------------------------------------- transfer_AA: 826 transfer_AC: 97 transfer_CA: 103 transfer_CC: 2437 transfer_total: 3463 prob_AA: 0.239 prob_AC: 0.028 prob_CA: 0.030 prob_CC: 0.704 conditional_prob_A: 0.111 conditional_prob_C: 0.038 plot = E model = E+M log_likelihood = -2.2962e+02 plot = M model = E+M log_likelihood = -2.1058e+02 #--- Model M+L -------------------------------------------------- ... #--- Model E+M+L -------------------------------------------------- transfer_AA: 2688 transfer_AC: 123 transfer_CA: 129 transfer_CC: 2653 transfer_total: 5593 prob_AA: 0.481 prob_AC: 0.022 prob_CA: 0.023 prob_CC: 0.474 conditional_prob_A: 0.046 conditional_prob_C: 0.044 plot = E model = E+M+L log_likelihood = -2.5387e+02 plot = M model = E+M+L log_likelihood = -2.1931e+02 plot = L model = E+M+L log_likelihood = -1.2359e+02

こういうの 7 箇所の調査地について計算させるわけね．ま，データの組合せから考えられるいろいろなモデルに関して log_likelihood を計算してる，ということで．

次はこいつを読みこんで，尤度をさらに組み合わせて，またべつの組み合わせと比較する尤度比検定だとか AIC モデル選択だとかそういうことをやらせる Perl スクリプト書かねばならん．

こっちは比較的簡単にできた …… とおもったらイレギュラーな観測があるじゃないか．ある年のある調査地だけは三つではなく二つのプロットしか見てない．とすると，そこだけ組み合わせ変わるわけ? …… どうしたもんかな．

あまりよろしくない方法でそこを乗り切る．プロット数最大三個に固定されてしまった (三個からはどれでもいくつ欠けてもいいんだけど)．まぁ，現時点における多少の汎用性欠如にはがまんするか．

最終的な計算結果出て来てるんだが，莫大なる組み合わせ数の数値をながめているうちに，計算された尤度の順位関係が一部ヘンだ，と気づく．しかし腹が減っていらいらするので 2020 研究室発．雨．北 12 生協で買い物して 2040 帰宅．

晩飯の炊飯を待つあいだに最後の気合いでバグとりやる …… 尤度方程式の単純な書き写し間違いとわかった．これで順当な結果がでる．晩飯くってから上位一番・二番間の likelihood_ratio_test と AIC を計算させるようにようにする．これで一件落着か．今日はコードいじりやめ．

#=== GOS00text ================================================== # E,M,L v.s. E+M,L likelihood_ratio_test: df = 2 chi2 = 1.064e+01 prob = 0.0049 AIC model selection: E,M,L = 1.0520e+03 E+M,L = 1.0586e+03 model = E,M,L number_of_q[AC] = 6 log_likelihood = -5.1998e+02 model = E+M,L number_of_q[AC] = 4 log_likelihood = -5.2530e+02 model = M+L,E number_of_q[AC] = 4 log_likelihood = -5.6144e+02 model = L+E,M number_of_q[AC] = 4 log_likelihood = -5.8009e+02 model = E+M+L number_of_q[AC] = 2 log_likelihood = -5.9677e+02

さーて，明日はこの計算に関する LaTeX メモの残りを書いて，すでに構築しつつあるこれ関係の web page 群を書いてしまえば一件落着か? なんとか短期決戦として無事に終らせたい．

[今日の運動]

雨なので運動休養日．

[今日の食卓]

朝 (0830): 米 0.7 合．ナス・シシトウ・タマネギ・マイタケの炒めもの．
昼 (1300): 弁当．研究室お茶部屋．米 0.7 合．朝と同じ．
晩 (2120): 米 0.7 合．朝と同じ．トマト．

ぎょーむ日誌 2002-06-21

2002 年 06 月 21 日 (金)