ぎょーむ日誌 2015-06-(01-10)

2015 年 06 月 01 日 (月)

• また記録だつらく ……
  • よく眠れなくて、堆積してるあれこれ片づけようと4:30ごろ起床。しかし、とらも5:30におきてきたので…朝からぶんぶんふりまわされております…   05:57:35
  • RT @tarareba722 : 本日も素人さんの原稿をチェックしているのですが、先日少し書いたように「特にこだわりがなければ開いた（平仮名にする）ほうが読みやすくなる表現」の一覧をザッとまとめてみました。まったく意識していない人が少し気をつけると、かなり変わります。 pic.twitter.com/kP5gq2aFbR   11:48:51
  • RT @rxjun : オープンソース SSHクライアントPuTTYの派生版にトロイの木馬型マルウェアが仕込まれているとか。 htn.to/qLWjb4   11:49:13
  • 例外はいくらでもあるんだろうけど……「社会人」大学院生うけいれている現場からの悲鳴がこわい… "中高年男性だといかに自分がすごいか、隙あらば語り出すし、女性だと一々何もかも「よく分からない、歳だから」を免罪符に度々、授業中断"…… twitter.com/togetter_jp/st…   12:05:00
  • Tweet とかいくらやっても世の中に流れにおいつかないのだが，Tweet ですませることのできる用件は比較的きがるなので助かるかも…土日ばて（体力消耗+一種の時差ばて?) な状況で，先週返信できなかったメイルが堆積する inbox を見るのは精神的につらい…   12:24:31
  • あ，また @ 記号にやられた．失敗…   12:53:46
  • . @leeswijzer さんの最新著書「みなか先生といっしょに 統計学の王国を歩いてみよう〜情報の海と推論の山を越える翼をアナタに！」いただきました．ありがとうございます！親切な入門書ながら…Tukey&Fisher復興の烽火?! www.amazon.co.jp/dp/4758120587   12:56:03
  • データ解析なんかの場合，正誤というより「図はこう示したほうが良い」といった良し悪しを考えたり，他人に進めてみたりすることが多い…三中さんの本でよいのは，図示なんかでも Tukey とかいにしえの賢人がいいところで登場したりするので，読んでいて楽しい．「みどり本」はそういうの皆無．   13:00:28
  • みなかさん本 www.amazon.co.jp/dp/4758120587 最後の三章ぐらいは実験計画法…ふと「Fisher 『実験計画法』(1935) ，最後の末裔」というコトバが浮かんだ．実験計画法の本は誰かが今後も出すだろうけど…なんとなく… pic.twitter.com/QzILjc27tq   13:10:47
  • 
  • えー? しかも，黒海ではなく北極海?? twitter.com/xia_takamachi/…   13:18:39
  • RT @leeswijzer : @KuboBook 確かに，「統計モデリング」の本はワンサカあっても，「実験計画法」の新しい本っていまではぜんぜん出てないんですよねぇ．   13:26:43
  • . @leeswijzer そうですね…農学での事情はわからないのですが，生態学だと各小分野ごとに「査読者に文句いわれない『なんちゃって実験計画法』」みたいなのが変異・分化・局在・固定していて…カタチはあれどココロはない…というのが下うけ統計モデル業者の傍観です…   13:33:18
  • @TJO_datasci @leeswijzer びぢねすの現場はわかりませんが… 学術誌→査読者は企業→くらいあんと…ではないでしょうか（妄想）…「この図わからないなー，もっと『ふつう』のやつないの」とか言われないんでしょうか…?   13:42:33
  • 今日はいろいろ「あとしまつ」的な作業をすすめながら，二つの時系列を関連づけるような統計モデルあてはめをやってみたんだが…6 時間 40 分ほど費やして，とりあえずぜんぜんダメだった．簡単ではないな… pic.twitter.com/MPB2X5Pry6   17:10:34
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• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく

2015 年 06 月 02 日 (火)

• 今日も記録だつらくぎみ ……
  • boxplot に「のっち」(くびれ?) をいれるのは notch = TRUE 指定だけでいいのか…! twitter.com/datasci_blogs/…   08:53:55
  • RT @shima_usa96 : 「人生で最も大事な時は、誕生でもなく、結婚でもなく、死でもなく、原腸陥入である」by ルイス・ウォルパート（英国の発生生物学者）。   09:01:34
  • "俺のオワコンコマンド整理" - 続 カッコの付け方 iga-ninja.hatenablog.com/entry/2015/05/… 終→新 grep → ag telnet → nc netstat→ss ifconfig→ip a route → ip r cpan → cpanm screen → tmux   09:39:32
  • RT @hatebu : 医学は科学じゃないんだよ『医学と仮説』: わたしが知らないスゴ本は、きっとあなたが読んでいる (51 users) bit.ly/1FR4z4c 10件のコメント b.hatena.ne.jp/entry/dain.coc…   16:45:42
  • JAGS が WinBUGS よりも「収束が遅い」とか，あれこれねがちぶな tweet ばかりしていた私ですが…じつは library(runjags) の使いかた，すごくまちがってたかも?…という可能性に気づきました…「chain ごとに初期値は明示的に設定する必要あり?」…   20:45:31
  • じつに21時間もかけた JAGS のサンプリングが図のようになっていて…runjags でJAGS並列化する場合「全 chain で明示的に初期化が必要かも?」と気づいた次第…同じモデルでも計算時間にばらつきあり?という疑惑もあって… pic.twitter.com/fjJtjsX2IN   20:50:53
  • 
  • …ということで，並列化 JAGS の chain ごとに無難な範囲の乱数初期値を与えて再計算してみます．ひょっとしたら，「収束」が改善するだけでなく，サンプリングも速くなるかも…どうなることやら?   20:54:38
  • WinBUGS+R2WinBUGS，JAGS+rjags，Stan+rstan の場合，chain ごとの初期値を指定しなかった場合は，ひとつだけ与えた初期値セットを自動的に「使い回して」くれるんで…ぜんぜん非推奨な初期値設定なのですが，ついついさぼってうクセがついてしまって…   20:57:57
  • しつこいですが…とりあえず問題が生じているのは JAGS と library(runjags) のくみあわせで並列化したとき．私の憶測にすぎないのですが，この状況で明示的に初期値を指定しなかった場合，何かすごく変な初期値セットが与えられるのでは…疑惑を解明するべく実験してみます．   20:59:44
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく

2015 年 06 月 03 日 (水)

• 0540 起床． いまいち不調． ラジオ体操 3 回． 早おきとらにせかされつつ， 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0820 自宅発． 0840 保育所着． 0920 研究室着．
• 試行錯誤， つづく ……
  • 誰も使っていない(?)JAGS並列化 library(runjags) ねた：summarise=Fで生成されるrunjagsオブジェクト188MBを変換→bugs 559MB．ファイルに保存したら読みこみに37秒…この変換自体に70秒弱…bugs化すると便利だけど時間かかる…   10:02:30
  • RT @kazutan : @berobero11 ggmcmc( xavier-fim.net/packages/ggmcmc/ )パッケージを使うとtraceplotもggplot2の様に描けるので、あとはこのあたり docs.ggplot2.org/current/scale_… で応用できそうですが…   10:06:39
  • runjags オブジェクト rj のbugs変換やめて library(coda) な gelman.diag(rj$mcmc) してみたら…500秒ついやしても終了しない…summarise=Tで時間かかる原因はこれかな? 現時点では rj→ bugs 変換70秒が最適解?   10:29:13
  • まだきちんと確認してないけれど library(ggmcmc) xavier-fim.net/packages/ggmcmc/ に巨大な mcmc.list ほうりこむと…沈黙する．まあ ggs_Rhat() なので library(coda) の gelman.diag() が呼ばれてるのかも．   10:34:27
  • どうにもうまくいかない runjags 時系列モデルを試行錯誤しつつ，タナゴ(魚)の卵数モデル試行錯誤… library(VGAM) で vglm(y ~ x, family = zinegbinomial, …) ．卵あるなしはロジスティック回帰，卵数は負の二項分布，なモデル…   17:25:53
  • 負の二項分布，R 内で使うには便利だけど，ちょっとめんどくさい…タナゴデータ解析も JAGS とかでシンプルにやりたいところだが…R のお手軽さになれた皆さんは BUGS コードを避けたいきぶんのようで…   17:30:58
  • RT @tiseda : 有意性検定の手順についてひととおり講義したあとで、「実験結果が棄却域に入らなかったらどういう判断をしますか」と質問してみたのだが、「棄却域を広げる」「棄却域に入るまで実験を繰り返す」という答えばかり返ってきたのは何か根本的に教え方を誤っていたのか……   21:18:43
  • とらねかしつけ「おはなし」にまた一時間以上……この技術もなかなか上達しません…   21:23:45
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく

2015 年 06 月 04 日 (木)

• 0540 起床． ちょっとねぼう． 今朝も早おきとらにせかされながら， 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0805 自宅発． 0820 保育所着． 0850 研究室着．
  • RT @Scaled_Wurm : “「画像認識の現状認識：ディープラーニングの成功と限界？」岡谷 貴之 (東北大学)「日本人のための音声対話による英会話学習システム」伊藤 彰則 (東北大学) - Togetterまとめ” htn.to/Dgqhks   09:23:13
  • Rの library(rpud) で NVIDIA GPU (CUDA 互換) の速度試験．10倍ぐらい速い？rpud cran.r-project.org/web/packages/r… には SVM や階層GLMとかに使えるアルゴリズムが実装…とのこと twitter.com/revodavid/stat…   09:51:22
  • 終わり無き膠着戦 JAGS 時系列あてはめ物語 - くるしまぎれ憶測篇… 各年特徴[t] ~ dnorm(0, tau) …なる階層事前分布で，たとえば t = 1 のときだけ「推定困難」な場合…tauがめちゃくちゃになって，他もそれにふりまわされる?…という憶測を確認する実験中   15:42:39
  • JAGS と比較すると WinBUGS は「そうとうにいいかげんなモデル」でも，むりやり「それっぽい結果」を出力していた…という印象にかたむきつつある…1990年代のオーパーツだったのか，何か巧妙きわまりないごまかしサンプリングをやっていたのか…？歴史の闇の中に消えつつあるナゾ…   15:46:57
  • 80分の計算時間を費やしてわかったことは…幸か不幸か，こういうあほっぽい心配はしなくてよいかも，といったことで．むしろ，階層事前分布でしばられている局所パラメーターたちより，たちの悪そうな大域パラメーターを疑ったほうがよさそう．   17:00:29
  • 計算まち時間は放置されている相談その他あれこれを，少しでもかたづける努力．テングザルの時系列データとか?   17:01:46
• 1720 研究室発． 今日も雨． 1740 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 時系列統計モデリングの試行錯誤つづく …… ハイマツの成長量に関して， 「速度と加速度のとりちがえ」 みたいなまちがいをしていたことに気づいた …… おそるべきことに， WinBUGS はそのようなめちゃくちゃモデルをおしつけられても， 「正しい」結果 (「加速度」ゼロ) な結果を出力していたようだ ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁． ゴボウ・豚肉の炒めもの．
  • 昼 (1230): 研究室． シリアル． 豆腐．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． スープ． レタス・シマラッキョウ・卵の炒めもの．

2015 年 06 月 05 日 (金)

• 0500 起床． ラジオ体操 3 回． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0810 自宅発． 0820 保育所着． 0850 研究室着．
  • RT @biostatman : 極端な例だと、大気汚染データ解析で統計家が問題物質の分子的振る舞いをモデル化し「健康への影響は？」に「分子間相互作用がわかった。とても嬉しい。モデル化もっと頑張る」と答え満足するのに対し、時空間依存関係無視の回帰分析で、多分この物質怪しいと、とりあえず問いに応えるのが生物統計家だ   12:31:19
  • 午前は（めずらしく）医な方面のデータ解析のハナシを拝聴してきた…その分野では「割算値の直線回帰」が普及してるんだけど「それまずいですよ」とか言えなかった．何しろ各個体から45万種類もデータとれるので…割算値も測定機器が吐き出す不可避＆凶悪なやつで…やれることからやりましょう，と…   12:38:16
  • しかし数百名の各個体からたくさーんデータとると，そのまま図示しただけでも「個体差」明示…これを無理やり「正規分布」とみなすわけだが…まあ，当該分野の（まだ論文化もされてないような）最前線では，個体差その他をうまく組みこんだモデルが開発中なんでしょう…PC では動かせないかもね．   12:47:53
  • RT @simizu706 : stanでGLMMが簡単にできる代筆関数glmmstan()を作りました。lme4と同じ文法でstanコードを自動的に作ってMCMC推定ができます。この関数の詳細については６月１３日の #SappoRoR で発表します。 norimune.net/2438   15:17:45
  • library(runjags)にも template.jags() なる "lme4 style" GLMM あてはめのしくみある…うーん，みなさんに使ってもらうには，研究が必要そうだな cran.r-project.org/web/packages/r… pic.twitter.com/xwMmZbXiMs   15:27:06
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  • WinBUGS では推定できた時系列モデル，JAGS では推定できない騒ぎ続報…私の統計モデル不備が原因でした．比喩的表現ですが…WinBUGSにだめモデルわたすと，あやしいパラメーターを「ゼロ」にして，無理やり「収束」させた結果を出しているような…ある意味，妥当．   16:00:05
  • で，自分で作った不備な時系列モデルをなおしていくと，JAGS でもようやくまともっぽい推定結果が得られるようになってきた…計算時間，およそ9000秒．大域的パラメーター（北海道全域の「温暖化」の傾向，とか?）の推定，まだ不安定なかんじ pic.twitter.com/1BITSRozim   16:05:12
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  • とら寝かしつけの間に終了していた時系列な推定…計算時間90分．最新の計算結果．なんとなく妥当そうに見えるが…今日はもう眠いので，明日検討することに… pic.twitter.com/R0PkEDJmNg   22:02:47
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• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく

2015 年 06 月 06 日 (土)

• 0530 起床 ラジオ体操 3 回． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0840 自宅発． 0900 研究室着．
  • 研究ではあまり使わなくなったけど，ぎょーむ日誌生成とか「生活」まわりはかなり Perl に依存してるので，あと 50 年ぐらい更新＆存続してほしい…… twitter.com/hatebuit/statu…   11:59:58
  • RT @biostatman : 実験データの統計はノイズが大きく複雑な事象に多くのパラメータが必要になるが、公衆衛生の統計は頑健であるべきだと、最新技術と公衆衛生をつなぐ適度に情報を集約した統計を作ろうとし流行り廃りが激しく失敗したという、生物統計の大御所がかつていたという話を聞き強い感銘を受けた。   15:40:24
  • やるべきことも放り出してとりくんでいた並列化 JAGS 時系列データ解析膠着戦 [乱離篇]…ようやくにして出口が見えてきて，あと一個なにか詐術を考案すれば撤収可能かも…と焼け野原を呆然と見わたしつつたたずむのであった… pic.twitter.com/Em2bUadHmw   15:54:50
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  • 生物・気象データの時系列データモデリングで「ここが難所か」と思ったのは，「次の時刻」に「何が」伝達されるのか…というあたり．現時点での「無難な策」候補としては「原因不明の自己相関以外はほとんど何も伝達されない」…今回のデータだけかな？ pic.twitter.com/mcg49t417H   16:03:26
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  • 興味ぶかそうなアノマリーのたぐい，とりあえず位置・時刻に固有なノイズとみなし，次の時刻に影響なし…なる単純化．「長期トレンド」は面白くて北海道温暖化は「ナシ」なんだけど，植物成長は加速…院生が「長期生存した」個体だけ選抜したバイアス？ pic.twitter.com/mXaWCtzWiA   16:11:25
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  • （いつものごとく）根拠薄弱なおくそく： ・JAGS で得られた結果は WinBUGS でほぼ再現できる ・WinBUGS で得られた結果は必ずしも JAGS で再現されるわけではない（前者は何か黒魔術で「だめモデル」のだめな部分を無効化するが，後者はマジメにやって自滅するため）   16:21:00
  • 先ほどの根拠薄弱なおくそく…にもとづくと，ですね…だめモデルを一気呑みさせると吐いて卒倒する JAGS のほうが，研究の道具としてはすぐれいる，ということに．今まで WinBUGS の「むりやりぱわー」にたよって，ずいぶんとまちがった統計モデリングをやってきたような気がしてきた…   16:33:20
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく

2015 年 06 月 07 日 (日)

• 0530 起床 …… とら「おしっこ」で． とらは最近，ほんとに「おしっこ」 が上手にコントロールできるようになってきたんだけど， 「睡眠中も布パンツ」 はまだちょっと無理だったようだ．
• ラジオ体操 3 回． おきてきたとらにせかされつつ， 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 午前はとらと円山動物園．

• 帰宅して昼飯． とらねかしつけ．
• 午後も体力勝負． とらの相手をしつつ， 晩飯の準備．
• しょうもう ……
  • RT @berobero11 : 前にxiangzeさんが取り上げてましたが、emceeの特徴については以下のemcee・pymc2・pystanの比較記事とコメント欄がよいです。 jakevdp.github.io/blog/2014/06/1…   15:27:44
  • RT @berobero11 : emceeの 良い点：pure pythonでかける。高速。勾配使わない。分布不明とか変な尤度でもOK。迷ったらwalkerの数を増やすだけ。MPIでらくらく並列化。パラレルテンパリングが使える。 悪い点：分布も尤度もゼロから手書きしないといけない。開発がちょっと元気ないような。   15:28:42
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): フレンチトースト．
  • 昼 (1200): 米 0.7 合． ジンギスカン．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 山東菜スープ． スパニッシュオムレツ．

2015 年 06 月 08 日 (月)

• 0520 起床． ラジオ体操 3 回． 朝飯の準備． 最近「おにぎり」がまいぶーむとなっている とら坊先生がおきて目をこすりながら「てくてく」歩いてきたので， すでに準備ずみの「おにぎり」セットをだす． 朝飯． コーヒー．
• 0810 自宅発． 0830 保育所着． 0900 研究室着．
• 今日はいろいろとたまっていたメイル返信とか， 報告ぎょーむとか， そういった「そうじ」的な一日でした ……
  • 持橋さんの"生物に見られる時空間パターンと統計数理：同調・認知・行動"研究集会 招待講演, 統計数理研究所, 2015-1-6, 2015"，その「テープおこし」…みなさん，おつかれさまでした（私は参加してなかったけど） twitter.com/yamano357/stat…   09:45:40
  • 5分ほど前，最大震度4ぐらい（青森の下北半島)の地震…札幌だと震度1ぐらいの揺れかな…私がいる建物 (の 8F) はゆれやすくて震度2-3ぐらいの「ゆーらゆら」でした． www.tenki.jp/bousai/earthqu…   15:07:36
  • 「馬はいつから人間の家畜になったのか」論争（「興亡の世界史」２巻）- 見えない道場本舗 d.hatena.ne.jp/gryphon/201506… "羊、ヤギと牛の家畜化に関する問題はある程度明らかになってきたが、馬の家畜化に関しては、残念ながらまだ五里霧中と言わざるを得ない"   15:25:39
• 1720 研究室発． 買いもの． 1750 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． とらの野菜屋さんごっこの顧客役をつとめたり， ねかしつけの「おはなし」 とか ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 野菜スープ． ブロッコリー．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． レトルトカレー． ブロッコリー．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐の味噌汁． ホッケ． チンゲンサイ・ブナシメジ・卵の炒めもの．

2015 年 06 月 09 日 (火)

• 記録だつらく …… データ解析こんさるにやられていました．
  • "Rは「けったい」な言語なのになぜ普及したのか?" いろいろな点があげられるだろうけど，John Chambers blog.revolutionanalytics.com/2014/07/reflec… 指摘のように「自己充足的」ではなかった…拡張性がよかったから，とのこと twitter.com/revodavid/stat…   13:15:21
  • R の拡張性として Rcpp のような高速化の方向だけでなく， "R graphics" の Paul Murrell さんが base だけでなく（一見ややこしいだけの）grid graphics という基盤も整備しておいたので ggplot2 などが追加できた，というハナシも   13:31:34
• 夕方， 保育園で「ちかごろのとら」 について 1.5 時間ほどハナシをうかがう ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく

2015 年 06 月 10 日 (水)

• 0520 起床． ラジオ体操 3 回． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0820 自宅発． 0835 保育所着． 0910 研究室着．
  • RT @__fig__: このツイート、文系の俺には何が面白いか全く理解できないんだけど、理系の皆さんには伝わってるの？ pic.twitter.com/hszR2b3GWl posted at 09:11:55
  • Using system and web fonts in R plots www.magesblog.com/2015/06/using-… あれ，plot() の中で family=フォント名 を指定できるの? というのは軽いぼけで，par() に渡される "..." 引数（省略仮引数）か… posted at 09:18:28
  • 生態学会の興亡？…単調に会員数増加してるはず，と思ってたんだけど最新のニュースレターwww.esj.ne.jp/esj/newsletter… によればいきなりガタ落ち？院生さんたちが減ってるのは「まあ，そうかも」だけど，一般会員まで…団塊効果？ pic.twitter.com/Q6uex5VdxD posted at 09:36:15
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• 今日は原稿改訂さっさとおわらせるつもりだったんだけど …… いろいろなことにふりまわされてしまって， 作業がすすまなかった …… しんどい
• 1720 研究室発． 買いもの． 1750 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． とら風呂．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • うーむ