ぎょーむ日誌 2015-05-(21-31)

2015 年 05 月 21 日 (木)

• 0530 起床． ちょっと雨． ラジオ体操 3 回． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0805 自宅発． 0815 保育所着． 0840 研究室着．
  • RT @hiro_t : バクテリア社会の弱点を突く www.nikkei-science.com/201506_064.html @NikkeiScience 「「社会微生物学」という新分野の研究から，耐性の進化を回避する新しいアプローチの提案。細菌が集団全体で共用している物質を阻害し，細菌同士の協力やコミュニケーションを妨げる方法」   05:24:10
  • RT @t_kadoya : Wolfram（Mathematicaの開発元）が独自言語に実装した写真自動判別用の関数、ImageIdentify。下のサイトで試せるので、適当なシカの写真を投げ込んでみたらちゃんと"deer"って判別された。びっくり！ www.imageidentify.com   05:27:21
  • RT @datasci_blogs : 【データえっせい】 飯島ただやす君への手紙: 大学院生飯島ただやす君（ @t_d_yasu ）へ　はじめまして。舞田敏彦と申します。2015年5月19日の午前8時30分ころ，貴殿は，私の著作物に無断で赤を入れ，ツイッターにて... bit.ly/1SfcMpu   09:13:17
  • RT @Hal_Tasaki : 【相転移と臨界現象の数理／田崎晴明+原隆】 極めて一部の人を極めて長くお待たせした「イジング本」がついに予約可能になった。重厚な 424 ページの本が 4,104 円という驚きの価格設定です。時間をかけて愉しめる本のはずなので買って！ www.amazon.co.jp/%E7%9B%B8%E8%B…   09:14:44
  • "ホットライン" 電話といえば映画 Dr. Strange ja.wikipedia.org/wiki/%E5%8D%9A… … の米ソ首脳電話会談の場面．ホントにすばらしい．核戦争と「笑い」がこんなに近しいものであるとは…偉大な発見ですよ． www.youtube.com/watch?v=6T2uBe…   09:38:14
  • RT @isobehiroaki : 宇宙人類学の第一人者の研究室にて見つけたありがたいお言葉 pic.twitter.com/SLBdrOBfHP   10:24:27
  • RT @berobero11 : ブログ更新しました→[R, Stan] Stanでレプリカ交換法 heartruptcy.blog.fc2.com/blog-entry-176…   14:58:29
  • RT @Anthunter1212 : 犬やネコなど動物の多くは2色型色覚だが，キバハリアリは人やサルと同じく3色型のレセプターを持っていることを明らかにした論文．ただし，青緑赤の3色ではなく，1色覚は紫外線だとか．アリというと目が悪いイメージだが，実は，その多くは目が良い rspb.royalsocietypublishing.org/content/282/18…   15:15:27
• しんどい
• [今日の運動]
  • 早朝りはびりてけてけ走: 0 分
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく

2015 年 05 月 22 日 (金)

• 0530 起床． ラジオ体操 3 回． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0825 自宅発． 0840 保育所着． 0910 研究室着．
  • RT @figshare : P-Hacking: A Practical Guide: figshare.com/articles/P_Hac… #statistics #probability #academia pic.twitter.com/uhFQYVy3Gr   05:46:37
  • RT @Perfect_Insider : ネズミ：非常に高い学習能力と長期記憶能力を持っており、知能は三歳児並とも言われている gpcorp.jp/info/?p=60   05:47:31
  • 子どもの教育費ってこんなにかかるものなのか…予備校とか行ったことないんで，ちょっとびっくり．毎日の平均食費 2000 円で（果てしなく食べそうな）ぼーいず3人育てるやりくりもすごい…お金と時間の交換レートの最適化，なのかな… twitter.com/Pre_Online/sta…   06:37:00
  • library(plotrix) ……小笠原さんの RGM だとこうか? rgm.ogalab.net/RGM/R_image_li… twitter.com/datasci_blogs/…   10:14:41
  • R作図が苦手感ある大学院生たちが「難しい」ところ？ (久保の憶測) ・data.frame 操作 ・低レベル作図関数 (x, y指定すればよい points, lines 以外) ・色・透過指定 ・制御構文や論理選択 (y[x1==TRUE] など) ・help() 「暗号」解読   10:37:46
  • RT @berobero11 : ぎえー、rstanの関数、近いうち一新されるとのこと。stan_nutsとかstan_diagnoseとかできるみたい。某原稿のRから使う部分は削って移動しようかな…。 groups.google.com/forum/#!topic/…   11:13:29
  • library(plotrix) …使いやすいかどうかわからないけど demo(plotrix)はながめててけっこうおもしろかった．cran.r-project.org/web/packages/p… によると H. Wickham も author の一人 pic.twitter.com/WE1cKhKceQ   17:10:51
  • 
• 原稿改訂，なかなかすすまない ……
• ばてた
• 今晩もとらねかしつけに 1 時間ちかく費やしてしまった ……
• [今日の運動]
  • 早朝りはびりてけてけ走: 0 分
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁． カブ・ニンジン・鶏肉の煮物． キャベツ・タマネギ・シーチキンのサラダ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ミニトマト． キャベツ・タマネギ・シーチキンのサラダ．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐の味噌汁． カブ・ニンジン・鶏肉の煮物．

2015 年 05 月 23 日 (土)

• 0530 起床． 早朝りはびりてけてけ走． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0800 自宅発． 0820 研究室着．
  • RT @berobero11 : 豊田先生のStan本、来月に出るみたい。超楽しみ！ www.asakura.co.jp/books/isbn/978…   14:54:14
  • @berobero11 R ふう (?) に書くと， sapply(0:∞, function(a) dpois(x, a) * dbinom(x, a, p)) は dpois(x, a * p) に等しい，ということですかね…?   15:12:58
  • いろいろせとぎわなので土曜出勤．原稿かきなおし作業，なかなかしんどい (よわね) pic.twitter.com/IWT7GEs95j   16:37:50
  • うー
• [今日の運動]
  • 早朝りはびりてけてけ走: 30 分
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • しんどい

2015 年 05 月 24 日 (日)

• 0530 起床． とらが 0550 におきてきて， 「ごはんたべたーい」
• 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0810 自宅発． 0830 研究室着． 原稿改訂， なかなか進捗しない ……
  • RT @f_nisihara : GitHubコミットメッセージの英語の書き方の文例が検索できるサービス作った d.hatena.ne.jp/minamijoyo/201…   11:52:05
  • RT @berobero11 : . @KuboBook 久保さんのでバッチリOKでした。一応手計算しましたのでスクリーンショット貼っておきます。 pic.twitter.com/QAqtEBpNcE   13:12:03
  • @berobero11 ありがとうございます! ポアソン分布と二項分布の関係はおもしろいですね．   13:12:46
  • LaTeX のソースコード表示に使う \usepackage{listings}
    で行間スペースの大きさを指定するには
    \basicstyle=\linespread{0.9}\normalsize
    などと指定すればいいみたい…   17:08:12
  • 風呂などの進行を早めにして，とら早寝をめざしたのだが…半分ねているボーイの「おはなし，して〜」が今日も 30 分つづいて21時すぎ就寝となった…写真はとら寝床の愛読書の「日本の路面電車」，そして安眠のための「あんぜんぼう」… pic.twitter.com/jz6OxMxkaf   21:45:47
  • 
  明日から新潟出張．
• [今日の運動]
  • 早朝りはびりてけてけ走: 0 分
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 記憶だつらく

2015 年 05 月 25 日 (月)

• 0530 起床． ラジオ体操 3 回． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0750 自宅発． 0800 保育所着． 0830 研究室着． 今日から新潟出張なので， その準備あれこれを …… のはずが …… かなり横道にそれてしまった ……
  • RT @Perfect_Insider : 「ナッシュを過去の人（とっくの昔に亡くなった人）だと思ってた」tweetを見かけて、ナッシュ今年アーベル賞もらってたじゃん（当然存命の人しかもらえない）、と言いたくなった   08:35:37
  • RT @ibaibabaibai : 「データ数」ってのはちょっと変で（データは複数形だから）「サンプル数」ってのが正しいのかと思ってた．なんでいけないのかね．自分は「データの数がさあ」とか普通に怒鳴ってるけど．統計学者というのはよくわからないことにこだわる人たちではある．www.jil.go.jp/column/bn/colu…   08:47:31
  • RT @ibaibabaibai : 用語の相談とかにも応じたほうがそれは親切ではあると思うけど，基本的には「こういうデータを持ってるが，どういう情報を取り出せせるか」「この結果からこういう推論をしたのだが正しいか」みたいな話を優先するのが普通じゃないかと思う．   08:48:55
  • 生態学周辺のありがち誤用(?) 母数：サンプルサイズ（誤）パラメーター（正） 母集団：全データ (誤）真の確率分布（正） 予測：推定（誤） のんぱら：正規分布じゃないもの全て（誤）順位統計量使う or 多数のパラメーター使う（慣用?) en.wikipedia.org/wiki/Nonparame…   09:06:57
  • parameter を母数と訳すのは，ちょっとヒネっているけど，まあうまい意訳かも（母関数とかも）…しかし，自分では母数という訳語はこわくて使えない．同じ研究分野の人たちはのほとんどは「サンプルサイズ」だと誤解してるんで．強制布教するには，ちょっとヒネりすぎ感あるんだよね…母数…   09:14:47
  • RT @ibaibabaibai : 共同研究スタートアッププログラム　「統計的かもしれない」疑問にお答えする場を提供します　www.ism.ac.jp/shikoin/startu…   09:17:31
  • というかんじで parameter を「母数」とよばないので「パラメーター」と書いたり，たぶん英語の発音とはかなりかけはなれたコトバを発してみたり…明日から新潟大学集中講義．本日，ボンバルディアに乗って… www.jal.co.jp/aircraft/conf/… ターボプロップではない?   09:23:15
  • @ibaibabaibai サンプルサイズです． 蛇足ですが，「母数」誤用には微妙な多義性もあり， 1. 実際にサンプルしたデータのサイズ 2. もっと気合をいれて時間・金をかけて調査・観察すれば集められたであろうサンプルサイズ 人によっては 2. の意味で使っていたり…   10:28:08
  • @TJO_datasci @ibaibabaibai また蛇足なハナシですみませんが，「この研究の成功・不成功は，母数をどれだけとれるかが問題だね」といった使われかたを聞いたことがあります．これは，どれだけ時間・労力・お金をかけられるか，といったことを話しています．   10:32:39
  • RT @TJO_datasci : @KuboBook @ibaibabaibai 前の業界でも被験者リクルートの文脈でその言葉聞いたことが。。。   10:34:19
  • RT @shigepong : @ibaibabaibai 「二標本t検定」のような標本数と標本サイズを区別する用語法体系作っちゃったんだから仕方ない。伝統に従わないのか？と迫られてるんだと思いますが、僕は相手と場合に応じて自分の言葉で伝えるべき派に一票。複雑な階層モデルとか普通になってきてるし。   10:37:20
  • RT @ibaibabaibai : . @shigepong あーなるほど．サンプルってのは集合なわけか．   10:37:41
  • 「母数」（正しくはパラメーターの意）を「標本サイズ」その他に誤解する人たちは「分母の数」みたいなのが念頭にあるのかもしれない．私のいる分野とかでは (ある条件をみたす標本のサイズ)÷(全標本サイズ) という割算値が，あたかも「真の確率」みたいにあつかわれたり…わりざん，よくない…   10:42:14
  • RT @ibaibabaibai : 非可算は the number ofにはならない　 www.enago.jp/learn/this-dat… 　 @helmenov   10:43:37
  • シロサムでテキストを自動要約 shirosum.appspot.com #shirosum あとで利用するかもしれないのでメモ． まあ，なんというか「しんぷる」な要約アルゴリズム…   11:35:04
  • RT @ibaibabaibai : "Effective Sample Size"というのは，曖昧ではあるが，便利そうな表現．   11:35:37
  • RT @ibaibabaibai : data point = observation　とあるので， "the number of data points" 　ならありなのね．"The number of observations"のほうが統計の人が使いそうな正式な感じがするけど．   11:36:18
  • RT @kuzyo : 危うく、標本数（≒分母）のようなつもりで「母数」という言葉を使いそうになって、いや待て。母数ってこういう言い方したっけ？検索検索……として辿り着いたページ。そう、母数ってパラメータであって、… ： ああああ: 母数とはなにか 1topi.jp/curator/kuzyo/… #1tp   12:14:06
  • RT @shigepong : . @ibaibabaibai 学際的な場では「そこでいう一つの標本って何を指してるの？標本やサンプルという言葉を使わずに定義してもらえませんか？」と統計学者に問うべきですね。誤解・誤読の温床になりやすい点で「この標本」は「このデータ」とタメを張るNGワードに認定されるべき。   12:18:50
  • parameter も訳語がいろいろあって ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%91… イヤになる…媒介変数，母数，仮引数…媒介変数の項みると別訳で助変数，径数．近年すたれましたがパラメータが「説明変数」の意味でも使われてたな…「森林構造を決めるパラメータは気温…」うんぬんとか   12:29:22
  • parameter の訳語しんぎん…媒介変数・助変数という語は統計学では使われないだろうけど…○○変数みたいな表現は，へなへなたよりないかんじでベイズっぽくてよいかも．「母数」は動かしがたい気分がにじんでいて，なにか定数みたいな？非ベイズな頻度主義の世界観にはあっているのかも…   12:45:00
  • なんだか落ちつかなくなってきたので、ちょっと早めだけど新千歳空港に移動しよう… pic.twitter.com/y7h0RPfgDB   13:26:38
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  • generating function も現代なら生成関数とか訳されそうだけど、昔の学者は科挙の試験とかもあるので、おのが詩作の文才を示さんがために母関数という訳語を創作してしまった…としか思えない…   15:20:12
  • これが札幌→新潟 JAL 便ボンバルディア CRJ (50人乗り) か…秋田あたりで給油のため着陸するとか…？ pic.twitter.com/X5ANNAZIrx   15:25:01
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  • JR 新潟駅の万代改札口付近にあやしげな公衆無線LANあり…   17:56:39
  • 勝手に新潟大学への道案内 新潟空港から新潟駅までバスで30分ぐらい。運行は一時間に2本ぐらい？ pic.twitter.com/UxFHWAK9WG   19:06:35
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  • 勝手に新潟大学への道案内2 JR 新潟駅から越後線下り内野あるいは吉田いき普通電車(単線)に乗って30分ほどで新潟大学駅着。さらに10分以上歩いて大学着。新潟市は広大で移動に時間かかる… pic.twitter.com/gLHQGA3Y4Q   19:13:05
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  • 勝手に新潟大学の宿泊施設案内 有朋館という宿泊施設が正門近くにあり、事前に手続きしてもらったので、正門守衛さんから鍵受け取って入室。なかなかいい部屋。ネット接続の ethernet ケイブルあり、無線LANルータをつないでみた。 pic.twitter.com/s1DbWjaAZo   19:19:38
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  • 勝手に新潟大学の宿泊施設案内・追補 有朋館の宿泊料、二泊で3220円。 大浴場あるらしい…個室にも風呂・トイレあり。 シャンプー・石けんあるけど、ティッシュなし…ということでトイレットペーパーで鼻をかむ… pic.twitter.com/Fx6K5jASY6   19:30:27
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  • 新潟では蕎麦たべてみたかったんたけど…大学のまわり、ラーメン屋ばかりが高密度に分布…まあ、当地のそうるふーどなんだろうと憶測、県民に敬意を表して晩飯はこれに…ラーメンなんて食べるの数年ぶり…昭和29年創業とかで、ギョウザつけて637円 pic.twitter.com/dHHGl0IEwV   20:39:14
  • 
  • 勝手に新潟大学の宿泊施設案内・追補2 有朋館，たしかに大浴場（容量 300 リットルぐらい?) あった… しかし湯はなかった…どうも「自分でいれる」方式のようで． 個室まで撤退，個室風呂を利用することに．   21:27:38
• [今日の運動]
  • 早朝りはびりてけてけ走: 0 分
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁． もずく酢．
  • 昼 (1200): 研究室． ベイグル．
  • 晩 (1900): ラーメン． ギョウザ．

2015 年 05 月 26 日 (火)

• 新潟大学出張 2 日目． 0500 起床． ラジオ体操 3 回． 朝飯．
• 0830 から夕方まで情報基盤センター 2F で集中講義． 今回の集中講義は， 望月さんにあれこれ準備していただきました．
• 夜は大学ちかくの よし半 の懇親会によんでいただきました． ありがとうございます．
• 途中から紙谷さんも来てくださって， たいへんひさしぶりにいろいろとお話できました …… そうでした， 以前にうかがったハナシは， 新潟の海岸林のヤマウルシの分布拡大 (ジャンプするタイプ) でした ……
• なぜか計算機むかしばなし …… 新潟大の「大型計算機」は日立． 紙谷さんは FORTRAN で Iwao の指数とか計算していただけでなく， 佐賀で林業ぎょーむやってたときは COBOL もつかっていた …… といったハナシ ……
• 森林生態学の将来， RIDAR とロボット (drone) がますます重要になりそう …… といったハナシなんかも．
• [今日の運動]
  • 早朝りはびりてけてけ走: 0 分
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): シリアル．
  • 昼 (1200): 昼飯は大学近くの定食屋 「かねこ」 で名物カツ丼． 意外と (?) 上品なヒレカツ．
    
  • 晩 (1900): よし半 でこんしんかい …… ノドグロ塩焼き・佐渡タコ刺し身など， おいしいものをいろいろといただきました． ごちそうさまでした．

2015 年 05 月 27 日 (水)

• 新潟出張 3 日目．
• 午前は講義のつづき．
• 午後は 15 時ごろまでデータ解析こんさる．
• 親切な院生さんに車で送ってもらった． JR 普通電車にのって， 1515 新潟大学前発． 空港バスにのりかえて， 1550 新潟駅発． 1615 新潟空港発． 1725 新千歳空港着． 1920 ごろ帰宅．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): シリアル．
  • 昼 (1200): 手打ちそば　野のや で田舎蕎麦．
  • 晩 (1950): 帰宅してカレー． じつは新潟空港の 蕎麦屋 でもざる蕎麦を食べた …… 「へぎ蕎麦」と同じ麺， ということだったので ……

2015 年 05 月 28 日 (木)

• あれこれ記録だつらく ……
  • RT @ibaibabaibai : 計算統計２のときは深夜まで岩波の地下にある謎の和室（押入れをあけると和人形が入ってる）で三校を見て，自費で山の上ホテルに泊まり，朝食のあと午前中に編集者に渡した記憶がある．さいご，直した文章に自信がなくて声に出して読んでたら，もういいことにしましょうよ，って．   10:15:57
  • RT @sinhrks : はてなブログに投稿しました #はてなブログ R で 状態空間モデル: 状態空間時系列分析入門を {rstan} で再現したい - StatsFragments sinhrks.hatenablog.com/entry/2015/05/… pic.twitter.com/ctg8CuBidE   11:19:39
  • RT @ibaibabaibai : オープンハウスのポスター　院生さんのと切り分けようと思ったが，結局は手法部分のダイジェスト版に pic.twitter.com/ozEeH1EgO5   11:22:41
  • RT @ibaibabaibai : さらに将来の話として，（１）某Ｂ氏と共著で久保本の続き的な本（時間空間バージョン，ツールはＳＴＡＮ）の可能性　（２）単著で新書の可能性　など． www.ism.ac.jp/~iba/a19.pdf このあたりをベースに書けないかと思うのだが，１万部以上刷る新書の厳しさに考えただけでどきどき   11:25:06
  • R Recipe: aligned-plot-naive sumo.ly/865O 上下の図の「はば」をそろえるわざの紹介． R 作図でありがちなめんどう，ggplot2 だとわりと簡単に何とかなるみたい… pic.twitter.com/3UeF6qZrFu   12:07:17
  • 
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • きろくだつらく

2015 年 05 月 29 日 (金)

• あれこれ記録だつらく ……
  • JAGS 並列化する library(runjags) ぢたばた… 出力である runjags オブジェクト，たとえば rj とすると rj$mcmc は mcmc.list オブジェクト．変換関数 hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/r/mcm… で bugsオブジェクトに変換可能   11:05:11
  • @berobero11 修正しました! どうもすみません． ご指摘ありがとうございます．   11:26:24
  • 並列化 JAGS で初の実データ解析．とりあえず，簡単に北海道内の気温データ．4-core みんな，がんばれー pic.twitter.com/O787LnwilZ   11:48:06
  • 
  • WinBUGS と比べて，JAGS は統計モデルによっては「ゆっくりさん」(保育所用語) なのかも…と言ってみるてすと… pic.twitter.com/jhgGIpOVIn   11:56:18
  • 
  • n.thin を 300 から 1000 に変えたら，「ゆっくりさん」JAGS も収束した．計算時間も 3 倍ほどとなり 900 秒弱． pic.twitter.com/LO7uHIqXmG   12:18:04
  • 
  • RT @datasci_blogs : 【朱鷺の杜(IBIS)ブログ】 カーネル多変量解析７刷お礼＆近況報告＆面白そうな本: ５月２５日付でカーネル多変量解析の７刷が発行されましたのでお礼方々ご報告申し上げます．気づいてみるとこのブログも前回更新してからほぼ１... bit.ly/1J8BYd2   12:39:47
  • RT @tadatsome3 : そうだよなあ、旅客機用のターボファンのバイパス比が最新のは9：1近い、なんて云っても普通はまず意味理解できないだろうし。RT 旅客機は「片肺」で飛行できるようにできている : アゴラ agora-web.jp/archives/16431…   12:51:41
  • Google Photos…新しい写真保存さーびすだけど，同じ機能もつ Google Plus に写真保存してるとそれらは Photos で見れる．さらにその前の Picasa web でも Plusの写真みれる…どうしたものやら… twitter.com/ka2i/status/60…   13:10:48
  • あとから見て「なにこの写真?」とわからなくなるのでキャプションつけてるんだけど…最初の Google Picasa webではキャプション重視．Plus だと読み書きはできるけれど表示はいまいち．最新の Photos だとキャプションなし??少なくとも今まで書いたやつは行方不明…   13:16:41
  • うわー，ヒト 1 個体あたり45万個のDNAメチル化箇所 (CpG サイト) のマイクロアレイデータ解析…って問い合わせ…こちとら全データ点数 1000 とかめったにこえない生態学ぎょーかいのモノなのですが…だれかやりたいヒトいますかね…巨大な対比行列あつかえるコトが求人要件?   14:04:20
  • だめだ…RGM で R の Bioconductor の図をながめてたら，アタマがくらくらして気分わるくなってきた…とりあえず，火急のぎょーむであるハイマツ成長モデル並列化 JAGS 解析にもどろう．測定回数 4630 回，生態学としては多めだけど，なんとも平和な世界だなー……   14:23:42
  • library(runjags)のおかげで JAGS 並列化されて良いのだが…意外なワナがあった．MCMC 終わったあとに summary statistics とやらの計算を始めるのだけど，これは並列化されず，時系列データのように多数のパラメーターある場合にはかなり待たされる…   16:19:02
  • この解決策…のひとつかもしれないもの…run.jags()で summarise = FALSE と指定するととりあえず統計量の計算はしない．summary()とかすると時間かかるのかも…mcmc.list2bugs.R hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/r/mcm… 使えば良い?   16:24:07
  • とにかく run.jags() の MCMC 後の summary statistics は何かしら異常．グラフサイズ 32493 のモデルの計算に20分以上を費やしていて，いつ止まるかわからない．事前に予測不可能なので summarize = FALSE 指定は必須かも．   16:28:10
  • この summary 統計量の計算を強制中断させると，一時間ほどかけて得られた MCMC サンプリングの結果も失われてしまうような気がする．「人質」をとられた状態…しかし，もう強制中断して，summarize = FALSE 指定してから再計算したほうが速いかも，という気分…   16:31:01
  • run.jags() で MCMC サンプリング終了後に「いつ終わるともわからぬ」summary 統計量の計算…イヤになって Ctrl+Cで止めてみたところ…やはり予想どーり JAGS が集めてくれたサンプリング結果も蒸発しちゃった… pic.twitter.com/nqSEBiknf8   16:44:30
  • 
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく

2015 年 05 月 30 日 (土)

• 記録だつらく， つづく ……
  • 昨日帰宅前に命じておいた計算は 1.3 時間で終了…と，先ほどようやく確認できた…朝からとら坊先生にふりまわされていまして．JAGS並列化のおかげで高速化されたが…サンプラーの差なのか，WinBUGS より時間をかける必要がありそう… pic.twitter.com/GygHmrXGLL   08:56:10
  • 
  • RT @biostatman : 情報量規準の論文や教科書、いろんな収束を条件を一切明示せず近似できるの一言で、定理も確率収束を平均収束と混同したり近似前についてだったり、どうしてバイアスを極限での期待値ではなくMLEでの期待値と比べるのかあまり説得的に書かれていないので、きちんと理解するのがかなり難しいと思う。   10:15:49
  • RT @yamano357 : #TokyoWebmining 本日の発表スライドです。 皆様の過大なご期待に沿えらず、申し訳ありません。 speakerdeck.com/yamano357/toky…   15:07:26
  • RT @biostatman : ビッグデータがここまで人口に膾炙したのは、既存の統計学が適用分野の専門知識なしに何もできないのに対し、データが大きいと勉強なしで綺麗なグラフ（再現性内容皆無）から何か発見できるという知的に怠惰な人の幻想とガチでは統計、機械学習で勝負できない研究者のパフォーマンスの共犯関係による。   15:09:40
  • 昼寝の寝かしつけに一時間を費やしてしまった…まあ，これで貴重な60-90分ぐらいをかせげたかも…と考えれば…などと書いてたら寝室で何か言ってるのが聞こえるので，のぞいてみたら…「ぱぱ，おはなし，して…」という寝言をくりかえしていた．背中のスイッチを何度かとんとんしてスヌーズ解除．   15:23:06
  • 料理とかやらないといけないんだけど，寝かしつけバテでふりーづ中．北大くらうど(以前にも書いたけど実体は Xeon E7 8870 の「れんたるさーば」) で並列化 JAGS で時系列問題の事後分布推定をやらせているのを，自宅から ssh 経由で進捗をモニターしてみてるんだけど…   15:50:33
  • 計算環境の違いを考慮しても，同じデータ・同じ時系列モデルBUGSコードを使った場合，WinBUGS のほうが「収束」が格段に速いような気がする．JAGS は時系列モデルみたいなのが苦手?あるいは WinBUGS がサンプリングの「てぬき」をやっている? なんとも意外な結果ですよ…   15:54:40
  • 300 分ついやして Xeon E7 4-core 並列化 JAGS でまっとうそうな結果えられた．Core-i7 PC 上の並列ナシ WinBUGS で 70分で同じ結果…これは苦い．しかし「脱」WinBUGS 方針は堅持しますよ… pic.twitter.com/ith0SzmEGI   16:14:07
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  • まあ，JAGS が WinBUGS より格段に『おそい』ソフトウェアであれば，とっくに問題になっていると思うので (Plummer さんは JAGS は遅くないよという結果を何かだしてた)，WinBUGS 用に書いた時系列モデルの BUGS コードに改善の余地とかあるのかも…?   16:19:08
  • いろいろと改定とか計算とかやりたいところだが…料理の時間だ。とら坊せんせいもおこさないといけないし… pic.twitter.com/tEkYhMC8FP   16:24:52
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  • @windowmoon ありがとうございます…じつは，どちらも「素」というか，WinBUGS は Win7上，JAGS は Linux上 (非仮想化…「北大くらうど」は「れんさば」つまりハードウェア貸し業にすぎないので) なので，ディスクアクセスに関しては，あまり違いがないかも…   16:38:23
  • RT @monotropastrum : @KuboBook JAGSとOpenBUGSとの速度比較は、これですね。 martynplummer.wordpress.com/2010/09/20/how…   16:38:31
  • またとら寝かしつけに一時間かかってしまった．本日の即興「おはなし」 ・暗黒の路面電車に乗った赤鬼・青鬼が悪い子を連れ去る…熱心に聞きつつこわがってた
    ・Bus-Japan 取材班と札幌周辺バスの旅…こうふんしすぎて目がさめたようで
    ・札幌周辺JRうろうろ実録回想編…ようやく寝た…
      22:16:11
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく

2015 年 05 月 31 日 (日)

• 記録だつらくつづく …… 今日の午前中は， とらとお散歩． 市電に乗って「ロープウェイ入り口」， 中腹駅まであがって撤退してきました．
  • RT @berobero11 : たぶん小さくて層が浅めで非線形性が弱いneural netから順番にやってみて結果を見ていかないと、このあたりの感覚はつかないんでしょうね。統計モデリングも部品（確率分布）があってパチパチつなげていくイメージだけど、小さいモデルからやらないと感覚が養われない点は似ている気がする。   22:08:23
  • いろいろ参考になります．JAGS 作者の Plummer さんも，ネット上のどこかで BLAS などについて言及していたような…そして，WinBUGS…どうなんでしょうね… twitter.com/windowmoon/sta…   22:10:41
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): パン． サラダ．
  • 昼 (1200): スパゲッティー． ラタトウィユ．
  • 晩 (1820): 米 0.7 合． ハクサイ・豚肉の鍋．