ぎょーむ日誌 2015-05-29

2015 年 05 月 29 日 (金)

• あれこれ記録だつらく ……
  • JAGS 並列化する library(runjags) ぢたばた… 出力である runjags オブジェクト，たとえば rj とすると rj$mcmc は mcmc.list オブジェクト．変換関数 hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/r/mcm… で bugsオブジェクトに変換可能   11:05:11
  • @berobero11 修正しました! どうもすみません． ご指摘ありがとうございます．   11:26:24
  • 並列化 JAGS で初の実データ解析．とりあえず，簡単に北海道内の気温データ．4-core みんな，がんばれー pic.twitter.com/O787LnwilZ   11:48:06
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  • WinBUGS と比べて，JAGS は統計モデルによっては「ゆっくりさん」(保育所用語) なのかも…と言ってみるてすと… pic.twitter.com/jhgGIpOVIn   11:56:18
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  • n.thin を 300 から 1000 に変えたら，「ゆっくりさん」JAGS も収束した．計算時間も 3 倍ほどとなり 900 秒弱． pic.twitter.com/LO7uHIqXmG   12:18:04
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  • RT @datasci_blogs : 【朱鷺の杜(IBIS)ブログ】 カーネル多変量解析７刷お礼＆近況報告＆面白そうな本: ５月２５日付でカーネル多変量解析の７刷が発行されましたのでお礼方々ご報告申し上げます．気づいてみるとこのブログも前回更新してからほぼ１... bit.ly/1J8BYd2   12:39:47
  • RT @tadatsome3 : そうだよなあ、旅客機用のターボファンのバイパス比が最新のは9：1近い、なんて云っても普通はまず意味理解できないだろうし。RT 旅客機は「片肺」で飛行できるようにできている : アゴラ agora-web.jp/archives/16431…   12:51:41
  • Google Photos…新しい写真保存さーびすだけど，同じ機能もつ Google Plus に写真保存してるとそれらは Photos で見れる．さらにその前の Picasa web でも Plusの写真みれる…どうしたものやら… twitter.com/ka2i/status/60…   13:10:48
  • あとから見て「なにこの写真?」とわからなくなるのでキャプションつけてるんだけど…最初の Google Picasa webではキャプション重視．Plus だと読み書きはできるけれど表示はいまいち．最新の Photos だとキャプションなし??少なくとも今まで書いたやつは行方不明…   13:16:41
  • うわー，ヒト 1 個体あたり45万個のDNAメチル化箇所 (CpG サイト) のマイクロアレイデータ解析…って問い合わせ…こちとら全データ点数 1000 とかめったにこえない生態学ぎょーかいのモノなのですが…だれかやりたいヒトいますかね…巨大な対比行列あつかえるコトが求人要件?   14:04:20
  • だめだ…RGM で R の Bioconductor の図をながめてたら，アタマがくらくらして気分わるくなってきた…とりあえず，火急のぎょーむであるハイマツ成長モデル並列化 JAGS 解析にもどろう．測定回数 4630 回，生態学としては多めだけど，なんとも平和な世界だなー……   14:23:42
  • library(runjags)のおかげで JAGS 並列化されて良いのだが…意外なワナがあった．MCMC 終わったあとに summary statistics とやらの計算を始めるのだけど，これは並列化されず，時系列データのように多数のパラメーターある場合にはかなり待たされる…   16:19:02
  • この解決策…のひとつかもしれないもの…run.jags()で summarise = FALSE と指定するととりあえず統計量の計算はしない．summary()とかすると時間かかるのかも…mcmc.list2bugs.R hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/r/mcm… 使えば良い?   16:24:07
  • とにかく run.jags() の MCMC 後の summary statistics は何かしら異常．グラフサイズ 32493 のモデルの計算に20分以上を費やしていて，いつ止まるかわからない．事前に予測不可能なので summarize = FALSE 指定は必須かも．   16:28:10
  • この summary 統計量の計算を強制中断させると，一時間ほどかけて得られた MCMC サンプリングの結果も失われてしまうような気がする．「人質」をとられた状態…しかし，もう強制中断して，summarize = FALSE 指定してから再計算したほうが速いかも，という気分…   16:31:01
  • run.jags() で MCMC サンプリング終了後に「いつ終わるともわからぬ」summary 統計量の計算…イヤになって Ctrl+Cで止めてみたところ…やはり予想どーり JAGS が集めてくれたサンプリング結果も蒸発しちゃった… pic.twitter.com/nqSEBiknf8   16:44:30
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• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく