ぎょーむ日誌 2014-06-(01-10)
2014 年 06 月 01 日 (日)
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ぎょーむ日誌おくれぎみだし，記憶も欠落ぎみなので簡単に一行で書いてみると……今朝も早おきして早おきとら坊迎撃態勢を整えるところからはじまり，盤渓にでかけて焼き肉たべてみたりといった，ふつーの日曜日でありましたよ……
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
2014 年 06 月 02 日 (月)
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よくねむれなくて，
0450 起床．
体重 68.4 kg．
あいかわらずの育児ばてやせ?
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この時間を利用して
……
とのたくらみもむなしく，
仕事がススまない．
Twitter な朝
……
- いまいちよく眠れなくて早起きになった……ひさしぶりに体重測定してみたら、68.6。あいかわらず育児ばてやせ状態、なのかな……？ 04:58:41
- RT @ibaibabaibai: 赤池さん的にいえば、統計自体の目標が予測であって、パラメータやモデルの推定自体にこだわるのは本末転倒。そうはいってもやっぱり分野によってはそうはいかないのも現実。その隙間でもがいているのが久保本。 05:53:43
- RT @ibaibabaibai: もっとも予測至上主義とベイズだって本当はどうつながるのか誰にもわからないわけで、赤池もＰＲＭＬもＷ辺氏の前の本も、そこにギャップがあるのは実は共通。 05:53:48
- RT @ibaibabaibai: 階層ベイズって「ベイズ」なの？ 「条件つき推論」とかで局外母数を消そうとかそういうのを一杯やってもうわからんちんになったから、じゃあ条件つきじゃなくて周辺化（＝積分）して消しちまえ、ＭＣＭＣゴーゴー、みたいな解釈はダメですかね。 05:54:11
- RT @ibaibabaibai: 久保本の特徴を別な面でいうと、「個性」に相当するミクロなパラメーターの推定そのものには意外なほど関心が無いのね。それらは統計学者のいう「局外母数」みたいな扱いのことが多いように思う。たとえば、状態空間モデルではむしろミクロな「状態」そのものの推定がまず第一の関心になるから大分違う 05:54:38
- RT @motivic_: S先生のツイートでglmer2stanでWAICが計算できるとあったので見てみたところ、まだ一部のモデルだけだった。ただTo doにもっと色んなモデルで計算できるようにするってあるので要チェックですね github.com/rmcelreath/glm… 05:59:44
- モデル選択はともかく glmer2stan なる wrapper github.com/rmcelreath/glm… は気になるなあ…つまり lmer，MCMCglmm あるいは BUGS だの Stan だの……皆さん，どういう統計モデル指定だったら受けれてくれるのだろうか? 06:04:39
- R の library(lme4) の lmer が好きでない理由……推定結果がどうも信用できない場合が多い(最近，また内部が変わったみたいなので再調査が必要だけど)，そして formula の指定がいまいち「いいかんじ」ではない…… hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/LmerM… 06:10:52
おっと，
6 時とっくにすぎてるな
……
朝飯・とらめし・弁当の準備．
とら坊がおきてきたので，
とらめし．
コーヒー．
0810 自宅発．
0820 保育所着．
0850 研究室着．
ふだん，
「大学にくると誰ともしゃべることなく一日が終わる」
ということが多いのだけど，
今日はなんとなくネット方面で雑談的なことを
……
で，
こういうハナシの流れで，
で Stan とか lirary(rstan)
のインストールで苦闘するはめに
……
- ちょっと自分でも Stan & library(rstan) 使って確認計算みたいなことやろうとしてるんだけど……Ubuntu Linux 上での rstan のコンパイルって，かなり時間かかりますねー……とくに document，アタマを使ってあれこれワナを解除する必要あり． 16:24:27
- @KuboBook あー，つまり document のコンパイルに時間かかるし，Makefile に不備があったりする (~/ 内の Rlib がうまく使えない)，といった二重の困難ですよ．他の OS だともっと簡単なの? github から zip 落としたのがダメ? 16:27:40
- さらに，これによってよーやくにして package ができるわけで，ダメおしで R CMD INSTALL rstan_2.2.0.tar.gz が必要なんだけど，これまた数分を要するわけで…… Core i7 + SSD なる作業環境なんだけどねー…… 16:34:44
- よーやくにして，library(rstan) の example 実行……おお……あまりにも無知むちでもうしわけないんだけど，Stan コードって C++ に変換・コンパイル実行されるんだ……ひゃー……まあ，N-並列化するときは N 回のコンパイルを楽しみなさいってことですね． 16:43:06
- いつものことながら，保育たいむが近づいてきたので，本日の rstan 研究は終了．Linux での install の要点は忘れないうちに KuboLog (現在かなり遅延中) に書いておきますかね．自分自身，すぐに忘れてまた苦闘の再履修になるからね…… 16:50:25
で，
上に書いているよーに，
すでに記憶があちこち欠落しているのだが
(ばてぎみのせいなのか，記憶力の低下はこれに限らずあれこれに生じているような)
……
まあ，
おぼえているだけでも書いておこう．
library(rstan)
インストールの準備としては，
R で install.packages(c("Rcpp", "inline"))
しておく必要がある．
Linux 上の場合，
通常 user (たとえば kubo) でこの作業をすると，
/home/kubo/
以下の R lib にあれこれが保存されてしまう．
そうすると rstan の build ができなくなる可能性がある．
そこで Linux 上なら sudo R
などして /usr/lib/R/
の下にインストールする．
何はともあれ
本家 RStan
page のあれこれを読む．
github の
RStan Getting Started
も読む．
github からのダウンロード:
stan
と
rstan．
page の右側にある Download ZIP
で zip なやつをおとす．
stan のコンパイル
……
これはふつーに make
できたと思う
(記憶欠落ぎみなのであてにならないが)．
R の library(rstan)
のコンパイルの準備．
makefile
をよく読んで，
さきほどコンパイルした stan あれこれを適切な位置にある
bin/
に移動する
……
なぜこのようなことをしなければならないのか，
よくわからないけど．
R の library(rstan)
のコンパイルの準備のつづき．
上記の
install.packages(c("Rcpp", "inline"))
だけでなく，
document 生成のため
tex2dvi
(だったか?)
が必要なので，
Ubuntu なら sudo apt-get install texinfo
とする．
これで
library(rstan)
はコンパイルできるはず．
rstan-なんちゃら.tar.gz
ができたら
R CMD INSTALL rstan-なんちゃら.tar.gz
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0550):
にぎり飯 (小)．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
イワシの缶詰．
- 晩 (1900):
えーと?
2014 年 06 月 03 日 (火)
-
0540 起床．
朝飯・とらめし・弁当の準備．
ささっと朝飯．
とら坊がおきてきたので，
とらめし．
コーヒー．
0810 自宅発．
0820 保育所着．
0850 研究室着．
-
会議にでる．
最近，
これに出るようになったのは，
「会議中はものすごく集中して論文が読める」
ということを発見したため
……
-
10 時から
研究室セミナー，
本日は水永さんの論文紹介．
新しめの良さそうな journal に掲載された論文をいろいろ紹介してくれてよかったのだが
……
pollinator & 気候変動がらみの論文って，
「なんだかなー」
といった内容のものが多いんじゃないのかなー
(データ解析がヘンであるという点を見なかったことにしても)
……
そもそも可塑性について知りたいのか，
遺伝的に形質が変わっているといったことを言いたいのかも．
-
昼飯．
-
また会議．
また論文よみ．
-
今日はむちゃくちゃ暑い．
-
暑くて，
また記憶がとんでいるのだが
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0630):
にぎり飯 (小)．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
サンマの缶詰．
ミニトマト．
- 晩 (2020):
米 0.7 合．
コマツナ・シイタケ・ホタテの炒めもの．
ワカメ・タコのレモン醤油ゴマあえ．
2014 年 06 月 04 日 (水)
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うーむ，
依然としてぎょーむ日誌がおくれぎみなので簡潔に
……
というか記憶がない
……
ものすごいイキおいで揮発してるかんじ
……
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うーむ，
けっきょく「ぎょーむ日誌」おいつきで一日がおわった
……
-
うーむ，
予備審とかあったような
……
わすれたな
……
いや，
わすれよう
……
-
忘れてはいけないしくじり:
記憶力がヨワまっているというか，
ときどき「かなり無意識にちかい状態」で何かをやってしまう，
ということが多くなってきているよーな気がする．
昨日はとら坊のものではない「洗濯もの袋」をもちかえって，
これはなんとかその日のうちに持ち主におわたしできた．
今日は他の子のエルゴ (だっこ用ストラップ) でとら坊を連れ帰ってしまい
(何かおかしいなとは感じていたんだけど「早く帰宅すること」
という概念にせきたてられていたかんぢ，だったのでしょうか?)，
20 時すぎに保育所に返しにいったんだけど (たまたま遅くまで保育士さんがいる日だった)
……
勝手に私にエルゴを持ち帰られたお母さんは，
家までずっと子どもをだっこして帰らないといけなかったわけで
……
-
最近は
「育児ばてが最悪だった期間は，もはやすぎた，はず」
とゆー認識だったわけですが，
外形標準的には「いまが一番ぼろぼろ」なわけで，
うまく自覚・予期できない「自分の認識・判断能力の低下」
を考慮して動かないといけない
……
といったところでせうか
……
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なぜかしら，
ひさしぶりに真夜中すぎのとらおんぶうろうろ．
とらもばてているのかい?
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0630):
にぎり飯 (小)．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
豚肉・キャベツの蒸しモノ．
ミニトマト．
- 晩 (2030):
米 0.7 合．
コマツナ・シイタケ・ホタテの炒めもの．
ワカメ・タコのゴマ味サラダ．
2014 年 06 月 05 日 (木)
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0540 起床．
背筋の痛みが少しおさまったせいか，
昨日までと比較すると「眠れた」感がある．
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朝飯・とらめし・弁当の準備やらなくては
……
と思っていたら，
とら坊がさっさとおきてきたので，
いきなりとらめし．
コーヒー．
0825 自宅発．
昨日・一昨日は真夏日だったけど，
今日は 25℃ちょっとこえるぐらい，
とのこと．
0835 保育所着．
昨日のマヌケなまちがいについて保育士さんにおわび．
被害をうけたお母さんとは保育所にいく時間帯が異なるので，
直接あやまることができない
……
0910 研究室着．
-
体調とかはそんなに悪くないけど，
仕事は進捗しない．
-
「体調とかはそんなに悪くないけど」
と書いているけれど，
例によって「うっかり」であやうく iPhone なくすところだった
……
なんとか助かった．
-
昼飯．
-
一年前あたりのぎょーむ日誌
とか見ると，
とらが 5 時おきぼーいで眠いとか書いている
……
まあ，
ちかごろは一年前ほど過酷ではないけど，
ばててはいるよな．
-
昼間に「ねむい」と感じることはなくなったんだけど，
なんというのか，
「おきたまま寝ている」ような状態なのではないかな?
ここに書いているように，
いろいろ失敗をやらかしているわけだが
……
ひょっとしたら，
何か作業とかやっている途中の
数秒間，ねているような状態
になっているのではないだろうか?
-
そこで意識がとぎれているので，
あとになって「えっ，なんでそんなことしてしまったのだろう?」
となるような行動・作業をやってしまったり，
とか
……
本人はそういう短時間の意識低下に気づいていないわけで
……
-
クルマの運転とかしたら，
あぶないような状態?
-
ある種の
順応
(acclimation, acclimatization)
なのかな?
……
「眠い」というのは精神的なストレスなので，
眠くても「眠い」と感じなくなってしまったのだが，
実際にはアタマが疲れているので，
ときどき本人も気づかないうちに短時間睡眠してしまう，
とか?
-
ともあれ，
何やら統計モデリング入門
の増刷が決まったようなので
(買ってくださった皆さん，ありがとうございます)，
まちがいの修正
について連絡しなくては
……
-
なんとか送信できたが
(ごく簡単な作業なのに「なんとか」がつくところがイタイ)
……
やはり，
上に書いたとおり (あるいは何か別の作用で)，
ありえない単純ミスをやって，
その修正メイルを書かねばならぬことに
……
-
1720 研究室発．
1750 帰宅．
とらめし．
晩飯．
とら風呂．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0630):
にぎり飯 (小)．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
イカフライ．
ミニトマト．
- 晩 (1900):
米 0.7 合．
ブリの照り焼き．
キャベツのコールスロー．
2014 年 06 月 06 日 (金)
-
とら坊におこされて，
0600 起床．
いきなり，
とらめしにとりかかる
……
一段落したので，
朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
洗濯もの干し．
0825 自宅発．
0835 保育所着．
0910 研究室着．
-
えーい，
ぢりぢりした午前だな
……
-
昼飯．
-
来月から始まる統計モデリングじゅぎょー (全 7 または 8 回)
の準備に着手してみる．
-
横道にそれてしまった
……
まあ，
べいぢあんねっとわーくなるものに含まれる統計モデルにはいろいろあるらしい，
とわかったんだけど
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0630):
にぎり飯 (小)．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ミニトマト．
- 晩 (1900):
なぜか，
パスタとピッツァの晩ごはんでした．
2014 年 06 月 07 日 (土)
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0600 起床
……
すぐにとら坊がおきてきたので，
とらめし．
朝飯．
コーヒー．
0820 自宅発．
0830 保育所着．
0900 研究室着．
-
ぢりぢり
……
-
昼飯．
-
昨日，
「昼間はあまり眠くならない」
とか書いたけど，
今日はかなり眠い
……
-
うーむ，
今日の成果としては，
連絡一件，
だけなのか
……?
-
あ，
そうそう，
ヒノキモデルの検討とか?
……
かなり整理されたけど，
かなりやっかい．
資源分配をまじめに考えるのではなく，
死亡確率だけ考えればいいのかな．
-
1700 研究室発．
買いもの．
保育所でとら回収．
1750 帰宅．
とらめし・晩飯の準備．
とらめし．
晩飯．
-
[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0630):
モンクールの角食．
キャベツのサラダ．
- 昼 (1300):
研究室．
ぱん吉のパン．
- 晩 (1900):
米 0.7 合．
イカ・ダイコンのカレー．
キャベツのサラダ．
2014 年 06 月 08 日 (日)
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0620 起床．
朝飯・とらめしの準備．
すぐに，
とら坊おきてきたので，
とらめし．
朝飯．
コーヒー．
-
雨なので，
室内であそぶ．
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魚の醤油づけ・味噌づけを作成．
トイレ掃除．
とら寝かしつけ．
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昼飯の準備．
昼飯．
-
再来週の保育所バザーの準備．
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とらと AEON 桑園まで行く．
買いもの．
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帰宅後，
またとらの昼寝 (本日 2 度目)
の寝かしつけ．
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ちょっとぐったり．
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また鶏肉のしたごしらえ．
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とら坊，
ごはん食べすぎでおなかこわした?!
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晩飯の準備．
晩飯
……
あいかわらずよく食べるとら．
ブリの照り焼き，
かなり横取りされてしまった．
-
で，
本日三度目の寝かしつけ
……
ばてばて
……
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[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0630):
にぎり飯 (小)．
- 昼 (1200):
米 0.7 合．
豆腐の味噌汁．
カスベの煮付け．
キャベツ・ワサビナのサラダ．
- 晩 (1900):
米 0.7 合．
豆腐の味噌汁．
ブリの照り焼き．
キャベツ・ワサビナのサラダ．
2014 年 06 月 09 日 (月)
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0600 起床．
朝飯・とらめし・弁当の準備．
ささっと朝飯．
とら坊がおきてきたので，
とらめし．
コーヒー．
0815 自宅発．
0825 保育所着．
0855 研究室着．
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いきなり大学院入学に関する説明あれこれ，
とか
……
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ばてた．
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生態学会さーばーのメンテナンス．
yum update openssl
して
openssl-0.9.8e-27.el5_10.3
をインストール．
CentOS の場合，
/etc/init.d/httpd restart
で再起動か
……
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昼飯．
-
査読な原稿よみ
……
-
いつものことながら，
おそい
……
1640 研究室発．
-
17 時すぎから保育所で保育士さんと家庭別懇談会．
なんだか，
てきとーに列挙してみたい気分．
-
特定の保育士さんにものすごく依存
→
まあそのあたりも少しマシになってきた今日このごろ
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同クラスの子以外はイヤだった
→
年長の子とすこし遊んだり，
小さい子を「よしよし」したり (なんと!!)
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保育所でのつきあいの長いボーイどうしで友情をはぐくんでいるもよう
-
同じ組であっても，
ボーイたちは月齢上 (つまりすでに 2 歳)
女の子集団にはうけいれてもらいにくい
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とらはよく食べるのが売り
---
おかげで体力ある?
-
保育所では，
とりあえず食べないものも出す，
いっしょに食べたりして子供の様子をみる
-
1-2 歳児の場合，
これから好き嫌いが明確になることが多いかも
-
とらは園庭砂場あそび，
とくに水を利用するものが大好き
-
水が好きすぎるので，
洗濯やくつ洗いにもとりくむ
-
これからの季節，
保育所では「いちにちじゅうプール」
みたいなこともあるので，
とらにとっては楽園?
-
保育所でも家でも「てつだいができる子」
アピールを重視
……
「ぼく，やれるし」というキメ顔
-
とらが昼寝しないで遊んでいるときの保育士さんわざのひとつ
……
「じゃあ，とらちゃんのふとんで寝よう」
とふとんで寝ようとするふりをすると，
すっとんできて自分でふとんにもぐりこむ
……
「ふとんの所有権・占有権」
みたいなものを重視しているらしい
……
いろいろ，
おもしろかった．
-
とら回収して
1820 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0630):
にぎり飯 (小)．
ダイコン・油揚げの味噌汁．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ミニトマト．
- 晩 (1900):
米 0.7 合．
ダイコン・油揚げの味噌汁．
味噌漬けサケのグリル．
ミズナ・エノキダケ・厚揚げの煮物．
2014 年 06 月 10 日 (火)
-
0550 起床．
朝飯・とらめし・弁当の準備．
とら坊がおきてきたので，
とらめし．
朝飯．
コーヒー．
0820 自宅発．
0830 保育所着．
バザー担当の保育士さんと相談．
0910 研究室着．
-
セミナー予習の論文よみ．
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1030 研究室セミナー，
今日は釜野さんの湿原論文紹介で，
火山灰とかいろいろな要因で湿原がどう変わるか
……
といったもの．
うーむ，
層序学
とかよくわからん．
しかし，
この分野でも「欠測をうめる」みたいな動機で，
ベイズ統計モデリングが使われていることがわかった．
-
あと，
ヤチヤナギ
はやなぎちゃんではなくヤマモモ科．
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昼飯．
-
査読論文原稿よみ，
すすまん
……
-
すこし手をうごかす作業．
-
ヒノキ統計モデリング，
最近の検討あれこれ:
-
葉群・局所明るさ分布モデル:
これは各時刻・各地点で「一回」
評価すればいいので，
計算速度とかは気にする必要なさそう．
-
生産モデル:
これは光-光合成曲線 (簡略版) すら推定できないんじゃないの，
という危惧があったんだけど
……
冷静にかんがえてみると，
じつは生産あれこれがわからなくても，
以下のサブモデルの重要なところは解明できそうな気がしてきた
-
資源分配モデル:
ここがキモなのだが
……
上述のように各シュートの生産力がわからなくても，
「あるシュートのために分配された資源の分量」
はだいたいわかるので (わからないのは分枝点から当年シュート根本までの長さ)，
むりやりな仮定をおけば頂芽優先 (分枝の悪さ)・水ポテンシャル・局所明るさ分布などに，
どう依存するかわかりそう
-
枝死亡モデル:
上記の死亡分配と関連づける?
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個体死亡モデル:
これも同様に?
まあ，
データをよく見ないとわからないところだけど，
全体はこういうかんじで整理しておいて問題なさそうだ．
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1700 研究室発．
保育所．
今月末の保育所バザーについての印刷物 86 家庭ぶんを複写して，
「連絡ポケット」に投函する作業
……
30 分以上を費やしてしまった．
-
「保育所は双子ちゃんがおおいなあ」
といったこともわかったけど．
これはたぶん入所の優先順位が高いから．
-
とらを回収して，
1810 帰宅．
晩飯の準備．
とらめし．
晩飯．
とら風呂．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0630):
にぎり飯 (小)．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
味噌漬けサケ．
ミニトマト．
- 晩 (1920):
米 0.7 合．
トマト・ピーマン・ギョウザのスープ．
ミズナのサラダ．
