ぎょーむ日誌 2014-06-02

2014 年 06 月 02 日 (月)

• よくねむれなくて， 0450 起床． 体重 68.4 kg． あいかわらずの育児ばてやせ?
• この時間を利用して …… とのたくらみもむなしく， 仕事がススまない． Twitter な朝 ……
  • いまいちよく眠れなくて早起きになった……ひさしぶりに体重測定してみたら、68.6。あいかわらず育児ばてやせ状態、なのかな……？   04:58:41
  • RT @ibaibabaibai: 赤池さん的にいえば、統計自体の目標が予測であって、パラメータやモデルの推定自体にこだわるのは本末転倒。そうはいってもやっぱり分野によってはそうはいかないのも現実。その隙間でもがいているのが久保本。   05:53:43
  • RT @ibaibabaibai: もっとも予測至上主義とベイズだって本当はどうつながるのか誰にもわからないわけで、赤池もＰＲＭＬもＷ辺氏の前の本も、そこにギャップがあるのは実は共通。   05:53:48
  • RT @ibaibabaibai: 階層ベイズって「ベイズ」なの？　「条件つき推論」とかで局外母数を消そうとかそういうのを一杯やってもうわからんちんになったから、じゃあ条件つきじゃなくて周辺化（＝積分）して消しちまえ、ＭＣＭＣゴーゴー、みたいな解釈はダメですかね。   05:54:11
  • RT @ibaibabaibai: 久保本の特徴を別な面でいうと、「個性」に相当するミクロなパラメーターの推定そのものには意外なほど関心が無いのね。それらは統計学者のいう「局外母数」みたいな扱いのことが多いように思う。たとえば、状態空間モデルではむしろミクロな「状態」そのものの推定がまず第一の関心になるから大分違う   05:54:38
  • RT @motivic_: S先生のツイートでglmer2stanでWAICが計算できるとあったので見てみたところ、まだ一部のモデルだけだった。ただTo doにもっと色んなモデルで計算できるようにするってあるので要チェックですね github.com/rmcelreath/glm…   05:59:44
  • モデル選択はともかく glmer2stan なる wrapper github.com/rmcelreath/glm… は気になるなあ…つまり lmer，MCMCglmm あるいは BUGS だの Stan だの……皆さん，どういう統計モデル指定だったら受けれてくれるのだろうか?   06:04:39
  • R の library(lme4) の lmer が好きでない理由……推定結果がどうも信用できない場合が多い(最近，また内部が変わったみたいなので再調査が必要だけど)，そして formula の指定がいまいち「いいかんじ」ではない…… hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/LmerM…   06:10:52
• おっと， 6 時とっくにすぎてるな …… 朝飯・とらめし・弁当の準備． とら坊がおきてきたので， とらめし． コーヒー． 0810 自宅発． 0820 保育所着． 0850 研究室着．
• ふだん， 「大学にくると誰ともしゃべることなく一日が終わる」 ということが多いのだけど， 今日はなんとなくネット方面で雑談的なことを ……
  • @berobero11 なるほどー……「何をどう構築…?」といったかんじのヒトは，たとえば，データの図示をいろいろ工夫してみるということもできないんでしょうか．あるいは，それはできるけれど，そこから先に進めなくて困っている，といったかんじでしょうか……?   10:00:44
  • @TJO_datasci @berobero11 まあ，「何を知りたいのか」がはっきりわかっていて，自分では手を動かしたくないヒトは，だれかに作図なりモデルあてはめなりを丸投げすればいい……という気もしますね．   11:40:55
  • @TJO_datasci @berobero11 あ，そうか，お二人が言ってるのは，たとえば……ゑくせるで直線回帰のやる方法は知っているから，GLM とかのほうが良いと言われても「もう勉強したくない，直線ひけばこたえは得られるから」と応答するようなヒトたちですかね……   11:43:26
  • RT @berobero11: @KuboBook 両方いますね。特に前者が多そうです。個人的には「データをどんなふうに図示したらよいか」と「モデリングをどうしたらよいか」はかなり密接につながっていて、少しデータがややこしいとどちらもできなくなるという状況に思います。   12:42:55
  • RT @TJO_datasci: @KuboBook @berobero11 あと、もう一段上がったところにいる「Rでglmって関数使えばとにかく正しい結果得られるんだよね？え？ダメなの？面倒だなぁ」という人たちにどう受け入れてもらうか、ですかね。   12:43:01
  • @berobero11 なるほど，そうですね…いちおう「自分は何をしたいか」がわかっていても，ソフトウェア上でデータを自在に変形して作図もこなすという段階でつまづくヒト，そこまでできるけど「あとは直線ひけばいい」「p<0.05 ならなんでもいい」勉強したくないヒトがいそうですね…   12:51:55
  • @TJO_datasci @berobero11 解説記事拝見しましたー……うーむ，ユーザーが指定しなければ，てきとー無情報事前分布を設定する Stan は不気味きわまりないですね．「切片ずれ」の問題，あてずっぽうですが，このモデルでは d がいらないんじゃないかと思いました．   13:11:11
  • @TJO_datasci @berobero11 私がすごくかんちがいしているのかもしれませんが，データ生成では d = 1 で trend の平均がゼロと設定しても，その推定結果は d = 100 で trend 平均 -99 とかなりうるんですよね……うーむ，ずれとは無関係?   13:40:15
• で， こういうハナシの流れで， で Stan とか lirary(rstan) のインストールで苦闘するはめに ……
  • ちょっと自分でも Stan & library(rstan) 使って確認計算みたいなことやろうとしてるんだけど……Ubuntu Linux 上での rstan のコンパイルって，かなり時間かかりますねー……とくに document，アタマを使ってあれこれワナを解除する必要あり．   16:24:27
  • @KuboBook あー，つまり document のコンパイルに時間かかるし，Makefile に不備があったりする (~/ 内の Rlib がうまく使えない)，といった二重の困難ですよ．他の OS だともっと簡単なの? github から zip 落としたのがダメ?   16:27:40
  • さらに，これによってよーやくにして package ができるわけで，ダメおしで R CMD INSTALL rstan_2.2.0.tar.gz が必要なんだけど，これまた数分を要するわけで…… Core i7 + SSD なる作業環境なんだけどねー……   16:34:44
  • よーやくにして，library(rstan) の example 実行……おお……あまりにも無知むちでもうしわけないんだけど，Stan コードって C++ に変換・コンパイル実行されるんだ……ひゃー……まあ，N-並列化するときは N 回のコンパイルを楽しみなさいってことですね．   16:43:06
  • いつものことながら，保育たいむが近づいてきたので，本日の rstan 研究は終了．Linux での install の要点は忘れないうちに KuboLog (現在かなり遅延中) に書いておきますかね．自分自身，すぐに忘れてまた苦闘の再履修になるからね……   16:50:25
• で， 上に書いているよーに， すでに記憶があちこち欠落しているのだが (ばてぎみのせいなのか，記憶力の低下はこれに限らずあれこれに生じているような) …… まあ， おぼえているだけでも書いておこう．
• library(rstan) インストールの準備としては， R で install.packages(c("Rcpp", "inline")) しておく必要がある． Linux 上の場合， 通常 user (たとえば kubo) でこの作業をすると， /home/kubo/ 以下の R lib にあれこれが保存されてしまう． そうすると rstan の build ができなくなる可能性がある． そこで Linux 上なら sudo R などして /usr/lib/R/ の下にインストールする．
• 何はともあれ 本家 RStan page のあれこれを読む． github の RStan Getting Started も読む．
• github からのダウンロード: stan と rstan． page の右側にある Download ZIP で zip なやつをおとす．
• stan のコンパイル …… これはふつーに make できたと思う (記憶欠落ぎみなのであてにならないが)．
• R の library(rstan) のコンパイルの準備． makefile をよく読んで， さきほどコンパイルした stan あれこれを適切な位置にある bin/ に移動する …… なぜこのようなことをしなければならないのか， よくわからないけど．
• R の library(rstan) のコンパイルの準備のつづき． 上記の install.packages(c("Rcpp", "inline")) だけでなく， document 生成のため tex2dvi (だったか?) が必要なので， Ubuntu なら sudo apt-get install texinfo とする．
• これで library(rstan) はコンパイルできるはず． rstan-なんちゃら.tar.gz ができたら R CMD INSTALL rstan-なんちゃら.tar.gz
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0550): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． イワシの缶詰．
  • 晩 (1900): えーと?