ぎょーむ日誌 2015-06-03

2015 年 06 月 03 日 (水)

• 0540 起床． いまいち不調． ラジオ体操 3 回． 早おきとらにせかされつつ， 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0820 自宅発． 0840 保育所着． 0920 研究室着．
• 試行錯誤， つづく ……
  • 誰も使っていない(?)JAGS並列化 library(runjags) ねた：summarise=Fで生成されるrunjagsオブジェクト188MBを変換→bugs 559MB．ファイルに保存したら読みこみに37秒…この変換自体に70秒弱…bugs化すると便利だけど時間かかる…   10:02:30
  • RT @kazutan : @berobero11 ggmcmc( xavier-fim.net/packages/ggmcmc/ )パッケージを使うとtraceplotもggplot2の様に描けるので、あとはこのあたり docs.ggplot2.org/current/scale_… で応用できそうですが…   10:06:39
  • runjags オブジェクト rj のbugs変換やめて library(coda) な gelman.diag(rj$mcmc) してみたら…500秒ついやしても終了しない…summarise=Tで時間かかる原因はこれかな? 現時点では rj→ bugs 変換70秒が最適解?   10:29:13
  • まだきちんと確認してないけれど library(ggmcmc) xavier-fim.net/packages/ggmcmc/ に巨大な mcmc.list ほうりこむと…沈黙する．まあ ggs_Rhat() なので library(coda) の gelman.diag() が呼ばれてるのかも．   10:34:27
  • どうにもうまくいかない runjags 時系列モデルを試行錯誤しつつ，タナゴ(魚)の卵数モデル試行錯誤… library(VGAM) で vglm(y ~ x, family = zinegbinomial, …) ．卵あるなしはロジスティック回帰，卵数は負の二項分布，なモデル…   17:25:53
  • 負の二項分布，R 内で使うには便利だけど，ちょっとめんどくさい…タナゴデータ解析も JAGS とかでシンプルにやりたいところだが…R のお手軽さになれた皆さんは BUGS コードを避けたいきぶんのようで…   17:30:58
  • RT @tiseda : 有意性検定の手順についてひととおり講義したあとで、「実験結果が棄却域に入らなかったらどういう判断をしますか」と質問してみたのだが、「棄却域を広げる」「棄却域に入るまで実験を繰り返す」という答えばかり返ってきたのは何か根本的に教え方を誤っていたのか……   21:18:43
  • とらねかしつけ「おはなし」にまた一時間以上……この技術もなかなか上達しません…   21:23:45
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 記録だつらく