f(x)=\frac{1}{\sqrt {2\pi \sigma^2}} \e^{-{\frac{(x - \mu)^2}{2\sigma}}}
などと LaTeX ふうに書けば数式の PNG 画像が生成されますよ，
というもの．
dcat(p[])
とかにするか?
p[] を car.normal()
で与える
……
とゆーすさまじいアイデアを思いついてしまった．
まあ，
データあたえたらぼこぼこになりそうだけど．
そもそもうまく規格化する方法がない!
model
{
# catchment and probability
for (i in 1:N.site) {
for (t in 1:N.itr) {
C[i, t] ~ dpois(mc[i, t])
n[i, t + 1] ~ dpois(mn[i, t])
mc[i, t] <- n[i, t] * p[i, t]
mn[i, t] <- n[i, t] * (1 - p[i, t])
logit(p[i, t]) <- logit.p[i, t]
logit.p[i, t] ~ dnorm(beta[1], tau[1])
}
}
# population size
for (i in 1:N.site) {
n[i, 1] ~ dpois(mean[i])
log(mean[i]) <- log.mean[i]
log.mean[i] ~ dnorm(beta[2], tau[2])
}
# parameters
Tau.noninformative <- 1.0E-4
Sigma.max <- 1.0E+2
beta[1] ~ dnorm(5, 0.2) # subjective!!
beta[2] ~ dnorm(0.0, Tau.noninformative)
for (j in 1:2) {
tau[j] <- 1 / (sigma[j] * sigma[j])
sigma[j] ~ dunif(0.0, Sigma.max)
}
}
library(ggplot2)
な例を追加．
library(lattice)
的なつかいかた．
library(parallel)
を使って並列化．
Core 3 つが走っていますな
……
けっきょくこの計算は 12 時間ほど要した．
いやはや．
なんだかアヤしいなあ．
$ apt-cache search generator | grep -i site hyde - static website generator with the power of Django templates webgen0.5 - fast, powerful, and extensible static website generator12.10 だと「元祖」的な
Jekyll
もぽいっとインストールできるらしい．
いろいろ試してみよう．
じつはこの「ぎょーむ日誌」も自作の一種の static website generator
にて作られているわけだが
……
library(grid)
についていろいろと書いているな
……
何か新しい機能が追加されたみたいだ．
ところで R Journal の編集長って
JAGS
の Martyn Plummer さんなのか．
model
{
for (t in 1:T.max) {
Y[t] ~ dpois(m[t])
log(m[t]) <- log.m[t]
log.m[t] ~ dnorm(lm[t], tau[1])
lm[t] <- (log(Effort[t]) + log.cpue[t] + season.effect[Season[t]] - m.season)
}
Tau.noninformative <- 1.0E-04
log.cpue[1] ~ dnorm(lcm[1], Tau.noninformative)
log.cpue[2] ~ dnorm(lcm[2], tau[2])
log.cpue[3] ~ dnorm(lcm[3], tau[2])
for (t in 4:T.max) {
log.cpue[t] ~ dnorm(lcm[t], tau[2])
}
lcm[1] <- 0.0
lcm[2] <- log.cpue[1]
lcm[3] <- 2 * log.cpue[2] - log.cpue[1]
for (t in 4:T.max) {
lcm[t] <- 2.5 * log.cpue[t - 1] - 2 * log.cpue[t - 2] + 0.5 * log.cpue[t - 3]
}
Sigma.max <- 100
m.season <- mean(season.effect[1:N.season])
for (j in 1:N.season) {
season.effect[j] ~ dnorm(0.0, tau[3])
}
for (j in 1:N.sigma) {
tau[j] <- 1 / (sigma[j] * sigma[j])
sigma[j] ~ dunif(0.0, Sigma.max)
}
}
lib(parallel)
を使った並列処理で WinBUGS に MCMC サンプリングさせてみると
……
260 秒で終了．
いちば内部の食堂は行列ができるほど混んでいたので，
場外すぐ南にある宮本商店 2 号店 (1 号は場内にあるそうで)
に入って，
二食マグロ丼 (手前の本トロと奥の赤身，1000 円) を食べた．
ごはんは酢飯．
なかなかりっちなかんじではあります．
今回の清水のセミナーの準備と実施については国際水研の皆さん，
とくに水野さんにお世話になったんだけど，
その水野さんがえらんでくださった「いわし料理」の店，
たいへんにすばらしかった．
下の写真に出ているいわしの煮物・刺身・かばやき・つみれ汁ほか，
天ぷらなんかも出て
……
とてもおいしかったです．
Prompt
で A 棟 7-8F に侵入して，
rsync
を動かして「ぎょーむ日誌」を更新してみた．
Sapporo Cafe
は無線 LAN 充実している．
