ぎょーむ日誌 2012-11-(11-20)
2012 年 11 月 11 日 (日)
-
0800 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
[本日のパンケイキ]
こちらのレシピ
を参考にして自分で粉をまぜて作ってみた．
ブレンダーで生地をまぜるという手法はなかなか便利．
焼きむらがあるのは，
油を均質にぬってなかったせいか，
火加減が原因か
……
cf.
ためしてガッテン．
-
また怠業．
ときどきとらちゃんだんす．
-
昼飯の準備．
昼飯．
-
とらちゃんと AEON に買いもの．
快晴．
皮膚で Vitamin D を生成してください．
-
怠業状態から脱出できづ
……
ときどきとらちゃんだんす．
これはうんどうになる
……
なにしろ体重が 7000 g 超なんで．
-
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
パンケイキ．
- 昼 (1240):
米 0.7 合．
ラム・タマネギ・レタス丼．
- 晩 (1900):
米 0.7 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
ミズナ・カキのオイスターソース炒め．
サンマのナンプラー煮．
2012 年 11 月 12 日 (月)
-
0710 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
0820 自宅発．
曇天．
雨ぱらぱら．
0840 研究室着．
コーヒー．
-
月曜ぼけはそれほどでもないのだが
……
-
みょーに時間ばかりがながれていくので，
なんとなく時計を設置．
[NHK 時計]
「アナログ文字盤の置き時計がほしいかもー」
などとしばらく考えてたんだけど，
iPod 化したままあまり使われてない iPhone3 (3G にあらづ)
を置き時計にすればよい，
とゆー簡単なことによーやく気づいた．
意外とよいです．
-
石狩浜エゾアカヤマリ論文原稿の改訂作業，
ぢりぢりとつづける
……
-
何やら BUGS コードのばぐとりというか，
「WinBUGS のへぼいところ回避わざ」
を要求されてるような作業をかたづけてみる．
-
昼飯．
天気予報どおり，
また雨．
-
石狩浜エゾアカヤマリ論文原稿の改訂作業，
ぢりぢりとつづける
……
Discussion 節末尾まで修正したのでいったん印刷出力．
-
生態学会さーばー雑用
……
にはまりこんでしまった．
SFTP などを使いたいユーザーは default shell
が
/sbin/nologin
のたぐいではダメで Bash とかにしないといけない?
うーむ，
試行錯誤に時間とられてしまった．
-
ウミガメ論文まだですか? 個体群の時系列モデリングに興味あるんですけど?
……
というツラい質問がきたので，
とりあえず
James S. Clark and Ottar N. Bjørnstad (2004)
の
Population time series: process variability, observation errors, missing values, lags, and hidden states
を参照してください，
と苦しい返信をこころみる．
-
確率分布がないモデルなのにデータとの対応を考えたい
……
という奇妙なデータ解析こんさる．
むりやりに直線回帰なんかと対応づけるのではなく，
「何でもかんでも決定論的」と考えているのであれば，
観測された「点」を通るような「初期条件」を探せばいいだけぢゃん
……
という結論．
-
1740 研究室発．
買いもの．
1810 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
[らくなポジション??]
とつぜんとらちゃんが泣きだすのは「腹いた」ではないかと
疑っているのだが (へその下とかが固くなっていたりすることもあるので)
……
とにかく対処に困っていた．
いろいろ試行錯誤してみたんだけど，
こういうカタチで両足を (できれば両手で) もってやると，
なんだかけっこうおちつくみたいだ．
しかし最近のとら坊は重いので，
スリングを工夫して僕のハラの前で「ブランコ座り」
できるようにしてみたら
……
まあ，うまくいったのかな．
ぐーぐー寝てしまった．
-
[今日の運動]
-
とらちゃんえくささいず
……
いろいろ試行錯誤したので，
背筋の over training になってしまった
……
うーうー
……
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米 0.7 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
サンマのナンプラー煮．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
インゲン天．
春雨スープ．
リンゴ．
- 晩 (1910):
米 0.7 合．
ダイコン・鶏だんごの味噌汁．
レタス・タラの酒蒸し．
コマツナ・ぷちがんもの煮浸し．
2012 年 11 月 13 日 (火)
-
0650 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
0740 自宅発．
晴天．
0800 研究室着．
コーヒー．
著者の石田さんから
「R で学ぶデータ・プログラミング入門」
(
共立出版の web page)
ご恵贈いただきました．
ありがとうございます．
RStudio，
私は
あまりつかってないんだけど
……
先日の神戸大 R 演習の状況とか考えると，
こういうインターフェイスのほうが
R を始めたばかりのヒトにはとりつきやすいかも．
付録がすごくて，
-
A.1 Rstudioによるレポート作成
-
A.2 Gitによるプロジェクト管理
といった内容．
-
うーむ，
ぢたばたしてるうちに
……
-
1030 より
研究室セミナー，
今日は青島君でササの光合成その他測定，
母子里・旭岳・五色ヶ原で
……
という内容．
まあ，
「自分は何をやっているのか」を本人がよく考えてみるのが，
よさそうだね．
-
昼飯．
-
生態学会さーばー雑用のつづき
(自分のしくじりが原因なのだが)
とかその他ちょびちょびと
……
-
これも自分のしくじりなのか
……
かなり混沌とした「事後分布からのランダムサンプルの順位統計量をひねくりまわす解析」
(以前に自分で発案してしまったので)
の再検討あれこれ．
-
しくじり fix に消耗して終了．
1740 研究室発．
買いもの．
1810 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
とらちゃんえくささいず．
今日の寝かしつけだんすは 20 分以上
……
スリングつかったのでひどい筋肉痛は回避できるはず．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
米 0.7 合．
ダイコン・鶏だんごの味噌汁．
卵．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
サケの塩焼き．
インゲン天．
リンゴ．
- 晩 (1910):
米 0.7 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
ナス・ネギ・ピーマンの麻婆炒め．
レタス・イカのサラダ．
キュウリ・コンブのあえもの．
2012 年 11 月 14 日 (水)
-
0730 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
0820 自宅発．
また雨．
今年は初雪が遅く，
雨が多いそーで．
0840 研究室着．
コーヒー．
-
なんだか，
放置していたメイルかきあれこれ．
-
えーと
library(pscl)
の hurdle()
なる zero-infrated GLM を見るのは初めてなのだが
……
これって zero と non-zero で同じ線形予測子の指定となるのか?
いやいや，
help(hurdle)
みると，
y ~ x1 + x2 | z1 + z2 + z3
てな具合に個別に指定できると書かれているな．
-
HUSCAP の
講義のーと : データ解析のための統計モデリング
にアクセスキーワード一覧，
というのが見れるようになっていたとは．
-
原稿修正作業に着手できぬまま，
昼飯．
-
そういえば，
3 月の生態学会大会 (静岡) の口頭発表編成作業は停止したままだな．
これは私の勝手な憶測だけど，
予想外に口頭発表が少なかった (といっても去年とほぼ同数だけど)
ので，
口頭発表用会場の再配置に時間とられているのかな?
-
さっさと論文原稿を
……
[紙きれ整理]
しかし紙きれ整理にいってしまった．
いままで机の横においてるテーブルのうえにざっとちらかしていたんだけど，
それをてきとーにまとめて，
たてかけホワイトボードにはってみた．
まあ，
すこしはすっきりしたかな．
次の目標はホワイトボード上からできるだけ紙たばを除去すること．
-
よーやくにして
……
石狩浜エゾアカヤマアリ論文原稿のみなおし．
-
とりあえず，
気分転換のために，
論文のタイトルを地味なものからハデなものに変更してみた．
さてさて，
どうなることやら．
-
新タイトルにあわせて abstract 大改訂
……
書き直しながら (よーやくといいますか)，
以前の作文はすごーくわかりにくくて，
しかもそれは，
石狩砂漠の大統領に (あろうことか!) 「遠慮」「配慮」していたらしい，
というおどろくべき
……
いやはや．
「石狩浜がすーぱーころにーだという証拠はない」
とすぱっと断定してしまうと，
格段にわかりやすくなった．
-
しかし，
「遠慮」排除という観点からすると，
上のごとく改訂したタイトルも不十分だな
……
もう少し修正して，
さらに abstract もそれにあわせて改訂．
-
しかし時間切れなので撤退
……
1720 研究室発．
買いもの．
1750 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米 0.7 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
キュウリ・コンブのあえもの．
キュウリのピクルス．
- 昼 (1230):
研究室．
米 0.7 合．
チクワ．
キュウリのピクルス．
リンゴ．
- 晩 (1920):
米 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・セロリ・ネギ・シイタケ・鶏肉のスープ．
ツボダイ．
ホウレンソウのゴマあえ．
キュウリのピクルス．
2012 年 11 月 15 日 (木)
-
0720 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
0810 自宅発．
0830 研究室着．
コーヒー．
-
さー，
なんとかアリ論文原稿を
……
-
などとゆったりしてたら，
いきなり大澤君の襲撃をくらい，
生態学なデータベイスのおもしろいハナシをいろいろ拝聴できることに
……
-
……
で午前終了．
昼飯．
-
「アリ原稿改訂の前にかたづけとくか」
ということで，
放置したうけあれこれをやってみたのだが
……
それで午後は終了してしまった．
「結果が得られました」
ということで
bugs
なオブジェクトがきたので，
作図してみたら下のごとくぜんぜんだめぢゃん，
とかそういう案件あれこれ．
-
1730 研究室発．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
とらちゃんえくささいず．
真夜中すぎに，
長時間のとらちゃんだんす
……
かなりくたびれた
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
米 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・セロリ・ネギ・シイタケ・鶏肉のスープ．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ちくわ．
キュウリのピクルス．
リンゴ．
- 晩 (1920):
米 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・サトイモ・サツマイモ・油揚げの味噌汁．
ハクサイ・豚肉のオイスターソース炒め．
2012 年 11 月 16 日 (金)
-
0650 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
0740 自宅発．
曇天．
気温 3 度．
そろそろ雪ふりそう．
0800 研究室着．
コーヒー．
-
うわっ，
口頭発表編成まわりがたいへんなことになっている
……
オンラインの「口頭発表ならびかえ」システム，
大規模な改訂が必要になりそうだ
……
-
いつものごとく，
タイムテイブルは
ゑくせるファイルで作成されている
……
見てたら気分が悪くなってきたので，
口頭発表編成あれこれはいったんアタマから削除して，
昨日のつみのこし + 昨晩つみあがった
「教えてください」
メイルへの対処あれこれにとりくんでみる．
-
昼飯．
-
工藤さんからの質問，
library(repeated)
の glmm() を使いたいんだけど，
はどこからダウンロードすればよいか
……
ぎょーむ日誌を検索してみたら，
2011-02-21
に
http://www.commanster.eu/rcode.html
からダウンロードできると書かれていた．
その
help file
とか．
インストール方法?
どわすれしたので，
Linux 版の操作を再確認してみる:
Mac OS X もコンパイラとか開発環境一式がそろっていれば，
上記のよーにできるはずですが
……
ゐんどーづについては同サイトに binary の zip がおかれている．
-
えーと，
repeated
の特徴は
glm()
と同じ family を指定できる，
ところですな．
-
またメイルこんさる対処とか．
[夕方は予備審をのぞきに]
江川さん D 論の予備審，
良い発表でした．
大学院生が無事に大学院という牢屋から脱出できるのは，
ホントにめでたいことだなぁ
……
今月はじめに斎藤君も本審を終えていて
(私は神戸出張で出席できなかったのだが)，
これもまたたいへんにめでたい!
-
うをー，
生態学会大会の口頭発表編制がけっこうめんどうなことに
……
-
しかし本日ははやめに撤退．
1700 研究室発．
買いもの．
1720 帰宅．
-
今日はとらちゃんとるすばん．
いきなり寝かしつけのとらちゃんダンス．
晩飯の準備．
晩飯．
またとらちゃんダンス．
哺乳瓶，
ひさびさに活躍．
よーやく寝た．
-
しかしその後もだんす
……
背筋しんどい．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・サトイモ・サツマイモ・油揚げの味噌汁．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
春雨スープ．
リンゴ．
- 晩 (1900):
米 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・サトイモ・サツマイモ・油揚げの味噌汁．
卵焼き．
2012 年 11 月 17 日 (土)
-
0800 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
今朝も粉をまぜてパンケイキやいてみたんだけど，
使ったベイキングパウダーが古かったのか
……
なんだか「ふかふか」しておらず，
いまいちだった．
コーヒー．
-
とらちゃんひたすら朝寝
……
どうもおそ寝おそ起きの子供になりつつあるよーで．
-
雨．
すこし怠業．
その後は，
なぜかしら自宅と同じブロック内にある有名菓子店
E piu dolce
に買いものにいったり．
ティラミスロール 1050 円，
ですか．
-
とらちゃんたちおでかけなので，
傘さして荷物かかえてバス停まで送る．
その後，
モンクールでパンを調達．
[正覚庵の蕎麦]
昼飯，
ひさしぶりに
正覚庵によってみた．
新蕎麦の季節ですなあ
……
鶏せいろうまい．
蕎麦湯もたっぷり．
しかし，
この店にくるお客の半分ぐらいは，
なぜか鍋焼きうどん (季節限定)
を注文してるんだよね．
-
帰宅して，
また生態学会大会の口頭発表編成 web プログラムの改良について
検討してみる
……
[呪われゑくせるファイル]
「なんでもかんでもゑくせる」
のきわみといいますか，
こういう「方眼紙」的な使用はもーやめてほしい．
なんかこう，
もっとまともなスケジューリングソフトウェアとかないのだろうか?
event 一覧をテキストデータとして export してくれるような
……
-
今回の口頭発表編成は，
編成オンライン化はじまっていらいのややこしーものになるかも．
うーむ．
-
試行錯誤してるうちに，
とらちゃんたちが帰ってきた
……
いきなりばくはつぶつ処理．
-
どたばたしているうちに，
晩飯の準備の時間．
晩飯．
晩飯中もまたばくはつぶつ処理
……
今日のとらちゃんは凶悪すぎる．
外出先から服をかっぱらってくるし
……
[今日のばくはつぶつ処理]
なんといいますか，
格納容器からの漏洩が二件も発生して，
そのたびに洗面台で手あらい処理を
……
-
ひさしぶりに体重を測定してみたら 71 kg 台から
73.0 kg にもどっていた
……
とらちゃんえくささいずで筋肉が追加されたのはまちがいないけど，
食べる量も増えたからなぁ．
-
[今日の運動]
-
とらちゃんえくささいず．
寝かしつけは「かくとう」です
……
「わざが入る」とすばやく決着しますが，
そこまでの「組手」に集中力が要求されるわけで
……
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
パンケイキ．
- 昼 (1250):
鶏せいろ蕎麦．
- 晩 (1920):
米 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・ネギ・鶏肉のスープ．
ハクサイ・レンコダイの蒸し煮．
2012 年 11 月 18 日 (日)
-
0820 起床
……
昨日はばてたのでぐーぐー寝てしまった．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
-
雨．
ちょっと怠業ぎみに
……
お，
統計モデリング入門
に
二つ目のレビュー
が!
-
雨がいつのまにか雪に．
とらちゃんがおきてきた．
-
午前中のとらちゃんだんす
……
なんとか寝てくれた．
部屋を暗くしてたくさんふとんをかけておく．
「暴風雪」的な外にでて，
買いもの．
さむいー
-
帰宅して，
昼飯の準備．
昼飯．
[Kartal]
というパスタ．
コープさっぽろ植物園店で 1 kg 178 円でうってた．
大量輸入でお安く，
とかで
……
あとで Kartal とは何だろうと調べてみたら，
トルコのイスタンブール近くの
町，
あるいはトルコ語で「鷲」の意味だとか．
袋のラベルよくよくみてみたらトルコから輸入されたものだった
……
なんとなくいたりあんだと思っていたんで．
[Kvot]
という IKEA の水切りラック．
Amazon
で購入
……
ちょっとでかいんだけど，
まあなんとなく快適な気分で皿あらいできたような
……
-
またとらちゃんがおきてきて
(そういえば本日は生誕 100 日目だそーで)，
「かまってーかまってー」
とかまってぱわーをふりまく
……
-
だんだん体力が消耗してきたので，
またとらちゃんだんすでねかしつけ
……
授乳という手段をもたない性別では，
かくのごとく徒手空拳
(といってもスリングとか使うけど)
にて寝かしつける技法が試行錯誤の中で獲得されていくのである
……
しかし相手も日々かわっていくので，
こちらもそれに対応しなければならぬ．
-
晩飯の準備．
晩飯．
-
夜はわりととらちゃんの機嫌がよかったのだが
……
真夜中ちかくなって，
また「どこかが痛い」かんじの大泣き状態へ．
日曜日の深夜に，
大人ふたりを完全消耗させる 100 日児でした．
[おやすみー]
そしてとつぜんねてしまった
……
こちらは，
だっこやりすぎで背筋が「板」のよーになってるんですが
……
-
[今日の運動]
-
とらちゃんえくささいず，
やはり一日中いっしょにいるとうんどうにはなりますよ．
だっこスクワットとかもさんざんやったし．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
モンクールのバゲット．
生ハム．
- 昼 (1310):
シシトウ・ベイコンのペペロンチーノ．
- 晩 (1910):
米 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・サトイモ・豚肉の味噌汁．
チンゲンサイ・カキのオイスターソース炒め．
2012 年 11 月 19 日 (月)
-
0700 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
0740 自宅発．
0810 研究室着．
コーヒー．
昨日，
初雪がふったんだけど，
そのまま路面に残っている．
けっきょく，
帰る時刻まで残っていた．
-
次の 3 月の生態学会大会 (静岡)
の口頭発表オンライン編成プログラムの改訂，
試行錯誤がつづく．
今回は，
オンライン化して発の「3 日間にわたる口頭発表」，
これを期にシステムの一般化をぢりぢりとすすめてみた
……
-
昼飯．
-
とつぜんの会場・時間帯変更
……
新しくしたシステムなら対応できるはずだ
……
-
しょぼいとはいえ，
こういう user interface をもつプログラムというのは，
けっこう細かいところが気になって，
ですねえ
……
いつも自分だけが使うプログラムのコード書きをしていると，
第三者がつかうやつは，
なんとも作るのがしんどい
……
-
まあ，
なんとかできつつあるような気がする
……
明日はバックアップまわりを確認すればいいだろう．
1740 研究室発．
北大苗畑突破ルートで AEON 桑園へ．
買いもの．
1820 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
かまってとらちゃんの相手をしているうちに，
ソファ上のぼくのハラの上でぐーぐーねてしまった
……
-
[今日の運動]
-
とらちゃんえくささいず．
今日は軽めかな
……
土日の疲労はまだとれてないような気分だけど．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
米 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・サトイモ・豚肉の味噌汁．
- 昼 (1300):
研究室．
米 0.7 合．
ゴボウサラダ．
リンゴ．
- 晩 (1910):
米 0.7 合．
ネギ・ブナシメジ・油揚げの味噌汁．
AEON 桑園で買ってきた
ざんぎ．
レタス・ミニトマト．
2012 年 11 月 20 日 (火)
-
0640 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
0730 自宅発．
雪ぱらぱら．
0750 研究室着．
コーヒー．
[液体窒素注入]
地環研うらにあるタンクに液体窒素が注入されている場面．
白煙もうもう．
-
R の
glm()
で family = binomial(link = "log")
が使えて，
これは
リスク比回帰に相当する
とか
……
ちょっと調べてみたところ，
このリンク関数は 生起確率 = 1 - exp(線形予測子)
となっているみたいだ．
ふーむ，
どういう場面で便利になるのかな?
次の生態学会で開催できるかもしれない「割算するな」自由集会
で使えそうかな?
-
このあたり，
二項分布 (あるいは多項分布) の GLM を
2 回 (あるいは 3 回以上) のポアソン分布 GLM で代替することと
関連があるよーで．
-
1030 より研究室セミナー，
今日は雨谷君で大雪山のハイマツの枝の伸長速度．
工藤さんの解説をきかないと全体の意図がよくわからなかったのだが
……
「ハイマツ帯」なるハイマツ密度が高い領域 (帯状?)
があって，
それより「上」に進出したハイマツと「下」にでたやつでは，
どのように枝の伸びかたがちがうか，
といったハナシをしたいようで
……
一本の枝から 20 回分の伸長を読んでいるので，
ちょっとめんどうな統計モデリングが必要そうなかんじではあるが，
それ以前の問題として，
こういうややこしい構造のデータは R で
全体像が把握できるようなうまい図を作る
ところから始めないと，
どーにもこーにもですよ．
-
生態学会口頭発表 web 編成システム，
自動バックアップの準備．
とりあえず「かくのごとくひととーりできました」
と編成部会 ML に連絡してみる．
-
昼飯．
-
その後も web 編成システムのふぉろーがつづく．
-
ミズナラ作図の修正作業．
-
1730 研究室発．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備のてつだい．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.7 合．
ネギ・ブナシメジ・油揚げの味噌汁．
鶏からあげ．
- 昼 (1300):
研究室．
食パン．
ゴボウサラダ．
リンゴ．
- 晩 (1910):
米 0.7 合．
ダイコン・ニンジン・シイタケ・鶏だんごの味噌汁．
カボチャ・豚ひき肉の煮物．
サンマの開き．
