これの BUGS coding は意外とめんどくさくて，
かくのごときものになってしまった．
残念ながら「このあたりの魚の個体群サイズは 100 から 1000 ぐらいだろう」
といったたぐいの主観的事前分布を使ってしまった
……
計算時間をむちゃくちゃ長くすれば無情報事前分布でもなんとかなるかもしれないけれど．
まあ，
残り時間もなくなってきたので．
model
{
# catchment and probability
for (i in 1:N.site) {
for (t in 1:N.itr) {
C[i, t] ~ dpois(mc[i, t])
n[i, t + 1] ~ dpois(mn[i, t])
mc[i, t] <- n[i, t] * p[i, t]
mn[i, t] <- n[i, t] * (1 - p[i, t])
logit(p[i, t]) <- logit.p[i, t]
logit.p[i, t] ~ dnorm(beta[1], tau[1])
}
}
# population size
for (i in 1:N.site) {
n[i, 1] ~ dpois(mean[i])
log(mean[i]) <- log.mean[i]
log.mean[i] ~ dnorm(beta[2], tau[2])
}
# parameters
Tau.noninformative <- 1.0E-4
Sigma.max <- 1.0E+2
beta[1] ~ dnorm(5, 0.2) # subjective!!
beta[2] ~ dnorm(0.0, Tau.noninformative)
for (j in 1:2) {
tau[j] <- 1 / (sigma[j] * sigma[j])
sigma[j] ~ dunif(0.0, Sigma.max)
}
}
