ぎょーむ日誌 2010-04-(21-30)

2010 年 04 月 21 日 (水)

• 0830 起床． 生活周期が復旧しない …… というかんぢ． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． まだちょっと雨． 0940 研究室着．
• うーむ， メイルやりとりとかに時間とられる ……
• 正午ちかくになって， よーやく岩波本再開． 遅い!
• 昼飯くいつつ， 作業．
• よーやく， 「どうして MCMC したら事後分布になるんですか」 (つまり詳細つりあいの説明) 節がかけた …… といっても 2 ペイジぐらいしかないんだが． 事後分布といってもまだベイズなハナシになってないので， 「ねらいとする確率分布」 といったあいまいな表現になってるけどね．
• さて， その次はベイズなハナシの導入だが …… その前に図を新しく追加しなければ．

• うだうだ遅々たる作業だけど (用語の調整のための置換とかにも時間とられて， ですね)， 本日は数ペイジぶんはススんだ …… これは実質的には二ヶ月ぶりの進捗， という気がする． 嗚呼， よーやくにして長くツラかった冬は終わりつつあるのか ……? 放置したうけぎょーむ二件その他が足もとにコロがっておりますが．
• 1910 研究室発． ちょっと雨． 買いもの． 1930 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯．
  • 昼 (1310): 研究室． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・ブナシメジ・豚肉の味噌汁． ホッケの煮魚．

2010 年 04 月 22 日 (木)

• 0650 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 晴． 0810 研究室着．
• 林さんの AIC 説明 がおもしろいのではまってみた． 久保こめんと．

  いろいろ興味ぶかい説明です．ぱっと読んで，ちょっと違うなと思う部分としては「パラメーター数の多いモデルはなぜダメか?」周辺ですね．

  これは個々のパラメーターの推定誤差が大きいからという説明ではなく，むしろ「パラメーター数が増えるにつれ『いまたまたま手もとにある (あやしい) データ』へのあてはめ改良が過剰になってしまって，次回以降の同様なサンプリングで得られる別のデータに対する予測としてはまとはずれになっていく」といったかんじの説明になるのではないでしょうか．

  小西，北川. 2004. 情報量規準. 朝倉書店……などを眺めてみると，このあたりの対数尤度バイアス補正項の +2K の導出はぜんぜん簡単ではないことに驚かされます．

  岩波本ではこのあたり， どう説明したもんだか ……
• などとうだうだ考えてて， 岩波本作業は 10 時すぎに開始． ホントに， 時間というのはぽろぽろと失われていく ……
• さて， 本日は昨日のつづきで …… まあ第 7 章のここまでの流れから整理してみると …… MCMC わざのひとつメトロポリス法でサンプリングすると，
  
  あーら不思議， 何かの分布からの標本セットになってますねー …… ときて， じつはこれは尤度関数に比例する確率分布でした!
  
  といったオメでたい帰結を述べてみてから， ここで何かごにょごにょして …… はーい， べいずでーす!
  
  …… と持っていきたい， とゆー破天荒ぷらんです (あとで語義を調べてみたら「破天荒」はぽぢちぶな意味あいで使うのが正しいようですが， ここでは前後の文脈からわかるように中立もしくはねがちぶです)．
• このプランによる説明は， 2 月の MCMC 公開講座 で何とかなったので岩波本でもそれを再現してやろう， という貧者感あふるる構想． しかしながら， その場のイキおいで聴衆をしてなんとなく「そンなもんかな」 と錯覚せしむる公開講座とは異なり， 文章による説明にはもう少し冷静な詐術が必要とされる ……
• で， 何をごにょごにょすればよいのか? ちょっとよくわからんので， 列挙してみよう (そして vim 上で順序をいれかえて，と) ……
  • 推定結果が点推定値ではなく， 確率分布 (密度関数) で与えられても全然 OK， むしろうれしい， とせーるすとーく
  • つまり「パラメーターの分布」 なる概念が登場
  • ふつーの統計学ではパラメーターの分布とか考えない
  • 最尤推定値と称して「ヤマのてっぺん」の位置だけ重視した (ついでに頂部のまるまりかたぐらい?)
  • …… (このへんにぎゃっぷ?) ……
  • ベイズでは「パラメーターは確率分布」 なる考えかたが許容される， とゆーかその解釈しかありえない
  • ではベイズ統計とは何か? 事後分布 ∝ 尤度 × 事前分布??
  • 事後分布は図 7.13 だ
  • 尤度はこの章の最初のほうで定義した
  • だったら事前分布は何か?
• まあ， こんなかんぢで書いてみるか …… けっきょく， 2 月の公開講座とあらすじは同じ．
• 昨日のぎょーむ日誌に「放置ぎょーむ」が足もとにどーのこーの， などと書いせいなのか …… クギさしメイルがぴゅーっととんできて頭上にばすっとつきささりました．
• 正午すぎ， 北大構内外を一時間ほどふらふらと早足散歩． まだちょっと寒い． 研究室にもどって昼飯．
• うー， なかなかぎょーむ再開できん ……
• などと言ってるヒマはないので， 3 時間ほど費やしてベイズ統計の入り口までつなぐ作文． さーて， ここからどう解説したもんだか．
• このように強引に接続してみた．

• 本日の実質的な進捗も 3-4 ペイジといったところ． しかしながら， こういった匍匐前進的な作業のつみかさね以外に， 本をかきあげる方法はないなあ， といったかんぢで． 1830 研究室発． 1840 帰宅． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.8 合． 鶏レバのショウガ煮．
  • 昼 (1300): 食パン． バナナ． リンゴ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ナス・トマト・ブナシメジ・シーフードミックスのカレー． キャベツ・タマネギ・キュウリのサラダ．

2010 年 04 月 23 日 (金)

• 0705 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． 0810 研究室着．
• 林さんが AIC 検討 を続けておられるので， またコメント してみる． 場外からこんなふうにてきとーなコメント (ここでは反例提示) をするのは簡単だけど， じゃあ自分ならこのあたりをうまく説明できるかというと， じつはそれは難しく感じられる．
• 保要さんが (自分が TA を務める) 全学学部授業のメイリングリストを作りたいというので， ものの試しに北大ネット (HINES) ML システムをさわってみる． HINES のアカウント管理はあいかわらずめちゃくちゃで， 修士 → 博士課程に進学した大学院生 (学籍番号が変わる) の iiC-ID なんかがどうなるのかまったくわからない． いろいろ試行錯誤してみたけど， login できない． しょうがないので (当該授業とは何の関係もない) 私のアカウントで授業用の ML 構築してみた． HINES ML システムの正体は GNU Mailman だった． まあ， ヘンてこな独自システムよりはずっとマシだけど …… しかしふつーの教員や TA に使えるのか，これ?
• ちょっとケイブル類整理．
• また岩波本作業にもどろうとする努力．
• 事前分布がにじみでてくる部分の作文． ほとんど詐欺だ．
• 今日は午後から NTT 光回線導入なので， 午後休暇をとって 1230 帰宅． 昼飯．
• 工事をまちつつ岩波本作業のつづき．
• 作業はあっさり終了． Asahi-net のほうから連絡がないんで， まだ接続できんなー …… と再登校． 1420 研究室着．
• あとから気づいたんだけど， ただ単に， 今までどーりの設定で接続すればよかったのかな …… また帰宅してからたしかめよう．

• せっかく再登校したのに， アタマが有給休暇もーどなのか， 仕事がススまず ……
• むりやり事前分布がでてくるのはこのあたりで ……

• 今日も岩波本は 3 ペイジぐらいの進捗かな …… 1810 研究室発． 1820 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．

[自宅ネット，光回線化]

上記のように設定したら， あっさりつながりました． とりあえず無線 LAN は Planex のちびルータで． なにやら PC カードさせるスロットがあるな …… えーと， NTT の RV-S340NE か．

• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1230): 食パン． リンゴ．
  • 晩 (1930): ナス・トマト・ブナシメジ・シーフードミックスのカレー & 蕎麦．

2010 年 04 月 24 日 (土)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• 0950 自宅発北大構内走． 小雨ぱらぱら． 今日も寒い． 1035 帰宅． 体重 74.2 kg． いかん， また 74 kg こえた!
• また怠業 …… 1220 自宅発． 曇． 1230 研究室着． 昼飯．
• どーにもうだうだしてるので， 散髪にでる． 前回は 3/3 だったか． まだ 1.5ヶ月だけどなぜか髪ぼさぼさぎみだし． 1340 ごろ 理髪店 着． 今日はうん悪く 40 分ほどまつ．

[A 棟 8F 非常階段からのながめ]

西北西の方向をみる． まだ緑も何もない． とおくの山は冠雪した手稲山．

• 15 時すぎに研究室にもどる． うだうだ ……
• 私は Twitter やらないんだけど (はまりそうだから)， こういうないすなつぶやきを見つけてしまったので， まあ岩波本作業にとりくもうか， とゆー意欲もわこうかとゆーものです ……

• ということで， 本日の岩波本作業にとりくむ …… 事前分布導入ごまかしの後半部分．
• 本日の進捗は実質 1 ペイジ ……

• 明日は 7.8 節からなのだが， 「ベイズモデルの事前分布」は次の章にまわそうかと計画中． すでにこの第 7 章が 20 ペイジを突破し， このあとギブスサンプリングだの R2WinBUGS なハナシをする必要があるので ……
• 1 パラメーターモデルでギブスサンプリングの説明なんかやっても意味ナシか? うーむ …… しかし岩波本が想定する読者のレヴェルからすると必要かも．
• 月曜日に (いくらかの娯楽性を追求した) 5 分間自己紹介やらねばならないので， その準備 ……
• これまたぜんぜん終わらずに， 2000 研究室発． 買いもの． 2020 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1240): 研究室． 食パン． キャベツ・タマネギ・キュウリのサラダ． リンゴ．
  • 晩 (2130): ジャガイモ． キャベツ・ゴボウ・鶏肉のスープ． リンゴ．

2010 年 04 月 25 日 (日)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• 0955 自宅発北大構内走． 先ほどまで晴れてたけど， いーぐあいの曇天になった． 1040 帰宅． 体重 74.4 kg …… まあ， しばらくうんどうとか続ければ落ちていくだろう， と期待しつつ．
• 1100 自宅発． 曇． 1115 研究室着 …… 今日は怠業時間が比較的短いぞ， と思っていたのだけど， ここでまた怠業もーどにおちいる．
• ススまないので昼飯． 昼飯後に岩波本作業開始．
• R の glm(cbind(Y, 8 - Y) ~ 1, family = binomial) とそれに対応する BUGS なハナシを書いてみようと思ったのだが ……

• 明日の研究紹介に費やす時間がまったく予測不能で不安になったので， とりあえず本日の岩波本作業は上のような状態まで．
• 4 時間ほどうだうだと OpenOffice.org 作業してしまった． まあ， 下のごとき内容なのでいつもの LaTeX seminar class + dvipdfmx よりはラクかな， ぐらいの発想だったのだが ……

• どーでもよいてくにかるなハナシなのだが …… なぜかしら Ubuntu 9.04 の Xfce4 では OpenOffice.org で日本語入力がうまくできなかった． いったん logout して， session を Gnome にするとうまくいった．
• 2000 研究室発． 買いもの． 2020 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): キャベツ・ゴボウ・鶏肉のスープ．
  • 昼 (1320): 食パン． キャベツ・ゴボウ・鶏肉のスープ． リンゴ．
  • 晩 (2110): 米麦 0.8 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． ニラ・ショウガ・ひき肉・卵の炒めもの． キャベツ・タマネギ・カツオブシのサラダ．

2010 年 04 月 26 日 (月)

• 0730 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． 0840 研究室着．
• メイルかき & 研究室セミナーでの自己紹介の準備 ……
• 1030 より 研究室セミナー， 今日も 7-8 人の 5 分間研究自己紹介．
• 自分の自己紹介． やはりウケたのはここでした (アフリカンな大学院生たちも笑ってくれた!)． こういうヘンな画像をネット上でさがすのに時間かかりました (いちおう出典サイト URL も併記)．

• 蛇足ながら， "data cooking" にはデータ捏造といった悪い意味で使われることもあるけど， ここではとりあえずにゅーとらるな表現ということで． マトメはこんなかんぢで．

• そのあとは保要さんのサロベツなモウセンゴケ研究計画説明．
• 昼飯．
• 甲山さん指令で新しい液晶プロジェクターを手配することに． といっても， 北大生協の外売部 (地環研担当は今年度から八木さんにかわった) に依頼しただけなんだけど ……

  研究室で購入する液晶プロジェクターを探しています．
  条件としては
  
  ・十分に明るい
   - 40 人程度入れる教室で使う
   - 投影スクリーンは 3m 四方 ぐらい
   - スクリーンまでの距離は 5-7 m ぐらい
  ・静音性ができるだけ良いもの
  
  その他の条件はとくにありません．
  

  このあといただいたメイルによると， 北大生協 外売店専用WEB受注サイト なるものを作ったそうで …… うーむ， これはまだ発展途上かな?
• で， 他のことは放置して岩波本作業にとりくんでみる ……
• なかなかススまない …… 生協のヒトがやってきて， セミナー室であれこれ相談． じつは上記のスクリーンサイズはかなりいいかげんで， 実測は幅 1.7 m・高さ 1.3 m だった． 甲山さんがやってきて， 白い壁に直接投影するプランもあるかも， と提案． 4000 ルーメンぐらいの機器は 20 万円ぐらいするので， 後日またここでテストしましょう， という生協のヒトの提案で終了．
• 本日の岩波本作業， 7.8 節「GLM のベイズモデル化」 の図の準備とか．

[二項分布の確率 q の事前分布]

logit(q) = a としたときに， (A) a の事前分布が平均ゼロ SD 100 ぐらいのいわゆる無情報事前分布としたときに， (B) q = logistic(a) がどうなるかを図示したもの． この (B) の図示では， もとの logit な世界のスケイルの確率密度を正確に変換するあたりで， ちょっとアタマを使う必要がある．

• ところで， 先日かいたつじつまあわせの部分では， 確率 q の事前分布を一様分布とゆーことにしてハナシを 強行していったわけだが ……

• こういう二項分布の確率 q では以下の三つの 「無情報」事前分布が設定されることが多い:
  • 一様分布 U(0, 1) (== ベータ分布 Beta(1, 1))
  • Jeffery の事前分布: Beta(0.5, 0.5) ⇔ 一次元のランダムウォーク → arcsin 関数: 0.5 π arcsin(q^0.5) (これは岩波「科学」 2008 年 4 月号の p.402)
  • Prob(logit(q)) = 一定とすると， q の事前分布は improper な Beta(0, 0) となる
  といったことが Gelam et al. (2004) Bayesian Data Analysis の p.63 あたりにでてる …… で，じつよー的には Beta(0, 0) から Beta(1, 1) までのあいだの どれでもいーんじゃない，といった記述なんかも．
• このあたり， 林さんのメモ も参照． ここで粕谷さんがコメントしてる Lee (2004) Bayesian Statistics: an introduction (3rd ed.) だと p.85 あたり．
• やはり Jeffery な事前分布の図も追加するかな …… まあ， これは明日にしておこう． 1920 研究室発． 買いもの． 1940 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• ばててたのか， 晩飯くったらいきなり寝てしまった …… なぜか子供のころに住んでたあたりの道路がどこも断崖絶壁になっていて， 昔はするする登っていたんだけど， 今はカラダが重くてなかなか登攀できない …… といった悪夢にうなされて真夜中めざめてしまった． うーむ ……
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ワカメ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1300): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・カツオブシのサラダ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． タマネギ・ネギ・豚肉炒飯．

2010 年 04 月 27 日 (火)

• 0600 起床． 生活が不規則． 朝飯． コーヒー． 0730 自宅発． 晴． 0740 研究室着．
• うだうだ． カラスの巨大営巣地らしき北大に関するおしらせ:

  からす対策について（お知らせ）
  
  このことについて、施設部施設保全課から連絡がありました
  ので、お知らせいたします。
  つきましては、本年度も札幌キャンパス内でからすが教職員
  や学生を襲ったり威嚇したりするなどの被害が予想されるため、
  前年度同様の対策として下記のとおり巣落としを行いますので、
  留意願います。
  
  記
  １．産卵前の巣落とし実施　平成２２年４月 - ７月
  ※特に重点的に実施する場所
  ・歩道上でからすが集まる場所
  ・学内保育所の入所経路
  ・以前被害のあった場所
  
  ２．巣を発見した場合の措置
  札幌キャンパス内でからすの巣を発見した場合、環境保全担当へ
  連絡願います。
  
  連絡先：施設部施設保全課環境保全担当
  電　 話：内線２１３７
  Email　：h-kankyo@facility.hokudai.ac.jp
  

  なかなか他大学にはないおしらせではないかな …… まあ， ねらいは人どおりの多いところの巣除去でしょうなあ． 北大構内は広大であり， 何をやってもカラスが出ていくとは思えない．
• 岩波本作業開始． いかん， 時刻はすでに 9 時すぎ．
• 一様分布な事前分布， な図の周辺を修正してみたり ……
• いきなりメイルかきぎょーむがわりこむ．
• Andrew Gelman が non-informative prior は実際のところ weakly informative prior でありそのほうが一般的な概念である， てなことを言ってるわけだが (参考: 彼の講演投影資料とか) …… たとえば分散逆数 tau の事前分布としては， noninformative なガンマ分布 (tau が小さいときにガンマ分布のカタチに敏感) とかより half t 分布系の事前分布がいいですよ， とゆーおすすめのよーで．
• えーとそれと関係するのが彼らの R package library(arm) の bayesglm() 関数とか (なぜか HTML 版では help がうまく生成されてないが)． これは階層ベイズモデル用とかではなく， glm() のかわりとなり， よりマシな推定をするためのものという位置づけ．
• 昼飯． 今日は院生の皆さんは毎木調査にでかけておられるので， A 棟 8F は比較的静かだ．
• ありがちな R 作図こんさる:

  > Rで作成した図の解像度で悩んでおります。投稿論文の図をRで作成したので
  > すが、そのまま保存したものでは解像度が低すぎると言われました。保存し
  > たファイルを、画像作成ソフト(フリーのGIMP2というやつです)でこねくりま
  > わしてサイズや解像度を変えたりしたのですが、印刷には耐えられないよう
  > です。
  
  久保です．状況よくわかりませんが，おそらくディスプレイ上に表示された図
  を保存されているのではないかと思います．
  
  ためしに
  
  png("test.png", width = 1000, height = 1000)
  plot(あれこれ)
  dev.off()
  
  して生成された test.png を GIMP で開いてください．
  
  図出力 device として pdf() などの関数もあり，このような関数で生成される
  ベクター系の画像出力を Illustrator や inkscape で操作する方法もあります
  (もし R 内で図を完成させられないのであれば)．
  
  R 内で library(help = grDevices) などして help を読んでみてください．
  

• 本日の岩波本作業， ペイジ数的にはあまり進捗してないけど， いったん停止． この作業用 PDF ファイル上では 18 ペイジ目から始まるわけだが， すでに 30 ペイジちかくになりつつあって， ですね．

• 「まあ 4 月中に」 などとやすうけあいしてしまった Matt の放置したうけぎょーむにとりくんでみる ……
• 悪夢のねったい林データ． テキストファイルで 361585 行， ファイルサイズ 42MB とかくるってるな． とりあえず毎回 read.table() とかやるのはイヤなので， RData に変換する．
• とにかく 821 樹種 36 万本超のデータなんぞを ThinkPad X31 なんぞであつかったら死ぬので， 条件つき resampling で 16 樹種各 100 本のサブセットを作ることに．

  n.spc <- 16
  n.tree <- 100
  
  row.spc <- pfrDec2009$Cd
  table.spc <- table(row.spc)
  candidate.spc <- names(table.spc)[table.spc > n.tree * 2]
  selected.spc <- sample(candidate.spc, n.spc)
  
  n.row <- 1:nrow(pfrDec2009)
  dbh.selector <- (
  	(pfrDec2009$dbh1 > 1)
  	& (pfrDec2009$dbh2 > 1)
  	& (pfrDec2009$U20 > 0)
  )
  matrix.s <- sapply(
  	selected.spc, function(spc) sample(
  		n.row[(row.spc %in% spc) & dbh.selector],
  		n.tree
  	)
  )
  dss <- pfrDec2009[c(matrix.s),]
  

  R 上で data.frame の切り貼りをやるとかなり時間かかることあるけど， こういう方式 (選抜すべき列一覧だけを生成する) でやればかなり速いと思う．
• 私はこういうデータに関して WinBUGS でデータ解析するコードの例を作ればよいだけなんで， 部分集合だけあつかってもかまわないわけで．
• データ量を激減させたサブセットでも十分にややこしーので， まずは作図だ! library(lattice) の xyplot() 図:

• まーこんなもんでしょうかね ……
• ばてた． リンゴ．
• 1630 より 研究院アワー， 本日はウィスコンシン大 (Sean Carroll 研究室) の 越川滋行さん で 「ショウジョウバエにおける翅の模様形成とその進化」． Nature 最新号の cover story． たいへんおもしろい話でした．

[Drosophila guttifera の羽の模様]

模様形成の一番下流は yellow 遺伝子でこれのさらに下流でメラニン形成が行われている． ガの piggyBac トランスポゾン を使って， この yellow のエンハンサーがたった二つ， 左の図中 (なお，これはハエのキメラではなく 2 種類の yellow エンハンサーの位置を表す合成写真) の vein spot (水色) と intervein shade (赤) だとわかった． ところが模様のないハエの yellow の cis 領域を guttifera のそれで 置きかえても， 模様は発現しない …… さらに上流が重要なカギとなっていて， wingless 遺伝子と yellow のあいだに 「つながり」があるハエでないと模様が生成されない， とわかった．

• wingless 遺伝子の発現が原因で， 色素生成が結果であるということは， wingless 導入実験によって今まで斑点のないところに 斑点ができるハエを作る実験で確認された． ハエによって wingless 遺伝子 (ハエの 形態形成 において segment polarity を決めたりする重要遺伝子) から色素生成までのリンクがある種とない種がある． いったんこのリンクを獲得したハエの系統では， 今まで斑点がなかった羽上の鐘状感覚子 (wingless が発現) でも新しく vein spot が出るようになったり， というハナシ．
• wingless 遺伝子の mRNA は拡散性なのか， 鐘状感覚子だけでなくその周辺の細胞にまでひろがるので， 大きな斑点ができる …… これは Alan Turing の反応-拡散モデルでいう拡散性のエンハンサーとして発見された最初の実例， ということになるらしい …… とはいえ， これは Turing の形態形成モデルとはちょっと違うね．
• 私からみると魔術のような分子遺伝学的技法がどんどんでてきて， ですね (遺伝子を任意の場所で組み換えたり) …… とはいえ， wingless の発現場所はどう決まるとか， まだまだ今後も発展していく研究のようでした． そして，ハエの羽模様形成のメカニズムはこれだけではない， ということも解明されつつあるそーで． 1830 研究室発． 1850 帰宅． 晩飯の準備． 1930 自宅発北大構内走 2000 帰宅． 体重 74.4 kg． うーむ， 体重へらん …… 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 30 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 研究室 北大生協コップパンのベイグルとか． リンゴ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ネギ・卵の炒めもの． キャベツ・タマネギ・ハムのサラダ．

2010 年 04 月 28 日 (水)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 雪のち雨． 0910 研究室着．
• 朝から面談式のデータ解析こんさる． 農学部の高橋さんで， 札内川河川敷の植生．
• で， データをひねくったり作図したり， という段階なのだが …… data.frame() のあつかいに関していろいろと教えてもらった． reshape() の varying はtime.文字列 といった書式でも OK． あと， いつものごとく行選択でどうこうしようとしたんだけど， merge() のほうが簡単でしょう， と指摘されてやってみたら …… たしかに簡単だなあ．
• 正午ごろまでで， いったん中断．
• 昼飯． reshape() や merge() について 解説ペイジ を更新 …… いやー， 大学院生にはいろいろと教えられます．
• Matt のねったい林したうけぎょーむはほうりだして， 岩波本作業．
• 生協のプロジェクターなハナシのつづき． 5/13 に現場テストやるそーで． EPSON 営業技術者つき．
• 岩波本作業， 今日はぽちぽちススめてみたつもりだけど， 結果的にペイジ数としては 1.5 増えただけだった ……

• 1800 研究室発． 小雨ぱらぱら． 1810 帰宅． 1815 自宅発北大構内走． さむい． 1900 帰宅． 体重 74.4 kg． あいかわらず体重へらん． 買いもの． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． タマネギ・油揚の味噌汁．
  • 昼 (1220): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． タマネギ・ネギ・ニンジン・マイタケ・豚肉の味噌汁． ホッケ．

2010 年 04 月 29 日 (木)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業 ……
• 1035 自宅発． 雨． 1045 研究室着．
• 怠業． うーむ， 祝日きぶんなのか? 窓の外はけっこうつよい雨．
• 札内川したうけぎょーむにとりくむ ……
• 昼飯．
• したうけのつづき． ややこしーハナシなので図をつくってみる ……

• 48 樹種の階層ベイズモデル化 …… いつものごとく WinBUGS で．
• 計算に時間かかるので， Dell Desktop 機 (OS は Linux, Ubuntu 9.04) をひさびさに使うことに．

[ものおき部屋のりもーと計算機]

耐震工事疎開先の工学部難民キャンプからの帰還以来， 初めて電源が投入された Dell Desktop 機． この空冷ファンが 4 個もついてる (といっても CPU は Pentium 4 の 2.4GHz なのだが) やかましい機械を自分の部屋で使うのはイヤなので， A808 ものおき部屋に置くことにした． 調査用具・標本がびっしりと並んでいて， 計算機置き場も使える LAN ポートもなかなか見つからないのだが …… 入り口のドアのかげにおける， と発見したのであった．

• ゐんばぐす苦闘がつづく ……
• 教訓: 収束がおそいからといって， 説明変数をなんでもかんでも centering すりゃーいいってモンじゃない …… factorial な説明変数 (水準ごとに {0, 1} にしたもの) を無理やり中央化すると， かえって計算おそくなることもある．
• MCMC 計算がなかなかうまくいかない …… 原因は， いつものごとく， zero inflated なデータで， そのあたりの統計モデリングをしくじっているから …… 今日中にケリをつけたかったけど， 明日にしよう． 2140 研究室発． 2150 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． タマネギ・ネギ・ニンジン・マイタケ・豚肉の味噌汁． タマネギ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1310): 北大生協のカツサンド．
  • 晩 (2230): スパゲッティー．

2010 年 04 月 30 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0835 自宅発． ちょっと雨． 0845 研究室着．
• また WinBUGS 試行錯誤るーぷにおちこんでしまった …… これはおそろしく時間を消耗する．
• そういえば， 昨日は岩波本作業ができなかったなあ．
• 午前中はそういった階層ベイズモデリング試行錯誤ぢたばたでオワってしまった …… 昼飯．
• 午後はなんとかこの状況から脱出しようと試みるも …… 計算時間がどんどん長くなるばかり．
• 夕方まで， 発注者の高橋さんに現状報告． データをいっしょに検討しているうちに， 単純なデータ merge ミスなどに気づいた．
• いろいろ相談して， 種数を 48 から 41 樹種に減らしてもらえた ……
• Linux で R-2.11.0 に update したら， Cairo package いれてるヒトは， いったん remove.packages("Cairo") してから install.packages("Cairo") による rebuild が必要．
• 夜になっても雨． 今日は北大構内走は無理だな ……
• MCMC 計算まち時間に晩飯調達にでる． 営業時間 みればわかるが， 数ある北大生協店舗の中で， 購買中央店 (ここから最寄り) は一番おそくまで開店している．
• なんとかして札内川河川敷の植生モデリングをおわらせるべく， モデル単純化の試行錯誤． zero inflated な部分は「ブロック差」でうまく表現できそうだ ……!
• なんとかなった． データを作図したときにみられるパターンをわりとうまくとらえているように思える．

• へろへろと撤退． 2310 研究室発． まだ小雨ぱらつく． 買いもの． 2330 帰宅．
• [今日の運動]
  • 岩波本・うんどう休養日ふつかめ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． タマネギ・ネギ・ニンジン・マイタケ・豚肉の味噌汁．
  • 昼 (1220): 研究室． 米麦 0.8 合． コンブ茶漬け．
  • 晩 (2010): 研究室． 北大生協サンドイッチ．