ぎょーむ日誌 2009-06-02

2009 年 06 月 02 日 (火)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 0855 研究室着．
• セミナーの予習．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は竹内さんで， 湿原におけるリター分解実験の論文のれびゅー． どれもこれも 21 世紀になって書かれた論文なのだが …… ひたすら割算 & 分散分析． おまけに「場所差」を fixed effects にしてるから， 観察された現象は何もかも「場所差」で説明できます， といった脱力系論文なんかも …… まあ， 生態学まわりでちょっと複雑なデータ構造をあつかう論文のほとんどは こういったシロモノなのだが． 意味もなく「ぼうぐらふ」にされてしまった (そして反復少ないくせに，棒には SE ひげなんかが) をながめていて， やはり「リターパックの中で分解されやすいもの・されにくいもの があると想定したデータ解析」 とか必要だと思った．
• また耐震工事ひっこし雑用なネット雑用とか．
• そしてまたプリンター問題． いったいいつになったらオワるのやら ……
• 雑用にふりまわされつつも， FLC 発現の統計モデル推定計算もススめてみる． やはり， と申しますか， 観測データがまったくない VIN3 発現量を 「状態変数」としてあつかうモデリングは無茶だった …… ということで， 気温が直接に FLC の活性・不活性 transition rate に影響する， といったやや現象論的なモデルに変更してみる．
• そして， この「データすかすか」な時系列モデルを収束させるための努力がつづく …… まあ， 複雑な情報の抽出なんかはそもそも不可能である， などなどといった， この 「とびとび」な観測データにシバられた システムの挙動が理解できてきたような ……
• 夕方ごろから雑用が減ったので， 計算まち時間に FLC 関連文献をいまさらながらに読んでみた …… 花成の過程ってすごく複雑じゃん． うーむ， 今のモデルはホントに現象論的だな． 従来のさらに現象論的なモデルを少し改良しているだけ， か． せいぜいのところ．
• で， そのひどく単純化した現象論的なモデルのあちこちに 主観事前分布じみたものなんかをいれて無理矢理に収束させた (というわりには b は収束が悪い) 結果が得られた (BUGS code， 事後分布表)． えーと， 計算時間は 3600 秒ぐらいだったか?

• 推定がデータにひきずられすぎている …… これは， 「PCR による『誤差』はほとんど発生しません」 などといったトンデモな仮定をいれたせいだろう． データながめていると， と言いますか原理的に考えて， PCR って「誤差」増幅器みたいなモノだよね． 今日は無理だけど， また明日以降に改良を考えよう．

• しかしながら， かかる状況でもそれっぽい「温度依存性の transition rate」 らしきモノが推定されてくることの不思議さよ …… われながらアヤしげなことをやっているな．

• 上のような R 作図プログラミングをやっていると時間になってしまった． 1910 研究室発． 工藤洋さん・荒木さんの北海道調査おつかれさま & 明日のセミナー よろしく歓迎会． 札幌駅ガード下西端の居酒屋 七福神商店 西口店 で． 2230 ごろおひらき． 工藤さんの宿泊場所の東横インのロビーで上記の推定結果をちょっとご説明． 意外とおもしろがっていただけた． 2320 帰宅． ふーむ， DNA のメチル化は細砲分裂後も「ひきつがれる」から， 記憶装置として機能する， と． つまり今回のモデルの仮定はそれなりには正しかった．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米麦 0.8 合． ニンニクの芽・ネギ・豚肉の炒めもの．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン．
  • 晩 (2000): 居酒屋で刺身・海鮮サラダなど．