ぎょーむ日誌 2009-02-25

2009 年 02 月 25 日 (水)

• 0730 起床． 自宅のコメとかがなくなったので， 0740 自宅発． 曇． 気温 +2°C なのですごく暖かく感じる． 0755 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 昨日のウィルスどたばたのぎょーむ日誌かき． こういうバカげた事件に時間をとられて， さらにその記録に時間をとられるのはどうよ， とも思うわけだが， こういう事件は今後も発生するのであり， そのときにこういう記録が役にたつ． 昨日も， 以前の ぎょーむ日誌 のおかげで作業時間はかなり短縮できたと思う．
• メイルかき． 一昨日の公開講座の参加者のかたたちから 質問メイルなどいただく． 公開講座に参加した人たちは分野も経験もかなりさまざまなかんじで， 統計モデルとか初めてといったかんじのヒトから， 私などよりよほどベイズとかに詳しそうなヒトたちまで ……
• で， たとえば共役な事前分布を使えば事後分布は解析的に導出できるので， Gibbs sampler は簡単に作れる． しかし久保例題のように二項分布 * 正規分布といった統計モデル の事後分布が WinBUGS でサンプリングできるのはなぜ? といった疑問をもつヒトもいたり (当日もそういう質問があった)． とりあえずの回答例:

  ご指摘のとおり，単純な Gibbs sampling では事後分布からサンプルは得られ
  ません．そこで (例の質問の回答でもちょっとだけふれましたが) 数値的な
  Gibbs sampling といった方法が使われます．要するに提案分布を使わずになん
  とか事後分布からのサンプルを得たい，という発想ですね．アルゴリズムの名
  前としては adaptive rejection sampler (ARS) とか slice sampler などあり
  ます．
  
  日本語で書かれた本でこのあたりにふれているのは
  
  丹後俊郎. 2000. 統計モデル入門. 朝倉書店.
  
  です．ARS などについて説明されています．英語本だといろいろあるのですが，
  たとえば
  
  Gilks, Richardson and Spiegelhalter. 1996. Markov chain Monte Carlo in
  Practice. Chapman & Hall/CRC.
  
  Gelman et al. 2004. Bayesian Data Analysis. Chapman & Hall/CRC.
  
  は丁寧に説明されています．
  

  当日も説明したんだけど， WinBUGS は Gibbs sampler と呼ばれているが， 解析的に導出できる事後分布からの Gibbs sampling だけでなく， じつは内部では上述の ARS や slice sampler による いわば「数値的な」 Gibbs sampling さらに M-H 法も使われているそーで (WinBUGS user manual によると)． 伊庭さんのうまい説明を借用すると， WinBUGS は「外からみて」 Gibbs sampler であるかのように見えているだけ， ということ．
• 窓の外はまたいつのまにやら雪．
• 一昨日の公開講座の配布資料の修正にとりくむ． 皆さんにお配りしたもの， けっこうヒドいもので …… なぜ， ヒドいかといういいわけのたぐいはぎょーむ日誌 2009-02-05 あたりに．
• 昼飯後も修正作業のつづき．
• 最低限の修正はひととおり終わったように思えるので， 公開講座のペイジ からダウンロードできるようにする． 時刻は 1540． ふう．
• それをまちかまえていたかのように「蟻」解説の修正ファイルが …… うう．
• 最初は技術的な難問にとりくんでみるか …… 引用文献書式を jplain ぢゃないやつ (ふつーのともうしますか apalike 的 ともうしますか) にしなさい， という指示．
• それが簡単にできるのであれば最初からやってるわけだが …… とりあえず， makebst (対話的な bst ファイルの 生成) してみたんだけど， やはり日本語文献データ混在では動作しない． 今まで， ヘンてこなるぢゃーなるの悪夢のごとき reference 書式という難敵の数々を撃破してきた makebst も文字コードの絶壁はこえられないのか? えーい， どうしたらいいんだ ……
• しかしながら， 捨てる神あらば拾う神あり， というべきか …… 武田史郎さんが公開しておられる jecon.bst: 経済学用BibTeXスタイルファイル， これが今回の「正解」だった!
• jecon には詳しいチュートリアルがあり， それをまず読んでから， たいへんわかりやすく整理されている bst ファイル内の関数の設定を変えていくと (あと少しばかりそれ以外も改造すると)， 要求されている書式とほとんど同じ日英混在言語版ものができた． 助かった．

• おっと， ぢゃーなる名は省略名ではなくもとにもどさんといけませんな． これは以前に作ったジャーナル名 → 省略名 変換スクリプト (in Perl) をちょっと改造したら一瞬でできた．
• しかしさっき makebst いじってたときに気づいたんだけど， どうも BibTeX にはぢゃーなる省略名を生成する機能がある (?) らしく， そういうオプション指定が可能だった． つまり BibTeX の中でぢゃーなる省略名を 生成する， というのがより正しい方法なのかもしれない．
• 技術的な難問はほとんど解決した． あと一ヶ所ホントに小さい点で修正しないといけないかも …… 必要とあらば， これは Perl を使えば (これまた一瞬で) 解決するんだけど， まあ， しばらく放置してみよう．
• で， 次の問題は本文の修正というか …… うーむ， 例によって私の作文がしょぼくてあちこち修正すべき点を 多々指摘していただきました．
• しかしながら， なおしのほうはほとんど進捗せぬまま撤退． 1910 研究室発． 買いもの． 1940 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ， なかなかうんどう復帰できない ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 研究室． 食パン．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・豚肉の味噌汁．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． ダイコンの味噌汁． キャベツ・ネギ・ミズナ・ハムのサラダ．