ぎょーむ日誌 2008-06-16

2008 年 06 月 16 日 (月)

• 0810 起床． あけがたに目がさめて， ちょっと眠れなくて， ですね …… 朝飯． コーヒー． 0940 自宅発． 曇． 雨はやんでる． 0955 研究室着．
• 松原望さんが 入門ベイズ統計 という本を出版されたり， 他の本も準備中とのことなんだけど，

  ネイマン・ピアソン理論オンリーの授業では形式的すぎて学生の関心を十分に引いていないという傾向が強まってきている

  といったちょっと挑発的・「対決」的なあおりでおもしろい (amazon のあおり文句も)．
• まだしばらく脱アリ作業をつづけられるようなので …… 投稿予定先の Behavioral Ecology and Sociobiology の投稿規定をよんでみる． いろいろとウルさいことが書かれてるな． Acknowledgements には

  The work described in this article comply with the current laws of the countries in which it was performed.

  などといったヘンな一文を追加せねばならぬようだ． 札幌市に「エゾアカヤマアリを箱にいれてもちはこばないように」 といったエゾアカヤマアリ箱輸送禁止条例 とか「エゾアカヤマアリをけんかさせてはいけません」 といったエゾアカヤマアリなかよし条例なんかが制定されてたらどうしよう?
• 次． 参考文献まわり． これは Journal of Ecology を J Ecol などと省略 (abbreviation) する記法を要求してきているわけだが …… とうぜん手動変換などやってられないので， このあたり自動化してみる． まずは www.library.uq.edu.au サイトの Bioscience section なんかで biosciences2005.txt といった EndNote 用変換データをとってくる．
• で， これをデータベイスとして BibTeX 中の Journal = ... 行を変換していく Perl スクリプトを書いてみる．
• チェック機能をつけておいたので， もともとの BibTeX file 中のじゃーなる名まちがいなんかもチェックできる． これは便利だわ …… abbreviation 使わない場合でも名前チェックに使えそう． まあ， 最近では項目データを手入力することも少なくなったわけだが．
• biosciences2005.txt はなかなかすごくて ``Kontyu'' なども含まれてるのだが …… いくつかうまくいかない部分があるので， addtional.txt なるファイルをつくり， そこで補足してみる． こんなかんぢで (第三列の . つき省略形は省略)．

  Ecology	Ecology
  European Society for Evolutionary Biology	Euro Soc Evol Biol
  Japanese Journal of Ecology	Jpn J Ecol
  Nature	Nature
  Oecologia	Oecologia
  Proceedings of the National Academy of Sciences	Proc Natl Acad Sci U S A
  Science	Science
  Trends in Ecology and Evolution	Trends Ecol Evol
  

  なんで Nature その他がないんだ? と思われるだろうけど biosciences2005.txt では ``Nature (London)'' とか ``Japanese Journal of Ecology (Otsu)'' などと登録されているため (まあ Perl script がわで対応してもよかったんだけど)． TREE は ``Trends in Ecology & Evolution'' (and ではなく &) が登録されてた．
• てなかんぢで作業時間 40 分ばかりで一件らくちゃくー
• 1300 より野田研の深谷君とベントス動態の階層ベイズモデリング． まあ， センセイが「とりあえずのモデリング」とか アセっておられるようなので， こういうてきとうモデリングですますしかないか， となったわけだが …… しかし二人でいろいろ議論してるうちに「観測データの情報を捨てない」 ベントス動態モデリングがだんだんわかってきた．
• 1450 ごろ終了． 昼飯．
• 永光さん長年苦闘のシウリザクラ論文 (私も共著者にくわえてもらっている) が accept された． めでたしめでたし．
• 脱アリ作業のつづき． Behav Ecol Sociobiol， こういう abbreviation を要求してるだけではなく， reference list の書式もちょっとヘンだな …… ということで， またまた makebst.tex を使うか． つかいかたは ぎょーむ日誌 2007-04-23 参照 …… 農学部造林の飯島君が何やら偏執的に くわしい解説 を作っているな．
• で， makebst.tex 自体は何の問題もなく Behav Ecol Soc な様式を生成するようになった (つまり同誌専用 bst file である bes.bst の作成に成功した) のだが …… 文献リストをよくみてみると， けっこうあちこちに不備 (単純なかきまちがいのたぐい) があったりして， そっちのまちがい search & destroy に時間をとられる．
• 1700 になるころ， ひととーりの作業が終わった． make pdf してアップロード． 共著者 3 名に「投稿可能版ができたのでみてください」 メイルをだしてみる． 皆さんおいそがしいようなので来週の月曜日ごろに投稿するつもり， と連絡してみる． すでに修士を卒業して 他県に就職しておいそがしく働いておられる岩倉さん・藤原君はともかく， 大統領の沈黙はぶきみだ． まあ， 自分に不利益も都合わるくもなければ可能なかぎり放置， といったいつもの方針を貫徹しておられるなら問題ないけど．
• R プログラミング自由集会記事のつづき． 生態学会誌の 1 ペイジって 1800-2000 字ぐらい入ってるよな ……
• 1820 研究室発． 1835 帰宅． 1855 自宅発北大構内走． 北大祭だのよさこいだのが終わって構内は静かだ． 1945 帰宅． 体重 70.6 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): ヨーグルト． シリアル．
  • 昼 (1450): 研究室お茶部屋． イソップベイカリーのバタール． タマネギ・ミズナのサラダ．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ホタテごはん． コマツナ． ダイコンのあえもの．